README.md

Datos de ejemplo para los ejercicios del curso.

• alanine-dipeptide.pdb: estructura mínima para pruebas con OpenMM.
• alanine-dipeptide-multi.pdb: PDB multi-model para análisis de trayectorias sin DCD.
• example_rmsd.csv: serie de RMSD de ejemplo para gráficas.
• protein_orig.pdb: proteína con ligando (preparación).
• protein.pdb: proteína preparada para simulación.
• ligand1.mol: ligando en formato MOL.
• ligand1.sdf: ligando en formato SDF.

Generar trayectoria DCD

Para crear un DCD corto con OpenMM:

python scripts/generate_example_dcd.py

Esto genera alanine-dipeptide.dcd.