Synthetics/settings.py at main · GraphLabEMproj/Synthetics · GitHub

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
import random
import json

with open('EPFL.json', 'r', encoding='utf-8') as f:
    PARAM = json.load(f)

DEBUG_MODE = False

'''
# было первым
PARAM = {

    # Основной цвет фона
    'main_color_mean': 175.0,                   'main_color_std': 15,
    # радиус и сигма размытия конечного изображения
    'main_radius_gausse_blur': 5,              'main_sigma_gausse_blur': 1.95,
    # пределы для разброса нормального шума
    'main_min_gausse_noise_value': 6,          'main_max_gausse_noise_value': 15,
    # цвет включений в фон
    'main_noise_color_mean': 125.0,             'main_noise_color_std': 25,


    # Цвет оболочек АКСОНА
    'axon_shell_color_mean': 65.0,              'axon_shell_color_std': 10.0,
    # Затемнение стандартной текстуры АКСОНА
    'axon_back_color_diff_mean': 50.0,          'axon_back_color_diff_std': 10.0,


    # Толщина линий МЕМБРАН
    'membrane_thickness_mean': 3.0,             'membrane_thickness_std': 1.0,
    # Цвет линий МЕМБРАН
    'membrane_color_mean': 95.0,                'membrane_color_std': 15.0,


    # Цвет оболочки МИТОХОНДРИИ
    'mitohondrion_shell_color_mean': 85.0,      'mitohondrion_shell_color_std': 5.0,
    # Цвет заполнения МИТОХОНДРИИ
    'mitohondrion_back_color_mean': 120.0,      'mitohondrion_back_color_std': 20.0,
    # Цвет оболочки крист
    'mitohondrion_cristae_shell_color_mean': 80.0, 'mitohondrion_cristae_shell_color_std': 0.0,
    # Цвет внутри крист
    'mitohondrion_cristae_color_mean': 120.0,   'mitohondrion_cristae_color_std': 5.0,
    # толщина оболочки МИТОХОНДРИИ
    'mitohondrion_border_w_min': 3.0,           'mitohondrion_border_w_max': 6.0,


    # Цвет основной части PSD
    'psd_back_color_mean': 60.0,                'psd_back_color_std': 10.0,
    # Цвет метелки PSD
    'psd_addcolor_mean': 95.0,                  'psd_addcolor_std': 20.0,
    # Цвет нитки поверх PSD
    'psd_centerline_color_mean': 115.0,         'psd_centerline_color_std': 15.0,


    # Цвет оболочки ВЕЗИКУЛ
    'vesicles_shell_color_mean': 83.0,          'vesicles_shell_color_std': 10.0,
    # Цвет внутри ВЕЗИКУЛ
    'vesicles_back_color_mean': 125.0,          'vesicles_back_color_std': 10.0,

    # интенсивность шума Пирсона
    'poisson_noise': 10,
}
'''

'''
# было вторым
PARAM = {

    # Основной цвет фона
    'main_color_mean': 175.0,                   'main_color_std': 15,
    # радиус и сигма размытия конечного изображения
    'main_radius_gausse_blur': 5,              'main_sigma_gausse_blur': 1.95,
    # пределы для разброса нормального шума
    'main_min_gausse_noise_value': 6,          'main_max_gausse_noise_value': 15,
    # цвет включений в фон
    'main_noise_color_mean': 30.0,             'main_noise_color_std': 15,
    #  максимальная толцина включений фона
    'main_noise_w' : 3,


    # Цвет оболочек АКСОНА
    'axon_shell_color_mean': 65.0,              'axon_shell_color_std': 10.0,
    # Затемнение стандартной текстуры АКСОНА
    'axon_back_color_diff_mean': 50.0,          'axon_back_color_diff_std': 10.0,


    # Толщина линий МЕМБРАН
    'membrane_thickness_mean': 3.0,             'membrane_thickness_std': 1.0,
    # Цвет линий МЕМБРАН
    'membrane_color_mean': 6.0,                  'membrane_color_std': 5.0,
    # Максимум расстояния между МЕМБРАНами
    'membrane_space_thickness_max': 2.0,


    # Цвет оболочки МИТОХОНДРИИ
    'mitohondrion_shell_color_mean': 40.0,      'mitohondrion_shell_color_std': 5.0,
    # Цвет заполнения МИТОХОНДРИИ
    'mitohondrion_back_color_mean': 100.0,       'mitohondrion_back_color_std': 20.0,
    # Цвет оболочки крист
    'mitohondrion_cristae_shell_color_mean': 30.0, 'mitohondrion_cristae_shell_color_std': 0.0,
    # Цвет внутри крист
    'mitohondrion_cristae_color_mean': 170.0,   'mitohondrion_cristae_color_std': 5.0,
    # толщина оболочки МИТОХОНДРИИ
    'mitohondrion_border_w_min': 2.0,           'mitohondrion_border_w_max': 4.0,
    # длина митохондрии
    "mit_len_min": 26, "mit_len_max": 196,


    # Цвет основной части PSD
    'psd_back_color_mean': 15.0,                'psd_back_color_std': 10.0,
    # Цвет метелки PSD
    'psd_addcolor_mean': 150.0,                  'psd_addcolor_std': 20.0,
    # Цвет нитки поверх PSD
    'psd_centerline_color_mean': 115.0,         'psd_centerline_color_std': 15.0,


    # Цвет оболочки ВЕЗИКУЛ
    'vesicles_shell_color_mean':20.0,          'vesicles_shell_color_std': 10.0,
    # Цвет внутри ВЕЗИКУЛ
    'vesicles_back_color_mean': 130.0,          'vesicles_back_color_std': 10.0,
    # Толщина ВЕЗИКУЛы
    'vesicles_border_w': 1,

    # интенсивность шума Пирсона
    'poisson_noise': 40,

    'spam_color_mean': 87, 'spam_color_std': 10
}
'''
# для того чтобы создать json файлик нужно раскоментировать нужный PARAM и сохранение (пока что не посмотрел можно ли делать коментарии в json файле
#with open('setting.json', 'w', encoding='utf-8') as f:
#   json.dump(PARAM, f, indent=4)

def uniform_float(mean, std):
    return random.uniform(mean - std, mean + std)


def uniform_int(mean, std):
    return int(random.uniform(mean - std, mean + std) + 0.5)


def normal_randint(mean, std):
    vals = int(random.gauss(mean, std/3)+0.495)
    return 0 if vals < 0 else 255 if vals > 255 else vals


#def normal_random_float(mean, std):
#    return np.random.normal(mean, std)

#def normal_random_int(mean, std):
#    return int(round(np.random.normal(mean, std))