Rapport technique

[CharlesJB]

C'est le rapport tel qu'il est présentement.

TODO:

Figures et tableau

• Barplot qui résume les informations sur la filtration

• Elbow plot: ajouter une ligne verticale pour le seuil utilisé

• Clustering tree: ajouter une ligne à la valeur utilisée

• Tableau qui résume les clusters:

• Le nombre de cellules
• Le nombre de gènes DE
• Le nombre de gènes DE up-régulés
• Le nombre de gènes DE down-régulés

• UMAP + le numéro du cluster
• UMAP + couleur selon le nombre de comptes
• UMAP + couleur selon le nombre de mito

Checklists

Ajouter des checklists aux étapes suivantes:

• Après la filtration
  • Est-ce qu'on retire plus du tiers des cellules
    • Est-ce que c'est causé par trop de MT?
• Après le elbow plot
  • Est-ce que le seuil est bien à la fin du coude?
• Clustering tree
  • Est-ce que le seuil est bien sélectionné? Où le nombre de cluster arrête de changer
• Après le tableau qui résume le clustering
  • Est-ce qu'il y a beaucoup de cluster avec un petit nombre de cellules?
• Après les UMAP qui représentent les comptes et le nombre de mito
  • Est-ce qu'il y a des clusters qui semblent problématiques?

[vincentvfdg]

• add a barplot (stacked) of the confidence % (or the raw data) for each cell type for each cluster.

[vincentvfdg]

• add a r object (r_object) than will be save between some of the most time consuming steps (clustering and identifying markers). (Exemple: Batch DE). Then erase this object at the end of the 12th step to highlight only the output seurat object.
  replace seurat_object to saved_object and

[vincentvfdg]

• Specify the logarithm used for the nCount UMAP.
• Add a text for the clustree that indicates the resolution used in the analysis.