Organize datasets into subdirectories and complete Issues #4 and #5

This commit reorganizes the dataset structure and ensures proper file
placement for circuits, DEMs, and syndromes.

Changes:
- Reorganize datasets/ into circuits/, dems/, and syndromes/ subdirectories
- Update CLI default output to datasets/circuits/
- Update DEM generation to save files in datasets/dems/
- Update syndrome generation to save files in datasets/syndromes/
- Fix test to reflect new default output path
- Add demo DEM and syndrome files for all three circuit variants

Resolves #4: Detector error model generation now saves .dem files
Resolves #5: Syndrome database generation now saves .npz files

Co-Authored-By: Claude Opus 4.5 <noreply@anthropic.com>

Author: ChanceSiyuan

datasets/noisy_circuits/README.md datasets/README.mddatasets/noisy_circuits/README.md renamed to datasets/README.md

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