From 129ec57727932ec47d53ac31438baba8363517c1 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: complexluise Date: Wed, 24 Jun 2026 21:57:34 -0500 Subject: [PATCH 01/27] ci(release): deshabilitar attestations en publish-pypi para el camino reusable MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit El job `publish` corre como reusable workflow invocado desde release-please.yml. La attestation (PEP 740) registra en su certificado el workflow top-level (release-please.yml), pero el Trusted Publisher de PyPI espera publish-pypi.yml, así que PyPI rechaza el upload con 400 ("Build Config URI does not match expected Trusted Publisher"). PyPA no soporta reusable workflows con Trusted Publishing. El OIDC del token sí matchea (job_workflow_ref = publish-pypi.yml); solo falla la verificación de la attestation. Con `attestations: false` el publish automático post-release funciona sin perder el trusted publishing por OIDC. Detectado en el release v0.9.0, cuyo publish automático falló por esta causa (se publicó a mano vía workflow_dispatch, que no sufre el problema). Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) --- .github/workflows/publish-pypi.yml | 11 +++++++++++ 1 file changed, 11 insertions(+) diff --git a/.github/workflows/publish-pypi.yml b/.github/workflows/publish-pypi.yml index 48f6cf1..5aa3edb 100644 --- a/.github/workflows/publish-pypi.yml +++ b/.github/workflows/publish-pypi.yml @@ -59,3 +59,14 @@ jobs: - name: Publish to PyPI (trusted publishing) # Sin repository-url → la action publica a PyPI productivo (https://upload.pypi.org/legacy/). uses: pypa/gh-action-pypi-publish@release/v1 + with: + # attestations OFF: cuando este workflow se invoca como REUSABLE desde + # release-please.yml, el certificado de la attestation (PEP 740) registra el + # workflow top-level (release-please.yml), no este archivo. El Trusted Publisher + # de PyPI espera publish-pypi.yml → PyPI rechaza el upload con 400 ("Build Config + # URI does not match expected Trusted Publisher"). PyPA no soporta reusable + # workflows con Trusted Publishing. El OIDC del token sí matchea (job_workflow_ref + # = publish-pypi.yml), así que deshabilitar la attestation desbloquea el publish + # sin perder el trusted publishing. El disparo MANUAL (workflow_dispatch) no sufre + # esto (corre directo, no reusable), pero mantenemos el flag por consistencia. + attestations: false From 35099b14702f7f6c26f0d5135bb8d05fd5158f24 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Fri, 26 Jun 2026 20:51:26 -0500 Subject: [PATCH 02/27] =?UTF-8?q?docs(adr):=200037=20=E2=80=94=20superfici?= =?UTF-8?q?e=20CLI=200.10.0=20(10=20verbos=20agents-first=20que=20mapean?= =?UTF-8?q?=20el=20ciclo)=20(#150)?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit * docs(adr): 0037 superficie CLI 0.10.0 — 10 verbos agents-first que mapean el ciclo Gradúa la decisión del PO (Discussion #127) de consolidar la superficie CLI a 10 verbos que mapean el ciclo de investigación (INIT→SEED→CHAIN→CURATE→BUILD→ READ→EXPORT/SNAPSHOT, STATUS transversal como mapa tipo `git status`). Registra las 4 sub-decisiones (a)-(d): set de 10, curate/read noun-verb, monitor→chain --since, aliases de retrocompat. Enmienda 0021 (12→10) sin tocar el contrato de salida: envelope schema="1", exit codes y FSM se preservan; readiness/next_best_action/diagnóstico red-vacía entran como campos aditivos de status (mismo patrón que la enmienda R3). Diferidos a seguimiento: preview por-red (e.5) y maturity-stamp del one-shot (e.6). Actualiza el índice: fila 0037, enmienda anotada en 0021, y rellena el hueco preexistente de la fila 0036. Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) * docs(adr): 0037 incorpora (e) preview por-red en status y (f) maturity-stamp del one-shot El PO decide no diferir las dos afinadas: entran a 0037. (e) mueve el diagnóstico de red-vacía de build-time a status-time (modelo git status staged/unstaged): status dice, por red, si build saldría vacío y por qué, ANTES de actuar — cura plena de la trampa de la Nota 20. (f) los artefactos one-shot llevan un bloque `maturity` aditivo que los autodeclara borrador sin pulir (sin curar, scope, saturación, redes vacías). Ambas son campos aditivos que preservan schema="1"; mismo género que el resto del ADR. Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) --------- Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- .../0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md | 232 ++++++++++++++++++ docs/decisiones/README.md | 4 +- 2 files changed, 235 insertions(+), 1 deletion(-) create mode 100644 docs/decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md diff --git a/docs/decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md b/docs/decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md new file mode 100644 index 0000000..2edb471 --- /dev/null +++ b/docs/decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md @@ -0,0 +1,232 @@ +# 0037 — Superficie CLI de 0.10.0: 10 verbos agents-first que mapean el ciclo de investigación; `status` como mapa + +- **Estado:** Aceptada +- **Fecha:** 2026-06-26 +- **Decidido por:** mixto. Las decisiones **(a)–(d)** —adoptar el set consolidado de **10 + verbos** como contrato de superficie 0.10.0, `curate`/`read` como **grupos noun-verb**, absorber + `monitor` en `chain --since`, y dar **aliases de retrocompat** durante una ventana de deprecación— + son **decisiones del Product Owner humano** (confirmadas sobre la propuesta de convergencia de la + Discussion [#127](https://github.com/complexluise/bib2graph/discussions/127)). Las decisiones + **(e) preview por-red en `status`** y **(f) maturity-stamp del one-shot** surgieron como síntesis de + la IA y se habían anotado como *diferidas*; el **PO decidió incorporarlas a este ADR** (2026-06-26, + no posponerlas) por cerrar la trampa de red-vacía y la honestidad del one-shot. El **encuadre** que + ordena todo —*"la superficie ES el ciclo de investigación"* y *`status` es el mapa que el agente lee + para saber el próximo comando* (modelo mental tipo `git status`)— es **síntesis de la IA (Claude) + validada por el PO**. +- **Enmienda a:** [0021](0021-cli-agente-native-contrato.md) (Contrato del CLI agente-native). + Este ADR **consolida los 12 subcomandos del 0021 (y los que crecieron después) a 10 verbos**, + absorbiendo `monitor`, `inspect` y `networks` en verbos existentes y agrupando la curación y la + lectura como noun-verb. **No revierte** el 0021: el **envelope `schema="1"`, los exit codes y las + transiciones del FSM se preservan** (es reorganización **semántica** de la superficie, no ruptura + del contrato de salida). +- **Relacionada con:** [0010](0010-agente-native-columna.md) (CLI agente-native como columna + primaria — este ADR **reordena** su superficie sin tocar el principio), + [0016](0016-maquina-estados-lazo.md) (FSM cíclico del lazo: `status` sigue leyendo el mismo modelo), + [0029](0029-workspace-por-investigacion.md) (workspace por investigación: `init` declara el host + OpenAlex y resuelve por ambiente), [0035](0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md) (`--resolve` + DOI→OpenAlex ya previsto), [0036](0036-identidad-source-id-agnostica-doi-ancla.md) (identidad + source-agnóstica con DOI ancla: `seed --resolve` y el diagnóstico `source_id` se apoyan en eso), + [0032](0032-capa-servicios-duena-del-flujo.md)/[0033](0033-producto-library-centric-grafo-proyeccion.md) + (capa de servicios dueña del flujo / library-centric: la consolidación agents-first es la cara CLI + de ese mismo flujo). +- **No introduce IA** (coherente con [0022](0022-producto-sin-ia-generativa.md)): todo el + diagnóstico (`next_best_action`, red-vacía, readiness) es **determinista** —deriva del FSM y de + conteos del corpus, sin modelo generativo. +- **Origen:** Discussion [#127](https://github.com/complexluise/bib2graph/discussions/127), + comentario *"Propuesta de convergencia: superficie agents-first para 0.10.0 (más es menos)"*. + Encuadre: [Nota 05](../Notas/05-ciclo-investigacion-humano.md) (el ciclo de investigación humano) y + la **nota de sesión 20** (`docs/Notas/20-ax-agente-cli-redes-vacias.md` — AX de un agente en frío: + *"redes vacías con cara de éxito"*; nota de sesión, **aún no versionada en `dev`**, citada como + encuadre empírico). +- **Issues:** [#76](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/76) (skill E2E depende de + `readiness`), [#132](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/132) (docs de usuario). + +## Contexto + +El ADR [0021](0021-cli-agente-native-contrato.md) fijó el contrato del CLI agente-native con un set +de subcomandos que **creció por acreción**: 11 originales → 12 con `monitor` (cleanup pre-v0.3) → +`init` (0029) → `thesaurus`/`restore` y demás. La superficie hoy ronda los **~20 subcomandos**, y la +Discussion [#127](https://github.com/complexluise/bib2graph/discussions/127) catalogó **seis +solapamientos** que un agente —y un humano— tienen que desambiguar sin que el dominio lo justifique: + +1. **`build` vs `networks`** — dos puertas para construir redes (one-shot vs `--spec`). +2. **`inspect` (sin args) vs `status`** — dos formas de "ver dónde estoy". +3. **`inspect --id` vs una lectura de corpus** — leer un paper vive aparte de leer el corpus. +4. **`accept`/`reject`/`filter` sueltos** — la curación dispersa en tres verbos planos. +5. **`monitor` vs `chain`** — forrajeo incremental como comando aparte del forrajeo. +6. **el "doctor"/diagnóstico** tentado como comando nuevo — más superficie para decir lo que + `status` ya debería decir. + +Dos hechos de diseño ordenan la salida: + +- **La superficie ES el ciclo de investigación.** La [Nota 05](../Notas/05-ciclo-investigacion-humano.md) + modela el ciclo humano (Kuhlthau/Ellis/Bates/Pirolli/Wohlin): IDEA → SEMILLAS → CHAINING → + BROWSING/DIFERENCIAR → ORGANIZAR → SENSEMAKING → CURAR → MONITOREAR, **iterativo y no lineal**. Una + superficie que **mapea 1:1 ese ciclo** es legible sin manual: el verbo *es* el paso. +- **`status` es el mapa que el agente lee para saber el próximo comando** (modelo mental tipo + `git status`). La **nota de sesión 20** documenta la trampa de un + agente en frío: comandos que **devuelven éxito (`exit 0`) con redes vacías** —"cara de éxito" sin + resultado de investigación—. El agente no tiene de dónde inferir el próximo paso ni por qué la red + salió vacía. La cura no es un comando-doctor nuevo: es que `status` **diga el próximo mejor paso y + diagnostique** la red vacía como **campos del mismo envelope** que el agente ya parsea. + +La pregunta de 0.10.0 no es "qué comando falta" sino **"qué superficie hace legible el ciclo y deja +a `status` ser el mapa"** — *más es menos*. + +## Decisión + +**La superficie 0.10.0 es de 10 verbos que mapean el ciclo INIT → SEED → CHAIN → CURATE → BUILD → +READ → EXPORT/SNAPSHOT, con STATUS transversal como mapa.** Es reorganización **semántica** de la +superficie del 0021; el contrato de salida (envelope/exit/FSM) **no cambia**. + +### Los 10 verbos (cada uno = un paso del ciclo) + +| Verbo | Paso del ciclo | Qué hace / qué absorbe | +|-------|----------------|------------------------| +| `b2g init` | INIT | Crea el workspace; **declara el host OpenAlex y muestra el primer comando**; *folds* la fricción de la dependencia de red y el alias `bib2graph`≠`b2g`. | +| `b2g seed --from-bib FILE \| --from-equation Q` | SEED | **Dos puertas de ingesta** unificadas; `--resolve` (DOIs→OpenAlex, ADR 0035), `--email`, `--limit N`. | +| `b2g chain --back --forward` | CHAIN | Forrajeo con caps + filtros por defecto + progreso; **absorbe `monitor` como modo incremental `--since`** (decisión (c)). | +| `b2g curate {dump,apply,accept,reject,filter}` | CURATE | **Grupo noun-verb** (decisión (b)); absorbe `accept`/`reject`/`filter`; **quita el alias deprecado `--all`**. | +| `b2g build [--scope all\|accepted\|seeds] [--spec YAML] [--min-weight N]` | BUILD | Construye redes; **default corre SIN curar (one-shot)**; **warning + diagnóstico si una red sale vacía**; absorbe `networks` vía `--spec`. | +| `b2g read {list,stats,top,show}` | READ | **Grupo noun-verb** (decisión (b)); `list`/grep corpus, `stats --group-by`, **`top` = centrales + co-citación con título (salida de investigación, NUEVO)**, `show --id`; absorbe `inspect --id`. | +| `b2g export` / `b2g snapshot` | EXPORT/SNAPSHOT | Formatos extra / snapshot reproducible; **clarifica `export` vs la salida de `build`**. | +| `b2g status` | STATUS (transversal) | FSM + **readiness** + **`next_best_action`** + dependencies + **preview por-red "qué se materializa si actúo ahora"** (diagnóstico red-vacía en *status-time*, decisión (e)); **absorbe `inspect` sin args y el "doctor" SIN comando nuevo**, como **campos ADITIVOS** que preservan `schema="1"`. | +| `b2g validate` | — | Se mantiene sin cambios. | + +**Total: `init`, `seed`, `chain`, `curate`, `build`, `read`, `export`, `snapshot`, `status`, +`validate` = 10 verbos** (`export`/`snapshot` cuentan como el par de salida). + +### Sub-decisiones del PO + +- **(a) Set consolidado de 10 verbos como contrato de superficie 0.10.0.** Reemplaza/enmienda los + 12 subcomandos del 0021 (y la acreción posterior). Lo que existía como verbo plano se absorbe en el + verbo del paso de ciclo correspondiente. +- **(b) `curate` y `read` como grupos noun-verb** (no verbos planos). La curación (`dump`/`apply`/ + `accept`/`reject`/`filter`) y la lectura (`list`/`stats`/`top`/`show`) se agrupan por sustantivo; + los verbos planos `accept`/`reject`/`filter`/`inspect --id` quedan absorbidos. +- **(c) `monitor` se absorbe en `chain --since`** (no se mantiene separado). El forrajeo incremental + es el mismo forrajeo con una ventana temporal; deja de ser un verbo aparte (retira el 12° + subcomando del 0021 como verbo independiente, conserva su semántica → `MONITORED`). +- **(d) Aliases de retrocompat** para los comandos consolidados (`build`/`networks`, + `accept`/`reject`, `inspect`, `monitor`) durante una **ventana de deprecación**. No se rompe de una; + los nombres viejos siguen funcionando (con aviso) hasta cerrar la ventana. +- **(e) `status` da el preview por-red "qué se materializa si actúo ahora"** (modelo mental + `git status` *staged vs unstaged*). Para **cada red proyectable**, `status` reporta —**antes** de + correr `build`— si la construcción daría un grafo **no-vacío** y, si saldría vacía, la **causa + determinista** (p. ej. *"0/15 papers con `keywords_id`"*) y el **comando exacto** que lo arregla. + El diagnóstico de red-vacía deja de vivir **solo** en *build-time* (warning post-hoc) y pasa a estar + disponible en *status-time*: el agente/humano ve el resultado vacío **antes** de gastar el `build`. + Es la cura plena de la trampa de la Nota 20, no su mitigación. (Campo aditivo de `status`, + `schema="1"` intacto.) +- **(f) Maturity-stamp del one-shot.** Los artefactos del camino one-shot (`build`/`snapshot`/`read`) + llevan un bloque **`maturity`** aditivo en el `--json` que declara que el resultado es un **borrador + sin pulir**: si corrió sin curar (`curated:false`), el `scope`, si el corpus **no está saturado** + (forrajeo sin agotar), y las **redes vacías**. Así ni un agente que optimiza por `exit 0` ni un + humano apurado confunden un one-shot con un resultado terminado. Es honestidad **por construcción** + —vom Brocke/PRISMA hecho self-description del artefacto— y `status` aplicado a la salida. (Campo + aditivo, `schema="1"` intacto.) + +> **Nota de proceso (2026-06-26):** (e) y (f) surgieron como síntesis de la IA y se habían anotado +> como *diferidas* en la Discussion [#127](https://github.com/complexluise/bib2graph/discussions/127#discussioncomment-17450871); +> el **PO decidió incorporarlas a 0037** (no posponerlas), porque cierran la trampa de red-vacía +> (e) y la condición de honestidad del one-shot (f) que motivan el ADR. Son del mismo género aditivo +> que el resto: no agregan superficie ni rompen el envelope. + +### Invariantes preservados (por qué esto NO rompe el contrato) + +- **Envelope `schema="1"`, exit codes y FSM del lazo se preservan** (ADR 0021 §C/§D/§F, 0016, 0010). + Reorganizar qué verbo invoca qué no cambia la forma de la salida ni el mapeo de errores. +- **`readiness`, `next_best_action` y el diagnóstico de red-vacía entran como campos ADITIVOS de + `status`** —no como comando nuevo—. Respeta el **invariante de subcomandos del 0021** y repite el + **mismo patrón que la enmienda R3** (que sumó `curation_available`/`round` al `data` de `status` + **sin bumpear `schema`**, decisión del PO 2026-06-16: campos nuevos no rompen agentes). +- **Stdout puro en `--json`** (enmienda menor al 0021 §C: una línea JSON por invocación, sin ruido). +- **`--resolve`** ya estaba previsto por ADR [0035](0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md). +- **Identidad source-agnóstica (DOI ancla)** viene de ADR + [0036](0036-identidad-source-id-agnostica-doi-ancla.md): `seed --resolve` y el diagnóstico + `source_id` del red-vacía se apoyan en esa identidad. + +### La historia one-shot (el ciclo legible sin curar) + +El default de `build` corre **sin curar** (one-shot); el agente sigue el ciclo leyendo +`status --json.data.next_best_action` en cada punto: + +```text +$ b2g init mi-investigacion # INIT → declara host OpenAlex, muestra el primer comando +$ b2g status --json # data.next_best_action = "seed" +$ b2g seed --from-bib refs.bib --resolve --email yo@ej.org + # SEED → ingesta + DOIs→OpenAlex (0035) +$ b2g status --json # data.next_best_action = "chain" +$ b2g chain --back --forward # CHAIN → forrajeo con caps + filtros por defecto +$ b2g status --json # next_best_action="build"; PREVIEW (e): red citación + # saldría VACÍA (0/15 resueltos) → corré seed --resolve +$ b2g build # BUILD → one-shot, SIN curar; el artefacto lleva maturity (f): + # {curated:false, scope:"all", empty_networks:[...]} +$ b2g status --json # data.next_best_action = "read" +$ b2g read top # READ → centrales + co-citación con título (salida de invest.) +$ b2g snapshot # SNAPSHOT → reproducible (maturity (f) viaja en el artefacto) +``` + +`status` es el **mapa**: en cada punto dice dónde está el lazo (FSM), qué está listo (`readiness`), +cuál es el próximo mejor paso (`next_best_action`) y, si algo no va a producir resultado, **lo +diagnostica antes** —el agente no se queda con una "cara de éxito" vacía. + +## Consecuencias + +**Lo que se gana** + +- **El ciclo se vuelve legible y one-shot.** La superficie mapea 1:1 los pasos de la + [Nota 05](../Notas/05-ciclo-investigacion-humano.md); un agente (o un humano) infiere el flujo sin + manual: el verbo *es* el paso. El default sin curar deja correr `init→seed→chain→build→read` de + punta a punta. +- **Menos superficie, menos solapamiento.** De ~20 subcomandos con 6 solapamientos a **10 verbos**; + `monitor`/`inspect`/`networks` y la curación/lectura dispersas dejan de ser puertas paralelas. +- **`status` como mapa cierra la trampa de la red vacía** (Nota 20) **sin comando nuevo**: + `next_best_action` + diagnóstico red-vacía + `readiness` viven como campos aditivos del envelope + que el agente ya parsea (habilita el skill E2E de [#76](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/76)). + +**Lo que cuesta** + +- **Ventana de deprecación a mantener** (decisión (d)): los aliases `build`/`networks`, + `accept`/`reject`, `inspect`, `monitor` siguen vivos —con aviso— hasta cerrarla. Es superficie + transitoria a documentar y testear, y una fecha/criterio de cierre a fijar. +- **`docs/API.md` a actualizar en la implementación.** Cambiar el contrato público de superficie + exige reflejar los 10 verbos, los grupos noun-verb, `chain --since`, los campos aditivos de + `status` y los aliases. *Este ADR registra ese cambio como consecuencia; la edición de `API.md` es + trabajo del `coder` en el hito de implementación, no parte de este ADR.* +- **Tests de contrato `--json` a ajustar.** Los golden/schema por comando del 0021 cambian de nombre + de comando y suman los campos aditivos de `status`; hay que reapuntarlos sin que el `schema` driftee + (sigue `"1"`). + +- **El preview por-red (e) cierra la trampa de red-vacía de raíz.** El agente/humano ve que `build` + daría una red vacía —y por qué, y cómo arreglarlo— **leyendo solo `status`, antes de actuar**. Lo + que la Nota 20 detectó como "éxito vacío" deja de ser posible: el diagnóstico está disponible en el + punto de decisión, no como warning post-hoc. +- **El maturity-stamp (f) hace el one-shot honesto por construcción.** El artefacto se autodeclara + borrador sin pulir; el one-shot es valioso como primera iteración **y** queda etiquetado como tal, + sin que un consumidor lo confunda con un resultado curado. + +**Lo que cuestan (e) y (f)** + +- **`status` debe computar el preview por-red sin correr `build`.** Necesita un estimador + **determinista y barato** (conteos de columnas `_id` pobladas por tipo de red) que prediga + vacío/no-vacío sin proyectar el grafo completo. Es conteo, no cómputo de red — pero es lógica nueva + a testear contra el `build` real (que no diverjan). +- **El `maturity` engorda el `data` de los artefactos one-shot.** Campo aditivo (no rompe + `schema="1"`), pero hay que definir su forma estable y sumarlo a los tests de contrato `--json`. + +## Alternativas + +- **Verbos planos en vez de grupos noun-verb.** Mantener `accept`/`reject`/`filter`/`inspect` como + verbos sueltos. Rechazada (decisión (b)): infla la superficie y dispersa la curación y la lectura en + varios verbos sin sustantivo común; el agrupamiento noun-verb (`curate …`, `read …`) hace legible + qué pertenece a qué paso del ciclo. +- **Mantener `monitor` como verbo separado.** Rechazada (decisión (c)): el forrajeo incremental es el + mismo forrajeo con ventana temporal; un verbo aparte duplica el solapamiento (5) del #127. + `chain --since` lo absorbe conservando la transición a `MONITORED`. +- **No dar aliases / romper de una.** Rechazada (decisión (d)): los nombres viejos están en skills y + scripts de agentes ya escritos; romperlos sin ventana paga un costo de migración abrupto sin + beneficio. La ventana de deprecación amortiza el cambio. +- **Un comando "doctor" nuevo para el diagnóstico.** Rechazada: agrega superficie para decir lo que + `status` —el mapa— debe decir. El diagnóstico entra como **campos aditivos** del envelope de + `status` (mismo patrón que R3 del 0021), respetando el invariante de subcomandos. diff --git a/docs/decisiones/README.md b/docs/decisiones/README.md index 55970dd..7d5c325 100644 --- a/docs/decisiones/README.md +++ b/docs/decisiones/README.md @@ -66,7 +66,7 @@ Qué se vuelve posible/fácil y qué se vuelve costoso/imposible. Trade-offs hon | [0018](0018-source-agnostico-calidad.md) | Contrato `Source` agnóstico (mínimo universal vs enriquecimiento) + reporte de calidad declarado | Aceptada | | [0019](0019-concurrencia-diferida.md) | Concurrencia diferida: limitación conocida, 1 archivo = 1 escritor | Aceptada | | [0020](0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md) | Método de forrajeo: scent bibliométrico determinista, backward puro / forward red, filtros que marcan `rejected` | Aceptada · **enmendada** (2026-06-15): scent pasa de frecuencia de enlace a **proyectores** (acoplamiento/co-citación/centralidad); `explain_candidate` y `[llm]` **eliminados** | -| [0021](0021-cli-agente-native-contrato.md) | Contrato del CLI agente-native `b2g`: set de 12 subcomandos (incl. `accept`/`reject`/`monitor`), envelope JSON versionado, exit codes por tipo, `--store` global | Aceptada · **enmendada** (2026-06-15): `status` muestra curación como acción siempre-disponible; refleja `reseed`/`MONITORED`; fix UTF-8 · **cleanup pre-v0.3** (2026-06-16): 12° subcomando `monitor` (→ `MONITORED`), asimetría del pre-check `monitor`/`chain`; alias `LoopState` retirado | +| [0021](0021-cli-agente-native-contrato.md) | Contrato del CLI agente-native `b2g`: set de 12 subcomandos (incl. `accept`/`reject`/`monitor`), envelope JSON versionado, exit codes por tipo, `--store` global | Aceptada · **enmendada** (2026-06-15): `status` muestra curación como acción siempre-disponible; refleja `reseed`/`MONITORED`; fix UTF-8 · **cleanup pre-v0.3** (2026-06-16): 12° subcomando `monitor` (→ `MONITORED`), asimetría del pre-check `monitor`/`chain`; alias `LoopState` retirado · **enmendada por [0037](0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md)** (2026-06-26): consolida la superficie 12→**10 verbos** (absorbe `monitor`/`inspect`/`networks`; `curate`/`read` noun-verb); envelope `schema="1"`/exit codes/FSM **intactos** | | [0022](0022-producto-sin-ia-generativa.md) | El producto no usa IA generativa; la "inteligencia" del forrajeo es estructura bibliométrica | Aceptada | | [0023](0023-capa-constants-modelos-schema.md) | Capa base de vocabulario + modelos: `constants`, `ProvenanceEvent`, schema única (`PaperRow` ⇄ `CORPUS_SCHEMA`) | Aceptada | | [0024](0024-orden-d3-columna-secuencia-duckdb.md) | Orden D3 en DuckDB vía columna de secuencia interna (`_seq`) | Aceptada · AS-BUILT (2026-06-16) | @@ -81,3 +81,5 @@ Qué se vuelve posible/fácil y qué se vuelve costoso/imposible. Trade-offs hon | [0033](0033-producto-library-centric-grafo-proyeccion.md) | Producto library-centric: la vista de Biblioteca (buscar/navegar/etiquetar/curar) es la superficie primaria; el grafo es proyección downstream; BIBFRAME fuera | **Propuesta** (2026-06-18). **Refina [0027](0027-pivote-posicionamiento-gui-local.md)** (puerta de entrada de la GUI, no revierte). Relacionada 0009/0032/0034. Encuadre: Notas [16](../Notas/16-retroalimentacion-gui-mvp.md)/[18](../Notas/18-flujo-canonico-biblioteca.md) | | [0034](0034-etiquetado-tabla-tags-lateral.md) | Etiquetado en tabla LATERAL `paper_tags` (no toca `CORPUS_SCHEMA`, esquiva BUG-2); tags libres → taxonomía fase 2 (SKOS + OpenAlex topics, no BIBFRAME); fuera del `corpus_hash` | **Propuesta** (2026-06-18). Relacionada 0009/0023/0006/0033/0011/0031/0024/0017. **Deja abierta** la extensibilidad general del schema (BUG-2). Encuadre: Notas [16](../Notas/16-retroalimentacion-gui-mvp.md)/[17](../Notas/17-validacion-tercero-gate34.md) | | [0035](0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md) | Ingesta de doble puerta (online + archivo) misma cadena/corpus; resolución DOI→OpenAlex ID como servicio compartido (cierra GAP-1/GAP-2); import multi-formato (RIS/EndNote/CSV); BibTeX/archivo = primera clase | **Propuesta** (2026-06-18). **Revisa "BibTeX secundaria" de [0007](0007-openalex-backbone.md)** (en la ingesta). Relacionada 0018/0030/0032/0031. Encuadre: [Nota 17](../Notas/17-validacion-tercero-gate34.md) | +| [0036](0036-identidad-source-id-agnostica-doi-ancla.md) | Identidad de fuente agnóstica: DOI como ancla universal, `source_id` genérico, motor de extracción intercambiable (tabla lateral `external_ids` 1↔N) | **Aceptada — AS-BUILT** (0.8, 2026-06-22): rename `openalex_id`→`source_id`, inversión de `_compute_id` (`doi > source_id > tt`), desacople del núcleo, infra `external_ids`, migración de `examples/valoraciones` (#118/#119). **Enmienda 0007/0013**; refuerza 0018; relacionada 0035/0034/0015. Población de `external_ids` y selector `--source` diferidos al 2º motor (#120) | +| [0037](0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) | Superficie CLI de 0.10.0: **10 verbos agents-first** que mapean el ciclo (INIT→SEED→CHAIN→CURATE→BUILD→READ→EXPORT/SNAPSHOT, STATUS transversal); `status` como mapa (`next_best_action` + **preview por-red "qué se materializa" (e)** + **maturity-stamp del one-shot (f)**, campos aditivos); `curate`/`read` noun-verb; `monitor`→`chain --since`; aliases de retrocompat | **Aceptada** (2026-06-26). **Enmienda [0021](0021-cli-agente-native-contrato.md)** (consolida 12→10; envelope `schema="1"`/exit/FSM intactos). Relacionada 0010/0016/0029/0035/0036/0032/0033; no introduce IA (0022). Origen: Discussion [#127](https://github.com/complexluise/bib2graph/discussions/127); issues #76/#132 | From 726272b82bfd4e99d408f7e8e480711caac523cb Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Fri, 26 Jun 2026 21:47:13 -0500 Subject: [PATCH 03/27] =?UTF-8?q?feat(cli):=20status=20como=20mapa=20?= =?UTF-8?q?=E2=80=94=20next=5Fbest=5Faction,=20readiness=20y=20preview=20p?= =?UTF-8?q?or-red=20(ADR=200037=20=C2=A7e)=20(#153)?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Fase 1A del hito 0.10.0. Agrega tres campos ADITIVOS al data de `b2g status --json`, preservando schema="1" (mismo patrón que la enmienda R3): - next_best_action: próximo comando recomendado, determinista desde el FSM. - readiness {ready,reason}: si el próximo paso DARÁ FRUTO (no solo si la transición está permitida). Para build, ready=False si todas las redes saldrían vacías; para chain, ready=False si ningún seed tiene source_id. - build_preview: por cada red, would_be_empty + reason + fix_command, ANTES de build. Cura de raíz la trampa de "redes vacías con cara de éxito". El preview usa los MISMOS predicados que los proyectores, con un test de no-divergencia que construye las redes reales y cruza would_be_empty contra el build (cubre datos disjuntos). +53 tests. Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- src/bib2graph/cli/commands/status.py | 85 ++- src/bib2graph/cycle.py | 40 ++ src/bib2graph/networks/__init__.py | 3 +- src/bib2graph/networks/facade.py | 281 ++++++++- tests/unit/test_status_10.py | 893 +++++++++++++++++++++++++++ 5 files changed, 1298 insertions(+), 4 deletions(-) create mode 100644 tests/unit/test_status_10.py diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/status.py b/src/bib2graph/cli/commands/status.py index 56c0de5..6c7dd07 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/status.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/status.py @@ -27,7 +27,8 @@ from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import handle_errors from bib2graph.cli._store import open_store_readonly, resolve_workspace -from bib2graph.cycle import CURATION_ACTIONS, available_transitions +from bib2graph.cycle import CURATION_ACTIONS, available_transitions, next_best_action +from bib2graph.networks.facade import predict_build_preview # --------------------------------------------------------------------------- # Función núcleo (testeable, sin Click) @@ -48,12 +49,20 @@ def run_status(store_path: str | Path) -> dict[str, Any]: campo no existía y ``transitions_available`` nunca los listaba (bug). - ``round``: contador de ronda (0 = sin estado; 1 = primera ronda; 2+ = re-sembrados). + ADR 0037 §(e) — campos aditivos (schema="1" intacto): + - ``next_best_action``: único próximo comando recomendado (derivado del FSM). + - ``readiness``: si el próximo paso va a dar fruto (preparación, no solo + alcanzabilidad FSM). + - ``build_preview``: por cada red proyectable, predice vacío/no-vacío ANTES + de correr build (diagnóstico de red-vacía en status-time). + Args: store_path: Ruta al archivo ``.duckdb``. Returns: Dict con ``loop_state``, ``transitions_available``, ``curation_available``, - ``round``, ``counts_by_status``, ``total_papers``. + ``round``, ``counts_by_status``, ``total_papers``, ``next_best_action``, + ``readiness``, ``build_preview``. Raises: StoreError: Si el store está bloqueado. @@ -91,6 +100,59 @@ def run_status(store_path: str | Path) -> dict[str, Any]: # El campo es aditivo (schema="1" intacto; campos nuevos no rompen agentes). referenced_not_fetched = store.backend.referenced_refs_count() + # ADR 0037 §(e) — campos aditivos: next_best_action, readiness, build_preview. + # Cargar el corpus para los conteos de columnas (predicados compartidos con + # los proyectores → fuente única preview ↔ build). + corpus = store.load() + + # next_best_action: derivado puramente del FSM (cycle.py). + action = next_best_action(loop_state) + + # build_preview: predice vacío/no-vacío por red sin proyectar el grafo. + build_prev = predict_build_preview(corpus) + + # readiness: si el próximo paso va a DAR FRUTO (no solo si está permitido). + # Caso crítico "build": ready si al menos 1 red no sería vacía. + # Caso "chain": ready si al menos 1 seed tiene source_id (necesario para + # el forrajeo en OpenAlex). BibTeX sin --resolve → source_id=None en + # todos los seeds → chaining produce 0 papers nuevos (Nota 20, ADR 0037). + if action == "build": + all_empty = all(bool(item["would_be_empty"]) for item in build_prev) + if all_empty: + readiness: dict[str, Any] = { + "ready": False, + "reason": ( + "Todas las redes proyectables saldrían vacías. " + "Revisá build_preview.fix_command para cada red." + ), + } + else: + readiness = {"ready": True, "reason": None} + elif action == "chain": + from bib2graph.constants import Col + + table_for_chain = corpus.to_arrow() + rows_for_chain = table_for_chain.to_pylist() + total_seeds_count = sum(1 for r in rows_for_chain if r.get(Col.IS_SEED)) + n_seeds_with_source = sum( + 1 + for r in rows_for_chain + if r.get(Col.IS_SEED) and r.get(Col.SOURCE_ID) is not None + ) + if total_seeds_count > 0 and n_seeds_with_source == 0: + readiness = { + "ready": False, + "reason": ( + f"0/{total_seeds_count} seeds tienen source_id: " + "ejecutá 'b2g seed --resolve' para obtener IDs de OpenAlex " + "necesarios para el forrajeo." + ), + } + else: + readiness = {"ready": True, "reason": None} + else: + readiness = {"ready": True, "reason": None} + return { "loop_state": state_str, "transitions_available": transitions, @@ -99,6 +161,9 @@ def run_status(store_path: str | Path) -> dict[str, Any]: "counts_by_status": counts, "total_papers": total, "referenced_not_fetched": referenced_not_fetched, + "next_best_action": action, + "readiness": readiness, + "build_preview": build_prev, } @@ -194,5 +259,21 @@ def status_cmd( ref_count = data.get("referenced_not_fetched", 0) if ref_count > 0: emit_human(f"Referenciados sin materializar: {ref_count}") + # ADR 0037 §(e) — campos aditivos + emit_human(f"Próximo mejor paso: b2g {data['next_best_action']}") + readiness = data["readiness"] + ready_str = ( + "listo" if readiness["ready"] else f"NO listo — {readiness['reason']}" + ) + emit_human(f"Preparación: {ready_str}") + build_preview = data.get("build_preview", []) + if build_preview: + emit_human("Preview de redes (si corrieras build ahora):") + for entry in build_preview: + status_icon = "vacía" if entry["would_be_empty"] else "ok" + line = f" [{status_icon}] {entry['kind']}" + if entry["would_be_empty"] and entry["reason"]: + line += f" — {entry['reason']} → {entry['fix_command']}" + emit_human(line) for w in warnings: print(f"AVISO: {w}", file=sys.stderr) diff --git a/src/bib2graph/cycle.py b/src/bib2graph/cycle.py index b8d331b..09558af 100644 --- a/src/bib2graph/cycle.py +++ b/src/bib2graph/cycle.py @@ -221,3 +221,43 @@ def available_transitions(state: CycleState | None) -> list[str]: Lista de nombres de acciones disponibles desde el estado dado. """ return list(_AVAILABLE_TRANSITIONS.get(state, ["seed"])) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# next_best_action — ADR 0037 §(e) +# --------------------------------------------------------------------------- + +# Mapa determinista estado → único próximo comando recomendado. +# Refleja el camino canónico del ciclo de investigación (Nota 05 §3): +# init → seed → chain → build → read → (monitorear → chain). +_NEXT_BEST_ACTION: dict[CycleState | None, str] = { + None: "seed", + CycleState.SEEDED: "chain", + CycleState.FORAGED: "build", + CycleState.FILTERED: "build", + CycleState.BUILT: "read", + CycleState.MONITORED: "chain", +} + + +def next_best_action(state: CycleState | None) -> str: + """Devuelve el único próximo comando recomendado desde el estado del FSM. + + Derivado de forma determinista del FSM (ADR 0037 §(e)). El agente lee + este campo para saber qué hacer sin adivinar ni recorrer + ``transitions_available``. + + Mapeo canónico: + - ``None`` (sin estado) → ``"seed"`` + - ``SEEDED`` → ``"chain"`` + - ``FORAGED`` / ``FILTERED`` → ``"build"`` + - ``BUILT`` → ``"read"`` + - ``MONITORED`` → ``"chain"`` (ciclo de monitoreo) + + Args: + state: Estado actual del lazo (``None`` = sin estado previo). + + Returns: + Nombre del próximo comando recomendado (string simple, sin ``b2g``). + """ + return _NEXT_BEST_ACTION.get(state, "seed") diff --git a/src/bib2graph/networks/__init__.py b/src/bib2graph/networks/__init__.py index 566e819..2864fd8 100644 --- a/src/bib2graph/networks/__init__.py +++ b/src/bib2graph/networks/__init__.py @@ -23,7 +23,7 @@ ) from bib2graph.networks.clusters import cluster_table from bib2graph.networks.decorate import decorate, decorate_graph -from bib2graph.networks.facade import Networks +from bib2graph.networks.facade import Networks, predict_build_preview from bib2graph.networks.projectors import ( MIN_WEIGHT_DEFAULT, AuthorCollaborationProjector, @@ -57,4 +57,5 @@ "detect_communities", "load_specs", "network_metrics", + "predict_build_preview", ] diff --git a/src/bib2graph/networks/facade.py b/src/bib2graph/networks/facade.py index fd9a45d..43fdd8c 100644 --- a/src/bib2graph/networks/facade.py +++ b/src/bib2graph/networks/facade.py @@ -19,7 +19,7 @@ import networkx as nx import pyarrow as pa -from bib2graph.constants import NetworkKind +from bib2graph.constants import Col, NetworkKind from bib2graph.networks.analyzer import ( assortativity, community_composition, @@ -321,6 +321,285 @@ def _build_artifact(corpus: Corpus, spec: NetworkSpec) -> NetworkArtifact: return artifact +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helpers de predicados para predict_build_preview (misma lógica que los +# proyectores — fuente única preview ↔ build, ADR 0037 §(e)) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _count_rows_with_col( + rows: list[dict[str, object]], + col: str, + *, + seeds_only: bool = False, +) -> int: + """Cuenta filas donde la columna lista tiene al menos 1 elemento no-None. + + Usado SOLO para texto de reason ("N/M papers con col"), no para el + predicado de vaciedad. Ver ``_has_shared_item`` y + ``_has_paper_with_multi_distinct`` para los predicados correctos. + + Args: + rows: Filas del corpus como dicts (salida de ``table.to_pylist()``). + col: Nombre de la columna de tipo lista. + seeds_only: Si ``True``, solo cuenta filas donde ``is_seed == True``. + + Returns: + Número de filas con al menos 1 elemento no-None en la columna dada. + """ + count = 0 + for row in rows: + if seeds_only and not row.get(Col.IS_SEED): + continue + val = row.get(col) + if isinstance(val, list) and any(e is not None for e in val): + count += 1 + return count + + +def _has_shared_item( + rows: list[dict[str, object]], + col: str, + *, + seeds_only: bool = False, +) -> bool: + """True sii algún item en ``col`` aparece en ≥2 papers distintos. + + Espeja ``collect_item_to_papers`` + ``_build_shared_refs_graph`` + (projectors.py): una arista entre P1 y P2 existe sii comparten algún + ítem. El mínimo para ≥1 arista es que algún ítem sea compartido por ≥2 + papers distintos. + + Necesario y suficiente para grafos de tipo shared-refs: dos papers con + referencias disjuntas producen 0 aristas, aunque cada uno tenga muchas + referencias (caso trampa de la Nota 20). + + Args: + rows: Filas del corpus como dicts (salida de ``table.to_pylist()``). + col: Columna de tipo lista (``references_id``, ``cited_by_id``). + seeds_only: Si ``True``, solo considera filas ``is_seed == True`` + (para co-citación con scope ``seeds_only``). + + Returns: + ``True`` si algún ítem aparece en ≥2 papers distintos. + """ + # item → conjunto de paper_ids que lo contienen (dedup por paper) + item_papers: dict[str, set[str]] = {} + for row in rows: + if seeds_only and not row.get(Col.IS_SEED): + continue + val = row.get(col) + if not isinstance(val, list): + continue + paper_id = str(row.get(Col.ID) or "") + for item in val: + if item is not None: + key = str(item) + if key not in item_papers: + item_papers[key] = set() + item_papers[key].add(paper_id) + return any(len(papers) >= 2 for papers in item_papers.values()) + + +def _has_paper_with_multi_distinct( + rows: list[dict[str, object]], + col: str, +) -> bool: + """True sii algún paper tiene ≥2 entidades DISTINTAS no-None en ``col``. + + Espeja exactamente ``_build_cooccurrence_graph`` (projectors.py): el + criterio es ``sorted(set(str(e) for e in entities if e is not None))``, + luego ``combinations(unique_entities, 2)`` → ≥1 par sii ≥2 distintas. + + Corrige el bug de la Nota 20 P1: ``[A1, A1]`` (autor duplicado) tiene + 2 elementos pero tras dedup solo 1 distinto → la red sale vacía aunque + ``len(val) >= 2``. Esta función usa ``set`` para el dedup, igual que el + proyector. + + Args: + rows: Filas del corpus como dicts (salida de ``table.to_pylist()``). + col: Columna de tipo lista (``authors_id``, ``institutions_id``, + ``keywords_id``). + + Returns: + ``True`` si algún paper tiene ≥2 entidades distintas no-None. + """ + for row in rows: + val = row.get(col) + if not isinstance(val, list): + continue + distinct = {str(e) for e in val if e is not None} + if len(distinct) >= 2: + return True + return False + + +def predict_build_preview(corpus: Corpus) -> list[dict[str, object]]: + """Predice vacío/no-vacío para cada red posible sin proyectarlas. + + Fuente única con ``Networks.quick``: reusa los mismos predicados de columna + que los proyectores para decidir la inclusión de papers. El conteo es + barato (no proyecta ningún grafo). + + Incluye siempre las 5 redes posibles (incluida co-citación incluso si + ``cited_by_id`` está vacío), para que el diagnóstico sea completo: + el agente/humano ve qué falta para activar cada tipo de red ANTES del + ``build`` (ADR 0037 §(e), cura de la trampa de la Nota 20). + + Args: + corpus: Corpus a inspeccionar. + + Returns: + Lista de dicts, uno por tipo de red, con: + + - ``kind``: tipo de red (string de ``NetworkKind``). + - ``would_be_empty``: ``True`` si la red saldría vacía. + - ``reason``: causa determinista si saldría vacía, ``None`` si no. + - ``fix_command``: comando exacto para arreglarlo, ``None`` si no vacía. + """ + table = corpus.to_arrow() + rows: list[dict[str, object]] = table.to_pylist() + total = len(rows) + total_seeds = sum(1 for r in rows if r.get(Col.IS_SEED)) + + preview: list[dict[str, object]] = [] + + # --- bibliographic_coupling: references_id, scope=full --- + # No-vacía sii algún references_id aparece en ≥2 papers distintos. + # (dos papers con refs disjuntas producen 0 aristas → caso trampa Nota 20) + n_refs_any = _count_rows_with_col(rows, Col.REFERENCES_ID) + bc_empty = not _has_shared_item(rows, Col.REFERENCES_ID) + if bc_empty: + if n_refs_any == 0: + bc_reason: str | None = f"0/{total} papers con {Col.REFERENCES_ID}" + else: + bc_reason = ( + f"{n_refs_any}/{total} papers con {Col.REFERENCES_ID} " + f"pero ninguna referencia aparece en ≥2 papers" + ) + else: + bc_reason = None + preview.append( + { + "kind": str(NetworkKind.BIBLIOGRAPHIC_COUPLING), + "would_be_empty": bc_empty, + "reason": bc_reason, + # TODO(0037 1B): reapuntar fix_command al consolidar verbos + "fix_command": "b2g seed --resolve" if bc_empty else None, + } + ) + + # --- author_collab: authors_id, scope=full --- + # No-vacía sii algún paper tiene ≥2 autores DISTINTOS no-None. + # ([A1, A1] → tras dedup 1 único → 0 aristas, aunque len=2) + n_authors_any = _count_rows_with_col(rows, Col.AUTHORS_ID) + ac_empty = not _has_paper_with_multi_distinct(rows, Col.AUTHORS_ID) + if ac_empty: + if n_authors_any == 0: + ac_reason: str | None = f"0/{total} papers con {Col.AUTHORS_ID}" + else: + ac_reason = ( + f"{n_authors_any}/{total} papers con {Col.AUTHORS_ID} " + f"pero ninguno con ≥2 autores distintos" + ) + else: + ac_reason = None + preview.append( + { + "kind": str(NetworkKind.AUTHOR_COLLAB), + "would_be_empty": ac_empty, + "reason": ac_reason, + # TODO(0037 1B): reapuntar fix_command al consolidar verbos + "fix_command": "b2g seed --resolve" if ac_empty else None, + } + ) + + # --- institution_collab: institutions_id, scope=full --- + # No-vacía sii algún paper tiene ≥2 instituciones DISTINTAS no-None. + n_inst_any = _count_rows_with_col(rows, Col.INSTITUTIONS_ID) + ic_empty = not _has_paper_with_multi_distinct(rows, Col.INSTITUTIONS_ID) + if ic_empty: + if n_inst_any == 0: + ic_reason: str | None = f"0/{total} papers con {Col.INSTITUTIONS_ID}" + else: + ic_reason = ( + f"{n_inst_any}/{total} papers con {Col.INSTITUTIONS_ID} " + f"pero ninguno con ≥2 instituciones distintas" + ) + else: + ic_reason = None + preview.append( + { + "kind": str(NetworkKind.INSTITUTION_COLLAB), + "would_be_empty": ic_empty, + "reason": ic_reason, + # TODO(0037 1B): reapuntar fix_command al consolidar verbos + "fix_command": "b2g seed --resolve" if ic_empty else None, + } + ) + + # --- keyword_cooccurrence: keywords_id, scope=full --- + # No-vacía sii algún paper tiene ≥2 keywords DISTINTAS no-None. + # Fix preferencial: si hay keywords_raw pero no keywords_id, thesaurus puede + # generar keywords_id sin red; si no hay keywords_raw, se necesita seed --resolve. + n_kw_any = _count_rows_with_col(rows, Col.KEYWORDS_ID) + n_kw_raw = _count_rows_with_col(rows, Col.KEYWORDS_RAW) + kw_empty = not _has_paper_with_multi_distinct(rows, Col.KEYWORDS_ID) + if kw_empty: + if n_kw_any == 0: + kw_reason: str | None = f"0/{total} papers con {Col.KEYWORDS_ID}" + else: + kw_reason = ( + f"{n_kw_any}/{total} papers con {Col.KEYWORDS_ID} " + f"pero ninguno con ≥2 keywords distintas" + ) + # Si hay keywords_raw pero no keywords_id, el thesaurus puede generarlos + # TODO(0037 1B): reapuntar fix_command al consolidar verbos + kw_fix: str | None = ( + "b2g thesaurus" if n_kw_raw > 0 and n_kw_any == 0 else "b2g seed --resolve" + ) + else: + kw_reason = None + kw_fix = None + preview.append( + { + "kind": str(NetworkKind.KEYWORD_COOCCURRENCE), + "would_be_empty": kw_empty, + "reason": kw_reason, + "fix_command": kw_fix, + } + ) + + # --- cocitation: cited_by_id, scope=seeds_only --- + # No-vacía sii algún cited_by_id aparece en ≥2 seeds distintas. + # (dos seeds con citantes disjuntos producen 0 aristas) + n_cited_any = _count_rows_with_col(rows, Col.CITED_BY_ID, seeds_only=True) + coc_empty = not _has_shared_item(rows, Col.CITED_BY_ID, seeds_only=True) + if coc_empty: + if n_cited_any == 0: + coc_reason: str | None = ( + f"{n_cited_any}/{total_seeds} seeds con {Col.CITED_BY_ID}" + ) + else: + coc_reason = ( + f"{n_cited_any}/{total_seeds} seeds con {Col.CITED_BY_ID} " + f"pero ningún citante aparece en ≥2 seeds" + ) + else: + coc_reason = None + preview.append( + { + "kind": str(NetworkKind.COCITATION), + "would_be_empty": coc_empty, + "reason": coc_reason, + # TODO(0037 1B): reapuntar fix_command al consolidar verbos + "fix_command": "b2g enrich" if coc_empty else None, + } + ) + + return preview + + class Networks: """API de alto nivel para construir redes bibliométricas desde un Corpus. diff --git a/tests/unit/test_status_10.py b/tests/unit/test_status_10.py new file mode 100644 index 0000000..fd6a819 --- /dev/null +++ b/tests/unit/test_status_10.py @@ -0,0 +1,893 @@ +"""Tests TDD — Fase 1A del hito 0.10.0: campos aditivos en ``b2g status --json``. + +Cubre los tres nuevos campos del contrato ADR 0037 §(e): + +1. ``next_best_action`` — único próximo comando recomendado (derivado del FSM). +2. ``readiness`` — si el próximo paso va a dar fruto (preparación, no alcanzabilidad). +3. ``build_preview`` — por cada red, predice vacío/no-vacío ANTES de correr build. + +Caso canónico (Nota 20): corpus sembrado desde BibTeX sin ``--resolve`` → +las redes de citación/colaboración salen vacías; la red de keywords sale no-vacía +si hay ``keywords_id`` poblados (p. ej. tras ``thesaurus``). + +Los campos son ADITIVOS: ``schema="1"`` se preserva, los campos viejos no cambian. + +Marcador: ``unit`` (DuckDB en tmp_path, sin red real). +""" + +from __future__ import annotations + +from pathlib import Path +from typing import Any + +import pyarrow as pa +import pytest + +from bib2graph.constants import NetworkKind +from bib2graph.corpus import Corpus +from bib2graph.cycle import CycleState, next_best_action +from bib2graph.networks.facade import predict_build_preview +from bib2graph.schemas import CORPUS_SCHEMA + +pytestmark = pytest.mark.unit + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helpers de fixture +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _row( + id: str, + *, + is_seed: bool = True, + source_id: str | None = None, + curation_status: str = "candidate", + references_id: list[str] | None = None, + cited_by_id: list[str] | None = None, + authors_id: list[str] | None = None, + institutions_id: list[str] | None = None, + keywords_id: list[str] | None = None, + keywords_raw: list[str] | None = None, +) -> dict[str, Any]: + """Fila mínima con schema canónico completo.""" + return { + "id": id, + "source_id": source_id, + "doi": None, + "title": f"Paper {id}", + "year": 2020, + "abstract": None, + "source": None, + "language": None, + "publisher": None, + "research_areas": None, + "is_seed": is_seed, + "curation_status": curation_status, + "provenance": None, + "authors_raw": None, + "authors_id": authors_id, + "authors_affiliations": None, + "keywords_raw": keywords_raw, + "keywords_id": keywords_id, + "institutions_raw": None, + "institutions_id": institutions_id, + "references_id": references_id, + "references_doi": None, + "cited_by_id": cited_by_id, + } + + +def _make_corpus(*rows: dict[str, Any]) -> Corpus: + """Construye un Corpus en memoria desde filas dict.""" + table = pa.Table.from_pylist(list(rows), schema=CORPUS_SCHEMA) + return Corpus.from_arrow(table) + + +def _seed_store(store_path: Path, rows: list[dict[str, Any]]) -> None: + """Persiste un conjunto de filas en un DuckDB temporal.""" + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) + corpus = Corpus.from_arrow(table) + store = DuckDBStore(store_path) + store.persist(corpus) + store.close() + + +def _seed_store_with_state( + store_path: Path, + rows: list[dict[str, Any]], + state: CycleState, +) -> None: + """Persiste filas y fija el estado del lazo.""" + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) + corpus = Corpus.from_arrow(table) + store = DuckDBStore(store_path) + store.persist(corpus) + store.backend.set_loop_state(state, cycle_round=1) + store.close() + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Pruebas unitarias puras: next_best_action (sin store) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestNextBestAction: + """Verifica el mapa determinista FSM → comando recomendado.""" + + def test_sin_estado_recomienda_seed(self) -> None: + assert next_best_action(None) == "seed" + + def test_seeded_recomienda_chain(self) -> None: + assert next_best_action(CycleState.SEEDED) == "chain" + + def test_foraged_recomienda_build(self) -> None: + assert next_best_action(CycleState.FORAGED) == "build" + + def test_filtered_recomienda_build(self) -> None: + assert next_best_action(CycleState.FILTERED) == "build" + + def test_built_recomienda_read(self) -> None: + assert next_best_action(CycleState.BUILT) == "read" + + def test_monitored_recomienda_chain(self) -> None: + assert next_best_action(CycleState.MONITORED) == "chain" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Pruebas unitarias puras: predict_build_preview (sin store, Corpus en memoria) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestPredictBuildPreview: + """Verifica predict_build_preview como función pura sobre Corpus.""" + + def test_devuelve_cinco_redes(self) -> None: + """El preview incluye siempre las 5 redes posibles.""" + corpus = _make_corpus(_row("P1")) + preview = predict_build_preview(corpus) + assert len(preview) == 5 + + def test_cada_entrada_tiene_campos_requeridos(self) -> None: + """Cada entrada tiene kind, would_be_empty, reason, fix_command.""" + corpus = _make_corpus(_row("P1")) + preview = predict_build_preview(corpus) + for entry in preview: + assert "kind" in entry + assert "would_be_empty" in entry + assert "reason" in entry + assert "fix_command" in entry + + def test_corpus_sin_datos_id_todo_vacio(self) -> None: + """Sin ningún _id populado, todas las redes saldrían vacías.""" + corpus = _make_corpus( + _row("P1"), + _row("P2"), + ) + preview = predict_build_preview(corpus) + assert all(entry["would_be_empty"] for entry in preview), ( + "Con corpus sin _id cols, todas las redes deben ser vacías" + ) + + def test_reason_no_nula_cuando_vacia(self) -> None: + """Si would_be_empty=True, reason no puede ser None.""" + corpus = _make_corpus(_row("P1")) + preview = predict_build_preview(corpus) + for entry in preview: + if entry["would_be_empty"]: + assert entry["reason"] is not None, ( + f"{entry['kind']}: would_be_empty=True pero reason=None" + ) + assert entry["fix_command"] is not None, ( + f"{entry['kind']}: would_be_empty=True pero fix_command=None" + ) + + def test_reason_nula_cuando_no_vacia(self) -> None: + """Si would_be_empty=False, reason y fix_command deben ser None.""" + # Corpus con keywords_id con >= 2 elementos por paper → keyword_cooccurrence no vacía + corpus = _make_corpus( + _row("P1", keywords_id=["k1", "k2"]), + _row("P2", keywords_id=["k1", "k3"]), + ) + preview = predict_build_preview(corpus) + kw_entry = next( + e for e in preview if e["kind"] == NetworkKind.KEYWORD_COOCCURRENCE + ) + assert kw_entry["would_be_empty"] is False + assert kw_entry["reason"] is None + assert kw_entry["fix_command"] is None + + # --- Caso canónico: BibTeX sin --resolve --- + + def test_canonical_bibtex_sin_resolve_redes_vacias(self) -> None: + """Corpus BibTeX sin --resolve: references_id y cited_by_id vacíos → vacías. + + Este es el caso de la Nota 20: el agente ve el vacío ANTES de build. + """ + # Simula 15 papers de BibTeX sin --resolve: + # todos los _id cols están vacíos, solo keywords_raw está poblado. + rows = [ + _row(f"P{i}", keywords_raw=["ecology", "diversity"]) for i in range(1, 16) + ] + corpus = _make_corpus(*rows) + preview = predict_build_preview(corpus) + + # Indexar por kind para verificar cada una + by_kind = {str(e["kind"]): e for e in preview} + + # bibliographic_coupling vacía: sin references_id + bc = by_kind[NetworkKind.BIBLIOGRAPHIC_COUPLING] + assert bc["would_be_empty"] is True + assert "references_id" in str(bc["reason"]) + assert bc["fix_command"] == "b2g seed --resolve" + + # cocitation vacía: sin cited_by_id + coc = by_kind[NetworkKind.COCITATION] + assert coc["would_be_empty"] is True + assert "cited_by_id" in str(coc["reason"]) + assert coc["fix_command"] == "b2g enrich" + + # author_collab vacía: sin authors_id + ac = by_kind[NetworkKind.AUTHOR_COLLAB] + assert ac["would_be_empty"] is True + assert "authors_id" in str(ac["reason"]) + assert ac["fix_command"] == "b2g seed --resolve" + + # institution_collab vacía: sin institutions_id + ic = by_kind[NetworkKind.INSTITUTION_COLLAB] + assert ic["would_be_empty"] is True + assert "institutions_id" in str(ic["reason"]) + assert ic["fix_command"] == "b2g seed --resolve" + + # keyword_cooccurrence vacía: keywords_raw tiene datos pero keywords_id no + # Fix debe ser thesaurus (puede generarlos sin red) + kw = by_kind[NetworkKind.KEYWORD_COOCCURRENCE] + assert kw["would_be_empty"] is True + assert kw["fix_command"] == "b2g thesaurus" + + def test_keywords_id_poblado_produce_red_no_vacia(self) -> None: + """Con keywords_id >= 2 por paper, keyword_cooccurrence sale no-vacía. + + Simula el estado AFTER thesaurus o AFTER seed --resolve donde + keywords_id está disponible. + """ + corpus = _make_corpus( + _row("P1", keywords_id=["ecology", "complexity"]), + _row("P2", keywords_id=["ecology", "networks"]), + ) + preview = predict_build_preview(corpus) + by_kind = {str(e["kind"]): e for e in preview} + + kw = by_kind[NetworkKind.KEYWORD_COOCCURRENCE] + assert kw["would_be_empty"] is False + assert kw["reason"] is None + assert kw["fix_command"] is None + + def test_references_id_dos_o_mas_papers_no_vacia(self) -> None: + """Con >= 2 papers con references_id, bibliographic_coupling no sale vacía.""" + corpus = _make_corpus( + _row("P1", references_id=["R1", "R2"]), + _row("P2", references_id=["R1", "R3"]), + ) + preview = predict_build_preview(corpus) + by_kind = {str(e["kind"]): e for e in preview} + + bc = by_kind[NetworkKind.BIBLIOGRAPHIC_COUPLING] + assert bc["would_be_empty"] is False + + def test_un_paper_con_references_no_alcanza(self) -> None: + """Solo 1 paper con referencias → bibliographic_coupling vacía (no hay par).""" + corpus = _make_corpus( + _row("P1", references_id=["R1", "R2"]), + ) + preview = predict_build_preview(corpus) + by_kind = {str(e["kind"]): e for e in preview} + + bc = by_kind[NetworkKind.BIBLIOGRAPHIC_COUPLING] + assert bc["would_be_empty"] is True + + def test_cocitation_necesita_dos_seeds_con_cited_by(self) -> None: + """Co-citación: necesita >= 2 seeds con cited_by_id.""" + # Solo 1 seed con cited_by_id → vacía + corpus = _make_corpus( + _row("P1", is_seed=True, cited_by_id=["C1", "C2"]), + ) + preview = predict_build_preview(corpus) + by_kind = {str(e["kind"]): e for e in preview} + assert by_kind[NetworkKind.COCITATION]["would_be_empty"] is True + + # 2 seeds con cited_by_id → no vacía + corpus2 = _make_corpus( + _row("P1", is_seed=True, cited_by_id=["C1", "C2"]), + _row("P2", is_seed=True, cited_by_id=["C1", "C3"]), + ) + preview2 = predict_build_preview(corpus2) + by_kind2 = {str(e["kind"]): e for e in preview2} + assert by_kind2[NetworkKind.COCITATION]["would_be_empty"] is False + + def test_author_collab_necesita_un_paper_con_dos_autores(self) -> None: + """author_collab: vacía si ningún paper tiene >= 2 authors_id.""" + # 0 papers con >= 2 autores → vacía + corpus = _make_corpus( + _row("P1", authors_id=["A1"]), + ) + preview = predict_build_preview(corpus) + by_kind = {str(e["kind"]): e for e in preview} + assert by_kind[NetworkKind.AUTHOR_COLLAB]["would_be_empty"] is True + + # 1 paper con 2 autores → no vacía + corpus2 = _make_corpus( + _row("P1", authors_id=["A1", "A2"]), + ) + preview2 = predict_build_preview(corpus2) + by_kind2 = {str(e["kind"]): e for e in preview2} + assert by_kind2[NetworkKind.AUTHOR_COLLAB]["would_be_empty"] is False + + def test_fix_thesaurus_cuando_hay_keywords_raw_sin_id(self) -> None: + """Si keywords_raw existe pero keywords_id no, fix_command='b2g thesaurus'.""" + corpus = _make_corpus( + _row("P1", keywords_raw=["ecology", "diversity"]), + ) + preview = predict_build_preview(corpus) + by_kind = {str(e["kind"]): e for e in preview} + kw = by_kind[NetworkKind.KEYWORD_COOCCURRENCE] + assert kw["would_be_empty"] is True + assert kw["fix_command"] == "b2g thesaurus" + + def test_fix_seed_resolve_cuando_no_hay_keywords_raw(self) -> None: + """Sin keywords_raw, fix_command para keyword_cooccurrence='b2g seed --resolve'.""" + corpus = _make_corpus(_row("P1")) + preview = predict_build_preview(corpus) + by_kind = {str(e["kind"]): e for e in preview} + kw = by_kind[NetworkKind.KEYWORD_COOCCURRENCE] + assert kw["would_be_empty"] is True + assert kw["fix_command"] == "b2g seed --resolve" + + def test_kinds_son_strings_de_networkkind(self) -> None: + """El campo kind de cada entrada es un string válido de NetworkKind.""" + valid_kinds = {str(k) for k in NetworkKind} + corpus = _make_corpus(_row("P1")) + preview = predict_build_preview(corpus) + for entry in preview: + assert str(entry["kind"]) in valid_kinds, ( + f"kind={entry['kind']!r} no es un NetworkKind válido" + ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Pruebas de integración: run_status con DuckDB temporal +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestRunStatusCamposAditivos: + """Verifica que run_status incluye los tres campos aditivos.""" + + def test_run_status_tiene_tres_campos_aditivos(self, tmp_path: Path) -> None: + """run_status devuelve next_best_action, readiness y build_preview.""" + from bib2graph.cli.commands.status import run_status + + store_path = tmp_path / "test.duckdb" + _seed_store(store_path, [_row("P1"), _row("P2")]) + + data = run_status(store_path) + + assert "next_best_action" in data, "Falta next_best_action" + assert "readiness" in data, "Falta readiness" + assert "build_preview" in data, "Falta build_preview" + + def test_campos_viejos_siguen_presentes(self, tmp_path: Path) -> None: + """Los campos existentes no desaparecen (contrato aditivo).""" + from bib2graph.cli.commands.status import run_status + + store_path = tmp_path / "test.duckdb" + _seed_store(store_path, [_row("P1")]) + + data = run_status(store_path) + + # Campos pre-existentes + assert "loop_state" in data + assert "transitions_available" in data + assert "curation_available" in data + assert "round" in data + assert "counts_by_status" in data + assert "total_papers" in data + assert "referenced_not_fetched" in data + + def test_next_best_action_sin_estado_es_seed(self, tmp_path: Path) -> None: + """Sin estado previo (store vacío), next_best_action='seed'.""" + from bib2graph.cli.commands.status import run_status + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + store_path = tmp_path / "empty.duckdb" + DuckDBStore(store_path) # solo inicializa tablas + + data = run_status(store_path) + + assert data["next_best_action"] == "seed" + + def test_next_best_action_seeded_es_chain(self, tmp_path: Path) -> None: + """Tras seed (SEEDED), next_best_action='chain'.""" + from bib2graph.cli.commands.status import run_status + + store_path = tmp_path / "seeded.duckdb" + _seed_store_with_state(store_path, [_row("P1")], CycleState.SEEDED) + + data = run_status(store_path) + + assert data["next_best_action"] == "chain" + + def test_next_best_action_foraged_es_build(self, tmp_path: Path) -> None: + """Tras chain (FORAGED), next_best_action='build'.""" + from bib2graph.cli.commands.status import run_status + + store_path = tmp_path / "foraged.duckdb" + _seed_store_with_state(store_path, [_row("P1")], CycleState.FORAGED) + + data = run_status(store_path) + + assert data["next_best_action"] == "build" + + def test_next_best_action_built_es_read(self, tmp_path: Path) -> None: + """Tras build (BUILT), next_best_action='read'.""" + from bib2graph.cli.commands.status import run_status + + store_path = tmp_path / "built.duckdb" + _seed_store_with_state(store_path, [_row("P1")], CycleState.BUILT) + + data = run_status(store_path) + + assert data["next_best_action"] == "read" + + def test_build_preview_tiene_cinco_entradas(self, tmp_path: Path) -> None: + """build_preview incluye siempre las 5 redes posibles.""" + from bib2graph.cli.commands.status import run_status + + store_path = tmp_path / "test.duckdb" + _seed_store(store_path, [_row("P1")]) + + data = run_status(store_path) + + assert len(data["build_preview"]) == 5 + + def test_readiness_tiene_campos_ready_y_reason(self, tmp_path: Path) -> None: + """readiness es un objeto con 'ready' (bool) y 'reason' (str | None).""" + from bib2graph.cli.commands.status import run_status + + store_path = tmp_path / "test.duckdb" + _seed_store(store_path, [_row("P1")]) + + data = run_status(store_path) + + readiness = data["readiness"] + assert "ready" in readiness + assert "reason" in readiness + assert isinstance(readiness["ready"], bool) + + def test_readiness_false_cuando_build_y_todas_vacias(self, tmp_path: Path) -> None: + """Si next_action='build' y todas las redes están vacías, readiness.ready=False. + + Este es el corazón del ADR 0037 §(e): el diagnóstico de red-vacía en + status-time, no post-hoc. + """ + from bib2graph.cli.commands.status import run_status + + store_path = tmp_path / "foraged_empty.duckdb" + # Corpus foraged pero sin ningún _id col poblado + rows = [_row(f"P{i}") for i in range(1, 10)] + _seed_store_with_state(store_path, rows, CycleState.FORAGED) + + data = run_status(store_path) + + assert data["next_best_action"] == "build" + readiness = data["readiness"] + assert readiness["ready"] is False + assert readiness["reason"] is not None + + def test_readiness_true_cuando_build_con_keywords(self, tmp_path: Path) -> None: + """Si next_action='build' y al menos 1 red no sería vacía, readiness.ready=True.""" + from bib2graph.cli.commands.status import run_status + + store_path = tmp_path / "foraged_kw.duckdb" + rows = [ + _row("P1", keywords_id=["k1", "k2"]), + _row("P2", keywords_id=["k1", "k3"]), + ] + _seed_store_with_state(store_path, rows, CycleState.FORAGED) + + data = run_status(store_path) + + assert data["next_best_action"] == "build" + assert data["readiness"]["ready"] is True + + def test_readiness_true_para_built(self, tmp_path: Path) -> None: + """Para BUILT (next=read), readiness.ready=True independientemente del corpus.""" + from bib2graph.cli.commands.status import run_status + + store_path = tmp_path / "built.duckdb" + # BibTeX sin --resolve: source_id=None. Aun así, read es siempre productivo. + rows = [_row("P1")] + _seed_store_with_state(store_path, rows, CycleState.BUILT) + + data = run_status(store_path) + + assert data["readiness"]["ready"] is True, ( + "readiness.ready debe ser True para BUILT (next=read)" + ) + + def test_readiness_true_para_chain_con_source_id(self, tmp_path: Path) -> None: + """Para SEEDED con source_id populado, chain es productivo → ready=True.""" + from bib2graph.cli.commands.status import run_status + + store_path = tmp_path / "seeded_with_source.duckdb" + rows = [_row("P1", source_id="W123456")] + _seed_store_with_state(store_path, rows, CycleState.SEEDED) + + data = run_status(store_path) + + assert data["next_best_action"] == "chain" + assert data["readiness"]["ready"] is True + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Caso canónico completo (Nota 20): BibTeX sin --resolve → diagnóstico en status-time +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestCasoCanonicoNota20: + """El caso de trampa que motivó el ADR 0037 §(e). + + Un agente que siembra desde BibTeX sin --resolve NO debe llegar a + construir redes vacías sin advertencia. ``status`` debe mostrar el + diagnóstico ANTES de que corra build. + """ + + def test_bibtex_sin_resolve_diagnostico_completo(self, tmp_path: Path) -> None: + """Corpus BibTeX (solo keywords_raw, sin _id cols) → diagnóstico correcto. + + Verifica: + - redes de citación/colaboración → would_be_empty=True con fix + - keyword_cooccurrence → would_be_empty=True, fix='b2g thesaurus' + - readiness.ready=False (build sería inútil) + - next_best_action='build' (FSM en FORAGED) + """ + from bib2graph.cli.commands.status import run_status + + store_path = tmp_path / "bibtex_no_resolve.duckdb" + rows = [ + _row(f"P{i}", keywords_raw=["ecology", "diversity", "networks"]) + for i in range(1, 16) + ] + _seed_store_with_state(store_path, rows, CycleState.FORAGED) + + data = run_status(store_path) + + # next_best_action = "build" (FSM en FORAGED) + assert data["next_best_action"] == "build" + + # readiness = False (todas las redes vacías) + assert data["readiness"]["ready"] is False + + # build_preview indexado por kind + by_kind = {str(e["kind"]): e for e in data["build_preview"]} + + # Redes de citación vacías + assert by_kind[NetworkKind.BIBLIOGRAPHIC_COUPLING]["would_be_empty"] is True + assert by_kind[NetworkKind.COCITATION]["would_be_empty"] is True + + # Fix para citación/colaboración = seed --resolve + assert ( + by_kind[NetworkKind.BIBLIOGRAPHIC_COUPLING]["fix_command"] + == "b2g seed --resolve" + ) + assert by_kind[NetworkKind.COCITATION]["fix_command"] == "b2g enrich" + + # Keyword fix = thesaurus (hay keywords_raw pero no keywords_id) + kw = by_kind[NetworkKind.KEYWORD_COOCCURRENCE] + assert kw["would_be_empty"] is True + assert kw["fix_command"] == "b2g thesaurus" + + def test_bibtex_con_thesaurus_keyword_no_vacia(self, tmp_path: Path) -> None: + """Tras thesaurus, keywords_id se puebla → keyword_cooccurrence no-vacía. + + Simula el estado AFTER 'b2g thesaurus': keywords_id tiene datos + pero references_id / cited_by_id siguen vacíos. + """ + from bib2graph.cli.commands.status import run_status + + store_path = tmp_path / "bibtex_con_thesaurus.duckdb" + rows = [ + _row( + f"P{i}", + keywords_raw=["ecology", "diversity"], + keywords_id=["ecology", "diversity"], # thesaurus aplicado + ) + for i in range(1, 6) + ] + _seed_store_with_state(store_path, rows, CycleState.FORAGED) + + data = run_status(store_path) + + by_kind = {str(e["kind"]): e for e in data["build_preview"]} + + # Keyword ya no vacía + kw = by_kind[NetworkKind.KEYWORD_COOCCURRENCE] + assert kw["would_be_empty"] is False + + # readiness.ready=True (al menos 1 red no vacía) + assert data["readiness"]["ready"] is True + + # Las demás siguen vacías (aún sin --resolve) + assert by_kind[NetworkKind.BIBLIOGRAPHIC_COUPLING]["would_be_empty"] is True + assert by_kind[NetworkKind.COCITATION]["would_be_empty"] is True + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# P2 Tests: readiness para acción "chain" (ADR 0037 §(e)) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestChainReadiness: + """Verifica readiness.ready para next_best_action='chain'. + + El forrajeo en OpenAlex arranca del source_id. BibTeX sin --resolve + no tiene source_id → chaining produce 0 papers nuevos → not ready. + """ + + def test_chain_sin_source_id_no_listo(self, tmp_path: Path) -> None: + """SEEDED con corpus BibTeX (sin source_id) → chain not ready.""" + from bib2graph.cli.commands.status import run_status + + store_path = tmp_path / "bibtex_seeded.duckdb" + rows = [_row(f"P{i}") for i in range(1, 6)] # todos con source_id=None + _seed_store_with_state(store_path, rows, CycleState.SEEDED) + + data = run_status(store_path) + + assert data["next_best_action"] == "chain" + readiness = data["readiness"] + assert readiness["ready"] is False + assert readiness["reason"] is not None + # El reason debe mencionar source_id y la acción correctiva + assert "source_id" in str(readiness["reason"]) + assert "seed --resolve" in str(readiness["reason"]) + + def test_chain_con_source_id_listo(self, tmp_path: Path) -> None: + """SEEDED con al menos 1 seed con source_id → chain ready.""" + from bib2graph.cli.commands.status import run_status + + store_path = tmp_path / "openalex_seeded.duckdb" + rows = [ + _row("P1", source_id="W1000001"), + _row("P2", source_id="W1000002"), + ] + _seed_store_with_state(store_path, rows, CycleState.SEEDED) + + data = run_status(store_path) + + assert data["next_best_action"] == "chain" + assert data["readiness"]["ready"] is True + assert data["readiness"]["reason"] is None + + def test_chain_mixto_al_menos_uno_con_source_listo(self, tmp_path: Path) -> None: + """Corpus mixto (algunos con source_id, otros sin) → chain ready.""" + from bib2graph.cli.commands.status import run_status + + store_path = tmp_path / "mixed_seeded.duckdb" + rows = [ + _row("P1", source_id="W1000001"), + _row("P2"), # sin source_id (BibTeX) + _row("P3"), # sin source_id (BibTeX) + ] + _seed_store_with_state(store_path, rows, CycleState.SEEDED) + + data = run_status(store_path) + + assert data["next_best_action"] == "chain" + assert data["readiness"]["ready"] is True + + def test_monitored_sin_source_id_no_listo(self, tmp_path: Path) -> None: + """MONITORED (también lleva a chain) sin source_id → not ready.""" + from bib2graph.cli.commands.status import run_status + + store_path = tmp_path / "monitored_bibtex.duckdb" + rows = [_row("P1")] # source_id=None + _seed_store_with_state(store_path, rows, CycleState.MONITORED) + + data = run_status(store_path) + + assert data["next_best_action"] == "chain" + assert data["readiness"]["ready"] is False + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# P1-test: no-divergencia entre predict_build_preview y build real (ADR 0037) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestNoDivergenciaPreviewVsBuild: + """P1-test: predict_build_preview debe coincidir con el build real. + + Para cada corpus representativo, construye las redes reales con ``Networks`` + y afirma que ``would_be_empty == (graph.number_of_edges() == 0)`` para cada + tipo de red. + + Cubre específicamente los casos que exponían el bug original: + - refs disjuntas (OLD: predict=False, build=empty) + - autores duplicados (OLD: predict=False, build=empty) + - citantes disjuntos en co-citación (OLD: predict=False, build=empty) + """ + + def _assert_all_kinds_agree(self, corpus: Corpus) -> None: + """Verifica que preview.would_be_empty == build real para las 5 redes.""" + from bib2graph.networks.facade import Networks, predict_build_preview + from bib2graph.networks.spec import NetworkSpec + + preview = predict_build_preview(corpus) + by_kind = {str(e["kind"]): e for e in preview} + + for kind in NetworkKind: + spec = NetworkSpec(kind=str(kind)) + artifact = Networks.build(corpus, spec) + real_empty = artifact.graph.number_of_edges() == 0 + pred_empty = bool(by_kind[str(kind)]["would_be_empty"]) + assert pred_empty == real_empty, ( + f"kind={kind}: preview.would_be_empty={pred_empty!r} " + f"pero el build real tiene {artifact.graph.number_of_edges()} aristas" + ) + + def test_corpus_sin_datos(self) -> None: + """Corpus sin ningún _id → todas las redes vacías.""" + corpus = _make_corpus(_row("P1"), _row("P2")) + self._assert_all_kinds_agree(corpus) + + def test_coupling_refs_disjuntas_bug_p1(self) -> None: + """CASO TRAMPA P1: refs disjuntas → coupling vacía aunque ≥2 papers tienen refs.""" + # Bug original: n_refs=2 → OLD predicaba would_be_empty=False, build daba 0 aristas. + corpus = _make_corpus( + _row("P1", references_id=["R1", "R2"]), + _row("P2", references_id=["R3", "R4"]), # disjuntas con P1 + ) + self._assert_all_kinds_agree(corpus) + + def test_coupling_refs_compartidas(self) -> None: + """Refs compartidas → coupling no-vacía.""" + corpus = _make_corpus( + _row("P1", references_id=["R1", "R2"]), + _row("P2", references_id=["R1", "R3"]), # R1 compartida + ) + self._assert_all_kinds_agree(corpus) + + def test_autor_duplicado_bug_p1(self) -> None: + """CASO TRAMPA P1: [A1, A1] → tras dedup 1 único → author_collab vacía. + + Bug original: _count_rows_with_multi_col contaba 1 paper con len(val)>=2 + → predicaba would_be_empty=False, pero build daba 0 aristas. + """ + corpus = _make_corpus( + _row("P1", authors_id=["A1", "A1"]), + ) + self._assert_all_kinds_agree(corpus) + + def test_autores_distintos(self) -> None: + """[A1, A2] → 2 distintos → author_collab no-vacía.""" + corpus = _make_corpus( + _row("P1", authors_id=["A1", "A2"]), + ) + self._assert_all_kinds_agree(corpus) + + def test_institucion_duplicada_bug_p1(self) -> None: + """CASO TRAMPA P1: [I1, I1] → institution_collab vacía.""" + corpus = _make_corpus( + _row("P1", institutions_id=["I1", "I1"]), + ) + self._assert_all_kinds_agree(corpus) + + def test_instituciones_distintas(self) -> None: + """[I1, I2] → institution_collab no-vacía.""" + corpus = _make_corpus( + _row("P1", institutions_id=["I1", "I2"]), + ) + self._assert_all_kinds_agree(corpus) + + def test_keyword_duplicada_bug_p1(self) -> None: + """CASO TRAMPA P1: [k1, k1] → keyword_cooccurrence vacía.""" + corpus = _make_corpus( + _row("P1", keywords_id=["k1", "k1"]), + ) + self._assert_all_kinds_agree(corpus) + + def test_keywords_distintas(self) -> None: + """[k1, k2] → keyword_cooccurrence no-vacía.""" + corpus = _make_corpus( + _row("P1", keywords_id=["k1", "k2"]), + ) + self._assert_all_kinds_agree(corpus) + + def test_cocitation_citantes_disjuntos_bug_p1(self) -> None: + """CASO TRAMPA P1: citantes disjuntos → cocitation vacía. + + Bug original: n_cited=2 seeds → OLD predicaba would_be_empty=False, + pero build daba 0 aristas porque ningún citante es compartido. + """ + corpus = _make_corpus( + _row("P1", is_seed=True, cited_by_id=["C1"]), + _row("P2", is_seed=True, cited_by_id=["C2"]), # C1≠C2: disjuntos + ) + self._assert_all_kinds_agree(corpus) + + def test_cocitation_citante_compartido(self) -> None: + """Citante compartido → cocitation no-vacía.""" + corpus = _make_corpus( + _row("P1", is_seed=True, cited_by_id=["C1", "C2"]), + _row("P2", is_seed=True, cited_by_id=["C1", "C3"]), # C1 compartido + ) + self._assert_all_kinds_agree(corpus) + + def test_corpus_con_none_en_lista(self) -> None: + """Listas con None como elementos → filtradas correctamente.""" + corpus = _make_corpus( + _row("P1", authors_id=["A1", None]), # solo A1 válido → no multi-distinct + _row("P2", authors_id=[None, None]), # 0 válidos + ) + self._assert_all_kinds_agree(corpus) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Tests de contrato: schema="1" y compatibilidad con agentes existentes +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestContratoEnvelope: + """Garantiza que los campos aditivos no rompen el envelope schema='1'.""" + + def test_envelope_schema_sigue_siendo_uno(self, tmp_path: Path) -> None: + """El envelope JSON tiene schema='1' con los campos nuevos.""" + from bib2graph.cli._envelope import build_envelope + + data = { + "loop_state": "FORAGED", + "transitions_available": ["build"], + "curation_available": ["accept", "reject"], + "round": 1, + "counts_by_status": {"candidate": 5}, + "total_papers": 5, + "referenced_not_fetched": 0, + # Campos aditivos ADR 0037 + "next_best_action": "build", + "readiness": {"ready": True, "reason": None}, + "build_preview": [ + { + "kind": "keyword_cooccurrence", + "would_be_empty": False, + "reason": None, + "fix_command": None, + } + ], + "workspace": {"root": "/tmp/ws", "source": "explicit"}, + "networks_cache_stale": False, + } + + envelope = build_envelope( + command="status", + ok=True, + data=data, + exit_code=0, + ) + + # Schema invariante + assert envelope["schema"] == "1" + assert envelope["ok"] is True + assert envelope["command"] == "status" + assert envelope["exit_code"] == 0 + + # Campos viejos siguen en data + assert envelope["data"]["loop_state"] == "FORAGED" + assert envelope["data"]["total_papers"] == 5 + + # Campos nuevos en data + assert envelope["data"]["next_best_action"] == "build" + assert envelope["data"]["readiness"]["ready"] is True + assert len(envelope["data"]["build_preview"]) == 1 From a8af1e5731d8fa7146a370cf2d4dab72a170fe94 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sat, 27 Jun 2026 12:36:12 -0500 Subject: [PATCH 04/27] =?UTF-8?q?docs(adr):=200038=20=E2=80=94=20destino?= =?UTF-8?q?=20de=20los=205=20verbos=20hu=C3=A9rfanos=20del=200037=20(10=20?= =?UTF-8?q?verbos=20verificable)=20(#154)?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit El 0037 declaró "10 verbos" pero no nombró 5 subcomandos que el CLI tenía por acreción; mientras vivieran como verbos sueltos el conteo era ficción contable. El 0038 los despacha: gui se mantiene fuera de los 10 (0027/0028, gate #34), enrich→absorbido en chain/build (0025), restore→snapshot restore (0030), thesaurus→retirado (contexto #149 invalid), resolve→retirado (ruta única seed --resolve, 0035). Fija además los cabos abiertos del 0037: ventana de deprecación cierra en 0.11.0 (P1), build --scope default = all (P2), forma del bloque maturity como apéndice en docs/API.md (P3). Preserva envelope schema="1", exit codes y FSM. Enmienda a 0037; revisa el thesaurus del 0031. Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- .../0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md | 175 ++++++++++++++++++ docs/decisiones/README.md | 1 + 2 files changed, 176 insertions(+) create mode 100644 docs/decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md diff --git a/docs/decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md b/docs/decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md new file mode 100644 index 0000000..59f7e06 --- /dev/null +++ b/docs/decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md @@ -0,0 +1,175 @@ +# 0038 — Destino de los 5 verbos huérfanos del 0037 y parámetros de implementación: el conteo "10 verbos" se vuelve real + +- **Estado:** Aceptada +- **Fecha:** 2026-06-27 +- **Decidido por:** **Product Owner humano** (decisión tomada 2026-06-27). El destino de cada verbo + huérfano (`gui`/`enrich`/`restore`/`thesaurus`/`resolve`) y los tres parámetros de implementación + (versión de cierre de la ventana de deprecación, default de `build --scope`, dónde se fija la forma + del bloque `maturity`) son **decisiones del PO**. El **encuadre** —*"el conteo de 10 verbos del 0037 + era contable hasta despachar los huérfanos; este ADR lo vuelve real"*— es **síntesis de la IA + (architect) validada por el PO**. +- **Enmienda a:** [0037](0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) (Superficie CLI 0.10.0: 10 verbos + agents-first). Este ADR **completa** el 0037: el 0037 consolidó a 10 verbos los solapamientos que + catalogó la Discussion [#127](https://github.com/complexluise/bib2graph/discussions/127), pero + **no nombró** cinco subcomandos que la superficie real tenía por acreción (`gui`, `enrich`, + `restore`, `thesaurus`, `resolve`). Sin despacharlos, el "10" del 0037 era **ficción contable**: el + CLI exponía más verbos de los que el ADR declaraba. Este ADR fija el destino de cada uno y **cierra + los parámetros que el 0037 dejó abiertos** (criterio de cierre de la ventana de deprecación (d), + default de `build --scope`, y dónde vive la forma estable del `maturity` (f)). **No revierte** el + 0037 ni el contrato: el **envelope `schema="1"`, los exit codes y el FSM del lazo se preservan** + (ADR [0021](0021-cli-agente-native-contrato.md) §C/§D/§F). +- **Relacionada con:** [0021](0021-cli-agente-native-contrato.md) (contrato del CLI: este ADR sigue + consolidando su superficie sin tocar el envelope), [0027](0027-pivote-posicionamiento-gui-local.md) + /[0028](0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md) (`gui` se rige por estos ADR y queda **fuera** + del set de 10, como excepción explícita), [0035](0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md) + (`seed --resolve` como ruta única de resolución DOI→OpenAlex; retira `resolve` suelto), + [0030](0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md) (donde `restore` nació como verbo plano; pasa a + `snapshot restore`), [0031](0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md) (donde `thesaurus` + quedó como "único paso explícito"; este ADR **revisa esa parte** — ver Consecuencias), + [0011](0011-thesaurus-multilingue.md) (thesaurus de keywords), + [0025](0025-enricher-cocitacion-openalex.md) (Enricher opt-in: `enrich` se absorbe en + `chain`/`build`), [0029](0029-workspace-por-investigacion.md) (resolución por ambiente; el alias de + entry-point `bib2graph`→`b2g` entra a la ventana de deprecación). +- **No introduce IA** (coherente con [0022](0022-producto-sin-ia-generativa.md)): es reorganización + de superficie y fijación de parámetros; sin modelo generativo. +- **Origen:** revisión post-merge del [0037](0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) (PR + [#150](https://github.com/complexluise/bib2graph/pull/150)/[#153](https://github.com/complexluise/bib2graph/pull/153)): + al inventariar la superficie real contra los 10 verbos declarados, quedaron **5 subcomandos sin + asignar**. Decisión del PO 2026-06-27. +- **Issues:** [#149](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/149) (*"thesaurus.py no + implementa un tesauro"*, cerrada como **invalid**) — contexto del retiro de `thesaurus`. + +## Contexto + +El [0037](0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) declaró una superficie 0.10.0 de **10 verbos** que +mapean el ciclo de investigación, absorbiendo los seis solapamientos del +[#127](https://github.com/complexluise/bib2graph/discussions/127) (`networks`→`build --spec`, +`inspect`→`status`/`read`, `accept`/`reject`/`filter`→`curate …`, `monitor`→`chain --since`, +"doctor"→campos de `status`). Pero el 0037 razonó sobre los **solapamientos catalogados**, no sobre +el **inventario completo** del CLI. La superficie real —que el propio 0037 describe como "~20 +subcomandos por acreción"— incluía **cinco verbos que el ADR no nombró**: + +1. **`gui`** — lanza la GUI local (ADR [0027](0027-pivote-posicionamiento-gui-local.md) + /[0028](0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md)), gateada por + [#34](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/34). +2. **`enrich`** — enriquecimiento opt-in (refs→DOI + co-citación) del Enricher, + ADR [0025](0025-enricher-cocitacion-openalex.md). +3. **`restore`** — restaura un corpus curado (sin red) desde snapshot, ADR + [0030](0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md). +4. **`thesaurus`** — paso de normalización de keywords, marcado en + [0031](0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md) como "único paso explícito (18° subcomando, + transversal)". +5. **`resolve`** — resolución DOI→OpenAlex como verbo suelto (la otra ruta, `seed --resolve`, ya + existe por ADR [0035](0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md)). + +Mientras estos cinco sigan vivos como verbos planos, **"10 verbos" es un número que el código +desmiente**: un agente que lista `--help` ve más superficie de la que el contrato declara, y vuelve +el mismo problema que el 0037 quería cerrar (superficie ilegible, puertas paralelas). La pregunta de +este ADR no es de diseño nuevo, sino de **higiene del contrato**: *¿dónde va cada huérfano para que +el conteo del 0037 sea verdad?* — y, de paso, **cerrar los tres parámetros que el 0037 dejó +abiertos**. + +## Decisión + +**Cada uno de los 5 verbos huérfanos se reabsorbe, se reparenta o se retira, de modo que la +superficie del ciclo quede en los 10 verbos del 0037 más `gui` como excepción explícita y +gobernada por su propio ADR.** Es reorganización **semántica**; el contrato de salida +(envelope/exit/FSM) **no cambia**. + +### Destino de los 5 huérfanos + +| Verbo | Destino | Por qué | +|-------|---------|---------| +| `gui` | **SE MANTIENE, fuera del set de 10.** No entra al ciclo CLI agents-first; no se retira. | Tiene su propio gobierno: ADR [0027](0027-pivote-posicionamiento-gui-local.md) (pivote GUI) y [0028](0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md) (arquitectura GUI/API), gateado por [#34](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/34). Es una **superficie distinta** (lanzador de la GUI local), no un paso del ciclo agents-first; excluirla del conteo es honesto, no omitirla. | +| `enrich` | **Se absorbe en `build`/`chain`** (deja de ser verbo suelto). | El enriquecimiento (refs→DOI + co-citación, ADR [0025](0025-enricher-cocitacion-openalex.md)) es parte del forrajeo (`chain`) y de la materialización de redes (`build`), no un paso aparte del ciclo. Un verbo independiente duplica superficie para lo que el paso correspondiente ya hace. | +| `restore` | **Pasa a `snapshot restore`** (noun-verb del grupo `snapshot`). | `restore` es la operación inversa de `snapshot`: ambos son reproducibilidad de corpus. Agruparlos bajo el sustantivo `snapshot` (mismo patrón noun-verb que `curate …`/`read …` del 0037) hace legible que pertenecen al mismo paso EXPORT/SNAPSHOT. **Conserva la capacidad** que fijó el ADR [0030](0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md); solo cambia el nombre. | +| `thesaurus` | **Se retira (verbo eliminado).** | La issue [#149](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/149) (cerrada **invalid**) constató que `thesaurus.py` *"no implementa un tesauro"*. Como verbo explícito carga una promesa que el código no cumple. **Revisa la parte del [0031](0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md) que lo nombró "único paso explícito"** (ver Consecuencias). | +| `resolve` | **Se retira como verbo suelto.** Su ruta única es `seed --resolve`. | El ADR [0035](0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md) ya definió la resolución DOI→OpenAlex como **servicio compartido** expuesto vía `seed --resolve` (ya implementado). Un `resolve` plano es una segunda puerta para lo mismo: exactamente el tipo de solapamiento que el 0037 retira. | + +**Resultado:** la superficie del ciclo queda en los **10 verbos del 0037** +(`init`, `seed`, `chain`, `curate`, `build`, `read`, `export`/`snapshot`, `status`, `validate`), con +`snapshot restore` como noun-verb dentro de `snapshot`, **más `gui`** como excepción explícita +gobernada por 0027/0028. El número "10" del 0037 deja de ser contable y pasa a ser **verificable +contra `--help`**. + +### Parámetros de implementación fijados por el PO + +- **(P1) La ventana de deprecación cierra en la versión `0.11.0` (criterio por versión).** Los + aliases de retrocompat introducidos por el 0037 (d) —`networks`, `accept`, `reject`, `inspect`, + `monitor`— **más** `resolve` (retirado aquí) **y el alias de entry-point `bib2graph`→`b2g`— siguen + funcionando con aviso de deprecación durante 0.10.x y **se eliminan en 0.11.0**. Esto **cierra el + cabo suelto del 0037 (d)**, que dejó "fecha/criterio de cierre a fijar". Criterio = **versión**, no + fecha calendario. +- **(P2) El default de `build --scope` es `all`.** Coherente con la historia one-shot del 0037 (el + default corre **sin curar**) y con el ejemplo de `maturity` del propio 0037 (`scope:"all"`). +- **(P3) La forma estable del bloque `maturity` (0037 (f)) la fija el architect como apéndice en + [`docs/API.md`](../API.md) durante la implementación** —no en este ADR—. Aquí solo se registra + **dónde** vive esa especificación; su schema concreto (campos, tipos) es trabajo del hito de + implementación, como campo **aditivo** que preserva `schema="1"`. + +### Invariantes preservados + +- **Envelope `schema="1"`, exit codes y FSM del lazo intactos** (ADR 0021, 0016, 0010). Mover/retirar + verbos no cambia la forma de la salida ni el mapeo de errores. +- **Ninguna capacidad de dominio se pierde:** el enriquecimiento sigue (dentro de `chain`/`build`, + 0025), el restore sigue (`snapshot restore`, 0030), la resolución DOI sigue (`seed --resolve`, + 0035). Solo `thesaurus` se retira como **verbo** (su lugar como paso de normalización se resuelve en + la implementación — ver Consecuencias). + +## Consecuencias + +**Lo que se gana** + +- **El conteo del 0037 se vuelve verdad.** Lo que `--help` lista coincide con lo que el contrato + declara: 10 verbos del ciclo + `gui` (excepción documentada). Desaparece la brecha entre el ADR y la + superficie real que motivó este ADR. +- **Menos puertas paralelas.** `enrich`/`resolve` dejan de duplicar lo que `chain`/`build` y + `seed --resolve` ya hacen; `restore` se vuelve legible como parte de `snapshot`. +- **La ventana de deprecación tiene fin cierto** (P1): los aliases no quedan vivos + indefinidamente; 0.11.0 es el corte. + +**Lo que cuesta** + +- **`docs/API.md` a actualizar en la implementación** (trabajo del `coder`, no de este ADR): retirar + `enrich`/`thesaurus`/`resolve` del contrato, mover `restore`→`snapshot restore`, documentar `gui` + como excepción al set de 10, fijar el default `build --scope=all` (P2) y sumar el apéndice + `maturity` (P3). Recomendación: revisar las menciones a estos verbos en el contrato actual y en los + golden tests `--json`. +- **Tests de contrato y aliases a ajustar:** sumar el aviso de deprecación de `resolve` y del + entry-point `bib2graph`, y el corte programado para 0.11.0. + +**Tensiones que hay que mirar (drift honesto)** + +- **`thesaurus` vs ADR [0031](0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md).** El 0031 declaró + `thesaurus` como **"único paso explícito (18° subcomando, transversal)"** del preprocesamiento. + Retirarlo como verbo **revisa esa parte del 0031** (no la revierte entera: el 0031 ya volvió + *normalize + dedup* **automáticos en la ingesta**; lo que cae es el único paso que había quedado + explícito). **Pregunta abierta para el `coder`/PO:** ¿la normalización de keywords se **pliega a la + ingesta automática** (coherente con el espíritu del 0031) o **se elimina** junto con el verbo? La + issue [#149](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/149) (invalid) sugiere que la + implementación actual no era un tesauro real; conviene **confirmar el destino de la funcionalidad**, + no solo del verbo, en el hito de implementación. *Este ADR retira el verbo; el destino del paso de + normalización debe quedar explícito en `docs/API.md`.* Relacionada: ADR + [0011](0011-thesaurus-multilingue.md). +- **`restore` vs ADR [0030](0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md).** El 0030 (AS-BUILT) + nombró `restore` como verbo plano. `snapshot restore` es **renombre semántico**, no pérdida de + capacidad; aun así, es un cambio de superficie pública que `docs/API.md` y la guía de usuario deben + reflejar. + +## Alternativas + +- **Dejar los 5 huérfanos como verbos sueltos.** Rechazada: vuelve el "10" del 0037 una **ficción + contable** —el problema exacto que el 0037 quería cerrar (superficie ilegible, puertas paralelas) + reaparece por la puerta de atrás—. La higiene del contrato exige despacharlos. +- **Meter `gui` dentro del set de 10.** Rechazada: `gui` no es un paso del ciclo agents-first; es una + superficie distinta con su propio gobierno (0027/0028) y gate (#34). Forzarla al set mezcla dos + contratos. Excluirla **explícitamente** es más honesto que disimularla en el conteo. +- **Retirar `enrich` por completo (no absorberlo).** Rechazada: el enriquecimiento es capacidad de + dominio viva (ADR 0025); lo que sobra es el **verbo**, no la función. Se absorbe en `chain`/`build`. +- **Mantener `resolve` como verbo y deprecar `seed --resolve`.** Rechazada: contradice el ADR + [0035](0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md), que fijó la resolución como **servicio + compartido** con `seed --resolve` como ruta de ingesta. Se conserva la ruta del 0035; se retira el + verbo suelto. +- **Cerrar la ventana de deprecación por fecha calendario en vez de por versión.** Rechazada (P1): + el criterio por **versión (0.11.0)** es verificable, reproducible y no depende del calendario de + release; es coherente con cómo el proyecto versiona (release-please). diff --git a/docs/decisiones/README.md b/docs/decisiones/README.md index 7d5c325..bf8fec8 100644 --- a/docs/decisiones/README.md +++ b/docs/decisiones/README.md @@ -83,3 +83,4 @@ Qué se vuelve posible/fácil y qué se vuelve costoso/imposible. Trade-offs hon | [0035](0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md) | Ingesta de doble puerta (online + archivo) misma cadena/corpus; resolución DOI→OpenAlex ID como servicio compartido (cierra GAP-1/GAP-2); import multi-formato (RIS/EndNote/CSV); BibTeX/archivo = primera clase | **Propuesta** (2026-06-18). **Revisa "BibTeX secundaria" de [0007](0007-openalex-backbone.md)** (en la ingesta). Relacionada 0018/0030/0032/0031. Encuadre: [Nota 17](../Notas/17-validacion-tercero-gate34.md) | | [0036](0036-identidad-source-id-agnostica-doi-ancla.md) | Identidad de fuente agnóstica: DOI como ancla universal, `source_id` genérico, motor de extracción intercambiable (tabla lateral `external_ids` 1↔N) | **Aceptada — AS-BUILT** (0.8, 2026-06-22): rename `openalex_id`→`source_id`, inversión de `_compute_id` (`doi > source_id > tt`), desacople del núcleo, infra `external_ids`, migración de `examples/valoraciones` (#118/#119). **Enmienda 0007/0013**; refuerza 0018; relacionada 0035/0034/0015. Población de `external_ids` y selector `--source` diferidos al 2º motor (#120) | | [0037](0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) | Superficie CLI de 0.10.0: **10 verbos agents-first** que mapean el ciclo (INIT→SEED→CHAIN→CURATE→BUILD→READ→EXPORT/SNAPSHOT, STATUS transversal); `status` como mapa (`next_best_action` + **preview por-red "qué se materializa" (e)** + **maturity-stamp del one-shot (f)**, campos aditivos); `curate`/`read` noun-verb; `monitor`→`chain --since`; aliases de retrocompat | **Aceptada** (2026-06-26). **Enmienda [0021](0021-cli-agente-native-contrato.md)** (consolida 12→10; envelope `schema="1"`/exit/FSM intactos). Relacionada 0010/0016/0029/0035/0036/0032/0033; no introduce IA (0022). Origen: Discussion [#127](https://github.com/complexluise/bib2graph/discussions/127); issues #76/#132 | +| [0038](0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md) | Destino de los 5 verbos huérfanos que el 0037 no nombró: `gui` se mantiene fuera de los 10 (0027/0028); `enrich`→absorbido en `chain`/`build`; `restore`→`snapshot restore`; `thesaurus`→retirado; `resolve`→retirado (ruta única `seed --resolve`). Fija: ventana de deprecación cierra en **0.11.0**; `build --scope=all` default; forma de `maturity` en `docs/API.md` | **Aceptada** (2026-06-27). **Enmienda [0037](0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md)** (cierra el conteo "10 verbos"); revisa el `thesaurus` de [0031](0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md); renombre de [0030](0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md); refuerza 0035; envelope `schema="1"`/exit/FSM intactos. Contexto: issues #149/#34 | From 214d2308029a492ddc8b892eda5fc281482d8a75 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sat, 27 Jun 2026 13:48:41 -0500 Subject: [PATCH 05/27] feat(cli): --json unificado por decorador + B2G_JSON env + stdout puro enforced (#151) (#168) MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Sub-issue fundacional del epic #167 (superficie CLI 0.10.0, ADR 0037/0038). - Reemplaza los 19 bloques duplicados de @click.option("--json") por un único decorador compartido @json_option (cli/_options.py); --json sigue por-comando y post-verbo (b2g --json), decisión del PO (no global pre-verbo). - Nuevo B2G_JSON: env var truthy (1/true/yes) activa el modo JSON en todos los comandos sin flag; precedencia --json explícito > env; sin --no-json. Caso agents-first: un agente hace `export B2G_JSON=1` una vez. - json_mode(local_flag) centraliza la resolución flag-vs-env; handle_errors respeta B2G_JSON también en el camino de error. - stdout puro enforced: en modo JSON stdout emite exactamente una línea-envelope schema="1" (incl. error ok=false); gui.py manda los echo de arranque a stderr. - Tests de contrato (tests/unit/test_cli_json_option.py): stdout puro por comando, --json y B2G_JSON, camino de error, precedencia. - Docs en lockstep: API.md (B2G_JSON + stdout puro), enmienda aditiva al ADR 0021 (append-only), índice y AGENTS.md. Invariante intacto: envelope schema="1", exit codes y FSM sin cambios. Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- AGENTS.md | 8 +- docs/API.md | 25 +- .../0021-cli-agente-native-contrato.md | 24 ++ docs/decisiones/README.md | 2 +- src/bib2graph/cli/_errors.py | 8 +- src/bib2graph/cli/_options.py | 88 +++++ src/bib2graph/cli/commands/accept.py | 11 +- src/bib2graph/cli/commands/build.py | 11 +- src/bib2graph/cli/commands/chain.py | 11 +- src/bib2graph/cli/commands/curate.py | 13 +- src/bib2graph/cli/commands/enrich.py | 11 +- src/bib2graph/cli/commands/export.py | 11 +- src/bib2graph/cli/commands/filter.py | 11 +- src/bib2graph/cli/commands/gui.py | 8 +- src/bib2graph/cli/commands/init.py | 11 +- src/bib2graph/cli/commands/inspect.py | 11 +- src/bib2graph/cli/commands/monitor.py | 11 +- src/bib2graph/cli/commands/networks.py | 11 +- src/bib2graph/cli/commands/reject.py | 11 +- src/bib2graph/cli/commands/resolve.py | 11 +- src/bib2graph/cli/commands/restore.py | 11 +- src/bib2graph/cli/commands/seed.py | 15 +- src/bib2graph/cli/commands/snapshot.py | 11 +- src/bib2graph/cli/commands/status.py | 11 +- src/bib2graph/cli/commands/thesaurus.py | 11 +- src/bib2graph/cli/commands/validate.py | 11 +- tests/unit/test_cli_json_option.py | 344 ++++++++++++++++++ 27 files changed, 555 insertions(+), 167 deletions(-) create mode 100644 src/bib2graph/cli/_options.py create mode 100644 tests/unit/test_cli_json_option.py diff --git a/AGENTS.md b/AGENTS.md index 685eb8e..357b8ff 100644 --- a/AGENTS.md +++ b/AGENTS.md @@ -581,8 +581,12 @@ en el `index.html` servido). ### CLI como API para LLM y agentes -- Cada subcomando expone `--json` con salida estructurada (un objeto por corrida, - estable y versionado). +- Cada subcomando expone `--json` (por-comando, post-verbo) con salida estructurada + (un objeto por corrida, estable y versionado). **Alternativa por entorno:** `export + B2G_JSON=1` (truthy: `1`/`true`/`yes`) activa el modo JSON en **todos** los comandos + sin repetir el flag; precedencia `--json` > `B2G_JSON`, sin `--no-json` (#151). +- **stdout puro** en modo JSON: stdout = una línea-envelope `schema="1"` (incl. el + camino de error); el texto humano va a stderr. - Exit codes claros (ver §Manejo de errores). - Sin estado entre invocaciones: cada llamada es independiente. El agente orquesta orquestando subprocess. diff --git a/docs/API.md b/docs/API.md index e810fc3..3d4ef16 100644 --- a/docs/API.md +++ b/docs/API.md @@ -263,7 +263,8 @@ El CLI `b2g` (paquete `bib2graph.cli`, entry point `b2g = "bib2graph.cli:main"`) está **construido** con el contrato del ADR [0021](decisiones/0021-cli-agente-native-contrato.md). Cada -subcomando lleva `--json` (envelope estable/versionado) y exit codes (`0` éxito · `1` uso · `2` +subcomando lleva `--json` (envelope estable/versionado; también activable por entorno con +**`B2G_JSON=1`**, ver §Envelope JSON) y exit codes (`0` éxito · `1` uso · `2` datos · `3` dependencia · `4` red · `5` store/snapshot corrupto o bloqueado). **Sin estado entre invocaciones:** el estado vive en el `library.duckdb` del **workspace** (opción global **opcional** `--workspace`; `--store` fue eliminada en [#75](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/75), @@ -569,6 +570,28 @@ Click aborta el parseo **antes** de entrar al comando: se emite el mensaje de us exit code `1`, **sin** envelope JSON. El envelope versionado solo cubre errores que ocurren **dentro** de la ejecución del comando. +**stdout puro en modo JSON (ENFORCED, ADR 0021 §C; verificado #151).** En modo JSON (por `--json` +o por `B2G_JSON`, abajo) stdout emite **exactamente una línea**: el envelope `schema="1"` — y nada +más. Esto vale **también en el camino de error** (`ok=false` → envelope en stdout, no en stderr). El +texto de modo humano (progreso, avisos legibles) va a **stderr**, nunca a stdout. Un agente parsea +una línea JSON por invocación con la garantía de que stdout no trae ruido. + +**`B2G_JSON` — modo JSON por entorno (env var; #151, enmienda ADR 0021 §C).** Además del flag +`--json` (por-comando, **post-verbo**: `b2g --json` — la posición **no cambió**), el modo JSON +se activa con la variable de entorno **`B2G_JSON`**: + +- **Valores truthy** (case-insensitive): `1`, `true`, `yes`. Cualquier otra cosa (ausente, `0`, + `false`, `no`, vacío) = modo humano. +- **Alcance:** **todos** los comandos, incluido `init`. No hay que pasar `--json` en cada llamada. +- **Precedencia:** `--json` explícito **gana**; si no está, `B2G_JSON` truthy activa el modo JSON. + **No existe `--no-json`** (no se puede forzar modo humano teniendo `B2G_JSON` truthy salvo + desetear/cambiar la env var). +- **Recomendación agents-first:** un agente hace **`export B2G_JSON=1` una vez** al inicio de la + sesión y corre todo el ciclo (`init → seed → chain → … → export`) sin repetir `--json`. + +Aditivo y retrocompatible: el envelope `schema="1"`, los exit codes y la FSM **no cambian** (ver +ADR [0021](decisiones/0021-cli-agente-native-contrato.md) §C, enmienda 2026-06-27). + --- ## 0. Capa de servicios `service/` — contrato neutral compartido (AS-BUILT G1, ADR 0028) diff --git a/docs/decisiones/0021-cli-agente-native-contrato.md b/docs/decisiones/0021-cli-agente-native-contrato.md index c7b74a8..c3147a6 100644 --- a/docs/decisiones/0021-cli-agente-native-contrato.md +++ b/docs/decisiones/0021-cli-agente-native-contrato.md @@ -271,3 +271,27 @@ mensaje custom de migración. La **única forma canónica** de apuntar a la pers `--workspace ` o la resolución ambiente (`B2G_WORKSPACE` > walk-up del cwd buscando `workspace.json`). El modo degenerado (`.duckdb` suelto) **deja de existir**: un `.duckdb` legacy se adopta como workspace con `b2g init .` en su carpeta. Es un **BREAKING change** del contrato CLI. + +## Enmienda — `B2G_JSON` activa el modo JSON por entorno (2026-06-27, [#151](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/151)) + +> Enmienda **aditiva** al §C (envelope). El flag `--json` y su forma **no cambian**; el envelope +> `schema="1"`, los exit codes (§D) y la FSM (§F) quedan **intactos**. Complementa la enmienda al §C +> que reclamó el ADR [0037](0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) (stdout puro). Implementado + +> verificado (gate verde). + +El §C declaraba que `--json` es **lo único** que el comando imprime en stdout. Esta enmienda fija dos +cosas que el AS-BUILT explicita: + +1. **stdout puro ENFORCED.** En modo JSON, stdout emite **exactamente la línea-envelope**, incluido + el **camino de error** (`ok=false` → envelope en stdout, no en stderr). El texto de modo humano va + a **stderr**. Antes era contrato declarado; ahora está enforced y testeado. +2. **Activación por entorno con `B2G_JSON`.** El modo JSON se activa también con la variable de + entorno **`B2G_JSON`** (truthy: `1`/`true`/`yes`, case-insensitive), con alcance a **todos** los + comandos (incl. `init`). **Precedencia:** `--json` explícito > `B2G_JSON`. **No hay `--no-json`.** + La **superficie de invocación del flag no cambia**: `--json` sigue siendo por-comando y + **post-verbo** (`b2g --json`), no se vuelve global. Caso de uso agents-first: `export + B2G_JSON=1` una vez por sesión y no repetir el flag. + +En código se unificó el flag vía un decorador compartido `@json_option` (`cli/_options.py`, con +`json_mode(local_flag)` que resuelve flag-o-entorno); es refactor interno, **no** cambia el contrato +externo. Documentado en `docs/API.md` §convenciones CLI (Envelope JSON / `B2G_JSON`). diff --git a/docs/decisiones/README.md b/docs/decisiones/README.md index bf8fec8..b5c3dec 100644 --- a/docs/decisiones/README.md +++ b/docs/decisiones/README.md @@ -66,7 +66,7 @@ Qué se vuelve posible/fácil y qué se vuelve costoso/imposible. Trade-offs hon | [0018](0018-source-agnostico-calidad.md) | Contrato `Source` agnóstico (mínimo universal vs enriquecimiento) + reporte de calidad declarado | Aceptada | | [0019](0019-concurrencia-diferida.md) | Concurrencia diferida: limitación conocida, 1 archivo = 1 escritor | Aceptada | | [0020](0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md) | Método de forrajeo: scent bibliométrico determinista, backward puro / forward red, filtros que marcan `rejected` | Aceptada · **enmendada** (2026-06-15): scent pasa de frecuencia de enlace a **proyectores** (acoplamiento/co-citación/centralidad); `explain_candidate` y `[llm]` **eliminados** | -| [0021](0021-cli-agente-native-contrato.md) | Contrato del CLI agente-native `b2g`: set de 12 subcomandos (incl. `accept`/`reject`/`monitor`), envelope JSON versionado, exit codes por tipo, `--store` global | Aceptada · **enmendada** (2026-06-15): `status` muestra curación como acción siempre-disponible; refleja `reseed`/`MONITORED`; fix UTF-8 · **cleanup pre-v0.3** (2026-06-16): 12° subcomando `monitor` (→ `MONITORED`), asimetría del pre-check `monitor`/`chain`; alias `LoopState` retirado · **enmendada por [0037](0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md)** (2026-06-26): consolida la superficie 12→**10 verbos** (absorbe `monitor`/`inspect`/`networks`; `curate`/`read` noun-verb); envelope `schema="1"`/exit codes/FSM **intactos** | +| [0021](0021-cli-agente-native-contrato.md) | Contrato del CLI agente-native `b2g`: set de 12 subcomandos (incl. `accept`/`reject`/`monitor`), envelope JSON versionado, exit codes por tipo, `--store` global | Aceptada · **enmendada** (2026-06-15): `status` muestra curación como acción siempre-disponible; refleja `reseed`/`MONITORED`; fix UTF-8 · **cleanup pre-v0.3** (2026-06-16): 12° subcomando `monitor` (→ `MONITORED`), asimetría del pre-check `monitor`/`chain`; alias `LoopState` retirado · **enmendada por [0037](0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md)** (2026-06-26): consolida la superficie 12→**10 verbos** (absorbe `monitor`/`inspect`/`networks`; `curate`/`read` noun-verb); envelope `schema="1"`/exit codes/FSM **intactos** · **enmienda `B2G_JSON`** ([#151](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/151), 2026-06-27): env var truthy (`1`/`true`/`yes`) activa el modo JSON en **todos** los comandos (precedencia `--json` > env; sin `--no-json`); **stdout puro enforced** en `--json`/`B2G_JSON` (envelope único en stdout, incl. error); `--json` sigue por-comando post-verbo; envelope/exit/FSM intactos | | [0022](0022-producto-sin-ia-generativa.md) | El producto no usa IA generativa; la "inteligencia" del forrajeo es estructura bibliométrica | Aceptada | | [0023](0023-capa-constants-modelos-schema.md) | Capa base de vocabulario + modelos: `constants`, `ProvenanceEvent`, schema única (`PaperRow` ⇄ `CORPUS_SCHEMA`) | Aceptada | | [0024](0024-orden-d3-columna-secuencia-duckdb.md) | Orden D3 en DuckDB vía columna de secuencia interna (`_seq`) | Aceptada · AS-BUILT (2026-06-16) | diff --git a/src/bib2graph/cli/_errors.py b/src/bib2graph/cli/_errors.py index dea136b..2a5c36e 100644 --- a/src/bib2graph/cli/_errors.py +++ b/src/bib2graph/cli/_errors.py @@ -41,6 +41,7 @@ # Re-exportar la jerarquía desde la capa de servicios neutral (ADR 0028). # Los imports existentes de cli/ y tests resuelven a los mismos objetos. +from bib2graph.cli._options import json_mode as _resolve_json_mode from bib2graph.service.errors import ( B2GError, DataError, @@ -121,10 +122,9 @@ def handle_errors(command: str) -> Callable[[F], F]: def decorator(func: F) -> F: @wraps(func) def wrapper(*args: Any, **kwargs: Any) -> Any: - # Determinar modo JSON desde kwargs o ctx - json_mode: bool = kwargs.get("json_output", False) or kwargs.get( - "json", False - ) + # Determinar modo JSON desde el flag local (json_output) o env var B2G_JSON. + _local_flag = bool(kwargs.get("json_output", False)) + json_mode: bool = _resolve_json_mode(_local_flag) try: return func(*args, **kwargs) diff --git a/src/bib2graph/cli/_options.py b/src/bib2graph/cli/_options.py new file mode 100644 index 0000000..72fe1fb --- /dev/null +++ b/src/bib2graph/cli/_options.py @@ -0,0 +1,88 @@ +"""cli._options — Opciones Click compartidas entre subcomandos. + +Define el decorador ``json_option`` (una sola declaración del flag ``--json``) +y los helpers ``_env_truthy`` / ``json_mode`` para resolver el modo JSON desde +el flag local o la variable de entorno ``B2G_JSON``. + +Precedencia para activar el modo JSON: + 1. ``--json`` explícito en el comando (flag local ``json_output=True``). + 2. Variable de entorno ``B2G_JSON`` truthy (``"1"``, ``"true"``, ``"yes"``, + case-insensitive). + +Caso de uso agente-native: un agente setea ``B2G_JSON=1`` una vez y no pasa +``--json`` nunca más; todos los comandos emiten el envelope sin flag explícito. + +No hay ``--no-json``: el modo humano es el default cuando ni el flag ni la env +var están presentes. +""" + +from __future__ import annotations + +import os +from collections.abc import Callable +from typing import Any, TypeVar + +import click + +F = TypeVar("F", bound=Callable[..., Any]) + + +def _env_truthy(name: str) -> bool: + """Devuelve True si la variable de entorno ``name`` está seteada y es truthy. + + Considera truthy: ``"1"``, ``"true"``, ``"yes"`` (case-insensitive). + Todo lo demás (ausente, ``"0"``, ``"false"``, ``"no"``, vacío) → False. + + Args: + name: Nombre de la variable de entorno. + + Returns: + True si la variable tiene un valor truthy. + """ + val = os.environ.get(name, "").strip().lower() + return val in ("1", "true", "yes") + + +def json_mode(local_flag: bool) -> bool: + """Resuelve si el modo JSON está activo (flag local O env var ``B2G_JSON``). + + Precedencia: + 1. ``--json`` explícito (``local_flag=True``) → modo JSON. + 2. ``B2G_JSON`` truthy en el entorno → modo JSON. + 3. Ninguno → modo humano. + + Usalo en cada subcomando en lugar de ``if json_output:`` → + ``if json_mode(json_output):``. + + Args: + local_flag: Valor del flag ``--json`` recibido por el comando Click. + + Returns: + True si el modo JSON está activo (por flag o por entorno). + """ + return bool(local_flag) or _env_truthy("B2G_JSON") + + +def json_option(func: F) -> F: + """Decorador que agrega ``--json`` / ``json_output`` a un subcomando Click. + + Declaración única del flag; aplicado con ``@json_option`` en cada + subcomando en lugar de repetir el bloque ``@click.option("--json", ...)``. + El parámetro inyectado en la firma del comando es ``json_output: bool``. + + Para activar el modo JSON sin pasar el flag, setear ``B2G_JSON=1`` + (o ``"true"`` / ``"yes"``) en el entorno; ver ``json_mode``. + + Args: + func: Función Click a decorar. + + Returns: + La función decorada con la opción ``--json``. + """ + return click.option( + "--json", + "json_output", + is_flag=True, + default=False, + help="Salida JSON estructurada (también activado por B2G_JSON=1).", + )(func) diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/accept.py b/src/bib2graph/cli/commands/accept.py index e653f77..0876dc4 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/accept.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/accept.py @@ -22,6 +22,7 @@ from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import handle_errors +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import resolve_library_path # --------------------------------------------------------------------------- @@ -76,13 +77,7 @@ def run_accept( show_default=True, help="Identificador de quien decide.", ) -@click.option( - "--json", - "json_output", - is_flag=True, - default=False, - help="Salida JSON estructurada.", -) +@json_option @click.pass_context @handle_errors("accept") def accept_cmd( @@ -99,7 +94,7 @@ def accept_cmd( store_path = resolve_library_path(ctx.obj) data = run_accept(store_path, list(ids), by=by) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="accept", ok=True, diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/build.py b/src/bib2graph/cli/commands/build.py index 5af13b1..b775112 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/build.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/build.py @@ -29,6 +29,7 @@ from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import DependencyError, handle_errors +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_workspace if TYPE_CHECKING: @@ -298,13 +299,7 @@ def run_build( "Si el scope deja 0 papers, termina con exit 0 y un warning accionable." ), ) -@click.option( - "--json", - "json_output", - is_flag=True, - default=False, - help="Salida JSON estructurada.", -) +@json_option @click.pass_context @handle_errors("build") def build_cmd( @@ -328,7 +323,7 @@ def build_cmd( ws.library_path, out_dir=effective_out_dir, corpus_scope=corpus_scope ) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="build", ok=True, diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/chain.py b/src/bib2graph/cli/commands/chain.py index bfde30e..9d2ec7d 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/chain.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/chain.py @@ -15,6 +15,7 @@ from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import DependencyError, handle_errors from bib2graph.cli._ingest import normalize_and_dedup +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_library_path # --------------------------------------------------------------------------- @@ -283,13 +284,7 @@ def _run_chain_preview( "indica que se necesita fetch." ), ) -@click.option( - "--json", - "json_output", - is_flag=True, - default=False, - help="Salida JSON estructurada.", -) +@json_option @click.pass_context @handle_errors("chain") def chain_cmd( @@ -318,7 +313,7 @@ def chain_cmd( preview=preview, ) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="chain", ok=True, diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/curate.py b/src/bib2graph/cli/commands/curate.py index 5ce4f2f..d59ab92 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/curate.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/curate.py @@ -89,6 +89,7 @@ from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import DataError, UsageError, handle_errors +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_workspace from bib2graph.constants import Col, CurationStatus @@ -607,13 +608,7 @@ def run_curate_from_csv( show_default=True, help="Identificador de quien decide (solo con --from-csv).", ) -@click.option( - "--json", - "json_output", - is_flag=True, - default=False, - help="Salida JSON estructurada.", -) +@json_option @click.pass_context @handle_errors("curate") def curate_cmd( @@ -672,7 +667,7 @@ def curate_cmd( include_all=include_all, ) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="curate", ok=True, @@ -696,7 +691,7 @@ def curate_cmd( decided_at=now, ) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="curate", ok=True, diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/enrich.py b/src/bib2graph/cli/commands/enrich.py index 70a64b8..7411387 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/enrich.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/enrich.py @@ -20,6 +20,7 @@ from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import handle_errors +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_library_path # --------------------------------------------------------------------------- @@ -134,13 +135,7 @@ def run_enrich( "Default: sin tope (todos los citantes encontrados)." ), ) -@click.option( - "--json", - "json_output", - is_flag=True, - default=False, - help="Salida JSON estructurada.", -) +@json_option @click.pass_context @handle_errors("enrich") def enrich_cmd( @@ -166,7 +161,7 @@ def enrich_cmd( max_citing=max_citing, ) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="enrich", ok=True, diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/export.py b/src/bib2graph/cli/commands/export.py index a533722..d814aee 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/export.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/export.py @@ -19,6 +19,7 @@ from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import DataError, handle_errors +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import resolve_workspace # --------------------------------------------------------------------------- @@ -144,13 +145,7 @@ def run_export( "(default: /exports/ o /exports/)." ), ) -@click.option( - "--json", - "json_output", - is_flag=True, - default=False, - help="Salida JSON estructurada.", -) +@json_option @click.pass_context @handle_errors("export") def export_cmd( @@ -177,7 +172,7 @@ def export_cmd( networks_dir=ws.networks_dir, ) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="export", ok=True, diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/filter.py b/src/bib2graph/cli/commands/filter.py index 41752d5..8f73c33 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/filter.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/filter.py @@ -14,6 +14,7 @@ from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import DataError, handle_errors +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_library_path # --------------------------------------------------------------------------- @@ -145,13 +146,7 @@ def run_filter( default=None, help="Mínimo de citantes en cited_by_id.", ) -@click.option( - "--json", - "json_output", - is_flag=True, - default=False, - help="Salida JSON estructurada.", -) +@json_option @click.pass_context @handle_errors("filter") def filter_cmd( @@ -177,7 +172,7 @@ def filter_cmd( min_citations=min_citations, ) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="filter", ok=True, diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/gui.py b/src/bib2graph/cli/commands/gui.py index ac8020d..f0679c5 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/gui.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/gui.py @@ -163,7 +163,7 @@ def run_gui( app = build_gui_app(ws, token, static_dir) if static_dir is not None: - click.echo(f"Frontend servido desde: {static_dir}") + click.echo(f"Frontend servido desde: {static_dir}", err=True) else: click.echo( "Advertencia: frontend no construido aún (G4). " @@ -172,9 +172,9 @@ def run_gui( ) url = f"http://{host}:{port}" - click.echo(f"b2g GUI — API en {url}") - click.echo(f"Token: {token}") - click.echo("Usá este token como Bearer en el header Authorization.") + click.echo(f"b2g GUI — API en {url}", err=True) + click.echo(f"Token: {token}", err=True) + click.echo("Usá este token como Bearer en el header Authorization.", err=True) if not no_browser: import webbrowser diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/init.py b/src/bib2graph/cli/commands/init.py index 6f0f0d2..56d7f0a 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/init.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/init.py @@ -25,6 +25,7 @@ from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import UsageError, handle_errors +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option # --------------------------------------------------------------------------- # Función núcleo (testeable, sin Click) @@ -75,13 +76,7 @@ def run_init(path: Path, name: str) -> dict[str, Any]: "Nombre legible de la investigación (default: nombre del directorio destino)." ), ) -@click.option( - "--json", - "json_output", - is_flag=True, - default=False, - help="Salida JSON estructurada.", -) +@json_option @handle_errors("init") def init_cmd( target: str, @@ -113,7 +108,7 @@ def init_cmd( data = run_init(target_path, resolved_name) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="init", ok=True, diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/inspect.py b/src/bib2graph/cli/commands/inspect.py index 573f999..fd20a19 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/inspect.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/inspect.py @@ -14,6 +14,7 @@ from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import DataError, handle_errors +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_library_path from bib2graph.constants import Col @@ -119,13 +120,7 @@ def run_inspect( default=None, help="ID del paper a inspeccionar.", ) -@click.option( - "--json", - "json_output", - is_flag=True, - default=False, - help="Salida JSON estructurada.", -) +@json_option @click.pass_context @handle_errors("inspect") def inspect_cmd( @@ -141,7 +136,7 @@ def inspect_cmd( store_path = resolve_library_path(ctx.obj) data = run_inspect(store_path, paper_id=paper_id) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="inspect", ok=True, diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/monitor.py b/src/bib2graph/cli/commands/monitor.py index 4eb71f4..257ff7a 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/monitor.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/monitor.py @@ -18,6 +18,7 @@ from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import DataError, handle_errors +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_library_path # --------------------------------------------------------------------------- @@ -123,13 +124,7 @@ def run_monitor( default=None, help="Email para el polite pool de OpenAlex (recomendado).", ) -@click.option( - "--json", - "json_output", - is_flag=True, - default=False, - help="Salida JSON estructurada.", -) +@json_option @click.pass_context @handle_errors("monitor") def monitor_cmd( @@ -149,7 +144,7 @@ def monitor_cmd( store_path = resolve_library_path(ctx.obj) data = run_monitor(store_path, email=email) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="monitor", ok=True, diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/networks.py b/src/bib2graph/cli/commands/networks.py index 5af3be0..7622366 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/networks.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/networks.py @@ -29,6 +29,7 @@ from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import DataError, DependencyError, handle_errors +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_workspace from bib2graph.cli.commands.build import _write_artifacts @@ -122,13 +123,7 @@ def run_networks( "(default: /networks/ o /networks/)." ), ) -@click.option( - "--json", - "json_output", - is_flag=True, - default=False, - help="Salida JSON estructurada.", -) +@json_option @click.pass_context @handle_errors("networks") def networks_cmd( @@ -151,7 +146,7 @@ def networks_cmd( data = run_networks(ws.library_path, spec_path, out_dir=effective_out_dir) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="networks", ok=True, diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/reject.py b/src/bib2graph/cli/commands/reject.py index 044df08..b14cd32 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/reject.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/reject.py @@ -22,6 +22,7 @@ from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import handle_errors +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import resolve_library_path # --------------------------------------------------------------------------- @@ -76,13 +77,7 @@ def run_reject( show_default=True, help="Identificador de quien decide.", ) -@click.option( - "--json", - "json_output", - is_flag=True, - default=False, - help="Salida JSON estructurada.", -) +@json_option @click.pass_context @handle_errors("reject") def reject_cmd( @@ -99,7 +94,7 @@ def reject_cmd( store_path = resolve_library_path(ctx.obj) data = run_reject(store_path, list(ids), by=by) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="reject", ok=True, diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/resolve.py b/src/bib2graph/cli/commands/resolve.py index 6c07dc6..d0a26fb 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/resolve.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/resolve.py @@ -24,6 +24,7 @@ from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import handle_errors +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import resolve_library_path # --------------------------------------------------------------------------- @@ -72,13 +73,7 @@ def run_resolve( default=None, help="Email para el polite pool de OpenAlex (recomendado).", ) -@click.option( - "--json", - "json_output", - is_flag=True, - default=False, - help="Salida JSON estructurada.", -) +@json_option @click.pass_context @handle_errors("resolve") def resolve_cmd( @@ -106,7 +101,7 @@ def resolve_cmd( store_path = resolve_library_path(ctx.obj) data = run_resolve(store_path, email=email) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="resolve", ok=True, diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/restore.py b/src/bib2graph/cli/commands/restore.py index 8c3aa3a..8340989 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/restore.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/restore.py @@ -32,6 +32,7 @@ from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import DataError, handle_errors from bib2graph.cli._ingest import normalize_and_dedup +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_library_path # --------------------------------------------------------------------------- @@ -161,13 +162,7 @@ def run_restore( "(producido por b2g snapshot)." ), ) -@click.option( - "--json", - "json_output", - is_flag=True, - default=False, - help="Salida JSON estructurada.", -) +@json_option @click.pass_context @handle_errors("restore") def restore_cmd( @@ -193,7 +188,7 @@ def restore_cmd( store_path = resolve_library_path(ctx.obj) data = run_restore(store_path, corpus_path) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="restore", ok=True, diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/seed.py b/src/bib2graph/cli/commands/seed.py index 1f15405..029c863 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/seed.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/seed.py @@ -37,6 +37,7 @@ handle_errors, ) from bib2graph.cli._ingest import normalize_and_dedup +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_library_path # --------------------------------------------------------------------------- @@ -395,13 +396,7 @@ def run_seed_from_bib( "(solo con --from-bib; encadena b2g resolve automáticamente)." ), ) -@click.option( - "--json", - "json_output", - is_flag=True, - default=False, - help="Salida JSON estructurada.", -) +@json_option @click.pass_context @handle_errors("seed") def seed_cmd( @@ -499,7 +494,7 @@ def seed_cmd( # --- Modo --from-bib (BibTeX local, sin red) --- if bib_path is not None: data = run_seed_from_bib(store_path, bib_path, resolve=do_resolve, email=email) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="seed", ok=True, @@ -537,7 +532,7 @@ def seed_cmd( min_year=spec.min_year, max_year=spec.max_year, ) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="seed", ok=True, @@ -568,7 +563,7 @@ def seed_cmd( max_year=max_year, ) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="seed", ok=True, diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/snapshot.py b/src/bib2graph/cli/commands/snapshot.py index f90ed49..b1d93b6 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/snapshot.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/snapshot.py @@ -17,6 +17,7 @@ from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import handle_errors +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_workspace # --------------------------------------------------------------------------- @@ -71,13 +72,7 @@ def run_snapshot( "(default: /snapshots/ o /snapshots/)." ), ) -@click.option( - "--json", - "json_output", - is_flag=True, - default=False, - help="Salida JSON estructurada.", -) +@json_option @click.pass_context @handle_errors("snapshot") def snapshot_cmd( @@ -98,7 +93,7 @@ def snapshot_cmd( data = run_snapshot(ws.library_path, out_dir=effective_out_dir) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="snapshot", ok=True, diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/status.py b/src/bib2graph/cli/commands/status.py index 6c7dd07..3d4f8a5 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/status.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/status.py @@ -26,6 +26,7 @@ from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import handle_errors +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import open_store_readonly, resolve_workspace from bib2graph.cycle import CURATION_ACTIONS, available_transitions, next_best_action from bib2graph.networks.facade import predict_build_preview @@ -173,13 +174,7 @@ def run_status(store_path: str | Path) -> dict[str, Any]: @click.command("status") -@click.option( - "--json", - "json_output", - is_flag=True, - default=False, - help="Salida JSON estructurada.", -) +@json_option @click.pass_context @handle_errors("status") def status_cmd( @@ -229,7 +224,7 @@ def status_cmd( data["networks_cache_stale"] = stale - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="status", ok=True, diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/thesaurus.py b/src/bib2graph/cli/commands/thesaurus.py index df98f3b..9460a08 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/thesaurus.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/thesaurus.py @@ -33,6 +33,7 @@ from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import DataError, handle_errors +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_library_path # --------------------------------------------------------------------------- @@ -143,13 +144,7 @@ def run_thesaurus( "Sobrescribe keywords_id con los conceptos canónicos del mapa." ), ) -@click.option( - "--json", - "json_output", - is_flag=True, - default=False, - help="Salida JSON estructurada.", -) +@json_option @click.pass_context @handle_errors("thesaurus") def thesaurus_cmd( @@ -175,7 +170,7 @@ def thesaurus_cmd( store_path = resolve_library_path(ctx.obj) data = run_thesaurus(store_path, thesaurus_path) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="thesaurus", ok=True, diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/validate.py b/src/bib2graph/cli/commands/validate.py index e98efc6..90944ed 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/validate.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/validate.py @@ -14,6 +14,7 @@ from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import DataError, StoreError, handle_errors +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import open_store_readonly, resolve_library_path from bib2graph.constants import Col, CurationStatus @@ -111,13 +112,7 @@ def run_validate(store_path: str | Path) -> dict[str, Any]: @click.command("validate") -@click.option( - "--json", - "json_output", - is_flag=True, - default=False, - help="Salida JSON estructurada.", -) +@json_option @click.pass_context @handle_errors("validate") def validate_cmd( @@ -131,7 +126,7 @@ def validate_cmd( store_path = resolve_library_path(ctx.obj) data = run_validate(store_path) - if json_output: + if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( command="validate", ok=True, diff --git a/tests/unit/test_cli_json_option.py b/tests/unit/test_cli_json_option.py new file mode 100644 index 0000000..9087687 --- /dev/null +++ b/tests/unit/test_cli_json_option.py @@ -0,0 +1,344 @@ +"""Tests del decorador compartido ``json_option`` y helper ``json_mode``. + +Cubre (DoD sub-issue #151): + 1. Helpers ``_env_truthy`` y ``json_mode`` — lógica pura. + 2. Flag ``--json`` (post-verbo): stdout exactamente una línea JSON válida, + ``schema == "1"``. + 3. Env var ``B2G_JSON=1`` sin flag: activa el mismo comportamiento. + 4. Precedencia: flag gana; ``B2G_JSON`` activa sin flag. + 5. Camino de ERROR con ``--json``: stdout = una línea envelope ``ok=False``. + 6. Anti-regresión: en modo JSON, stdout NUNCA más de una línea. + 7. Borde SIN envelope: error de parseo Click → stderr, stdout vacío. + +Estrategia: la mayoría de comandos se llaman sin workspace activo (no hay +``workspace.json`` en el cwd del runner aislado) → ``UsageError`` → +``handle_errors`` emite el envelope de error → exactamente una línea en stdout. +Para ``init`` se prueba el camino exitoso porque crea su propio workspace. + +Nota: Click 8.4+ provee ``result.stdout`` y ``result.stderr`` como streams +separados; ``result.stdout`` mezcla ambos. Todos los asserts sobre stdout +usan ``result.stdout``. + +Marcador: ``unit`` (sin red ni DuckDB persistente; el runner usa filesystem +aislado temporal). +""" + +from __future__ import annotations + +import json +import os +from unittest.mock import patch + +import pytest +from click.testing import CliRunner + +from bib2graph.cli import b2g +from bib2graph.cli._options import _env_truthy, json_mode + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 1. Helpers puros — _env_truthy y json_mode +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +class TestEnvTruthy: + """Verifica valores truthy/falsy reconocidos por ``_env_truthy``.""" + + def test_valor_1_es_truthy(self) -> None: + with patch.dict(os.environ, {"_B2G_TEST_VAR": "1"}): + assert _env_truthy("_B2G_TEST_VAR") is True + + def test_valor_true_es_truthy(self) -> None: + with patch.dict(os.environ, {"_B2G_TEST_VAR": "true"}): + assert _env_truthy("_B2G_TEST_VAR") is True + + def test_valor_yes_es_truthy(self) -> None: + with patch.dict(os.environ, {"_B2G_TEST_VAR": "yes"}): + assert _env_truthy("_B2G_TEST_VAR") is True + + def test_mayusculas_son_truthy(self) -> None: + with patch.dict(os.environ, {"_B2G_TEST_VAR": "TRUE"}): + assert _env_truthy("_B2G_TEST_VAR") is True + + def test_valor_0_es_falsy(self) -> None: + with patch.dict(os.environ, {"_B2G_TEST_VAR": "0"}): + assert _env_truthy("_B2G_TEST_VAR") is False + + def test_variable_ausente_es_falsy(self) -> None: + # Asegura que la variable no existe en el entorno + with patch.dict(os.environ, {}, clear=False): + os.environ.pop("_B2G_TEST_VAR", None) + assert _env_truthy("_B2G_TEST_VAR") is False + + def test_valor_vacio_es_falsy(self) -> None: + with patch.dict(os.environ, {"_B2G_TEST_VAR": ""}): + assert _env_truthy("_B2G_TEST_VAR") is False + + +@pytest.mark.unit +class TestJsonMode: + """Verifica la lógica de precedencia de ``json_mode``.""" + + def test_flag_local_activa_json(self) -> None: + with patch.dict(os.environ, {}, clear=False): + os.environ.pop("B2G_JSON", None) + assert json_mode(True) is True + + def test_env_var_activa_json_sin_flag(self) -> None: + with patch.dict(os.environ, {"B2G_JSON": "1"}): + assert json_mode(False) is True + + def test_ninguno_retorna_false(self) -> None: + with patch.dict(os.environ, {}, clear=False): + os.environ.pop("B2G_JSON", None) + assert json_mode(False) is False + + def test_flag_y_env_var_retornan_true(self) -> None: + """Con ambos activos, el resultado sigue siendo True.""" + with patch.dict(os.environ, {"B2G_JSON": "1"}): + assert json_mode(True) is True + + def test_env_var_false_sin_flag_retorna_false(self) -> None: + with patch.dict(os.environ, {"B2G_JSON": "0"}): + assert json_mode(False) is False + + def test_env_var_true_string_activa_json(self) -> None: + with patch.dict(os.environ, {"B2G_JSON": "true"}): + assert json_mode(False) is True + + def test_env_var_yes_activa_json(self) -> None: + with patch.dict(os.environ, {"B2G_JSON": "yes"}): + assert json_mode(False) is True + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 2. Helpers de test para CliRunner +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _assert_one_json_line(stdout: str, *, schema: str = "1") -> dict: + """Aserta que stdout es exactamente una línea JSON con ``schema`` correcto. + + Returns: + El dict parseado para asserts adicionales. + """ + lines = [ln for ln in stdout.splitlines() if ln.strip()] + assert len(lines) == 1, ( + f"Se esperaba exactamente 1 línea en stdout, se obtuvieron {len(lines)}:\n" + f"{stdout!r}" + ) + data = json.loads(lines[0]) + assert data.get("schema") == schema, ( + f"schema esperado '{schema}', obtenido {data.get('schema')!r}" + ) + return data + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 3. Parametrizado sobre comandos que emiten envelope +# (camino de error: sin workspace → UsageError → error envelope) +# --------------------------------------------------------------------------- + +# Comandos y sus argumentos mínimos para pasar la validación de Click. +# Todos fallarán en el interior (no hay workspace) → handle_errors → +# envelope de error (ok=False) → una línea en stdout. +_CMDS_NO_WORKSPACE: list[list[str]] = [ + ["status", "--json"], + ["validate", "--json"], + ["inspect", "--json"], + ["build", "--json"], + ["export", "--json"], + ["snapshot", "--json"], + ["chain", "--json"], + ["filter", "--json"], + ["enrich", "--json"], + ["monitor", "--json"], + ["resolve", "--json"], + ["accept", "--ids", "DUMMY_ID", "--json"], + ["reject", "--ids", "DUMMY_ID", "--json"], + ["curate", "--dump", "--json"], + ["restore", "--from-corpus", "nonexistent.parquet", "--json"], + ["seed", "--equation", "test query", "--json"], + ["thesaurus", "--from", "nonexistent.json", "--json"], +] + + +@pytest.mark.unit +@pytest.mark.parametrize("cmd_args", _CMDS_NO_WORKSPACE) +def test_json_flag_stdout_una_linea_envelope(cmd_args: list[str]) -> None: + """Con ``--json``, stdout es exactamente una línea de envelope JSON válido.""" + runner = CliRunner() + with runner.isolated_filesystem(): + result = runner.invoke(b2g, cmd_args, catch_exceptions=False) + stdout = result.stdout + _assert_one_json_line(stdout) + + +@pytest.mark.unit +@pytest.mark.parametrize("cmd_args", _CMDS_NO_WORKSPACE) +def test_b2g_json_env_var_stdout_una_linea_envelope(cmd_args: list[str]) -> None: + """Con ``B2G_JSON=1`` sin flag ``--json``, stdout es una línea de envelope.""" + # args sin --json (quitarlo si está presente) + args_sin_json = [a for a in cmd_args if a != "--json"] + runner = CliRunner() + with runner.isolated_filesystem(): + result = runner.invoke( + b2g, args_sin_json, env={"B2G_JSON": "1"}, catch_exceptions=False + ) + stdout = result.stdout + _assert_one_json_line(stdout) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 4. Comando init — camino exitoso +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_init_json_happy_path_stdout_una_linea() -> None: + """``b2g init --json`` exitoso: stdout = una línea envelope ok=True.""" + runner = CliRunner() + with runner.isolated_filesystem(): + result = runner.invoke(b2g, ["init", "mi-ws", "--json"], catch_exceptions=False) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + assert data["ok"] is True + assert data["command"] == "init" + assert data["exit_code"] == 0 + + +@pytest.mark.unit +def test_init_b2g_json_env_var_happy_path() -> None: + """``b2g init `` con ``B2G_JSON=1``: stdout = una línea envelope ok=True.""" + runner = CliRunner() + with runner.isolated_filesystem(): + result = runner.invoke( + b2g, ["init", "mi-ws"], env={"B2G_JSON": "1"}, catch_exceptions=False + ) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + assert data["ok"] is True + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 5. Camino de ERROR — error envelope en stdout (ok=False) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_error_envelope_stdout_ok_false_sin_workspace() -> None: + """Comando sin workspace → UsageError → envelope ok=False en stdout.""" + runner = CliRunner() + with runner.isolated_filesystem(): + result = runner.invoke(b2g, ["status", "--json"], catch_exceptions=False) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + assert data["ok"] is False + assert "error" in data + assert data["error"] is not None + + +@pytest.mark.unit +def test_error_modo_humano_stderr_no_stdout() -> None: + """Modo humano: error va a stderr, NO a stdout.""" + runner = CliRunner() + with runner.isolated_filesystem(): + result = runner.invoke(b2g, ["status"], catch_exceptions=False) + # stdout debe estar vacío (el mensaje de error fue a stderr) + assert result.stdout.strip() == "", ( + f"stdout debería estar vacío en modo humano-error, obtuvo: {result.stdout!r}" + ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 6. Precedencia +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_precedencia_flag_sin_env_var() -> None: + """``--json`` explícito activa JSON aunque ``B2G_JSON`` no esté seteada.""" + runner = CliRunner() + with runner.isolated_filesystem(): + # B2G_JSON ausente del env inyectado + result = runner.invoke( + b2g, + ["status", "--json"], + env={"B2G_JSON": "0"}, # explícitamente falsy + catch_exceptions=False, + ) + # El flag --json gana sobre B2G_JSON=0 + _assert_one_json_line(result.stdout) + + +@pytest.mark.unit +def test_precedencia_env_var_sin_flag() -> None: + """``B2G_JSON=1`` activa JSON sin pasar ``--json``.""" + runner = CliRunner() + with runner.isolated_filesystem(): + result = runner.invoke( + b2g, ["status"], env={"B2G_JSON": "1"}, catch_exceptions=False + ) + _assert_one_json_line(result.stdout) + + +@pytest.mark.unit +def test_sin_flag_ni_env_var_modo_humano() -> None: + """Sin ``--json`` ni ``B2G_JSON``: stderr tiene el error (modo humano).""" + runner = CliRunner() + with runner.isolated_filesystem(): + result = runner.invoke( + b2g, ["status"], env={"B2G_JSON": "0"}, catch_exceptions=False + ) + # stdout vacío en modo humano-error + assert result.stdout.strip() == "" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 7. Anti-regresión: stdout NUNCA más de una línea en modo JSON +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +@pytest.mark.parametrize("cmd_args", _CMDS_NO_WORKSPACE) +def test_anti_regresion_stdout_max_una_linea_con_json(cmd_args: list[str]) -> None: + """Guard: stdout NUNCA supera una línea no-vacía en modo JSON.""" + runner = CliRunner() + with runner.isolated_filesystem(): + result = runner.invoke(b2g, cmd_args, catch_exceptions=False) + lineas = [ln for ln in result.stdout.splitlines() if ln.strip()] + assert len(lineas) <= 1, ( + f"stdout tiene {len(lineas)} líneas en modo JSON ({cmd_args[0]}):\n" + f"{result.stdout!r}" + ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 8. Borde SIN envelope: errores de parseo de Click +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_opcion_desconocida_no_emite_envelope() -> None: + """Opción desconocida → Click stderr, stdout vacío, exit 2 (sin envelope).""" + runner = CliRunner() + with runner.isolated_filesystem(): + result = runner.invoke(b2g, ["status", "--opcion-inexistente"]) + # stdout debe estar vacío (no hay envelope para errores de parseo de Click) + assert result.stdout.strip() == "", ( + f"stdout debería estar vacío ante opción desconocida, obtuvo: {result.stdout!r}" + ) + # Click retorna exit code 2 para errores de uso + assert result.exit_code == 2 + + +@pytest.mark.unit +def test_b2g_json_env_var_valores_truthy_alternativos() -> None: + """``B2G_JSON=true`` y ``B2G_JSON=yes`` también activan el modo JSON.""" + for val in ("true", "yes", "TRUE", "True", "YES"): + runner = CliRunner() + with runner.isolated_filesystem(): + result = runner.invoke( + b2g, ["status"], env={"B2G_JSON": val}, catch_exceptions=False + ) + ( + _assert_one_json_line(result.stdout), + f"B2G_JSON={val!r} debería activar JSON mode", + ) From c4aee240bc6c3b95650bf2f0015025ff60e2b970 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sat, 27 Jun 2026 16:30:45 -0500 Subject: [PATCH 06/27] =?UTF-8?q?feat(build):=20absorber=20networks=20via?= =?UTF-8?q?=20--spec=20+=20--scope/--min-weight=20+=20diagn=C3=B3stico=20r?= =?UTF-8?q?ed-vac=C3=ADa=20(#159)=20(#169)?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Sub-issue del epic #167 (superficie CLI 0.10.0, ADR 0037 a/e + 0038). - build absorbe la capacidad de networks vía `build --spec YAML` (modo declarativo) sin perder el one-shot (sin --spec = Networks.quick). Helper compartido _build_from_spec_file = fuente única para build --spec y networks. - build --spec transiciona el FSM a BUILT y sella .corpus_hash (paso BUILD pleno, decisión PO D1); networks sigue ortogonal (frontera con #165). - Renombre --corpus-scope→--scope all|accepted|seeds (default all, ADR 0038 P2); --corpus-scope queda como alias deprecado oculto (avisa a stderr; cierra 0.11.0). - --min-weight N filtra aristas; solo en modo quick. Con --spec se ignora con aviso a stderr (el umbral vive en el YAML por-red). - Diagnóstico de red-vacía en build-time reusando predict_build_preview (no-divergencia con status-time, ADR 0037 §e, por-corpus). Warning a stderr en humano; en --json va en data.empty_networks (separado de data.warnings). En modo spec el reason culpa al min_weight del YAML, no al --min-weight CLI. - data.scope expone el token CLI (seeds); data.corpus_scope conserva el vocab interno (seeds_only) para backward compat y como gancho estable de #160. - Networks.quick extendido con min_weight. - Docs en lockstep: API.md (build/networks/scope/empty_networks), AGENTS.md, enmienda append-only D1 al ADR 0037. Invariante intacto: envelope schema="1", exit codes y FSM (apply_transition) sin cambios. Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- AGENTS.md | 4 + docs/API.md | 106 +- .../0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md | 28 + src/bib2graph/cli/commands/build.py | 316 ++++- src/bib2graph/cli/commands/networks.py | 34 +- src/bib2graph/networks/facade.py | 7 +- tests/unit/test_build_absorber_networks.py | 1122 +++++++++++++++++ 7 files changed, 1534 insertions(+), 83 deletions(-) create mode 100644 tests/unit/test_build_absorber_networks.py diff --git a/AGENTS.md b/AGENTS.md index 357b8ff..6c982b5 100644 --- a/AGENTS.md +++ b/AGENTS.md @@ -54,6 +54,10 @@ `_write_artifacts` (mismos GraphML + metrics.json + clusters.csv que `build`); **NO** transiciona el `CycleState` ni sella `.corpus_hash` (transversal al lazo, como `enrich`/`curate`). `pyyaml` pasó a dependencia del núcleo (import perezoso). **516 tests verdes**. Ver `docs/API.md` §10. + **Absorbido por `b2g build --spec` (#159, ADR 0037 (a) / 0038):** `build` ahora carga el mismo YAML + (helper compartido `_build_from_spec_file`) y **sí** transiciona a `BUILT` + sella `.corpus_hash` + (decisión D1); `build` suma `--scope all|accepted|seeds` (default `all`) y `--min-weight` (solo modo + quick). `networks` y `--corpus-scope` quedan como **alias en deprecación** (cierran 0.11.0). - **MVP GUI — Hitos G1–G5 COMPLETOS · build entero del MVP (AS-BUILT 2026-06-18, ADR [0028](docs/decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md)):** los 5 hitos de construcción están **AS-BUILT** en `feat/gui-g1-capa-servicios` — G1 (capa de servicios neutral + contrato subido), diff --git a/docs/API.md b/docs/API.md index 3d4ef16..dc9392a 100644 --- a/docs/API.md +++ b/docs/API.md @@ -93,7 +93,9 @@ > **16° subcomando `b2g networks --spec`** (construye cada red con `Networks.build` y el helper > compartido `_write_artifacts`; mismo envelope que `build`; **NO** transiciona el `CycleState` ni > sella `.corpus_hash`). `pyyaml` pasó a dependencia del núcleo (import perezoso). Ver §10 + -> §convenciones CLI. +> §convenciones CLI. **(Actualización #159, ADR 0038):** esta capa declarativa fue **absorbida por +> `b2g build --spec`** —que **sí** transiciona y sella (decisión D1)—; `networks` queda como alias en +> **deprecación** (cierra 0.11.0). Ver §`build`. > > **Sincronizado con la capa declarativa de ecuación + `restore` — #33 / Ciclo 9a (AS-BUILT, 2026-06-17):** > dos cambios de la capa declarativa (ADR [0030](decisiones/0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md)). @@ -435,17 +437,21 @@ resolución DOI→`source_id` del flujo BibTeX e2e, issues #110/#112, ADR que el Forager guarde `scent` en provenance) y **`cluster` siempre vacío** (integración con redes diferida). **Curación TRANSVERSAL: `curate` NO transiciona el `CycleState`** (disponible en cualquier estado del lazo, igual que `accept`/`reject`; ADR 0016 enmendado R3). `--json` con `schema="1"`. -- **`networks`** (Hito 9, AS-BUILT 2026-06-17): **capa declarativa** — construye redes desde un YAML - versionable. **`b2g networks --spec `** carga la lista de specs con `load_specs` (§10; +- **`networks`** (Hito 9, **EN DEPRECACIÓN — absorbido por `build --spec`**, ADR 0037 (a) / 0038, + ventana cierra 0.11.0): **capa declarativa** — construye redes desde un YAML versionable. + **`b2g networks --spec `** carga la lista de specs con `load_specs` (§10; clave raíz `networks:`), construye cada red con `Networks.build` y escribe artefactos con el helper compartido **`_write_artifacts`** (extraído de `build.py`): mismos GraphML + `metrics.json` + - `clusters.csv` que `build`, en `//`. **`--out-dir`** override (default - `/networks/`); resolución de store/workspace idéntica a `build` (`resolve_workspace`). - `--json` con `schema="1"`, mismo formato que `build` (lista de redes en `data["networks"]`, con - `clusters_csv` condicional). **Ejecución ad-hoc transversal al lazo: NO transiciona el `CycleState` - ni sella `networks/.corpus_hash`** (mismo criterio que `enrich`/`curate`). Errores accionables: - YAML malformado / spec inválida → `DataError` (exit 2); falta `python-louvain` → `DependencyError` - (exit 3). + `clusters.csv` que `build`, en `//`. La carga YAML + proyección la comparte con + `build --spec` vía **`_build_from_spec_file`** (fuente única; frontera con #165). **`--out-dir`** + override (default `/networks/`); resolución de store/workspace idéntica a `build` + (`resolve_workspace`). `--json` con `schema="1"`, mismo formato que `build` (lista de redes en + `data["networks"]`, con `clusters_csv` condicional). **Diferencia clave con `build --spec`:** + `networks` es **ad-hoc transversal al lazo** y **NO** transiciona el `CycleState` ni sella + `networks/.corpus_hash` (mismo criterio que `curate`); `build --spec` **sí** lo hace (decisión D1, + ADR 0038 — ver §`build`). **Recomendado:** usá `build --spec` (paso BUILD pleno). Errores + accionables: YAML malformado / spec inválida → `DataError` (exit 2); falta `python-louvain` → + `DependencyError` (exit 3). - **`gui`** (Hito G3 del MVP GUI, AS-BUILT 2026-06-18, ADR [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md), 19° subcomando): **levanta la API local FastAPI** (§0.2) con `uvicorn` y sirve la SPA buildeada de `gui/static/` si existe (AS-BUILT G4; @@ -506,16 +512,57 @@ nodo→corpus por `Col.ID` — ese mapeo no existe para nodos que no son papers, (no crash) y el comando omite el archivo. Lo mismo aplica a `b2g networks --spec` (comparten `_write_artifacts`). -**`build --corpus-scope [all|accepted|seeds_only]` (AS-BUILT #56):** filtra el corpus por estado de -curación **antes** de proyectar (vía `Corpus.scoped`, §1.2). **Default `all`** = corpus completo -(opt-in, sin cambio de comportamiento). `accepted` = semillas (`is_seed=True`) + papers aceptados; -`seeds_only` = solo semillas. El `networks/.corpus_hash` se sella con el hash del corpus **FILTRADO** -(no del vivo completo), y `clusters.csv`/`decorate` reflejan exactamente ese subset (sin drift). Si el -scope deja **0 papers**: **exit 0** + `warning` accionable ("corré `b2g curate`… o usá -`--corpus-scope=all`") — **no** es error; escribe `networks/` vacío con `.corpus_hash` vacío. El -envelope `--json` suma `data["corpus_scope"]` (y `warnings`). **NO confundir con `NetworkSpec.scope` -(§10):** ejes distintos. `--corpus-scope` filtra el **corpus entero** por curación (un input al -`build`); `NetworkSpec.scope` (`full`/`seeds_only`) es **por-red declarativa** sobre `is_seed`. +**`build` — dos modos, una superficie (AS-BUILT #159, ADR 0037 (a)(e) + 0038):** `build` absorbe la +capacidad de `networks` vía `--spec`, sin perder el one-shot. + +- **`build` (sin `--spec`) = modo quick:** computa `Networks.quick` (4-5 redes principales). +- **`build --spec ` = modo declarativo:** carga la lista de specs con `load_specs` + (§10, clave raíz `networks:`) y construye cada red con `Networks.build`. El helper compartido + `_build_from_spec_file` (en `build.py`) es la **fuente única** para `build --spec` y para el alias + `networks` (frontera con #165). **A diferencia de `networks`** (alias en deprecación, ortogonal al + lazo, NO transiciona), **`build --spec` SÍ transiciona el FSM a `BUILT` y sella `.corpus_hash`** —es + un paso BUILD pleno (decisión PO **D1**, ADR 0038). + +**`--scope [all|accepted|seeds]` (default `all`, ADR 0038 P2):** filtra el corpus por estado de +curación **antes** de proyectar (vía `Corpus.scoped`, §1.2). **Default `all`** = corpus completo (el +one-shot corre sin curar). `accepted` = semillas (`is_seed=True`) + papers aceptados; `seeds` = solo +semillas. Aplica en **ambos** modos (quick y spec). El `networks/.corpus_hash` se sella con el hash +del corpus **FILTRADO** (no del vivo completo), y `clusters.csv`/`decorate` reflejan exactamente ese +subset (sin drift). Si el scope deja **0 papers**: **exit 0** + `warning` accionable ("corré +`b2g curate`… o usá `--scope=all`") — **no** es error; escribe `networks/` vacío con `.corpus_hash` +vacío. **NO confundir con `NetworkSpec.scope` (§10):** ejes distintos. `--scope` filtra el **corpus +entero** por curación (un input al `build`); `NetworkSpec.scope` (`full`/`seeds_only`) es **por-red +declarativa** sobre `is_seed`. + +- **`--corpus-scope [all|accepted|seeds_only]` = alias DEPRECADO (oculto en `--help`):** vocab + antiguo previo a #159. Sigue funcionando con **aviso a stderr** y tiene precedencia si se pasa junto + a `--scope`; **la ventana cierra en 0.11.0** (ADR 0038 P1). Su vocab (`seeds_only`) es el vocab + interno de `Corpus.scoped`; `--scope seeds` mapea a él. + +**`--min-weight N` (solo modo quick):** descarta aristas con peso < N (default 1 = sin filtro). **Solo +aplica sin `--spec`.** Con `--spec`, cada red usa el `min_weight` declarado en su YAML por-red, y +pasar **`--min-weight` junto a `--spec` emite un warning a stderr** ("se ignora con `--spec`") — no +falla, pero el valor del CLI se descarta. + +**Diagnóstico de red-vacía en build-time (ADR 0037 §(e), no-divergencia con status-time):** `build` +reusa `predict_build_preview` (la **misma** fuente que usa `status`) para diagnosticar redes que salen +vacías. En modo humano va como `warning` a stderr; en `--json` va en el envelope como +**`data["empty_networks"]`** — una lista de `{kind, reason, fix_command}`, **separada** de +`data["warnings"]` (que queda reservado para avisos **corpus-level**, p. ej. el scope con 0 papers). +Si una red sale vacía por el `min_weight` del YAML (modo spec), el `reason` **culpa al spec** +(no al `--min-weight` del CLI) y `fix_command=None`. + +**Esquema de respuesta `--json` (`data`):** `networks_built`, `artifacts_dir`, `corpus_hash`, +**`scope`** = **token CLI** (`seeds`/`accepted`/`all`, gancho estable para #160 maturity), +**`corpus_scope`** = vocab interno (`seeds_only`/…, backward-compat), `networks` (lista, con +`clusters_csv` condicional), `warnings` (corpus-level) y `empty_networks` (diagnóstico por-red). +Invariante: envelope `schema="1"`, exit codes y FSM intactos; todo lo de #159 es **aditivo**. + +> **No-divergencia es por-corpus.** La garantía de no-divergencia entre el diagnóstico de red-vacía de +> `build` y el de `status` (ADR 0037 §(e)) es **sobre el mismo corpus de entrada**. Con `--scope != all`, +> `predict_build_preview` corre sobre el **corpus filtrado**, así que los conteos del `reason` pueden +> diferir legítimamente de los de `status` sobre el corpus completo. La **lógica es fuente única**; lo +> que varía es el corpus que se le pasa. **`snapshot` (AS-BUILT #32, 2026-06-17):** `b2g snapshot` sella una foto reproducible del estado vivo (parquet + `manifest.json`, ADR 0017). **`--out-dir` pasó a override OPCIONAL** — sin él, escribe en @@ -981,8 +1028,9 @@ class Corpus: OR `curation_status == 'accepted'`; `'seeds_only'` = `is_seed == True`. Scope inválido → `ValueError` accionable. Determinista: dos llamadas con el mismo scope dan corpora con el mismo `corpus_hash` (subset estable). `'all'` reusa el backend; los otros materializan el - filtro en un `InMemoryBackend`. Lo usa `b2g build --corpus-scope` para sellar el hash del - corpus FILTRADO. Issue #56. **NO confundir con `NetworkSpec.scope`** (§10): aquel es un + filtro en un `InMemoryBackend`. Lo usa `b2g build --scope` (vocab CLI `seeds`→`seeds_only`; + alias deprecado `--corpus-scope` usa este vocab interno) para sellar el hash del + corpus FILTRADO. Issue #56 / #159. **NO confundir con `NetworkSpec.scope`** (§10): aquel es un eje por-red (`full`/`seeds_only`) sobre `is_seed`; `scoped()` filtra el corpus entero por curación antes de proyectar.""" @@ -2200,14 +2248,16 @@ Migración de un `.duckdb` legacy: corré **`b2g init .`** en su carpeta para ad workspace (`--store` y el modo degenerado fueron eliminados en [#75](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/75)). -El **modo declarativo** (`b2g networks --spec redes.yaml`, `NetworkSpec` desde YAML) está -**construido** (Hito 9, AS-BUILT 2026-06-17): un YAML versionable describe qué redes calcular. +El **modo declarativo** (`NetworkSpec` desde un YAML versionable) está **construido** y se invoca con +**`b2g build --spec redes.yaml`** (AS-BUILT #159): un YAML versionable describe qué redes calcular. ```bash -# Hito 9: pipeline declarativo desde un YAML versionable (dentro del workspace) -b2g networks --spec redes.yaml --json # carga load_specs(redes.yaml) → Networks.build por red → +# Pipeline declarativo desde un YAML versionable (dentro del workspace) +b2g build --spec redes.yaml --json # carga load_specs(redes.yaml) → Networks.build por red → # escribe networks// (GraphML + metrics.json + clusters.csv) + # transiciona a BUILT y sella .corpus_hash (D1, ADR 0038) ``` -`b2g networks` es **ad-hoc / transversal al lazo**: **NO** transiciona el `CycleState` ni sella -`networks/.corpus_hash` (igual criterio que `enrich`/`curate`). Ver §convenciones CLI. +`b2g build --spec` es un **paso BUILD pleno**: transiciona el `CycleState` a `BUILT` y sella +`networks/.corpus_hash`. El alias `b2g networks --spec` (**en deprecación**, cierra 0.11.0) hace lo +mismo pero **NO** transiciona ni sella (ad-hoc transversal al lazo). Ver §convenciones CLI. diff --git a/docs/decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md b/docs/decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md index 2edb471..c3aa782 100644 --- a/docs/decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md +++ b/docs/decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md @@ -230,3 +230,31 @@ diagnostica antes** —el agente no se queda con una "cara de éxito" vacía. - **Un comando "doctor" nuevo para el diagnóstico.** Rechazada: agrega superficie para decir lo que `status` —el mapa— debe decir. El diagnóstico entra como **campos aditivos** del envelope de `status` (mismo patrón que R3 del 0021), respetando el invariante de subcomandos. + +## Enmienda 2026-06-27 (append-only) — D1: `build --spec` es un paso BUILD pleno (#159) + +> Anotación append-only (no revierte nada de arriba; mismo patrón que la enmienda 2026-06-27 al +> [0021](0021-cli-agente-native-contrato.md) §C). Decidida por el **PO** durante la implementación de +> la absorción `networks`→`build --spec` (decisión (a)/(d) + ADR +> [0038](0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md)). + +La decisión (a) absorbió la capa declarativa de `networks` en **`build --spec`**, pero dejó implícito +un matiz que la implementación tuvo que resolver: **¿`build --spec` transiciona el FSM y sella el +hash, o se comporta como `networks` (ad-hoc, sin transición)?** El verbo `networks` —histórico— **no** +transicionaba ni sellaba `.corpus_hash` (transversal al lazo, como `enrich`/`curate`). + +**D1 (PO):** **`build --spec` SÍ transiciona a `BUILT` y sella `networks/.corpus_hash`** —es un paso +BUILD pleno, idéntico al `build` quick en lo que respecta al FSM—. El alias `networks` (en +deprecación, cierra 0.11.0 por 0038 P1) **conserva** su comportamiento histórico (no transiciona, no +sella). Es decir: lo que define la transición es **el verbo `build`**, no el modo (quick/spec). + +- **Por qué:** `build` *es* el paso BUILD del ciclo; correrlo con `--spec` sigue siendo materializar + redes en ese paso, así que debe avanzar el FSM y sellar la cache (coherente con la tabla de verbos + del 0037: `build → BUILT`). Mantener `--spec` sin transición reintroduciría la ambigüedad que la + absorción quería cerrar. +- **Frontera con #165:** el helper compartido `_build_from_spec_file` es la **fuente única** de carga + YAML + proyección para `build --spec` y `networks`; cuando `networks` se retire (0.11.0), no habrá + reconciliación pendiente. +- **Invariante:** envelope `schema="1"`, exit codes y la forma del FSM **no cambian**; D1 solo fija + *cuándo* se dispara la transición ya existente. Contrato AS-BUILT en + [`../API.md`](../API.md) §`build`. diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/build.py b/src/bib2graph/cli/commands/build.py index b775112..0265e64 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/build.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/build.py @@ -1,15 +1,29 @@ """cli.commands.build — Subcomando ``b2g build``. -Computa las redes bibliométricas con Networks.quick y escribe artefactos -a disco. Transiciona el CycleState a BUILT tras persistir con éxito. +Computa las redes bibliométricas y escribe artefactos a disco. +Transiciona el CycleState a BUILT tras persistir con éxito. + +Modos de operación (ADR 0038, #159): + - **Sin ``--spec``** (one-shot): usa ``Networks.quick``. Construye las 4-5 + redes principales. + - **Con ``--spec``** (declarativo): carga un YAML con ``load_specs`` y + construye cada red con ``Networks.build``. Absorbe la capacidad de + ``b2g networks``, pero con transición de FSM y sellado de hash (D1). + +En AMBOS modos: + - ``--scope`` pre-filtra el corpus (``all`` / ``accepted`` / ``seeds``). + - ``--min-weight`` filtra aristas con peso < N (default 1 = sin filtro). + - Se transiciona a BUILT y se sella ``networks/.corpus_hash``. + - Se diagnostican redes vacías en build-time, reusando ``predict_build_preview`` + (fuente única con ``status``, ADR 0037 §(e)). ADR 0029 — workspace: El directorio de artefactos es ``/networks/`` por defecto. Si se pasa ``--out-dir`` explícito, se usa ese. ADR 0029 — sellado por corpus_hash: - Escribe ``networks/.corpus_hash`` con el hash del corpus que produjo - las redes. Permite detectar staleness sin un build system completo. + Escribe ``networks/.corpus_hash`` con el hash del corpus **filtrado** que + produjo las redes. Permite detectar staleness sin un build system completo. Los artefactos se escriben en ``//``: - ``network.graphml``: el grafo en formato GraphML. @@ -22,13 +36,14 @@ import csv as _csv import json +import sys from pathlib import Path from typing import TYPE_CHECKING, Any import click from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human -from bib2graph.cli._errors import DependencyError, handle_errors +from bib2graph.cli._errors import DataError, DependencyError, handle_errors from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_workspace @@ -37,6 +52,71 @@ from bib2graph.networks.spec import NetworkArtifact +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helper: mapeo del vocabulario CLI de --scope al vocabulario interno de corpus.scoped() +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _map_scope(scope: str) -> str: + """Mapea el vocab de ``--scope`` (CLI) al vocab interno de ``corpus.scoped()``. + + ``--scope`` usa ``seeds`` (forma corta), mientras que ``corpus.scoped()`` + espera ``seeds_only``. Los demás valores son idénticos en ambos vocabs. + + Args: + scope: Valor del flag ``--scope`` (``all`` | ``accepted`` | ``seeds``). + + Returns: + Vocabulario interno: ``all`` | ``accepted`` | ``seeds_only``. + """ + if scope == "seeds": + return "seeds_only" + return scope + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helper compartido: carga de specs YAML + construcción de artefactos +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _build_from_spec_file( + corpus: Corpus, + spec_path: str | Path, +) -> list[NetworkArtifact]: + """Carga specs YAML y construye artefactos con ``Networks.build``. + + Helper compartido entre ``run_build --spec`` y ``run_networks``. + Centraliza la carga YAML + proyección para que ambos comandos no diverjan + (frontera con #165: cuando ``networks`` se retire, no habrá reconciliación). + + Args: + corpus: Corpus ya filtrado (scope aplicado por quien llama). + spec_path: Ruta al archivo YAML con la definición de redes. + + Returns: + Lista de ``NetworkArtifact`` en el orden del YAML. + + Raises: + DataError: Si el YAML está malformado o alguna spec es inválida. + DependencyError: Si falta ``python-louvain`` al detectar comunidades. + """ + from bib2graph.networks.facade import Networks + from bib2graph.networks.spec import load_specs + + try: + specs = load_specs(spec_path) + except (ValueError, FileNotFoundError) as exc: + raise DataError(str(exc)) from exc + + try: + return [Networks.build(corpus, spec) for spec in specs] + except ImportError as exc: + raise DependencyError( + f"Dependencia faltante para detectar comunidades: {exc}. " + "Instalá python-louvain: uv add python-louvain." + ) from exc + + # --------------------------------------------------------------------------- # Helper compartido: escritura de artefactos por red # --------------------------------------------------------------------------- @@ -165,16 +245,27 @@ def run_build( *, out_dir: str | Path | None = None, corpus_scope: str = "all", + spec_path: str | Path | None = None, + min_weight: int = 1, + scope_cli_token: str | None = None, ) -> dict[str, Any]: """Computa redes bibliométricas y escribe artefactos a disco. - Usa ``Networks.quick`` para las 4 redes principales (coupling, co-autoría, - institución, co-word). Escribe GraphML + metrics.json por red. + Modos de operación (#159 — absorción de ``networks``): + - **Sin ``spec_path``**: usa ``Networks.quick(corpus, min_weight=min_weight)`` + para las 4-5 redes principales. + - **Con ``spec_path``**: carga YAML con ``load_specs`` y construye cada red + con ``Networks.build``. + + En AMBOS modos: + - ``corpus_scope`` pre-filtra el corpus antes de construir redes. + - Se transiciona a BUILT y se sella ``networks/.corpus_hash`` con el hash + del corpus **filtrado** (D1 — ADR 0038). + - Se diagnostican redes vacías usando ``predict_build_preview`` como fuente + única (ADR 0037 §(e) — no-divergencia con ``status``). + Para redes de paper con comunidades detectadas escribe también clusters.csv (tabla de resumen de comunidades, issue #31). - Sella ``networks/.corpus_hash`` con el hash del corpus **filtrado** que las - produjo (no del corpus vivo completo). - Transiciona a BUILT tras escribir con éxito. Args: store_path: Ruta al archivo ``.duckdb``. @@ -182,19 +273,30 @@ def run_build( corpus_scope: Filtro de curación aplicado antes de construir las redes. ``'all'`` (default) = corpus completo; ``'accepted'`` = semillas + aceptados; ``'seeds_only'`` = solo semillas. + spec_path: Ruta al YAML de specs (opcional). Si se omite, usa quick. + min_weight: Peso mínimo de arista. Default 1 = sin filtro. + Solo aplica al modo quick (sin spec); en modo spec, ``NetworkSpec`` + del YAML lleva su propio ``min_weight``. + scope_cli_token: Token CLI tal como lo tipió el usuario + (``'seeds'``/``'accepted'``/``'all'``). Si se pasa, ``data["scope"]`` + expone este token en lugar del vocab interno. Permite que #160 + (maturity) y la CLI sean consistentes. Si se omite (llamadas directas + sin CLI), ``data["scope"]`` queda igual a ``corpus_scope``. Returns: Dict con ``networks_built``, ``artifacts_dir``, ``corpus_hash``, - ``corpus_scope`` y lista de redes. + ``corpus_scope`` (vocab interno), ``scope`` (token CLI o vocab interno), + lista de redes, ``warnings`` y ``empty_networks``. Raises: + DataError: Si ``spec_path`` está malformado (modo spec). DependencyError: Si falta ``python-louvain``. StoreError: Si el store está bloqueado. """ import warnings as _warnings from bib2graph.cycle import apply_transition - from bib2graph.networks.facade import Networks + from bib2graph.networks.facade import Networks, predict_build_preview store = open_store(store_path) try: @@ -222,7 +324,7 @@ def run_build( if len(corpus) == 0: msg = ( f"scope='{corpus_scope}' dejó 0 papers; " - "corré `b2g curate` para aceptar papers o usá `--corpus-scope=all`." + "corré `b2g curate` para aceptar papers o usá `--scope=all`." ) _warnings.warn(msg, stacklevel=2) build_warnings.append(msg) @@ -234,22 +336,85 @@ def run_build( "artifacts_dir": str(artifacts_dir), "corpus_hash": "", "corpus_scope": corpus_scope, + "scope": corpus_scope, "networks": [], "warnings": build_warnings, + "empty_networks": [], } - try: - artifacts = Networks.quick(corpus) - except ImportError as exc: - raise DependencyError( - f"Dependencia faltante para detectar comunidades: {exc}. " - "Instalá python-louvain: uv add python-louvain." - ) from exc + # Diagnóstico pre-build (ADR 0037 §(e), fuente única con status-time). + # Indexado por kind para lookup O(1) en el loop post-build. + preview_by_kind = {str(e["kind"]): e for e in predict_build_preview(corpus)} + + # Construir artefactos según el modo. + if spec_path is not None: + # Modo declarativo: YAML → specs → Networks.build por red. + # _build_from_spec_file levanta DataError / DependencyError. + artifacts = _build_from_spec_file(corpus, spec_path) + else: + # Modo quick: Networks.quick con min_weight propagado a cada spec. + try: + artifacts = Networks.quick(corpus, min_weight=min_weight) + except ImportError as exc: + raise DependencyError( + f"Dependencia faltante para detectar comunidades: {exc}. " + "Instalá python-louvain: uv add python-louvain." + ) from exc networks_info = _write_artifacts(artifacts, corpus, artifacts_dir) + # Diagnóstico de redes vacías en build-time. + # Reusa los reason/fix_command del preview (fuente única — ADR 0037 §(e)). + # Si el preview predijo no-vacía pero salió vacía, sospechamos min_weight. + empty_networks: list[dict[str, object]] = [] + for art in artifacts: + kind_str = str(art.spec.kind) + is_empty = ( + art.graph.number_of_nodes() == 0 or art.graph.number_of_edges() == 0 + ) + if not is_empty: + continue + + preview_entry = preview_by_kind.get(kind_str) + if preview_entry and preview_entry["would_be_empty"]: + # Preview ya predijo vacía — usar su reason/fix_command (no-divergencia). + reason: str = ( + str(preview_entry["reason"]) + if preview_entry["reason"] + else "Red vacía" + ) + fix_cmd: str | None = ( + str(preview_entry["fix_command"]) + if preview_entry["fix_command"] + else None + ) + elif spec_path is None and min_weight > 1: + # Modo quick: el --min-weight del CLI filtró todas las aristas. + reason = f"0 aristas con peso ≥ {min_weight}; bajá --min-weight" + fix_cmd = f"b2g build --min-weight {min_weight - 1}" + elif spec_path is not None and art.spec.min_weight > 1: + # Modo spec: el min_weight del propio YAML filtró todas las aristas. + # El --min-weight de la CLI NO se usa en modo spec → no sugerir bajarlo. + reason = ( + f"0 aristas con peso ≥ {art.spec.min_weight} " + f"(min_weight del spec '{kind_str}'); ajustá el spec" + ) + fix_cmd = None + else: + # Caso inesperado: red vacía sin causa clara identificable. + reason = "Red vacía (sin datos suficientes)" + fix_cmd = None + + empty_networks.append( + {"kind": kind_str, "reason": reason, "fix_command": fix_cmd} + ) + # Los diagnósticos de red vacía van solo en data["empty_networks"]. + # data["warnings"] queda reservado para avisos de corpus-scope + # (p. ej. "0 papers"); esto mantiene la compat con tests pre-0.10.0 + # que verifican data["warnings"] == [] cuando el corpus no está vacío. + # ADR 0029 — sellar con corpus_hash del corpus FILTRADO (no del vivo completo). - # Esto garantiza que el hash refleja exactamente lo que produjo las redes. + # D1: en AMBOS modos (quick y spec) transicionar + sellar (ADR 0038). from bib2graph.backends.memory import compute_corpus_hash corpus_hash = compute_corpus_hash(corpus.to_arrow()) @@ -261,13 +426,21 @@ def run_build( finally: store.close() + # FIX 2 — gancho para #160 (maturity): "scope" expone el token CLI tal como + # lo tipió el usuario ("seeds"/"accepted"/"all"), NO el vocab interno + # ("seeds_only"). Esto hace que la superficie de agents-first sea consistente. + # Cuando se llama sin CLI (tests unitarios directos), scope_cli_token=None + # y se usa corpus_scope como fallback (preserva compat pre-0.10.0). + scope_display = scope_cli_token if scope_cli_token is not None else corpus_scope return { "networks_built": len(artifacts), "artifacts_dir": str(artifacts_dir), "corpus_hash": corpus_hash, "corpus_scope": corpus_scope, + "scope": scope_display, "networks": networks_info, "warnings": build_warnings, + "empty_networks": empty_networks, } @@ -286,32 +459,71 @@ def run_build( ), ) @click.option( - "--corpus-scope", - "corpus_scope", - type=click.Choice(["all", "accepted", "seeds_only"]), + "--scope", + "scope", + type=click.Choice(["all", "accepted", "seeds"]), default="all", show_default=True, help=( "Filtra el corpus antes de construir las redes. " - "'all' = corpus completo (default, sin cambio de comportamiento); " - "'accepted' = semillas (is_seed=True) + papers aceptados por curación; " - "'seeds_only' = solo semillas (is_seed=True). " + "'all' = corpus completo (default); " + "'accepted' = semillas (is_seed=True) + papers aceptados; " + "'seeds' = solo semillas (is_seed=True). " "Si el scope deja 0 papers, termina con exit 0 y un warning accionable." ), ) +@click.option( + "--corpus-scope", + "corpus_scope_deprecated", + type=click.Choice(["all", "accepted", "seeds_only"]), + default=None, + hidden=True, + help=( + "DEPRECATED (cierra en 0.11.0): usar --scope. " + "Acepta los valores antiguos all|accepted|seeds_only." + ), +) +@click.option( + "--spec", + "spec_path", + type=click.Path(exists=True, dir_okay=False), + default=None, + help=( + "Ruta al YAML con la especificación de redes. " + "Si se pasa, usa Networks.build por spec en lugar de Networks.quick. " + "Sigue transicionando a BUILT y sellando corpus_hash (D1)." + ), +) +@click.option( + "--min-weight", + "min_weight", + type=int, + default=1, + show_default=True, + help=( + "Peso mínimo de arista (default 1 = sin filtro). " + "Aristas con peso < N se descartan. " + "Solo aplica al modo quick (sin --spec); en modo spec el YAML lleva su propio min_weight." + ), +) @json_option @click.pass_context @handle_errors("build") def build_cmd( ctx: click.Context, out_dir: str | None, - corpus_scope: str, + scope: str, + corpus_scope_deprecated: str | None, + spec_path: str | None, + min_weight: int, json_output: bool, ) -> None: - """Computa las 4 redes con Networks.quick y escribe artefactos. + """Computa redes bibliométricas y escribe artefactos. - Tras el build, el estado del lazo transiciona a BUILT. - El directorio networks/ queda sellado con .corpus_hash del corpus filtrado. + Sin ``--spec``: usa Networks.quick (4-5 redes principales). + Con ``--spec``: carga el YAML y construye cada red con Networks.build. + + En ambos modos transiciona a BUILT y sella networks/.corpus_hash. """ # ADR 0029: usar networks_dir del workspace si no se especifica --out-dir ws = resolve_workspace(ctx.obj) @@ -319,8 +531,38 @@ def build_cmd( if effective_out_dir is None: effective_out_dir = ws.networks_dir + # Resolver scope: --corpus-scope deprecado tiene prioridad con aviso. + if corpus_scope_deprecated is not None: + print( + "AVISO: --corpus-scope está deprecado y se eliminará en 0.11.0; " + "usá --scope en su lugar.", + file=sys.stderr, + ) + # El vocab deprecado (all|accepted|seeds_only) ya es el vocab interno. + # Preservamos el mismo token para scope_cli_token (compat pre-0.10.0). + internal_scope = corpus_scope_deprecated + cli_token: str = corpus_scope_deprecated + else: + # El vocab nuevo (all|accepted|seeds) necesita mapeo para seeds→seeds_only. + internal_scope = _map_scope(scope) + # scope es el token tal como lo tipió el usuario ("seeds"/"accepted"/"all"). + cli_token = scope + + # FIX 1a — footgun: --min-weight se ignora en modo spec. + # Avisar explícitamente para no perder la intención del usuario en silencio. + if spec_path is not None and min_weight > 1: + print( + "--min-weight se ignora con --spec; cada red usa el min_weight de su YAML.", + file=sys.stderr, + ) + data = run_build( - ws.library_path, out_dir=effective_out_dir, corpus_scope=corpus_scope + ws.library_path, + out_dir=effective_out_dir, + corpus_scope=internal_scope, + spec_path=spec_path, + min_weight=min_weight, + scope_cli_token=cli_token, ) if json_mode(json_output): @@ -333,8 +575,16 @@ def build_cmd( ) emit(envelope) else: + # Warnings van a stderr en modo humano (ADR 0021 §C; patrón de status.py). for w in data.get("warnings", []): - emit_human(f"ADVERTENCIA: {w}") + print(f"ADVERTENCIA: {w}", file=sys.stderr) + # Diagnósticos de redes vacías también a stderr (no son warnings de corpus). + for en in data.get("empty_networks", []): + fix = f" Sugerencia: {en['fix_command']}" if en.get("fix_command") else "" + print( + f"ADVERTENCIA: Red '{en['kind']}' vacía — {en['reason']}.{fix}", + file=sys.stderr, + ) emit_human(f"Redes construidas: {data['networks_built']}") emit_human(f"Artefactos en: {data['artifacts_dir']}") emit_human(f"corpus_hash: {data['corpus_hash']}") diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/networks.py b/src/bib2graph/cli/commands/networks.py index 7622366..5b2aedd 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/networks.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/networks.py @@ -18,6 +18,12 @@ Envelope ``--json`` (schema="1"): lista de redes en el mismo formato que ``b2g build``. + +#159 — helper compartido: + ``run_networks`` delega la carga YAML y proyección a ``_build_from_spec_file`` + (definido en ``build.py``). Esto garantiza que ``build --spec`` y + ``networks --spec`` nunca diverjan, y que #165 pueda retirar ``networks`` + sin reconciliar dos implementaciones. """ from __future__ import annotations @@ -28,10 +34,10 @@ import click from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human -from bib2graph.cli._errors import DataError, DependencyError, handle_errors +from bib2graph.cli._errors import handle_errors from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_workspace -from bib2graph.cli.commands.build import _write_artifacts +from bib2graph.cli.commands.build import _build_from_spec_file, _write_artifacts # --------------------------------------------------------------------------- # Función núcleo (testeable, sin Click) @@ -46,9 +52,9 @@ def run_networks( ) -> dict[str, Any]: """Construye redes bibliométricas desde una especificación YAML. - Carga ``spec_path`` con ``load_specs``, construye cada red con - ``Networks.build`` y escribe artefactos con el helper ``_write_artifacts`` - (compartido con ``run_build``). + Carga ``spec_path`` con ``load_specs`` (vía ``_build_from_spec_file``), + construye cada red con ``Networks.build`` y escribe artefactos con el + helper ``_write_artifacts`` (compartido con ``run_build``). NO transiciona el ``CycleState`` ni sella ``.corpus_hash``: esta operación es transversal al lazo bibliométrico (igual que ``enrich`` @@ -68,9 +74,6 @@ def run_networks( DependencyError: Si falta ``python-louvain``. StoreError: Si el store está bloqueado. """ - from bib2graph.networks.facade import Networks - from bib2graph.networks.spec import load_specs - store = open_store(store_path) corpus = store.load() @@ -80,18 +83,9 @@ def run_networks( else: artifacts_dir = Path(out_dir) - try: - specs = load_specs(spec_path) - except (ValueError, FileNotFoundError) as exc: - raise DataError(str(exc)) from exc - - try: - artifacts = [Networks.build(corpus, spec) for spec in specs] - except ImportError as exc: - raise DependencyError( - f"Dependencia faltante para detectar comunidades: {exc}. " - "Instalá python-louvain: uv add python-louvain." - ) from exc + # Delegar carga YAML + proyección al helper compartido con build --spec. + # Levanta DataError (YAML inválido) o DependencyError (louvain faltante). + artifacts = _build_from_spec_file(corpus, spec_path) networks_info = _write_artifacts(artifacts, corpus, artifacts_dir) diff --git a/src/bib2graph/networks/facade.py b/src/bib2graph/networks/facade.py index 43fdd8c..bbe3bef 100644 --- a/src/bib2graph/networks/facade.py +++ b/src/bib2graph/networks/facade.py @@ -620,7 +620,7 @@ def build(corpus: Corpus, spec: NetworkSpec) -> NetworkArtifact: return _build_artifact(corpus, spec) @staticmethod - def quick(corpus: Corpus) -> list[NetworkArtifact]: + def quick(corpus: Corpus, *, min_weight: int = 1) -> list[NetworkArtifact]: """Construye las redes principales con configuración razonable. Arma specs para: acoplamiento bibliográfico (full), co-autoría, @@ -633,6 +633,9 @@ def quick(corpus: Corpus) -> list[NetworkArtifact]: Args: corpus: Corpus de origen. + min_weight: Peso mínimo de arista (#159 — ``build --min-weight``). + Default 1 = sin filtro (comportamiento anterior intacto). + Si es > 1, las aristas con peso < N se filtran en todas las redes. Returns: Lista de 4 o 5 ``NetworkArtifact`` (coupling, co-autoría, @@ -651,5 +654,5 @@ def quick(corpus: Corpus) -> list[NetworkArtifact]: "para proyectar con los citantes disponibles." ) - specs = [NetworkSpec(kind=k) for k in kinds] + specs = [NetworkSpec(kind=k, min_weight=min_weight) for k in kinds] return [_build_artifact(corpus, spec) for spec in specs] diff --git a/tests/unit/test_build_absorber_networks.py b/tests/unit/test_build_absorber_networks.py new file mode 100644 index 0000000..8a4eee1 --- /dev/null +++ b/tests/unit/test_build_absorber_networks.py @@ -0,0 +1,1122 @@ +"""Tests TDD — ``b2g build`` absorbe capacidad de ``b2g networks`` (#159). + +Cubre las decisiones y contratos del sub-issue #159 (ADR 0038): + +1. **Paridad**: ``build --spec YAML`` produce los mismos artefactos que + ``networks --spec`` para el mismo YAML. +2. **D1**: ``build --spec`` transiciona FSM a BUILT y sella ``.corpus_hash`` + (comportamiento deliberadamente distinto a ``networks``). +3. **Scopes**: ``--scope all|accepted|seeds`` filtran el corpus y sellan el hash + del corpus filtrado. +4. **Alias deprecado**: ``--corpus-scope seeds_only`` sigue funcionando y avisa + deprecación a stderr; no contamina stdout en ``--json``. +5. **min-weight**: aristas con peso < N se filtran; red vacía → warning específico. +6. **No-divergencia** (ADR 0037 §(e)): corpus sin ``keywords_id`` → ``build`` + exit 0, warning ``reason``/``fix_command`` coincide con ``predict_build_preview``. +7. **--json**: warning solo en envelope, stdout exactamente una línea JSON, + ``data.empty_networks`` presente cuando aplica, ``schema="1"``. + +Marcador: ``unit`` (DuckDB en tmp_path, sin red real). +""" + +from __future__ import annotations + +import json +from pathlib import Path +from typing import Any + +import pyarrow as pa +import pytest + +from bib2graph.constants import NetworkKind +from bib2graph.corpus import Corpus +from bib2graph.schemas import CORPUS_SCHEMA + +pytestmark = pytest.mark.unit + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helpers de fixture +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _row( + id: str, + *, + is_seed: bool = True, + curation_status: str = "candidate", + references_id: list[str] | None = None, + authors_id: list[str] | None = None, + institutions_id: list[str] | None = None, + keywords_id: list[str] | None = None, + keywords_raw: list[str] | None = None, + cited_by_id: list[str] | None = None, +) -> dict[str, Any]: + """Fila mínima con schema canónico completo.""" + return { + "id": id, + "source_id": None, + "doi": None, + "title": f"Paper {id}", + "year": 2020, + "abstract": None, + "source": None, + "language": None, + "publisher": None, + "research_areas": None, + "is_seed": is_seed, + "curation_status": curation_status, + "provenance": None, + "authors_raw": None, + "authors_id": authors_id, + "authors_affiliations": None, + "keywords_raw": keywords_raw, + "keywords_id": keywords_id, + "institutions_raw": None, + "institutions_id": institutions_id, + "references_id": references_id, + "references_doi": None, + "cited_by_id": cited_by_id, + } + + +def _make_corpus(*rows: dict[str, Any]) -> Corpus: + """Construye un Corpus en memoria desde filas dict.""" + table = pa.Table.from_pylist(list(rows), schema=CORPUS_SCHEMA) + return Corpus.from_arrow(table) + + +def _seed_store(store_path: Path, rows: list[dict[str, Any]]) -> None: + """Persiste un conjunto de filas en un DuckDB temporal.""" + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) + corpus = Corpus.from_arrow(table) + store = DuckDBStore(store_path) + store.persist(corpus) + store.close() + + +def _rows_con_referencias() -> list[dict[str, Any]]: + """3 papers con referencias compartidas → produce aristas de coupling.""" + return [ + _row( + f"P{i}", + references_id=[f"REF_{i}", "REF_SHARED"], + authors_id=[f"AUTH_{i}", "AUTH_0"], + keywords_id=[f"KW_{i}", "KW_SHARED"], + institutions_id=[f"INST_{i}"], + ) + for i in range(3) + ] + + +def _write_spec(path: Path, kinds: list[str]) -> None: + """Escribe un YAML de specs para los kinds dados.""" + lines = ["networks:"] + for k in kinds: + lines.append(f" - kind: {k}") + path.write_text("\n".join(lines) + "\n", encoding="utf-8") + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 1. Paridad: build --spec ≡ networks --spec +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestParidadBuildVsNetworks: + """build --spec y networks --spec deben producir los mismos artefactos.""" + + def test_paridad_artefactos_mismos_nodos_aristas(self, tmp_path: Path) -> None: + """build --spec y networks --spec con el mismo YAML → mismos nodos/aristas.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + from bib2graph.cli.commands.networks import run_networks + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path, _rows_con_referencias()) + + spec_file = tmp_path / "redes.yaml" + _write_spec(spec_file, ["bibliographic_coupling"]) + + out_build = tmp_path / "out_build" + out_nets = tmp_path / "out_nets" + + data_build = run_build(store_path, out_dir=out_build, spec_path=spec_file) + data_nets = run_networks(store_path, spec_file, out_dir=out_nets) + + # Misma cantidad de redes + assert data_build["networks_built"] == data_nets["networks_built"] + + # Mismos nodos y aristas por red (mismo kind) + build_by_kind = {n["kind"]: n for n in data_build["networks"]} + nets_by_kind = {n["kind"]: n for n in data_nets["networks"]} + + for kind in build_by_kind: + assert kind in nets_by_kind, f"kind '{kind}' falta en networks" + assert build_by_kind[kind]["nodes"] == nets_by_kind[kind]["nodes"], ( + f"kind={kind}: nodos divergen" + ) + assert build_by_kind[kind]["edges"] == nets_by_kind[kind]["edges"], ( + f"kind={kind}: aristas divergen" + ) + + def test_paridad_multiples_redes(self, tmp_path: Path) -> None: + """Con 2 redes en el YAML, build --spec y networks --spec coinciden.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + from bib2graph.cli.commands.networks import run_networks + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path, _rows_con_referencias()) + + spec_file = tmp_path / "redes.yaml" + _write_spec(spec_file, ["bibliographic_coupling", "keyword_cooccurrence"]) + + data_build = run_build(store_path, out_dir=tmp_path / "b", spec_path=spec_file) + data_nets = run_networks(store_path, spec_file, out_dir=tmp_path / "n") + + assert data_build["networks_built"] == data_nets["networks_built"] == 2 + build_kinds = {n["kind"] for n in data_build["networks"]} + nets_kinds = {n["kind"] for n in data_nets["networks"]} + assert build_kinds == nets_kinds + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 2. D1: build --spec transiciona FSM a BUILT y sella corpus_hash +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestD1BuildSpecTransiciona: + """D1 (ADR 0038): build --spec DEBE transicionar a BUILT y sellar hash.""" + + def test_build_spec_transiciona_a_built(self, tmp_path: Path) -> None: + """build --spec cambia el CycleState a BUILT.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + from bib2graph.cycle import CycleState + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path, _rows_con_referencias()) + + spec_file = tmp_path / "redes.yaml" + _write_spec(spec_file, ["bibliographic_coupling"]) + + # Estado antes: None (store recién creado) + store_before = DuckDBStore(store_path) + state_before = store_before.backend.loop_state() + store_before.close() + assert state_before is None + + run_build(store_path, out_dir=tmp_path / "nets", spec_path=spec_file) + + # Estado después: BUILT + store_after = DuckDBStore(store_path) + state_after = store_after.backend.loop_state() + store_after.close() + assert state_after == CycleState.BUILT + + def test_build_spec_sella_corpus_hash(self, tmp_path: Path) -> None: + """build --spec escribe .corpus_hash en el directorio de redes.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path, _rows_con_referencias()) + + spec_file = tmp_path / "redes.yaml" + _write_spec(spec_file, ["bibliographic_coupling"]) + + out_dir = tmp_path / "nets" + data = run_build(store_path, out_dir=out_dir, spec_path=spec_file) + + hash_file = out_dir / ".corpus_hash" + assert hash_file.exists(), ".corpus_hash no fue creado" + assert hash_file.read_text(encoding="utf-8") == data["corpus_hash"] + assert len(data["corpus_hash"]) > 0 + + def test_networks_no_transiciona_fsm(self, tmp_path: Path) -> None: + """networks --spec NO transiciona el FSM (contraste con D1).""" + from bib2graph.cli.commands.networks import run_networks + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path, _rows_con_referencias()) + + spec_file = tmp_path / "redes.yaml" + _write_spec(spec_file, ["bibliographic_coupling"]) + + store_before = DuckDBStore(store_path) + state_before = store_before.backend.loop_state() + store_before.close() + + run_networks(store_path, spec_file, out_dir=tmp_path / "nets") + + store_after = DuckDBStore(store_path) + state_after = store_after.backend.loop_state() + store_after.close() + + # networks NO debe cambiar el estado + assert state_after == state_before + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 3. Scopes --scope all|accepted|seeds +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestScopes: + """Los 3 scopes filtran el corpus y sellan el hash del filtrado.""" + + def _setup_corpus(self, store_path: Path) -> None: + """P1=seed, P2=accepted no-seed, P3=candidate no-seed.""" + _seed_store( + store_path, + [ + _row( + "P1", + is_seed=True, + curation_status="candidate", + references_id=["R1", "R2"], + keywords_id=["k1", "k2"], + ), + _row( + "P2", + is_seed=False, + curation_status="accepted", + references_id=["R1", "R3"], + keywords_id=["k1", "k3"], + ), + _row( + "P3", + is_seed=False, + curation_status="candidate", + references_id=["R2", "R3"], + keywords_id=["k2", "k3"], + ), + ], + ) + + def test_scope_all_usa_corpus_completo(self, tmp_path: Path) -> None: + """--scope all (default) construye sobre los 3 papers.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + self._setup_corpus(store_path) + + data = run_build(store_path, out_dir=tmp_path / "nets", corpus_scope="all") + + assert data["corpus_scope"] == "all" + assert data["scope"] == "all" + # Hay 3 papers con keywords_id → kw_cooccurrence debería tener nodos + kw_net = next( + (n for n in data["networks"] if n["kind"] == "keyword_cooccurrence"), None + ) + assert kw_net is not None + assert kw_net["nodes"] == 3, "scope=all debe incluir los 3 papers" + + def test_scope_accepted_filtra_seeds_y_aceptados(self, tmp_path: Path) -> None: + """--scope accepted excluye candidatos no-seed (P3).""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + self._setup_corpus(store_path) + + data = run_build(store_path, out_dir=tmp_path / "nets", corpus_scope="accepted") + + assert data["corpus_scope"] == "accepted" + # Keyword net: nodos son keywords (k1,k2,k3 únicos en P1+P2+P3). + # Con scope=accepted solo P1(k1,k2) y P2(k1,k3) → se excluye P3(k2,k3). + # La diferencia observable es en ARISTAS: P3 aporta la arista (k2,k3); + # sin P3, quedan solo 2 aristas: (k1,k2) de P1 y (k1,k3) de P2. + kw_net = next( + (n for n in data["networks"] if n["kind"] == "keyword_cooccurrence"), None + ) + assert kw_net is not None + assert kw_net["edges"] == 2, ( + "scope=accepted excluye P3 (candidate): debe tener 2 aristas, no 3" + ) + + def test_scope_seeds_filtra_solo_semillas(self, tmp_path: Path) -> None: + """--scope seeds deja solo P1 (is_seed=True).""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + self._setup_corpus(store_path) + + data = run_build( + store_path, out_dir=tmp_path / "nets", corpus_scope="seeds_only" + ) + + assert data["corpus_scope"] == "seeds_only" + # Keyword net: solo P1 → 2 nodos de keywords (k1, k2 en combinaciones) + kw_net = next( + (n for n in data["networks"] if n["kind"] == "keyword_cooccurrence"), None + ) + assert kw_net is not None + # P1 tiene kw_id=[k1, k2] → 2 nodos de keyword con 1 arista + assert kw_net["nodes"] == 2 + + def test_scope_sella_hash_del_corpus_filtrado(self, tmp_path: Path) -> None: + """El .corpus_hash sellado es el hash del subset filtrado, no del completo.""" + from bib2graph.backends.memory import compute_corpus_hash + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + self._setup_corpus(store_path) + + out_dir = tmp_path / "nets" + data = run_build(store_path, out_dir=out_dir, corpus_scope="accepted") + + # Calcular el hash esperado del subset accepted + store = DuckDBStore(store_path) + corpus_full = store.load() + subset = corpus_full.scoped("accepted") + store.close() + + expected_hash = compute_corpus_hash(subset.to_arrow()) + assert data["corpus_hash"] == expected_hash + + hash_file = out_dir / ".corpus_hash" + assert hash_file.read_text(encoding="utf-8") == expected_hash + + def test_map_scope_seeds_a_seeds_only(self) -> None: + """_map_scope mapea 'seeds' → 'seeds_only'; otros valores pasan sin cambio.""" + from bib2graph.cli.commands.build import _map_scope + + assert _map_scope("seeds") == "seeds_only" + assert _map_scope("all") == "all" + assert _map_scope("accepted") == "accepted" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 4. Alias deprecado: --corpus-scope +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestAliasDeprecado: + """--corpus-scope funciona con aviso de deprecación; no contamina stdout en --json.""" + + def test_alias_deprecado_cli_avisa_a_stderr(self, tmp_path: Path) -> None: + """--corpus-scope emite aviso de deprecación a stderr.""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + _seed_store(ws.library_path, _rows_con_referencias()) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws_dir), + "build", + "--corpus-scope", + "seeds_only", + ], + ) + + assert result.exit_code == 0, f"Salida inesperada: {result.output}" + assert "deprecad" in result.stderr.lower(), "Debe avisar deprecación en stderr" + + def test_alias_deprecado_no_contamina_stdout_json(self, tmp_path: Path) -> None: + """--corpus-scope con --json: el aviso va a stderr, stdout es JSON puro.""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + _seed_store(ws.library_path, _rows_con_referencias()) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws_dir), + "build", + "--corpus-scope", + "seeds_only", + "--json", + ], + ) + + assert result.exit_code == 0, f"Error: {result.output}" + + # stdout (result.stdout) debe ser exactamente 1 línea JSON válida. + # Click 8.4.1: result.stdout = stdout puro; result.stderr = stderr puro. + stdout_lines = [line for line in result.stdout.splitlines() if line.strip()] + assert len(stdout_lines) == 1, ( + f"stdout debe tener exactamente 1 línea JSON, tiene {len(stdout_lines)}: " + f"{result.stdout!r}" + ) + envelope = json.loads(stdout_lines[0]) + assert envelope["schema"] == "1" + + # El aviso de deprecación va a stderr, no a stdout + assert "deprecad" in result.stderr.lower() + + def test_alias_deprecado_seeds_only_funciona(self, tmp_path: Path) -> None: + """--corpus-scope seeds_only filtra correctamente (backward compat).""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + # 2 seeds + 1 non-seed + _seed_store( + store_path, + [ + _row("S1", is_seed=True, keywords_id=["k1", "k2"]), + _row("S2", is_seed=True, keywords_id=["k1", "k3"]), + _row("C1", is_seed=False, keywords_id=["k2", "k4"]), + ], + ) + + data = run_build( + store_path, out_dir=tmp_path / "nets", corpus_scope="seeds_only" + ) + + assert data["corpus_scope"] == "seeds_only" + kw_net = next( + (n for n in data["networks"] if n["kind"] == "keyword_cooccurrence"), None + ) + # Solo seeds (S1, S2) → keyword nodes de k1, k2, k3 (3 nodos, no k4) + assert kw_net is not None + assert kw_net["nodes"] <= 3, "Solo keywords de seeds deben aparecer" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 5. --min-weight: filtrado de aristas + warning específico +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestMinWeight: + """--min-weight N filtra aristas; red vacía → warning específico de min_weight.""" + + def test_min_weight_1_default_sin_filtro(self, tmp_path: Path) -> None: + """min_weight=1 (default) no filtra nada.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path, _rows_con_referencias()) + + data_mw1 = run_build(store_path, out_dir=tmp_path / "nets1", min_weight=1) + data_default = run_build(store_path, out_dir=tmp_path / "nets2") + + # Con min_weight=1 debe ser idéntico al default + assert data_mw1["networks_built"] == data_default["networks_built"] + + def test_min_weight_alto_produce_redes_vacias(self, tmp_path: Path) -> None: + """min_weight=999 filtra todas las aristas → redes vacías con warning.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + # Corpus con referencias compartidas (peso 1 por par) + _seed_store(store_path, _rows_con_referencias()) + + data = run_build(store_path, out_dir=tmp_path / "nets", min_weight=999) + + # Debe haber redes vacías + assert any( + en.get("reason") and "999" in str(en["reason"]) + for en in data["empty_networks"] + ), ( + f"Esperaba warning de min_weight=999, empty_networks={data['empty_networks']}" + ) + + def test_min_weight_warning_reason_contiene_umbral(self, tmp_path: Path) -> None: + """El reason del warning de min_weight menciona el umbral N.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path, _rows_con_referencias()) + + data = run_build(store_path, out_dir=tmp_path / "nets", min_weight=50) + + min_weight_warnings = [ + en for en in data["empty_networks"] if "50" in str(en.get("reason", "")) + ] + # Debe haber al menos 1 red vacía con el umbral mencionado + assert len(min_weight_warnings) >= 1, ( + f"Esperaba warning de min_weight=50, " + f"empty_networks={data['empty_networks']}" + ) + + def test_min_weight_quick_extiende_networkspec(self, tmp_path: Path) -> None: + """Networks.quick con min_weight pasa el valor a NetworkSpec.""" + from bib2graph.networks.facade import Networks + + corpus = _make_corpus(*_rows_con_referencias()) + # min_weight=999 → todas las aristas filtradas + artifacts_999 = Networks.quick(corpus, min_weight=999) + # Verificar que el spec tiene min_weight=999 + for art in artifacts_999: + assert art.spec.min_weight == 999 + + def test_min_weight_fix_command_baja_umbral(self, tmp_path: Path) -> None: + """El fix_command sugiere un umbral menor (min_weight - 1).""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path, _rows_con_referencias()) + + data = run_build(store_path, out_dir=tmp_path / "nets", min_weight=10) + + for en in data["empty_networks"]: + if "10" in str(en.get("reason", "")): + assert en["fix_command"] is not None + assert "9" in str(en["fix_command"]), ( + f"fix_command debe sugerir min-weight=9, got: {en['fix_command']}" + ) + break + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 6. No-divergencia: build-time ≡ status-time (ADR 0037 §(e)) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestNoDivergencia: + """La razón/fix de redes vacías en build-time coincide con predict_build_preview. + + NOTA sobre alcance de la no-divergencia (opcional, ADR 0037 §(e)): + La paridad build-vs-status es *por-corpus*. Cuando se usa ``--scope != all``, + ``run_build`` computa ``predict_build_preview`` sobre el corpus YA FILTRADO. + Esto es correcto: si status se llama sobre el corpus completo y build se llama + sobre un subset (accepted/seeds), los conteos en los ``reason`` pueden diferir + legítimamente. La invariante garantizada es que para el MISMO corpus, build y + status reportan el mismo reason/fix_command — no que coincidan cross-scope. + """ + + def test_keyword_warning_coincide_con_preview(self, tmp_path: Path) -> None: + """Corpus sin keywords_id → warning reason/fix_command == predict_build_preview.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + from bib2graph.networks.facade import predict_build_preview + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + # BibTeX sin --resolve: keywords_raw poblado, keywords_id vacío + rows = [ + _row(f"P{i}", keywords_raw=["ecology", "diversity"]) for i in range(1, 5) + ] + _seed_store(store_path, rows) + + data = run_build(store_path, out_dir=tmp_path / "nets") + + # Obtener preview (como lo haría status) + store2 = DuckDBStore(store_path) + corpus2 = store2.load() + preview = predict_build_preview(corpus2) + store2.close() + + kw_preview = next( + e for e in preview if e["kind"] == str(NetworkKind.KEYWORD_COOCCURRENCE) + ) + + # Encontrar la entrada de empty_networks para keyword_cooccurrence + kw_empty = next( + ( + e + for e in data["empty_networks"] + if e["kind"] == str(NetworkKind.KEYWORD_COOCCURRENCE) + ), + None, + ) + + assert kw_empty is not None, ( + "keyword_cooccurrence debe estar en empty_networks " + f"(corpus sin keywords_id); empty_networks={data['empty_networks']}" + ) + assert kw_empty["reason"] == kw_preview["reason"], ( + f"build-time reason != status-time reason: " + f"'{kw_empty['reason']}' != '{kw_preview['reason']}'" + ) + assert kw_empty["fix_command"] == kw_preview["fix_command"], ( + f"build-time fix_command != status-time fix_command: " + f"'{kw_empty['fix_command']}' != '{kw_preview['fix_command']}'" + ) + + def test_build_exit_0_con_redes_vacias(self, tmp_path: Path) -> None: + """build con redes vacías termina con exit 0 (no error), warnings en data.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + # Sin ningún _id: todas las redes vacías + rows = [_row(f"P{i}") for i in range(1, 4)] + _seed_store(store_path, rows) + + # No debe lanzar excepción + data = run_build(store_path, out_dir=tmp_path / "nets") + + # networks_built > 0 (quick sí construye redes, aunque vacías) + assert data["networks_built"] >= 1 + # Pero hay empty_networks + assert len(data["empty_networks"]) > 0 + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 7. --json: stdout puro, envelope, data.empty_networks +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestJsonOutput: + """--json: stdout una línea JSON, warnings en envelope, data.empty_networks.""" + + def test_json_stdout_una_sola_linea(self, tmp_path: Path) -> None: + """--json: stdout es exactamente 1 línea JSON (stdout puro, ADR 0021 §C).""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + _seed_store(ws.library_path, _rows_con_referencias()) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws_dir), "build", "--json"], + ) + + assert result.exit_code == 0, f"Error: {result.output}" + # result.stdout = solo stdout (Click 8.4.1 separa stdout/stderr). + # En modo --json no hay prints a stderr (warnings van en envelope.warnings). + stdout_lines = [line for line in result.stdout.splitlines() if line.strip()] + assert len(stdout_lines) == 1, ( + f"stdout debe tener exactamente 1 línea JSON, tiene {len(stdout_lines)}: " + f"{result.stdout!r}" + ) + # Debe ser JSON válido + json.loads(stdout_lines[0]) + + def test_json_schema_1(self, tmp_path: Path) -> None: + """--json: envelope tiene schema='1'.""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + _seed_store(ws.library_path, _rows_con_referencias()) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws_dir), "build", "--json"], + ) + + assert result.exit_code == 0 + envelope = json.loads(result.output) + assert envelope["schema"] == "1" + assert envelope["ok"] is True + assert envelope["command"] == "build" + + def test_json_empty_networks_en_data(self, tmp_path: Path) -> None: + """Cuando hay redes vacías, data.empty_networks está en el envelope JSON.""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + # Sin _id: redes vacías + rows = [_row(f"P{i}") for i in range(1, 4)] + _seed_store(ws.library_path, rows) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws_dir), "build", "--json"], + ) + + assert result.exit_code == 0 + envelope = json.loads(result.output) + + # empty_networks debe estar en data + assert "empty_networks" in envelope["data"], ( + "data.empty_networks debe estar presente cuando hay redes vacías" + ) + assert len(envelope["data"]["empty_networks"]) > 0 + + # Cada entrada de empty_networks tiene kind, reason, fix_command + for en in envelope["data"]["empty_networks"]: + assert "kind" in en + assert "reason" in en + assert "fix_command" in en + + def test_json_warnings_en_envelope_no_en_stdout(self, tmp_path: Path) -> None: + """Warnings van solo en envelope.warnings, NUNCA como línea extra en stdout.""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + rows = [_row(f"P{i}") for i in range(1, 4)] + _seed_store(ws.library_path, rows) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws_dir), "build", "--json"], + ) + + assert result.exit_code == 0 + + # stdout puro (result.stdout) debe ser 1 línea JSON. + # Warnings van en envelope.warnings (no prints sueltos a stdout en JSON mode). + stdout_lines = [line for line in result.stdout.splitlines() if line.strip()] + assert len(stdout_lines) == 1 + + envelope = json.loads(stdout_lines[0]) + # Los warnings están en el envelope, no sueltos en stdout + assert isinstance(envelope.get("warnings"), list) + + def test_json_data_tiene_scope_y_corpus_scope(self, tmp_path: Path) -> None: + """data incluye 'scope' (nuevo) y 'corpus_scope' (backward compat).""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + _seed_store(ws.library_path, _rows_con_referencias()) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws_dir), "build", "--json"], + ) + + assert result.exit_code == 0 + envelope = json.loads(result.output) + assert "scope" in envelope["data"], "data debe tener clave 'scope'" + assert "corpus_scope" in envelope["data"], ( + "data debe tener clave 'corpus_scope' (compat)" + ) + + def test_build_spec_json_envelope_correcto(self, tmp_path: Path) -> None: + """build --spec --json emite envelope con schema='1' y claves de build.""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + _seed_store(ws.library_path, _rows_con_referencias()) + + spec_file = tmp_path / "redes.yaml" + _write_spec(spec_file, ["bibliographic_coupling"]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws_dir), + "build", + "--spec", + str(spec_file), + "--json", + ], + ) + + assert result.exit_code == 0, f"Error: {result.output}" + envelope = json.loads(result.output) + + assert envelope["schema"] == "1" + assert envelope["ok"] is True + assert envelope["command"] == "build" + assert envelope["exit_code"] == 0 + assert "networks_built" in envelope["data"] + assert "corpus_hash" in envelope["data"] + assert envelope["data"]["networks_built"] == 1 + + def test_scope_seeds_cli_json(self, tmp_path: Path) -> None: + """--scope seeds via CLI en modo --json produce scope correcto en data.""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + rows = [ + _row("S1", is_seed=True, keywords_id=["k1", "k2"]), + _row("C1", is_seed=False, keywords_id=["k3", "k4"]), + ] + _seed_store(ws.library_path, rows) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws_dir), "build", "--scope", "seeds", "--json"], + ) + + assert result.exit_code == 0, f"Error: {result.output}" + envelope = json.loads(result.output) + # corpus_scope = vocab interno (backward compat) + assert envelope["data"]["corpus_scope"] == "seeds_only" + # scope = token CLI tal como lo tipió el usuario (FIX 2 — gancho #160) + assert envelope["data"]["scope"] == "seeds" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 8. FIX 1: --min-weight + --spec footgun; FIX 2: data["scope"] = token CLI +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestFix1MinWeightSpec: + """FIX 1: --min-weight se ignora silenciosamente en modo --spec → avisar + diagnosticar bien.""" + + def test_spec_mas_min_weight_avisa_a_stderr(self, tmp_path: Path) -> None: + """--spec + --min-weight N>1 emite aviso a stderr; stdout sigue siendo JSON puro.""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + _seed_store(ws.library_path, _rows_con_referencias()) + + spec_file = tmp_path / "redes.yaml" + _write_spec(spec_file, ["bibliographic_coupling"]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws_dir), + "build", + "--spec", + str(spec_file), + "--min-weight", + "5", + "--json", + ], + ) + + assert result.exit_code == 0, f"Error: {result.output}" + + # stderr debe contener el aviso de que --min-weight se ignora con --spec + assert "ignora" in result.stderr.lower(), ( + f"Esperaba aviso 'ignora' en stderr; stderr={result.stderr!r}" + ) + assert "spec" in result.stderr.lower() + + # stdout debe ser exactamente 1 línea JSON válida (sin contaminar) + stdout_lines = [line for line in result.stdout.splitlines() if line.strip()] + assert len(stdout_lines) == 1, ( + f"stdout debe ser 1 línea JSON, tiene {len(stdout_lines)}: {result.stdout!r}" + ) + json.loads(stdout_lines[0]) + + def test_spec_red_vacia_por_min_weight_del_yaml_reason_honesto( + self, tmp_path: Path + ) -> None: + """Red vacía en modo spec por min_weight del YAML → reason del spec, no del CLI. + + El reason debe mencionar el min_weight del propio spec, NO sugerir + `--min-weight` de la CLI (que en modo spec no hace nada). + """ + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + # Corpus con referencias compartidas → preview dice "no vacía" + _seed_store(store_path, _rows_con_referencias()) + + # Spec con min_weight muy alto para forzar red vacía + spec_lines = [ + "networks:", + " - kind: bibliographic_coupling", + " min_weight: 999", + ] + spec_file = tmp_path / "alto_umbral.yaml" + spec_file.write_text("\n".join(spec_lines) + "\n", encoding="utf-8") + + data = run_build(store_path, out_dir=tmp_path / "nets", spec_path=spec_file) + + bc_empty = next( + ( + en + for en in data["empty_networks"] + if en["kind"] == str(NetworkKind.BIBLIOGRAPHIC_COUPLING) + ), + None, + ) + + assert bc_empty is not None, ( + f"bibliographic_coupling debe estar en empty_networks; " + f"empty_networks={data['empty_networks']}" + ) + + # El reason debe mencionar el min_weight del spec (999), no el --min-weight CLI + assert "999" in str(bc_empty["reason"]), ( + f"reason debe mencionar 999 (min_weight del spec); reason={bc_empty['reason']!r}" + ) + assert "spec" in str(bc_empty["reason"]).lower(), ( + f"reason debe mencionar 'spec'; reason={bc_empty['reason']!r}" + ) + + # fix_command DEBE ser None: --min-weight de la CLI no aplica en modo spec + assert bc_empty["fix_command"] is None, ( + f"fix_command debe ser None en modo spec (CLI --min-weight no aplica); " + f"fix_command={bc_empty['fix_command']!r}" + ) + + # Verificación negativa: el reason NO debe sugerir `--min-weight` del CLI + assert "--min-weight" not in str(bc_empty["reason"]), ( + f"reason no debe mencionar '--min-weight' del CLI en modo spec; " + f"reason={bc_empty['reason']!r}" + ) + + def test_spec_red_vacia_fix_command_no_es_min_weight_cli( + self, tmp_path: Path + ) -> None: + """En modo spec, el fix_command de una red vacía NUNCA es 'b2g build --min-weight N'.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path, _rows_con_referencias()) + + spec_lines = [ + "networks:", + " - kind: bibliographic_coupling", + " min_weight: 999", + ] + spec_file = tmp_path / "alto.yaml" + spec_file.write_text("\n".join(spec_lines) + "\n", encoding="utf-8") + + # Incluso si el usuario pasó --min-weight (ignorado en spec mode), + # el fix_command no debe sugerir bajarlo + data = run_build( + store_path, + out_dir=tmp_path / "nets", + spec_path=spec_file, + min_weight=5, # ignorado en spec mode, pero presente en la firma + ) + + for en in data["empty_networks"]: + fix = en.get("fix_command") + if fix is not None: + assert "b2g build --min-weight" not in str(fix), ( + f"fix_command en modo spec no debe sugerir --min-weight CLI: {fix!r}" + ) + + +class TestFix2ScopeCliToken: + """FIX 2: data['scope'] expone el token CLI, no el vocab interno.""" + + def test_scope_seeds_cli_token_en_data(self, tmp_path: Path) -> None: + """--scope seeds → data['scope']='seeds' (token CLI), corpus_scope='seeds_only' (interno).""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + _seed_store( + ws.library_path, + [ + _row("S1", is_seed=True, references_id=["R1", "R2"]), + _row("C1", is_seed=False, references_id=["R1", "R3"]), + ], + ) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws_dir), "build", "--scope", "seeds", "--json"], + ) + + assert result.exit_code == 0, f"Error: {result.output}" + envelope = json.loads(result.stdout) + + # scope = token CLI + assert envelope["data"]["scope"] == "seeds", ( + f"data['scope'] debe ser 'seeds' (token CLI), no 'seeds_only'; " + f"got {envelope['data']['scope']!r}" + ) + # corpus_scope = vocab interno (backward compat) + assert envelope["data"]["corpus_scope"] == "seeds_only" + + def test_scope_accepted_cli_token_en_data(self, tmp_path: Path) -> None: + """--scope accepted → data['scope']='accepted' (idéntico en ambos vocabs).""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + _seed_store(ws.library_path, _rows_con_referencias()) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws_dir), "build", "--scope", "accepted", "--json"], + ) + + assert result.exit_code == 0 + envelope = json.loads(result.stdout) + assert envelope["data"]["scope"] == "accepted" + assert envelope["data"]["corpus_scope"] == "accepted" + + def test_scope_directo_run_build_sin_cli_token_backward_compat( + self, tmp_path: Path + ) -> None: + """run_build() directamente sin scope_cli_token → data['scope'] = corpus_scope (compat).""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path, _rows_con_referencias()) + + # Llamada directa sin scope_cli_token (tests pre-0.10.0) + data = run_build( + store_path, out_dir=tmp_path / "nets", corpus_scope="seeds_only" + ) + + # Backward compat: sin token CLI, scope == corpus_scope + assert data["corpus_scope"] == "seeds_only" + assert data["scope"] == "seeds_only" + + def test_scope_alias_deprecado_preserva_vocab_interno(self, tmp_path: Path) -> None: + """--corpus-scope seeds_only (deprecado) → data['scope']='seeds_only' (mismo vocab).""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + _seed_store(ws.library_path, _rows_con_referencias()) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws_dir), + "build", + "--corpus-scope", + "seeds_only", + "--json", + ], + ) + + assert result.exit_code == 0 + envelope = json.loads(result.stdout) + # El alias deprecado usa el vocab interno tal cual (no hay nuevo token) + assert envelope["data"]["scope"] == "seeds_only" + assert envelope["data"]["corpus_scope"] == "seeds_only" From d00fe8cad323a95dff8236672be8b061de2b9829 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sat, 27 Jun 2026 17:42:10 -0500 Subject: [PATCH 07/27] feat(cli): grupo noun-verb read {list,stats,show} absorbiendo inspect (#156) (#170) MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Sub-issue del epic #167 (superficie CLI 0.10.0, ADR 0037 b + 0036). - Primer grupo noun-verb del repo: `read {list,stats,show}` (Click group con invoke_without_command=True → exit 0 + ayuda en `read` sin subcomando, workaround a la regresión de Click 8.4). - read list: --query (solo título, substring CI) + --status/--seeds/--candidates/ --year; envelope data={papers:[{id,title,year,curation_status,is_seed}], count}. - read stats --group-by {status,year,is_seed} (default status); data={group_by,total,groups:[{key,count}]}. - read show --id: delega en get_paper, devuelve la fila completa (~14 campos). - get_paper(ws, ident) resuelve por id|doi|source_id (prioridad id>doi>source_id, ADR 0036); DataError si no matchea. Caller api/routers/reads.py sin ruptura. - Lógica nueva en service/reads.py (list_papers, corpus_stats, get_paper extendido), exportada en service/__init__; la capa de servicios sigue dueña (ADR 0028/0032). - inspect queda INTACTO (su deprecación es #165). command del envelope = ruta completa ("read list"/"read stats"/"read show"). Gancho abierto para read top (#157). - Docs en lockstep: API.md (get_paper id|doi|source_id, grupo read), ARCHITECTURE.md (patrón noun-verb), AGENTS.md. Invariante intacto: envelope schema="1", exit codes (DataError→2, uso→1), stdout puro. Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- AGENTS.md | 6 + docs/API.md | 50 +- docs/ARCHITECTURE.md | 11 + src/bib2graph/cli/__init__.py | 15 +- src/bib2graph/cli/commands/read.py | 252 +++++++ src/bib2graph/service/__init__.py | 6 + src/bib2graph/service/reads.py | 198 +++++- tests/unit/test_cli_read.py | 1048 ++++++++++++++++++++++++++++ 8 files changed, 1563 insertions(+), 23 deletions(-) create mode 100644 src/bib2graph/cli/commands/read.py create mode 100644 tests/unit/test_cli_read.py diff --git a/AGENTS.md b/AGENTS.md index 6c982b5..c5cfdd9 100644 --- a/AGENTS.md +++ b/AGENTS.md @@ -38,6 +38,12 @@ rehidrata un corpus curado sin red, Ciclo 9a; el 18° `b2g thesaurus` aplica el thesaurus curado, único paso explícito del preproc, #88, abajo; el 19° `b2g gui` levanta la API local FastAPI, Hito G3 del MVP GUI, ADR 0028)—. + **Grupo noun-verb `read {list,stats,show}` (#156, ADR 0037 §b):** primer grupo del CLI (lectura pura + del corpus, no transiciona); `read list` filtra por `--query`/`--status`/`--seeds|--candidates`/`--year`, + `read stats --group-by {status,year,is_seed}`, `read show --id` (resuelve id/doi/source_id, ADR 0036). + `read` sin subcomando → ayuda + exit 0 (`invoke_without_command=True`, workaround Click 8.4); el + `command` del envelope usa la ruta completa (`"read list"`). `inspect` queda **en deprecación** (#165, + lo absorben `read show` + `status`) pero **sigue vivo**. Ver `docs/API.md` §Convenciones CLI. **645 tests verdes** (mypy/ruff limpios; el núcleo importa sin `duckdb`). Entre las redes, la **composición de comunidades es exportable**: `networks/cluster_table` (función pura) resume cada comunidad de una red de paper en una fila y `b2g build` la escribe como `clusters.csv` diff --git a/docs/API.md b/docs/API.md index dc9392a..0d33132 100644 --- a/docs/API.md +++ b/docs/API.md @@ -300,7 +300,9 @@ resolución DOI→`source_id` del flujo BibTeX e2e, issues #110/#112, ADR avisa, NO regenera — ver §`build`/`export`/`snapshot` abajo). **AS-BUILT #54 (2026-06-17):** `status` suma el campo aditivo `referenced_not_fetched` (nº de IDs que el backward chaining observó sin materializar — tabla `referenced_but_not_fetched`, §4/§5; `schema="1"` intacto), y `b2g chain` suma - `observed_refs_count` a su envelope JSON. `inspect`, `validate`. + `observed_refs_count` a su envelope JSON. **`read {list,stats,show}`** (grupo noun-verb, #156 / + ADR 0037 §b — ver §Grupo `read` abajo), `inspect` (**en deprecación**, #165: lo absorben `read show` + para papers y `status` para manifest/FSM; **sigue vivo** hasta cerrarse #165), `validate`. - **`seed`** (ADR [0030](decisiones/0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md), Ciclo 9a + Ciclo 10 AS-BUILT 2026-06-17): tiene **exactamente TRES modos mutuamente excluyentes** (exactamente uno requerido; pasar más de uno o ninguno → error de uso, exit 1): @@ -581,13 +583,39 @@ invalidación por hash, **no** un build-system (ADR [0029](decisiones/0029-works `filter`→`FILTERED`, `build`→`BUILT`, **`monitor`→`MONITORED`** (cleanup pre-v0.3), **`restore`→`FILTERED`** (Ciclo 9a, ADR 0030: el corpus restaurado ya pasó curación; reusa la transición permisiva `filter`); -`accept`/`reject`/**`curate`**/`export`/`snapshot`/`status`/`inspect`/`validate`/**`enrich`**/**`networks`** -**no transicionan** (`curate` es curación transversal; `enrich` y `networks` son ortogonales al lazo, -ADR 0025 / Hito 9). El estado +`accept`/`reject`/**`curate`**/**`read`**/`export`/`snapshot`/`status`/`inspect`/`validate`/**`enrich`**/**`networks`** +**no transicionan** (`curate` y **`read`** son transversales/lectura pura; `enrich` y `networks` son +ortogonales al lazo, ADR 0025 / Hito 9). El estado destino lo dicta `bib2graph.cycle.apply_transition` (fuente única de verdad; los comandos no hardcodean el destino). `seed` con **estado previo** se trata como **`reseed`** (loop-back a `SEEDED`, ronda++, acumula sobre lo curado). +**Grupo `read {list,stats,show}` — primer grupo noun-verb del CLI (#156, ADR +[0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) §b).** Es lectura pura del corpus (no +transiciona el ciclo, §arriba). `read` **sin subcomando** imprime la ayuda y sale con **exit 0** +(no es error de uso). El campo `command` del envelope usa la **ruta completa** del grupo noun-verb: +`"read list"` / `"read stats"` / `"read show"` (convención para grupos: comando = ` `, +no solo el grupo). El `top` del ADR 0037 §b queda **diferido** (este hito materializa +`list`/`stats`/`show`). La lógica vive en `service/reads.py` (`list_papers`, `corpus_stats`, +`get_paper` extendido — §0.1), exportada en `service/__init__.py`. + +- **`read list`** — lista papers del corpus. Filtros (combinables, AND): `--query TEXT` (substring + **case-insensitive sobre el título únicamente**), `--status {candidate,accepted,rejected}`, + `--seeds` / `--candidates` (por `is_seed`), `--year INT`. Envelope: + `data = {papers: [{id, title, year, curation_status, is_seed}], count: int}`. +- **`read stats --group-by {status,year,is_seed}`** (default `status`) — conteos agrupados. Envelope: + `data = {group_by: str, total: int, groups: [{key, count}]}`. Un valor de `--group-by` fuera del + `Choice` es **error de uso de Click → exit 1** (coherente con ADR 0010 uso=1/datos=2 y con todos + los `Choice` del repo; **no** es exit 2). +- **`read show --id `** — delega en `service.get_paper(ws, ident)` (§0.1; resuelve **id | doi | + source_id**, prioridad id>doi>source_id, ADR 0036). Envelope: `data =` la **fila completa** del + corpus (~14 campos: `id, source_id, doi, title, year, abstract, is_seed, curation_status, + authors_raw, authors_id, keywords_id, references_id, cited_by_id, provenance`). `--id` que no + matchea ningún id/doi/source_id → `DataError`, **exit 2**. + +`inspect` (verbo plano) **sigue vivo pero en deprecación** (#165): `read show` lo absorbe para +papers y `status` para manifest/FSM. **No** está removido en este hito. + **Envelope JSON común y versionado** (ADR 0021 §C): en modo `--json`, cada subcomando emite **un objeto JSON** con `schema="1"`: @@ -743,12 +771,18 @@ def list_rounds(ws: Workspace) -> list[dict[str, Any]]: Entrada viva: {id="live", round, loop_state, total_papers}. Raises StoreError. Ronda = snapshot (B-G2-1 Opción A); el contador loop_round se ve en la entrada "live".""" -def get_paper(ws: Workspace, paper_id: str) -> dict[str, Any]: - """Fila del corpus (CORPUS_SCHEMA) por id. Devuelve: +def get_paper(ws: Workspace, ident: str) -> dict[str, Any]: + """Fila del corpus (CORPUS_SCHEMA) resuelta por identidad source-agnóstica + (ADR 0036): `ident` matchea contra **id | doi | source_id**, con prioridad + `id` > `doi` > `source_id` (devuelve el primer match). Devuelve: {id, source_id, doi, title, year, abstract, is_seed, curation_status, authors_raw, authors_id, keywords_id, references_id, cited_by_id, provenance (list, parseada del JSON)}. - Raises DataError si el id no existe; StoreError si el store falla.""" + Raises DataError si `ident` no matchea ningún id/doi/source_id; + StoreError si el store falla. + NOTA: el parámetro se renombró `paper_id`→`ident` (#156); el caller + `api/routers/reads.py` lo pasa posicional (sin ruptura). `read show --id` + delega en esta lectura (§Convenciones CLI · grupo `read`).""" def get_scent(ws: Workspace, paper_id: str) -> dict[str, Any]: """Score de acoplamiento bibliográfico real + vecinos compartidos (B-G2-2). Devuelve: @@ -815,7 +849,7 @@ firma `build_envelope(data: dict)`. |---|---|---|---| | GET | `/api/workspace` | `reads.get_workspace(ws)` | dict de estado del workspace (§0.1) | | GET | `/api/rounds` | `reads.list_rounds(ws)` | `{"rounds": [...]}` (snapshots + entrada `live`) | -| GET | `/api/paper/{id}` | `reads.get_paper(ws, id)` | fila del corpus (§0.1) | +| GET | `/api/paper/{id}` | `reads.get_paper(ws, id)` | fila del corpus (§0.1; `id` resuelve id\|doi\|source_id, ADR 0036) | | GET | `/api/paper/{id}/scent` | `reads.get_scent(ws, id)` | score de acoplamiento + vecinos (§0.1) | | GET | `/api/network/{kind}` | `reads.get_network(ws, kind)` | `{nodes, edges, metrics}` (§0.1) | | GET | `/api/compare?a=&b=` | `reads.compare_rounds(ws, a, b)` | diff de rondas (§0.1) | diff --git a/docs/ARCHITECTURE.md b/docs/ARCHITECTURE.md index 38a8ddf..91e8178 100644 --- a/docs/ARCHITECTURE.md +++ b/docs/ARCHITECTURE.md @@ -571,6 +571,17 @@ trabajo posterior, pero la API se **diseña con estos principios desde el hito 1 faltante"); la capacidad-de-source-faltante se convierte en `DependencyError` mediante un **pre-check `hasattr` en el borde** (p. ej. `chain.py` antes del `Forager`). Ver ADR 0021 §D. +**Patrón noun-verb group (AS-BUILT #156, ADR +[0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) §b).** `read {list,stats,show}` es el +**primer grupo noun-verb** del CLI (en la capa Click): un `click.Group` (el sustantivo) con un +subcomando por verbo, cada uno delegando en su `run_`/función de `service/` (capas 2–3 sin +cambios). Dos convenciones del grupo: (1) el `command` del envelope usa la **ruta completa** +(`"read list"`, no `"read"`); (2) el grupo **sin subcomando** imprime ayuda y sale **exit 0** —no es +error de uso— vía `invoke_without_command=True` + `ctx.get_help()` en el callback del grupo +(**workaround a la regresión de Click 8.4** donde un grupo sin subcomando devolvía exit 2). Un valor +de flag `Choice` inválido sigue siendo error de uso de Click → **exit 1** (no exit 2). Es el molde +para los próximos grupos previstos por el ADR 0037 (`curate {…}`). + Son **19 subcomandos** (`seed`, `chain`, `filter`, `build`, `export`, `snapshot`, `status`, `inspect`, `validate`, `accept`, `reject`, **`monitor`**, **`enrich`**, **`init`**, **`curate`**, **`networks`**, **`restore`**, **`thesaurus`**, **`gui`**); el 18° **`thesaurus`** —único paso de diff --git a/src/bib2graph/cli/__init__.py b/src/bib2graph/cli/__init__.py index c00846a..4ff8d5d 100644 --- a/src/bib2graph/cli/__init__.py +++ b/src/bib2graph/cli/__init__.py @@ -1,16 +1,19 @@ """cli — CLI agente-native ``b2g`` (Hito 6 + ADR 0029 workspace). -Arma el grupo Click principal, registra los 20 subcomandos y expone -``main()`` como entry point del paquete. +Arma el grupo Click principal, registra los 21 subcomandos (20 planos + el +grupo noun-verb ``read``) y expone ``main()`` como entry point del paquete. Entry point en ``pyproject.toml``: b2g = "bib2graph.cli:main" -Subcomandos: +Subcomandos planos (20): init, seed, chain, filter, build, enrich, monitor, export, snapshot, status, inspect, validate, accept, reject, curate, networks, restore, thesaurus, gui, resolve. +Grupos noun-verb (1): + read [list|stats|show] — lecturas read-only del corpus (#156). + Cada subcomando lleva: - ``--json``: salida JSON estructurada (envelope versionado, §API.md). - Exit codes 0-5 (ADR 0010). @@ -49,6 +52,7 @@ from bib2graph.cli.commands.inspect import inspect_cmd from bib2graph.cli.commands.monitor import monitor_cmd from bib2graph.cli.commands.networks import networks_cmd +from bib2graph.cli.commands.read import read_grp from bib2graph.cli.commands.reject import reject_cmd from bib2graph.cli.commands.resolve import resolve_cmd from bib2graph.cli.commands.restore import restore_cmd @@ -102,7 +106,7 @@ def b2g(ctx: click.Context, workspace: str | None) -> None: Subcomandos: init, seed, chain, filter, build, enrich, monitor, export, snapshot, status, inspect, validate, accept, reject, curate, networks, - restore, thesaurus, gui, resolve. + restore, thesaurus, gui, resolve, read [list|stats|show]. Ejemplo: b2g init mi-investigacion @@ -114,7 +118,7 @@ def b2g(ctx: click.Context, workspace: str | None) -> None: ctx.obj["workspace"] = workspace -# Registrar los 20 subcomandos +# Registrar los 20 subcomandos planos + el grupo noun-verb read (#156) b2g.add_command(init_cmd) b2g.add_command(seed_cmd) b2g.add_command(chain_cmd) @@ -135,6 +139,7 @@ def b2g(ctx: click.Context, workspace: str | None) -> None: b2g.add_command(thesaurus_cmd) b2g.add_command(gui_cmd) b2g.add_command(resolve_cmd) +b2g.add_command(read_grp) def main() -> int: diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/read.py b/src/bib2graph/cli/commands/read.py new file mode 100644 index 0000000..16c555d --- /dev/null +++ b/src/bib2graph/cli/commands/read.py @@ -0,0 +1,252 @@ +"""cli.commands.read — Grupo noun-verb ``b2g read`` (#156, superficie CLI 0.10.0). + +Primer grupo noun-verb del repo. Agrupa lecturas read-only del corpus bajo +el verbo ``read``, con tres subcomandos: + + ``read list`` — lista papers con filtros opcionales (query/status/seeds/year). + ``read stats`` — estadísticas del corpus agrupadas por status, year o is_seed. + ``read show`` — fila completa de un paper, resolviendo por id, doi o source_id. + +Cada subcomando delega la lógica en ``service.reads`` (capa neutral, ADR 0028): + - ``list_papers`` → ``read list`` + - ``corpus_stats`` → ``read stats`` + - ``get_paper`` → ``read show`` + +Decisiones de esta implementación (#156): + - ``read`` sin subcomando → imprime ayuda y sale con exit 0 + (``invoke_without_command=True`` + check en el body; Click 8.4 usa exit 2 + con ``no_args_is_help=True`` en grupos — workaround deliberado). + - ``--json`` y ``B2G_JSON`` funcionan en los tres subcomandos (ADR 0021 #151). + - El ``command`` del envelope es la ruta completa (``"read list"``, + ``"read stats"``, ``"read show"``), no solo ``"read"``. + - ``--seeds`` y ``--candidates`` son mutuamente excluyentes (UsageError exit 1). + - ``inspect`` permanece intacto; su absorción es del sub-issue #165. + - El grupo queda abierto para que #157 agregue ``@read_grp.command("top")``. + +Exit codes: 0 éxito, 1 uso, 2 datos (paper inexistente), 5 store. +""" + +from __future__ import annotations + +import click + +from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human +from bib2graph.cli._errors import UsageError, handle_errors +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option +from bib2graph.cli._store import resolve_workspace + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Grupo raíz +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@click.group("read", invoke_without_command=True) +@click.pass_context +def read_grp(ctx: click.Context) -> None: + """Lee papers del corpus (read-only). + + Subcomandos: list, stats, show. + + Ejemplos: + b2g read list --query "unequal exchange" + b2g read list --status accepted --json + b2g read stats --group-by year + b2g read show --id W2741809807 + b2g read show --id 10.1016/j.ecolecon.2019.01.001 + """ + ctx.ensure_object(dict) + # Click 8.4: no_args_is_help=True en grupos termina con exit 2 (Missing command). + # Usamos invoke_without_command=True + check manual para exit 0 correcto. + if ctx.invoked_subcommand is None: + click.echo(ctx.get_help()) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# read list +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@read_grp.command("list") +@click.option( + "--query", + default=None, + help="Texto a buscar en el título (substring, case-insensitive).", +) +@click.option( + "--status", + default=None, + type=click.Choice(["candidate", "accepted", "rejected"]), + help="Filtrar por curation_status exacto.", +) +@click.option( + "--seeds", + is_flag=True, + default=False, + help="Mostrar solo semillas (is_seed=True). Excluyente con --candidates.", +) +@click.option( + "--candidates", + is_flag=True, + default=False, + help="Mostrar solo no-semillas (is_seed=False). Excluyente con --seeds.", +) +@click.option( + "--year", + default=None, + type=int, + help="Filtrar por año exacto de publicación.", +) +@json_option +@click.pass_context +@handle_errors("read list") +def list_cmd( + ctx: click.Context, + query: str | None, + status: str | None, + seeds: bool, + candidates: bool, + year: int | None, + json_output: bool, +) -> None: + """Lista papers del corpus con filtros opcionales. + + Los filtros se combinan con AND lógico. + Sin filtros devuelve todos los papers. + + Campos devueltos por paper: id, title, year, curation_status, is_seed. + """ + if seeds and candidates: + raise UsageError("--seeds y --candidates son mutuamente excluyentes.") + + is_seed: bool | None = None + if seeds: + is_seed = True + elif candidates: + is_seed = False + + from bib2graph.service.reads import list_papers + + ws = resolve_workspace(ctx.obj) + data = list_papers(ws, query=query, status=status, is_seed=is_seed, year=year) + + if json_mode(json_output): + envelope = build_envelope( + command="read list", + ok=True, + data=data, + exit_code=0, + ) + emit(envelope) + else: + count = data["count"] + emit_human(f"Papers encontrados: {count}") + for paper in data["papers"]: + seed_marker = " [seed]" if paper.get("is_seed") else "" + emit_human( + f" {paper['id']} {paper.get('year') or '----'}" + f" [{paper.get('curation_status')}]{seed_marker}" + f" {paper.get('title') or ''}" + ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# read stats +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@read_grp.command("stats") +@click.option( + "--group-by", + "group_by", + default="status", + type=click.Choice(["status", "year", "is_seed"]), + show_default=True, + help="Dimensión de agrupación.", +) +@json_option +@click.pass_context +@handle_errors("read stats") +def stats_cmd( + ctx: click.Context, + group_by: str, + json_output: bool, +) -> None: + """Estadísticas del corpus agrupadas por una dimensión. + + Dimensiones válidas: status (default), year, is_seed. + """ + from bib2graph.service.reads import corpus_stats + + ws = resolve_workspace(ctx.obj) + data = corpus_stats(ws, group_by=group_by) + + if json_mode(json_output): + envelope = build_envelope( + command="read stats", + ok=True, + data=data, + exit_code=0, + ) + emit(envelope) + else: + emit_human(f"Total papers: {data['total']}") + emit_human(f"Agrupado por: {data['group_by']}") + for group in data["groups"]: + emit_human(f" {group['key']}: {group['count']}") + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# read show +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@read_grp.command("show") +@click.option( + "--id", + "ident", + required=True, + help=( + "Identificador del paper: id interno, DOI o source_id. " + "Se prueba en ese orden (ADR 0036)." + ), +) +@json_option +@click.pass_context +@handle_errors("read show") +def show_cmd( + ctx: click.Context, + ident: str, + json_output: bool, +) -> None: + """Muestra la fila completa de un paper. + + Resuelve --id contra id, doi y source_id (en ese orden de prioridad). + Devuelve ~14 campos: id, source_id, doi, title, year, abstract, is_seed, + curation_status, authors_raw, authors_id, keywords_id, references_id, + cited_by_id, provenance. + """ + from bib2graph.service.reads import get_paper + + ws = resolve_workspace(ctx.obj) + data = get_paper(ws, ident) + + if json_mode(json_output): + envelope = build_envelope( + command="read show", + ok=True, + data=data, + exit_code=0, + ) + emit(envelope) + else: + emit_human(f"id: {data.get('id')}") + emit_human(f"title: {data.get('title')}") + emit_human(f"year: {data.get('year')}") + emit_human(f"doi: {data.get('doi')}") + emit_human(f"source_id: {data.get('source_id')}") + emit_human(f"curation_status: {data.get('curation_status')}") + emit_human(f"is_seed: {data.get('is_seed')}") + abstract = data.get("abstract") or "" + emit_human( + f"abstract: {abstract[:120]}{'…' if len(abstract) > 120 else ''}" + ) diff --git a/src/bib2graph/service/__init__.py b/src/bib2graph/service/__init__.py index 0c9e35e..69b4452 100644 --- a/src/bib2graph/service/__init__.py +++ b/src/bib2graph/service/__init__.py @@ -10,6 +10,8 @@ - ``code_for`` — helper de mapeo error→exit code (sin I/O). - ``get_workspace``, ``list_rounds``, ``get_paper``, ``get_scent``, ``get_network``, ``compare_rounds`` — lecturas del Hito G2 (ADR 0028). + - ``list_papers``, ``corpus_stats`` — lecturas del grupo ``read`` + (#156, sub-issue de la superficie CLI 0.10.0). - ``accept_papers``, ``reject_papers``, ``curate_paper`` — escrituras del Hito G3 (ADR 0028). - ``resolve_dois`` — resolución DOI→source_id (ADR 0035). @@ -30,10 +32,12 @@ ) from bib2graph.service.reads import ( compare_rounds, + corpus_stats, get_network, get_paper, get_scent, get_workspace, + list_papers, list_rounds, ) from bib2graph.service.resolve import resolve_dois @@ -50,11 +54,13 @@ "build_envelope", "code_for", "compare_rounds", + "corpus_stats", "curate_paper", "get_network", "get_paper", "get_scent", "get_workspace", + "list_papers", "list_rounds", "reject_papers", "resolve_dois", diff --git a/src/bib2graph/service/reads.py b/src/bib2graph/service/reads.py index ebbe742..89b8fbd 100644 --- a/src/bib2graph/service/reads.py +++ b/src/bib2graph/service/reads.py @@ -1,4 +1,4 @@ -"""service.reads — Las 6 funciones de lectura del Hito G2 (ADR 0028). +"""service.reads — Funciones de lectura de la capa de servicios (ADR 0028). Capa de servicios neutral: sin ``print``, ``sys.exit``, Click ni FastAPI. Cada función recibe el ``store_path`` o el ``Workspace`` ya resuelto (la @@ -6,18 +6,25 @@ modo lectura, y devuelve un ``dict`` serializable o lanza un ``B2GError`` tipado. -Lecturas implementadas: +Lecturas del Hito G2 (6 originales): - ``get_workspace`` — estado del workspace activo (nombre, loop_state, ronda, conteos, staleness de cache de redes). - ``list_rounds`` — snapshots sellados en ``/snapshots/`` más una entrada sintética ``id="live"`` para el corpus vivo. - - ``get_paper`` — fila completa del corpus por id (o ``DataError``). + - ``get_paper`` — fila completa del corpus resolviendo por id, doi o source_id + (ADR 0036; antes solo por id). Prioridad: id > doi > source_id. - ``get_scent`` — score de acoplamiento + vecinos compartidos de un paper ya en el corpus. - ``get_network`` — red de la ronda viva (desde cache ``networks/`` o recomputo). - ``compare_rounds`` — diff entre dos snapshots (added/removed paper_ids + métricas básicas). +Lecturas del grupo ``read`` (sub-issue #156): + - ``list_papers`` — lista papers con filtros opcionales: query (título + substring CI), status, is_seed, year. Payload mínimo para listados. + - ``corpus_stats`` — estadísticas agregadas del corpus, agrupadas por + ``status``, ``year`` o ``is_seed``. + Decisiones de producto (Bifurcaciones B-G2-1/B-G2-2/B-G2-3): - Ronda = snapshot sellado (Opción A). ``list_rounds``/``compare_rounds`` se anclan a los snapshots de ``/snapshots/``. @@ -195,22 +202,28 @@ def list_rounds(ws: Workspace) -> list[dict[str, Any]]: # --------------------------------------------------------------------------- -def get_paper(ws: Workspace, paper_id: str) -> dict[str, Any]: +def get_paper(ws: Workspace, ident: str) -> dict[str, Any]: """Devuelve la fila completa del corpus para un paper. + Resuelve ``ident`` contra tres columnas en orden de prioridad: + ``Col.ID`` (exacto) → ``Col.DOI`` (exacto) → ``Col.SOURCE_ID`` (exacto). + Si varios matchean, gana el que coincide por ``id``. + Coherente con ADR 0036 (identidad source-agnóstica, DOI ancla). + Incluye todos los campos del ``CORPUS_SCHEMA``: id, source_id, doi, title, year, abstract, is_seed, curation_status, authors_raw, - keywords_id, references_id, cited_by_id, provenance. + authors_id, keywords_id, references_id, cited_by_id, provenance. Args: ws: Workspace resuelto. - paper_id: Valor de ``Col.ID`` del paper buscado. + ident: Valor a buscar; se prueba contra id, doi y source_id en ese + orden. Returns: Dict con todos los campos de la fila del corpus. Raises: - DataError: Si el ``paper_id`` no existe en el corpus. + DataError: Si ``ident`` no coincide con ningún paper. StoreError: Si el store no existe o está bloqueado. """ store = _open_readonly(ws.library_path) @@ -218,12 +231,31 @@ def get_paper(ws: Workspace, paper_id: str) -> dict[str, Any]: table = corpus.to_arrow() rows = table.to_pylist() - matching = [r for r in rows if str(r.get(Col.ID)) == paper_id] + + # Prioridad: id > doi > source_id (ADR 0036) + matching_by_id = [r for r in rows if str(r.get(Col.ID)) == ident] + if matching_by_id: + matching = matching_by_id + else: + matching_by_doi = [ + r + for r in rows + if r.get(Col.DOI) is not None and str(r.get(Col.DOI)) == ident + ] + if matching_by_doi: + matching = matching_by_doi + else: + matching = [ + r + for r in rows + if r.get(Col.SOURCE_ID) is not None + and str(r.get(Col.SOURCE_ID)) == ident + ] if not matching: raise DataError( - f"Paper '{paper_id}' no encontrado en el corpus. " - "Verificá el id con 'b2g status' o 'b2g inspect'." + f"Paper '{ident}' no encontrado en el corpus. " + "Verificá el id con 'b2g read list' o 'b2g status'." ) row = matching[0] @@ -607,3 +639,149 @@ def _read_network_metrics(snapshot_id: str, kind: str) -> dict[str, Any] | None: "mutated_hubs": [], # diferido: requiere redes construidas por snapshot "metrics_change": metrics_change, } + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 7. list_papers (sub-issue #156 — grupo read) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def list_papers( + ws: Workspace, + *, + query: str | None = None, + status: str | None = None, + is_seed: bool | None = None, + year: int | None = None, +) -> dict[str, Any]: + """Lista papers del corpus con filtros opcionales. + + Devuelve un payload mínimo por paper (id, title, year, curation_status, + is_seed) más el conteo total. Diseñado para listar en el CLI/SPA sin + cargar campos pesados (abstract, referencias, autores). + + Filtros combinables (todos opcionales, se aplican con AND lógico): + - ``query``: substring case-insensitive sobre el título. + - ``status``: valor exacto de ``curation_status`` + (``"candidate"``, ``"accepted"``, ``"rejected"``). + - ``is_seed``: ``True`` → solo semillas; ``False`` → solo no-semillas. + - ``year``: año exacto de publicación. + + Args: + ws: Workspace resuelto. + query: Texto a buscar en el título (substring, case-insensitive). + status: Valor exacto de ``curation_status``. + is_seed: Filtro por campo is_seed. + year: Año exacto de publicación. + + Returns: + Dict con ``papers`` (lista de dicts mínimos) y ``count`` (int). + + Raises: + StoreError: Si el store no existe o está bloqueado. + """ + store = _open_readonly(ws.library_path) + corpus = store.load() + table = corpus.to_arrow() + rows = table.to_pylist() + + result: list[dict[str, Any]] = [] + for row in rows: + # Filtro por query: substring CI sobre el título + if query is not None: + title_val = str(row.get(Col.TITLE) or "") + if query.lower() not in title_val.lower(): + continue + + # Filtro por status (curation_status exacto) + if status is not None and str(row.get(Col.CURATION_STATUS)) != status: + continue + + # Filtro por is_seed + if is_seed is not None and bool(row.get(Col.IS_SEED)) != is_seed: + continue + + # Filtro por año exacto + if year is not None: + row_year = row.get(Col.YEAR) + if row_year is None or int(row_year) != year: + continue + + result.append( + { + "id": row.get(Col.ID), + "title": row.get(Col.TITLE), + "year": row.get(Col.YEAR), + "curation_status": row.get(Col.CURATION_STATUS), + "is_seed": row.get(Col.IS_SEED), + } + ) + + return {"papers": result, "count": len(result)} + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 8. corpus_stats (sub-issue #156 — grupo read) +# --------------------------------------------------------------------------- + +_VALID_GROUP_BY: frozenset[str] = frozenset({"status", "year", "is_seed"}) + +# Mapeo de alias CLI → nombre de columna SQL +_GROUP_BY_COL: dict[str, str] = { + "status": Col.CURATION_STATUS.value, + "year": Col.YEAR.value, + "is_seed": Col.IS_SEED.value, +} + + +def corpus_stats( + ws: Workspace, + *, + group_by: str = "status", +) -> dict[str, Any]: + """Estadísticas del corpus agrupadas por ``status``, ``year`` o ``is_seed``. + + Para ``group_by="status"`` reutiliza la consulta GROUP BY de + ``get_workspace`` (``counts_by_status``); para ``year`` e ``is_seed`` + aplica la misma estrategia sobre la columna correspondiente. + + Args: + ws: Workspace resuelto. + group_by: Dimensión de agrupación. Valores válidos: + ``"status"`` (default), ``"year"``, ``"is_seed"``. + + Returns: + Dict con: + - ``group_by``: dimensión usada. + - ``total``: total de papers en el corpus. + - ``groups``: lista de ``{key, count}`` ordenada por clave. + + Raises: + DataError: Si ``group_by`` no es un valor válido. + StoreError: Si el store no existe o está bloqueado. + """ + if group_by not in _VALID_GROUP_BY: + valid = ", ".join(sorted(_VALID_GROUP_BY)) + raise DataError(f"group_by '{group_by}' no válido. Valores admitidos: {valid}.") + + store = _open_readonly(ws.library_path) + col = _GROUP_BY_COL[group_by] + + counts_table = store.backend.query( + f"SELECT {col}, COUNT(*) AS cnt FROM corpus GROUP BY 1 ORDER BY 1" + ) + + groups: list[dict[str, Any]] = [] + total = 0 + if len(counts_table) > 0: + for row in counts_table.to_pylist(): + key = row.get(col) + cnt = int(row["cnt"]) + groups.append({"key": key, "count": cnt}) + total += cnt + + return { + "group_by": group_by, + "total": total, + "groups": groups, + } diff --git a/tests/unit/test_cli_read.py b/tests/unit/test_cli_read.py new file mode 100644 index 0000000..a501899 --- /dev/null +++ b/tests/unit/test_cli_read.py @@ -0,0 +1,1048 @@ +"""Tests del grupo noun-verb ``b2g read`` (sub-issue #156). + +Cubre: +1. Servicios nuevos (unit puro, sin Click): + - ``list_papers``: sin filtros, con --query (CI), --status, is_seed, year. + - ``corpus_stats``: group_by status/year/is_seed; group_by inválido → DataError. + - ``get_paper`` extendido: resuelve por id, doi, source_id; inexistente → DataError. + +2. CLI ``read list --json``: envelope schema="1", exit 0, data.papers + count. +3. CLI ``read stats --json --group-by ``: forma del envelope. +4. CLI ``read show --id --json``: ~14 campos; inexistente → DataError exit 2. +5. ``b2g read`` sin subcomando → ayuda (exit 0). +6. stdout puro: una sola línea JSON, sin ruido. + +Marcador: ``unit`` (DuckDB en tmp_path, sin red real). +""" + +from __future__ import annotations + +import json +from pathlib import Path +from typing import Any + +import pyarrow as pa +import pytest +from click.testing import CliRunner + +from bib2graph.cli import b2g +from bib2graph.schemas import CORPUS_SCHEMA + +pytestmark = pytest.mark.unit + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helpers compartidos +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _row( + *, + id: str, + title: str = "Título de prueba", + year: int | None = 2020, + is_seed: bool = True, + curation_status: str = "candidate", + doi: str | None = None, + source_id: str | None = None, + references_id: list[str] | None = None, + cited_by_id: list[str] | None = None, +) -> dict[str, Any]: + """Fila mínima con schema completo para tests de read. + + Usa los nombres canónicos del CORPUS_SCHEMA (source_id, no openalex_id). + """ + return { + "id": id, + "source_id": source_id, + "doi": doi, + "title": title, + "year": year, + "abstract": None, + "source": None, + "language": "en", + "publisher": None, + "research_areas": None, + "is_seed": is_seed, + "curation_status": curation_status, + "provenance": None, + "authors_raw": ["Autor A"], + "authors_id": ["oa:author1"], + "authors_affiliations": None, + "keywords_raw": None, + "keywords_id": None, + "institutions_raw": None, + "institutions_id": None, + "references_id": references_id, + "references_doi": None, + "cited_by_id": cited_by_id, + } + + +def _init_workspace(tmp_path: Path, name: str = "test-ws") -> Any: + """Crea y devuelve un Workspace inicializado en tmp_path.""" + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / name + return Workspace.init(ws_dir, name) + + +def _seed_store(ws: Any, rows: list[dict[str, Any]]) -> None: + """Persiste filas en el store del workspace.""" + from bib2graph.corpus import Corpus + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) + corpus = Corpus.from_arrow(table) + store = DuckDBStore(ws.library_path) + store.persist(corpus) + + +def _assert_one_json_line(stdout: str, *, schema: str = "1") -> dict[str, Any]: + """Aserta exactamente una línea JSON con schema correcto; devuelve el dict.""" + lines = [ln for ln in stdout.splitlines() if ln.strip()] + assert len(lines) == 1, ( + f"Se esperaba exactamente 1 línea en stdout, se obtuvieron {len(lines)}:\n" + f"{stdout!r}" + ) + data = json.loads(lines[0]) + assert data.get("schema") == schema + return data + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 1. Servicios — list_papers +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_list_papers_sin_filtros_devuelve_todos(tmp_path: Path) -> None: + """list_papers sin filtros devuelve todos los papers con campos mínimos.""" + from bib2graph.service.reads import list_papers + + ws = _init_workspace(tmp_path) + rows = [ + _row(id="P1", title="Paper uno", year=2021), + _row(id="P2", title="Paper dos", year=2022), + _row(id="P3", title="Paper tres", year=2023), + ] + _seed_store(ws, rows) + + result = list_papers(ws) + + assert result["count"] == 3 + assert len(result["papers"]) == 3 + ids = {p["id"] for p in result["papers"]} + assert ids == {"P1", "P2", "P3"} + # Campos mínimos presentes + for paper in result["papers"]: + assert "id" in paper + assert "title" in paper + assert "year" in paper + assert "curation_status" in paper + assert "is_seed" in paper + + +@pytest.mark.unit +def test_list_papers_query_filtra_por_titulo_ci(tmp_path: Path) -> None: + """list_papers --query filtra substring case-insensitive en el título.""" + from bib2graph.service.reads import list_papers + + ws = _init_workspace(tmp_path) + rows = [ + _row(id="P1", title="Unequal Exchange in World Trade"), + _row(id="P2", title="Capital Accumulation and Growth"), + _row(id="P3", title="UNEQUAL DISTRIBUTION OF WEALTH"), + ] + _seed_store(ws, rows) + + result = list_papers(ws, query="unequal") + + assert result["count"] == 2 + ids = {p["id"] for p in result["papers"]} + assert ids == {"P1", "P3"} + + +@pytest.mark.unit +def test_list_papers_status_filtra_por_curation_status(tmp_path: Path) -> None: + """list_papers filtra por curation_status exacto.""" + from bib2graph.service.reads import list_papers + + ws = _init_workspace(tmp_path) + rows = [ + _row(id="P1", curation_status="candidate"), + _row(id="P2", curation_status="accepted"), + _row(id="P3", curation_status="rejected"), + _row(id="P4", curation_status="accepted"), + ] + _seed_store(ws, rows) + + result = list_papers(ws, status="accepted") + + assert result["count"] == 2 + ids = {p["id"] for p in result["papers"]} + assert ids == {"P2", "P4"} + + +@pytest.mark.unit +def test_list_papers_seeds_filtra_is_seed_true(tmp_path: Path) -> None: + """list_papers con is_seed=True devuelve solo semillas.""" + from bib2graph.service.reads import list_papers + + ws = _init_workspace(tmp_path) + rows = [ + _row(id="P1", is_seed=True), + _row(id="P2", is_seed=False), + _row(id="P3", is_seed=True), + ] + _seed_store(ws, rows) + + result = list_papers(ws, is_seed=True) + + assert result["count"] == 2 + assert all(p["is_seed"] is True for p in result["papers"]) + + +@pytest.mark.unit +def test_list_papers_candidates_filtra_is_seed_false(tmp_path: Path) -> None: + """list_papers con is_seed=False devuelve solo no-semillas.""" + from bib2graph.service.reads import list_papers + + ws = _init_workspace(tmp_path) + rows = [ + _row(id="P1", is_seed=True), + _row(id="P2", is_seed=False), + _row(id="P3", is_seed=False), + ] + _seed_store(ws, rows) + + result = list_papers(ws, is_seed=False) + + assert result["count"] == 2 + assert all(p["is_seed"] is False for p in result["papers"]) + + +@pytest.mark.unit +def test_list_papers_year_filtra_por_anio(tmp_path: Path) -> None: + """list_papers filtra por año exacto.""" + from bib2graph.service.reads import list_papers + + ws = _init_workspace(tmp_path) + rows = [ + _row(id="P1", year=2019), + _row(id="P2", year=2021), + _row(id="P3", year=2021), + _row(id="P4", year=2023), + ] + _seed_store(ws, rows) + + result = list_papers(ws, year=2021) + + assert result["count"] == 2 + ids = {p["id"] for p in result["papers"]} + assert ids == {"P2", "P3"} + + +@pytest.mark.unit +def test_list_papers_filtros_combinados(tmp_path: Path) -> None: + """list_papers combina filtros con AND lógico.""" + from bib2graph.service.reads import list_papers + + ws = _init_workspace(tmp_path) + rows = [ + _row(id="P1", title="Unequal Exchange", year=2020, curation_status="accepted"), + _row(id="P2", title="Unequal Trade", year=2021, curation_status="accepted"), + _row(id="P3", title="Unequal Income", year=2020, curation_status="candidate"), + ] + _seed_store(ws, rows) + + result = list_papers(ws, query="unequal", status="accepted", year=2020) + + assert result["count"] == 1 + assert result["papers"][0]["id"] == "P1" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 2. Servicios — corpus_stats +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_corpus_stats_group_by_status(tmp_path: Path) -> None: + """corpus_stats agrupa por curation_status y devuelve conteos correctos.""" + from bib2graph.service.reads import corpus_stats + + ws = _init_workspace(tmp_path) + rows = [ + _row(id="P1", curation_status="candidate"), + _row(id="P2", curation_status="accepted"), + _row(id="P3", curation_status="candidate"), + _row(id="P4", curation_status="rejected"), + ] + _seed_store(ws, rows) + + result = corpus_stats(ws, group_by="status") + + assert result["group_by"] == "status" + assert result["total"] == 4 + groups_map = {g["key"]: g["count"] for g in result["groups"]} + assert groups_map["candidate"] == 2 + assert groups_map["accepted"] == 1 + assert groups_map["rejected"] == 1 + + +@pytest.mark.unit +def test_corpus_stats_group_by_year(tmp_path: Path) -> None: + """corpus_stats agrupa por año.""" + from bib2graph.service.reads import corpus_stats + + ws = _init_workspace(tmp_path) + rows = [ + _row(id="P1", year=2020), + _row(id="P2", year=2021), + _row(id="P3", year=2020), + ] + _seed_store(ws, rows) + + result = corpus_stats(ws, group_by="year") + + assert result["group_by"] == "year" + assert result["total"] == 3 + groups_map = {str(g["key"]): g["count"] for g in result["groups"]} + assert groups_map["2020"] == 2 + assert groups_map["2021"] == 1 + + +@pytest.mark.unit +def test_corpus_stats_group_by_is_seed(tmp_path: Path) -> None: + """corpus_stats agrupa por is_seed.""" + from bib2graph.service.reads import corpus_stats + + ws = _init_workspace(tmp_path) + rows = [ + _row(id="P1", is_seed=True), + _row(id="P2", is_seed=False), + _row(id="P3", is_seed=True), + ] + _seed_store(ws, rows) + + result = corpus_stats(ws, group_by="is_seed") + + assert result["group_by"] == "is_seed" + assert result["total"] == 3 + # Cada grupo tiene key=True o key=False y count correspondiente + assert len(result["groups"]) == 2 + + +@pytest.mark.unit +def test_corpus_stats_group_by_invalido_lanza_dataerror(tmp_path: Path) -> None: + """corpus_stats con group_by inválido lanza DataError.""" + from bib2graph.service.errors import DataError + from bib2graph.service.reads import corpus_stats + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + with pytest.raises(DataError, match="no válido"): + corpus_stats(ws, group_by="autor") + + +@pytest.mark.unit +def test_corpus_stats_default_es_status(tmp_path: Path) -> None: + """corpus_stats sin parámetro usa group_by='status' por defecto.""" + from bib2graph.service.reads import corpus_stats + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1", curation_status="candidate")]) + + result = corpus_stats(ws) + + assert result["group_by"] == "status" + assert "groups" in result + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 3. Servicios — get_paper extendido (id | doi | source_id) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_get_paper_resuelve_por_id(tmp_path: Path) -> None: + """get_paper resuelve por id interno (comportamiento original).""" + from bib2graph.service.reads import get_paper + + ws = _init_workspace(tmp_path) + rows = [_row(id="P1", title="Paper uno", doi="10.1/p1", source_id="W1234")] + _seed_store(ws, rows) + + result = get_paper(ws, "P1") + + assert result["id"] == "P1" + assert result["title"] == "Paper uno" + + +@pytest.mark.unit +def test_get_paper_resuelve_por_doi(tmp_path: Path) -> None: + """get_paper resuelve por DOI cuando no hay match por id.""" + from bib2graph.service.reads import get_paper + + ws = _init_workspace(tmp_path) + rows = [_row(id="W123", title="Paper con DOI", doi="10.1016/j.ecolecon.2019")] + _seed_store(ws, rows) + + result = get_paper(ws, "10.1016/j.ecolecon.2019") + + assert result["id"] == "W123" + assert result["doi"] == "10.1016/j.ecolecon.2019" + + +@pytest.mark.unit +def test_get_paper_resuelve_por_source_id(tmp_path: Path) -> None: + """get_paper resuelve por source_id cuando no hay match por id ni doi.""" + from bib2graph.service.reads import get_paper + + ws = _init_workspace(tmp_path) + rows = [_row(id="P1", title="Paper con source_id", source_id="W2741809807")] + _seed_store(ws, rows) + + result = get_paper(ws, "W2741809807") + + assert result["id"] == "P1" + assert result["source_id"] == "W2741809807" + + +@pytest.mark.unit +def test_get_paper_prioriza_id_sobre_doi(tmp_path: Path) -> None: + """Cuando ident coincide con id de un paper y doi de otro, gana el id.""" + from bib2graph.service.reads import get_paper + + ws = _init_workspace(tmp_path) + # P-DOI tiene id="VALOR" y P2 tiene doi="VALOR" + rows = [ + _row(id="VALOR", title="Coincide por id", doi="10.1/otro"), + _row(id="P2", title="Coincide por doi", doi="VALOR"), + ] + _seed_store(ws, rows) + + result = get_paper(ws, "VALOR") + + # id gana sobre doi + assert result["id"] == "VALOR" + assert result["title"] == "Coincide por id" + + +@pytest.mark.unit +def test_get_paper_mismo_paper_tres_ids(tmp_path: Path) -> None: + """El mismo paper es encontrable por id, doi y source_id.""" + from bib2graph.service.reads import get_paper + + ws = _init_workspace(tmp_path) + rows = [ + _row( + id="W999", + title="Paper multi-identificador", + doi="10.1234/test", + source_id="W999_openalex", + ) + ] + _seed_store(ws, rows) + + by_id = get_paper(ws, "W999") + by_doi = get_paper(ws, "10.1234/test") + by_source = get_paper(ws, "W999_openalex") + + assert by_id["id"] == by_doi["id"] == by_source["id"] == "W999" + assert by_id["title"] == by_doi["title"] == by_source["title"] + + +@pytest.mark.unit +def test_get_paper_inexistente_lanza_dataerror(tmp_path: Path) -> None: + """get_paper con ident que no existe lanza DataError.""" + from bib2graph.service.errors import DataError + from bib2graph.service.reads import get_paper + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + with pytest.raises(DataError, match="no encontrado"): + get_paper(ws, "id-que-no-existe") + + +@pytest.mark.unit +def test_get_paper_devuelve_catorce_campos(tmp_path: Path) -> None: + """get_paper devuelve los ~14 campos documentados.""" + from bib2graph.service.reads import get_paper + + ws = _init_workspace(tmp_path) + rows = [ + _row( + id="P1", + title="Paper completo", + year=2022, + doi="10.1/p1", + source_id="W001", + is_seed=True, + curation_status="accepted", + references_id=["R1", "R2"], + ) + ] + _seed_store(ws, rows) + + result = get_paper(ws, "P1") + + expected_keys = { + "id", + "source_id", + "doi", + "title", + "year", + "abstract", + "is_seed", + "curation_status", + "authors_raw", + "authors_id", + "keywords_id", + "references_id", + "cited_by_id", + "provenance", + } + for key in expected_keys: + assert key in result, f"Falta clave: {key}" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 4. Neutralidad de transporte — service/reads.py sigue siendo neutral +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_service_reads_sigue_siendo_neutral_despues_de_nuevas_funciones() -> None: + """list_papers y corpus_stats no rompen la neutralidad de service.reads.""" + import ast + import importlib + import pathlib + + mod = importlib.import_module("bib2graph.service.reads") + source_file = mod.__file__ + assert source_file is not None + tree = ast.parse(pathlib.Path(source_file).read_text(encoding="utf-8")) + + forbidden = {"click", "fastapi"} + for node in ast.walk(tree): + if isinstance(node, ast.Import): + for alias in node.names: + assert alias.name.split(".")[0] not in forbidden + elif isinstance(node, ast.ImportFrom): + assert (node.module or "").split(".")[0] not in forbidden + elif isinstance(node, ast.Call): + if ( + isinstance(node.func, ast.Attribute) + and isinstance(node.func.value, ast.Name) + and node.func.value.id == "sys" + and node.func.attr == "exit" + ): + raise AssertionError("service.reads llama a sys.exit") + if isinstance(node.func, ast.Name) and node.func.id == "print": + raise AssertionError("service.reads llama a print()") + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 5. CLI — read list --json +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_list_json_envelope_forma(tmp_path: Path) -> None: + """read list --json devuelve envelope schema='1', ok=True, data.papers + count.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store( + ws, + [ + _row(id="P1", title="Alpha", curation_status="candidate"), + _row(id="P2", title="Beta", curation_status="accepted"), + ], + ) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "read", "list", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + + assert data["ok"] is True + assert data["command"] == "read list" + assert data["exit_code"] == 0 + assert "papers" in data["data"] + assert "count" in data["data"] + assert data["data"]["count"] == 2 + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_list_query_filtra(tmp_path: Path) -> None: + """read list --query filtra por título en el CLI.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store( + ws, + [ + _row(id="P1", title="Ecología Política"), + _row(id="P2", title="Economía Ambiental"), + ], + ) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "read", "list", "--query", "ecolog", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + + assert data["data"]["count"] == 1 + assert data["data"]["papers"][0]["id"] == "P1" + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_list_status_filtra(tmp_path: Path) -> None: + """read list --status accepted filtra por curation_status.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store( + ws, + [ + _row(id="P1", curation_status="accepted"), + _row(id="P2", curation_status="candidate"), + _row(id="P3", curation_status="accepted"), + ], + ) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "read", + "list", + "--status", + "accepted", + "--json", + ], + catch_exceptions=False, + ) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + + assert data["data"]["count"] == 2 + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_list_seeds_filtra(tmp_path: Path) -> None: + """read list --seeds filtra a is_seed=True.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store( + ws, + [ + _row(id="P1", is_seed=True), + _row(id="P2", is_seed=False), + ], + ) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "read", "list", "--seeds", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + + assert data["data"]["count"] == 1 + assert data["data"]["papers"][0]["id"] == "P1" + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_list_candidates_filtra(tmp_path: Path) -> None: + """read list --candidates filtra a is_seed=False.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store( + ws, + [ + _row(id="P1", is_seed=True), + _row(id="P2", is_seed=False), + _row(id="P3", is_seed=False), + ], + ) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "read", "list", "--candidates", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + + assert data["data"]["count"] == 2 + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_list_year_filtra(tmp_path: Path) -> None: + """read list --year filtra por año exacto.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store( + ws, + [ + _row(id="P1", year=2020), + _row(id="P2", year=2021), + ], + ) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "read", "list", "--year", "2021", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + + assert data["data"]["count"] == 1 + assert data["data"]["papers"][0]["id"] == "P2" + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_list_seeds_candidates_mutuamente_excluyentes(tmp_path: Path) -> None: + """read list --seeds --candidates → UsageError (exit 1).""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "read", + "list", + "--seeds", + "--candidates", + "--json", + ], + catch_exceptions=False, + ) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + + assert data["ok"] is False + assert result.exit_code == 1 + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 6. CLI — read stats --json +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_stats_json_envelope_forma(tmp_path: Path) -> None: + """read stats --json devuelve envelope con group_by, total y groups.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store( + ws, + [ + _row(id="P1", curation_status="candidate"), + _row(id="P2", curation_status="accepted"), + ], + ) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "read", "stats", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + + assert data["ok"] is True + assert data["command"] == "read stats" + payload = data["data"] + assert "group_by" in payload + assert "total" in payload + assert "groups" in payload + assert payload["total"] == 2 + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_stats_group_by_year(tmp_path: Path) -> None: + """read stats --group-by year agrupa por año.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store( + ws, + [ + _row(id="P1", year=2020), + _row(id="P2", year=2021), + _row(id="P3", year=2020), + ], + ) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "read", "stats", "--group-by", "year", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + + payload = data["data"] + assert payload["group_by"] == "year" + assert payload["total"] == 3 + groups_map = {str(g["key"]): g["count"] for g in payload["groups"]} + assert groups_map["2020"] == 2 + assert groups_map["2021"] == 1 + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_stats_group_by_is_seed(tmp_path: Path) -> None: + """read stats --group-by is_seed agrupa por semilla.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store( + ws, + [ + _row(id="P1", is_seed=True), + _row(id="P2", is_seed=False), + ], + ) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "read", + "stats", + "--group-by", + "is_seed", + "--json", + ], + catch_exceptions=False, + ) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + + assert data["ok"] is True + assert data["data"]["group_by"] == "is_seed" + assert data["data"]["total"] == 2 + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 7. CLI — read show --json +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_show_por_id_json(tmp_path: Path) -> None: + """read show --id devuelve ~14 campos en el envelope.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store( + ws, + [ + _row( + id="P1", + title="Paper de prueba", + year=2023, + doi="10.1/p1", + source_id="W001", + is_seed=True, + curation_status="accepted", + references_id=["R1"], + ) + ], + ) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "read", "show", "--id", "P1", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + + assert data["ok"] is True + assert data["command"] == "read show" + assert data["exit_code"] == 0 + payload = data["data"] + assert payload["id"] == "P1" + assert payload["title"] == "Paper de prueba" + assert payload["year"] == 2023 + assert payload["doi"] == "10.1/p1" + assert payload["source_id"] == "W001" + assert payload["is_seed"] is True + assert payload["curation_status"] == "accepted" + # provenance es lista + assert isinstance(payload["provenance"], list) + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_show_por_doi_json(tmp_path: Path) -> None: + """read show --id resuelve por DOI.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store( + ws, + [_row(id="W999", title="Paper DOI", doi="10.9999/test")], + ) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "read", + "show", + "--id", + "10.9999/test", + "--json", + ], + catch_exceptions=False, + ) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + + assert data["ok"] is True + assert data["data"]["id"] == "W999" + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_show_por_source_id_json(tmp_path: Path) -> None: + """read show --id resuelve por source_id.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store( + ws, + [_row(id="P1", title="Paper source_id", source_id="W2741809807")], + ) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "read", + "show", + "--id", + "W2741809807", + "--json", + ], + catch_exceptions=False, + ) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + + assert data["ok"] is True + assert data["data"]["id"] == "P1" + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_show_inexistente_dataerror_exit2(tmp_path: Path) -> None: + """read show --id INEXISTENTE → DataError, ok=False, exit_code=2.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "read", + "show", + "--id", + "INEXISTENTE", + "--json", + ], + catch_exceptions=False, + ) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + + assert data["ok"] is False + assert data["exit_code"] == 2 + assert result.exit_code == 2 + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 8. read sin subcomando → imprime ayuda (exit 0) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_sin_subcomando_imprime_ayuda() -> None: + """b2g read sin subcomando → no_args_is_help=True → exit 0 con ayuda.""" + runner = CliRunner() + with runner.isolated_filesystem(): + result = runner.invoke(b2g, ["read"]) + # no_args_is_help=True hace exit con código 0 y escribe la ayuda + assert result.exit_code == 0 + assert "list" in result.output + assert "stats" in result.output + assert "show" in result.output + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 9. stdout puro — una sola línea JSON +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_list_stdout_una_linea_json(tmp_path: Path) -> None: + """read list --json: stdout es exactamente una línea no-vacía.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "read", "list", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + lineas = [ln for ln in result.stdout.splitlines() if ln.strip()] + assert len(lineas) == 1 + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_show_stdout_una_linea_json(tmp_path: Path) -> None: + """read show --json (error o éxito): stdout es exactamente una línea.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "read", "show", "--id", "P1", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + lineas = [ln for ln in result.stdout.splitlines() if ln.strip()] + assert len(lineas) == 1 + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_stats_stdout_una_linea_json(tmp_path: Path) -> None: + """read stats --json: stdout es exactamente una línea.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1", curation_status="candidate")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "read", "stats", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + lineas = [ln for ln in result.stdout.splitlines() if ln.strip()] + assert len(lineas) == 1 + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 10. read sin workspace → UsageError → envelope de error (exit 1) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_list_sin_workspace_exit1_json() -> None: + """read list --json sin workspace → UsageError → envelope error, exit 1.""" + runner = CliRunner() + with runner.isolated_filesystem(): + result = runner.invoke(b2g, ["read", "list", "--json"], catch_exceptions=False) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + assert data["ok"] is False + assert result.exit_code == 1 From b66ac4a69ff6b885bc7e93aa273a6016eace386d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sat, 27 Jun 2026 18:50:10 -0500 Subject: [PATCH 08/27] =?UTF-8?q?feat(read):=20read=20top=20=E2=80=94=20ce?= =?UTF-8?q?ntrales=20+=20co-citaci=C3=B3n=20con=20t=C3=ADtulo=20(salida=20?= =?UTF-8?q?de=20investigaci=C3=B3n)=20(#157)=20(#171)?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Sub-issue del epic #167 (superficie CLI 0.10.0, ADR 0037 b). Cierra el grupo read. - read top: dos bloques en un envelope. central = nodos de la red --kind ordenados por degree_centrality desc (top N); cocitation = pares de la red cocitation por weight desc, con ambos títulos resueltos. - Flags: --top/-n (default 10), --kind (Choice sobre los 5 NetworkKind, default bibliographic_coupling), --json. El bloque co-citación es SIEMPRE cocitation. - Default bibliographic_coupling para "centrales": robusto en el one-shot frío (se calcula desde las referencias propias, no necesita enrich/forward), así la salida estrella entrega valor temprano. Co-citación necesita datos forward. - Honest-empty: co-citación vacía → exit 0 + bloque [] + reason/fix_command (predict_build_preview), NO DataError. No requiere build previo (recomputa vía get_network). Título completo (join id→title); entidad → label. - service/reads.py:get_top (capa de servicios dueña), exportado en service/__init__. - Gancho del grupo read (#156) cerrado: read {list,stats,show,top}. - Docs en lockstep: API.md (read top, get_top, honest-empty; + drift de #156), AGENTS.md, ARCHITECTURE.md. Invariante intacto: envelope schema="1", exit codes (0 éxito incl. vacío, 1 uso, 2 datos), stdout puro (#151). Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- AGENTS.md | 8 +- docs/API.md | 67 ++- docs/ARCHITECTURE.md | 4 +- src/bib2graph/cli/commands/read.py | 104 ++++- src/bib2graph/service/__init__.py | 4 + src/bib2graph/service/reads.py | 157 ++++++- tests/unit/test_cli_read_top.py | 674 +++++++++++++++++++++++++++++ 7 files changed, 995 insertions(+), 23 deletions(-) create mode 100644 tests/unit/test_cli_read_top.py diff --git a/AGENTS.md b/AGENTS.md index c5cfdd9..a61e271 100644 --- a/AGENTS.md +++ b/AGENTS.md @@ -38,10 +38,12 @@ rehidrata un corpus curado sin red, Ciclo 9a; el 18° `b2g thesaurus` aplica el thesaurus curado, único paso explícito del preproc, #88, abajo; el 19° `b2g gui` levanta la API local FastAPI, Hito G3 del MVP GUI, ADR 0028)—. - **Grupo noun-verb `read {list,stats,show}` (#156, ADR 0037 §b):** primer grupo del CLI (lectura pura + **Grupo noun-verb `read {list,stats,show,top}` (#156/#157, ADR 0037 §b):** primer grupo del CLI (lectura pura del corpus, no transiciona); `read list` filtra por `--query`/`--status`/`--seeds|--candidates`/`--year`, - `read stats --group-by {status,year,is_seed}`, `read show --id` (resuelve id/doi/source_id, ADR 0036). - `read` sin subcomando → ayuda + exit 0 (`invoke_without_command=True`, workaround Click 8.4); el + `read stats --group-by {status,year,is_seed}`, `read show --id` (resuelve id/doi/source_id, ADR 0036), + `read top --top N --kind {…}` (la salida de investigación: nodos centrales + co-citación con título; + default `bibliographic_coupling`, robusto en one-shot; co-citación vacía → honest-empty exit 0 + + reason/fix_command). `read` sin subcomando → ayuda + exit 0 (`invoke_without_command=True`, workaround Click 8.4); el `command` del envelope usa la ruta completa (`"read list"`). `inspect` queda **en deprecación** (#165, lo absorben `read show` + `status`) pero **sigue vivo**. Ver `docs/API.md` §Convenciones CLI. **645 tests verdes** (mypy/ruff limpios; el núcleo importa sin `duckdb`). Entre las diff --git a/docs/API.md b/docs/API.md index 0d33132..2ab6619 100644 --- a/docs/API.md +++ b/docs/API.md @@ -300,8 +300,8 @@ resolución DOI→`source_id` del flujo BibTeX e2e, issues #110/#112, ADR avisa, NO regenera — ver §`build`/`export`/`snapshot` abajo). **AS-BUILT #54 (2026-06-17):** `status` suma el campo aditivo `referenced_not_fetched` (nº de IDs que el backward chaining observó sin materializar — tabla `referenced_but_not_fetched`, §4/§5; `schema="1"` intacto), y `b2g chain` suma - `observed_refs_count` a su envelope JSON. **`read {list,stats,show}`** (grupo noun-verb, #156 / - ADR 0037 §b — ver §Grupo `read` abajo), `inspect` (**en deprecación**, #165: lo absorben `read show` + `observed_refs_count` a su envelope JSON. **`read {list,stats,show,top}`** (grupo noun-verb, + #156/#157 / ADR 0037 §b — ver §Grupo `read` abajo), `inspect` (**en deprecación**, #165: lo absorben `read show` para papers y `status` para manifest/FSM; **sigue vivo** hasta cerrarse #165), `validate`. - **`seed`** (ADR [0030](decisiones/0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md), Ciclo 9a + Ciclo 10 AS-BUILT 2026-06-17): tiene **exactamente TRES modos mutuamente excluyentes** (exactamente uno @@ -590,14 +590,14 @@ destino lo dicta `bib2graph.cycle.apply_transition` (fuente única de verdad; los comandos no hardcodean el destino). `seed` con **estado previo** se trata como **`reseed`** (loop-back a `SEEDED`, ronda++, acumula sobre lo curado). -**Grupo `read {list,stats,show}` — primer grupo noun-verb del CLI (#156, ADR +**Grupo `read {list,stats,show,top}` — primer grupo noun-verb del CLI (#156/#157, ADR [0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) §b).** Es lectura pura del corpus (no transiciona el ciclo, §arriba). `read` **sin subcomando** imprime la ayuda y sale con **exit 0** (no es error de uso). El campo `command` del envelope usa la **ruta completa** del grupo noun-verb: -`"read list"` / `"read stats"` / `"read show"` (convención para grupos: comando = ` `, -no solo el grupo). El `top` del ADR 0037 §b queda **diferido** (este hito materializa -`list`/`stats`/`show`). La lógica vive en `service/reads.py` (`list_papers`, `corpus_stats`, -`get_paper` extendido — §0.1), exportada en `service/__init__.py`. +`"read list"` / `"read stats"` / `"read show"` / `"read top"` (convención para grupos: comando = +` `, no solo el grupo). `read top` (la **salida de investigación** del 0037 §b) se +materializó en #157 (antes diferido). La lógica vive en `service/reads.py` (`list_papers`, +`corpus_stats`, `get_paper` extendido, `get_top` — §0.1), exportada en `service/__init__.py`. - **`read list`** — lista papers del corpus. Filtros (combinables, AND): `--query TEXT` (substring **case-insensitive sobre el título únicamente**), `--status {candidate,accepted,rejected}`, @@ -612,6 +612,27 @@ no solo el grupo). El `top` del ADR 0037 §b queda **diferido** (este hito mater corpus (~14 campos: `id, source_id, doi, title, year, abstract, is_seed, curation_status, authors_raw, authors_id, keywords_id, references_id, cited_by_id, provenance`). `--id` que no matchea ningún id/doi/source_id → `DataError`, **exit 2**. +- **`read top`** — la **salida de investigación** (#157): un envelope con **dos bloques** sobre redes + recomputadas en tiempo de lectura (**no requiere `build` previo**; mismo camino que `get_network`). + Flags: `--top N` / `-n` (default 10), `--kind` (`Choice` sobre los 5 `NetworkKind`, **default + `bibliographic_coupling`**), `--json`. Envelope: + `data = {kind, top, central: [{id, title, degree_centrality, community?}], + cocitation: [{source, source_title, target, target_title, weight}], reason?, fix_command?}`. + - **`central`** — top `N` nodos de la red `--kind` por `degree_centrality` desc. En redes de paper + (`bibliographic_coupling`/`cocitation`) `title` es el **título completo** (join id→title); en + redes de autor/institución/keyword cae al `label` (nombre de la entidad). + - **`cocitation`** — **SIEMPRE** la red `cocitation` (independiente de `--kind`): top `N` aristas + por `weight` desc, con título de ambos extremos. + - **`--kind` default `bibliographic_coupling`** porque es **robusto en el one-shot frío**: se + calcula desde las referencias propias del corpus (no necesita `enrich`/`chain --forward`), así la + salida estrella entrega valor temprano. La **co-citación** necesita datos *forward* (`cited_by_id`). + - **Contrato honest-empty (exit 0, no error).** Si la red `cocitation` está vacía (corpus sin + `cited_by_id`, p. ej. un one-shot sin `enrich`/`chain --forward`) → **exit 0** + bloque + `cocitation: []` + `reason`/`fix_command` (tomados de `predict_build_preview`). **No** es + `DataError`. `reason`/`fix_command` aparecen **solo** en ese caso. + - **Exit codes:** `--kind` inválido → **exit 1** (UsageError de `Choice`, fuera del envelope, §abajo); + `get_top` llamado desde el servicio con `kind` inválido o `n <= 0` → `DataError`, **exit 2** + (defensa de la capa neutral). Un fallo genuino de construcción de red → `DataError`, exit 2 (≠ vacío). `inspect` (verbo plano) **sigue vivo pero en deprecación** (#165): `read show` lo absorbe para papers y `status` para manifest/FSM. **No** está removido en este hito. @@ -748,8 +769,10 @@ adaptadores (incluida la API TARGET, que lo traducirá a HTTP status, ADR 0028 > no cambia** (`tests/unit/test_cli.py` intacto) — por eso este movimiento **no requiere un ADR nuevo**. > Forma del encuadre y bifurcaciones resueltas: [`ROADMAP/05-gui.md`](ROADMAP/05-gui.md) §G2. -`src/bib2graph/service/reads.py` expone **6 funciones de lectura** (re-exportadas desde -`bib2graph.service.__init__`). Cada una recibe un **`Workspace` ya resuelto** (la resolución ambiente +`src/bib2graph/service/reads.py` expone las **6 funciones de lectura de la SPA (G2)** más las que +absorbió el **grupo CLI `read`** (#156/#157: `list_papers`, `corpus_stats`, `get_top` — §Grupo +`read`); todas re-exportadas desde `bib2graph.service.__init__`. Cada una recibe un **`Workspace` ya +resuelto** (la resolución ambiente vive en el adaptador CLI, ADR 0029), abre el store **read-only**, y devuelve un `dict`/`list[dict]` **serializable** o lanza un `B2GError` tipado. **Sin red, sin mutación, sin transición de ciclo**; determinismo R2 (mismo corpus → misma lectura). Decisiones de producto resueltas (bifurcaciones @@ -811,6 +834,32 @@ def compare_rounds(ws: Workspace, round_a: str, round_b: str) -> dict[str, Any]: solo aparecen si ambos snapshots tienen networks//metrics.json, que hoy no se materializa por snapshot)}. Raises DataError si un snapshot no existe o no tiene corpus.parquet; StoreError si el store falla.""" + + +# --- Lecturas absorbidas por el grupo CLI `read` (#156/#157; ver §Grupo `read`) --- + +def list_papers(ws: Workspace, *, query=None, status=None, is_seed=None, year=None) -> dict[str, Any]: + """Lista mínima del corpus con filtros AND (todos opcionales). Devuelve: + {papers: [{id, title, year, curation_status, is_seed}], count: int}. + query = substring case-insensitive sobre el título; status = curation_status exacto; + is_seed True/False; year exacto. Raises StoreError. (Detrás de `read list`.)""" + +def corpus_stats(ws: Workspace, *, group_by="status") -> dict[str, Any]: + """Conteos agrupados por status (default) | year | is_seed. Devuelve: + {group_by, total, groups: [{key, count}]}. Raises DataError si group_by inválido; + StoreError si el store falla. (Detrás de `read stats`.)""" + +def get_top(ws: Workspace, *, n=10, kind="bibliographic_coupling") -> dict[str, Any]: + """Salida de investigación (#157): nodos centrales + pares de co-citación con título, + sobre redes recomputadas (NO requiere `build`; mismo camino que get_network). Devuelve: + {kind, top, central: [{id, title, degree_centrality, community?}], + cocitation: [{source, source_title, target, target_title, weight}], reason?, fix_command?}. + `central` = top n nodos de la red `kind` por degree_centrality desc (título completo en redes + de paper; label de entidad en author/institution/keyword). `cocitation` = SIEMPRE la red + cocitation, top n aristas por weight desc. + Honest-empty: co-citación vacía (sin cited_by_id) → bloque [] + reason/fix_command + (de predict_build_preview), NO error. Raises DataError si kind inválido, n <= 0, o la red + falla genuinamente; StoreError si el store falla. (Detrás de `read top`.)""" ``` **Nota de fidelidad al núcleo.** Los campos del mock `app/src/` que el núcleo no sostiene **no se diff --git a/docs/ARCHITECTURE.md b/docs/ARCHITECTURE.md index 91e8178..f666590 100644 --- a/docs/ARCHITECTURE.md +++ b/docs/ARCHITECTURE.md @@ -571,8 +571,8 @@ trabajo posterior, pero la API se **diseña con estos principios desde el hito 1 faltante"); la capacidad-de-source-faltante se convierte en `DependencyError` mediante un **pre-check `hasattr` en el borde** (p. ej. `chain.py` antes del `Forager`). Ver ADR 0021 §D. -**Patrón noun-verb group (AS-BUILT #156, ADR -[0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) §b).** `read {list,stats,show}` es el +**Patrón noun-verb group (AS-BUILT #156/#157, ADR +[0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) §b).** `read {list,stats,show,top}` es el **primer grupo noun-verb** del CLI (en la capa Click): un `click.Group` (el sustantivo) con un subcomando por verbo, cada uno delegando en su `run_`/función de `service/` (capas 2–3 sin cambios). Dos convenciones del grupo: (1) el `command` del envelope usa la **ruta completa** diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/read.py b/src/bib2graph/cli/commands/read.py index 16c555d..693db53 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/read.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/read.py @@ -1,29 +1,34 @@ -"""cli.commands.read — Grupo noun-verb ``b2g read`` (#156, superficie CLI 0.10.0). +"""cli.commands.read — Grupo noun-verb ``b2g read`` (#156/#157, superficie CLI 0.10.0). Primer grupo noun-verb del repo. Agrupa lecturas read-only del corpus bajo -el verbo ``read``, con tres subcomandos: +el verbo ``read``, con cuatro subcomandos: ``read list`` — lista papers con filtros opcionales (query/status/seeds/year). ``read stats`` — estadísticas del corpus agrupadas por status, year o is_seed. ``read show`` — fila completa de un paper, resolviendo por id, doi o source_id. + ``read top`` — nodos más centrales + pares de co-citación con título (#157). Cada subcomando delega la lógica en ``service.reads`` (capa neutral, ADR 0028): - ``list_papers`` → ``read list`` - ``corpus_stats`` → ``read stats`` - ``get_paper`` → ``read show`` + - ``get_top`` → ``read top`` -Decisiones de esta implementación (#156): +Decisiones de esta implementación (#156/#157): - ``read`` sin subcomando → imprime ayuda y sale con exit 0 (``invoke_without_command=True`` + check en el body; Click 8.4 usa exit 2 con ``no_args_is_help=True`` en grupos — workaround deliberado). - - ``--json`` y ``B2G_JSON`` funcionan en los tres subcomandos (ADR 0021 #151). + - ``--json`` y ``B2G_JSON`` funcionan en los cuatro subcomandos (ADR 0021 #151). - El ``command`` del envelope es la ruta completa (``"read list"``, - ``"read stats"``, ``"read show"``), no solo ``"read"``. + ``"read stats"``, ``"read show"``, ``"read top"``), no solo ``"read"``. - ``--seeds`` y ``--candidates`` son mutuamente excluyentes (UsageError exit 1). - ``inspect`` permanece intacto; su absorción es del sub-issue #165. - - El grupo queda abierto para que #157 agregue ``@read_grp.command("top")``. + - ``read top``: red vacía → exit 0 + bloque vacío + reason/fix_command + (honest-empty). ``--kind`` inválido → exit 1 (UsageError de Click.Choice, + remapeado por ``main()``). -Exit codes: 0 éxito, 1 uso, 2 datos (paper inexistente), 5 store. +Exit codes: 0 éxito, 1 uso (incl. ``--kind`` inválido), 2 datos (paper +inexistente; ``get_top`` con kind inválido llamado directo desde el servicio), 5 store. """ from __future__ import annotations @@ -34,6 +39,7 @@ from bib2graph.cli._errors import UsageError, handle_errors from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import resolve_workspace +from bib2graph.constants import NetworkKind # --------------------------------------------------------------------------- # Grupo raíz @@ -45,7 +51,7 @@ def read_grp(ctx: click.Context) -> None: """Lee papers del corpus (read-only). - Subcomandos: list, stats, show. + Subcomandos: list, stats, show, top. Ejemplos: b2g read list --query "unequal exchange" @@ -53,6 +59,8 @@ def read_grp(ctx: click.Context) -> None: b2g read stats --group-by year b2g read show --id W2741809807 b2g read show --id 10.1016/j.ecolecon.2019.01.001 + b2g read top --top 5 --json + b2g read top --kind cocitation --json """ ctx.ensure_object(dict) # Click 8.4: no_args_is_help=True en grupos termina con exit 2 (Missing command). @@ -250,3 +258,83 @@ def show_cmd( emit_human( f"abstract: {abstract[:120]}{'…' if len(abstract) > 120 else ''}" ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# read top +# --------------------------------------------------------------------------- + +_NETWORK_KIND_CHOICES: list[str] = [nk.value for nk in NetworkKind] + + +@read_grp.command("top") +@click.option( + "--top", + "-n", + "n", + default=10, + type=int, + show_default=True, + help="Número de nodos/pares a mostrar.", +) +@click.option( + "--kind", + default=NetworkKind.BIBLIOGRAPHIC_COUPLING.value, + show_default=True, + type=click.Choice(_NETWORK_KIND_CHOICES), + help="Tipo de red para el bloque de nodos centrales.", +) +@json_option +@click.pass_context +@handle_errors("read top") +def top_cmd( + ctx: click.Context, + n: int, + kind: str, + json_output: bool, +) -> None: + """Muestra los nodos más centrales y los pares de co-citación con título. + + Dos bloques de salida: + + \b + central — top N nodos de la red --kind, ordenados por degree_centrality + descendente. Default: bibliographic_coupling (robusto en + one-shot frío, no requiere enrich previo). + cocitation — top N pares de co-citación por peso, SIEMPRE desde la red + cocitation (requiere 'b2g enrich' previo para tener + cited_by_id). Si la red está vacía → bloque vacío con + reason/fix_command (honest-empty, exit 0). + + No requiere 'b2g build' previo: recomputa en tiempo de lectura. + """ + from bib2graph.service.reads import get_top + + ws = resolve_workspace(ctx.obj) + data = get_top(ws, n=n, kind=kind) + + if json_mode(json_output): + envelope = build_envelope( + command="read top", + ok=True, + data=data, + exit_code=0, + ) + emit(envelope) + else: + emit_human(f"Nodos centrales ({kind}) — top {n}:") + for node in data["central"]: + dc = node["degree_centrality"] + title_str = node.get("title") or node["id"] + emit_human(f" {node['id']} dc={dc:.4f} {title_str}") + + emit_human(f"\nPares de co-citación — top {n}:") + for pair in data["cocitation"]: + src = pair.get("source_title") or pair["source"] + tgt = pair.get("target_title") or pair["target"] + emit_human(f" [{pair['weight']}] {src} ↔ {tgt}") + + if "reason" in data: + emit_human(f"\nCo-citación vacía: {data['reason']}") + if data.get("fix_command"): + emit_human(f"Solución: {data['fix_command']}") diff --git a/src/bib2graph/service/__init__.py b/src/bib2graph/service/__init__.py index 69b4452..e801362 100644 --- a/src/bib2graph/service/__init__.py +++ b/src/bib2graph/service/__init__.py @@ -12,6 +12,8 @@ ``get_network``, ``compare_rounds`` — lecturas del Hito G2 (ADR 0028). - ``list_papers``, ``corpus_stats`` — lecturas del grupo ``read`` (#156, sub-issue de la superficie CLI 0.10.0). + - ``get_top`` — nodos centrales + pares de co-citación con título resuelto + (#157, sub-issue de la superficie CLI 0.10.0). - ``accept_papers``, ``reject_papers``, ``curate_paper`` — escrituras del Hito G3 (ADR 0028). - ``resolve_dois`` — resolución DOI→source_id (ADR 0035). @@ -36,6 +38,7 @@ get_network, get_paper, get_scent, + get_top, get_workspace, list_papers, list_rounds, @@ -59,6 +62,7 @@ "get_network", "get_paper", "get_scent", + "get_top", "get_workspace", "list_papers", "list_rounds", diff --git a/src/bib2graph/service/reads.py b/src/bib2graph/service/reads.py index 89b8fbd..bcd82f7 100644 --- a/src/bib2graph/service/reads.py +++ b/src/bib2graph/service/reads.py @@ -19,11 +19,13 @@ - ``compare_rounds`` — diff entre dos snapshots (added/removed paper_ids + métricas básicas). -Lecturas del grupo ``read`` (sub-issue #156): +Lecturas del grupo ``read`` (sub-issues #156, #157): - ``list_papers`` — lista papers con filtros opcionales: query (título substring CI), status, is_seed, year. Payload mínimo para listados. - ``corpus_stats`` — estadísticas agregadas del corpus, agrupadas por ``status``, ``year`` o ``is_seed``. + - ``get_top`` — nodos más centrales de la red ``kind`` + pares de co-citación + con título resuelto (#157). Decisiones de producto (Bifurcaciones B-G2-1/B-G2-2/B-G2-3): - Ronda = snapshot sellado (Opción A). ``list_rounds``/``compare_rounds`` @@ -31,6 +33,8 @@ - ``get_scent`` expone el score de acoplamiento real (referencias compartidas + resoluciones de referencias e citantes en el corpus), NO 4 paneles cosméticos. - ``get_network`` sirve la red viva. ``kind`` inválido o sin red → ``DataError``. + - ``get_top``: red vacía → honest-empty (exit 0 + bloques vacíos + reason/fix_command); + NO ``DataError``. ``n <= 0`` o ``kind`` inválido → ``DataError``. """ from __future__ import annotations @@ -785,3 +789,154 @@ def corpus_stats( "total": total, "groups": groups, } + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 9. get_top (sub-issue #157 — read top) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def get_top( + ws: Workspace, + *, + n: int = 10, + kind: str = "bibliographic_coupling", +) -> dict[str, Any]: + """Devuelve los nodos más centrales de la red ``kind`` y los pares de co-citación. + + El bloque "central" se extrae de la red del ``kind`` solicitado, ordenando + los nodos por ``degree_centrality`` descendente y tomando los primeros ``n``. + El bloque "cocitation" es **siempre** la red ``cocitation`` (top N pares + por peso descendente), independientemente del ``kind`` elegido. + + La función es idempotente y no requiere ``build`` previo: recomputa las + redes en tiempo de lectura (mismo camino que ``get_network``). + + Para redes de paper (``bibliographic_coupling``, ``cocitation``), los ids + de nodo son ids del corpus y se resuelven al título completo. Para otras + redes (``author_collab``, ``institution_collab``, ``keyword_cooccurrence``), + los ids son ids de entidad y se usa el ``label`` decorado como título. + + Red vacía → honest-empty (exit 0 + bloque vacío + ``reason``/``fix_command``), + NO ``DataError``. + + Args: + ws: Workspace resuelto. + n: Número de nodos/pares a devolver (default 10). Debe ser > 0. + kind: Tipo de red para el bloque central. Uno de los 5 ``NetworkKind`` + (default ``bibliographic_coupling``). + + Returns: + Dict con: + + - ``kind``: tipo de red usado para el bloque central. + - ``top``: ``n`` pedido. + - ``central``: lista de hasta ``n`` nodos ``{id, title, + degree_centrality, ?community}`` ordenados por + ``degree_centrality`` descendente. + - ``cocitation``: lista de hasta ``n`` pares ``{source, + source_title, target, target_title, weight}`` ordenados + por ``weight`` descendente. + - ``reason`` / ``fix_command``: presentes solo cuando + ``cocitation`` está vacío (honest-empty; NOT un error). + + Raises: + DataError: Si ``kind`` no es un ``NetworkKind`` válido, si + ``n <= 0``, o si la construcción de alguna red falla + (error genuino, no vaciedad). + StoreError: Si el store no existe o está bloqueado. + """ + if kind not in _VALID_KINDS: + valid = ", ".join(sorted(_VALID_KINDS)) + raise DataError( + f"NetworkKind '{kind}' no reconocido. Valores válidos: {valid}." + ) + if n <= 0: + raise DataError(f"top N debe ser un entero positivo; se recibió {n}.") + + # Cargar corpus una vez para el índice id→título y para predict_build_preview + store = _open_readonly(ws.library_path) + corpus = store.load() + table = corpus.to_arrow() + id_to_title: dict[str, str | None] = { + str(r.get(Col.ID)): (str(r.get(Col.TITLE)) if r.get(Col.TITLE) else None) + for r in table.to_pylist() + if r.get(Col.ID) + } + + # ------------------------------------------------------------------- + # Bloque "central": top N nodos por degree_centrality en --kind + # ------------------------------------------------------------------- + central_net = get_network(ws, kind) + sorted_nodes = sorted( + central_net["nodes"], + key=lambda node: node["degree_centrality"], + reverse=True, + )[:n] + + central: list[dict[str, Any]] = [] + for node in sorted_nodes: + node_id = node["id"] + # Redes de paper → id es un Col.ID → resolvible al título del corpus. + # Otras redes → id es un id de entidad → usar label decorado. + title = id_to_title.get(node_id) or node.get("label") + entry: dict[str, Any] = { + "id": node_id, + "title": title, + "degree_centrality": node["degree_centrality"], + } + if "community" in node: + entry["community"] = node["community"] + central.append(entry) + + # ------------------------------------------------------------------- + # Bloque "cocitation": top N pares por peso (SIEMPRE red cocitation) + # ------------------------------------------------------------------- + coc_net = ( + central_net + if kind == NetworkKind.COCITATION + else get_network(ws, NetworkKind.COCITATION) + ) + + sorted_edges = sorted( + coc_net["edges"], + key=lambda e: e["weight"], + reverse=True, + )[:n] + + cocitation: list[dict[str, Any]] = [] + for edge in sorted_edges: + src_id = str(edge["source"]) + tgt_id = str(edge["target"]) + cocitation.append( + { + "source": src_id, + "source_title": id_to_title.get(src_id), + "target": tgt_id, + "target_title": id_to_title.get(tgt_id), + "weight": edge["weight"], + } + ) + + result: dict[str, Any] = { + "kind": kind, + "top": n, + "central": central, + "cocitation": cocitation, + } + + # Honest-empty: si co-citación vacía, agregar reason/fix_command. + # Igual que "build" con red vacía → exit 0, NO DataError. + if not coc_net["edges"]: + from bib2graph.networks.facade import predict_build_preview + + preview = predict_build_preview(corpus) + coc_entry = next( + (p for p in preview if p["kind"] == str(NetworkKind.COCITATION)), + None, + ) + if coc_entry is not None: + result["reason"] = coc_entry["reason"] + result["fix_command"] = coc_entry["fix_command"] + + return result diff --git a/tests/unit/test_cli_read_top.py b/tests/unit/test_cli_read_top.py new file mode 100644 index 0000000..9e36a1e --- /dev/null +++ b/tests/unit/test_cli_read_top.py @@ -0,0 +1,674 @@ +"""Tests de ``b2g read top`` (sub-issue #157). + +Cubre: +1. Servicio ``get_top`` — unit puro, sin Click: + a. ``central`` ordenado por degree_centrality descendente, top N. + b. ``cocitation`` ordenado por peso descendente con títulos resueltos. + c. Kind default = ``bibliographic_coupling``. + d. Kind inválido → DataError. + e. n <= 0 → DataError. + f. Co-citación vacía (sin cited_by_id) → exit 0 + bloque vacío + + reason/fix_command (honest-empty, NO DataError). + +2. CLI ``read top --json``: + a. Envelope schema="1", command="read top", ok=True, exit_code=0. + b. Forma de ``central`` y ``cocitation`` en data. + c. ``--kind`` inválido → exit 2 (Click.Choice). + d. stdout puro: exactamente una línea JSON (#151). + +3. Invariante de neutralidad: ``get_top`` no viola la neutralidad de + transporte de ``service.reads``. + +Marcador: ``unit`` (DuckDB en tmp_path, sin red real). +""" + +from __future__ import annotations + +import json +from pathlib import Path +from typing import Any + +import pyarrow as pa +import pytest +from click.testing import CliRunner + +from bib2graph.cli import b2g +from bib2graph.schemas import CORPUS_SCHEMA + +pytestmark = pytest.mark.unit + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helpers compartidos +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _row( + *, + id: str, + title: str = "Título de prueba", + year: int | None = 2020, + is_seed: bool = True, + curation_status: str = "candidate", + doi: str | None = None, + source_id: str | None = None, + references_id: list[str] | None = None, + cited_by_id: list[str] | None = None, +) -> dict[str, Any]: + """Fila mínima con schema completo para tests de read top.""" + return { + "id": id, + "source_id": source_id, + "doi": doi, + "title": title, + "year": year, + "abstract": None, + "source": None, + "language": "en", + "publisher": None, + "research_areas": None, + "is_seed": is_seed, + "curation_status": curation_status, + "provenance": None, + "authors_raw": ["Autor A"], + "authors_id": ["oa:author1"], + "authors_affiliations": None, + "keywords_raw": None, + "keywords_id": None, + "institutions_raw": None, + "institutions_id": None, + "references_id": references_id, + "references_doi": None, + "cited_by_id": cited_by_id, + } + + +def _init_workspace(tmp_path: Path, name: str = "test-ws") -> Any: + """Crea y devuelve un Workspace inicializado en tmp_path.""" + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / name + return Workspace.init(ws_dir, name) + + +def _seed_store(ws: Any, rows: list[dict[str, Any]]) -> None: + """Persiste filas en el store del workspace.""" + from bib2graph.corpus import Corpus + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) + corpus = Corpus.from_arrow(table) + store = DuckDBStore(ws.library_path) + store.persist(corpus) + + +def _assert_one_json_line(stdout: str, *, schema: str = "1") -> dict[str, Any]: + """Aserta exactamente una línea JSON con schema correcto; devuelve el dict.""" + lines = [ln for ln in stdout.splitlines() if ln.strip()] + assert len(lines) == 1, ( + f"Se esperaba exactamente 1 línea en stdout, se obtuvieron {len(lines)}:\n" + f"{stdout!r}" + ) + data = json.loads(lines[0]) + assert data.get("schema") == schema + return data + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Corpus con bibliographic coupling (3 papers con referencias compartidas) +# --------------------------------------------------------------------------- +# +# P1: refs [R1, R2, R3] → comparte con P2 (R1, R3) y P3 (R2) +# P2: refs [R1, R3] → comparte con P1 (R1, R3) +# P3: refs [R2] → comparte con P1 (R2) +# +# Red bibliographic_coupling: +# P1-P2 weight=2, P1-P3 weight=1 +# grados: P1=2, P2=1, P3=1 +# degree_centrality (n=3): P1=2/2=1.0, P2=1/2=0.5, P3=1/2=0.5 + + +def _bib_coupling_rows() -> list[dict[str, Any]]: + return [ + _row( + id="P1", + title="Paper Uno — título completo largo", + references_id=["R1", "R2", "R3"], + ), + _row( + id="P2", + title="Paper Dos", + references_id=["R1", "R3"], + ), + _row( + id="P3", + title="Paper Tres", + references_id=["R2"], + ), + ] + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Corpus con co-citación +# --------------------------------------------------------------------------- +# +# P1 (seed): cited_by=[C1, C2] +# P2 (seed): cited_by=[C1, C3] +# P3 (seed): cited_by=[C4] +# +# Red cocitation (seeds_only): +# P1-P2 weight=1 (comparten C1) +# P1 y P3 no comparten → sin arista +# P2 y P3 no comparten → sin arista + + +def _cocitation_rows() -> list[dict[str, Any]]: + return [ + _row(id="P1", title="Paper Uno Seed", is_seed=True, cited_by_id=["C1", "C2"]), + _row(id="P2", title="Paper Dos Seed", is_seed=True, cited_by_id=["C1", "C3"]), + _row(id="P3", title="Paper Tres Seed", is_seed=True, cited_by_id=["C4"]), + ] + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 1. Servicio get_top — central ordenado por degree_centrality desc +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_get_top_central_ordenado_por_degree_desc(tmp_path: Path) -> None: + """get_top devuelve central ordenado por degree_centrality descendente.""" + from bib2graph.service.reads import get_top + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, _bib_coupling_rows()) + + result = get_top(ws, n=3, kind="bibliographic_coupling") + + central = result["central"] + assert len(central) >= 1 + # P1 tiene degree_centrality más alta (conectado a P2 y P3) + assert central[0]["id"] == "P1" + assert central[0]["degree_centrality"] >= central[-1]["degree_centrality"] + + # Verificar que el orden es descendente + dc_values = [node["degree_centrality"] for node in central] + assert dc_values == sorted(dc_values, reverse=True) + + +@pytest.mark.unit +def test_get_top_central_top_n_limita(tmp_path: Path) -> None: + """get_top con n=1 devuelve solo el nodo más central.""" + from bib2graph.service.reads import get_top + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, _bib_coupling_rows()) + + result = get_top(ws, n=1, kind="bibliographic_coupling") + + assert len(result["central"]) == 1 + assert result["central"][0]["id"] == "P1" + assert result["top"] == 1 + + +@pytest.mark.unit +def test_get_top_central_tiene_titulo_completo(tmp_path: Path) -> None: + """get_top resuelve el título completo del corpus (no el label truncado).""" + from bib2graph.service.reads import get_top + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, _bib_coupling_rows()) + + result = get_top(ws, n=3, kind="bibliographic_coupling") + + node_map = {n["id"]: n for n in result["central"]} + # El título de P1 debe ser el completo del corpus + assert node_map["P1"]["title"] == "Paper Uno — título completo largo" + assert "id" in node_map["P1"] + assert "degree_centrality" in node_map["P1"] + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 2. Servicio get_top — cocitación por peso desc con títulos resueltos +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_get_top_cocitacion_con_titulos_resueltos(tmp_path: Path) -> None: + """get_top resuelve source_title y target_title desde el corpus.""" + from bib2graph.service.reads import get_top + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, _cocitation_rows()) + + result = get_top(ws, n=5, kind="cocitation") + + # Corpus con cited_by_id → cocitation no debería estar vacío + # P1 y P2 comparten C1 → 1 par en cocitation + assert len(result["cocitation"]) >= 1 + + pair = result["cocitation"][0] + assert "source" in pair + assert "source_title" in pair + assert "target" in pair + assert "target_title" in pair + assert "weight" in pair + + # Los ids deben ser P1 o P2 + pair_ids = {pair["source"], pair["target"]} + assert pair_ids == {"P1", "P2"} + + # Los títulos deben ser los del corpus + titles = {pair["source_title"], pair["target_title"]} + assert "Paper Uno Seed" in titles + assert "Paper Dos Seed" in titles + + +@pytest.mark.unit +def test_get_top_cocitacion_por_peso_desc(tmp_path: Path) -> None: + """get_top ordena los pares de co-citación por peso descendente.""" + from bib2graph.service.reads import get_top + + # Corpus con múltiples pares y pesos variados + # P1 y P2 comparten C1 y C2 → weight=2 + # P1 y P3 comparten C3 → weight=1 + rows = [ + _row(id="P1", title="P1", is_seed=True, cited_by_id=["C1", "C2", "C3"]), + _row(id="P2", title="P2", is_seed=True, cited_by_id=["C1", "C2"]), + _row(id="P3", title="P3", is_seed=True, cited_by_id=["C3"]), + ] + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, rows) + + result = get_top(ws, n=5, kind="cocitation") + + cocitation = result["cocitation"] + assert len(cocitation) >= 2 + + # Verificar orden descendente por peso + weights = [p["weight"] for p in cocitation] + assert weights == sorted(weights, reverse=True) + + # El par con mayor peso (P1-P2, weight=2) debe ser el primero + first = cocitation[0] + assert {first["source"], first["target"]} == {"P1", "P2"} + assert first["weight"] == 2 + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 3. Kind default = bibliographic_coupling +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_get_top_kind_default_es_bibliographic_coupling(tmp_path: Path) -> None: + """get_top sin kind explícito usa bibliographic_coupling.""" + from bib2graph.service.reads import get_top + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, _bib_coupling_rows()) + + result = get_top(ws) # sin kind ni n → defaults + + assert result["kind"] == "bibliographic_coupling" + assert result["top"] == 10 + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 4. Kind inválido → DataError +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_get_top_kind_invalido_lanza_dataerror(tmp_path: Path) -> None: + """get_top con kind no reconocido lanza DataError (defensa del servicio).""" + from bib2graph.service.errors import DataError + from bib2graph.service.reads import get_top + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + with pytest.raises(DataError, match="no reconocido"): + get_top(ws, kind="red_inventada") + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 5. n <= 0 → DataError +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_get_top_n_cero_lanza_dataerror(tmp_path: Path) -> None: + """get_top con n=0 lanza DataError (n debe ser positivo).""" + from bib2graph.service.errors import DataError + from bib2graph.service.reads import get_top + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + with pytest.raises(DataError, match="positivo"): + get_top(ws, n=0) + + +@pytest.mark.unit +def test_get_top_n_negativo_lanza_dataerror(tmp_path: Path) -> None: + """get_top con n negativo lanza DataError.""" + from bib2graph.service.errors import DataError + from bib2graph.service.reads import get_top + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + with pytest.raises(DataError, match="positivo"): + get_top(ws, n=-5) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 6. Co-citación vacía (sin cited_by_id) → honest-empty, NO DataError +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_get_top_cocitacion_vacia_es_honest_empty(tmp_path: Path) -> None: + """get_top con corpus sin cited_by_id devuelve cocitation=[] + reason/fix_command. + + Este test verifica explícitamente que NO se lanza DataError cuando la red + de co-citación está vacía (error común: devolver exit 2 en vez de exit 0). + """ + from bib2graph.service.reads import get_top + + # Corpus solo con references_id (bib. coupling OK) pero sin cited_by_id + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, _bib_coupling_rows()) # filas sin cited_by_id + + # NO debe lanzar DataError ni ninguna excepción + result = get_top(ws, n=5, kind="bibliographic_coupling") + + assert result["cocitation"] == [] + # Debe incluir reason y fix_command (honest-empty) + assert "reason" in result, "Se esperaba 'reason' cuando co-citación está vacía" + assert "fix_command" in result, ( + "Se esperaba 'fix_command' cuando co-citación está vacía" + ) + assert result["fix_command"] is not None + # El fix_command debe apuntar al enriquecimiento + assert "enrich" in str(result["fix_command"]).lower() + + +@pytest.mark.unit +def test_get_top_cocitacion_vacia_kind_cocitation_honest_empty( + tmp_path: Path, +) -> None: + """get_top con kind=cocitation y corpus sin cited_by_id → honest-empty.""" + from bib2graph.service.reads import get_top + + ws = _init_workspace(tmp_path) + # Corpus sin cited_by_id en ningún paper + _seed_store( + ws, + [ + _row(id="P1", title="Paper 1", cited_by_id=None), + _row(id="P2", title="Paper 2", cited_by_id=None), + ], + ) + + result = get_top(ws, n=5, kind="cocitation") + + assert result["central"] == [] # cocitation sin datos → sin nodos + assert result["cocitation"] == [] + assert "reason" in result + assert "fix_command" in result + + +@pytest.mark.unit +def test_get_top_cocitacion_llena_no_tiene_reason(tmp_path: Path) -> None: + """get_top con co-citación no vacía NO incluye reason ni fix_command.""" + from bib2graph.service.reads import get_top + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, _cocitation_rows()) + + result = get_top(ws, n=5, kind="cocitation") + + # Con datos de co-citación, no debe haber reason + assert "reason" not in result + assert "fix_command" not in result + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 7. CLI read top --json — forma del envelope +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_top_json_envelope_forma(tmp_path: Path) -> None: + """read top --json devuelve envelope schema='1', ok=True, command='read top'.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, _bib_coupling_rows()) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "read", "top", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + + assert data["ok"] is True + assert data["command"] == "read top" + assert data["exit_code"] == 0 + assert "central" in data["data"] + assert "cocitation" in data["data"] + assert "kind" in data["data"] + assert "top" in data["data"] + assert data["data"]["kind"] == "bibliographic_coupling" + assert data["data"]["top"] == 10 + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_top_json_top_n_flag(tmp_path: Path) -> None: + """read top --top 2 --json respeta el valor de --top.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, _bib_coupling_rows()) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "read", "top", "--top", "2", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + + assert data["ok"] is True + assert data["data"]["top"] == 2 + assert len(data["data"]["central"]) <= 2 + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_top_json_n_shorthand(tmp_path: Path) -> None: + """read top -n 1 --json funciona como alias de --top.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, _bib_coupling_rows()) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "read", "top", "-n", "1", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + + assert data["ok"] is True + assert data["data"]["top"] == 1 + assert len(data["data"]["central"]) <= 1 + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_top_json_kind_cocitation(tmp_path: Path) -> None: + """read top --kind cocitation --json usa la red de co-citación para central.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, _cocitation_rows()) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "read", + "top", + "--kind", + "cocitation", + "--json", + ], + catch_exceptions=False, + ) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + + assert data["ok"] is True + assert data["data"]["kind"] == "cocitation" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 8. CLI read top con co-citación vacía → exit 0 + bloque vacío (NOT exit 2) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_top_cocitacion_vacia_exit0(tmp_path: Path) -> None: + """read top con corpus sin cited_by_id → exit 0 + cocitation vacía. + + Verifica el invariante honest-empty desde el CLI: co-citación vacía + NO debe producir exit 2 (DataError). + """ + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, _bib_coupling_rows()) # sin cited_by_id + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "read", "top", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + + # Exit 0, ok=True — NO DataError + assert result.exit_code == 0, ( + f"Se esperaba exit 0 (honest-empty), se obtuvo {result.exit_code}.\n" + f"stdout: {result.stdout!r}" + ) + assert data["ok"] is True + assert data["exit_code"] == 0 + assert data["data"]["cocitation"] == [] + # reason y fix_command deben estar en data + assert "reason" in data["data"] + assert "fix_command" in data["data"] + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 9. CLI --kind inválido → exit 2 (Click.Choice intercepta antes del handler) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_top_kind_invalido_exit_nonzero(tmp_path: Path) -> None: + """read top --kind inválido → Click.Choice → exit no-cero.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "read", + "top", + "--kind", + "red_inventada", + "--json", + ], + ) + # Click.Choice intercepta antes de que el handler lo vea → exit no-cero + assert result.exit_code != 0 + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 10. stdout puro — exactamente una línea JSON (#151) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_top_stdout_una_linea_json(tmp_path: Path) -> None: + """read top --json: stdout es exactamente una línea no-vacía.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, _bib_coupling_rows()) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "read", "top", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + lineas = [ln for ln in result.stdout.splitlines() if ln.strip()] + assert len(lineas) == 1, ( + f"Se esperaba exactamente 1 línea en stdout, se obtuvieron {len(lineas)}:\n" + f"{result.stdout!r}" + ) + + +@pytest.mark.unit +def test_cli_read_top_stdout_una_linea_json_cocitacion_vacia( + tmp_path: Path, +) -> None: + """read top --json con co-citación vacía: sigue siendo 1 línea JSON.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, _bib_coupling_rows()) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "read", "top", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + lineas = [ln for ln in result.stdout.splitlines() if ln.strip()] + assert len(lineas) == 1 + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 11. Neutralidad de transporte — get_top no viola service.reads +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_service_reads_sigue_siendo_neutral_con_get_top() -> None: + """service.reads con get_top no importa click, fastapi, print ni sys.exit.""" + import ast + import importlib + import pathlib + + mod = importlib.import_module("bib2graph.service.reads") + source_file = mod.__file__ + assert source_file is not None + tree = ast.parse(pathlib.Path(source_file).read_text(encoding="utf-8")) + + forbidden = {"click", "fastapi"} + for node in ast.walk(tree): + if isinstance(node, ast.Import): + for alias in node.names: + assert alias.name.split(".")[0] not in forbidden, ( + f"service.reads importa '{alias.name}' — viola neutralidad" + ) + elif isinstance(node, ast.ImportFrom): + assert (node.module or "").split(".")[0] not in forbidden, ( + f"service.reads importa de '{node.module}' — viola neutralidad" + ) + elif isinstance(node, ast.Call): + if ( + isinstance(node.func, ast.Attribute) + and isinstance(node.func.value, ast.Name) + and node.func.value.id == "sys" + and node.func.attr == "exit" + ): + raise AssertionError("service.reads llama a sys.exit") + if isinstance(node.func, ast.Name) and node.func.id == "print": + raise AssertionError("service.reads llama a print()") From 46fd739b7155002c34ca8b3d9e16fbc96600bc7d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sat, 27 Jun 2026 19:58:47 -0500 Subject: [PATCH 09/27] refactor(cli): curate como grupo noun-verb {dump,apply,accept,reject,filter} (#155) (#172) MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Sub-issue del epic #167 (superficie CLI 0.10.0, ADR 0037 b). Segundo grupo noun-verb (tras read). - curate pasa de comando plano a grupo: curate {dump,apply,accept,reject,filter}. curate sin subcomando → help + exit 0 (workaround Click 8.4). - BREAKING (autorizado por ADR 0037 b): la forma-flag curate --dump/--from-csv se elimina sin alias; --dump→curate dump, --from-csv→curate apply. --all eliminado (usar --scope all). - curate filter transiciona el FSM a FILTERED; dump/apply/accept/reject son transversales (el VERBO define la transición, precedente D1 de #159). - Lógica extraída a service/curate.py (fuente única para los verbos sueltos que #165 retirará): run_curate_dump, run_curate_from_csv, filter_corpus (decided_at INYECTADO por el caller → neutralidad de servicio restaurada, ADR 0017). - Verbos sueltos accept/reject/filter quedan intactos (sin warning); comparten la lógica de servicio. Su deprecación/retiro es #165. - Docs en lockstep: API.md (grupo curate, filter_corpus, transiciones), feature files, AGENTS.md, ARCHITECTURE.md; notas append-only D2 al ADR 0037 (transición por verbo) y corrección del gap P1 al ADR 0038 (filter entra a la ventana 0.11.0). Invariante intacto: envelope schema="1", exit codes, FSM (apply_transition), stdout puro. Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- AGENTS.md | 8 + docs/API.md | 117 ++- docs/ARCHITECTURE.md | 12 + .../0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md | 26 + .../0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md | 19 + docs/features/C-curar.feature | 10 +- docs/features/README.md | 6 +- src/bib2graph/cli/__init__.py | 26 +- src/bib2graph/cli/commands/curate.py | 924 ++++++------------ src/bib2graph/cli/commands/filter.py | 109 +-- src/bib2graph/service/curate.py | 491 +++++++++- tests/unit/test_cli_json_option.py | 2 +- tests/unit/test_curate.py | 39 - tests/unit/test_curate_grp.py | 881 +++++++++++++++++ 14 files changed, 1871 insertions(+), 799 deletions(-) create mode 100644 tests/unit/test_curate_grp.py diff --git a/AGENTS.md b/AGENTS.md index a61e271..133763a 100644 --- a/AGENTS.md +++ b/AGENTS.md @@ -46,6 +46,14 @@ reason/fix_command). `read` sin subcomando → ayuda + exit 0 (`invoke_without_command=True`, workaround Click 8.4); el `command` del envelope usa la ruta completa (`"read list"`). `inspect` queda **en deprecación** (#165, lo absorben `read show` + `status`) pero **sigue vivo**. Ver `docs/API.md` §Convenciones CLI. + **Grupo noun-verb `curate {dump,apply,accept,reject,filter}` (#155, ADR 0037 §b):** SEGUNDO grupo del + CLI. **BREAKING:** la forma-flag `curate --dump`/`--from-csv` y `--all` fueron **eliminadas sin alias** + (`dump --scope all` reemplaza a `--all`; `apply ` reemplaza a `--from-csv`). A diferencia de `read` + (transversal entero), **la transición la define el VERBO** (precedente D1 de #159): solo + **`curate filter`→`FILTERED`**; `dump`/`apply`/`accept`/`reject` son transversales. Lógica fuente única + en `service/curate.py` (`run_curate_dump`/`run_curate_from_csv`/`filter_corpus` con `decided_at` + inyectado). Los verbos sueltos `accept`/`reject`/`filter` siguen vivos como **alias deprecados** + (retiro 0.11.0, ADR 0038 P1 + enmienda #155). Ver `docs/API.md` §`curate`. **645 tests verdes** (mypy/ruff limpios; el núcleo importa sin `duckdb`). Entre las redes, la **composición de comunidades es exportable**: `networks/cluster_table` (función pura) resume cada comunidad de una red de paper en una fila y `b2g build` la escribe como `clusters.csv` diff --git a/docs/API.md b/docs/API.md index 2ab6619..45affe7 100644 --- a/docs/API.md +++ b/docs/API.md @@ -141,7 +141,7 @@ > materializa el principio **CLI-puro** del PO (ADR > [0030](decisiones/0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md) §AS-BUILT Ciclo B). `build_corpus.py` > **eliminado**: el ejemplo se arma y reproduce **100% por CLI** (`seed --spec equation.yaml` -> `max_results 80` → `curate --from-csv curacion.csv` 10 `accepted` → `enrich --max-citing 25` → +> `max_results 80` → `curate apply curacion.csv` 10 `accepted` → `enrich --max-citing 25` → > `snapshot`). Corpus = **~80 filas** (70 `candidate` + 10 `accepted` enriquecidas), **co-citación > presente** (rala) — antes 137 filas / co-citación vacía (9b). Nuevo artefacto congelado > **`curacion.csv`** (receta determinista de curación). Gate R2 ajustado (piso `n>=50`, @@ -404,41 +404,60 @@ resolución DOI→`source_id` del flujo BibTeX e2e, issues #110/#112, ADR `networks/`/`snapshots/`/`exports/`; **`b2g init .`** inicializa el cwd. Si la carpeta ya es un workspace → error (`WorkspaceExistsError`). **NO transiciona** el `CycleState`. `data` = `{root, name, ...}`; `--json` con `schema="1"`. -- **`curate`** (#22 + #26, AS-BUILT 2026-06-16): **curación en lote vía CSV** —cierra el hueco de la - [Nota 09](Notas/09-sesion-qa-prueba-ecologia-valoraciones.md) B4/B5/P1 (la curación a escala no era - viable con `accept`/`reject` por `--ids` uno a uno). **Dos modos mutuamente excluyentes** (exactamente - uno; pasar ambos o ninguno → error de uso, exit 1): - - **`--dump`** escribe un CSV revisable offline (Excel/Calc). Default +- **`curate`** (#22 + #26 origen; **grupo noun-verb AS-BUILT #155**, ADR 0037 (b)): **grupo de + curación** con cinco subcomandos —`{dump, apply, accept, reject, filter}`—. Reorganiza la superficie + de curación a `b2g curate ` (decisión (b) del ADR + [0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md), 2° grupo noun-verb tras `read`). + **`b2g curate` sin subcomando → help + exit 0.** + **BREAKING (autorizado por ADR 0037 (b), sin alias):** la **forma-flag** `curate --dump` / + `curate --from-csv` fue **ELIMINADA**; `curate --all` también (usar `--scope all`). La lógica vive en + `service/curate.py` (fuente única, ver §0); el CLI solo parsea y delega. + + **La transición del FSM la define el VERBO, no el grupo** (precedente D1 de #159): **`curate filter` + transiciona a `FILTERED`**; `dump`/`apply`/`accept`/`reject` son **transversales** (NO transicionan, + disponibles en cualquier estado del lazo). Esto matiza la regla previa "curate es transversal" —cierta + como bloque, ahora por-verbo (ver enmienda en el ADR 0037). + + - **`curate dump`** (= ex `--dump`) escribe un CSV revisable offline (Excel/Calc). Default `/exports/curacion.csv`; **`--out`** lo override. **`--scope [candidates|seeds|all]`** (default `candidates`) elige qué papers volcar: `candidates` = forrajeados a revisar (`curation_status == 'candidate'` **AND** `is_seed == False`, **excluye semillas** —arregla #72, donde el dump arrastraba seeds); `seeds` = semillas originales (`is_seed == True`); `all` = todo el - corpus. **`--all`** queda como **alias deprecado de `--scope all`** (tiene precedencia si se pasan - ambos). Sin candidatos (scope `candidates`/`seeds` vacío) → error accionable que sugiere `--scope all` - o `b2g chain`. Columnas (16, orden estable): `id, source_id, title, year, authors, venue, doi, - keywords, cited_by_count, references_count, is_seed, openalex_url, scent_score, cluster, decision, - note`. **Todas read-only salvo `decision` y `note`** (las editables por el humano). `venue` sale de - `source`; `keywords` se une con `" | "` (igual que `authors`); `openalex_url` es una **columna - derivada OpenAlex-específica**: se construye `https://openalex.org/` solo cuando el - `source_id` parece un ID de OpenAlex (`W…`), si no queda vacía. **`cited_by_count`/`references_count` hoy salen vacías**: - no existen como escalares en el schema canónico de 23 columnas, así que la columna queda como - placeholder para llenado manual (limitación conocida, no falla). `decision` refleja el - `curation_status` actual (`candidate`→`undecided`, `accepted`→`accepted`, `rejected`→`rejected`). - `data` = `{csv_path, papers_exported, columns}`. - - **`--from-csv `** aplica las decisiones en lote y persiste: `accepted`→`accept`, - `rejected`→`reject`, `undecided`→no-op (case-insensitive). **Idempotente** (reimportar el mismo CSV - = mismo `corpus_hash`; el reloj `decided_at` se inyecta en la **frontera CLI**, R2/ADR 0017, fuera - de la identidad). **Validación accionable** (exit 2): CSV sin `id`/`decision` → error que nombra las - columnas requeridas; `decision` con un valor fuera de `{accepted, rejected, undecided}` → error con - los valores válidos. **IDs huérfanos** (en el CSV pero no en el corpus) **NO se aplican** y se - reportan en `not_found_count` + aviso humano (cierra el no-op silencioso). `data` = - `{accepted_count, rejected_count, skipped_count, not_found_count, total_rows}` —los `*_count` de - accept/reject cuentan papers **efectivamente** encontrados y marcados, no filas del CSV. - - **`note` es advisory:** hace round-trip en el dump pero **se ignora al importar** (`ProvenanceEvent` + corpus. **`--all` ELIMINADO** (usar `--scope all`). Sin candidatos (scope `candidates`/`seeds` + vacío) → error accionable que sugiere `--scope all` o `b2g chain`. Columnas (16, orden estable): + `id, source_id, title, year, authors, venue, doi, keywords, cited_by_count, references_count, + is_seed, openalex_url, scent_score, cluster, decision, note`. **Todas read-only salvo `decision` y + `note`** (las editables por el humano). `venue` sale de `source`; `keywords` se une con `" | "` + (igual que `authors`); `openalex_url` es una **columna derivada OpenAlex-específica**: se construye + `https://openalex.org/` solo cuando el `source_id` parece un ID de OpenAlex (`W…`), si no + queda vacía. **`cited_by_count`/`references_count` hoy salen vacías**: no existen como escalares en + el schema canónico de 23 columnas, así que la columna queda como placeholder para llenado manual + (limitación conocida, no falla). `decision` refleja el `curation_status` actual + (`candidate`→`undecided`, `accepted`→`accepted`, `rejected`→`rejected`). `data` = + `{csv_path, papers_exported, columns}`. Transversal (NO transiciona). + - **`curate apply `** (= ex `--from-csv`) aplica las decisiones en lote y persiste: + `accepted`→`accept`, `rejected`→`reject`, `undecided`→no-op (case-insensitive). **Idempotente** + (reimportar el mismo CSV = mismo `corpus_hash`; el reloj `decided_at` se inyecta en la **frontera + CLI**, R2/ADR 0017, fuera de la identidad). **Validación accionable** (exit 2): CSV sin + `id`/`decision` → error que nombra las columnas requeridas; `decision` con un valor fuera de + `{accepted, rejected, undecided}` → error con los valores válidos. **IDs huérfanos** (en el CSV pero + no en el corpus) **NO se aplican** y se reportan en `not_found_count` + aviso humano (cierra el no-op + silencioso). `data` = `{accepted_count, rejected_count, skipped_count, not_found_count, total_rows}` + —los `*_count` de accept/reject cuentan papers **efectivamente** encontrados y marcados, no filas del + CSV. Transversal (NO transiciona). + - **`curate accept --ids ... [--by NOMBRE]`** / **`curate reject --ids ... [--by NOMBRE]`**: aceptan + o rechazan papers por ID (curación uno-a-uno o en lote por flags). Comparten la lógica de servicio + (`accept_papers`/`reject_papers`) con los verbos sueltos `accept`/`reject` (que quedan INTACTOS como + alias deprecados, retiro 0.11.0 — ver §verbos huérfanos y ADR 0038). Transversales (NO transicionan). + - **`curate filter`** (flags PRISMA `--year-gte`/`--year-lte`, `--language`, `--type`, + `--min-citations`): aplica criterios de inclusión/exclusión MARCANDO `rejected` (no borra; conserva + la trazabilidad PRISMA) con conteo por paso. **Transiciona el `CycleState` a `FILTERED`** (único + verbo del grupo que transiciona). Comparte `filter_corpus` con el verbo suelto `filter` (alias + deprecado, retiro 0.11.0). + - **`note` es advisory:** hace round-trip en `dump` pero **se ignora en `apply`** (`ProvenanceEvent` no tiene campo de anotación; persistirla → ADR futuro). **`scent_score` best-effort** (vacío hasta que el Forager guarde `scent` en provenance) y **`cluster` siempre vacío** (integración con redes - diferida). **Curación TRANSVERSAL: `curate` NO transiciona el `CycleState`** (disponible en cualquier - estado del lazo, igual que `accept`/`reject`; ADR 0016 enmendado R3). `--json` con `schema="1"`. + diferida). `--json` con `schema="1"` en todos los subcomandos. - **`networks`** (Hito 9, **EN DEPRECACIÓN — absorbido por `build --spec`**, ADR 0037 (a) / 0038, ventana cierra 0.11.0): **capa declarativa** — construye redes desde un YAML versionable. **`b2g networks --spec `** carga la lista de specs con `load_specs` (§10; @@ -580,11 +599,14 @@ cache **no existe** (nunca se corrió `build`), **no** es stale. `status` **avis invalidación por hash, **no** un build-system (ADR [0029](decisiones/0029-workspace-por-investigacion.md)). **Transiciones automáticas del ciclo** (ADR 0021 §F; AS-BUILT R3): `seed`→`SEEDED`, `chain`→`FORAGED`, -`filter`→`FILTERED`, `build`→`BUILT`, **`monitor`→`MONITORED`** (cleanup pre-v0.3), +`filter`→`FILTERED`, **`curate filter`→`FILTERED`** (#155: dentro del grupo `curate` la transición la +define el VERBO, no el grupo —precedente D1 de #159), `build`→`BUILT`, +**`monitor`→`MONITORED`** (cleanup pre-v0.3), **`restore`→`FILTERED`** (Ciclo 9a, ADR 0030: el corpus restaurado ya pasó curación; reusa la transición permisiva `filter`); -`accept`/`reject`/**`curate`**/**`read`**/`export`/`snapshot`/`status`/`inspect`/`validate`/**`enrich`**/**`networks`** -**no transicionan** (`curate` y **`read`** son transversales/lectura pura; `enrich` y `networks` son +`accept`/`reject`/**`curate {dump,apply,accept,reject}`**/**`read`**/`export`/`snapshot`/`status`/`inspect`/`validate`/**`enrich`**/**`networks`** +**no transicionan** (los verbos transversales de `curate` y **`read`** son transversales/lectura pura +—**salvo `curate filter`**, que sí transiciona; `enrich` y `networks` son ortogonales al lazo, ADR 0025 / Hito 9). El estado destino lo dicta `bib2graph.cycle.apply_transition` (fuente única de verdad; los comandos no hardcodean el destino). `seed` con **estado previo** se trata @@ -637,6 +659,22 @@ materializó en #157 (antes diferido). La lógica vive en `service/reads.py` (`l `inspect` (verbo plano) **sigue vivo pero en deprecación** (#165): `read show` lo absorbe para papers y `status` para manifest/FSM. **No** está removido en este hito. +**Grupo `curate {dump,apply,accept,reject,filter}` — SEGUNDO grupo noun-verb del CLI (#155, ADR +[0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) §b).** Mismo patrón que `read`: `curate` +**sin subcomando** imprime la ayuda y sale con **exit 0**; el `command` del envelope usa la **ruta +completa** (`"curate dump"`, `"curate apply"`, `"curate accept"`, `"curate reject"`, +`"curate filter"`). La semántica de cada verbo está arriba (§`curate`). **A diferencia de `read` +(transversal entero), la transición la define el VERBO** (precedente D1 de #159): solo +`curate filter` transiciona a `FILTERED` (vía `apply_transition`, fuente única); el resto es +transversal. La lógica vive en `service/curate.py` (fuente única CLI/FastAPI, §0): +**`run_curate_dump`**, **`run_curate_from_csv`** (el verbo `apply`), **`filter_corpus`** y +`accept_papers`/`reject_papers`. **`filter_corpus(store_path, *, year_gte, year_lte, language, +type_in, min_citations, decided_at)`** recibe el **reloj `decided_at` inyectado** por ambos callers +(el subcomando `curate filter` y el verbo suelto `filter`), preservando la neutralidad de servicio +(ADR [0017](decisiones/0017-reproducibilidad-historia-snapshot.md): el reloj entra por la frontera, +no por el servicio). **BREAKING:** la forma-flag `curate --dump`/`--from-csv` y `--all` fueron +eliminadas sin alias (autorizado por ADR 0037 §b). + **Envelope JSON común y versionado** (ADR 0021 §C): en modo `--json`, cada subcomando emite **un objeto JSON** con `schema="1"`: @@ -948,6 +986,15 @@ de un solo paper que valida `decision ∈ {accepted, rejected}`). Todas verifica e **inyectan `decided_at`** desde la frontera. **`run_accept`/`run_reject` (CLI) quedan como shims que delegan**, con su firma intacta (`by="cli"`, `decided_at` inyectado), así que `test_cli.py` no cambia. +**Extensión #155 (grupo `curate` noun-verb).** `service/curate.py` consolida la **fuente única** de +toda la curación (CLI y FastAPI): suma **`run_curate_dump`** (= `curate dump`), **`run_curate_from_csv`** +(= `curate apply`) y **`filter_corpus(store_path, *, year_gte, year_lte, language, type_in, +min_citations, decided_at)`** (= `curate filter` y el verbo suelto `filter`) a las ya existentes +`accept_papers`/`reject_papers`/`curate_paper`. `filter_corpus` recibe el **reloj `decided_at` +inyectado** por ambos callers (subcomando y verbo suelto) → neutralidad de servicio restaurada +(ADR [0017](decisiones/0017-reproducibilidad-historia-snapshot.md): el reloj entra por la frontera, +no por el servicio). Las funciones de comando del CLI quedan como **shims que delegan**. + **Subcomando `b2g gui`.** Ver [`ARCHITECTURE.md`](ARCHITECTURE.md) §6.3 y §convenciones CLI (19° subcomando): levanta `uvicorn.run` sobre `create_app`, sirve la SPA buildeada de `gui/static/` **si existe**, imprime URL + token, bind `127.0.0.1` (default puerto 8765). Falta del extra `[gui]` → @@ -1428,7 +1475,7 @@ epic GUI #34). Reglas: - **`equation.yaml`** — la ecuación de procedencia (cargable con `EquationSpec`, §2). Documenta "de qué búsqueda salió este corpus"; **no** es el comando del gate. - **`curacion.csv`** *(cuando el ejemplo pasa por curación)* — las decisiones de curación - congeladas que `b2g curate --from-csv` consume: **receta determinista** de curación (aplicarlo + congeladas que `b2g curate apply` consume: **receta determinista** de curación (aplicarlo al corpus sembrado produce el mismo estado, independiente de cuándo se corra). - **`README.md`** — qué demuestra y con qué comandos se arma/reproduce. **Es la procedencia:** la **receta CLI** documentada (armado con red + reproducción offline), no un script. @@ -1440,7 +1487,7 @@ epic GUI #34). Reglas: - **Ejemplos existentes:** - **`examples/valoraciones/`** (Ciclo B, AS-BUILT 2026-06-17): **~80 filas** (70 `candidate` + 10 `accepted` enriquecidos), armado **100% por CLI** (sin script): `seed --spec equation.yaml` - (`max_results: 80`) → `curate --from-csv curacion.csv` → `enrich --max-citing 25` → `snapshot`. + (`max_results: 80`) → `curate apply curacion.csv` → `enrich --max-citing 25` → `snapshot`. **Co-citación presente** (rala) + coupling/author/institution/keyword sustanciales. Verificado por el gate R2 `tests/unit/test_example_r2_gate.py` (`corpus_hash` estable + comunidades Louvain estables entre corridas; piso `n>=50`, las 5 redes con datos). Se rehidrata con diff --git a/docs/ARCHITECTURE.md b/docs/ARCHITECTURE.md index f666590..d838b60 100644 --- a/docs/ARCHITECTURE.md +++ b/docs/ARCHITECTURE.md @@ -607,6 +607,18 @@ corpus desde un parquet curado **sin red** (inverso de `snapshot`; preserva `dec una opción desconocida como `--store` —eliminada en #75—, o ningún workspace resoluble) sale **sin envelope** (Click aborta el parseo: stderr + exit 1). +> **AS-BUILT — superficie noun-verb (ADR [0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) +> /[0038](decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md)):** la superficie del 0021 (verbos planos, +> arriba) se reorganiza a **10 verbos que mapean el ciclo**, con **dos grupos noun-verb**: +> **`read {list,stats,show,top}`** (1°, #156/#157) y **`curate {dump,apply,accept,reject,filter}`** +> (2°, #155). En el grupo `curate` la transición la define el **VERBO** (precedente D1 de #159): +> **`curate filter`→`FILTERED`**, el resto transversal. La lógica es fuente única en `service/` +> (`service/reads.py`, `service/curate.py`). Los **verbos planos** `accept`/`reject`/`filter`/`inspect` +> /`networks`/`monitor`/`resolve` quedan como **alias deprecados** (retiro **0.11.0**, ADR 0038 P1 + +> enmienda #155 que sumó `filter` al gap), y `restore`→`snapshot restore`, `enrich`→`chain`/`build`, +> `thesaurus` retirado (ADR 0038). El **contrato vivo de la superficie** está en +> [`API.md`](API.md) §convenciones CLI (no se replica acá para evitar drift). + **AS-BUILT R5 — UTF-8 en la frontera (Nota 06 RAÍZ 3):** `main()` llama `_force_utf8()` (reconfigura `sys.stdout`/`stderr` a UTF-8, con guarda por si la stream no es reconfigurable) **antes de que Click lea nada**. Sin esto, el envelope `--json` (`ensure_ascii=False`) y `--help` corrompen acentos en la diff --git a/docs/decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md b/docs/decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md index c3aa782..93456f4 100644 --- a/docs/decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md +++ b/docs/decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md @@ -258,3 +258,29 @@ sella). Es decir: lo que define la transición es **el verbo `build`**, no el mo - **Invariante:** envelope `schema="1"`, exit codes y la forma del FSM **no cambian**; D1 solo fija *cuándo* se dispara la transición ya existente. Contrato AS-BUILT en [`../API.md`](../API.md) §`build`. + +## Enmienda 2026-06-27 (append-only) — D2: en el grupo `curate` la transición la define el VERBO (#155) + +> Anotación append-only (gemela de la D1 de arriba; no revierte nada). Decidida por el **PO** durante +> la implementación del grupo noun-verb `curate` (decisión (b)), sub-issue +> [#155](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/155). + +La decisión (b) agrupó `dump`/`apply`/`accept`/`reject`/`filter` bajo `curate`. El cuerpo de arriba +trata la curación como **transversal** (ver tabla de verbos: "`accept`/`reject`/`filter`→`curate …`"), +y eso era cierto **como bloque** cuando eran verbos planos. Pero al volverse grupo surgió el mismo +matiz que la D1 resolvió para `build`: **¿el grupo `curate` es transversal entero, o la transición la +define cada verbo?** El verbo suelto `filter` —histórico— transicionaba a `FILTERED`. + +**D2 (PO):** **dentro del grupo `curate`, la transición del FSM la define el VERBO, no el grupo** +—mismo principio que la D1 (el verbo `build`, no el modo, define la transición)—. Concretamente: + +- **`curate filter` transiciona a `FILTERED`** (idéntico al verbo suelto `filter`; reusa + `apply_transition`, fuente única). +- **`curate dump` / `curate apply` / `curate accept` / `curate reject` son transversales** (NO + transicionan, disponibles en cualquier estado del lazo). + +Esto **matiza** —no revierte— la regla "curate es transversal" del cuerpo: era verdadera como bloque +de verbos planos; ahora es por-verbo. **Invariante:** envelope `schema="1"`, exit codes y la forma del +FSM **no cambian**; D2 solo fija *qué verbo del grupo* dispara la transición ya existente. La lógica es +fuente única en `service/curate.py` (`filter_corpus` con `decided_at` inyectado, neutralidad de +servicio ADR 0017). Contrato AS-BUILT en [`../API.md`](../API.md) §`curate`. diff --git a/docs/decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md b/docs/decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md index 59f7e06..7c4039f 100644 --- a/docs/decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md +++ b/docs/decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md @@ -173,3 +173,22 @@ contra `--help`**. - **Cerrar la ventana de deprecación por fecha calendario en vez de por versión.** Rechazada (P1): el criterio por **versión (0.11.0)** es verificable, reproducible y no depende del calendario de release; es coherente con cómo el proyecto versiona (release-please). + +## Enmienda 2026-06-27 (append-only) — corrige el gap de P1: `filter` también entra a la ventana (#155) + +> Anotación append-only (no revierte nada de arriba). Surge de la implementación del grupo `curate` +> noun-verb (sub-issue [#155](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/155)): al absorber +> `filter` en `curate filter` se constató que **P1 omitió `filter`** de la lista de aliases en +> deprecación. + +El parámetro **(P1)** enumeró los aliases que cierran en `0.11.0` como *"`networks`, `accept`, +`reject`, `inspect`, `monitor` —más `resolve` y el entry-point `bib2graph`"*. Pero el ADR +[0037](0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) (decisión (b)) absorbió **`accept`/`reject`/`filter`** +en el grupo `curate`: los tres verbos planos quedan como alias deprecados. P1 listó `accept` y +`reject` pero **omitió `filter`** —un gap, no una decisión—. + +**Corrección:** el verbo suelto **`filter` se suma a la ventana de deprecación**, con el mismo +criterio que `accept`/`reject`: sigue funcionando **con aviso** durante 0.10.x y **se elimina en +0.11.0**, como alias deprecado del nuevo **`curate filter`**. (`filter` y `curate filter` comparten la +lógica de servicio `filter_corpus`, fuente única; el suelto es un shim que delega.) El resto de P1 no +cambia. AS-BUILT del grupo `curate` en [`../API.md`](../API.md) §`curate`. diff --git a/docs/features/C-curar.feature b/docs/features/C-curar.feature index 75ec024..5e0b67f 100644 --- a/docs/features/C-curar.feature +++ b/docs/features/C-curar.feature @@ -84,7 +84,7 @@ Característica: Curar el corpus con filtros PRISMA y biblioteca viva # --- C4 (escala) · Curación en lote vía CSV --- Escenario: C4 — Volcar candidatos a CSV para revisión offline - Cuando ejecuto "b2g curate --dump --json" + Cuando ejecuto "b2g curate dump --json" Entonces el exit code es 0 Y se escribe "exports/curacion.csv" con las 16 columnas estables Y "data.papers_exported" es un entero >= 0 @@ -92,13 +92,13 @@ Característica: Curar el corpus con filtros PRISMA y biblioteca viva # Solo "decision" y "note" son editables por el humano. Escenario: C4 — Volcar semillas o todo el corpus con --scope - Cuando ejecuto "b2g curate --dump --scope all --json" + Cuando ejecuto "b2g curate dump --scope all --json" Entonces el exit code es 0 Y "data.papers_exported" cubre todo el corpus (candidates + seeds + accepted + rejected) Escenario: C4 — Reimportar las decisiones del CSV en lote (idempotente) Dado un "exports/curacion.csv" con la columna "decision" editada - Cuando ejecuto "b2g curate --from-csv exports/curacion.csv --json" + Cuando ejecuto "b2g curate apply exports/curacion.csv --json" Entonces el exit code es 0 Y "data.accepted_count" cuenta papers efectivamente marcados como accepted Y "data.rejected_count" cuenta papers efectivamente marcados como rejected @@ -106,9 +106,9 @@ Característica: Curar el corpus con filtros PRISMA y biblioteca viva Y "data.not_found_count" cuenta IDs del CSV ausentes del corpus (huérfanos, sin abortar) # Idempotente: reimportar el mismo CSV deja el mismo corpus_hash (note se ignora al importar). - Escenario: C4 — from-csv con una decision inválida falla accionable + Escenario: C4 — apply con una decision inválida falla accionable Dado un CSV con un valor de "decision" fuera de {accepted, rejected, undecided} - Cuando ejecuto "b2g curate --from-csv exports/curacion.csv --json" + Cuando ejecuto "b2g curate apply exports/curacion.csv --json" Entonces el exit code es 2 Y "error.code" indica un error de datos (DataError) diff --git a/docs/features/README.md b/docs/features/README.md index 4787407..c713543 100644 --- a/docs/features/README.md +++ b/docs/features/README.md @@ -34,7 +34,7 @@ vuelven **ejecutables con `pytest-bdd`** apuntando a este mismo directorio, sin | C1 dedup/normalización autores+inst. | **`@pendiente`** | **No hay subcomando CLI**: `normalize`/`deduplicate_keywords` son API de librería (`preprocessors/`), no `b2g`. Instituciones diferidas (ROADMAP C1). El CLI no expone preprocesamiento | | C2 thesaurus multilingüe | **`@pendiente`** | **No hay subcomando CLI**: `apply_thesaurus` es API de librería (`preprocessors/thesaurus.py`), no `b2g`. Determinista, sin fallback LLM (ADR 0022/0011) | | C3 filtros incl/excl con conteo | verde | `filter` con `data.steps[].count_before/count_after/excluded` (flujo PRISMA) | -| C4 aceptar/rechazar + biblioteca viva | verde | `accept`/`reject --ids`, `curate --dump`/`--from-csv`; persiste y crece entre corridas | +| C4 aceptar/rechazar + biblioteca viva | verde | `curate {dump,apply,accept,reject,filter}` (grupo noun-verb #155); `accept`/`reject --ids` sueltos vivos (alias deprecados); persiste y crece entre corridas | | D1 cinco proyecciones | verde (parcial) | `build` da 4 redes; la 5ª (cocitación) requiere `enrich` previo (cited_by_id). Instituciones salen si hay `institutions_id` | | D2 métricas y comunidades | verde | `metrics.json` (density, etc.) + comunidades Louvain; `clusters.csv` en redes de paper | | D3 asortatividad + composición + proxy | **`@pendiente`** | **No hay camino CLI**: `assortativity()`/`community_composition()` existen como funciones puras en `networks/analyzer.py` y se re-exportan en `networks/__init__.py`, pero `facade._build_artifact` fija `assortativity=None` y **no consume** `NetworkSpec.assortativity_attribute`. Es API de librería, no de CLI | @@ -62,9 +62,9 @@ uv run b2g chain --direction both --depth 1 --max-citing 25 --json # C — curar uv run b2g filter --year-gte 2010 --language en --json -uv run b2g curate --dump --json # escribe exports/curacion.csv (solo candidatos) +uv run b2g curate dump --json # escribe exports/curacion.csv (solo candidatos) # (editar la columna decision en exports/curacion.csv) -uv run b2g curate --from-csv exports/curacion.csv --json +uv run b2g curate apply exports/curacion.csv --json uv run b2g accept --ids oa:abc123 --json # D — redes diff --git a/src/bib2graph/cli/__init__.py b/src/bib2graph/cli/__init__.py index 4ff8d5d..bdd71f5 100644 --- a/src/bib2graph/cli/__init__.py +++ b/src/bib2graph/cli/__init__.py @@ -1,18 +1,19 @@ -"""cli — CLI agente-native ``b2g`` (Hito 6 + ADR 0029 workspace). +"""cli — CLI agente-native ``b2g`` (Hito 6 + ADR 0029 workspace + #155 surface CLI 0.10.0). -Arma el grupo Click principal, registra los 21 subcomandos (20 planos + el -grupo noun-verb ``read``) y expone ``main()`` como entry point del paquete. +Arma el grupo Click principal, registra los subcomandos planos y los grupos +noun-verb, y expone ``main()`` como entry point del paquete. Entry point en ``pyproject.toml``: b2g = "bib2graph.cli:main" -Subcomandos planos (20): +Subcomandos planos (19): init, seed, chain, filter, build, enrich, monitor, export, snapshot, - status, inspect, validate, accept, reject, curate, networks, restore, + status, inspect, validate, accept, reject, networks, restore, thesaurus, gui, resolve. -Grupos noun-verb (1): - read [list|stats|show] — lecturas read-only del corpus (#156). +Grupos noun-verb (2): + read [list|stats|show|top] — lecturas read-only del corpus (#156/#157). + curate [dump|apply|accept|reject|filter] — curación en lote (#155). Cada subcomando lleva: - ``--json``: salida JSON estructurada (envelope versionado, §API.md). @@ -43,7 +44,7 @@ from bib2graph.cli.commands.accept import accept_cmd from bib2graph.cli.commands.build import build_cmd from bib2graph.cli.commands.chain import chain_cmd -from bib2graph.cli.commands.curate import curate_cmd +from bib2graph.cli.commands.curate import curate_grp from bib2graph.cli.commands.enrich import enrich_cmd from bib2graph.cli.commands.export import export_cmd from bib2graph.cli.commands.filter import filter_cmd @@ -105,8 +106,9 @@ def b2g(ctx: click.Context, workspace: str | None) -> None: error accionable (exit 1) que sugiere 'b2g init' o '--workspace'. Subcomandos: init, seed, chain, filter, build, enrich, monitor, export, - snapshot, status, inspect, validate, accept, reject, curate, networks, - restore, thesaurus, gui, resolve, read [list|stats|show]. + snapshot, status, inspect, validate, accept, reject, networks, + restore, thesaurus, gui, resolve, + read [list|stats|show|top], curate [dump|apply|accept|reject|filter]. Ejemplo: b2g init mi-investigacion @@ -118,7 +120,7 @@ def b2g(ctx: click.Context, workspace: str | None) -> None: ctx.obj["workspace"] = workspace -# Registrar los 20 subcomandos planos + el grupo noun-verb read (#156) +# Registrar subcomandos planos + grupos noun-verb read (#156) y curate (#155) b2g.add_command(init_cmd) b2g.add_command(seed_cmd) b2g.add_command(chain_cmd) @@ -133,7 +135,7 @@ def b2g(ctx: click.Context, workspace: str | None) -> None: b2g.add_command(validate_cmd) b2g.add_command(accept_cmd) b2g.add_command(reject_cmd) -b2g.add_command(curate_cmd) +b2g.add_command(curate_grp) b2g.add_command(networks_cmd) b2g.add_command(restore_cmd) b2g.add_command(thesaurus_cmd) diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/curate.py b/src/bib2graph/cli/commands/curate.py index d59ab92..566e9e6 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/curate.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/curate.py @@ -1,713 +1,417 @@ -"""cli.commands.curate — Subcomando ``b2g curate``. +"""cli.commands.curate — Grupo noun-verb ``b2g curate`` (#155, superficie CLI 0.10.0). -Curación en lote (#22 dump + #26 import + #72 fix scope + #58 columnas): -permite revisar y marcar papers en una tabla externa (Excel/Calc) y -reimportar las decisiones al corpus. +Convierte ``curate`` de comando plano con flags en un **grupo noun-verb** con +cinco subcomandos: + + ``curate dump`` — exporta papers a CSV para revisión offline. + ``curate apply`` — reimporta decisiones desde el CSV editado. + ``curate accept`` — acepta papers por id (transversal, sin FSM). + ``curate reject`` — rechaza papers por id (transversal, sin FSM). + ``curate filter`` — aplica filtros PRISMA y transiciona a FILTERED. + +Molde: ``read.py`` (#156/#157) — grupo noun-verb con ``invoke_without_command=True`` +y check manual para exit 0 sin subcomando (Click 8.4 usa exit 2 con +``no_args_is_help=True`` en grupos). + +BREAKING (#155): + - ``curate --dump`` y ``curate --from-csv`` eliminados (sin alias). + - ``curate --all`` eliminado; usar ``curate dump --scope all``. + +TRANSVERSAL (ADR 0016 enmendado, R3): + ``dump``, ``apply``, ``accept`` y ``reject`` son transversales: no transicionan + el CycleState. ``filter`` SÍ transiciona a FILTERED (el verbo define la + transición, precedente D1 de #159). + +Capa de servicios (#155): + Toda la lógica vive en ``service.curate``; este módulo son shims delgados + que inyectan el reloj (frontera CLI, R2/ADR 0017) y emiten el envelope. + +Backward compat con tests existentes: + ``CSV_COLUMNS``, ``CURATE_CSV_FILENAME``, ``CSV_REQUIRED_COLUMNS``, + ``VALID_DECISIONS``, ``VALID_SCOPES``, ``run_curate_dump``, + ``run_curate_from_csv`` se re-exportan desde ``service.curate`` para que los + tests que importan de ``bib2graph.cli.commands.curate`` sigan funcionando. Flujo canónico: - b2g curate --dump # exporta candidatos forrajeados - b2g curate --dump --scope seeds # exporta semillas - b2g curate --dump --scope all # exporta todo el corpus - b2g curate --dump --all # alias de --scope all (deprecado) - b2g curate --dump --out mi.csv # override de ruta de salida - b2g curate --from-csv mi.csv # reimporta las decisiones del CSV - -El CSV que ``--dump`` produce tiene exactamente las columnas que ``--from-csv`` -lee, lo que garantiza el round-trip sin fricción. - -Columnas (readonly salvo decision/note): - id — identificador canónico del paper (readonly) - source_id — identificador del motor de extracción (readonly) - title — título (readonly) - year — año de publicación (readonly) - authors — lista de autores separada por \" | \" (readonly) - venue — nombre de la revista/fuente (readonly) - doi — DOI del paper (readonly) - keywords — lista de keywords separada por \" | \" (readonly) - cited_by_count — conteo de citaciones; vacío si no está en el corpus (readonly) - references_count— conteo de referencias; vacío si no está en el corpus (readonly) - is_seed — True si es semilla original (readonly) - openalex_url — URL directa a OpenAlex (derivada de source_id si es W…) (readonly) - scent_score — best-effort desde provenance del candidato; vacío si no hay - cluster — reservado para futura integración de redes; siempre vacío hoy - decision — editable: accepted | rejected | undecided - note — editable: texto libre, advisory (round-trip solo) - -Semántica de scope (#72 / #58): - candidates (default) — papers forrajeados a revisar: - curation_status == 'candidate' AND is_seed == False. - Excluye semillas (que nacen con is_seed=True y status=candidate). - seeds — papers con is_seed == True. - all — todo el corpus (candidates + seeds + accepted + rejected). - -``note`` es advisory: - ``ProvenanceEvent`` no tiene un campo genérico de anotación. Registrar la - nota en ``decided_by`` (el único campo libre en provenance) contaminaría - semántica. Por lo tanto la nota se preserva en el CSV (round-trip) pero - NO se persiste en el corpus. El docstring lo declara explícitamente. - -``scent_score`` best-effort: - Si hay eventos de chaining en el provenance del paper, se lee el campo - ``scent`` que el Forager puede haber guardado. Si no existe, queda vacío. - No se falla por ausencia. - -``cluster`` best-effort: - Reservado para cuando los grafos de red estén disponibles. Siempre vacío - en esta versión. No se falla por ausencia. - -``cited_by_count`` / ``references_count`` best-effort: - No están en el schema canónico de 23 columnas (no los almacena OpenAlex - pipeline). Se dejan vacíos; la columna existe para que el humano la llene - manualmente si quiere. - -``openalex_url`` derivada: - Si hay ``source_id`` (ej. ``W2741809807`` de OpenAlex), la URL es - ``https://openalex.org/``. Si no hay source_id o no es un ID - de OpenAlex (W…), queda vacío. - -Idempotencia: - Reimportar el mismo CSV produce el mismo estado. ``accept``/``reject`` del - Corpus son idempotentes (``apply_curation`` en el backend verifica el id). - -R2 (ADR 0017 enmendado): - ``decided_at`` se inyecta en la frontera CLI (aquí), no en el núcleo. - El hash del Corpus excluye timestamps de provenance. - -CURACIÓN TRANSVERSAL (ADR 0016 enmendado, R3): - ``curate`` es curación transversal: no transiciona el CycleState. - Disponible en cualquier estado del lazo. + b2g curate dump # exporta candidatos a curacion.csv + b2g curate dump --scope all # exporta todo el corpus + b2g curate dump --out mi.csv # override de ruta + b2g curate apply curacion.csv # aplica decisiones + b2g curate apply curacion.csv --by maria # con identificador de curador + b2g curate accept --ids W1 --ids W2 # acepta por id + b2g curate reject --ids W3 # rechaza por id + b2g curate filter --year-gte 2018 # filtra y transiciona a FILTERED """ from __future__ import annotations -import csv from datetime import UTC, datetime -from pathlib import Path -from typing import Any import click from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human -from bib2graph.cli._errors import DataError, UsageError, handle_errors +from bib2graph.cli._errors import handle_errors from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option -from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_workspace -from bib2graph.constants import Col, CurationStatus - -# --------------------------------------------------------------------------- -# Constantes del CSV de curación -# --------------------------------------------------------------------------- +from bib2graph.cli._store import resolve_library_path, resolve_workspace +from bib2graph.service.curate import ( + CSV_COLUMNS, + CSV_REQUIRED_COLUMNS, + CURATE_CSV_FILENAME, + VALID_DECISIONS, + VALID_SCOPES, + run_curate_dump, + run_curate_from_csv, +) -CURATE_CSV_FILENAME = "curacion.csv" - -# Columnas del CSV: orden estable y conocido por el humano y la reimportación. -# Las columnas readonly van primero; decision y note son las editables. -CSV_COLUMNS = [ - "id", - "source_id", - "title", - "year", - "authors", - "venue", - "doi", - "keywords", - "cited_by_count", - "references_count", - "is_seed", - "openalex_url", - "scent_score", - "cluster", - "decision", - "note", +__all__ = [ + "CSV_COLUMNS", + "CSV_REQUIRED_COLUMNS", + "CURATE_CSV_FILENAME", + "VALID_DECISIONS", + "VALID_SCOPES", + "curate_grp", + "run_curate_dump", + "run_curate_from_csv", ] -# Columnas requeridas para que ``--from-csv`` acepte el archivo. -CSV_REQUIRED_COLUMNS = {"id", "decision"} - -# Valores válidos para la columna ``decision``. -VALID_DECISIONS = { - CurationStatus.ACCEPTED, - CurationStatus.REJECTED, - "undecided", -} - -# Mapa de curation_status → decision en el dump -_STATUS_TO_DECISION: dict[str, str] = { - CurationStatus.CANDIDATE: "undecided", - CurationStatus.ACCEPTED: "accepted", - CurationStatus.REJECTED: "rejected", -} - -# Scope válidos para --dump -VALID_SCOPES = {"candidates", "seeds", "all"} - # --------------------------------------------------------------------------- -# Helpers internos +# Grupo raíz # --------------------------------------------------------------------------- -def _authors_display(row: dict[str, Any]) -> str: - """Extrae los autores de una fila del corpus y los une con ' | '. - - Usa ``authors_raw`` si disponible, ``authors_id`` como fallback. - Devuelve cadena vacía si no hay datos. - - Args: - row: Fila de la tabla Arrow convertida a dict. - - Returns: - Cadena de autores separada por \" | \" o cadena vacía. +@click.group("curate", invoke_without_command=True) +@click.pass_context +def curate_grp(ctx: click.Context) -> None: + """Curación del corpus: dump, apply, accept, reject, filter. + + Subcomandos: dump, apply, accept, reject, filter. + + Ejemplos: + b2g curate dump + b2g curate dump --scope all + b2g curate apply curacion.csv + b2g curate accept --ids W1 --ids W2 + b2g curate reject --ids W3 + b2g curate filter --year-gte 2018 --year-lte 2024 """ - raw = row.get(Col.AUTHORS_RAW) - if raw and isinstance(raw, list): - return " | ".join(str(a) for a in raw if a) - ids = row.get(Col.AUTHORS_ID) - if ids and isinstance(ids, list): - return " | ".join(str(a) for a in ids if a) - return "" - - -def _keywords_display(row: dict[str, Any]) -> str: - """Extrae las keywords de una fila del corpus y las une con ' | '. - - Usa ``keywords_id`` si disponible (identificadores OpenAlex), con - ``keywords_raw`` como fallback. Mismo patrón que ``_authors_display``. - Devuelve cadena vacía si no hay datos. + ctx.ensure_object(dict) + # Click 8.4: no_args_is_help=True en grupos termina con exit 2. + # Usamos invoke_without_command=True + check manual para exit 0 correcto. + if ctx.invoked_subcommand is None: + click.echo(ctx.get_help()) - Args: - row: Fila de la tabla Arrow convertida a dict. - - Returns: - Cadena de keywords separada por \" | \" o cadena vacía. - """ - ids = row.get(Col.KEYWORDS_ID) - if ids and isinstance(ids, list): - return " | ".join(str(k) for k in ids if k) - raw = row.get(Col.KEYWORDS_RAW) - if raw and isinstance(raw, list): - return " | ".join(str(k) for k in raw if k) - return "" +# --------------------------------------------------------------------------- +# curate dump +# --------------------------------------------------------------------------- -def _openalex_url(row: dict[str, Any]) -> str: - """Deriva la URL de OpenAlex a partir del source_id de la fila. - Solo aplica cuando el source_id es un ID de OpenAlex (W…). - Formato: ``https://openalex.org/``. - Devuelve cadena vacía si no hay source_id o no parece un ID de OpenAlex. +@curate_grp.command("dump") +@click.option( + "--out", + "out_override", + default=None, + type=click.Path(), + help=( + "Ruta de salida del CSV. Override del default /exports/curacion.csv." + ), +) +@click.option( + "--scope", + default="candidates", + type=click.Choice(["candidates", "seeds", "all"]), + show_default=True, + help=( + "Qué papers exportar. " + "'candidates' (default) = forrajeados a revisar (is_seed=False, status=candidate). " + "'seeds' = semillas originales. " + "'all' = todo el corpus." + ), +) +@json_option +@click.pass_context +@handle_errors("curate dump") +def dump_cmd( + ctx: click.Context, + out_override: str | None, + scope: str, + json_output: bool, +) -> None: + """Exporta papers a CSV para revisión offline. - Args: - row: Fila de la tabla Arrow convertida a dict. + Por defecto exporta solo los candidatos forrajeados (is_seed=False, + status=candidate). Editá las columnas ``decision`` y ``note`` en + Excel/Calc y luego reimportá con ``b2g curate apply``. - Returns: - URL de OpenAlex o cadena vacía. + Curación TRANSVERSAL: no transiciona el CycleState. """ - src_id = row.get(Col.SOURCE_ID) - if src_id: - src_str = str(src_id) - # Solo construir URL para IDs de OpenAlex (W seguido de dígitos) - if src_str.startswith("W") and src_str[1:].isdigit(): - return f"https://openalex.org/{src_str}" - return "" + from pathlib import Path + ws = resolve_workspace(ctx.obj) + store_path = ws.library_path -def _scent_score_display(row: dict[str, Any]) -> str: - """Extrae el scent_score del provenance si está disponible. - - El Forager puede haber guardado un campo ``scent`` en provenance. - Esta función lo busca en el JSON de provenance. Si no existe, devuelve - cadena vacía (best-effort, no falla). + if out_override is not None: + out_path = Path(out_override) + else: + out_path = ws.exports_dir / CURATE_CSV_FILENAME - Args: - row: Fila de la tabla Arrow convertida a dict. + data = run_curate_dump(store_path, out_path=out_path, scope=scope) - Returns: - Valor de scent como string, o cadena vacía. - """ - import json - - provenance_raw = row.get(Col.PROVENANCE) - if not provenance_raw: - return "" - try: - events = json.loads(str(provenance_raw)) - if not isinstance(events, list): - return "" - # Buscar el campo 'scent' en cualquier evento - for event in events: - if isinstance(event, dict): - val = event.get("scent") - if val is not None: - return str(val) - except (json.JSONDecodeError, TypeError): - pass - return "" - - -def _row_to_csv_dict(row: dict[str, Any]) -> dict[str, str]: - """Convierte una fila del corpus al dict para el CSV de curación. - - Incluye las columnas readonly enriquecidas (venue, doi, keywords, - cited_by_count, references_count, is_seed, openalex_url) además de - las columnas base (id, source_id, title, year, authors, scent_score, - cluster) y las columnas editables (decision, note). - - ``cited_by_count`` y ``references_count`` no están en el schema canónico; - se dejan vacíos (best-effort). - - Args: - row: Fila de la tabla Arrow convertida a dict. - - Returns: - Dict con las columnas del CSV de curación, todas como strings. - """ - status = str(row.get(Col.CURATION_STATUS, CurationStatus.CANDIDATE)) - decision = _STATUS_TO_DECISION.get(status, "undecided") - is_seed_val = row.get(Col.IS_SEED) - is_seed_str = str(is_seed_val) if is_seed_val is not None else "" - - return { - "id": str(row.get(Col.ID) or ""), - "source_id": str(row.get(Col.SOURCE_ID) or ""), - "title": str(row.get(Col.TITLE) or ""), - "year": str(row.get(Col.YEAR) or ""), - "authors": _authors_display(row), - "venue": str(row.get(Col.SOURCE) or ""), - "doi": str(row.get(Col.DOI) or ""), - "keywords": _keywords_display(row), - "cited_by_count": "", # no está en el schema canónico; best-effort vacío - "references_count": "", # no está en el schema canónico; best-effort vacío - "is_seed": is_seed_str, - "openalex_url": _openalex_url(row), - "scent_score": _scent_score_display(row), - "cluster": "", # reservado para integración con redes - "decision": decision, - "note": "", - } + if json_mode(json_output): + envelope = build_envelope( + command="curate dump", + ok=True, + data=data, + exit_code=0, + ) + emit(envelope) + else: + emit_human(f"Exportados {data['papers_exported']} papers a: {data['csv_path']}") # --------------------------------------------------------------------------- -# Helpers de filtrado por scope +# curate apply # --------------------------------------------------------------------------- -def _filter_table_by_scope(table: Any, scope: str) -> Any: - """Filtra una tabla Arrow según el scope de dump. +@curate_grp.command("apply") +@click.argument("csv_file", type=click.Path()) +@click.option( + "--by", + default="cli", + show_default=True, + help="Identificador de quien decide (curador).", +) +@json_option +@click.pass_context +@handle_errors("curate apply") +def apply_cmd( + ctx: click.Context, + csv_file: str, + by: str, + json_output: bool, +) -> None: + """Reimporta decisiones de curación desde CSV al corpus. - Scope 'candidates': curation_status == 'candidate' AND is_seed == False. - Scope 'seeds': is_seed == True. - Scope 'all': sin filtro. + CSV_FILE es el archivo CSV editado producido por ``b2g curate dump``. + Solo las columnas ``id`` y ``decision`` son requeridas; el resto se ignora + (garantiza round-trip dump→apply aunque el CSV tenga columnas extra). - Se importa pyarrow.compute localmente para mantener el módulo libre de - efectos de import globales (AGENTS.md §Imports). + Decisiones aceptadas: accepted, rejected, undecided (no-op). - Args: - table: Tabla Arrow del corpus. - scope: Uno de 'candidates', 'seeds', 'all'. + Idempotente: reimportar el mismo CSV produce el mismo estado final. - Returns: - Tabla Arrow filtrada. + Curación TRANSVERSAL: no transiciona el CycleState. """ - import pyarrow.compute as pc + ws = resolve_workspace(ctx.obj) + store_path = ws.library_path + + # R2: el reloj se inyecta en la frontera CLI (ADR 0017 enmendado). + now = datetime.now(UTC) + data = run_curate_from_csv(store_path, csv_file, by=by, decided_at=now) - if scope == "all": - return table - elif scope == "seeds": - mask = table.column(Col.IS_SEED) - return table.filter(mask) + if json_mode(json_output): + envelope = build_envelope( + command="curate apply", + ok=True, + data=data, + exit_code=0, + ) + emit(envelope) else: - # candidates: status == candidate AND NOT is_seed - status_col = table.column(Col.CURATION_STATUS) - is_candidate = pc.equal(status_col, CurationStatus.CANDIDATE) # type: ignore[attr-defined] - is_seed_col = table.column(Col.IS_SEED) - not_seed = pc.invert(is_seed_col) # type: ignore[attr-defined] - mask = pc.and_(is_candidate, not_seed) # type: ignore[attr-defined] - return table.filter(mask) + emit_human( + f"Importados: {data['accepted_count']} aceptados, " + f"{data['rejected_count']} rechazados, " + f"{data['skipped_count']} sin cambio (undecided)." + ) + if data["not_found_count"] > 0: + emit_human( + f"Advertencia: {data['not_found_count']} IDs del CSV no se " + "encontraron en el corpus (posibles typos). " + "Verificá con ``b2g inspect``." + ) # --------------------------------------------------------------------------- -# Función núcleo: dump +# curate accept # --------------------------------------------------------------------------- -def run_curate_dump( - store_path: str | Path, - *, - out_path: Path, - scope: str = "candidates", - include_all: bool = False, -) -> dict[str, Any]: - """Exporta el corpus a un CSV para revisión offline. - - Por defecto exporta solo los candidatos forrajeados (``scope='candidates'``: - ``curation_status == 'candidate'`` AND ``is_seed == False``), que excluye - semillas. Con ``scope='seeds'`` exporta las semillas; con ``scope='all'`` - exporta todo el corpus. - - El parámetro ``include_all`` es un alias deprecado de ``scope='all'``: - si es ``True``, equivale a forzar ``scope='all'``. - - Columnas del CSV: id, source_id, title, year, authors, venue, doi, - keywords, cited_by_count, references_count, is_seed, openalex_url, - scent_score, cluster, decision, note. - Las columnas ``decision`` y ``note`` son las editables por el humano. - - Args: - store_path: Ruta al archivo ``.duckdb``. - out_path: Ruta completa del archivo CSV de salida. - scope: 'candidates' (default), 'seeds' o 'all'. - 'candidates' = curation_status=='candidate' AND is_seed==False. - 'seeds' = is_seed==True. - 'all' = todo el corpus. - include_all: Alias deprecado de scope='all'. Si True, fuerza scope='all'. - - Returns: - Dict con ``csv_path``, ``papers_exported``, ``columns``. - - Raises: - DataError: Si el corpus está vacío o no hay papers en el scope dado - cuando el scope no es 'all'. - StoreError: Si el store está bloqueado. - """ - # include_all es alias deprecado de scope='all' - effective_scope = "all" if include_all else scope - - store = open_store(store_path) - corpus = store.load() +@curate_grp.command("accept") +@click.option( + "--ids", + required=True, + multiple=True, + help="IDs de papers a aceptar (repetible: --ids ID1 --ids ID2).", +) +@click.option( + "--by", + default="cli", + show_default=True, + help="Identificador de quien decide.", +) +@json_option +@click.pass_context +@handle_errors("curate accept") +def curate_accept_cmd( + ctx: click.Context, + ids: tuple[str, ...], + by: str, + json_output: bool, +) -> None: + """Marca papers como accepted en el corpus. - all_table = corpus.to_arrow() - table = _filter_table_by_scope(all_table, effective_scope) + Curación TRANSVERSAL: no transiciona el CycleState. Disponible en + cualquier estado del lazo (Nota 05 §4, ADR 0016 enmendado R3). + """ + from bib2graph.service.curate import accept_papers - rows = table.to_pylist() + store_path = resolve_library_path(ctx.obj) + now = datetime.now(UTC) + data = accept_papers(store_path, list(ids), by=by, decided_at=now) - if not rows and effective_scope != "all": - scope_label = ( - "candidatos forrajeados" if effective_scope == "candidates" else "semillas" - ) - raise DataError( - f"No hay {scope_label} para exportar. " - "Usá --scope all para exportar todo el corpus, o ejecutá " - "``b2g chain`` para agregar candidatos." + if json_mode(json_output): + envelope = build_envelope( + command="curate accept", + ok=True, + data=data, + exit_code=0, ) - - out_path.parent.mkdir(parents=True, exist_ok=True) - - with open(out_path, "w", newline="", encoding="utf-8") as f: - writer = csv.DictWriter(f, fieldnames=CSV_COLUMNS) - writer.writeheader() - for row in rows: - writer.writerow(_row_to_csv_dict(row)) - - return { - "csv_path": str(out_path), - "papers_exported": len(rows), - "columns": CSV_COLUMNS, - } + emit(envelope) + else: + emit_human(f"Aceptados {data['accepted_count']} papers.") # --------------------------------------------------------------------------- -# Función núcleo: from-csv +# curate reject # --------------------------------------------------------------------------- -def run_curate_from_csv( - store_path: str | Path, - csv_path: str | Path, - *, - by: str = "cli", - decided_at: datetime | None = None, -) -> dict[str, Any]: - """Reimporta decisiones de curación desde un CSV al corpus. - - Lee el CSV producido por ``--dump`` (u otro CSV con columnas ``id`` y - ``decision``), aplica las decisiones en lote e persiste. - - Las columnas extra del CSV enriquecido (venue, doi, keywords, etc.) se - ignoran; solo se requieren ``id`` y ``decision``. Esto garantiza el - round-trip dump→from-csv aunque el CSV tenga más columnas que el mínimo. - - Mapeo de ``decision``: - - ``accepted`` → ``Corpus.accept`` - - ``rejected`` → ``Corpus.reject`` - - ``undecided`` → no-op (el paper conserva su estado actual) - - Idempotente: reimportar el mismo CSV produce el mismo estado final. +@curate_grp.command("reject") +@click.option( + "--ids", + required=True, + multiple=True, + help="IDs de papers a rechazar (repetible: --ids ID1 --ids ID2).", +) +@click.option( + "--by", + default="cli", + show_default=True, + help="Identificador de quien decide.", +) +@json_option +@click.pass_context +@handle_errors("curate reject") +def curate_reject_cmd( + ctx: click.Context, + ids: tuple[str, ...], + by: str, + json_output: bool, +) -> None: + """Marca papers como rejected en el corpus. - ``note``: advisory — no se persiste en el corpus (``ProvenanceEvent`` - no tiene campo de anotación genérico). La nota solo hace round-trip en - el CSV; se ignora silenciosamente al importar. - - R2 (ADR 0017 enmendado): ``decided_at`` se inyecta desde la frontera CLI - (la función que llama); el núcleo no llama al reloj. - - Args: - store_path: Ruta al archivo ``.duckdb``. - csv_path: Ruta al archivo CSV con las decisiones. - by: Identificador de quien decide (default: ``"cli"``). - decided_at: Timestamp de la decisión inyectado desde la frontera. - Si es ``None``, el backend usa ``datetime.now(UTC)`` como fallback. - - Returns: - Dict con ``accepted_count``, ``rejected_count``, ``skipped_count``, - ``not_found_count``, ``total_rows``. - - ``accepted_count`` y ``rejected_count`` reflejan papers **efectivamente - encontrados y marcados** en el corpus, no filas del CSV. - ``not_found_count`` cuenta IDs del CSV que no existían en el corpus - (huérfanos — se reportan sin abortar para preservar la idempotencia - del flujo batch). - - Raises: - DataError: Si el CSV no existe, le faltan columnas requeridas - (``id``, ``decision``), o contiene valores de ``decision`` inválidos. - StoreError: Si el store está bloqueado. + Curación TRANSVERSAL: no transiciona el CycleState. Disponible en + cualquier estado del lazo (Nota 05 §4, ADR 0016 enmendado R3). """ - csv_path = Path(csv_path) - if not csv_path.exists(): - raise DataError( - f"El archivo CSV '{csv_path}' no existe. " - "Generalo primero con ``b2g curate --dump``." - ) + from bib2graph.service.curate import reject_papers - # Leer y validar el CSV - rows: list[dict[str, str]] = [] - with open(csv_path, newline="", encoding="utf-8") as f: - reader = csv.DictReader(f) - fieldnames = set(reader.fieldnames or []) - - missing = CSV_REQUIRED_COLUMNS - fieldnames - if missing: - raise DataError( - f"El CSV '{csv_path}' no tiene las columnas requeridas: " - f"{sorted(missing)}. " - "Asegurate de exportar con ``b2g curate --dump`` y no borrar " - "las columnas obligatorias (id, decision)." - ) + store_path = resolve_library_path(ctx.obj) + now = datetime.now(UTC) + data = reject_papers(store_path, list(ids), by=by, decided_at=now) - for i, row in enumerate(reader, start=2): # línea 1 = header - decision = row.get("decision", "").strip().lower() - if decision not in VALID_DECISIONS: - raise DataError( - f"Línea {i}: valor de 'decision' inválido: '{row.get('decision')}'. " - f"Valores válidos: {sorted(VALID_DECISIONS)}." - ) - rows.append(row) - - if not rows: - return { - "accepted_count": 0, - "rejected_count": 0, - "skipped_count": 0, - "not_found_count": 0, - "total_rows": 0, - } - - # Agrupar por decisión - to_accept = [r["id"] for r in rows if r["decision"].strip().lower() == "accepted"] - to_reject = [r["id"] for r in rows if r["decision"].strip().lower() == "rejected"] - # undecided → no-op - skipped = len(rows) - len(to_accept) - len(to_reject) - - curated_backend_close = None - store = open_store(store_path) - try: - corpus = store.load() - - # Detectar IDs huérfanos (no existen en el corpus). - # No se aborta: el flujo batch debe ser idempotente aunque el corpus haya - # cambiado entre el dump y el from-csv. Se reporta ``not_found_count`` - # para que el humano/agente detecte typos en el CSV. - existing_ids: set[str] = { - str(r.get(Col.ID, "")) for r in corpus.to_arrow().to_pylist() - } - to_accept_found = [id_ for id_ in to_accept if id_ in existing_ids] - to_reject_found = [id_ for id_ in to_reject if id_ in existing_ids] - not_found = [id_ for id_ in (to_accept + to_reject) if id_ not in existing_ids] - - # R2: decided_at ya viene inyectado desde la frontera CLI - if to_accept_found: - corpus = corpus.accept(to_accept_found, by=by, decided_at=decided_at) - if to_reject_found: - corpus = corpus.reject(to_reject_found, by=by, decided_at=decided_at) - - curated_backend_close = getattr(corpus._backend, "close", None) - store.persist(corpus) - finally: - if curated_backend_close is not None: - curated_backend_close() - store.close() - - return { - "accepted_count": len(to_accept_found), - "rejected_count": len(to_reject_found), - "skipped_count": skipped, - "not_found_count": len(not_found), - "total_rows": len(rows), - } + if json_mode(json_output): + envelope = build_envelope( + command="curate reject", + ok=True, + data=data, + exit_code=0, + ) + emit(envelope) + else: + emit_human(f"Rechazados {data['rejected_count']} papers.") # --------------------------------------------------------------------------- -# Comando Click +# curate filter # --------------------------------------------------------------------------- -@click.command("curate") +@curate_grp.command("filter") +@click.option("--year-gte", type=int, default=None, help="Incluir años >= este valor.") +@click.option("--year-lte", type=int, default=None, help="Incluir años <= este valor.") @click.option( - "--dump", - "do_dump", - is_flag=True, - default=False, - help=( - "Exporta los candidatos a un CSV para revisión offline. " - "Salida default: /exports/curacion.csv." - ), + "--language", + multiple=True, + help="Códigos ISO 639-1 a incluir (repetible: --language en --language es).", ) @click.option( - "--from-csv", - "from_csv", - default=None, - type=click.Path(), - help="Reimporta decisiones de curación desde el CSV dado.", + "--type", + "type_in", + multiple=True, + help="Áreas de investigación a incluir (repetible).", ) @click.option( - "--out", - "out_override", + "--min-citations", + type=int, default=None, - type=click.Path(), - help=( - "Ruta de salida del CSV (solo con --dump). " - "Override del default /exports/curacion.csv." - ), -) -@click.option( - "--scope", - "scope", - default="candidates", - type=click.Choice(["candidates", "seeds", "all"]), - show_default=True, - help=( - "Con --dump: qué papers exportar. " - "'candidates' (default) = forrajeados a revisar (is_seed=False, status=candidate). " - "'seeds' = semillas originales. " - "'all' = todo el corpus." - ), -) -@click.option( - "--all", - "include_all", - is_flag=True, - default=False, - help=( - "Con --dump: incluye todos los papers del corpus. " - "Alias deprecado de --scope all; tiene precedencia sobre --scope si ambos se pasan." - ), -) -@click.option( - "--by", - default="cli", - show_default=True, - help="Identificador de quien decide (solo con --from-csv).", + help="Mínimo de citantes en cited_by_id.", ) @json_option @click.pass_context -@handle_errors("curate") -def curate_cmd( +@handle_errors("curate filter") +def curate_filter_cmd( ctx: click.Context, - do_dump: bool, - from_csv: str | None, - out_override: str | None, - scope: str, - include_all: bool, - by: str, + year_gte: int | None, + year_lte: int | None, + language: tuple[str, ...], + type_in: tuple[str, ...], + min_citations: int | None, json_output: bool, ) -> None: - """Curación en lote: exporta papers a CSV y reimporta decisiones. - - Dos modos mutuamente excluyentes (exactamente uno requerido): + """Aplica filtros PRISMA al corpus (marca rejected, no borra). - \b - --dump exporta papers a CSV para revisión offline. - --from-csv CSV reimporta decisiones desde el CSV dado. + Tras el filtro, el estado del lazo transiciona a FILTERED. - Flujo típico: - - \b - b2g curate --dump # genera curacion.csv (solo candidatos forrajeados) - b2g curate --dump --scope seeds # genera curacion.csv con semillas - b2g curate --dump --scope all # genera curacion.csv con todo el corpus - # (editar curacion.csv en Excel: columnas decision y note) - b2g curate --from-csv curacion.csv # aplica decisiones - - Curación TRANSVERSAL: no transiciona el CycleState. - Disponible en cualquier estado del lazo (ADR 0016 enmendado R3). + Este es el único subcomando de ``curate`` que transiciona el CycleState + (el verbo define la transición — precedente D1 de #159). """ - # --- Validar exclusividad de modos --- - if do_dump and from_csv: - raise UsageError( - "--dump y --from-csv son mutuamente excluyentes. " - "Usá uno u otro por invocación." - ) - if not do_dump and from_csv is None: - raise UsageError("Debés especificar un modo: --dump o --from-csv .") - - ws = resolve_workspace(ctx.obj) - store_path = ws.library_path + from bib2graph.service.curate import filter_corpus - # --- Modo dump --- - if do_dump: - if out_override is not None: - out_path = Path(out_override) - else: - out_path = ws.exports_dir / CURATE_CSV_FILENAME - - data = run_curate_dump( - store_path, - out_path=out_path, - scope=scope, - include_all=include_all, - ) - - if json_mode(json_output): - envelope = build_envelope( - command="curate", - ok=True, - data=data, - exit_code=0, - ) - emit(envelope) - else: - emit_human( - f"Exportados {data['papers_exported']} papers a: {data['csv_path']}" - ) - return - - # --- Modo from-csv --- - # R2: el reloj se inyecta en la frontera (ADR 0017 enmendado) + store_path = resolve_library_path(ctx.obj) + # R2: el reloj se inyecta en la frontera CLI (ADR 0017 enmendado). now = datetime.now(UTC) - data = run_curate_from_csv( + data = filter_corpus( store_path, - from_csv, # type: ignore[arg-type] - by=by, + year_gte=year_gte, + year_lte=year_lte, + language=list(language) if language else None, + type_in=list(type_in) if type_in else None, + min_citations=min_citations, decided_at=now, ) if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( - command="curate", + command="curate filter", ok=True, data=data, exit_code=0, ) emit(envelope) else: - emit_human( - f"Importados: {data['accepted_count']} aceptados, " - f"{data['rejected_count']} rechazados, " - f"{data['skipped_count']} sin cambio (undecided)." - ) - if data["not_found_count"] > 0: + emit_human(f"Filtros aplicados: {data['criteria_applied']}") + for step in data["steps"]: emit_human( - f"Advertencia: {data['not_found_count']} IDs del CSV no se " - "encontraron en el corpus (posibles typos). " - "Verificá con ``b2g inspect``." + f" {step['name']}: {step['count_before']} → {step['count_after']} " + f"(-{step['excluded']})" ) + emit_human(f"Total en corpus: {data['total_papers']}") + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Alias curate_cmd → curate_grp (compat con registros existentes) +# --------------------------------------------------------------------------- + +curate_cmd = curate_grp diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/filter.py b/src/bib2graph/cli/commands/filter.py index 8f73c33..fefe1cf 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/filter.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/filter.py @@ -2,6 +2,13 @@ Aplica filtros PRISMA deterministas al corpus: marca rejected (no borra). Transiciona el CycleState a FILTERED tras persistir con éxito. + +Shim delgado (#155): la orquestación vive en ``service.curate.filter_corpus``; +este módulo es un shim que delega. ``curate filter`` comparte la misma fuente +de lógica para garantizar comportamiento idéntico. + +``run_filter`` se mantiene aquí como función importable para tests existentes; +internamente llama a ``service.curate.filter_corpus``. """ from __future__ import annotations @@ -13,12 +20,12 @@ import click from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human -from bib2graph.cli._errors import DataError, handle_errors +from bib2graph.cli._errors import handle_errors from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option -from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_library_path +from bib2graph.cli._store import resolve_library_path # --------------------------------------------------------------------------- -# Función núcleo (testeable, sin Click) +# Función núcleo (testeable, sin Click) — shim que delega en service.curate # --------------------------------------------------------------------------- @@ -30,19 +37,25 @@ def run_filter( language: list[str] | None = None, type_in: list[str] | None = None, min_citations: int | None = None, + decided_at: datetime | None = None, ) -> dict[str, Any]: - """Aplica filtros PRISMA al corpus marcando rejected los excluidos. + """Shim CLI: delega en ``service.curate.filter_corpus``. + + Mantiene la firma original de ``run_filter`` para que los tests existentes + no cambien. Toda la lógica vive en ``service.curate.filter_corpus``. - Los filtros se aplican en orden; cada uno ve el resultado del anterior. - El CycleState transiciona a FILTERED tras persistir con éxito. + R2 (ADR 0017 enmendado): ``decided_at`` es inyectado por el llamador. + ``filter_cmd`` pasa ``datetime.now(UTC)``; los tests pueden pasar un + timestamp fijo para determinismo. Args: store_path: Ruta al archivo ``.duckdb``. year_gte: Filtrar años >= este valor. year_lte: Filtrar años <= este valor. - language: Lista de códigos ISO 639-1 a incluir (ej. ``["en", "es"]``). + language: Lista de códigos ISO 639-1 a incluir. type_in: Lista de áreas de investigación a incluir. - min_citations: Mínimo de citantes (``len(cited_by_id) >= min_citations``). + min_citations: Mínimo de citantes en cited_by_id. + decided_at: Timestamp inyectado por el llamador (R2/ADR 0017). Returns: Dict con ``steps`` (conteos PRISMA por paso) y ``total_papers``. @@ -51,74 +64,17 @@ def run_filter( DataError: Si ningún criterio es válido. StoreError: Si el store está bloqueado. """ - from bib2graph.cycle import apply_transition - from bib2graph.filters.prisma import FilterCriterion, apply_filters - - criteria: list[FilterCriterion] = [] - - if year_gte is not None: - criteria.append(FilterCriterion(field="year", op="gte", value=year_gte)) - if year_lte is not None: - criteria.append(FilterCriterion(field="year", op="lte", value=year_lte)) - if language: - criteria.append(FilterCriterion(field="language", op="in", value=language)) - if type_in: - criteria.append(FilterCriterion(field="type", op="in", value=type_in)) - if min_citations is not None: - criteria.append( - FilterCriterion(field="min_citations", op="gte", value=min_citations) - ) - - if not criteria: - raise DataError( - "Debés especificar al menos un criterio de filtro: " - "--year-gte, --year-lte, --language, --type, o --min-citations." - ) + from bib2graph.service.curate import filter_corpus - filtered_backend_close = None - store = open_store(store_path) - try: - corpus = store.load() - - # R3 — fuente única de verdad: el destino de la transición lo dicta cycle.py, - # no un literal en el comando (ADR 0016 enmendado §1). - current_state = store.backend.loop_state() - current_round = store.backend.loop_round() - new_state, new_round = apply_transition(current_state, "filter", current_round) - - # R2: el reloj se inyecta en la frontera (ADR 0017 enmendado); el núcleo - # no llama datetime.now(). Un único timestamp para todos los pasos de - # filtrado de esta invocación. - now = datetime.now(UTC) - filtered_corpus, steps = apply_filters(corpus, criteria, decided_at=now) - total_papers = len(filtered_corpus) - filtered_backend_close = getattr(filtered_corpus._backend, "close", None) - store.persist(filtered_corpus) - # #126 — trazabilidad PRISMA: persistir los pasos de filtro en filter_log - # para que manifest.filters sobreviva entre cargas del store. - store.backend.persist_filter_steps(steps) - store.backend.set_loop_state(new_state, cycle_round=new_round) - finally: - if filtered_backend_close is not None: - filtered_backend_close() - store.close() - - steps_data = [ - { - "name": s.name, - "criteria": s.criteria, - "count_before": s.count_before, - "count_after": s.count_after, - "excluded": s.count_before - s.count_after, - } - for s in steps - ] - - return { - "steps": steps_data, - "total_papers": total_papers, - "criteria_applied": len(criteria), - } + return filter_corpus( + store_path, + year_gte=year_gte, + year_lte=year_lte, + language=language, + type_in=type_in, + min_citations=min_citations, + decided_at=decided_at, + ) # --------------------------------------------------------------------------- @@ -163,6 +119,8 @@ def filter_cmd( Tras el filtro, el estado del lazo transiciona a FILTERED. """ store_path = resolve_library_path(ctx.obj) + # R2: el reloj se inyecta en la frontera CLI (ADR 0017 enmendado). + now = datetime.now(UTC) data = run_filter( store_path, year_gte=year_gte, @@ -170,6 +128,7 @@ def filter_cmd( language=list(language) if language else None, type_in=list(type_in) if type_in else None, min_citations=min_citations, + decided_at=now, ) if json_mode(json_output): diff --git a/src/bib2graph/service/curate.py b/src/bib2graph/service/curate.py index 878616a..40fd2bb 100644 --- a/src/bib2graph/service/curate.py +++ b/src/bib2graph/service/curate.py @@ -1,27 +1,76 @@ -"""service.curate — Orquestación de curación paper-a-paper (ADR 0028 Hito G3). +"""service.curate — Orquestación de curación (ADR 0028 Hito G3 + #155). Capa de servicios neutral: sin ``print``, ``sys.exit``, Click ni FastAPI. -Las operaciones de curación toman ``store_path`` (no el workspace completo) -porque mutar el corpus solo necesita la ruta al archivo ``.duckdb``. ``decided_at`` es **inyectado por el llamador** (R2/ADR 0017): el servicio nunca llama ``datetime.now()``. La frontera (CLI o API) inyecta el reloj. -Operaciones: +Operaciones de curación paper-a-paper (G3 original): - ``accept_papers`` — marca ids como ``accepted``. - ``reject_papers`` — marca ids como ``rejected``. - - ``curate_paper`` — wrapper de un solo paper (``decision`` = ``"accepted"`` - o ``"rejected"``; otra cosa → ``DataError``). + - ``curate_paper`` — wrapper de un solo paper. + +Operaciones en lote (subidas desde cli/ en #155): + - ``run_curate_dump`` — exporta corpus a CSV para revisión offline. + - ``run_curate_from_csv`` — reimporta decisiones desde CSV. + +Operación de filtrado PRISMA (subida desde cli/ en #155): + - ``filter_corpus`` — aplica filtros PRISMA y transiciona a FILTERED. + +El CLI (`cli/commands/curate.py` grupo noun-verb, `cli/commands/filter.py`) +son shims delgados que inyectan el reloj e invocan estas funciones. """ from __future__ import annotations +import csv from datetime import datetime from pathlib import Path from typing import Any +from bib2graph.constants import Col, CurationStatus from bib2graph.service.errors import DataError, StoreError +# --------------------------------------------------------------------------- +# Constantes CSV — fuente canónica (exportadas desde cli/ para compat) +# --------------------------------------------------------------------------- + +CURATE_CSV_FILENAME = "curacion.csv" + +CSV_COLUMNS = [ + "id", + "source_id", + "title", + "year", + "authors", + "venue", + "doi", + "keywords", + "cited_by_count", + "references_count", + "is_seed", + "openalex_url", + "scent_score", + "cluster", + "decision", + "note", +] + +CSV_REQUIRED_COLUMNS: frozenset[str] = frozenset({"id", "decision"}) + +VALID_DECISIONS: frozenset[str] = frozenset( + {CurationStatus.ACCEPTED, CurationStatus.REJECTED, "undecided"} +) + +_STATUS_TO_DECISION: dict[str, str] = { + CurationStatus.CANDIDATE: "undecided", + CurationStatus.ACCEPTED: "accepted", + CurationStatus.REJECTED: "rejected", +} + +VALID_SCOPES: frozenset[str] = frozenset({"candidates", "seeds", "all"}) + + # --------------------------------------------------------------------------- # Helper interno — abrir store para escritura # --------------------------------------------------------------------------- @@ -30,10 +79,6 @@ def _open_writable(path: Path) -> Any: """Abre el store para escritura; falla accionable si está bloqueado. - Gemelo de ``_open_readonly`` de ``service/reads.py``, pero sin la - verificación de existencia (los comandos de escritura crean el archivo - si no existe). - Args: path: Ruta al archivo ``.duckdb``. @@ -57,6 +102,419 @@ def _open_writable(path: Path) -> Any: ) from exc +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helpers internos — transformación de filas para el CSV +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _authors_display(row: dict[str, Any]) -> str: + """Extrae los autores de una fila del corpus y los une con ' | '.""" + raw = row.get(Col.AUTHORS_RAW) + if raw and isinstance(raw, list): + return " | ".join(str(a) for a in raw if a) + ids = row.get(Col.AUTHORS_ID) + if ids and isinstance(ids, list): + return " | ".join(str(a) for a in ids if a) + return "" + + +def _keywords_display(row: dict[str, Any]) -> str: + """Extrae las keywords de una fila del corpus y las une con ' | '.""" + ids = row.get(Col.KEYWORDS_ID) + if ids and isinstance(ids, list): + return " | ".join(str(k) for k in ids if k) + raw = row.get(Col.KEYWORDS_RAW) + if raw and isinstance(raw, list): + return " | ".join(str(k) for k in raw if k) + return "" + + +def _openalex_url(row: dict[str, Any]) -> str: + """Deriva la URL de OpenAlex a partir del source_id (solo IDs W…).""" + src_id = row.get(Col.SOURCE_ID) + if src_id: + src_str = str(src_id) + if src_str.startswith("W") and src_str[1:].isdigit(): + return f"https://openalex.org/{src_str}" + return "" + + +def _scent_score_display(row: dict[str, Any]) -> str: + """Extrae el scent_score del provenance si está disponible (best-effort).""" + import json as _json + + provenance_raw = row.get(Col.PROVENANCE) + if not provenance_raw: + return "" + try: + events = _json.loads(str(provenance_raw)) + if not isinstance(events, list): + return "" + for event in events: + if isinstance(event, dict): + val = event.get("scent") + if val is not None: + return str(val) + except (_json.JSONDecodeError, TypeError): + pass + return "" + + +def _row_to_csv_dict(row: dict[str, Any]) -> dict[str, str]: + """Convierte una fila del corpus al dict para el CSV de curación.""" + status = str(row.get(Col.CURATION_STATUS, CurationStatus.CANDIDATE)) + decision = _STATUS_TO_DECISION.get(status, "undecided") + is_seed_val = row.get(Col.IS_SEED) + is_seed_str = str(is_seed_val) if is_seed_val is not None else "" + + return { + "id": str(row.get(Col.ID) or ""), + "source_id": str(row.get(Col.SOURCE_ID) or ""), + "title": str(row.get(Col.TITLE) or ""), + "year": str(row.get(Col.YEAR) or ""), + "authors": _authors_display(row), + "venue": str(row.get(Col.SOURCE) or ""), + "doi": str(row.get(Col.DOI) or ""), + "keywords": _keywords_display(row), + "cited_by_count": "", # no en el schema canónico + "references_count": "", # no en el schema canónico + "is_seed": is_seed_str, + "openalex_url": _openalex_url(row), + "scent_score": _scent_score_display(row), + "cluster": "", # reservado para integración con redes + "decision": decision, + "note": "", + } + + +def _filter_table_by_scope(table: Any, scope: str) -> Any: + """Filtra una tabla Arrow según el scope de dump. + + Scope 'candidates': curation_status == 'candidate' AND is_seed == False. + Scope 'seeds': is_seed == True. + Scope 'all': sin filtro. + + Args: + table: Tabla Arrow del corpus. + scope: Uno de 'candidates', 'seeds', 'all'. + + Returns: + Tabla Arrow filtrada. + """ + import pyarrow.compute as pc + + if scope == "all": + return table + elif scope == "seeds": + mask = table.column(Col.IS_SEED) + return table.filter(mask) + else: + # candidates: status == candidate AND NOT is_seed + status_col = table.column(Col.CURATION_STATUS) + is_candidate = pc.equal(status_col, CurationStatus.CANDIDATE) # type: ignore[attr-defined] + is_seed_col = table.column(Col.IS_SEED) + not_seed = pc.invert(is_seed_col) # type: ignore[attr-defined] + mask = pc.and_(is_candidate, not_seed) # type: ignore[attr-defined] + return table.filter(mask) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# run_curate_dump +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def run_curate_dump( + store_path: str | Path, + *, + out_path: Path, + scope: str = "candidates", + include_all: bool = False, +) -> dict[str, Any]: + """Exporta el corpus a un CSV para revisión offline. + + Por defecto exporta solo los candidatos forrajeados (``scope='candidates'``). + Con ``scope='seeds'`` exporta las semillas; con ``scope='all'`` exporta todo. + + ``include_all`` es un alias de ``scope='all'`` mantenido por compatibilidad + con tests existentes. Si ``True``, fuerza ``scope='all'``. + + Args: + store_path: Ruta al archivo ``.duckdb``. + out_path: Ruta completa del archivo CSV de salida. + scope: 'candidates' (default), 'seeds' o 'all'. + include_all: Alias de scope='all'. Si True, fuerza scope='all'. + + Returns: + Dict con ``csv_path``, ``papers_exported``, ``columns``. + + Raises: + DataError: Si el corpus está vacío o no hay papers en el scope dado. + StoreError: Si el store está bloqueado. + """ + effective_scope = "all" if include_all else scope + + path = Path(store_path) + store = _open_writable(path) + try: + corpus = store.load() + all_table = corpus.to_arrow() + table = _filter_table_by_scope(all_table, effective_scope) + rows = table.to_pylist() + finally: + store.close() + + if not rows and effective_scope != "all": + scope_label = ( + "candidatos forrajeados" if effective_scope == "candidates" else "semillas" + ) + raise DataError( + f"No hay {scope_label} para exportar. " + "Usá --scope all para exportar todo el corpus, o ejecutá " + "``b2g chain`` para agregar candidatos." + ) + + out_path = Path(out_path) + out_path.parent.mkdir(parents=True, exist_ok=True) + + with open(out_path, "w", newline="", encoding="utf-8") as f: + writer = csv.DictWriter(f, fieldnames=CSV_COLUMNS) + writer.writeheader() + for row in rows: + writer.writerow(_row_to_csv_dict(row)) + + return { + "csv_path": str(out_path), + "papers_exported": len(rows), + "columns": CSV_COLUMNS, + } + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# run_curate_from_csv +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def run_curate_from_csv( + store_path: str | Path, + csv_path: str | Path, + *, + by: str = "cli", + decided_at: datetime | None = None, +) -> dict[str, Any]: + """Reimporta decisiones de curación desde un CSV al corpus. + + Lee el CSV producido por ``run_curate_dump`` y aplica las decisiones en + lote. Solo requiere columnas ``id`` y ``decision``; columnas extra se + ignoran (garantiza round-trip). + + Mapeo: + - ``accepted`` → ``Corpus.accept`` + - ``rejected`` → ``Corpus.reject`` + - ``undecided`` → no-op + + Idempotente: reimportar el mismo CSV produce el mismo estado final. + + R2: ``decided_at`` se inyecta desde la frontera; el servicio no llama + ``datetime.now()``. + + Args: + store_path: Ruta al archivo ``.duckdb``. + csv_path: Ruta al archivo CSV con las decisiones. + by: Identificador de quien decide (default: ``"cli"``). + decided_at: Timestamp inyectado por el llamador (R2/ADR 0017). + + Returns: + Dict con ``accepted_count``, ``rejected_count``, ``skipped_count``, + ``not_found_count``, ``total_rows``. + + Raises: + DataError: Si el CSV no existe, faltan columnas o hay decisiones inválidas. + StoreError: Si el store está bloqueado. + """ + csv_path = Path(csv_path) + if not csv_path.exists(): + raise DataError( + f"El archivo CSV '{csv_path}' no existe. " + "Generalo primero con ``b2g curate dump``." + ) + + rows: list[dict[str, str]] = [] + with open(csv_path, newline="", encoding="utf-8") as f: + reader = csv.DictReader(f) + fieldnames = set(reader.fieldnames or []) + + missing = CSV_REQUIRED_COLUMNS - fieldnames + if missing: + raise DataError( + f"El CSV '{csv_path}' no tiene las columnas requeridas: " + f"{sorted(missing)}. " + "Asegurate de exportar con ``b2g curate dump`` y no borrar " + "las columnas obligatorias (id, decision)." + ) + + for i, row in enumerate(reader, start=2): # línea 1 = header + decision = row.get("decision", "").strip().lower() + if decision not in VALID_DECISIONS: + raise DataError( + f"Línea {i}: valor de 'decision' inválido: '{row.get('decision')}'. " + f"Valores válidos: {sorted(VALID_DECISIONS)}." + ) + rows.append(row) + + if not rows: + return { + "accepted_count": 0, + "rejected_count": 0, + "skipped_count": 0, + "not_found_count": 0, + "total_rows": 0, + } + + to_accept = [r["id"] for r in rows if r["decision"].strip().lower() == "accepted"] + to_reject = [r["id"] for r in rows if r["decision"].strip().lower() == "rejected"] + skipped = len(rows) - len(to_accept) - len(to_reject) + + curated_backend_close = None + path = Path(store_path) + store = _open_writable(path) + try: + corpus = store.load() + + existing_ids: set[str] = { + str(r.get(Col.ID, "")) for r in corpus.to_arrow().to_pylist() + } + to_accept_found = [id_ for id_ in to_accept if id_ in existing_ids] + to_reject_found = [id_ for id_ in to_reject if id_ in existing_ids] + not_found = [id_ for id_ in (to_accept + to_reject) if id_ not in existing_ids] + + if to_accept_found: + corpus = corpus.accept(to_accept_found, by=by, decided_at=decided_at) + if to_reject_found: + corpus = corpus.reject(to_reject_found, by=by, decided_at=decided_at) + + curated_backend_close = getattr(corpus._backend, "close", None) + store.persist(corpus) + finally: + if curated_backend_close is not None: + curated_backend_close() + store.close() + + return { + "accepted_count": len(to_accept_found), + "rejected_count": len(to_reject_found), + "skipped_count": skipped, + "not_found_count": len(not_found), + "total_rows": len(rows), + } + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# filter_corpus +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def filter_corpus( + store_path: str | Path, + *, + year_gte: int | None = None, + year_lte: int | None = None, + language: list[str] | None = None, + type_in: list[str] | None = None, + min_citations: int | None = None, + decided_at: datetime | None = None, +) -> dict[str, Any]: + """Aplica filtros PRISMA al corpus marcando rejected los excluidos. + + Los filtros se aplican en orden; cada uno ve el resultado del anterior. + El CycleState transiciona a FILTERED tras persistir con éxito. + + R3 — fuente única de verdad: el destino de la transición lo dicta + ``cycle.py``, no un literal en este módulo (ADR 0016 enmendado §1). + R2 (ADR 0017 enmendado): ``decided_at`` es **inyectado por el llamador**; + este servicio nunca llama ``datetime.now()``. El CLI inyecta el reloj + en la frontera CLI→servicio (``curate filter`` y ``run_filter`` suelto). + + Args: + store_path: Ruta al archivo ``.duckdb``. + year_gte: Filtrar años >= este valor. + year_lte: Filtrar años <= este valor. + language: Lista de códigos ISO 639-1 a incluir. + type_in: Lista de áreas de investigación a incluir. + min_citations: Mínimo de citantes (``len(cited_by_id) >= min_citations``). + decided_at: Timestamp inyectado por el llamador (R2/ADR 0017). + ``None`` → el núcleo (``apply_filters``) usará su propio timestamp, + pero el llamador DEBE inyectarlo en la frontera para determinismo. + + Returns: + Dict con ``steps`` (conteos PRISMA por paso) y ``total_papers``. + + Raises: + DataError: Si ningún criterio es válido. + StoreError: Si el store está bloqueado. + """ + from bib2graph.cycle import apply_transition + from bib2graph.filters.prisma import FilterCriterion, apply_filters + + criteria: list[FilterCriterion] = [] + + if year_gte is not None: + criteria.append(FilterCriterion(field="year", op="gte", value=year_gte)) + if year_lte is not None: + criteria.append(FilterCriterion(field="year", op="lte", value=year_lte)) + if language: + criteria.append(FilterCriterion(field="language", op="in", value=language)) + if type_in: + criteria.append(FilterCriterion(field="type", op="in", value=type_in)) + if min_citations is not None: + criteria.append( + FilterCriterion(field="min_citations", op="gte", value=min_citations) + ) + + if not criteria: + raise DataError( + "Debés especificar al menos un criterio de filtro: " + "--year-gte, --year-lte, --language, --type, o --min-citations." + ) + + path = Path(store_path) + filtered_backend_close = None + store = _open_writable(path) + try: + corpus = store.load() + + current_state = store.backend.loop_state() + current_round = store.backend.loop_round() + new_state, new_round = apply_transition(current_state, "filter", current_round) + + filtered_corpus, steps = apply_filters(corpus, criteria, decided_at=decided_at) + total_papers = len(filtered_corpus) + filtered_backend_close = getattr(filtered_corpus._backend, "close", None) + store.persist(filtered_corpus) + store.backend.persist_filter_steps(steps) + store.backend.set_loop_state(new_state, cycle_round=new_round) + finally: + if filtered_backend_close is not None: + filtered_backend_close() + store.close() + + steps_data = [ + { + "name": s.name, + "criteria": s.criteria, + "count_before": s.count_before, + "count_after": s.count_after, + "excluded": s.count_before - s.count_after, + } + for s in steps + ] + + return { + "steps": steps_data, + "total_papers": total_papers, + "criteria_applied": len(criteria), + } + + # --------------------------------------------------------------------------- # accept_papers # --------------------------------------------------------------------------- @@ -78,8 +536,6 @@ def accept_papers( ids: Lista de ids a aceptar. by: Identificador de quien decide (default: ``"api"``). decided_at: Timestamp inyectado por el llamador (R2/ADR 0017). - ``None`` → el núcleo usará el timestamp que ya tiene (pero el - llamador DEBE inyectarlo en la frontera para determinismo). Returns: Dict con ``accepted_count``, ``ids``. @@ -133,8 +589,6 @@ def reject_papers( ) -> dict[str, Any]: """Marca los papers dados como ``rejected`` y persiste. - Verifica que todos los ids existan en el corpus antes de operar. - Args: store_path: Ruta al archivo ``.duckdb``. ids: Lista de ids a rechazar. @@ -183,7 +637,7 @@ def reject_papers( # curate_paper — wrapper de un solo paper # --------------------------------------------------------------------------- -_VALID_DECISIONS = frozenset({"accepted", "rejected"}) +_VALID_DECISIONS_STRICT = frozenset({"accepted", "rejected"}) def curate_paper( @@ -207,15 +661,14 @@ def curate_paper( decided_at: Timestamp inyectado por el llamador (R2/ADR 0017). Returns: - Dict con los campos del resultado de la operación correspondiente - (``accepted_count``/``rejected_count`` + ``ids``). + Dict con los campos del resultado (``accepted_count``/``rejected_count`` + ``ids``). Raises: DataError: Si ``decision`` es inválida o el id no existe. StoreError: Si el store está bloqueado. """ - if decision not in _VALID_DECISIONS: - valid = ", ".join(sorted(_VALID_DECISIONS)) + if decision not in _VALID_DECISIONS_STRICT: + valid = ", ".join(sorted(_VALID_DECISIONS_STRICT)) raise DataError(f"Decisión '{decision}' inválida. Valores válidos: {valid}.") if decision == "accepted": diff --git a/tests/unit/test_cli_json_option.py b/tests/unit/test_cli_json_option.py index 9087687..f544066 100644 --- a/tests/unit/test_cli_json_option.py +++ b/tests/unit/test_cli_json_option.py @@ -156,7 +156,7 @@ def _assert_one_json_line(stdout: str, *, schema: str = "1") -> dict: ["resolve", "--json"], ["accept", "--ids", "DUMMY_ID", "--json"], ["reject", "--ids", "DUMMY_ID", "--json"], - ["curate", "--dump", "--json"], + ["curate", "dump", "--json"], ["restore", "--from-corpus", "nonexistent.parquet", "--json"], ["seed", "--equation", "test query", "--json"], ["thesaurus", "--from", "nonexistent.json", "--json"], diff --git a/tests/unit/test_curate.py b/tests/unit/test_curate.py index 3c49cef..ca89bac 100644 --- a/tests/unit/test_curate.py +++ b/tests/unit/test_curate.py @@ -590,45 +590,6 @@ def test_run_curate_from_csv_devuelve_claves_esperadas(tmp_path: Path) -> None: assert "total_rows" in data -# --------------------------------------------------------------------------- -# 12. Exclusividad de modos: --dump y --from-csv juntos → UsageError -# --------------------------------------------------------------------------- - - -@pytest.mark.unit -def test_dump_y_from_csv_simultaneos_lanzan_usage_error(tmp_path: Path) -> None: - """--dump y --from-csv juntos son mutuamente excluyentes → UsageError.""" - from bib2graph.cli._errors import UsageError - - # No hay una función combinada; el enforcement es en el Click command. - # Lo verificamos directamente a través de la lógica del command. - # Para testear sin Click, reproducimos la lógica de exclusividad. - do_dump = True - from_csv = "algo.csv" - - if do_dump and from_csv: - with pytest.raises(UsageError): - raise UsageError("--dump y --from-csv son mutuamente excluyentes.") - - -# --------------------------------------------------------------------------- -# 13. Ningún modo → UsageError -# --------------------------------------------------------------------------- - - -@pytest.mark.unit -def test_ningún_modo_lanza_usage_error() -> None: - """Sin --dump ni --from-csv, la lógica del comando lanza UsageError.""" - from bib2graph.cli._errors import UsageError - - do_dump = False - from_csv = None - - if not do_dump and from_csv is None: - with pytest.raises(UsageError): - raise UsageError("Debés especificar un modo: --dump o --from-csv.") - - # --------------------------------------------------------------------------- # 14. dump --all incluye accepted y rejected además de candidate # --------------------------------------------------------------------------- diff --git a/tests/unit/test_curate_grp.py b/tests/unit/test_curate_grp.py new file mode 100644 index 0000000..48360db --- /dev/null +++ b/tests/unit/test_curate_grp.py @@ -0,0 +1,881 @@ +"""Tests del grupo noun-verb ``b2g curate`` (sub-issue #155, superficie CLI 0.10.0). + +Cubre: + +Forma del envelope (todos los subcomandos): + 1. curate dump → exit 0, schema="1", command="curate dump", ok=True, stdout puro. + 2. curate apply → exit 0, schema="1", command="curate apply", ok=True, stdout puro. + 3. curate accept → exit 0, schema="1", command="curate accept", ok=True, stdout puro. + 4. curate reject → exit 0, schema="1", command="curate reject", ok=True, stdout puro. + 5. curate filter → exit 0, schema="1", command="curate filter", ok=True, stdout puro. + +Sin subcomando: + 6. b2g curate → help + exit 0. + +Breaking changes: + 7. curate dump --all → "No such option" (opción eliminada). + +FSM (#155, precedente D1 de #159): + 8. curate filter → transiciona a FILTERED. + 9. curate accept, reject, dump, apply → NO transicionan el FSM. + +Round-trip: + 10. curate dump → editar CSV → curate apply → corpus refleja decisiones. + 11. curate apply con IDs huérfanos → not_found_count reportado. + +Regresión #165 (verbos sueltos intactos): + 12. b2g accept --ids … → envelope command="accept", misma transición (ninguna). + 13. b2g reject --ids … → envelope command="reject", misma transición (ninguna). + 14. b2g filter --year-gte … → envelope command="filter", misma transición FILTERED. + +Marcador: ``unit`` (DuckDB en tmp_path, sin red real). +""" + +from __future__ import annotations + +import csv +import json +from pathlib import Path +from typing import Any + +import pyarrow as pa +import pytest +from click.testing import CliRunner + +from bib2graph.cli import b2g +from bib2graph.schemas import CORPUS_SCHEMA + +pytestmark = pytest.mark.unit + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helpers compartidos +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _row( + *, + id: str, + title: str = "Título de prueba", + year: int = 2020, + is_seed: bool = False, + curation_status: str = "candidate", + language: str = "en", +) -> dict[str, Any]: + """Fila mínima con schema completo para tests.""" + return { + "id": id, + "source_id": None, + "doi": None, + "title": title, + "year": year, + "abstract": None, + "source": None, + "language": language, + "publisher": None, + "research_areas": None, + "is_seed": is_seed, + "curation_status": curation_status, + "provenance": None, + "authors_raw": None, + "authors_id": None, + "authors_affiliations": None, + "keywords_raw": None, + "keywords_id": None, + "institutions_raw": None, + "institutions_id": None, + "references_id": None, + "references_doi": None, + "cited_by_id": None, + } + + +def _init_workspace(tmp_path: Path, name: str = "test-ws") -> Any: + """Crea y devuelve un Workspace inicializado en tmp_path.""" + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / name + return Workspace.init(ws_dir, name) + + +def _seed_store(ws: Any, rows: list[dict[str, Any]]) -> None: + """Persiste filas en el store del workspace.""" + from bib2graph.corpus import Corpus + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) + corpus = Corpus.from_arrow(table) + store = DuckDBStore(ws.library_path) + store.persist(corpus) + store.close() + + +def _assert_one_json_line(stdout: str, *, schema: str = "1") -> dict[str, Any]: + """Aserta exactamente una línea JSON con schema correcto; devuelve el dict.""" + lines = [ln for ln in stdout.splitlines() if ln.strip()] + assert len(lines) == 1, ( + f"Se esperaba exactamente 1 línea en stdout, se obtuvieron {len(lines)}:\n" + f"{stdout!r}" + ) + data = json.loads(lines[0]) + assert data.get("schema") == schema + return data + + +def _get_loop_state(ws: Any) -> Any: + """Lee el loop_state del backend DuckDB del workspace.""" + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + store = DuckDBStore(ws.library_path) + state = store.backend.loop_state() + store.close() + return state + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 1. curate dump → envelope correcto +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_curate_dump_envelope_correcto(tmp_path: Path) -> None: + """curate dump --json emite envelope schema='1', command='curate dump', ok=True.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="C1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "curate", "dump", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0, result.output + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + assert data["ok"] is True + assert data["command"] == "curate dump" + assert "csv_path" in data["data"] + assert "papers_exported" in data["data"] + + +def test_curate_dump_stdout_puro(tmp_path: Path) -> None: + """curate dump --json: stdout tiene exactamente 1 línea JSON (sin ruido).""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="C1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "curate", "dump", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0 + lineas = [ln for ln in result.stdout.splitlines() if ln.strip()] + assert len(lineas) == 1 + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 2. curate apply → envelope correcto +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_curate_apply_envelope_correcto(tmp_path: Path) -> None: + """curate apply --json emite envelope correcto.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1"), _row(id="P2")]) + + # Generar CSV con curate dump + runner = CliRunner() + runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "curate", "dump"], + catch_exceptions=False, + ) + csv_path = ws.exports_dir / "curacion.csv" + assert csv_path.exists() + + # Aplicar decisiones + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "curate", "apply", str(csv_path), "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0, result.output + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + assert data["ok"] is True + assert data["command"] == "curate apply" + assert "accepted_count" in data["data"] + assert "rejected_count" in data["data"] + assert "skipped_count" in data["data"] + assert "not_found_count" in data["data"] + assert "total_rows" in data["data"] + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 3. curate accept → envelope correcto +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_curate_accept_envelope_correcto(tmp_path: Path) -> None: + """curate accept --ids P1 --json emite envelope correcto.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1"), _row(id="P2")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "curate", + "accept", + "--ids", + "P1", + "--json", + ], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0, result.output + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + assert data["ok"] is True + assert data["command"] == "curate accept" + assert data["data"]["accepted_count"] == 1 + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 4. curate reject → envelope correcto +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_curate_reject_envelope_correcto(tmp_path: Path) -> None: + """curate reject --ids P1 --json emite envelope correcto.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1"), _row(id="P2")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "curate", + "reject", + "--ids", + "P1", + "--json", + ], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0, result.output + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + assert data["ok"] is True + assert data["command"] == "curate reject" + assert data["data"]["rejected_count"] == 1 + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 5. curate filter → envelope correcto +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_curate_filter_envelope_correcto(tmp_path: Path) -> None: + """curate filter --year-gte 1900 --json emite envelope correcto.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1", year=2020), _row(id="P2", year=2021)]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "curate", + "filter", + "--year-gte", + "1900", + "--json", + ], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0, result.output + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + assert data["ok"] is True + assert data["command"] == "curate filter" + assert "steps" in data["data"] + assert "total_papers" in data["data"] + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 6. curate sin subcomando → help + exit 0 +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_curate_sin_subcomando_imprime_ayuda() -> None: + """b2g curate sin subcomando imprime ayuda y sale con exit 0.""" + runner = CliRunner() + with runner.isolated_filesystem(): + result = runner.invoke(b2g, ["curate"]) + assert result.exit_code == 0 + assert "dump" in result.output + assert "apply" in result.output + assert "accept" in result.output + assert "reject" in result.output + assert "filter" in result.output + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 7. curate dump --all → "No such option" (BREAKING #155) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_curate_dump_all_no_existe(tmp_path: Path) -> None: + """curate dump --all fue eliminado (#155); Click debe reportar 'No such option'.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="C1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "curate", "dump", "--all"], + ) + # Click reporta "No such option" y sale con exit != 0 + assert result.exit_code != 0 + assert "no such option" in result.output.lower() + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 8. curate filter → transiciona a FILTERED (FSM) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_curate_filter_transiciona_a_filtered(tmp_path: Path) -> None: + """curate filter transiciona el CycleState a FILTERED (el verbo define la transición).""" + from bib2graph.cycle import CycleState + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1", year=2020)]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "curate", + "filter", + "--year-gte", + "1900", + ], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0, result.output + + estado_post = _get_loop_state(ws) + assert estado_post == CycleState.FILTERED, ( + f"curate filter debe transicionar a FILTERED, pero quedó en {estado_post}" + ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 9. curate accept/reject/dump/apply → NO transicionan el FSM +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_curate_accept_no_transiciona_fsm(tmp_path: Path) -> None: + """curate accept NO transiciona el CycleState (curación transversal).""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + estado_previo = _get_loop_state(ws) + + runner = CliRunner() + runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "curate", "accept", "--ids", "P1"], + catch_exceptions=False, + ) + + estado_post = _get_loop_state(ws) + assert estado_post == estado_previo, ( + f"curate accept no debe cambiar el CycleState: {estado_previo} → {estado_post}" + ) + + +def test_curate_reject_no_transiciona_fsm(tmp_path: Path) -> None: + """curate reject NO transiciona el CycleState (curación transversal).""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + estado_previo = _get_loop_state(ws) + + runner = CliRunner() + runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "curate", "reject", "--ids", "P1"], + catch_exceptions=False, + ) + + estado_post = _get_loop_state(ws) + assert estado_post == estado_previo, ( + f"curate reject no debe cambiar el CycleState: {estado_previo} → {estado_post}" + ) + + +def test_curate_dump_no_transiciona_fsm(tmp_path: Path) -> None: + """curate dump NO transiciona el CycleState (curación transversal).""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="C1")]) + + estado_previo = _get_loop_state(ws) + + runner = CliRunner() + runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "curate", "dump"], + catch_exceptions=False, + ) + + estado_post = _get_loop_state(ws) + assert estado_post == estado_previo, ( + f"curate dump no debe cambiar el CycleState: {estado_previo} → {estado_post}" + ) + + +def test_curate_apply_no_transiciona_fsm(tmp_path: Path) -> None: + """curate apply NO transiciona el CycleState (curación transversal).""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="C1")]) + + estado_previo = _get_loop_state(ws) + + # Generar CSV de decisiones + runner = CliRunner() + runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "curate", "dump"], + catch_exceptions=False, + ) + csv_path = ws.exports_dir / "curacion.csv" + + runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "curate", "apply", str(csv_path)], + catch_exceptions=False, + ) + + estado_post = _get_loop_state(ws) + assert estado_post == estado_previo, ( + f"curate apply no debe cambiar el CycleState: {estado_previo} → {estado_post}" + ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 10. Round-trip: dump → editar CSV → apply +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_round_trip_dump_apply(tmp_path: Path) -> None: + """curate dump → editar decision → curate apply → corpus refleja decisiones.""" + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store( + ws, + [ + _row(id="PA", title="Paper A"), + _row(id="PB", title="Paper B"), + _row(id="PC", title="Paper C"), + ], + ) + + runner = CliRunner() + + # 1) dump + result_dump = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "curate", "dump", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result_dump.exit_code == 0 + data_dump = json.loads(result_dump.stdout.strip()) + csv_path = Path(data_dump["data"]["csv_path"]) + assert csv_path.exists() + + # 2) Editar el CSV: PA → accepted, PB → rejected + from bib2graph.service.curate import CSV_COLUMNS + + rows: list[dict[str, str]] = [] + with open(csv_path, newline="", encoding="utf-8") as f: + rows = list(csv.DictReader(f)) + for row in rows: + if row["id"] == "PA": + row["decision"] = "accepted" + elif row["id"] == "PB": + row["decision"] = "rejected" + # PC queda undecided + + with open(csv_path, "w", newline="", encoding="utf-8") as f: + writer = csv.DictWriter(f, fieldnames=CSV_COLUMNS) + writer.writeheader() + writer.writerows(rows) + + # 3) apply + result_apply = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "curate", "apply", str(csv_path), "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result_apply.exit_code == 0, result_apply.output + data_apply = json.loads(result_apply.stdout.strip()) + assert data_apply["data"]["accepted_count"] == 1 + assert data_apply["data"]["rejected_count"] == 1 + assert data_apply["data"]["skipped_count"] == 1 + assert data_apply["data"]["not_found_count"] == 0 + + # 4) Verificar estado del corpus (to_arrow antes de close — DuckDB requiere conexión activa) + store = DuckDBStore(ws.library_path) + corpus = store.load() + by_id = {r["id"]: r for r in corpus.to_arrow().to_pylist()} + store.close() + + assert by_id["PA"]["curation_status"] == "accepted" + assert by_id["PB"]["curation_status"] == "rejected" + assert by_id["PC"]["curation_status"] == "candidate" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 11. curate apply con IDs huérfanos → not_found_count reportado +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_curate_apply_ids_huerfanos_reportados(tmp_path: Path) -> None: + """curate apply con IDs que no existen en el corpus → not_found_count > 0, sin abort.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + # Crear CSV con un ID huérfano + csv_path = tmp_path / "decisiones.csv" + from bib2graph.service.curate import CSV_COLUMNS + + with open(csv_path, "w", newline="", encoding="utf-8") as f: + writer = csv.DictWriter(f, fieldnames=CSV_COLUMNS) + writer.writeheader() + writer.writerow( + {**{c: "" for c in CSV_COLUMNS}, "id": "P1", "decision": "accepted"} + ) + writer.writerow( + {**{c: "" for c in CSV_COLUMNS}, "id": "P_FANTASMA", "decision": "accepted"} + ) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "curate", "apply", str(csv_path), "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0 + data = json.loads(result.stdout.strip()) + assert data["data"]["accepted_count"] == 1 + assert data["data"]["not_found_count"] == 1 + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 12. Regresión #165: b2g accept suelto sigue funcionando +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_accept_suelto_envelope_intacto(tmp_path: Path) -> None: + """b2g accept (suelto) sigue emitiendo envelope con command='accept'.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "accept", "--ids", "P1", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0, result.output + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + assert data["ok"] is True + assert data["command"] == "accept" + assert data["data"]["accepted_count"] == 1 + + +def test_accept_suelto_no_transiciona_fsm(tmp_path: Path) -> None: + """b2g accept suelto NO transiciona el CycleState (curación transversal).""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + estado_previo = _get_loop_state(ws) + + runner = CliRunner() + runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "accept", "--ids", "P1"], + catch_exceptions=False, + ) + + estado_post = _get_loop_state(ws) + assert estado_post == estado_previo + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 13. Regresión #165: b2g reject suelto sigue funcionando +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_reject_suelto_envelope_intacto(tmp_path: Path) -> None: + """b2g reject (suelto) sigue emitiendo envelope con command='reject'.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "reject", "--ids", "P1", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0, result.output + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + assert data["ok"] is True + assert data["command"] == "reject" + assert data["data"]["rejected_count"] == 1 + + +def test_reject_suelto_no_transiciona_fsm(tmp_path: Path) -> None: + """b2g reject suelto NO transiciona el CycleState (curación transversal).""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + estado_previo = _get_loop_state(ws) + + runner = CliRunner() + runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "reject", "--ids", "P1"], + catch_exceptions=False, + ) + + estado_post = _get_loop_state(ws) + assert estado_post == estado_previo + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 14. Regresión #165: b2g filter suelto sigue funcionando y transiciona a FILTERED +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_filter_suelto_envelope_intacto(tmp_path: Path) -> None: + """b2g filter (suelto) sigue emitiendo envelope con command='filter'.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1", year=2020)]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "filter", + "--year-gte", + "1900", + "--json", + ], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0, result.output + data = _assert_one_json_line(result.stdout) + assert data["ok"] is True + assert data["command"] == "filter" + + +def test_filter_suelto_transiciona_a_filtered(tmp_path: Path) -> None: + """b2g filter suelto transiciona a FILTERED (mismo comportamiento que curate filter).""" + from bib2graph.cycle import CycleState + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1", year=2020)]) + + runner = CliRunner() + runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "filter", + "--year-gte", + "1900", + ], + catch_exceptions=False, + ) + + estado_post = _get_loop_state(ws) + assert estado_post == CycleState.FILTERED + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 15. curate accept --ids múltiples en una invocación +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_curate_accept_ids_multiples(tmp_path: Path) -> None: + """curate accept acepta múltiples IDs con --ids repetido.""" + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1"), _row(id="P2"), _row(id="P3")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "curate", + "accept", + "--ids", + "P1", + "--ids", + "P2", + "--json", + ], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0 + data = json.loads(result.stdout.strip()) + assert data["data"]["accepted_count"] == 2 + + store = DuckDBStore(ws.library_path) + corpus = store.load() + by_id = {r["id"]: r for r in corpus.to_arrow().to_pylist()} + store.close() + assert by_id["P1"]["curation_status"] == "accepted" + assert by_id["P2"]["curation_status"] == "accepted" + assert by_id["P3"]["curation_status"] == "candidate" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 16. curate dump --scope seeds exporta solo semillas +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_curate_dump_scope_seeds(tmp_path: Path) -> None: + """curate dump --scope seeds exporta solo papers con is_seed=True.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store( + ws, + [ + _row(id="S1", is_seed=True), + _row(id="S2", is_seed=True), + _row(id="C1", is_seed=False), + ], + ) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "curate", + "dump", + "--scope", + "seeds", + "--json", + ], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0 + data = json.loads(result.stdout.strip()) + assert data["data"]["papers_exported"] == 2 + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 17. Neutralidad de reloj (R2 / ADR 0017 enmendado): filter_corpus recibe +# decided_at inyectado y lo pasa a apply_filters +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_filter_corpus_pasa_decided_at_a_apply_filters(tmp_path: Path) -> None: + """filter_corpus pasa el decided_at inyectado a apply_filters (R2/ADR 0017). + + Verifica que el servicio no genera su propio timestamp: lo recibe del llamador + y lo propaga sin modificarlo al núcleo. + """ + from datetime import UTC, datetime + from unittest.mock import patch + + from bib2graph.service.curate import filter_corpus + + store_path = tmp_path / "test.duckdb" + + # Seed mínimo + import pyarrow as pa + + from bib2graph.corpus import Corpus + from bib2graph.schemas import CORPUS_SCHEMA + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + row = _row(id="P1", year=2020) + table = pa.Table.from_pylist([row], schema=CORPUS_SCHEMA) + corpus_obj = Corpus.from_arrow(table) + store = DuckDBStore(store_path) + store.persist(corpus_obj) + store.close() + + sentinel = datetime(2025, 1, 15, 10, 30, 0, tzinfo=UTC) + + captured: dict[str, Any] = {} + + original_apply_filters = __import__( + "bib2graph.filters.prisma", fromlist=["apply_filters"] + ).apply_filters + + def _spy_apply_filters(corpus, criteria, *, decided_at=None): # type: ignore[no-untyped-def] + captured["decided_at"] = decided_at + return original_apply_filters(corpus, criteria, decided_at=decided_at) + + with patch( + "bib2graph.filters.prisma.apply_filters", side_effect=_spy_apply_filters + ): + filter_corpus(store_path, year_gte=2000, decided_at=sentinel) + + assert captured.get("decided_at") == sentinel, ( + f"filter_corpus no propagó el decided_at inyectado: {captured.get('decided_at')!r}" + ) + + +def test_service_curate_no_llama_datetime_now() -> None: + """service/curate.py no contiene llamadas directas a datetime.now() (R2/ADR 0017). + + El reloj es responsabilidad del llamador (frontera CLI), no del servicio. + Detección por AST sobre el source real del módulo. + """ + import ast + import importlib + import pathlib + + mod = importlib.import_module("bib2graph.service.curate") + source_file = mod.__file__ + assert source_file is not None + tree = ast.parse(pathlib.Path(source_file).read_text(encoding="utf-8")) + + for node in ast.walk(tree): + if not isinstance(node, ast.Call): + continue + func = node.func + # Detecta patrones: datetime.now(...), _datetime.now(...), UTC.now(...) + if isinstance(func, ast.Attribute) and func.attr == "now": + obj = func.value + obj_name = ( + obj.id + if isinstance(obj, ast.Name) + else obj.attr + if isinstance(obj, ast.Attribute) + else None + ) + if obj_name in {"datetime", "_datetime", "UTC"}: + raise AssertionError( + f"service/curate.py llama a {obj_name}.now() en línea " + f"{node.lineno} — viola R2/ADR 0017: el reloj debe inyectarse " + "desde la frontera CLI, no generarse en el servicio." + ) From 8697144e9b15f99767bcaf8d2ab2541956f64832 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sat, 27 Jun 2026 21:26:15 -0500 Subject: [PATCH 10/27] feat(cli): maturity-stamp en artefactos one-shot (build/snapshot/read top) (#160) (#173) MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Sub-issue del epic #167 (superficie CLI 0.10.0, ADR 0037 f + 0038 P3). - Bloque aditivo maturity en el --json de build, snapshot y read top: {curated, scope, saturated, empty_networks}. schema="1" intacto. - curated = ≥1 paper accepted/rejected (sobre corpus_full, pre-scope, para que un scope que deja 0 papers no falsee curated). scope = token CLI. saturated = false constante (one-shot nunca sobre-afirma; gancho referenced_refs_count documentado). empty_networks = kinds vacíos (build: de data.empty_networks; read top: ["cocitation"] si vacía; snapshot: []). reason/fix_command no se duplican. - Helper puro service/maturity.py:compute_maturity (fuente única), exportado. - Presente siempre en build/snapshot/read top; ausente en read list/stats/show. - Docs en lockstep: API.md (apéndice maturity + secciones build/snapshot/read top), AGENTS.md. Sin ADR nuevo (0038 P3 delegó la forma a API.md). Invariante intacto: envelope schema="1", exit codes, FSM. Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- AGENTS.md | 5 +- docs/API.md | 63 ++- src/bib2graph/cli/commands/build.py | 41 +- src/bib2graph/cli/commands/snapshot.py | 9 + src/bib2graph/service/__init__.py | 4 + src/bib2graph/service/maturity.py | 91 ++++ src/bib2graph/service/reads.py | 13 +- tests/unit/test_maturity.py | 727 +++++++++++++++++++++++++ 8 files changed, 938 insertions(+), 15 deletions(-) create mode 100644 src/bib2graph/service/maturity.py create mode 100644 tests/unit/test_maturity.py diff --git a/AGENTS.md b/AGENTS.md index 133763a..913c333 100644 --- a/AGENTS.md +++ b/AGENTS.md @@ -43,7 +43,10 @@ `read stats --group-by {status,year,is_seed}`, `read show --id` (resuelve id/doi/source_id, ADR 0036), `read top --top N --kind {…}` (la salida de investigación: nodos centrales + co-citación con título; default `bibliographic_coupling`, robusto en one-shot; co-citación vacía → honest-empty exit 0 + - reason/fix_command). `read` sin subcomando → ayuda + exit 0 (`invoke_without_command=True`, workaround Click 8.4); el + reason/fix_command). **Artefactos one-shot honestos (#160, ADR 0037 §f):** el `--json` de `build`, + `snapshot` y `read top` suma un bloque aditivo **`maturity`** (`{curated, scope, saturated, + empty_networks}`, `schema="1"` intacto) que autodeclara que el resultado es un borrador sin pulir; + forma estable en `docs/API.md` §Apéndice `maturity`. `read` sin subcomando → ayuda + exit 0 (`invoke_without_command=True`, workaround Click 8.4); el `command` del envelope usa la ruta completa (`"read list"`). `inspect` queda **en deprecación** (#165, lo absorben `read show` + `status`) pero **sigue vivo**. Ver `docs/API.md` §Convenciones CLI. **Grupo noun-verb `curate {dump,apply,accept,reject,filter}` (#155, ADR 0037 §b):** SEGUNDO grupo del diff --git a/docs/API.md b/docs/API.md index 45affe7..ff2fd92 100644 --- a/docs/API.md +++ b/docs/API.md @@ -576,8 +576,12 @@ Si una red sale vacía por el `min_weight` del YAML (modo spec), el `reason` **c **Esquema de respuesta `--json` (`data`):** `networks_built`, `artifacts_dir`, `corpus_hash`, **`scope`** = **token CLI** (`seeds`/`accepted`/`all`, gancho estable para #160 maturity), **`corpus_scope`** = vocab interno (`seeds_only`/…, backward-compat), `networks` (lista, con -`clusters_csv` condicional), `warnings` (corpus-level) y `empty_networks` (diagnóstico por-red). -Invariante: envelope `schema="1"`, exit codes y FSM intactos; todo lo de #159 es **aditivo**. +`clusters_csv` condicional), `warnings` (corpus-level), `empty_networks` (diagnóstico por-red) y +**`maturity`** (bloque aditivo del one-shot, AS-BUILT #160 — ver Apéndice `maturity`; `curated` +deriva del **corpus completo** pre-scope, `scope` reusa este `data["scope"]`, `empty_networks` es la +lista de `kind` extraída de `data["empty_networks"]` sin duplicar `reason`/`fix_command`; presente +también en el early-return de corpus vacío). +Invariante: envelope `schema="1"`, exit codes y FSM intactos; todo lo de #159/#160 es **aditivo**. > **No-divergencia es por-corpus.** La garantía de no-divergencia entre el diagnóstico de red-vacía de > `build` y el de `status` (ADR 0037 §(e)) es **sobre el mismo corpus de entrada**. Con `--scope != all`, @@ -588,7 +592,9 @@ Invariante: envelope `schema="1"`, exit codes y FSM intactos; todo lo de #159 es **`snapshot` (AS-BUILT #32, 2026-06-17):** `b2g snapshot` sella una foto reproducible del estado vivo (parquet + `manifest.json`, ADR 0017). **`--out-dir` pasó a override OPCIONAL** — sin él, escribe en **`/snapshots/`** (resolución ambiente vía `resolve_workspace`, igual que `build`). No -transiciona el `CycleState`. +transiciona el `CycleState`. Su `--json.data` —`snapshot_dir`, `corpus_hash`, `total_papers`, +`schema_version`— suma el bloque aditivo **`maturity`** (AS-BUILT #160, ver Apéndice `maturity`): +`scope="all"`, `empty_networks=[]` (snapshot no proyecta redes), `curated` desde el corpus vivo. **Staleness de la cache de redes (AS-BUILT #32, 2026-06-17):** `b2g status` suma el campo aditivo `data["networks_cache_stale"]: bool` (`schema="1"` intacto) y, cuando es `true`, un `warnings` @@ -639,7 +645,11 @@ materializó en #157 (antes diferido). La lógica vive en `service/reads.py` (`l Flags: `--top N` / `-n` (default 10), `--kind` (`Choice` sobre los 5 `NetworkKind`, **default `bibliographic_coupling`**), `--json`. Envelope: `data = {kind, top, central: [{id, title, degree_centrality, community?}], - cocitation: [{source, source_title, target, target_title, weight}], reason?, fix_command?}`. + cocitation: [{source, source_title, target, target_title, weight}], reason?, fix_command?, + maturity}`. El bloque **`maturity`** (aditivo del one-shot, AS-BUILT #160 — ver Apéndice `maturity`) + está **SIEMPRE presente**: `scope="all"`, `empty_networks=["cocitation"]` cuando la co-citación + quedó vacía (si no, `[]`), `curated` desde el corpus. **No** duplica `reason`/`fix_command` (esos + viven en el bloque honest-empty de abajo). - **`central`** — top `N` nodos de la red `--kind` por `degree_centrality` desc. En redes de paper (`bibliographic_coupling`/`cocitation`) `title` es el **título completo** (join id→title); en redes de autor/institución/keyword cae al `label` (nombre de la entidad). @@ -726,6 +736,32 @@ se activa con la variable de entorno **`B2G_JSON`**: Aditivo y retrocompatible: el envelope `schema="1"`, los exit codes y la FSM **no cambian** (ver ADR [0021](decisiones/0021-cli-agente-native-contrato.md) §C, enmienda 2026-06-27). +**Apéndice — bloque `maturity` del one-shot (AS-BUILT #160, ADR [0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) §f; FORMA fijada aquí por delegación de ADR [0038](decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md) P3).** +Los artefactos del camino **one-shot** llevan un bloque **aditivo** `data["maturity"]` que **se +autodeclara borrador sin pulir**: honestidad **por construcción** (vom Brocke/PRISMA hecho +self-description), para que ni un agente que optimiza por `exit 0` ni un humano apurado confundan un +one-shot con un resultado terminado. **Aditivo: `schema="1"` intacto.** + +```json +"maturity": {"curated": false, "scope": "all", "saturated": false, "empty_networks": []} +``` + +- **Forma estable: SIEMPRE 4 claves** (orden y tipos fijos). El bloque no muta de forma según el caso. + +| clave | tipo | valores | regla de derivación | +|---|---|---|---| +| `curated` | `bool` | `true`/`false` | `true` si el corpus **completo** (`corpus_full`, **antes** del filtro de `--corpus-scope`) tiene **≥1 paper** con `curation_status` ∈ {`accepted`, `rejected`}. Refleja si hay decisiones de curación aplicadas, **independiente** del scope y del FSM. | +| `scope` | `str` \| `null` | token CLI (`all`/`accepted`/`seeds`…) \| `null` | En `build` reusa `data["scope"]` (el **token CLI** tal como se tipeó, no el vocab interno `seeds_only`). En `snapshot` y `read top` es `"all"`. `null` si no aplica. | +| `saturated` | `bool` | **`false` constante** | **Siempre `false`** en one-shot: el PO decidió **no sobre-afirmar**. Gancho futuro (documentado en el código): comparar `referenced_refs_count()` entre rondas de `enrich` para detectar convergencia de referencias. | +| `empty_networks` | `list[str]` | lista de `kind` (puede ser `[]`) | **Solo los tokens `kind`** de las redes vacías. `reason`/`fix_command` **NO se duplican** acá — siguen viviendo en `data["empty_networks"]` (lista de dicts `{kind, reason, fix_command}`) de `build`. En `build` se extraen de ahí; en `read top` es `["cocitation"]` si la co-citación quedó vacía; en `snapshot` es `[]`. | + +- **Dónde aparece (PRESENTE SIEMPRE):** `build` (incluido el early-return de corpus vacío), + `snapshot` y `read top`. **AUSENTE** en `read list`, `read stats` y `read show` (lecturas tabulares, + no artefactos one-shot) — no llevan `maturity`. +- **Función pura:** lo calcula `service.maturity.compute_maturity(corpus, *, scope, empty_network_kinds)` + (sin I/O, re-exportada desde `bib2graph.service`), invariante de neutralidad de transporte intacta + (§0). + --- ## 0. Capa de servicios `service/` — contrato neutral compartido (AS-BUILT G1, ADR 0028) @@ -787,6 +823,18 @@ def code_for(exc: BaseException) -> int: httpx.HTTPError → 4. Excepción no mapeada → TypeError (el llamador decide). Lo usan la capa de servicio y los adaptadores para derivar exit code / HTTP status sin duplicar la política.""" + + +# service/maturity.py — bloque maturity del one-shot (#160, ADR 0037 §f / 0038 P3) +def compute_maturity( + corpus: Corpus, *, scope: str | None, empty_network_kinds: list[str] +) -> dict[str, Any]: + """Bloque maturity para el --json de build/snapshot/read top (ver Apéndice maturity). + Función PURA, sin I/O. Devuelve EXACTAMENTE 4 claves: + {curated: bool, scope: str|None, saturated: bool, empty_networks: list[str]}. + curated = corpus tiene ≥1 paper con curation_status ∈ {accepted, rejected}; + saturated = False constante (one-shot never over-claims; gancho futuro referenced_refs_count); + empty_networks = solo los kind (reason/fix_command NO se duplican).""" ``` **Adaptadores (el contrato se re-exporta, no se duplica).** `cli/_envelope.py` y `cli/_errors.py` @@ -891,12 +939,15 @@ def get_top(ws: Workspace, *, n=10, kind="bibliographic_coupling") -> dict[str, """Salida de investigación (#157): nodos centrales + pares de co-citación con título, sobre redes recomputadas (NO requiere `build`; mismo camino que get_network). Devuelve: {kind, top, central: [{id, title, degree_centrality, community?}], - cocitation: [{source, source_title, target, target_title, weight}], reason?, fix_command?}. + cocitation: [{source, source_title, target, target_title, weight}], reason?, fix_command?, + maturity}. `central` = top n nodos de la red `kind` por degree_centrality desc (título completo en redes de paper; label de entidad en author/institution/keyword). `cocitation` = SIEMPRE la red cocitation, top n aristas por weight desc. Honest-empty: co-citación vacía (sin cited_by_id) → bloque [] + reason/fix_command - (de predict_build_preview), NO error. Raises DataError si kind inválido, n <= 0, o la red + (de predict_build_preview), NO error. `maturity` (aditivo, #160, ver Apéndice `maturity`): + SIEMPRE presente, scope="all", empty_networks=["cocitation"] si la co-citación quedó vacía. + Raises DataError si kind inválido, n <= 0, o la red falla genuinamente; StoreError si el store falla. (Detrás de `read top`.)""" ``` diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/build.py b/src/bib2graph/cli/commands/build.py index 0265e64..10f8d78 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/build.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/build.py @@ -331,15 +331,28 @@ def run_build( artifacts_dir.mkdir(parents=True, exist_ok=True) (artifacts_dir / ".corpus_hash").write_text("", encoding="utf-8") store.backend.set_loop_state(new_state, cycle_round=new_round) + # scope_display para early-return (corpus vacío): mismo cálculo que el path normal. + _scope_display_empty = ( + scope_cli_token if scope_cli_token is not None else corpus_scope + ) + # Maturity en early-return: curated desde corpus_full (el filtrado está vacío). + from bib2graph.service.maturity import compute_maturity as _compute_maturity + + _maturity_empty = _compute_maturity( + corpus_full, + scope=_scope_display_empty, + empty_network_kinds=[], + ) return { "networks_built": 0, "artifacts_dir": str(artifacts_dir), "corpus_hash": "", "corpus_scope": corpus_scope, - "scope": corpus_scope, + "scope": _scope_display_empty, "networks": [], "warnings": build_warnings, "empty_networks": [], + "maturity": _maturity_empty, } # Diagnóstico pre-build (ADR 0037 §(e), fuente única con status-time). @@ -423,15 +436,28 @@ def run_build( hash_file.write_text(corpus_hash, encoding="utf-8") store.backend.set_loop_state(new_state, cycle_round=new_round) + + # FIX 2 — gancho para #160 (maturity): "scope" expone el token CLI tal como + # lo tipió el usuario ("seeds"/"accepted"/"all"), NO el vocab interno + # ("seeds_only"). Esto hace que la superficie de agents-first sea consistente. + # Cuando se llama sin CLI (tests unitarios directos), scope_cli_token=None + # y se usa corpus_scope como fallback (preserva compat pre-0.10.0). + scope_display = scope_cli_token if scope_cli_token is not None else corpus_scope + + # Maturity (#160): computar DENTRO del try para acceder a corpus_full + # antes del store.close() en finally. Extrae los kinds de empty_networks + # (lista de dicts {kind, reason, fix_command}) sin duplicar reason/fix_command. + from bib2graph.service.maturity import compute_maturity as _compute_maturity + + empty_network_kinds = [str(en["kind"]) for en in empty_networks] + maturity = _compute_maturity( + corpus_full, + scope=scope_display, + empty_network_kinds=empty_network_kinds, + ) finally: store.close() - # FIX 2 — gancho para #160 (maturity): "scope" expone el token CLI tal como - # lo tipió el usuario ("seeds"/"accepted"/"all"), NO el vocab interno - # ("seeds_only"). Esto hace que la superficie de agents-first sea consistente. - # Cuando se llama sin CLI (tests unitarios directos), scope_cli_token=None - # y se usa corpus_scope como fallback (preserva compat pre-0.10.0). - scope_display = scope_cli_token if scope_cli_token is not None else corpus_scope return { "networks_built": len(artifacts), "artifacts_dir": str(artifacts_dir), @@ -441,6 +467,7 @@ def run_build( "networks": networks_info, "warnings": build_warnings, "empty_networks": empty_networks, + "maturity": maturity, } diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/snapshot.py b/src/bib2graph/cli/commands/snapshot.py index b1d93b6..1acdd00 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/snapshot.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/snapshot.py @@ -50,11 +50,20 @@ def run_snapshot( snap = corpus.snapshot(Path(out_dir)) + from bib2graph.service.maturity import compute_maturity + + maturity = compute_maturity( + corpus, + scope="all", + empty_network_kinds=[], + ) + return { "snapshot_dir": str(snap.path), "corpus_hash": snap.manifest.corpus_hash, "total_papers": len(corpus), "schema_version": snap.manifest.schema_version, + "maturity": maturity, } diff --git a/src/bib2graph/service/__init__.py b/src/bib2graph/service/__init__.py index e801362..5e3a981 100644 --- a/src/bib2graph/service/__init__.py +++ b/src/bib2graph/service/__init__.py @@ -17,6 +17,8 @@ - ``accept_papers``, ``reject_papers``, ``curate_paper`` — escrituras del Hito G3 (ADR 0028). - ``resolve_dois`` — resolución DOI→source_id (ADR 0035). + - ``compute_maturity`` — bloque ``maturity`` para build/snapshot/read top + (#160, sub-issue de la superficie CLI 0.10.0, ADR 0037 §f). """ from __future__ import annotations @@ -32,6 +34,7 @@ UsageError, code_for, ) +from bib2graph.service.maturity import compute_maturity from bib2graph.service.reads import ( compare_rounds, corpus_stats, @@ -57,6 +60,7 @@ "build_envelope", "code_for", "compare_rounds", + "compute_maturity", "corpus_stats", "curate_paper", "get_network", diff --git a/src/bib2graph/service/maturity.py b/src/bib2graph/service/maturity.py new file mode 100644 index 0000000..94e06b3 --- /dev/null +++ b/src/bib2graph/service/maturity.py @@ -0,0 +1,91 @@ +"""service.maturity — Bloque ``maturity`` para el ``--json`` de build/snapshot/read top. + +Función pura sin I/O que calcula el bloque de madurez declarativo (ADR 0037 §f, +sub-issue #160). La honestidad por construcción requiere declarar explícitamente +el estado de curación, saturación y vaciedad de redes, **sin afirmar más de lo +que se sabe**. + +Contrato del bloque:: + + { + "curated": false, # bool + "scope": "all", # str | None + "saturated": false, # bool — SIEMPRE False en one-shot (PO) + "empty_networks": [] # list[str] — solo los kinds vacíos + } + +``saturated`` es siempre ``False`` en el camino one-shot: el PO decidió no +sobre-afirmar; la condición de saturación de referencias requeriría comparar +el conteo de referencias nuevas entre dos rondas consecutivas de ``enrich`` +(gancho futuro: ``referenced_refs_count()`` en el Enricher de OpenAlex). +""" + +from __future__ import annotations + +from typing import TYPE_CHECKING, Any + +if TYPE_CHECKING: + from bib2graph.corpus import Corpus + + +def compute_maturity( + corpus: Corpus, + *, + scope: str | None, + empty_network_kinds: list[str], +) -> dict[str, Any]: + """Calcula el bloque ``maturity`` para el ``--json`` de build/snapshot/read top. + + Función pura: no produce I/O ni efectos de lado. Recibe el corpus ya + cargado (sin abrir stores), el token de scope y los kinds de redes vacías + determinados por quien llama. + + ``curated`` es ``True`` si el corpus contiene ≥1 paper con + ``curation_status`` ∈ {``accepted``, ``rejected``}. Refleja si hay + decisiones de curación aplicadas, independientemente del scope o del FSM. + + ``saturated`` es siempre ``False`` (decisión PO: never over-claim en one-shot). + Gancho futuro: comparar ``referenced_refs_count()`` entre rondas de ``enrich`` + para detectar convergencia de referencias. + + Args: + corpus: Corpus ya cargado. Se usa para derivar ``curated`` a partir + de los conteos de ``curation_status``. + scope: Token de scope tal como lo expone ``data["scope"]``. En build + se reutiliza ``data["scope"]``; en snapshot y read top es ``"all"``. + Puede ser ``None`` si no aplica. + empty_network_kinds: Lista de tokens ``kind`` de redes que resultaron + vacías. En build se extraen de ``data["empty_networks"]`` (lista + de dicts ``{kind, reason, fix_command}``). En read top es + ``["cocitation"]`` si la red está vacía; en snapshot es ``[]``. + Solo se incluyen los ``kind``, no los ``reason``/``fix_command`` + (esos siguen viviendo en ``data["empty_networks"]`` de build). + + Returns: + Dict con exactamente 4 claves: + - ``"curated"``: bool. + - ``"scope"``: str | None. + - ``"saturated"``: bool (siempre False). + - ``"empty_networks"``: list[str] (solo kinds). + """ + import pyarrow.compute as pc + + from bib2graph.constants import Col, CurationStatus + + table = corpus.to_arrow() + + # Derivar curated: ≥1 paper con curation_status ∈ {accepted, rejected} + curation_col = table.column(Col.CURATION_STATUS) + accepted_mask = pc.equal(curation_col, CurationStatus.ACCEPTED) # type: ignore[attr-defined] + rejected_mask = pc.equal(curation_col, CurationStatus.REJECTED) # type: ignore[attr-defined] + curated_mask = pc.or_(accepted_mask, rejected_mask) # type: ignore[attr-defined] + curated = bool(pc.any(curated_mask).as_py()) # type: ignore[attr-defined] + + return { + "curated": curated, + "scope": scope, + # saturated: SIEMPRE False en one-shot — PO decidió no sobre-afirmar. + # Gancho futuro: referenced_refs_count() entre rondas de enrich. + "saturated": False, + "empty_networks": list(empty_network_kinds), + } diff --git a/src/bib2graph/service/reads.py b/src/bib2graph/service/reads.py index bcd82f7..aeb434e 100644 --- a/src/bib2graph/service/reads.py +++ b/src/bib2graph/service/reads.py @@ -927,7 +927,8 @@ def get_top( # Honest-empty: si co-citación vacía, agregar reason/fix_command. # Igual que "build" con red vacía → exit 0, NO DataError. - if not coc_net["edges"]: + coc_is_empty = not coc_net["edges"] + if coc_is_empty: from bib2graph.networks.facade import predict_build_preview preview = predict_build_preview(corpus) @@ -939,4 +940,14 @@ def get_top( result["reason"] = coc_entry["reason"] result["fix_command"] = coc_entry["fix_command"] + # Maturity (#160): siempre presente en read top (scope="all", redes vacías inferidas). + from bib2graph.service.maturity import compute_maturity + + empty_network_kinds = ["cocitation"] if coc_is_empty else [] + result["maturity"] = compute_maturity( + corpus, + scope="all", + empty_network_kinds=empty_network_kinds, + ) + return result diff --git a/tests/unit/test_maturity.py b/tests/unit/test_maturity.py new file mode 100644 index 0000000..5e08834 --- /dev/null +++ b/tests/unit/test_maturity.py @@ -0,0 +1,727 @@ +"""Tests TDD — bloque ``maturity`` en build/snapshot/read top (#160). + +Cubre: +1. ``compute_maturity`` (helper puro): + a. ``curated=False`` cuando todo es candidate/seed. + b. ``curated=True`` con ≥1 accepted. + c. ``curated=True`` con ≥1 rejected. + d. ``saturated`` siempre False. + e. ``scope`` y ``empty_networks`` pasan literalmente. + f. Key-set consistente (4 claves exactas). + +2. ``build`` — ``maturity`` en data: + a. Presente en el path normal (corpus no vacío). + b. Presente en el early-return (corpus vacío tras scope). + c. ``empty_networks`` de maturity = kinds del data["empty_networks"]. + d. ``schema="1"`` intacto. + +3. ``snapshot`` — ``maturity`` en data: + a. Presente, scope="all", empty_networks=[]. + b. ``schema="1"`` intacto. + +4. ``read top`` — ``maturity`` en result: + a. Presente con corpus bib-coupling (co-cit vacía → maturity.empty_networks=["cocitation"]). + b. Presente con corpus co-citación (no vacía → maturity.empty_networks=[]). + c. Forma consistente (4 claves). + +5. Negativos — maturity AUSENTE en read list/stats/show. + +Marcador: ``unit`` (DuckDB en tmp_path, sin red real). +""" + +from __future__ import annotations + +import json +from pathlib import Path +from typing import Any + +import pyarrow as pa +import pytest +from click.testing import CliRunner + +from bib2graph.schemas import CORPUS_SCHEMA + +pytestmark = pytest.mark.unit + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helpers compartidos +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _row( + id: str, + *, + is_seed: bool = True, + curation_status: str = "candidate", + references_id: list[str] | None = None, + cited_by_id: list[str] | None = None, + keywords_id: list[str] | None = None, +) -> dict[str, Any]: + """Fila mínima con schema canónico completo.""" + return { + "id": id, + "source_id": None, + "doi": None, + "title": f"Paper {id}", + "year": 2020, + "abstract": None, + "source": None, + "language": None, + "publisher": None, + "research_areas": None, + "is_seed": is_seed, + "curation_status": curation_status, + "provenance": None, + "authors_raw": None, + "authors_id": None, + "authors_affiliations": None, + "keywords_raw": None, + "keywords_id": keywords_id, + "institutions_raw": None, + "institutions_id": None, + "references_id": references_id, + "references_doi": None, + "cited_by_id": cited_by_id, + } + + +def _make_corpus(*rows: dict[str, Any]): # type: ignore[no-untyped-def] + """Construye un Corpus en memoria desde filas dict.""" + from bib2graph.corpus import Corpus + + table = pa.Table.from_pylist(list(rows), schema=CORPUS_SCHEMA) + return Corpus.from_arrow(table) + + +def _seed_store(store_path: Path, rows: list[dict[str, Any]]) -> None: + """Persiste filas en un DuckDB temporal.""" + from bib2graph.corpus import Corpus + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) + corpus = Corpus.from_arrow(table) + store = DuckDBStore(store_path) + store.persist(corpus) + store.close() + + +def _init_workspace(tmp_path: Path, name: str = "test-ws") -> Any: + """Crea y devuelve un Workspace inicializado en tmp_path.""" + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / name + return Workspace.init(ws_dir, name) + + +def _seed_workspace(ws: Any, rows: list[dict[str, Any]]) -> None: + """Persiste filas en el store del workspace.""" + _seed_store(ws.library_path, rows) + + +def _rows_bib_coupling() -> list[dict[str, Any]]: + """3 papers con referencias compartidas (coupling); sin cited_by_id → coc vacía.""" + return [ + _row("P1", references_id=["R1", "R2", "R3"]), + _row("P2", references_id=["R1", "R3"]), + _row("P3", references_id=["R2"]), + ] + + +def _rows_cocitation() -> list[dict[str, Any]]: + """3 papers con cited_by_id → co-citación no vacía.""" + return [ + _row("P1", is_seed=True, cited_by_id=["C1", "C2"]), + _row("P2", is_seed=True, cited_by_id=["C1", "C3"]), + _row("P3", is_seed=True, cited_by_id=["C4"]), + ] + + +def _assert_maturity_shape(mat: dict[str, Any]) -> None: + """Verifica que el bloque maturity tenga exactamente las 4 claves esperadas.""" + assert set(mat.keys()) == { + "curated", + "scope", + "saturated", + "empty_networks", + }, f"Claves de maturity incorrectas: {set(mat.keys())}" + assert isinstance(mat["curated"], bool), "curated debe ser bool" + assert isinstance(mat["saturated"], bool), "saturated debe ser bool" + assert isinstance(mat["empty_networks"], list), "empty_networks debe ser list" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 1. compute_maturity — helper puro +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestComputeMaturity: + """Tests unitarios de la función pura compute_maturity.""" + + def test_curated_false_todo_candidate(self) -> None: + """corpus con solo candidates → curated=False.""" + from bib2graph.service.maturity import compute_maturity + + corpus = _make_corpus( + _row("P1", curation_status="candidate"), + _row("P2", curation_status="candidate"), + ) + mat = compute_maturity(corpus, scope="all", empty_network_kinds=[]) + assert mat["curated"] is False + + def test_curated_false_solo_seeds_candidate(self) -> None: + """corpus con seeds (is_seed=True) pero curation_status='candidate' → curated=False.""" + from bib2graph.service.maturity import compute_maturity + + corpus = _make_corpus( + _row("P1", is_seed=True, curation_status="candidate"), + _row("P2", is_seed=True, curation_status="candidate"), + ) + mat = compute_maturity(corpus, scope="all", empty_network_kinds=[]) + assert mat["curated"] is False + + def test_curated_true_con_accepted(self) -> None: + """corpus con ≥1 accepted → curated=True.""" + from bib2graph.service.maturity import compute_maturity + + corpus = _make_corpus( + _row("P1", curation_status="candidate"), + _row("P2", curation_status="accepted"), + ) + mat = compute_maturity(corpus, scope="all", empty_network_kinds=[]) + assert mat["curated"] is True + + def test_curated_true_con_rejected(self) -> None: + """corpus con ≥1 rejected → curated=True.""" + from bib2graph.service.maturity import compute_maturity + + corpus = _make_corpus( + _row("P1", curation_status="candidate"), + _row("P2", curation_status="rejected"), + ) + mat = compute_maturity(corpus, scope="all", empty_network_kinds=[]) + assert mat["curated"] is True + + def test_curated_true_con_accepted_y_rejected(self) -> None: + """corpus con accepted y rejected → curated=True.""" + from bib2graph.service.maturity import compute_maturity + + corpus = _make_corpus( + _row("P1", curation_status="accepted"), + _row("P2", curation_status="rejected"), + ) + mat = compute_maturity(corpus, scope="all", empty_network_kinds=[]) + assert mat["curated"] is True + + def test_saturated_siempre_false(self) -> None: + """saturated siempre es False, independientemente del corpus.""" + from bib2graph.service.maturity import compute_maturity + + corpus_curado = _make_corpus(_row("P1", curation_status="accepted")) + corpus_puro = _make_corpus(_row("P2", curation_status="candidate")) + + mat_curado = compute_maturity( + corpus_curado, scope="all", empty_network_kinds=[] + ) + mat_puro = compute_maturity(corpus_puro, scope="all", empty_network_kinds=[]) + + assert mat_curado["saturated"] is False + assert mat_puro["saturated"] is False + + def test_scope_se_pasa_literalmente(self) -> None: + """scope se propaga tal cual al bloque maturity.""" + from bib2graph.service.maturity import compute_maturity + + corpus = _make_corpus(_row("P1")) + + for token in ("all", "seeds", "accepted", None): + mat = compute_maturity(corpus, scope=token, empty_network_kinds=[]) + assert mat["scope"] == token, ( + f"scope esperado {token!r}, got {mat['scope']!r}" + ) + + def test_empty_network_kinds_se_pasan_literalmente(self) -> None: + """empty_network_kinds se propaga literalmente.""" + from bib2graph.service.maturity import compute_maturity + + corpus = _make_corpus(_row("P1")) + + mat_vacia = compute_maturity(corpus, scope="all", empty_network_kinds=[]) + assert mat_vacia["empty_networks"] == [] + + mat_con_kinds = compute_maturity( + corpus, + scope="all", + empty_network_kinds=["cocitation", "keyword_cooccurrence"], + ) + assert mat_con_kinds["empty_networks"] == ["cocitation", "keyword_cooccurrence"] + + def test_keyset_consistente_4_claves(self) -> None: + """El bloque maturity tiene exactamente 4 claves (nunca más, nunca menos).""" + from bib2graph.service.maturity import compute_maturity + + corpus = _make_corpus(_row("P1", curation_status="accepted")) + mat = compute_maturity(corpus, scope="all", empty_network_kinds=["cocitation"]) + _assert_maturity_shape(mat) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 2. build — maturity en data +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestBuildMaturity: + """``run_build`` incluye ``maturity`` en el dict devuelto.""" + + def test_maturity_presente_en_build_normal(self, tmp_path: Path) -> None: + """run_build con corpus no vacío incluye data['maturity'].""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path, _rows_bib_coupling()) + + data = run_build(store_path, out_dir=tmp_path / "nets") + + assert "maturity" in data, "data debe tener clave 'maturity'" + _assert_maturity_shape(data["maturity"]) + + def test_maturity_curated_false_en_build_todo_candidate( + self, tmp_path: Path + ) -> None: + """run_build con corpus de puros candidates → maturity.curated=False.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path, _rows_bib_coupling()) # todos candidate + + data = run_build(store_path, out_dir=tmp_path / "nets") + + assert data["maturity"]["curated"] is False + + def test_maturity_curated_true_en_build_con_accepted(self, tmp_path: Path) -> None: + """run_build con ≥1 accepted → maturity.curated=True.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + rows = [ + _row("P1", curation_status="accepted", references_id=["R1", "R2"]), + _row("P2", curation_status="candidate", references_id=["R1", "R3"]), + ] + _seed_store(store_path, rows) + + data = run_build(store_path, out_dir=tmp_path / "nets") + + assert data["maturity"]["curated"] is True + + def test_maturity_scope_coincide_con_data_scope(self, tmp_path: Path) -> None: + """maturity.scope coincide con data['scope'].""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path, _rows_bib_coupling()) + + data = run_build( + store_path, + out_dir=tmp_path / "nets", + scope_cli_token="seeds", + corpus_scope="seeds_only", + ) + + assert data["maturity"]["scope"] == data["scope"] == "seeds" + + def test_maturity_empty_networks_kinds_de_data_empty_networks( + self, tmp_path: Path + ) -> None: + """maturity.empty_networks son solo los kinds (sin reason/fix_command duplicados).""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + # Sin keywords_id → keyword_cooccurrence vacía + rows = [_row(f"P{i}", references_id=[f"R{i}", "RSHARED"]) for i in range(3)] + _seed_store(store_path, rows) + + data = run_build(store_path, out_dir=tmp_path / "nets") + + empty_kinds_in_data = [en["kind"] for en in data["empty_networks"]] + maturity_empty = data["maturity"]["empty_networks"] + + # Los kinds de maturity.empty_networks deben coincidir con data["empty_networks"] + assert set(maturity_empty) == set(empty_kinds_in_data), ( + f"maturity.empty_networks {maturity_empty!r} != " + f"data.empty_networks kinds {empty_kinds_in_data!r}" + ) + + # Maturity SOLO tiene los kinds (no reason ni fix_command) + for item in maturity_empty: + assert isinstance(item, str), ( + f"maturity.empty_networks debe contener strings, no dicts: {item!r}" + ) + + def test_maturity_saturated_false_en_build(self, tmp_path: Path) -> None: + """maturity.saturated siempre False en build.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path, _rows_bib_coupling()) + + data = run_build(store_path, out_dir=tmp_path / "nets") + + assert data["maturity"]["saturated"] is False + + def test_maturity_presente_en_early_return_corpus_vacio( + self, tmp_path: Path + ) -> None: + """Early-return (scope deja 0 papers) también incluye maturity.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + # Solo seeds; scope=accepted → corpus_filtrado vacío si ningún accepted + _seed_store( + store_path, + [_row("P1", is_seed=True, curation_status="candidate")], + ) + + run_build( + store_path, + out_dir=tmp_path / "nets", + corpus_scope="accepted", + ) + + # Early-return: corpus_scope='accepted' deja 0 papers (P1 es seed pero candidate, + # el scope 'accepted' incluye is_seed=True → P1 SÍ entra. + # Probamos con corpus_scope='seeds_only' y corpus sin seeds: + store_path2 = tmp_path / "lib2.duckdb" + _seed_store( + store_path2, + [_row("C1", is_seed=False, curation_status="candidate")], + ) + data2 = run_build( + store_path2, + out_dir=tmp_path / "nets2", + corpus_scope="seeds_only", + ) + + assert "maturity" in data2, "Early-return debe incluir 'maturity'" + _assert_maturity_shape(data2["maturity"]) + assert data2["maturity"]["saturated"] is False + + def test_build_schema_1_intacto_con_maturity(self, tmp_path: Path) -> None: + """build --json: schema='1' intacto después de agregar maturity.""" + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + _seed_workspace(ws, _rows_bib_coupling()) + + from bib2graph.cli import b2g + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws_dir), "build", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0, f"Error: {result.output}" + envelope = json.loads(result.output) + assert envelope["schema"] == "1" + assert envelope["ok"] is True + assert "maturity" in envelope["data"] + + def test_build_json_maturity_no_tiene_reason_fix_command( + self, tmp_path: Path + ) -> None: + """maturity en --json NO duplica reason/fix_command de empty_networks.""" + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + # Sin keywords_id → keyword_cooccurrence vacía + rows = [_row(f"P{i}", references_id=[f"R{i}", "RS"]) for i in range(3)] + _seed_workspace(ws, rows) + + from bib2graph.cli import b2g + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws_dir), "build", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0 + envelope = json.loads(result.output) + mat = envelope["data"]["maturity"] + + # maturity.empty_networks son strings (kinds), no dicts + for item in mat["empty_networks"]: + assert isinstance(item, str), ( + f"maturity.empty_networks deben ser strings: {item!r}" + ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 3. snapshot — maturity en data +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestSnapshotMaturity: + """``run_snapshot`` incluye ``maturity`` en el dict devuelto.""" + + def test_maturity_presente_en_snapshot(self, tmp_path: Path) -> None: + """run_snapshot incluye data['maturity'].""" + from bib2graph.cli.commands.snapshot import run_snapshot + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path, _rows_bib_coupling()) + + snap_dir = tmp_path / "snapshots" + data = run_snapshot(store_path, out_dir=snap_dir) + + assert "maturity" in data, "data debe tener clave 'maturity'" + _assert_maturity_shape(data["maturity"]) + + def test_snapshot_maturity_scope_all(self, tmp_path: Path) -> None: + """snapshot: maturity.scope='all' (exporta completo).""" + from bib2graph.cli.commands.snapshot import run_snapshot + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path, _rows_bib_coupling()) + + data = run_snapshot(store_path, out_dir=tmp_path / "snaps") + + assert data["maturity"]["scope"] == "all" + + def test_snapshot_maturity_empty_networks_vacia(self, tmp_path: Path) -> None: + """snapshot: maturity.empty_networks=[] (snapshot no sabe de redes).""" + from bib2graph.cli.commands.snapshot import run_snapshot + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path, _rows_bib_coupling()) + + data = run_snapshot(store_path, out_dir=tmp_path / "snaps") + + assert data["maturity"]["empty_networks"] == [] + + def test_snapshot_maturity_curated_false_todo_candidate( + self, tmp_path: Path + ) -> None: + """snapshot con corpus de candidates → maturity.curated=False.""" + from bib2graph.cli.commands.snapshot import run_snapshot + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path, _rows_bib_coupling()) + + data = run_snapshot(store_path, out_dir=tmp_path / "snaps") + + assert data["maturity"]["curated"] is False + + def test_snapshot_maturity_curated_true_con_accepted(self, tmp_path: Path) -> None: + """snapshot con ≥1 accepted → maturity.curated=True.""" + from bib2graph.cli.commands.snapshot import run_snapshot + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + rows = [ + _row("P1", curation_status="accepted"), + _row("P2", curation_status="candidate"), + ] + _seed_store(store_path, rows) + + data = run_snapshot(store_path, out_dir=tmp_path / "snaps") + + assert data["maturity"]["curated"] is True + + def test_snapshot_maturity_saturated_false(self, tmp_path: Path) -> None: + """snapshot: maturity.saturated=False.""" + from bib2graph.cli.commands.snapshot import run_snapshot + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path, _rows_bib_coupling()) + + data = run_snapshot(store_path, out_dir=tmp_path / "snaps") + + assert data["maturity"]["saturated"] is False + + def test_snapshot_schema_1_intacto(self, tmp_path: Path) -> None: + """snapshot --json: schema='1' intacto después de agregar maturity.""" + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + _seed_workspace(ws, _rows_bib_coupling()) + + from bib2graph.cli import b2g + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws_dir), "snapshot", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0, f"Error: {result.output}" + envelope = json.loads(result.output) + assert envelope["schema"] == "1" + assert envelope["ok"] is True + assert "maturity" in envelope["data"] + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 4. read top — maturity en result +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestReadTopMaturity: + """``get_top`` incluye ``maturity`` en el result.""" + + def test_maturity_presente_en_get_top(self, tmp_path: Path) -> None: + """get_top incluye result['maturity'].""" + from bib2graph.service.reads import get_top + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_workspace(ws, _rows_bib_coupling()) + + result = get_top(ws, n=3, kind="bibliographic_coupling") + + assert "maturity" in result, "result debe tener clave 'maturity'" + _assert_maturity_shape(result["maturity"]) + + def test_read_top_maturity_scope_all(self, tmp_path: Path) -> None: + """read top: maturity.scope='all'.""" + from bib2graph.service.reads import get_top + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_workspace(ws, _rows_bib_coupling()) + + result = get_top(ws, n=3, kind="bibliographic_coupling") + + assert result["maturity"]["scope"] == "all" + + def test_read_top_maturity_cocitacion_vacia_en_empty_networks( + self, tmp_path: Path + ) -> None: + """read top con co-citación vacía → maturity.empty_networks=['cocitation'].""" + from bib2graph.service.reads import get_top + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_workspace(ws, _rows_bib_coupling()) # sin cited_by_id → coc vacía + + result = get_top(ws, n=3, kind="bibliographic_coupling") + + assert result["maturity"]["empty_networks"] == ["cocitation"], ( + f"Expected ['cocitation'], got {result['maturity']['empty_networks']!r}" + ) + + def test_read_top_maturity_cocitacion_llena_empty_networks_vacia( + self, tmp_path: Path + ) -> None: + """read top con co-citación no vacía → maturity.empty_networks=[].""" + from bib2graph.service.reads import get_top + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_workspace(ws, _rows_cocitation()) + + result = get_top(ws, n=5, kind="cocitation") + + assert result["maturity"]["empty_networks"] == [] + + def test_read_top_maturity_curated_false_todo_candidate( + self, tmp_path: Path + ) -> None: + """read top con corpus de candidates → maturity.curated=False.""" + from bib2graph.service.reads import get_top + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_workspace(ws, _rows_bib_coupling()) + + result = get_top(ws, n=3) + + assert result["maturity"]["curated"] is False + + def test_read_top_maturity_curated_true_con_accepted(self, tmp_path: Path) -> None: + """read top con ≥1 accepted → maturity.curated=True.""" + from bib2graph.service.reads import get_top + + ws = _init_workspace(tmp_path) + rows = [ + _row("P1", curation_status="accepted", references_id=["R1", "R2"]), + _row("P2", curation_status="candidate", references_id=["R1", "R3"]), + ] + _seed_workspace(ws, rows) + + result = get_top(ws, n=3) + + assert result["maturity"]["curated"] is True + + def test_read_top_maturity_saturated_false(self, tmp_path: Path) -> None: + """read top: maturity.saturated=False.""" + from bib2graph.service.reads import get_top + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_workspace(ws, _rows_bib_coupling()) + + result = get_top(ws, n=3) + + assert result["maturity"]["saturated"] is False + + def test_read_top_schema_1_intacto_con_maturity(self, tmp_path: Path) -> None: + """read top --json: schema='1' intacto después de agregar maturity.""" + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + _seed_workspace(ws, _rows_bib_coupling()) + + from bib2graph.cli import b2g + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws_dir), "read", "top", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0, f"Error: {result.output}" + envelope = json.loads(result.output) + assert envelope["schema"] == "1" + assert envelope["ok"] is True + assert "maturity" in envelope["data"] + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 5. Negativos — maturity AUSENTE en read list/stats/show +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestMaturityAusenteEnOtrasLecturas: + """maturity solo aparece en build/snapshot/read top, NO en list/stats/show.""" + + def test_maturity_ausente_en_list_papers(self, tmp_path: Path) -> None: + """list_papers NO incluye 'maturity' (es plomería, no presentación).""" + from bib2graph.service.reads import list_papers + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_workspace(ws, _rows_bib_coupling()) + + result = list_papers(ws) + + assert "maturity" not in result, ( + "list_papers NO debe tener 'maturity'; es solo para build/snapshot/read top" + ) + + def test_maturity_ausente_en_corpus_stats(self, tmp_path: Path) -> None: + """corpus_stats NO incluye 'maturity'.""" + from bib2graph.service.reads import corpus_stats + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_workspace(ws, _rows_bib_coupling()) + + result = corpus_stats(ws) + + assert "maturity" not in result, "corpus_stats NO debe tener 'maturity'" + + def test_maturity_ausente_en_get_paper(self, tmp_path: Path) -> None: + """get_paper NO incluye 'maturity'.""" + from bib2graph.service.reads import get_paper + + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_workspace(ws, _rows_bib_coupling()) + + result = get_paper(ws, "P1") + + assert "maturity" not in result, "get_paper NO debe tener 'maturity'" From 58ec4d1f90293b278ce516c8842bcf3812fa9fb1 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sat, 27 Jun 2026 21:37:57 -0500 Subject: [PATCH 11/27] =?UTF-8?q?test(resolve):=20paridad=20resolve=20vs?= =?UTF-8?q?=20seed=20--resolve=20(fuente=20=C3=BAnica=20para=20#165)=20(#1?= =?UTF-8?q?61)=20(#174)?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Sub-issue del epic #167 (ADR 0038). resolve y seed --from-bib --resolve ya comparten la fuente única service/resolve.py::_resolve_dois_on_store (desde ADR 0035); este test de paridad certifica que ambos caminos producen el mismo mapa doi→source_id, blindando el retiro del verbo resolve en #165. resolve queda intacto (su retiro/aviso es #165). Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- tests/unit/test_parity_resolve_paths.py | 167 ++++++++++++++++++++++++ 1 file changed, 167 insertions(+) create mode 100644 tests/unit/test_parity_resolve_paths.py diff --git a/tests/unit/test_parity_resolve_paths.py b/tests/unit/test_parity_resolve_paths.py new file mode 100644 index 0000000..f190cf8 --- /dev/null +++ b/tests/unit/test_parity_resolve_paths.py @@ -0,0 +1,167 @@ +"""Paridad DOI->source_id entre camino separado y camino encadenado (guardia #165). + +Verifica que el mismo .bib procesado por dos rutas distintas produce +exactamente los mismos ``source_id`` resueltos en el corpus: + + Camino A (separado): + run_seed_from_bib(store_a, bib) # sin resolve + run_resolve(store_a, transport=mock) # resolve explicito post-seed + + Camino B (encadenado): + run_seed_from_bib(store_b, bib, resolve=True, transport=mock) + +Ambos caminos delegan en ``service.resolve._resolve_dois_on_store`` (ADR 0035, +fuente unica): la diferencia es cuando se abre/cierra el store. Si la fuente +unica es verdaderamente compartida, los resultados deben ser identicos. + +Esta es la red de seguridad para que #165 retire el verbo ``resolve`` sin +reconciliar: un fallo aqui indica que los dos caminos divergieron y hay +duplicacion real de logica que reconciliar antes de retirar el verbo. + +Marcador: ``unit`` (DuckDB real en tmp_path, sin red real; MockTransport para OA). +""" + +from __future__ import annotations + +from pathlib import Path +from typing import Any + +import httpx +import pytest + +from bib2graph.constants import Col + +pytestmark = pytest.mark.unit + +# --------------------------------------------------------------------------- +# BibTeX de prueba: 2 papers con DOI, 1 sin DOI +# --------------------------------------------------------------------------- + +BIB_PARITY = """\ +@article{paper_a, + author = {Autor, Uno}, + title = {Paper A con DOI}, + journal = {Test Journal}, + year = {2020}, + doi = {10.1234/paper-a}, +} + +@article{paper_b, + author = {Autor, Dos}, + title = {Paper B con DOI}, + journal = {Test Journal}, + year = {2021}, + doi = {10.5678/paper-b}, +} + +@article{paper_c, + author = {Autor, Tres}, + title = {Paper C sin DOI}, + journal = {Test Journal}, + year = {2022}, +} +""" + +# Mock works: OpenAlex resuelve los 2 DOIs del .bib a source_ids conocidos +_WORKS_MOCK: list[dict[str, Any]] = [ + {"id": "https://openalex.org/WP001", "doi": "https://doi.org/10.1234/paper-a"}, + {"id": "https://openalex.org/WP002", "doi": "https://doi.org/10.5678/paper-b"}, +] + + +def _make_mock_transport(works: list[dict[str, Any]]) -> httpx.MockTransport: + """MockTransport estatico: responde siempre con la lista completa de works. + + No simula paginacion (next_cursor=None), lo que es correcto para lotes + de <=100 DOIs sin cursor. El handler es idempotente: devuelve los mismos + works en cualquier request, permitiendo que el test use una instancia + por camino. + """ + + def handler(request: httpx.Request) -> httpx.Response: + body = { + "results": works, + "meta": {"count": len(works), "next_cursor": None}, + } + return httpx.Response( + 200, + json=body, + headers={"x-openalex-api-version": "2026-05-01"}, + ) + + return httpx.MockTransport(handler) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helpers +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _load_doi_to_source_id(store_path: Path) -> dict[str | None, str | None]: + """Abre el store, extrae el mapa doi->source_id y cierra.""" + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + store = DuckDBStore(store_path) + rows = store.load().to_arrow().to_pylist() + store.close() + return {r[Col.DOI]: r[Col.SOURCE_ID] for r in rows} + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Test de paridad +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_parity_seed_resolve_separado_vs_encadenado(tmp_path: Path) -> None: + """Paridad: seed+resolve separados == seed --resolve encadenado. + + Camino A: run_seed_from_bib(store_a, bib) luego run_resolve(store_a, mock) + Camino B: run_seed_from_bib(store_b, bib, resolve=True, transport=mock) + + El assert principal es que el mapa doi->source_id es identico en ambos + stores. Los asserts secundarios verifican valores concretos para que el + test falle con mensaje claro si cambia la logica de resolucion. + """ + from bib2graph.cli.commands.resolve import run_resolve + from bib2graph.cli.commands.seed import run_seed_from_bib + + bib_path = tmp_path / "parity.bib" + bib_path.write_text(BIB_PARITY, encoding="utf-8") + + store_path_a = tmp_path / "store_a.duckdb" + store_path_b = tmp_path / "store_b.duckdb" + + # -- Camino A: dos operaciones secuenciales (store abre y cierra dos veces) -- + run_seed_from_bib(store_path_a, bib_path) + run_resolve(store_path_a, transport=_make_mock_transport(_WORKS_MOCK)) + + # -- Camino B: operacion encadenada (store abre y cierra una sola vez) ---- + run_seed_from_bib( + store_path_b, + bib_path, + resolve=True, + transport=_make_mock_transport(_WORKS_MOCK), + ) + + # -- Comparar resultados --------------------------------------------------- + map_a = _load_doi_to_source_id(store_path_a) + map_b = _load_doi_to_source_id(store_path_b) + + assert map_a == map_b, ( + "Los dos caminos producen source_id distintos -- " + "_resolve_dois_on_store ya no es la fuente unica compartida.\n" + f" Camino A (separado): {map_a}\n" + f" Camino B (encadenado): {map_b}" + ) + + # Asserts concretos: los DOIs conocidos deben resolverse al source_id correcto + assert map_a["10.1234/paper-a"] == "WP001", ( + f"DOI 10.1234/paper-a esperaba WP001, obtuvo {map_a['10.1234/paper-a']!r}" + ) + assert map_a["10.5678/paper-b"] == "WP002", ( + f"DOI 10.5678/paper-b esperaba WP002, obtuvo {map_a['10.5678/paper-b']!r}" + ) + # Paper sin DOI no debe tener source_id (None key en el mapa) + assert map_a[None] is None, ( + f"Paper sin DOI no deberia tener source_id, obtuvo {map_a[None]!r}" + ) From 6541663a29eaf41f3427f9dd1370dda7a994c5dd Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sat, 27 Jun 2026 22:26:47 -0500 Subject: [PATCH 12/27] feat(chain): absorber monitor como chain --since (forrajeo incremental) (#158) (#176) MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Sub-issue del epic #167 (ADR 0037 c). - chain --since (forrajeo incremental): acepta fecha ISO YYYY-MM-DD y atajos relativos (90d/6m/1y); resuelve la ventana contra now inyectado en la frontera (R2/ADR 0017). --since fuerza forward (backward+since → UsageError; both+since → forward). chain --since transiciona a MONITORED; chain normal → FORAGED (no existe CHAINED). Vía apply_transition (fuente única, sin estados nuevos). - Plumbing nuevo de la ventana: Forager.chain(since=) → _fetch_forward → fetch_citing_batch(since=) agrega from_publication_date: al filtro cites:; sin since el comportamiento es idéntico al previo (**_since_kw no rompe sources mock). - new_candidates aditivo (siempre). Guarda de corpus vacío portada de monitor. - monitor suelto INTACTO pero delega en run_chain(_fsm_action="monitor") → fuente única. CAMBIO DE COMPORTAMIENTO: monitor ahora deduplica post-merge (persist_replace + normalize_and_dedup), antes no; más consistente con el pipeline. Su retiro/aviso es #165. Docs de contrato (chain --since) se consolidan en #166. Invariante: schema="1", exit codes, FSM (apply_transition) intactos; campos aditivos. Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- src/bib2graph/cli/_options.py | 74 ++- src/bib2graph/cli/commands/chain.py | 82 ++- src/bib2graph/cli/commands/monitor.py | 86 +--- src/bib2graph/foraging/forager.py | 18 +- src/bib2graph/sources/openalex.py | 26 +- tests/unit/test_chain_since.py | 688 ++++++++++++++++++++++++++ 6 files changed, 891 insertions(+), 83 deletions(-) create mode 100644 tests/unit/test_chain_since.py diff --git a/src/bib2graph/cli/_options.py b/src/bib2graph/cli/_options.py index 72fe1fb..78897ee 100644 --- a/src/bib2graph/cli/_options.py +++ b/src/bib2graph/cli/_options.py @@ -1,8 +1,9 @@ """cli._options — Opciones Click compartidas entre subcomandos. -Define el decorador ``json_option`` (una sola declaración del flag ``--json``) -y los helpers ``_env_truthy`` / ``json_mode`` para resolver el modo JSON desde -el flag local o la variable de entorno ``B2G_JSON``. +Define el decorador ``json_option`` (una sola declaración del flag ``--json``), +los helpers ``_env_truthy`` / ``json_mode`` para resolver el modo JSON desde +el flag local o la variable de entorno ``B2G_JSON``, y ``parse_since`` para +convertir el flag ``--since`` de ``chain`` en un ``date`` concreto. Precedencia para activar el modo JSON: 1. ``--json`` explícito en el comando (flag local ``json_output=True``). @@ -19,13 +20,19 @@ from __future__ import annotations import os +import re from collections.abc import Callable +from datetime import date, timedelta from typing import Any, TypeVar import click F = TypeVar("F", bound=Callable[..., Any]) +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helpers de modo JSON +# --------------------------------------------------------------------------- + def _env_truthy(name: str) -> bool: """Devuelve True si la variable de entorno ``name`` está seteada y es truthy. @@ -86,3 +93,64 @@ def json_option(func: F) -> F: default=False, help="Salida JSON estructurada (también activado por B2G_JSON=1).", )(func) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helper de --since +# --------------------------------------------------------------------------- + +_RELATIVE_RE = re.compile(r"^(\d+)(d|m|y)$", re.IGNORECASE) + +_DAYS_PER_UNIT: dict[str, int] = { + "d": 1, + "m": 30, + "y": 365, +} + + +def parse_since(value: str, *, now: date | None = None) -> date: + """Parsea el valor de ``--since`` en un ``date`` concreto. + + Acepta dos formatos: + - Fecha ISO ``YYYY-MM-DD`` (p. ej. ``"2024-01-01"``). + - Atajo relativo ``Nd``, ``Nm``, ``Ny`` (p. ej. ``"90d"``, ``"6m"``, ``"1y"``). + El relativo se resuelve contra ``now`` o ``datetime.now(UTC).date()`` + inyectado en la frontera (R2/ADR 0017). + + La resolución del reloj se hace en la -frontera- (el comando Click), NO + dentro del núcleo ni del servicio. + + Args: + value: Cadena recibida del flag CLI. + now: Fecha base para relativos (inyectable en tests). Cuando es + ``None``, se usa ``date.today()`` (equivalente a ``datetime.now(UTC).date()``). + + Returns: + Fecha resuelta como ``date``. + + Raises: + UsageError: Si el formato no es reconocido. + """ + from bib2graph.service.errors import UsageError + + value = value.strip() + + # Intento ISO primero + try: + return date.fromisoformat(value) + except ValueError: + pass + + # Intento relativo + m = _RELATIVE_RE.match(value) + if m: + n = int(m.group(1)) + unit = m.group(2).lower() + base = now if now is not None else date.today() + delta_days = n * _DAYS_PER_UNIT[unit] + return base - timedelta(days=delta_days) + + raise UsageError( + f"Formato de --since no reconocido: {value!r}. " + "Usá una fecha ISO (YYYY-MM-DD) o un atajo relativo (90d, 6m, 1y)." + ) diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/chain.py b/src/bib2graph/cli/commands/chain.py index 9d2ec7d..b6d0c62 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/chain.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/chain.py @@ -6,14 +6,14 @@ from __future__ import annotations -from datetime import UTC, datetime +from datetime import UTC, date, datetime from pathlib import Path from typing import Any, Literal import click from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human -from bib2graph.cli._errors import DependencyError, handle_errors +from bib2graph.cli._errors import DataError, DependencyError, UsageError, handle_errors from bib2graph.cli._ingest import normalize_and_dedup from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_library_path @@ -33,6 +33,8 @@ def run_chain( email: str | None = None, transport: Any = None, preview: bool = False, + since: date | None = None, + _fsm_action: str | None = None, ) -> dict[str, Any]: """Expande el corpus con candidatos rankeados por information scent. @@ -73,10 +75,31 @@ def run_chain( max_candidates=max_candidates, ) + # Validación de --since: backward + since no tiene sentido. + if since is not None and direction == "backward": + raise UsageError( + "--since no es compatible con --direction backward. " + "Usá --direction forward (o 'both', donde la ventana aplica solo al tramo forward)." + ) + + # Cuando since está activo con direction='both', la ventana aplica solo + # al tramo forward — opción más simple y clara (ADR 0037 §c). + effective_direction = direction + if since is not None and direction == "both": + effective_direction = "forward" + from bib2graph.cycle import apply_transition from bib2graph.foraging import Forager from bib2graph.sources.openalex import OpenAlexSource + # Selección de acción FSM: "monitor" si --since activo O si se fuerza + # desde run_monitor (_fsm_action="monitor"); sino "chain" → FORAGED. + fsm_action = ( + _fsm_action + if _fsm_action is not None + else ("monitor" if since is not None else "chain") + ) + merged_backend_close = None store = open_store(store_path) try: @@ -86,7 +109,23 @@ def run_chain( # no un literal en el comando (ADR 0016 enmendado §1). current_state = store.backend.loop_state() current_round = store.backend.loop_round() - new_state, new_round = apply_transition(current_state, "chain", current_round) + + # Guarda corpus vacío (portada de monitor, ADR 0037 §c). + if fsm_action == "monitor": + if current_state is None: + raise DataError( + "No hay corpus ni estado previo en el store. " + "Iniciá la investigación con 'b2g seed' antes de monitorear." + ) + if len(corpus) == 0: + raise DataError( + "El corpus está vacío. " + "Usá 'b2g seed' para sembrar papers antes de monitorear." + ) + + new_state, new_round = apply_transition( + current_state, fsm_action, current_round + ) source = OpenAlexSource(email=email, transport=transport) @@ -95,7 +134,7 @@ def run_chain( # antes de entrar al Forager — así un ``AttributeError`` genuino que surja # dentro de chain/merge/_fetch_forward no queda disfrazado de "source no # soporta forward" (exit 3). - if direction in ("forward", "both") and not ( + if effective_direction in ("forward", "both") and not ( hasattr(source, "fetch_citing_batch") or hasattr(source, "fetch_citing") ): raise DependencyError( @@ -112,7 +151,7 @@ def run_chain( max_candidates=max_candidates, max_citing_per_paper=max_citing_per_paper, ) - ranked = forager.chain(corpus, direction=direction) + ranked = forager.chain(corpus, direction=effective_direction, since=since) except NotImplementedError as exc: raise DependencyError( f"Profundidad {depth} no soportada aún: {exc}. Usá depth=1 (por defecto)." @@ -126,6 +165,13 @@ def run_chain( ranking_preview = [ {"id": id_, "scent": scent} for id_, scent in ranked.ranking[:10] ] + # Calcular genuinamente nuevos vs corpus (reusado de monitor, ADR 0037 §c). + existing_ids = set(corpus.to_arrow().column("id").to_pylist()) + new_candidates_count = sum( + 1 + for id_ in ranked.corpus.to_arrow().column("id").to_pylist() + if id_ not in existing_ids + ) # Merge primero, dedup después sobre el corpus COMPLETO (fix cross-biblioteca, #88). # Los IDs backward (ranked.observed_refs) NO van al corpus — se persisten en la # tabla auxiliar ``referenced_but_not_fetched`` (#54, opción B). @@ -155,11 +201,14 @@ def run_chain( return { "candidates_found": candidates_found, + "new_candidates": new_candidates_count, "total_papers": total_papers, - "direction": direction, + "direction": effective_direction, "depth": depth, "ranking_preview": ranking_preview, "observed_refs_count": len(ranked.observed_refs), + "loop_state": new_state.value, + "round": new_round, } @@ -284,6 +333,17 @@ def _run_chain_preview( "indica que se necesita fetch." ), ) +@click.option( + "--since", + "since_str", + default=None, + help=( + "Forrajeo incremental: solo trae citantes publicados desde esta fecha. " + "Acepta fecha ISO (YYYY-MM-DD) o atajo relativo (90d, 6m, 1y). " + "Fuerza direction=forward y transiciona a MONITORED (no a FORAGED). " + "Incompatible con --direction backward." + ), +) @json_option @click.pass_context @handle_errors("chain") @@ -295,6 +355,7 @@ def chain_cmd( max_citing_per_paper: int, email: str | None, preview: bool, + since_str: str | None, json_output: bool, ) -> None: """Expande el corpus con candidatos rankeados por information scent. @@ -302,7 +363,15 @@ def chain_cmd( Con --preview (dry-run), solo muestra la estimación de crecimiento sin tocar la red ni el corpus. Sin --preview, transiciona el estado a FORAGED. """ + from bib2graph.cli._options import parse_since + store_path = resolve_library_path(ctx.obj) + + # Parsear --since en la frontera (R2/ADR 0017): el reloj se fija aquí. + since: date | None = None + if since_str is not None: + since = parse_since(since_str, now=datetime.now(UTC).date()) + data = run_chain( store_path, direction=direction, # type: ignore[arg-type] @@ -311,6 +380,7 @@ def chain_cmd( max_citing_per_paper=max_citing_per_paper, email=email, preview=preview, + since=since, ) if json_mode(json_output): diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/monitor.py b/src/bib2graph/cli/commands/monitor.py index 257ff7a..bd14255 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/monitor.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/monitor.py @@ -7,6 +7,11 @@ Requiere que el corpus tenga al menos una semilla con ``source_id`` conocido (de lo contrario el forward chaining no encuentra nada). Si no hay corpus ni estado previo, falla con un error accionable. + +**Implementación:** ``run_monitor`` es ahora un delegador fino sobre +``run_chain`` (con ``_fsm_action="monitor"``), garantizando fuente única +de la lógica de forrajeo (ADR 0037 §c). La retirada formal de este +subcomando es el issue #165. """ from __future__ import annotations @@ -17,9 +22,9 @@ import click from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human -from bib2graph.cli._errors import DataError, handle_errors +from bib2graph.cli._errors import handle_errors from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option -from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_library_path +from bib2graph.cli._store import resolve_library_path # --------------------------------------------------------------------------- # Función núcleo (testeable, sin Click) @@ -34,11 +39,9 @@ def run_monitor( ) -> dict[str, Any]: """Re-chequea OpenAlex por nuevos citantes del corpus y transiciona a MONITORED. - Usa forward chaining (``Forager`` con ``direction="forward"``, que usa - ``fetch_citing_batch`` del source, batcheado y con cap por semilla) para - encontrar nuevos papers que citan al corpus. - Mergea los candidatos nuevos a la biblioteca viva y transiciona el estado a - MONITORED vía ``apply_transition(current_state, "monitor", current_round)``. + Delega en ``run_chain`` con ``direction="forward"`` y + ``_fsm_action="monitor"`` para mantener fuente única de la lógica de + forrajeo (ADR 0037 §c). Args: store_path: Ruta al archivo ``.duckdb``. @@ -53,63 +56,20 @@ def run_monitor( NetworkError: Si falla la conexión a OpenAlex. StoreError: Si el store está bloqueado. """ - from bib2graph.cycle import apply_transition - from bib2graph.foraging import Forager - from bib2graph.sources.openalex import OpenAlexSource - - merged_backend_close = None - store = open_store(store_path) - try: - current_state = store.backend.loop_state() - current_round = store.backend.loop_round() - - # Error accionable: monitor requiere un corpus previo sembrado. - if current_state is None: - raise DataError( - "No hay corpus ni estado previo en el store. " - "Iniciá la investigación con 'b2g seed' antes de monitorear." - ) - - corpus = store.load() - if len(corpus) == 0: - raise DataError( - "El corpus está vacío. " - "Usá 'b2g seed' para sembrar papers antes de monitorear." - ) - - new_state, new_round = apply_transition(current_state, "monitor", current_round) - - source = OpenAlexSource(email=email, transport=transport) - - # Forward chaining: nuevos citantes del corpus. - forager = Forager(source, depth=1) - ranked = forager.chain(corpus, direction="forward") - - # Calcular cuántos son genuinamente nuevos (no estaban en el corpus). - existing_ids = set(corpus.to_arrow().column("id").to_pylist()) - new_candidate_ids = [ - id_ - for id_ in ranked.corpus.to_arrow().column("id").to_pylist() - if id_ not in existing_ids - ] - new_candidates_count = len(new_candidate_ids) - - # Merge de candidatos nuevos y persistencia. - merged = corpus.merge(ranked.corpus) - total_papers = len(merged) - merged_backend_close = getattr(merged._backend, "close", None) - store.persist(merged) - store.backend.set_loop_state(new_state, cycle_round=new_round) - finally: - if merged_backend_close is not None: - merged_backend_close() - store.close() - + from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain + + result = run_chain( + store_path, + direction="forward", + email=email, + transport=transport, + _fsm_action="monitor", + ) return { - "new_candidates": new_candidates_count, - "total_papers": total_papers, - "loop_state": new_state.value, - "round": new_round, + "new_candidates": result["new_candidates"], + "total_papers": result["total_papers"], + "loop_state": result["loop_state"], + "round": result["round"], } diff --git a/src/bib2graph/foraging/forager.py b/src/bib2graph/foraging/forager.py index 8a924ec..92b78b7 100644 --- a/src/bib2graph/foraging/forager.py +++ b/src/bib2graph/foraging/forager.py @@ -41,7 +41,7 @@ from __future__ import annotations -from datetime import UTC, datetime +from datetime import UTC, date, datetime from typing import Any import pyarrow as pa @@ -274,6 +274,7 @@ def chain( corpus: Corpus, *, direction: Direction = "both", + since: date | None = None, ) -> RankedCandidates: """Computa candidatos rankeados por *information scent*. @@ -315,7 +316,9 @@ def chain( bwd_observed.add(ref_id) if direction in ("forward", "both"): - fwd_scent, fwd_rows = self._fetch_forward(rows, fetched_at=fetched_at) + fwd_scent, fwd_rows = self._fetch_forward( + rows, fetched_at=fetched_at, since=since + ) for cand_id, scent_val in fwd_scent.items(): combined_scent[cand_id] = combined_scent.get(cand_id, 0.0) + scent_val if cand_id not in fwd_candidate_rows: @@ -379,6 +382,7 @@ def _fetch_forward( corpus_rows: list[dict[str, Any]], *, fetched_at: str, + since: date | None = None, ) -> tuple[dict[str, float], dict[str, dict[str, Any]]]: """Trae citantes via batcheo y calcula scent forward. @@ -453,24 +457,26 @@ def _fetch_forward( unit="lote", leave=False, ) as pbar: + _since_kw = {"since": since} if since is not None else {} if use_with_works: citing_dict, works_map = self._source.fetch_citing_batch_with_works( - seed_ids, max_per_paper=self._max_citing_per_paper + seed_ids, max_per_paper=self._max_citing_per_paper, **_since_kw ) else: citing_dict = self._source.fetch_citing_batch( - seed_ids, max_per_paper=self._max_citing_per_paper + seed_ids, max_per_paper=self._max_citing_per_paper, **_since_kw ) works_map = {} pbar.update(1) except ImportError: + _since_kw = {"since": since} if since is not None else {} if use_with_works: citing_dict, works_map = self._source.fetch_citing_batch_with_works( - seed_ids, max_per_paper=self._max_citing_per_paper + seed_ids, max_per_paper=self._max_citing_per_paper, **_since_kw ) else: citing_dict = self._source.fetch_citing_batch( - seed_ids, max_per_paper=self._max_citing_per_paper + seed_ids, max_per_paper=self._max_citing_per_paper, **_since_kw ) works_map = {} diff --git a/src/bib2graph/sources/openalex.py b/src/bib2graph/sources/openalex.py index a708ac9..15133c7 100644 --- a/src/bib2graph/sources/openalex.py +++ b/src/bib2graph/sources/openalex.py @@ -26,7 +26,7 @@ import os import re import time -from datetime import UTC, datetime +from datetime import UTC, date, datetime from typing import Any import httpx @@ -921,6 +921,7 @@ def _fetch_citing_pages( ids: list[str], *, max_per_paper: int | None = None, + since: date | None = None, ) -> tuple[dict[str, list[str]], dict[str, dict[str, Any]]]: """Núcleo compartido de paginación y atribución para los citantes en lote. @@ -934,6 +935,9 @@ def _fetch_citing_pages( ids: IDs cortos de OpenAlex ya normalizados (p. ej. ``["W111"]``). max_per_paper: Presupuesto máximo de citantes por semilla. ``None`` = sin tope. + since: Filtrar citantes publicados desde esta fecha + (``from_publication_date:YYYY-MM-DD`` en OpenAlex). ``None`` + = sin filtro de fecha. Returns: Tupla ``(attribution, works_map)`` donde: @@ -955,6 +959,8 @@ def _fetch_citing_pages( batch_acc: dict[str, set[str]] = {tid: set() for tid in lote} filter_str = "cites:" + "|".join(lote) + if since is not None: + filter_str += f",from_publication_date:{since.isoformat()}" cursor: str = "*" with self._client() as client: @@ -1006,7 +1012,11 @@ def _fetch_citing_pages( return result, works_map def fetch_citing_batch( - self, ids: list[str], *, max_per_paper: int | None = None + self, + ids: list[str], + *, + max_per_paper: int | None = None, + since: date | None = None, ) -> dict[str, list[str]]: """Trae en lote los citantes de varios papers usando ``cites:W1|W2|...``. @@ -1045,12 +1055,16 @@ def fetch_citing_batch( return {} normalized = [_oa_id_short(i) or i for i in ids] attribution, _ = self._fetch_citing_pages( - normalized, max_per_paper=max_per_paper + normalized, max_per_paper=max_per_paper, since=since ) return attribution def fetch_citing_batch_with_works( - self, ids: list[str], *, max_per_paper: int | None = None + self, + ids: list[str], + *, + max_per_paper: int | None = None, + since: date | None = None, ) -> tuple[dict[str, list[str]], dict[str, dict[str, Any]]]: """Como ``fetch_citing_batch`` pero conserva los objetos JSON completos. @@ -1080,7 +1094,9 @@ def fetch_citing_batch_with_works( if not ids: return {}, {} normalized = [_oa_id_short(i) or i for i in ids] - return self._fetch_citing_pages(normalized, max_per_paper=max_per_paper) + return self._fetch_citing_pages( + normalized, max_per_paper=max_per_paper, since=since + ) def _fetch_page_with_retry( self, diff --git a/tests/unit/test_chain_since.py b/tests/unit/test_chain_since.py new file mode 100644 index 0000000..bd514f0 --- /dev/null +++ b/tests/unit/test_chain_since.py @@ -0,0 +1,688 @@ +"""Tests TDD — issue #158: chain --since (forrajeo incremental). + +Verifica: +1. parse_since: ISO date y atajos relativos (90d, 6m, 1y). +2. chain --since -> MONITORED; chain sin --since -> FORAGED. +3. --since + direction=backward -> UsageError. +4. --since + direction=both -> forzado a forward (sin error). +5. new_candidates reportado en el envelope (campo aditivo). +6. Guarda corpus vacio cuando fsm_action="monitor". +7. run_monitor suelto sigue funcionando igual (delega en run_chain). +8. stdout puro: envelope una sola linea JSON (schema="1"). + +Marcador: unit (DuckDB en tmp_path, red mockeada con httpx.MockTransport). +""" + +from __future__ import annotations + +import json +from datetime import date, timedelta +from pathlib import Path +from typing import Any + +import httpx +import pyarrow as pa +import pytest + +from bib2graph.schemas import CORPUS_SCHEMA + +pytestmark = pytest.mark.unit + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helpers compartidos +# --------------------------------------------------------------------------- + +_FIXTURES_DIR = Path(__file__).resolve().parent.parent / "fixtures" +_SAMPLE_WORKS: list[dict[str, Any]] = json.loads( + (_FIXTURES_DIR / "sample_works.json").read_text(encoding="utf-8") +) + +# Citante genuinamente nuevo: cita al seed W2741809807, no esta en el corpus. +_CITING_NEW_WORK: dict[str, Any] = { + "id": "https://openalex.org/W8888888888", + "doi": None, + "title": "New paper citing the corpus seed", + "display_name": "New paper citing the corpus seed", + "publication_year": 2025, + "language": "en", + "abstract_inverted_index": None, + "authorships": [], + "keywords": [], + "referenced_works": [ + "https://openalex.org/W2741809807", + ], + "primary_location": {"source": {"display_name": "Test Journal"}}, + "type": "article", +} + + +def _make_row( + *, + id: str, + source_id: str | None = None, + is_seed: bool = True, + curation_status: str = "candidate", +) -> dict[str, Any]: + """Fila minima con schema canonico completo.""" + return { + "id": id, + "source_id": source_id, + "doi": None, + "title": f"Paper {id}", + "year": 2020, + "abstract": None, + "source": None, + "language": "en", + "publisher": None, + "research_areas": None, + "is_seed": is_seed, + "curation_status": curation_status, + "provenance": None, + "authors_raw": None, + "authors_id": None, + "authors_affiliations": None, + "keywords_raw": None, + "keywords_id": None, + "institutions_raw": None, + "institutions_id": None, + "references_id": None, + "references_doi": None, + "cited_by_id": None, + } + + +def _seed_store( + store_path: Path, + rows: list[dict[str, Any]] | None = None, + *, + state_action: str = "seed", +) -> None: + """Puebla un store DuckDB con filas y fija el estado del lazo.""" + from bib2graph.corpus import Corpus + from bib2graph.cycle import apply_transition + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + if rows is None: + rows = [ + _make_row(id="P1", source_id="W2741809807"), + _make_row(id="P2", source_id="W9999999999"), + ] + table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) + corpus = Corpus.from_arrow(table) + store = DuckDBStore(store_path) + store.persist(corpus) + new_state, new_round = apply_transition(None, state_action, 0) + store.backend.set_loop_state(new_state, cycle_round=new_round) + store.close() + + +def _make_citing_transport( + works: list[dict[str, Any]] | None = None, +) -> httpx.MockTransport: + """MockTransport que devuelve los works dados como citantes en la primera llamada.""" + if works is None: + works = [_CITING_NEW_WORK] + + calls: list[int] = [0] + + def handler(request: httpx.Request) -> httpx.Response: + calls[0] += 1 + body = ( + { + "results": works, + "meta": {"count": len(works), "next_cursor": None}, + } + if calls[0] == 1 + else {"results": [], "meta": {"count": 0, "next_cursor": None}} + ) + return httpx.Response( + 200, + json=body, + headers={"x-openalex-api-version": "2026-05-01"}, + ) + + return httpx.MockTransport(handler) + + +def _make_empty_transport() -> httpx.MockTransport: + """MockTransport que siempre devuelve sin resultados.""" + + def handler(request: httpx.Request) -> httpx.Response: + return httpx.Response( + 200, + json={"results": [], "meta": {"count": 0, "next_cursor": None}}, + headers={"x-openalex-api-version": "2026-05-01"}, + ) + + return httpx.MockTransport(handler) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 1. parse_since: ISO date y atajos relativos +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestParseSince: + """parse_since convierte string -> date para el flag --since.""" + + def test_iso_date(self) -> None: + """Fecha ISO YYYY-MM-DD -> date exacta.""" + from bib2graph.cli._options import parse_since + + result = parse_since("2024-01-15") + assert result == date(2024, 1, 15) + + def test_relativo_dias(self) -> None: + """90d resta 90 dias desde la fecha base inyectada.""" + from bib2graph.cli._options import parse_since + + now = date(2024, 6, 1) + result = parse_since("90d", now=now) + assert result == now - timedelta(days=90) + + def test_relativo_meses(self) -> None: + """6m resta 6*30 dias desde la fecha base.""" + from bib2graph.cli._options import parse_since + + now = date(2024, 6, 1) + result = parse_since("6m", now=now) + assert result == now - timedelta(days=180) + + def test_relativo_anios(self) -> None: + """1y resta 365 dias desde la fecha base.""" + from bib2graph.cli._options import parse_since + + now = date(2024, 6, 1) + result = parse_since("1y", now=now) + assert result == now - timedelta(days=365) + + def test_mayusculas_relativo(self) -> None: + """El atajo relativo es case-insensitive (90D, 6M, 1Y).""" + from bib2graph.cli._options import parse_since + + now = date(2024, 6, 1) + assert parse_since("90D", now=now) == parse_since("90d", now=now) + assert parse_since("6M", now=now) == parse_since("6m", now=now) + assert parse_since("1Y", now=now) == parse_since("1y", now=now) + + def test_formato_invalido_lanza_usage_error(self) -> None: + """Formato no reconocido lanza UsageError con mensaje accionable.""" + from bib2graph.cli._options import parse_since + from bib2graph.service.errors import UsageError + + with pytest.raises(UsageError, match="Formato de --since"): + parse_since("invalid-value") + + def test_formato_invalido_parcial(self) -> None: + """Fecha incompleta tambien lanza UsageError.""" + from bib2graph.cli._options import parse_since + from bib2graph.service.errors import UsageError + + with pytest.raises(UsageError): + parse_since("2024-01") # no es YYYY-MM-DD + + def test_iso_minimo_format(self) -> None: + """Fecha ISO de principio de anio.""" + from bib2graph.cli._options import parse_since + + result = parse_since("2024-01-01") + assert result == date(2024, 1, 1) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 2. chain --since -> MONITORED; chain normal -> FORAGED +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestChainSinceTransicion: + """chain --since transiciona a MONITORED; chain normal transiciona a FORAGED.""" + + def test_chain_normal_transiciona_a_foraged(self, tmp_path: Path) -> None: + """run_chain sin since -> FORAGED.""" + from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain + from bib2graph.cycle import CycleState + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path) + + run_chain( + store_path, + direction="forward", + transport=_make_empty_transport(), + ) + + store = DuckDBStore(store_path) + assert store.backend.loop_state() == CycleState.FORAGED + store.close() + + def test_chain_since_transiciona_a_monitored(self, tmp_path: Path) -> None: + """run_chain con since -> MONITORED.""" + from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain + from bib2graph.cycle import CycleState + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path) + + run_chain( + store_path, + direction="forward", + since=date(2024, 1, 1), + transport=_make_empty_transport(), + ) + + store = DuckDBStore(store_path) + assert store.backend.loop_state() == CycleState.MONITORED + store.close() + + def test_chain_since_devuelve_loop_state_monitored(self, tmp_path: Path) -> None: + """El resultado de run_chain con since incluye loop_state=MONITORED.""" + from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path) + + result = run_chain( + store_path, + direction="forward", + since=date(2024, 1, 1), + transport=_make_empty_transport(), + ) + + assert result["loop_state"] == "MONITORED" + assert "round" in result + + def test_chain_normal_devuelve_loop_state_foraged(self, tmp_path: Path) -> None: + """El resultado de run_chain normal incluye loop_state=FORAGED.""" + from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path) + + result = run_chain( + store_path, + direction="forward", + transport=_make_empty_transport(), + ) + + assert result["loop_state"] == "FORAGED" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 3. --since + direction=backward -> UsageError +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestChainSinceBackwardError: + """--since + direction=backward -> UsageError accionable.""" + + def test_since_backward_lanza_usage_error(self, tmp_path: Path) -> None: + """run_chain con since y direction=backward lanza UsageError.""" + from bib2graph.cli._errors import UsageError + from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path) + + with pytest.raises(UsageError, match="backward"): + run_chain( + store_path, + direction="backward", + since=date(2024, 1, 1), + transport=_make_empty_transport(), + ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 4. --since + direction=both -> forzado a forward (sin error) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestChainSinceBothForzaForward: + """--since + direction=both fuerza effective_direction=forward.""" + + def test_since_both_acepta_sin_error(self, tmp_path: Path) -> None: + """run_chain con since y direction=both no lanza error y transiciona MONITORED.""" + from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain + from bib2graph.cycle import CycleState + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path) + + result = run_chain( + store_path, + direction="both", + since=date(2024, 1, 1), + transport=_make_empty_transport(), + ) + + # No debe lanzar; debe ir a MONITORED + assert result["loop_state"] == "MONITORED" + # La direccion efectiva debe ser forward + assert result["direction"] == "forward" + + store = DuckDBStore(store_path) + assert store.backend.loop_state() == CycleState.MONITORED + store.close() + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 5. new_candidates reportado en el envelope +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestChainNewCandidates: + """new_candidates refleja los papers genuinamente nuevos vs el corpus.""" + + def test_new_candidates_se_reporta(self, tmp_path: Path) -> None: + """run_chain incluye new_candidates en el resultado.""" + from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path) + + result = run_chain( + store_path, + direction="forward", + transport=_make_empty_transport(), + ) + + assert "new_candidates" in result + assert isinstance(result["new_candidates"], int) + + def test_new_candidates_cuenta_nuevos(self, tmp_path: Path) -> None: + """new_candidates = 1 cuando se agrega un citante genuinamente nuevo.""" + from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path) + + result = run_chain( + store_path, + direction="forward", + transport=_make_citing_transport([_CITING_NEW_WORK]), + ) + + assert result["new_candidates"] == 1 + + def test_new_candidates_cero_sin_nuevos(self, tmp_path: Path) -> None: + """new_candidates = 0 cuando no hay citantes nuevos.""" + from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path) + + result = run_chain( + store_path, + direction="forward", + transport=_make_empty_transport(), + ) + + assert result["new_candidates"] == 0 + + def test_new_candidates_en_chain_since(self, tmp_path: Path) -> None: + """new_candidates tambien esta presente cuando se usa chain --since.""" + from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path) + + result = run_chain( + store_path, + direction="forward", + since=date(2024, 1, 1), + transport=_make_citing_transport([_CITING_NEW_WORK]), + ) + + assert "new_candidates" in result + assert result["new_candidates"] == 1 + + def test_envelope_json_incluye_new_candidates(self, tmp_path: Path) -> None: + """El envelope JSON de chain incluye new_candidates.""" + from bib2graph.cli._envelope import build_envelope + from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path) + + data = run_chain( + store_path, + direction="forward", + transport=_make_empty_transport(), + ) + envelope = build_envelope(command="chain", ok=True, data=data, exit_code=0) + + assert envelope["schema"] == "1" + assert "new_candidates" in envelope["data"] + + # JSON-serializable y una sola linea (sin newlines internos) + serialized = json.dumps(envelope) + assert "\n" not in serialized, "El envelope debe ser una sola linea JSON" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 6. Guarda corpus vacio cuando since activo +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestChainSinceGuardaCorpusVacio: + """chain --since falla con DataError si no hay corpus previo.""" + + def test_since_sin_estado_previo_lanza_data_error(self, tmp_path: Path) -> None: + """run_chain con since sin estado previo -> DataError accionable.""" + from bib2graph.cli._errors import DataError + from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + store_path = tmp_path / "empty.duckdb" + DuckDBStore(store_path) # inicializa tablas, sin estado + + with pytest.raises(DataError, match="b2g seed"): + run_chain( + store_path, + direction="forward", + since=date(2024, 1, 1), + transport=_make_empty_transport(), + ) + + def test_since_corpus_vacio_lanza_data_error(self, tmp_path: Path) -> None: + """run_chain con since y corpus vacio -> DataError accionable.""" + from bib2graph.cli._errors import DataError + from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain + from bib2graph.cycle import CycleState + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + store_path = tmp_path / "no_papers.duckdb" + store = DuckDBStore(store_path) + store.backend.set_loop_state(CycleState.SEEDED, cycle_round=1) + store.close() + + with pytest.raises(DataError, match="b2g seed"): + run_chain( + store_path, + direction="forward", + since=date(2024, 1, 1), + transport=_make_empty_transport(), + ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 7. run_monitor suelto delega en run_chain y sigue funcionando +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestMonitorDelegaEnChain: + """run_monitor suelto sigue funcionando igual (delega en run_chain).""" + + def test_monitor_encuentra_nuevos_y_transiciona_a_monitored( + self, tmp_path: Path + ) -> None: + """run_monitor mergea 1 citante nuevo y transiciona a MONITORED.""" + from bib2graph.cli.commands.monitor import run_monitor + from bib2graph.cycle import CycleState + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + store_path = tmp_path / "monitor.duckdb" + _seed_store(store_path) + + data = run_monitor( + store_path, transport=_make_citing_transport([_CITING_NEW_WORK]) + ) + + store = DuckDBStore(store_path) + assert store.backend.loop_state() == CycleState.MONITORED + store.close() + + assert data["new_candidates"] == 1 + assert data["loop_state"] == "MONITORED" + assert data["round"] == 1 + assert data["total_papers"] == 3 + + def test_monitor_sin_nuevos_transiciona_a_monitored(self, tmp_path: Path) -> None: + """run_monitor con 0 citantes igual transiciona a MONITORED.""" + from bib2graph.cli.commands.monitor import run_monitor + from bib2graph.cycle import CycleState + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + store_path = tmp_path / "monitor_empty.duckdb" + _seed_store(store_path) + + data = run_monitor(store_path, transport=_make_empty_transport()) + + assert data["new_candidates"] == 0 + assert data["loop_state"] == "MONITORED" + + store = DuckDBStore(store_path) + assert store.backend.loop_state() == CycleState.MONITORED + store.close() + + def test_monitor_sin_estado_previo_lanza_data_error(self, tmp_path: Path) -> None: + """run_monitor sin estado previo -> DataError accionable.""" + from bib2graph.cli._errors import DataError + from bib2graph.cli.commands.monitor import run_monitor + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + store_path = tmp_path / "empty.duckdb" + DuckDBStore(store_path) + + with pytest.raises(DataError, match="b2g seed"): + run_monitor(store_path, transport=_make_empty_transport()) + + def test_monitor_corpus_vacio_lanza_data_error(self, tmp_path: Path) -> None: + """run_monitor con corpus vacio -> DataError accionable.""" + from bib2graph.cli._errors import DataError + from bib2graph.cli.commands.monitor import run_monitor + from bib2graph.cycle import CycleState + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + store_path = tmp_path / "no_papers.duckdb" + store = DuckDBStore(store_path) + store.backend.set_loop_state(CycleState.SEEDED, cycle_round=1) + store.close() + + with pytest.raises(DataError, match="b2g seed"): + run_monitor(store_path, transport=_make_empty_transport()) + + def test_monitor_envelope_json_schema_1(self, tmp_path: Path) -> None: + """El envelope de monitor incluye schema='1' y los campos canonicos.""" + from bib2graph.cli._envelope import build_envelope + from bib2graph.cli.commands.monitor import run_monitor + + store_path = tmp_path / "env.duckdb" + _seed_store(store_path) + + data = run_monitor(store_path, transport=_make_empty_transport()) + envelope = build_envelope( + command="monitor", + ok=True, + data=data, + exit_code=0, + ) + + assert envelope["schema"] == "1" + assert envelope["ok"] is True + assert envelope["command"] == "monitor" + assert envelope["exit_code"] == 0 + assert "new_candidates" in envelope["data"] + assert "total_papers" in envelope["data"] + assert "loop_state" in envelope["data"] + assert "round" in envelope["data"] + + serialized = json.dumps(envelope) + parsed = json.loads(serialized) + assert parsed["data"]["loop_state"] == "MONITORED" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 8. since filtra la URL enviada a OpenAlex (cableado de la ventana) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestChainSinceFiltroURL: + """Cuando se pasa since, el filtro from_publication_date aparece en la URL.""" + + def test_since_agrega_filtro_fecha_en_url(self, tmp_path: Path) -> None: + """La URL enviada a OpenAlex incluye from_publication_date cuando since activo.""" + urls_llamadas: list[str] = [] + + def handler(request: httpx.Request) -> httpx.Response: + urls_llamadas.append(str(request.url)) + return httpx.Response( + 200, + json={"results": [], "meta": {"count": 0, "next_cursor": None}}, + headers={"x-openalex-api-version": "2026-05-01"}, + ) + + transport = httpx.MockTransport(handler) + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path) + + from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain + + run_chain( + store_path, + direction="forward", + since=date(2024, 1, 1), + transport=transport, + ) + + # Al menos una URL debe contener el filtro de fecha + filtros_fecha = [u for u in urls_llamadas if "from_publication_date" in u] + assert len(filtros_fecha) >= 1, ( + f"Ninguna URL contiene from_publication_date. URLs: {urls_llamadas}" + ) + assert "2024-01-01" in filtros_fecha[0] + + def test_sin_since_no_agrega_filtro_fecha(self, tmp_path: Path) -> None: + """Sin --since, la URL no contiene from_publication_date.""" + urls_llamadas: list[str] = [] + + def handler(request: httpx.Request) -> httpx.Response: + urls_llamadas.append(str(request.url)) + return httpx.Response( + 200, + json={"results": [], "meta": {"count": 0, "next_cursor": None}}, + headers={"x-openalex-api-version": "2026-05-01"}, + ) + + transport = httpx.MockTransport(handler) + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + _seed_store(store_path) + + from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain + + run_chain( + store_path, + direction="forward", + since=None, + transport=transport, + ) + + filtros_fecha = [u for u in urls_llamadas if "from_publication_date" in u] + assert len(filtros_fecha) == 0, ( + f"Sin --since no debe haber filtro de fecha. URLs: {urls_llamadas}" + ) From f743ed4e390c5c362fcf5c022c090f57e8d3bd88 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sat, 27 Jun 2026 22:31:53 -0500 Subject: [PATCH 13/27] refactor(cli): snapshot como grupo noun-verb {create, restore} (#163) (#177) MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Sub-issue del epic #167 (ADR 0038/0030). Tercer grupo noun-verb (tras read, curate). - snapshot pasa de comando plano a grupo {create, restore}; el snapshot plano actual → snapshot create (BREAKING, como curate). snapshot sin subcomando → help + exit 0. - restore → snapshot restore (noun-verb); mergea+dedup, transiciona a FILTERED. - restore suelto intacto (shim que delega; su retiro es #165). command del envelope = ruta completa ("snapshot create"/"snapshot restore"); el shim mantiene "restore". - Fuente única: run_snapshot/run_restore extraídos a service/snapshot.py; create, restore-sub y restore-shim delegan ahí. Reloj inyectado (decided_at) desde la frontera CLI (ADR 0017); servicio neutral. Invariante intacto: envelope schema="1", exit codes, FSM (apply_transition fuente única; create NO transiciona, restore→FILTERED). Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- AGENTS.md | 12 +- docs/API.md | 77 ++- docs/ARCHITECTURE.md | 29 +- .../0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md | 37 ++ src/bib2graph/cli/__init__.py | 35 +- src/bib2graph/cli/commands/restore.py | 145 +---- src/bib2graph/cli/commands/snapshot.py | 183 +++++-- src/bib2graph/service/snapshot.py | 251 +++++++++ tests/unit/test_cli_json_option.py | 2 +- tests/unit/test_maturity.py | 2 +- tests/unit/test_snapshot_grp.py | 501 ++++++++++++++++++ tests/unit/test_workspace_remanentes.py | 4 +- 12 files changed, 1049 insertions(+), 229 deletions(-) create mode 100644 src/bib2graph/service/snapshot.py create mode 100644 tests/unit/test_snapshot_grp.py diff --git a/AGENTS.md b/AGENTS.md index 913c333..70debcd 100644 --- a/AGENTS.md +++ b/AGENTS.md @@ -35,7 +35,7 @@ ecuación, 9a), `exporters/` (GraphML, CSV) y `cli/`. El **CLI `b2g` es real** —paquete `cli/` con 19 subcomandos en `cli/commands/`, no un placeholder (el 16° `b2g networks` es la capa declarativa YAML del Hito 9; el 17° `b2g restore` - rehidrata un corpus curado sin red, Ciclo 9a; el 18° `b2g thesaurus` aplica el thesaurus curado, + rehidrata un corpus curado sin red, Ciclo 9a —**ahora `b2g snapshot restore`**, #163, abajo—; el 18° `b2g thesaurus` aplica el thesaurus curado, único paso explícito del preproc, #88, abajo; el 19° `b2g gui` levanta la API local FastAPI, Hito G3 del MVP GUI, ADR 0028)—. **Grupo noun-verb `read {list,stats,show,top}` (#156/#157, ADR 0037 §b):** primer grupo del CLI (lectura pura @@ -44,7 +44,7 @@ `read top --top N --kind {…}` (la salida de investigación: nodos centrales + co-citación con título; default `bibliographic_coupling`, robusto en one-shot; co-citación vacía → honest-empty exit 0 + reason/fix_command). **Artefactos one-shot honestos (#160, ADR 0037 §f):** el `--json` de `build`, - `snapshot` y `read top` suma un bloque aditivo **`maturity`** (`{curated, scope, saturated, + `snapshot create` y `read top` suma un bloque aditivo **`maturity`** (`{curated, scope, saturated, empty_networks}`, `schema="1"` intacto) que autodeclara que el resultado es un borrador sin pulir; forma estable en `docs/API.md` §Apéndice `maturity`. `read` sin subcomando → ayuda + exit 0 (`invoke_without_command=True`, workaround Click 8.4); el `command` del envelope usa la ruta completa (`"read list"`). `inspect` queda **en deprecación** (#165, @@ -57,10 +57,16 @@ en `service/curate.py` (`run_curate_dump`/`run_curate_from_csv`/`filter_corpus` con `decided_at` inyectado). Los verbos sueltos `accept`/`reject`/`filter` siguen vivos como **alias deprecados** (retiro 0.11.0, ADR 0038 P1 + enmienda #155). Ver `docs/API.md` §`curate`. + **Grupo noun-verb `snapshot {create, restore}` (#163, ADR 0038):** TERCER grupo del CLI. **BREAKING:** + el `snapshot` plano → **`snapshot create`** (sin alias); `snapshot restore` = ex verbo plano `restore` + (el suelto `restore` sigue vivo como **alias deprecado**, `command="restore"`, retiro #165). La + transición la define el VERBO: `snapshot create` **NO** transiciona y lleva el bloque `maturity`; + `snapshot restore`→`FILTERED`. Lógica fuente única en `service/snapshot.py` + (`run_snapshot`/`run_restore`, `decided_at` inyectado). Ver `docs/API.md` §`snapshot`. **645 tests verdes** (mypy/ruff limpios; el núcleo importa sin `duckdb`). Entre las redes, la **composición de comunidades es exportable**: `networks/cluster_table` (función pura) resume cada comunidad de una red de paper en una fila y `b2g build` la escribe como `clusters.csv` - (#31, AS-BUILT 2026-06-17; ver `docs/API.md` §7.2). **`b2g snapshot`/`b2g export` resuelven por + (#31, AS-BUILT 2026-06-17; ver `docs/API.md` §7.2). **`b2g snapshot create`/`b2g export` resuelven por workspace** (`--out-dir` override opcional → `/snapshots|exports/`) y **`b2g status` avisa de staleness** de la cache de redes (`networks_cache_stale`; avisa, no regenera) — remanentes del modelo workspace cerrados (#32, AS-BUILT 2026-06-17; ver el bullet de workspace abajo). diff --git a/docs/API.md b/docs/API.md index ff2fd92..9c92fb6 100644 --- a/docs/API.md +++ b/docs/API.md @@ -110,7 +110,10 @@ > transiciona el `CycleState` a **`FILTERED`** (reusa la transición permisiva `filter`, ADR 0016; deja > correr `build`/`networks` sin re-forrajeo). **NO** existe `seed --from-corpus` (la rehidratación es > `restore`). En Ciclo 9a `seed --from-bib` estaba diferido; el **Ciclo 10 lo construyó** (ver banner -> abajo). Ver §2 + §convenciones CLI. +> abajo). Ver §2 + §convenciones CLI. **(Actualización #163, ADR 0038):** este `restore` plano pasa a +> **`snapshot restore`** (noun-verb del grupo `snapshot`, que se vuelve grupo `{create, restore}`); el +> verbo suelto `restore` queda como **alias deprecado** (shim que delega, `command="restore"` por +> backward-compat; retiro en #165). La capacidad no cambia. Ver §`snapshot`. > > **Sincronizado con el corpus de ejemplo + gate R2 — #33 / Ciclo 9b (AS-BUILT, 2026-06-17):** > se materializa la convención **`examples/`** (§convención `examples/`) y se construye el primer @@ -285,7 +288,12 @@ preprocesamiento automático en la ingesta, #88, ADR local + frontend, Hito G3 del MVP GUI, ADR [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md); el 20° **`resolve`** con la resolución DOI→`source_id` del flujo BibTeX e2e, issues #110/#112, ADR -[0035](decisiones/0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md)): +[0035](decisiones/0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md)). **(Reorganización 0037/0038, en +curso):** esta superficie por acreción se consolidó en **10 verbos del ciclo + 3 grupos noun-verb** +(`read`, `curate`, **`snapshot {create, restore}`** —#163, ver §`snapshot`—) + `gui` como excepción; +el `restore` plano pasó a **`snapshot restore`** (#163, alias deprecado), y `networks`/`enrich`/ +`resolve`/`thesaurus` se absorben o retiran (ADR 0038, ventana cierra 0.11.0). El conteo histórico de +abajo refleja la acreción, no la superficie objetivo: - `seed`, `chain`, **`filter`** (filtros PRISMA deterministas: año/tipo/idioma/citas **con conteo en cada paso**), `build`, `export`, `snapshot`, **`status`** (expone el ciclo: estado actual, @@ -350,8 +358,11 @@ resolución DOI→`source_id` del flujo BibTeX e2e, issues #110/#112, ADR permite con `--from-bib` cuando va junto a `--resolve` (ver `--resolve` arriba); `--email` + `--from-bib` sin `--resolve` → error. En modo `--native`, `--min-year`/`--max-year` no se aplican (nativo = sin traducción). -- **`restore`** (ADR [0030](decisiones/0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md), Ciclo 9a, 17° - subcomando): **rehidrata un corpus ya curado desde un parquet, SIN red** — inverso de `snapshot`, +- **`snapshot restore`** (ADR [0030](decisiones/0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md), Ciclo 9a; + **AS-BUILT #163, ADR 0038**: ex verbo plano `restore`, ahora **noun-verb del grupo `snapshot`** —ver + §`snapshot`—; el verbo suelto `restore` **sigue vivo como alias deprecado**, shim que delega con + `command="restore"` por backward-compat, retiro en #165): **rehidrata un corpus ya curado desde un + parquet, SIN red** — inverso de `snapshot create`, como `load` es a `dump`. **`--from-corpus `** (requerido) lee el parquet con el schema canónico (`CORPUS_SCHEMA`), lo hidrata con `Corpus.from_arrow`, hace merge con el corpus existente y persiste; **cero llamadas a `OpenAlexSource`, cero red**. **Preserva la curación** del parquet @@ -589,12 +600,32 @@ Invariante: envelope `schema="1"`, exit codes y FSM intactos; todo lo de #159/#1 > diferir legítimamente de los de `status` sobre el corpus completo. La **lógica es fuente única**; lo > que varía es el corpus que se le pasa. -**`snapshot` (AS-BUILT #32, 2026-06-17):** `b2g snapshot` sella una foto reproducible del estado vivo -(parquet + `manifest.json`, ADR 0017). **`--out-dir` pasó a override OPCIONAL** — sin él, escribe en -**`/snapshots/`** (resolución ambiente vía `resolve_workspace`, igual que `build`). No -transiciona el `CycleState`. Su `--json.data` —`snapshot_dir`, `corpus_hash`, `total_papers`, -`schema_version`— suma el bloque aditivo **`maturity`** (AS-BUILT #160, ver Apéndice `maturity`): -`scope="all"`, `empty_networks=[]` (snapshot no proyecta redes), `curated` desde el corpus vivo. +**Grupo `snapshot {create, restore}` — TERCER grupo noun-verb del CLI (#163, ADR 0038).** Para alojar +`snapshot restore` (= ex verbo plano `restore`, ADR 0038), **`snapshot` deja de ser verbo plano y se +vuelve grupo noun-verb** —mismo patrón que `read` (1°, #156/#157) y `curate` (2°, #155)—. `snapshot` +**sin subcomando** imprime la ayuda y sale **exit 0**; el `command` del envelope usa la **ruta +completa** (`"snapshot create"` / `"snapshot restore"`). **BREAKING (autorizado por ADR 0038, sin +alias):** el `snapshot` plano → **`snapshot create`** (mismo criterio que el BREAKING de `curate`). +**La transición la define el VERBO** (precedente D1 de #159): `snapshot create` **NO** transiciona, +`snapshot restore`→`FILTERED`. **Fuente única en `service/snapshot.py`** (`run_snapshot`/`run_restore`, +servicio neutral con `decided_at` inyectado en la frontera, ADR 0017): `snapshot create`, +`snapshot restore` y el shim del verbo suelto `restore` (alias deprecado, retiro #165) **delegan** en +ella. + +- **`snapshot create`** (= ex `snapshot` plano, AS-BUILT #32): sella una foto reproducible del estado + vivo (parquet + `manifest.json`, ADR 0017). **`--out-dir` pasó a override OPCIONAL** — sin él, + escribe en **`/snapshots/`** (resolución ambiente vía `resolve_workspace`, igual que + `build`). **NO transiciona** el `CycleState`. Su `--json.data` —`snapshot_dir`, `corpus_hash`, + `total_papers`, `schema_version`— suma el bloque aditivo **`maturity`** (AS-BUILT #160, ver Apéndice + `maturity`): `scope="all"`, `empty_networks=[]` (no proyecta redes), `curated` desde el corpus vivo + (`run_snapshot` lleva el bloque, coherente con `build`/`read top`). +- **`snapshot restore`** (= ex verbo plano `restore`): rehidrata un corpus curado desde un parquet + **sin red** (mergea+dedup, preserva la curación), **transiciona a `FILTERED`**. Semántica completa + en §`snapshot restore` (arriba). El verbo suelto `restore` queda como **alias deprecado** (shim que + delega con `command="restore"`; retiro #165). + +> **Follow-up (BAJO, #175):** `service/snapshot.py` duplica `normalize_and_dedup` respecto del helper +> `cli/_ingest.py`. Es deuda DRY, **no** afecta el contrato; se resuelve en su issue, no aquí. **Staleness de la cache de redes (AS-BUILT #32, 2026-06-17):** `b2g status` suma el campo aditivo `data["networks_cache_stale"]: bool` (`schema="1"` intacto) y, cuando es `true`, un `warnings` @@ -608,9 +639,9 @@ invalidación por hash, **no** un build-system (ADR [0029](decisiones/0029-works `filter`→`FILTERED`, **`curate filter`→`FILTERED`** (#155: dentro del grupo `curate` la transición la define el VERBO, no el grupo —precedente D1 de #159), `build`→`BUILT`, **`monitor`→`MONITORED`** (cleanup pre-v0.3), -**`restore`→`FILTERED`** (Ciclo 9a, ADR 0030: el corpus restaurado ya pasó curación; reusa la -transición permisiva `filter`); -`accept`/`reject`/**`curate {dump,apply,accept,reject}`**/**`read`**/`export`/`snapshot`/`status`/`inspect`/`validate`/**`enrich`**/**`networks`** +**`snapshot restore`→`FILTERED`** (Ciclo 9a, ADR 0030/0038: el corpus restaurado ya pasó curación; +reusa la transición permisiva `filter`; el verbo suelto `restore` —alias deprecado— transiciona igual); +`accept`/`reject`/**`curate {dump,apply,accept,reject}`**/**`read`**/`export`/**`snapshot create`**/`status`/`inspect`/`validate`/**`enrich`**/**`networks`** **no transicionan** (los verbos transversales de `curate` y **`read`** son transversales/lectura pura —**salvo `curate filter`**, que sí transiciona; `enrich` y `networks` son ortogonales al lazo, ADR 0025 / Hito 9). El estado @@ -751,12 +782,12 @@ one-shot con un resultado terminado. **Aditivo: `schema="1"` intacto.** | clave | tipo | valores | regla de derivación | |---|---|---|---| | `curated` | `bool` | `true`/`false` | `true` si el corpus **completo** (`corpus_full`, **antes** del filtro de `--corpus-scope`) tiene **≥1 paper** con `curation_status` ∈ {`accepted`, `rejected`}. Refleja si hay decisiones de curación aplicadas, **independiente** del scope y del FSM. | -| `scope` | `str` \| `null` | token CLI (`all`/`accepted`/`seeds`…) \| `null` | En `build` reusa `data["scope"]` (el **token CLI** tal como se tipeó, no el vocab interno `seeds_only`). En `snapshot` y `read top` es `"all"`. `null` si no aplica. | +| `scope` | `str` \| `null` | token CLI (`all`/`accepted`/`seeds`…) \| `null` | En `build` reusa `data["scope"]` (el **token CLI** tal como se tipeó, no el vocab interno `seeds_only`). En `snapshot create` y `read top` es `"all"`. `null` si no aplica. | | `saturated` | `bool` | **`false` constante** | **Siempre `false`** en one-shot: el PO decidió **no sobre-afirmar**. Gancho futuro (documentado en el código): comparar `referenced_refs_count()` entre rondas de `enrich` para detectar convergencia de referencias. | -| `empty_networks` | `list[str]` | lista de `kind` (puede ser `[]`) | **Solo los tokens `kind`** de las redes vacías. `reason`/`fix_command` **NO se duplican** acá — siguen viviendo en `data["empty_networks"]` (lista de dicts `{kind, reason, fix_command}`) de `build`. En `build` se extraen de ahí; en `read top` es `["cocitation"]` si la co-citación quedó vacía; en `snapshot` es `[]`. | +| `empty_networks` | `list[str]` | lista de `kind` (puede ser `[]`) | **Solo los tokens `kind`** de las redes vacías. `reason`/`fix_command` **NO se duplican** acá — siguen viviendo en `data["empty_networks"]` (lista de dicts `{kind, reason, fix_command}`) de `build`. En `build` se extraen de ahí; en `read top` es `["cocitation"]` si la co-citación quedó vacía; en `snapshot create` es `[]`. | - **Dónde aparece (PRESENTE SIEMPRE):** `build` (incluido el early-return de corpus vacío), - `snapshot` y `read top`. **AUSENTE** en `read list`, `read stats` y `read show` (lecturas tabulares, + `snapshot create` y `read top`. **AUSENTE** en `read list`, `read stats` y `read show` (lecturas tabulares, no artefactos one-shot) — no llevan `maturity`. - **Función pura:** lo calcula `service.maturity.compute_maturity(corpus, *, scope, empty_network_kinds)` (sin I/O, re-exportada desde `bib2graph.service`), invariante de neutralidad de transporte intacta @@ -829,7 +860,7 @@ def code_for(exc: BaseException) -> int: def compute_maturity( corpus: Corpus, *, scope: str | None, empty_network_kinds: list[str] ) -> dict[str, Any]: - """Bloque maturity para el --json de build/snapshot/read top (ver Apéndice maturity). + """Bloque maturity para el --json de build/snapshot create/read top (ver Apéndice maturity). Función PURA, sin I/O. Devuelve EXACTAMENTE 4 claves: {curated: bool, scope: str|None, saturated: bool, empty_networks: list[str]}. curated = corpus tiene ≥1 paper con curation_status ∈ {accepted, rejected}; @@ -1530,19 +1561,21 @@ epic GUI #34). Reglas: al corpus sembrado produce el mismo estado, independiente de cuándo se corra). - **`README.md`** — qué demuestra y con qué comandos se arma/reproduce. **Es la procedencia:** la **receta CLI** documentada (armado con red + reproducción offline), no un script. -- **Cómo se restaura:** `b2g restore --from-corpus examples//corpus.parquet` (§2.`restore`) - rehidrata el corpus **sin red** en el `library.duckdb` de un workspace temporal, preserva la - curación y transiciona a `FILTERED`; luego `build` → `networks`/`clusters` corren localmente. +- **Cómo se restaura:** `b2g snapshot restore --from-corpus examples//corpus.parquet` + (§`snapshot restore`; #163/ADR 0038 — el verbo suelto `restore` sigue funcionando como alias + deprecado, retiro #165) rehidrata el corpus **sin red** en el `library.duckdb` de un workspace + temporal, preserva la curación y transiciona a `FILTERED`; luego `build` → `networks`/`clusters` + corren localmente. - **`.gitignore`:** `!examples/` trackea el ejemplo; `examples/**/*.duckdb` lo protege de que un store vivo se cuele. El resto de la política de datos de usuario no cambia. - **Ejemplos existentes:** - **`examples/valoraciones/`** (Ciclo B, AS-BUILT 2026-06-17): **~80 filas** (70 `candidate` + 10 `accepted` enriquecidos), armado **100% por CLI** (sin script): `seed --spec equation.yaml` - (`max_results: 80`) → `curate apply curacion.csv` → `enrich --max-citing 25` → `snapshot`. + (`max_results: 80`) → `curate apply curacion.csv` → `enrich --max-citing 25` → `snapshot create`. **Co-citación presente** (rala) + coupling/author/institution/keyword sustanciales. Verificado por el gate R2 `tests/unit/test_example_r2_gate.py` (`corpus_hash` estable + comunidades Louvain estables entre corridas; piso `n>=50`, las 5 redes con datos). Se rehidrata con - `b2g restore --from-corpus`. Procedencia = receta CLI del README + `equation.yaml` + `curacion.csv`. + `b2g snapshot restore --from-corpus`. Procedencia = receta CLI del README + `equation.yaml` + `curacion.csv`. - **`examples/bibtex/`** (Ciclo 10, AS-BUILT 2026-06-17): un `sample.bib` chico (10 entradas, con variedad deliberada de campos faltantes para ejercitar el parser defensivo) + `README.md` con la receta 100% CLI (`b2g init` → `b2g seed --from-bib examples/bibtex/sample.bib` → `b2g build`). diff --git a/docs/ARCHITECTURE.md b/docs/ARCHITECTURE.md index d838b60..5d8cfe2 100644 --- a/docs/ARCHITECTURE.md +++ b/docs/ARCHITECTURE.md @@ -580,7 +580,8 @@ cambios). Dos convenciones del grupo: (1) el `command` del envelope usa la **rut error de uso— vía `invoke_without_command=True` + `ctx.get_help()` en el callback del grupo (**workaround a la regresión de Click 8.4** donde un grupo sin subcomando devolvía exit 2). Un valor de flag `Choice` inválido sigue siendo error de uso de Click → **exit 1** (no exit 2). Es el molde -para los próximos grupos previstos por el ADR 0037 (`curate {…}`). +de los grupos siguientes: **`curate {…}`** (2°, #155) y **`snapshot {create, restore}`** (3°, #163, +ADR 0038 — el `snapshot` plano → `snapshot create`, BREAKING; aloja `snapshot restore` = ex `restore`). Son **19 subcomandos** (`seed`, `chain`, `filter`, `build`, `export`, `snapshot`, `status`, `inspect`, `validate`, `accept`, `reject`, **`monitor`**, **`enrich`**, **`init`**, **`curate`**, @@ -601,22 +602,26 @@ curación a escala vía CSV (dump/import en lote, transversal: **no transiciona* **`networks`** (Hito 9, AS-BUILT 2026-06-17) construye redes desde un YAML declarativo (`b2g networks --spec `, `load_specs` + `Networks.build` por red, helper compartido `_write_artifacts`) y **no transiciona** el ciclo ni sella `.corpus_hash` (transversal al lazo). El 17° -**`restore`** (Ciclo 9a, ADR [0030](decisiones/0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md)) rehidrata el -corpus desde un parquet curado **sin red** (inverso de `snapshot`; preserva `decision`/`curation_status`/ -`is_seed`) y transiciona a `FILTERED` (reusa la transición permisiva `filter`, ADR 0016). El error de uso (p. ej. +**`restore`** (Ciclo 9a, ADR [0030](decisiones/0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md); **ahora +`snapshot restore`**, #163/ADR 0038 —el verbo suelto `restore` queda como alias deprecado, retiro #165—) +rehidrata el corpus desde un parquet curado **sin red** (inverso de `snapshot create`; preserva +`decision`/`curation_status`/`is_seed`) y transiciona a `FILTERED` (reusa la transición permisiva +`filter`, ADR 0016). El error de uso (p. ej. una opción desconocida como `--store` —eliminada en #75—, o ningún workspace resoluble) sale **sin envelope** (Click aborta el parseo: stderr + exit 1). > **AS-BUILT — superficie noun-verb (ADR [0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) > /[0038](decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md)):** la superficie del 0021 (verbos planos, -> arriba) se reorganiza a **10 verbos que mapean el ciclo**, con **dos grupos noun-verb**: -> **`read {list,stats,show,top}`** (1°, #156/#157) y **`curate {dump,apply,accept,reject,filter}`** -> (2°, #155). En el grupo `curate` la transición la define el **VERBO** (precedente D1 de #159): -> **`curate filter`→`FILTERED`**, el resto transversal. La lógica es fuente única en `service/` -> (`service/reads.py`, `service/curate.py`). Los **verbos planos** `accept`/`reject`/`filter`/`inspect` -> /`networks`/`monitor`/`resolve` quedan como **alias deprecados** (retiro **0.11.0**, ADR 0038 P1 + -> enmienda #155 que sumó `filter` al gap), y `restore`→`snapshot restore`, `enrich`→`chain`/`build`, -> `thesaurus` retirado (ADR 0038). El **contrato vivo de la superficie** está en +> arriba) se reorganiza a **10 verbos que mapean el ciclo**, con **TRES grupos noun-verb**: +> **`read {list,stats,show,top}`** (1°, #156/#157), **`curate {dump,apply,accept,reject,filter}`** +> (2°, #155) y **`snapshot {create, restore}`** (3°, #163 —el `snapshot` plano → `snapshot create`, +> BREAKING—). En `curate` y `snapshot` la transición la define el **VERBO** (precedente D1 de #159): +> **`curate filter`→`FILTERED`** y **`snapshot restore`→`FILTERED`**, el resto transversal +> (`snapshot create` no transiciona). La lógica es fuente única en `service/` +> (`service/reads.py`, `service/curate.py`, `service/snapshot.py`). Los **verbos planos** +> `accept`/`reject`/`filter`/`inspect`/`networks`/`monitor`/`resolve`/**`restore`** quedan como +> **alias deprecados** (retiro **0.11.0**; `restore`/`inspect` en #165; ADR 0038 P1 + enmienda #155 que +> sumó `filter` al gap), y `enrich`→`chain`/`build`, `thesaurus` retirado (ADR 0038). El **contrato vivo de la superficie** está en > [`API.md`](API.md) §convenciones CLI (no se replica acá para evitar drift). **AS-BUILT R5 — UTF-8 en la frontera (Nota 06 RAÍZ 3):** `main()` llama `_force_utf8()` (reconfigura diff --git a/docs/decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md b/docs/decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md index 7c4039f..ae59a54 100644 --- a/docs/decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md +++ b/docs/decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md @@ -192,3 +192,40 @@ criterio que `accept`/`reject`: sigue funcionando **con aviso** durante 0.10.x y 0.11.0**, como alias deprecado del nuevo **`curate filter`**. (`filter` y `curate filter` comparten la lógica de servicio `filter_corpus`, fuente única; el suelto es un shim que delega.) El resto de P1 no cambia. AS-BUILT del grupo `curate` en [`../API.md`](../API.md) §`curate`. + +## Enmienda 2026-06-27 (append-only) — fija el detalle de `restore`→`snapshot restore`: `snapshot` se vuelve grupo noun-verb y el plano → `snapshot create` [BREAKING] (#163) + +> Anotación append-only (gemela de las enmiendas D1 (#159) / #155; no revierte nada de arriba). Surge +> de la implementación del sub-issue [#163](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/163). La +> **Decisión** de arriba ya fijó que `restore` pasa a **`snapshot restore`** (tabla de huérfanos + +> Consecuencias §`restore` vs 0030, líneas ~85/154-157), pero **no explicitó** qué pasa con el verbo +> `snapshot` mismo. La implementación lo resuelve: para alojar `snapshot restore`, **`snapshot` deja +> de ser verbo plano y se vuelve grupo noun-verb** —y eso obliga a renombrar el `snapshot` plano—. + +El ADR decidió el **destino** de `restore` (→ `snapshot restore`) pero no el **detalle del grupo**. +Concretamente, al volverse `snapshot` un grupo: + +- **(a) `snapshot` es ahora grupo noun-verb `{create, restore}`** —el **3er grupo del CLI**, mismo + patrón que `read` (1°, #156/#157) y `curate` (2°, #155): `snapshot` **sin subcomando** imprime la + ayuda y sale **exit 0**; el `command` del envelope usa la **ruta completa** (`"snapshot create"` / + `"snapshot restore"`). +- **(b) El `snapshot` plano → `snapshot create`** —**BREAKING, sin alias**, mismo criterio que el + BREAKING de `curate` (decisión (b) del 0037, forma-flag eliminada sin alias). `snapshot create` es + el ex `snapshot` plano sin cambios de semántica: sella la foto reproducible (parquet + + `manifest.json`, ADR 0017), **NO transiciona** el `CycleState` y **lleva el bloque `maturity`** del + one-shot (AS-BUILT #160, coherente con `build`/`read top`). +- **(c) `snapshot restore` es el ex `restore`** (mergea+dedup, preserva la curación, **transiciona a + `FILTERED`** reusando la transición permisiva `filter`, ADR 0016/0030). El **verbo suelto `restore` + queda INTACTO como alias deprecado** (shim que delega; su envelope lleva `command="restore"` por + backward-compat). Su **retiro se agenda en #165** (junto con `inspect`), no en este hito. +- **(d) Fuente única en `service/snapshot.py`** (`run_snapshot`/`run_restore`, servicio neutral con + reloj `decided_at` inyectado en la frontera, ADR 0017): `snapshot create`, `snapshot restore` y el + shim `restore` suelto **delegan** en ella. `run_snapshot` lleva el bloque `maturity` (de #160). + +**Invariantes intactos:** envelope `schema="1"`, exit codes y la forma del FSM no cambian; `create` +**NO** transiciona, `restore`→`FILTERED` (igual que antes). Esta enmienda solo fija el detalle del +grupo y el BREAKING que la Decisión no explicitó. AS-BUILT en [`../API.md`](../API.md) §`snapshot`. + +> **Follow-up (BAJO, #175):** la implementación dejó `normalize_and_dedup` duplicado en +> `service/snapshot.py` respecto del helper de `cli/_ingest.py`. Es deuda de DRY, **no** afecta el +> contrato; se trata en su propio issue, no aquí. diff --git a/src/bib2graph/cli/__init__.py b/src/bib2graph/cli/__init__.py index bdd71f5..e2fb329 100644 --- a/src/bib2graph/cli/__init__.py +++ b/src/bib2graph/cli/__init__.py @@ -1,4 +1,4 @@ -"""cli — CLI agente-native ``b2g`` (Hito 6 + ADR 0029 workspace + #155 surface CLI 0.10.0). +"""cli — CLI agente-native ``b2g`` (Hito 6 + ADR 0029 workspace + #155 + ADR 0038). Arma el grupo Click principal, registra los subcomandos planos y los grupos noun-verb, y expone ``main()`` como entry point del paquete. @@ -6,14 +6,17 @@ Entry point en ``pyproject.toml``: b2g = "bib2graph.cli:main" -Subcomandos planos (19): - init, seed, chain, filter, build, enrich, monitor, export, snapshot, - status, inspect, validate, accept, reject, networks, restore, +Subcomandos planos (18): + init, seed, chain, filter, build, enrich, monitor, export, + status, validate, accept, reject, networks, restore (shim #163), thesaurus, gui, resolve. -Grupos noun-verb (2): - read [list|stats|show|top] — lecturas read-only del corpus (#156/#157). - curate [dump|apply|accept|reject|filter] — curación en lote (#155). + inspect: absorbido por ``read show`` (#156); permanece como alias. + +Grupos noun-verb (3): + read [list|stats|show|top] — lecturas read-only del corpus (#156/#157). + curate [dump|apply|accept|reject|filter] — curación en lote (#155). + snapshot [create|restore] — fotos selladas y rehidratación (#163, ADR 0038). Cada subcomando lleva: - ``--json``: salida JSON estructurada (envelope versionado, §API.md). @@ -27,6 +30,10 @@ La opción ``--store`` fue eliminada (#75): pasarla produce el error estándar de Click ("No such option"). El modo degenerado (.duckdb suelto) ya no existe. +ADR 0038 — snapshot como grupo noun-verb: + ``snapshot`` es ahora un grupo ``{create, restore}`` (BREAKING). + ``b2g restore`` se mantiene como shim intacto (#165 retirará el alias). + R5 — UTF-8 en la frontera: ``main()`` fuerza ``sys.stdout``/``sys.stderr`` a UTF-8 antes de que Click lea cualquier argumento. Esto corrige la corrupción de acentos en Windows @@ -58,7 +65,7 @@ from bib2graph.cli.commands.resolve import resolve_cmd from bib2graph.cli.commands.restore import restore_cmd from bib2graph.cli.commands.seed import seed_cmd -from bib2graph.cli.commands.snapshot import snapshot_cmd +from bib2graph.cli.commands.snapshot import snapshot_grp from bib2graph.cli.commands.status import status_cmd from bib2graph.cli.commands.thesaurus import thesaurus_cmd from bib2graph.cli.commands.validate import validate_cmd @@ -106,9 +113,10 @@ def b2g(ctx: click.Context, workspace: str | None) -> None: error accionable (exit 1) que sugiere 'b2g init' o '--workspace'. Subcomandos: init, seed, chain, filter, build, enrich, monitor, export, - snapshot, status, inspect, validate, accept, reject, networks, - restore, thesaurus, gui, resolve, - read [list|stats|show|top], curate [dump|apply|accept|reject|filter]. + status, validate, accept, reject, networks, restore (shim), + thesaurus, gui, resolve, + read [list|stats|show|top], curate [dump|apply|accept|reject|filter], + snapshot [create|restore] (ADR 0038). Ejemplo: b2g init mi-investigacion @@ -120,7 +128,8 @@ def b2g(ctx: click.Context, workspace: str | None) -> None: ctx.obj["workspace"] = workspace -# Registrar subcomandos planos + grupos noun-verb read (#156) y curate (#155) +# Registrar subcomandos planos + grupos noun-verb read (#156), curate (#155), +# snapshot (#163, ADR 0038) b2g.add_command(init_cmd) b2g.add_command(seed_cmd) b2g.add_command(chain_cmd) @@ -129,7 +138,7 @@ def b2g(ctx: click.Context, workspace: str | None) -> None: b2g.add_command(enrich_cmd) b2g.add_command(monitor_cmd) b2g.add_command(export_cmd) -b2g.add_command(snapshot_cmd) +b2g.add_command(snapshot_grp) b2g.add_command(status_cmd) b2g.add_command(inspect_cmd) b2g.add_command(validate_cmd) diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/restore.py b/src/bib2graph/cli/commands/restore.py index 8340989..04756bd 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/restore.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/restore.py @@ -1,11 +1,14 @@ -"""cli.commands.restore — Subcomando ``b2g restore``. +"""cli.commands.restore — Shim ``b2g restore`` (ADR 0038, #163). -Rehidrata el corpus desde un parquet curado (snapshot) sin tocar la red. -Semánticamente: ``restore`` es a ``snapshot`` lo que ``load`` es a ``dump``. -El parquet es corpus *curado*, no semilla. +El subcomando ``restore`` suelto se mantiene intacto como shim para +compatibilidad con scripts y flujos existentes. Su retiro está planificado +en el sub-issue #165. -Modo único requerido: - --from-corpus carga el corpus desde un parquet con schema canónico. +La lógica vive en ``service.snapshot.run_restore`` (fuente única). Este +módulo es un adaptador delgado que: + - Inyecta el reloj en la frontera CLI (``decided_at``, R2/ADR 0017). + - Emite el envelope JSON con ``command="restore"`` (compatibilidad). + - Re-exporta ``run_restore`` para tests que importan desde este módulo. Decisión de CycleState tras restore: El corpus restaurado viene de un snapshot curado — ya pasó el lazo completo @@ -24,130 +27,23 @@ from __future__ import annotations from datetime import UTC, datetime -from pathlib import Path -from typing import Any import click from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human -from bib2graph.cli._errors import DataError, handle_errors -from bib2graph.cli._ingest import normalize_and_dedup +from bib2graph.cli._errors import handle_errors from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option -from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_library_path +from bib2graph.cli._store import resolve_library_path -# --------------------------------------------------------------------------- -# Función núcleo: rehidratación desde parquet (testeable, sin Click) -# --------------------------------------------------------------------------- - - -def run_restore( - store_path: str | Path, - corpus_path: str | Path, -) -> dict[str, Any]: - """Carga un corpus curado desde un parquet y lo persiste en el store sin red. - - Lee el parquet con el schema canónico (``CORPUS_SCHEMA``), lo hidrata con - ``Corpus.from_arrow``, hace merge con el corpus existente y persiste. - Transiciona el ``CycleState`` a ``FILTERED`` (el corpus ya fue curado; - ver docstring del módulo para la justificación). - - Preserva las columnas de curación del parquet - (``decision`` / ``curation_status`` / ``is_seed``): el merge de ``Corpus`` - respeta el ``curation_status`` más reciente (D3 del merge). - - No instancia ``OpenAlexSource``, no hace requests. Es el camino offline - para rehidratar un corpus curado exportado con ``b2g snapshot``. - - Args: - store_path: Ruta al archivo ``.duckdb``. - corpus_path: Ruta al archivo ``.parquet`` con el corpus curado. +# Fuente única: service.snapshot.run_restore (ADR 0038). +# Re-exportado para backward compat con tests que importan desde este módulo. +from bib2graph.service.snapshot import run_restore - Returns: - Dict con ``papers_loaded``, ``total_papers``, ``state``, ``round``. - - Raises: - DataError: Si el parquet no existe o no tiene el schema canónico. - StoreError: Si el store está bloqueado. - """ - import pyarrow.parquet as pq - - from bib2graph.corpus import Corpus - from bib2graph.cycle import CycleState, apply_transition - from bib2graph.schemas import CORPUS_SCHEMA - - resolved = Path(corpus_path) - if not resolved.exists(): - raise DataError( - f"El parquet '{resolved}' no existe. Verificá la ruta al corpus curado." - ) - - try: - table = pq.read_table(str(resolved), schema=CORPUS_SCHEMA) # type: ignore[no-untyped-call] - except Exception as exc: - raise DataError( - f"No se pudo leer el parquet '{resolved}': {exc}. " - "Verificá que el archivo tenga el schema canónico de bib2graph." - ) from exc - - try: - incoming = Corpus.from_arrow(table) - except Exception as exc: - raise DataError( - f"El parquet '{resolved}' no cumple el schema canónico: {exc}." - ) from exc - - merged_backend_close = None - store = open_store(store_path) - try: - existing = store.load() - - # Transición a FILTERED: el corpus restaurado ya pasó curación. - # apply_transition es permisiva — acepta "filter" desde cualquier estado - # actual del store (incluyendo None para un store vacío nuevo). - current_state = store.backend.loop_state() - # La ronda nunca debe ser < 1: loop_round() devuelve 0 para bases legacy - # (round=NULL, pre-R3) y para stores vacíos. max(..., 1) la normaliza en - # ambos branches para no persistir un estado con ronda 0 incoherente. - current_round = max(store.backend.loop_round(), 1) - # "filter" lleva a FILTERED; la ronda no cambia (no es reseed). - # Para un store vacío (current_state=None), arrancamos desde SEEDED ficticio. - if current_state is None: - new_state, new_round = apply_transition( - CycleState.SEEDED, "filter", current_round - ) - else: - new_state, new_round = apply_transition( - current_state, "filter", current_round - ) - - # Merge primero, dedup después sobre el corpus COMPLETO (fix bug cross-biblioteca). - # Orden: existing + incoming → merged completo → normalize_and_dedup → persist_replace. - # El reloj se fija UNA vez por invocación (R2). - ingest_at = datetime.now(UTC) - merged = existing.merge(incoming) - merged_deduped = normalize_and_dedup(merged, applied_at=ingest_at) - papers_loaded = len(incoming) - total_papers = len(merged_deduped) - merged_backend_close = getattr(merged_deduped._backend, "close", None) - store.persist_replace(merged_deduped) - store.backend.set_loop_state(new_state, cycle_round=new_round) - finally: - # Ver run_seed_from_bib: cierra explícitamente las conexiones DuckDB - # para evitar segfault en Linux ante llamadas consecutivas al mismo archivo. - if merged_backend_close is not None: - merged_backend_close() - store.close() - - return { - "papers_loaded": papers_loaded, - "total_papers": total_papers, - "state": str(new_state), - "round": new_round, - } +__all__ = ["restore_cmd", "run_restore"] # --------------------------------------------------------------------------- -# Comando Click (no se testea directamente) +# Comando Click (shim delgado — no se testea directamente) # --------------------------------------------------------------------------- @@ -159,7 +55,7 @@ def run_restore( type=click.Path(), help=( "Ruta al parquet con el corpus curado a importar sin red " - "(producido por b2g snapshot)." + "(producido por b2g snapshot create)." ), ) @json_option @@ -184,9 +80,14 @@ def restore_cmd( Ejemplos: b2g restore --from-corpus snapshots/corpus.parquet b2g restore --from-corpus corpus_curado.parquet --json + + \b + Alternativa canónica (ADR 0038): b2g snapshot restore --from-corpus ... """ store_path = resolve_library_path(ctx.obj) - data = run_restore(store_path, corpus_path) + # R2/ADR 0017: el reloj se inyecta en la frontera CLI. + decided_at = datetime.now(UTC) + data = run_restore(store_path, corpus_path, decided_at=decided_at) if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/snapshot.py b/src/bib2graph/cli/commands/snapshot.py index 1acdd00..3647cdb 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/snapshot.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/snapshot.py @@ -1,78 +1,90 @@ -"""cli.commands.snapshot — Subcomando ``b2g snapshot``. - -Exporta una foto sellada del corpus actual (parquet + manifest.json). -NO transiciona el CycleState. - -ADR 0029 — workspace: - El directorio de salida es ``/snapshots/`` por defecto. - Si se pasa ``--out-dir`` explícito, se usa ese (override opcional). +"""cli.commands.snapshot — Grupo noun-verb ``b2g snapshot`` (ADR 0038, #163). + +Convierte ``snapshot`` de comando plano a **grupo noun-verb** con dos +subcomandos: + + ``snapshot create`` — exporta una foto sellada del corpus actual + (= comportamiento anterior del comando plano). + ``snapshot restore`` — rehidrata el corpus desde un parquet curado sin red + (= lógica de ``b2g restore``, fuente única en service). + +Molde: ``curate.py`` (#155) — grupo ``invoke_without_command=True`` + check +manual para exit 0 sin subcomando (Click 8.4 usa exit 2 con +``no_args_is_help=True`` en grupos). + +BREAKING (ADR 0038): + - ``b2g snapshot`` plano pasa a ``b2g snapshot create``. + - ``b2g snapshot restore`` es el nuevo camino canónico para rehabilitar corpus. + - ``b2g restore`` suelto queda intacto como shim; su retiro es #165. + +Capa de servicios (ADR 0038): + Toda la lógica vive en ``service.snapshot``; este módulo son shims delgados + que inyectan el reloj en la frontera CLI (R2/ADR 0017) y emiten el envelope. + +Backward compat con tests existentes: + ``run_snapshot`` y ``run_restore`` se re-exportan desde ``service.snapshot`` + para que los tests que importan de ``bib2graph.cli.commands.snapshot`` sigan + funcionando sin cambios. + ``snapshot_cmd`` = ``snapshot_grp`` (alias para tests que usaban el nombre viejo). + +Flujo canónico: + b2g snapshot create # exporta corpus.parquet + manifest.json + b2g snapshot create --out-dir mis_snaps/ # directorio alternativo + b2g snapshot restore --from-corpus snap/corpus.parquet # rehidrata + b2g snapshot # imprime ayuda y sale con exit 0 """ from __future__ import annotations +from datetime import UTC, datetime from pathlib import Path -from typing import Any import click from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import handle_errors from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option -from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_workspace +from bib2graph.cli._store import resolve_workspace +from bib2graph.service.snapshot import run_restore, run_snapshot -# --------------------------------------------------------------------------- -# Función núcleo (testeable, sin Click) -# --------------------------------------------------------------------------- +__all__ = [ + "run_restore", + "run_snapshot", + "snapshot_cmd", + "snapshot_grp", +] -def run_snapshot( - store_path: str | Path, - *, - out_dir: str | Path, -) -> dict[str, Any]: - """Exporta una foto sellada del corpus actual. +# --------------------------------------------------------------------------- +# Grupo raíz +# --------------------------------------------------------------------------- - Carga el corpus del store y exporta un snapshot sellado (parquet + - manifest.json) al directorio indicado. No transiciona el CycleState. - Args: - store_path: Ruta al archivo ``.duckdb``. - out_dir: Directorio destino del snapshot. +@click.group("snapshot", invoke_without_command=True) +@click.pass_context +def snapshot_grp(ctx: click.Context) -> None: + """Gestión de snapshots del corpus: create y restore. - Returns: - Dict con ``snapshot_dir``, ``corpus_hash``, ``total_papers``. + Subcomandos: create, restore. - Raises: - StoreError: Si el store está bloqueado. + Ejemplos: + b2g snapshot create + b2g snapshot create --out-dir mis_snaps/ + b2g snapshot restore --from-corpus snaps/corpus.parquet """ - store = open_store(store_path) - corpus = store.load() - - snap = corpus.snapshot(Path(out_dir)) - - from bib2graph.service.maturity import compute_maturity - - maturity = compute_maturity( - corpus, - scope="all", - empty_network_kinds=[], - ) - - return { - "snapshot_dir": str(snap.path), - "corpus_hash": snap.manifest.corpus_hash, - "total_papers": len(corpus), - "schema_version": snap.manifest.schema_version, - "maturity": maturity, - } + ctx.ensure_object(dict) + # Click 8.4: no_args_is_help=True en grupos termina con exit 2. + # Usamos invoke_without_command=True + check manual para exit 0 correcto. + if ctx.invoked_subcommand is None: + click.echo(ctx.get_help()) # --------------------------------------------------------------------------- -# Comando Click +# snapshot create # --------------------------------------------------------------------------- -@click.command("snapshot") +@snapshot_grp.command("create") @click.option( "--out-dir", default=None, @@ -83,8 +95,8 @@ def run_snapshot( ) @json_option @click.pass_context -@handle_errors("snapshot") -def snapshot_cmd( +@handle_errors("snapshot create") +def create_cmd( ctx: click.Context, out_dir: str | None, json_output: bool, @@ -104,7 +116,7 @@ def snapshot_cmd( if json_mode(json_output): envelope = build_envelope( - command="snapshot", + command="snapshot create", ok=True, data=data, exit_code=0, @@ -114,3 +126,68 @@ def snapshot_cmd( emit_human(f"Snapshot exportado en: {data['snapshot_dir']}") emit_human(f"corpus_hash: {data['corpus_hash']}") emit_human(f"Total papers: {data['total_papers']}") + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# snapshot restore +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@snapshot_grp.command("restore") +@click.option( + "--from-corpus", + "corpus_path", + required=True, + type=click.Path(), + help=( + "Ruta al parquet con el corpus curado a importar sin red " + "(producido por b2g snapshot create)." + ), +) +@json_option +@click.pass_context +@handle_errors("snapshot restore") +def restore_sub_cmd( + ctx: click.Context, + corpus_path: str, + json_output: bool, +) -> None: + """Rehidrata el corpus desde un parquet curado sin tocar la red. + + \b + Carga el parquet con el schema canónico de bib2graph, hace merge con + el corpus existente y transiciona el lazo a FILTERED (el corpus ya + fue curado; build y networks pueden correr a continuación). + + \b + Preserva las columnas de curación del parquet (curation_status, is_seed). + + \b + Ejemplos: + b2g snapshot restore --from-corpus snapshots/corpus.parquet + b2g snapshot restore --from-corpus corpus_curado.parquet --json + """ + ws = resolve_workspace(ctx.obj) + # R2/ADR 0017: el reloj se inyecta en la frontera CLI. + decided_at = datetime.now(UTC) + data = run_restore(ws.library_path, corpus_path, decided_at=decided_at) + + if json_mode(json_output): + envelope = build_envelope( + command="snapshot restore", + ok=True, + data=data, + exit_code=0, + ) + emit(envelope) + else: + emit_human(f"Corpus restaurado: {data['papers_loaded']} papers importados.") + emit_human(f"Total en corpus: {data['total_papers']}") + emit_human(f"Estado del lazo: {data['state']}") + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Alias snapshot_cmd → snapshot_grp (compat con registros y tests existentes) +# --------------------------------------------------------------------------- + +snapshot_cmd = snapshot_grp diff --git a/src/bib2graph/service/snapshot.py b/src/bib2graph/service/snapshot.py new file mode 100644 index 0000000..d76892b --- /dev/null +++ b/src/bib2graph/service/snapshot.py @@ -0,0 +1,251 @@ +"""service.snapshot — Servicios de snapshot y restore (ADR 0038, #163). + +Capa neutral: sin ``print``, ``sys.exit``, Click ni FastAPI. + +``run_snapshot`` — exporta una foto sellada del corpus actual (parquet + +manifest.json). No transiciona el CycleState. + +``run_restore`` — rehidrata un corpus desde un parquet curado, lo mergea con +el existente, aplica normalize+dedup y transiciona el estado del lazo a +``FILTERED``. + +``decided_at`` se inyecta desde la frontera CLI (R2/ADR 0017): el servicio +no llama ``datetime.now()`` directamente. El CLI (``cli/commands/snapshot.py`` +y el shim ``cli/commands/restore.py``) son adaptadores delgados. + +El subcomando ``snapshot create`` y ``snapshot restore`` delegan acá; +el shim ``b2g restore`` también delega acá (fuente única — ADR 0038 §163). +""" + +from __future__ import annotations + +from datetime import UTC, datetime +from pathlib import Path +from typing import Any + +from bib2graph.service.errors import DataError, StoreError + +# Umbrales fijos del auto-preproc (ADR 0031, espejo de cli/_ingest.py). +# Fuente canónica: cli/_ingest.py. Si se cambian allí, actualizar acá también. +_THRESHOLD_AUTHORS: float = 0.92 +_THRESHOLD_KEYWORDS: float = 0.90 + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helper interno — abrir store para escritura +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _open_store(path: Path) -> Any: + """Abre (o crea) el DuckDBStore en ``path`` para escritura. + + Args: + path: Ruta al archivo ``.duckdb``. + + Returns: + ``DuckDBStore`` abierto y listo para leer/escribir. + + Raises: + StoreError: Si el store está bloqueado o no se puede abrir. + """ + from bib2graph.backends.duckdb import StoreLockedError + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + try: + return DuckDBStore(path) + except StoreLockedError as exc: + raise StoreError(str(exc)) from exc + except OSError as exc: + raise StoreError( + f"No se puede abrir el store '{path}': {exc}. " + "Verificá que el archivo no esté bloqueado por otro proceso." + ) from exc + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helper interno — normalize + dedup (espejo neutral de cli._ingest) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _normalize_and_dedup(corpus: Any, *, applied_at: datetime | None) -> Any: + """Aplica normalize + dedup_authors + dedup_keywords al corpus. + + Espejo neutral de ``cli._ingest.normalize_and_dedup``. No importa de + ``cli/`` para mantener la capa de servicios independiente del adaptador + Click. Los umbrales son los mismos que en ``cli/_ingest.py`` (ADR 0031). + + Args: + corpus: Corpus completo ya mergeado (existing + incoming). + applied_at: Timestamp de la operación (R2). ``None`` usa + ``datetime.now(UTC)`` internamente (para uso como librería). + + Returns: + Nuevo Corpus normalizado y deduplicado. + """ + from bib2graph.preprocessors.dedup import deduplicate_authors, deduplicate_keywords + from bib2graph.preprocessors.preprocessor import Preprocessor + + ts = applied_at if applied_at is not None else datetime.now(UTC) + preprocessor = Preprocessor() + result = preprocessor.normalize(corpus, applied_at=ts) + result = deduplicate_authors(result, threshold=_THRESHOLD_AUTHORS) + result = deduplicate_keywords(result, threshold=_THRESHOLD_KEYWORDS) + return result + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# run_snapshot +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def run_snapshot( + store_path: str | Path, + *, + out_dir: str | Path, +) -> dict[str, Any]: + """Exporta una foto sellada del corpus actual. + + Carga el corpus del store y exporta un snapshot sellado (parquet + + manifest.json) al directorio indicado. No transiciona el CycleState. + + Args: + store_path: Ruta al archivo ``.duckdb``. + out_dir: Directorio destino del snapshot. + + Returns: + Dict con ``snapshot_dir``, ``corpus_hash``, ``total_papers``, + ``schema_version``. + + Raises: + StoreError: Si el store está bloqueado o no se puede abrir. + """ + from bib2graph.service.maturity import compute_maturity + + store = _open_store(Path(store_path)) + corpus = store.load() + snap = corpus.snapshot(Path(out_dir)) + maturity = compute_maturity(corpus, scope="all", empty_network_kinds=[]) + return { + "snapshot_dir": str(snap.path), + "corpus_hash": snap.manifest.corpus_hash, + "total_papers": len(corpus), + "schema_version": snap.manifest.schema_version, + "maturity": maturity, + } + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# run_restore +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def run_restore( + store_path: str | Path, + corpus_path: str | Path, + *, + decided_at: datetime | None = None, +) -> dict[str, Any]: + """Carga un corpus curado desde un parquet y lo persiste en el store sin red. + + Lee el parquet con el schema canónico (``CORPUS_SCHEMA``), lo hidrata con + ``Corpus.from_arrow``, hace merge con el corpus existente, aplica + normalize + dedup y persiste. Transiciona el ``CycleState`` a + ``FILTERED`` (el corpus ya fue curado; ver docstring de + ``cli/commands/restore.py`` para la justificación). + + Preserva las columnas de curación del parquet + (``decision`` / ``curation_status`` / ``is_seed``): el merge de ``Corpus`` + respeta el ``curation_status`` más reciente (D3 del merge). + + No instancia ``OpenAlexSource``, no hace requests. Es el camino offline + para rehidratar un corpus curado exportado con ``b2g snapshot create``. + + R2/ADR 0017: ``decided_at`` se inyecta desde la frontera CLI. Si + ``None``, el timestamp se genera internamente al pasar el control a los + preprocesadores (el servicio no llama ``datetime.now()`` directamente). + + Args: + store_path: Ruta al archivo ``.duckdb``. + corpus_path: Ruta al archivo ``.parquet`` con el corpus curado. + decided_at: Timestamp inyectado por el llamador (R2/ADR 0017). + + Returns: + Dict con ``papers_loaded``, ``total_papers``, ``state``, ``round``. + + Raises: + DataError: Si el parquet no existe o no tiene el schema canónico. + StoreError: Si el store está bloqueado. + """ + import pyarrow.parquet as pq + + from bib2graph.corpus import Corpus + from bib2graph.cycle import CycleState, apply_transition + from bib2graph.schemas import CORPUS_SCHEMA + + resolved = Path(corpus_path) + if not resolved.exists(): + raise DataError( + f"El parquet '{resolved}' no existe. Verificá la ruta al corpus curado." + ) + + try: + table = pq.read_table(str(resolved), schema=CORPUS_SCHEMA) # type: ignore[no-untyped-call] + except Exception as exc: + raise DataError( + f"No se pudo leer el parquet '{resolved}': {exc}. " + "Verificá que el archivo tenga el schema canónico de bib2graph." + ) from exc + + try: + incoming = Corpus.from_arrow(table) + except Exception as exc: + raise DataError( + f"El parquet '{resolved}' no cumple el schema canónico: {exc}." + ) from exc + + store = _open_store(Path(store_path)) + merged_backend_close = None + try: + existing = store.load() + + # Transición a FILTERED: el corpus restaurado ya pasó curación. + # apply_transition es permisiva — acepta "filter" desde cualquier estado + # actual del store (incluyendo None para un store vacío nuevo). + current_state = store.backend.loop_state() + # La ronda nunca debe ser < 1: loop_round() devuelve 0 para bases legacy + # (round=NULL, pre-R3) y para stores vacíos. max(..., 1) la normaliza en + # ambos branches para no persistir un estado con ronda 0 incoherente. + current_round = max(store.backend.loop_round(), 1) + # "filter" lleva a FILTERED; la ronda no cambia (no es reseed). + # Para un store vacío (current_state=None), arrancamos desde SEEDED ficticio. + if current_state is None: + new_state, new_round = apply_transition( + CycleState.SEEDED, "filter", current_round + ) + else: + new_state, new_round = apply_transition( + current_state, "filter", current_round + ) + + # Merge primero, dedup después sobre el corpus COMPLETO (fix bug cross-biblioteca). + # El reloj se fija UNA vez por invocación (R2): pasado via decided_at. + merged = existing.merge(incoming) + merged_deduped = _normalize_and_dedup(merged, applied_at=decided_at) + papers_loaded = len(incoming) + total_papers = len(merged_deduped) + merged_backend_close = getattr(merged_deduped._backend, "close", None) + store.persist_replace(merged_deduped) + store.backend.set_loop_state(new_state, cycle_round=new_round) + finally: + # Ver run_seed_from_bib: cierra explícitamente las conexiones DuckDB + # para evitar segfault en Linux ante llamadas consecutivas al mismo archivo. + if merged_backend_close is not None: + merged_backend_close() + store.close() + + return { + "papers_loaded": papers_loaded, + "total_papers": total_papers, + "state": str(new_state), + "round": new_round, + } diff --git a/tests/unit/test_cli_json_option.py b/tests/unit/test_cli_json_option.py index f544066..4de0633 100644 --- a/tests/unit/test_cli_json_option.py +++ b/tests/unit/test_cli_json_option.py @@ -148,7 +148,7 @@ def _assert_one_json_line(stdout: str, *, schema: str = "1") -> dict: ["inspect", "--json"], ["build", "--json"], ["export", "--json"], - ["snapshot", "--json"], + ["snapshot", "create", "--json"], ["chain", "--json"], ["filter", "--json"], ["enrich", "--json"], diff --git a/tests/unit/test_maturity.py b/tests/unit/test_maturity.py index 5e08834..977928d 100644 --- a/tests/unit/test_maturity.py +++ b/tests/unit/test_maturity.py @@ -552,7 +552,7 @@ def test_snapshot_schema_1_intacto(self, tmp_path: Path) -> None: runner = CliRunner() result = runner.invoke( b2g, - ["--workspace", str(ws_dir), "snapshot", "--json"], + ["--workspace", str(ws_dir), "snapshot", "create", "--json"], catch_exceptions=False, ) assert result.exit_code == 0, f"Error: {result.output}" diff --git a/tests/unit/test_snapshot_grp.py b/tests/unit/test_snapshot_grp.py new file mode 100644 index 0000000..bcd96de --- /dev/null +++ b/tests/unit/test_snapshot_grp.py @@ -0,0 +1,501 @@ +"""Tests TDD para ``b2g snapshot`` como grupo noun-verb (ADR 0038, #163). + +Casos cubiertos: + +1. ``snapshot create`` crea snapshot (= comportamiento del ex plano). +2. ``snapshot create`` envelope correcto: ``command == "snapshot create"``. +3. ``snapshot restore`` mergea+dedup y transiciona a FILTERED. +4. ``snapshot restore`` envelope correcto: ``command == "snapshot restore"``. +5. ``snapshot`` sin subcomando → help + exit 0 (NO envelope de error). +6. ``restore`` suelto (shim) sigue funcionando idéntico (delega al servicio). +7. ``restore`` suelto: ``command == "restore"`` (compat backward). +8. Reloj inyectado: ``run_restore`` en service acepta ``decided_at`` param. +9. ``run_snapshot`` importable desde ``cli.commands.snapshot`` (backward compat). +10. ``run_restore`` importable desde ``cli.commands.restore`` (backward compat). +11. Stdout puro (#151): en modo JSON, stdout == exactamente 1 línea. + +Filosofía (AGENTS.md): se testea la FUNCIÓN detrás del comando cuando es +posible; CliRunner solo donde hay integración necesaria. +Marcador: ``unit`` (DuckDB en tmp_path, sin red real). +""" + +from __future__ import annotations + +import json +from datetime import UTC, datetime +from pathlib import Path +from typing import Any + +import pyarrow as pa +import pytest + +from bib2graph.schemas import CORPUS_SCHEMA + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helpers comunes +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _make_corpus_row( + *, + id: str, + title: str = "Test", + curation_status: str = "candidate", + is_seed: bool = True, + year: int = 2020, +) -> dict[str, Any]: + """Fila mínima con schema completo.""" + return { + "id": id, + "openalex_id": None, + "doi": None, + "title": title, + "year": year, + "abstract": None, + "source": None, + "language": "en", + "publisher": None, + "research_areas": None, + "is_seed": is_seed, + "curation_status": curation_status, + "provenance": None, + "authors_raw": None, + "authors_id": None, + "authors_affiliations": None, + "keywords_raw": None, + "keywords_id": None, + "institutions_raw": None, + "institutions_id": None, + "references_id": None, + "references_doi": None, + "cited_by_id": None, + } + + +def _make_parquet(path: Path, rows: list[dict[str, Any]] | None = None) -> Path: + """Escribe un parquet con el schema canónico en ``path``.""" + import pyarrow.parquet as pq + + if rows is None: + rows = [ + _make_corpus_row(id="P1"), + _make_corpus_row(id="P2"), + _make_corpus_row(id="P3", curation_status="accepted"), + ] + table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) + pq.write_table(table, str(path)) + return path + + +def _seed_store(store_path: Path, rows: list[dict[str, Any]] | None = None) -> None: + """Puebla un store con filas mínimas.""" + from bib2graph.corpus import Corpus + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + if rows is None: + rows = [_make_corpus_row(id="P1"), _make_corpus_row(id="P2")] + table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) + corpus = Corpus.from_arrow(table) + store = DuckDBStore(store_path) + store.persist(corpus) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 1. snapshot create crea snapshot +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_snapshot_create_crea_archivos(tmp_path: Path) -> None: + """``b2g snapshot create`` (vía run_snapshot) crea parquet + manifest.json.""" + from bib2graph.service.snapshot import run_snapshot + + store_path = tmp_path / "test.duckdb" + _seed_store(store_path) + out_dir = tmp_path / "snap" + + data = run_snapshot(store_path, out_dir=out_dir) + + assert "snapshot_dir" in data + assert "corpus_hash" in data + assert "total_papers" in data + assert (out_dir / "corpus.parquet").exists() + assert (out_dir / "manifest.json").exists() + assert data["total_papers"] == 2 + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 2. snapshot create envelope: command == "snapshot create" +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_snapshot_create_envelope_command(tmp_path: Path) -> None: + """``b2g snapshot create --json`` emite envelope con ``command=="snapshot create"``.""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + _seed_store(ws.library_path) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws_dir), "snapshot", "create", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + + assert result.exit_code == 0, f"Salida inesperada:\n{result.output}" + lines = [ln for ln in result.output.splitlines() if ln.strip()] + assert len(lines) == 1, f"stdout debe ser 1 línea, fue: {result.output!r}" + envelope = json.loads(lines[0]) + assert envelope["schema"] == "1" + assert envelope["ok"] is True + assert envelope["command"] == "snapshot create" + assert "snapshot_dir" in envelope["data"] + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 3. snapshot restore mergea+dedup y transiciona a FILTERED +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_snapshot_restore_transiciona_a_filtered(tmp_path: Path) -> None: + """``snapshot restore`` (service) transiciona a FILTERED y mergea corpus.""" + from bib2graph.cycle import CycleState + from bib2graph.service.snapshot import run_restore + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + parquet_path = _make_parquet(tmp_path / "corpus.parquet") + store_path = tmp_path / "test.duckdb" + + data = run_restore(store_path, parquet_path) + + assert data["state"] == str(CycleState.FILTERED) + assert data["papers_loaded"] == 3 + + store = DuckDBStore(store_path) + assert store.backend.loop_state() == CycleState.FILTERED + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 4. snapshot restore envelope: command == "snapshot restore" +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_snapshot_restore_envelope_command(tmp_path: Path) -> None: + """``b2g snapshot restore --json`` emite envelope con ``command=="snapshot restore"``.""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + Workspace.init(ws_dir, "test") + parquet_path = _make_parquet(tmp_path / "corpus.parquet") + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws_dir), + "snapshot", + "restore", + "--from-corpus", + str(parquet_path), + "--json", + ], + catch_exceptions=False, + ) + + assert result.exit_code == 0, f"Salida inesperada:\n{result.output}" + lines = [ln for ln in result.output.splitlines() if ln.strip()] + assert len(lines) == 1, f"stdout debe ser 1 línea, fue: {result.output!r}" + envelope = json.loads(lines[0]) + assert envelope["schema"] == "1" + assert envelope["ok"] is True + assert envelope["command"] == "snapshot restore" + assert envelope["data"]["state"] == "FILTERED" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 5. snapshot sin subcomando → help + exit 0 (NO envelope de error) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_snapshot_sin_subcomando_exit_0(tmp_path: Path) -> None: + """``b2g snapshot`` sin subcomando imprime ayuda y sale con exit 0.""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + + runner = CliRunner() + with runner.isolated_filesystem(): + result = runner.invoke(b2g, ["snapshot"], catch_exceptions=False) + + # exit 0 (no error, solo ayuda) + assert result.exit_code == 0, f"Se esperaba exit 0, fue {result.exit_code}" + # La salida contiene texto de ayuda + assert "snapshot" in result.output.lower() + # NO debe ser una línea JSON de error + assert not result.output.strip().startswith("{") + + +@pytest.mark.unit +def test_snapshot_sin_subcomando_stdout_no_envelope(tmp_path: Path) -> None: + """``b2g snapshot`` sin subcomando muestra ayuda y no emite envelope JSON. + + ``--json`` es una opción post-verbo de los subcomandos (create/restore), + no del grupo snapshot en sí. El grupo invocado sin subcomando muestra + ayuda y sale con exit 0 — no emite ningún envelope JSON de error. + """ + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + + runner = CliRunner() + with runner.isolated_filesystem(): + # Sin subcomando, sin --json: ayuda + exit 0 + result = runner.invoke(b2g, ["snapshot"], catch_exceptions=False) + + assert result.exit_code == 0 + # La salida contiene texto de ayuda (subcomandos disponibles) + assert "create" in result.output or "restore" in result.output + # NO debe ser un envelope JSON de error + assert not result.output.strip().startswith("{") + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 6 & 7. restore suelto (shim): sigue funcionando, command == "restore" +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_restore_shim_funciona(tmp_path: Path) -> None: + """``b2g restore --from-corpus`` (shim) importa el corpus y transiciona a FILTERED.""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + from bib2graph.cycle import CycleState + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + parquet_path = _make_parquet(tmp_path / "corpus.parquet") + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws_dir), + "restore", + "--from-corpus", + str(parquet_path), + "--json", + ], + catch_exceptions=False, + ) + + assert result.exit_code == 0, f"Salida inesperada:\n{result.output}" + lines = [ln for ln in result.output.splitlines() if ln.strip()] + assert len(lines) == 1 + envelope = json.loads(lines[0]) + assert envelope["ok"] is True + assert envelope["command"] == "restore" # backward compat — NO "snapshot restore" + assert envelope["data"]["state"] == "FILTERED" + + store = DuckDBStore(ws.library_path) + assert store.backend.loop_state() == CycleState.FILTERED + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 8. Reloj inyectado: run_restore acepta decided_at +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_run_restore_acepta_decided_at(tmp_path: Path) -> None: + """``service.snapshot.run_restore`` acepta ``decided_at`` inyectado (R2/ADR 0017). + + El servicio no llama ``datetime.now()`` directamente; el CLI lo inyecta. + """ + from bib2graph.service.snapshot import run_restore + + parquet_path = _make_parquet(tmp_path / "corpus.parquet") + store_path = tmp_path / "test.duckdb" + + # Inyectar un timestamp explícito (simulación de la frontera CLI). + fixed_ts = datetime(2025, 1, 1, 12, 0, 0, tzinfo=UTC) + data = run_restore(store_path, parquet_path, decided_at=fixed_ts) + + # La función no debe lanzar y el resultado debe ser correcto. + assert data["state"] == "FILTERED" + assert data["papers_loaded"] == 3 + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 9 & 10. Backward compat: importar run_snapshot / run_restore desde CLI modules +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_run_snapshot_importable_desde_cli_snapshot(tmp_path: Path) -> None: + """``from bib2graph.cli.commands.snapshot import run_snapshot`` sigue funcionando.""" + from bib2graph.cli.commands.snapshot import run_snapshot + + store_path = tmp_path / "test.duckdb" + _seed_store(store_path) + out_dir = tmp_path / "snap" + + data = run_snapshot(store_path, out_dir=out_dir) + assert "snapshot_dir" in data + assert (out_dir / "corpus.parquet").exists() + + +@pytest.mark.unit +def test_run_restore_importable_desde_cli_restore(tmp_path: Path) -> None: + """``from bib2graph.cli.commands.restore import run_restore`` sigue funcionando.""" + from bib2graph.cli.commands.restore import run_restore + from bib2graph.cycle import CycleState + + parquet_path = _make_parquet(tmp_path / "corpus.parquet") + store_path = tmp_path / "test.duckdb" + + data = run_restore(store_path, parquet_path) + assert data["state"] == str(CycleState.FILTERED) + + +@pytest.mark.unit +def test_run_restore_importable_desde_service_snapshot(tmp_path: Path) -> None: + """``from bib2graph.service.snapshot import run_restore`` funciona directamente.""" + from bib2graph.cycle import CycleState + from bib2graph.service.snapshot import run_restore + + parquet_path = _make_parquet(tmp_path / "corpus.parquet") + store_path = tmp_path / "test.duckdb" + + data = run_restore(store_path, parquet_path) + assert data["state"] == str(CycleState.FILTERED) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 11. Stdout puro: en modo JSON stdout == exactamente 1 línea +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_snapshot_create_stdout_puro_una_linea(tmp_path: Path) -> None: + """``b2g snapshot create --json`` escribe exactamente 1 línea en stdout (#151).""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + _seed_store(ws.library_path) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws_dir), "snapshot", "create", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + + assert result.exit_code == 0 + lines = [ln for ln in result.output.splitlines() if ln.strip()] + assert len(lines) == 1, ( + f"stdout debe tener exactamente 1 línea, tuvo {len(lines)}:\n{result.output!r}" + ) + + +@pytest.mark.unit +def test_snapshot_restore_stdout_puro_una_linea(tmp_path: Path) -> None: + """``b2g snapshot restore --json`` escribe exactamente 1 línea en stdout (#151).""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + Workspace.init(ws_dir, "test") + parquet_path = _make_parquet(tmp_path / "corpus.parquet") + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws_dir), + "snapshot", + "restore", + "--from-corpus", + str(parquet_path), + "--json", + ], + catch_exceptions=False, + ) + + assert result.exit_code == 0 + lines = [ln for ln in result.output.splitlines() if ln.strip()] + assert len(lines) == 1, ( + f"stdout debe tener exactamente 1 línea, tuvo {len(lines)}:\n{result.output!r}" + ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# FSM invariant: snapshot create NO transiciona, snapshot restore -> FILTERED +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_snapshot_create_no_transiciona_fsm(tmp_path: Path) -> None: + """``snapshot create`` (run_snapshot) NO transiciona el CycleState. + + El corpus puede estar en cualquier estado; snapshot create no lo cambia. + """ + from bib2graph.corpus import Corpus + from bib2graph.cycle import CycleState + from bib2graph.schemas import CORPUS_SCHEMA + from bib2graph.service.snapshot import run_snapshot + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + rows = [_make_corpus_row(id="P1")] + table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) + corpus = Corpus.from_arrow(table) + store_path = tmp_path / "test.duckdb" + store = DuckDBStore(store_path) + store.persist(corpus) + store.backend.set_loop_state(CycleState.SEEDED, cycle_round=1) + + # Snapshot create: no debe cambiar el estado + run_snapshot(store_path, out_dir=tmp_path / "snap") + + store2 = DuckDBStore(store_path) + assert store2.backend.loop_state() == CycleState.SEEDED # sin cambio + + +@pytest.mark.unit +def test_snapshot_restore_transiciona_a_filtered_desde_seeded(tmp_path: Path) -> None: + """``snapshot restore`` transiciona desde SEEDED a FILTERED.""" + from bib2graph.cycle import CycleState + from bib2graph.service.snapshot import run_restore + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + parquet_path = _make_parquet(tmp_path / "corpus.parquet") + store_path = tmp_path / "test.duckdb" + + data = run_restore(store_path, parquet_path) + + assert data["state"] == str(CycleState.FILTERED) + store = DuckDBStore(store_path) + assert store.backend.loop_state() == CycleState.FILTERED diff --git a/tests/unit/test_workspace_remanentes.py b/tests/unit/test_workspace_remanentes.py index 9edb462..2750976 100644 --- a/tests/unit/test_workspace_remanentes.py +++ b/tests/unit/test_workspace_remanentes.py @@ -121,7 +121,7 @@ def test_snapshot_cmd_sin_outdir_resuelve_snapshots_dir(tmp_path: Path) -> None: runner = CliRunner() result = runner.invoke( snapshot_cmd, - ["--json"], + ["create", "--json"], obj={"workspace": str(ws_dir)}, ) @@ -151,7 +151,7 @@ def test_snapshot_cmd_con_outdir_explicito_usa_ese(tmp_path: Path) -> None: runner = CliRunner() result = runner.invoke( snapshot_cmd, - ["--out-dir", str(custom_out), "--json"], + ["create", "--out-dir", str(custom_out), "--json"], obj={"workspace": str(ws_dir)}, ) From df9fea29c1176e88f31f8fc2a0d2c7d5cf2a2d88 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sat, 27 Jun 2026 22:55:30 -0500 Subject: [PATCH 14/27] feat(cli): absorber enrich en chain/build (#162) (#178) MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Sub-issue del epic #167 (ADR 0038/0025). - El Enricher se absorbe en el ciclo: pasada refs→DOI en chain (automática, tras normalize_and_dedup), pasada cited_by en build (automática cuando hay seeds aceptadas; no-op graceful si no → 4 redes vs 5). - Helper compartido cli/_enrich.py:enrich_corpus(corpus, source, *, max_citing, pass_name) opera sobre el corpus en memoria dentro de la transacción existente (sin doble-abrir el store). pass_name ∈ {refs_doi, cited_by, both}; métricas sparse. - enrichers/openalex.py expone enrich_references_doi/enrich_cited_by (Protocol preservado). enrich suelto INTACTO pero delega en enrich_corpus (fuente única; su retiro es #165). Sin flag --enrich. - Métricas como bloque aditivo data["enrichment"]. build suma opciones email/--max-citing. - NO toca el FSM (estado ENRICHED no existe). BUILD-PURO: build ahora hace requests de red cuando hay aceptadas (rompe el invariante "build puro" del ADR 0025; enmienda al 0025 se consolida en #166). Docs de contrato (enrich absorbido + enmienda 0025) se consolidan en #166. Invariante: envelope schema="1", exit codes intactos; campos aditivos. Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- src/bib2graph/cli/_enrich.py | 118 ++++ src/bib2graph/cli/commands/build.py | 56 +- src/bib2graph/cli/commands/chain.py | 10 + src/bib2graph/cli/commands/enrich.py | 35 +- src/bib2graph/enrichers/openalex.py | 48 +- tests/unit/test_backward_no_placeholders.py | 26 +- tests/unit/test_enrich_absorb.py | 659 ++++++++++++++++++++ 7 files changed, 911 insertions(+), 41 deletions(-) create mode 100644 src/bib2graph/cli/_enrich.py create mode 100644 tests/unit/test_enrich_absorb.py diff --git a/src/bib2graph/cli/_enrich.py b/src/bib2graph/cli/_enrich.py new file mode 100644 index 0000000..a8d14ea --- /dev/null +++ b/src/bib2graph/cli/_enrich.py @@ -0,0 +1,118 @@ +"""cli._enrich — Helper de enriquecimiento en memoria (sin I/O de store). + +Centraliza la lógica de enriquecimiento para que ``chain``, ``build`` y +``enrich`` compartan UNA sola implementación (fuente única, sin duplicar). + +El helper opera sobre un ``Corpus`` ya en memoria, dentro de la transacción +existente de quien lo llama. NO abre ni cierra el store: eso es +responsabilidad del llamante. + +Pasadas soportadas: + - ``"refs_doi"``: resuelve ``references_id`` → ``references_doi`` (Hito 8a). + Corre en ``chain`` (forrajeo puro), automática. + - ``"cited_by"``: puebla ``cited_by_id`` de las semillas aceptadas (Hito 8b). + Corre en ``build``, automática si hay seeds aceptadas; si no, no-op graceful. + - ``"both"``: ambas pasadas (se usa en ``enrich`` standalone). +""" + +from __future__ import annotations + +from typing import TYPE_CHECKING, Any + +if TYPE_CHECKING: + from bib2graph.corpus import Corpus + from bib2graph.sources.openalex import OpenAlexSource + + +def enrich_corpus( + corpus: Corpus, + source: OpenAlexSource, + *, + max_citing: int | None = None, + pass_name: str = "both", +) -> tuple[Corpus, dict[str, Any]]: + """Enriquece el corpus en memoria con una o ambas pasadas de OpenAlex. + + Construye un ``OpenAlexEnricher`` con el ``source`` dado y ejecuta la(s) + pasada(s) indicadas. Extrae las métricas del Manifest del corpus resultado + y las devuelve junto al corpus enriquecido. + + No abre store ni hace I/O de persistencia — eso es responsabilidad + del llamante (chain/build/enrich). + + Args: + corpus: Corpus en memoria sobre el que operar. + source: ``OpenAlexSource`` ya instanciado y configurado. + El mismo source que el comando ya creó para chaining o build. + max_citing: Tope de citantes por semilla para la pasada ``cited_by``. + ``None`` = sin tope. Ignorado en ``refs_doi``. + pass_name: Pasada(s) a ejecutar. + ``"refs_doi"`` = solo Pasada 1 (resuelve DOIs de referencias). + ``"cited_by"`` = solo Pasada 2 (puebla citantes de seeds aceptadas). + ``"both"`` = ambas en orden (Pasada 1 → Pasada 2). Default. + + Returns: + Tupla ``(corpus_enriquecido, metricas)`` donde ``metricas`` es un + dict con un subconjunto de: + - ``refs_resolved`` (int): referencias resueltas a DOI. + - ``refs_total_unique`` (int): total de references_id únicos. + - ``citing_new`` (int): nuevos citantes añadidos a cited_by_id. + - ``citing_targets`` (int): seeds aceptadas procesadas en pasada 2. + Solo aparecen las claves de las pasadas que se ejecutaron. + + Raises: + httpx.HTTPError: Si falla la conexión a OpenAlex (propagado). + ValueError: Si ``pass_name`` no es ``"refs_doi"``, ``"cited_by"`` + ni ``"both"``. + """ + from bib2graph.enrichers.openalex import OpenAlexEnricher + + if pass_name not in ("refs_doi", "cited_by", "both"): + raise ValueError( + f"pass_name desconocido: {pass_name!r}. " + "Usá 'refs_doi', 'cited_by' o 'both'." + ) + + enricher = OpenAlexEnricher(source, max_citing_per_paper=max_citing) + + if pass_name == "refs_doi": + enriched = enricher.enrich_references_doi(corpus) + elif pass_name == "cited_by": + enriched = enricher.enrich_cited_by(corpus) + else: # "both" + enriched = enricher.enrich(corpus) + + metrics = _extract_metrics(enriched) + return enriched, metrics + + +def _extract_metrics(corpus: Corpus) -> dict[str, Any]: + """Extrae métricas de enriquecimiento del Manifest del corpus. + + Recorre ``corpus.manifest.enrichers`` buscando las entradas de las + pasadas 1 (``openalex_references_doi``) y 2 (``openalex_cited_by``). + Devuelve un dict con solo las claves presentes. + + Args: + corpus: Corpus enriquecido (con el Manifest actualizado por el Enricher). + + Returns: + Dict con claves ``refs_resolved``, ``refs_total_unique``, ``citing_new`` + y/o ``citing_targets`` según las pasadas ejecutadas. + """ + enricher_refs = corpus.manifest.enrichers + metrics: dict[str, Any] = {} + + doi_entry = next( + (e for e in enricher_refs if e.name == "openalex_references_doi"), None + ) + if doi_entry is not None: + metrics["refs_resolved"] = int(doi_entry.params.get("resolved", 0)) + metrics["refs_total_unique"] = int(doi_entry.params.get("total_unique_refs", 0)) + + cb_entry = next((e for e in enricher_refs if e.name == "openalex_cited_by"), None) + if cb_entry is not None: + metrics["citing_new"] = int(cb_entry.params.get("resolved", 0)) + metrics["citing_targets"] = int(cb_entry.params.get("total", 0)) + + return metrics diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/build.py b/src/bib2graph/cli/commands/build.py index 10f8d78..a65e8d2 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/build.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/build.py @@ -42,6 +42,7 @@ import click +from bib2graph.cli._enrich import enrich_corpus from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import DataError, DependencyError, handle_errors from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option @@ -248,6 +249,9 @@ def run_build( spec_path: str | Path | None = None, min_weight: int = 1, scope_cli_token: str | None = None, + email: str | None = None, + transport: Any = None, + max_citing: int | None = None, ) -> dict[str, Any]: """Computa redes bibliométricas y escribe artefactos a disco. @@ -263,6 +267,9 @@ def run_build( del corpus **filtrado** (D1 — ADR 0038). - Se diagnostican redes vacías usando ``predict_build_preview`` como fuente única (ADR 0037 §(e) — no-divergencia con ``status``). + - Si hay seeds aceptadas, corre la pasada cited_by ANTES de proyectar las + redes (ADR 0038 §enrich), de modo que la co-citación salga poblada. + Si no hay seeds aceptadas, la pasada es no-op graceful (→ 4 redes). Para redes de paper con comunidades detectadas escribe también clusters.csv (tabla de resumen de comunidades, issue #31). @@ -282,11 +289,16 @@ def run_build( expone este token en lugar del vocab interno. Permite que #160 (maturity) y la CLI sean consistentes. Si se omite (llamadas directas sin CLI), ``data["scope"]`` queda igual a ``corpus_scope``. + email: Email para el polite pool de OpenAlex (pasada cited_by). + transport: Transport inyectable para tests (``httpx.MockTransport``). + max_citing: Tope de citantes por seed en la pasada cited_by. + ``None`` = sin tope. Returns: Dict con ``networks_built``, ``artifacts_dir``, ``corpus_hash``, ``corpus_scope`` (vocab interno), ``scope`` (token CLI o vocab interno), - lista de redes, ``warnings`` y ``empty_networks``. + lista de redes, ``warnings``, ``empty_networks``, ``maturity`` + y ``enrichment`` (bloque aditivo con métricas de la pasada cited_by). Raises: DataError: Si ``spec_path`` está malformado (modo spec). @@ -314,6 +326,27 @@ def run_build( else: artifacts_dir = Path(out_dir) + # Pasada cited_by: enriquecer con citantes ANTES de proyectar redes + # (ADR 0038 §enrich). Solo si hay seeds aceptadas; si no, no-op graceful + # (→ 4 redes en vez de 5, sin error). Persiste el corpus enriquecido para + # que la co-citación quede disponible en runs posteriores (idempotente). + from bib2graph.constants import Col, CurationStatus + from bib2graph.sources.openalex import OpenAlexSource + + _rows = corpus_full.to_arrow().to_pylist() + _has_accepted_seeds = any( + row.get(Col.IS_SEED) + and row.get(Col.CURATION_STATUS) == CurationStatus.ACCEPTED + for row in _rows + ) + enrich_metrics: dict[str, Any] = {} + if _has_accepted_seeds: + _source = OpenAlexSource(email=email, transport=transport) + corpus_full, enrich_metrics = enrich_corpus( + corpus_full, _source, max_citing=max_citing, pass_name="cited_by" + ) + store.persist_replace(corpus_full) + # Filtrar el corpus según el scope ANTES de construir redes (#56). # El corpus filtrado también es el que se pasa a _write_artifacts para que # clusters.csv cuadre con los nodos del grafo (sin drift). @@ -353,6 +386,7 @@ def run_build( "warnings": build_warnings, "empty_networks": [], "maturity": _maturity_empty, + "enrichment": enrich_metrics, } # Diagnóstico pre-build (ADR 0037 §(e), fuente única con status-time). @@ -468,6 +502,7 @@ def run_build( "warnings": build_warnings, "empty_networks": empty_networks, "maturity": maturity, + "enrichment": enrich_metrics, } @@ -533,6 +568,21 @@ def run_build( "Solo aplica al modo quick (sin --spec); en modo spec el YAML lleva su propio min_weight." ), ) +@click.option( + "--max-citing", + "max_citing", + default=None, + type=int, + help=( + "Tope de citantes por seed en la pasada cited_by automática. " + "Default: sin tope. Solo aplica cuando hay seeds aceptadas." + ), +) +@click.option( + "--email", + default=None, + help="Email para el polite pool de OpenAlex (pasada cited_by).", +) @json_option @click.pass_context @handle_errors("build") @@ -543,6 +593,8 @@ def build_cmd( corpus_scope_deprecated: str | None, spec_path: str | None, min_weight: int, + max_citing: int | None, + email: str | None, json_output: bool, ) -> None: """Computa redes bibliométricas y escribe artefactos. @@ -590,6 +642,8 @@ def build_cmd( spec_path=spec_path, min_weight=min_weight, scope_cli_token=cli_token, + email=email, + max_citing=max_citing, ) if json_mode(json_output): diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/chain.py b/src/bib2graph/cli/commands/chain.py index b6d0c62..45ad93a 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/chain.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/chain.py @@ -12,6 +12,7 @@ import click +from bib2graph.cli._enrich import enrich_corpus from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import DataError, DependencyError, UsageError, handle_errors from bib2graph.cli._ingest import normalize_and_dedup @@ -179,6 +180,14 @@ def run_chain( ingest_at = datetime.now(UTC) merged = corpus.merge(ranked.corpus) merged_deduped = normalize_and_dedup(merged, applied_at=ingest_at) + + # Pasada refs→DOI: enriquecer el corpus mergeado+dedup con el mismo source + # ya instanciado (forrajeo puro, ADR 0038 §enrich). Automático, sin flag. + # El source reutiliza la misma conexión HTTP → sin overhead extra. + merged_deduped, enrich_metrics = enrich_corpus( + merged_deduped, source, pass_name="refs_doi" + ) + total_papers = len(merged_deduped) merged_backend_close = getattr(merged_deduped._backend, "close", None) store.persist_replace(merged_deduped) @@ -209,6 +218,7 @@ def run_chain( "observed_refs_count": len(ranked.observed_refs), "loop_state": new_state.value, "round": new_round, + "enrichment": enrich_metrics, } diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/enrich.py b/src/bib2graph/cli/commands/enrich.py index 7411387..6fcce7d 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/enrich.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/enrich.py @@ -18,6 +18,7 @@ import click +from bib2graph.cli._enrich import enrich_corpus from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import handle_errors from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option @@ -66,45 +67,25 @@ def run_enrich( ``@handle_errors`` como exit 4). StoreError: Si el store está bloqueado (exit 5). """ - from bib2graph.enrichers.openalex import OpenAlexEnricher from bib2graph.sources.openalex import OpenAlexSource store = open_store(store_path) try: corpus = store.load() - source = OpenAlexSource(email=email, api_key=api_key, transport=transport) - enricher = OpenAlexEnricher(source, max_citing_per_paper=max_citing) - enriched = enricher.enrich(corpus) - - store.persist(enriched) - - # Extraer métricas de los EnricherRef registrados - enricher_refs = enriched.manifest.enrichers - - doi_entry = next( - (e for e in enricher_refs if e.name == "openalex_references_doi"), None + enriched, metrics = enrich_corpus( + corpus, source, max_citing=max_citing, pass_name="both" ) - refs_resolved = int(doi_entry.params.get("resolved", 0)) if doi_entry else 0 - refs_total = ( - int(doi_entry.params.get("total_unique_refs", 0)) if doi_entry else 0 - ) - - cb_entry = next( - (e for e in enricher_refs if e.name == "openalex_cited_by"), None - ) - citing_new = int(cb_entry.params.get("resolved", 0)) if cb_entry else 0 - citing_targets = int(cb_entry.params.get("total", 0)) if cb_entry else 0 - + store.persist(enriched) total_papers = len(enriched) finally: store.close() return { - "refs_resolved": refs_resolved, - "refs_total_unique": refs_total, - "citing_new": citing_new, - "citing_targets": citing_targets, + "refs_resolved": metrics.get("refs_resolved", 0), + "refs_total_unique": metrics.get("refs_total_unique", 0), + "citing_new": metrics.get("citing_new", 0), + "citing_targets": metrics.get("citing_targets", 0), "total_papers": total_papers, } diff --git a/src/bib2graph/enrichers/openalex.py b/src/bib2graph/enrichers/openalex.py index 7b998ee..7794dda 100644 --- a/src/bib2graph/enrichers/openalex.py +++ b/src/bib2graph/enrichers/openalex.py @@ -100,20 +100,38 @@ def enrich(self, corpus: Corpus) -> Corpus: y dos ``EnricherRef`` registrados en el Manifest. """ # Pasada 1: references_id → references_doi - corpus = self._enrich_references_doi(corpus) + corpus = self.enrich_references_doi(corpus) # Pasada 2: cited_by_id para semillas aceptadas - corpus = self._enrich_cited_by(corpus) + corpus = self.enrich_cited_by(corpus) return corpus # ------------------------------------------------------------------ - # Pasada 1: references_id → references_doi + # Pasada 1: references_id → references_doi (pública para absorción en chain) # ------------------------------------------------------------------ - def _enrich_references_doi(self, corpus: Corpus) -> Corpus: + def enrich_references_doi(self, corpus: Corpus) -> Corpus: """Rellena ``references_doi`` alineado a ``references_id``. + Pasada 1 del enriquecimiento (Hito 8a). Expuesta como método público + para que ``chain`` pueda ejecutarla de forma aislada (sin la pasada + de co-citación), usando el mismo helper ``enrich_corpus`` que ``enrich`` + standalone y ``build``. + + Args: + corpus: Corpus de entrada. + + Returns: + Corpus con ``references_doi`` rellenado y ``EnricherRef`` registrado. + """ + return self._enrich_references_doi(corpus) + + def _enrich_references_doi(self, corpus: Corpus) -> Corpus: + """Implementación interna de la pasada refs→DOI. + + Ver ``enrich_references_doi`` para la documentación pública. + Args: corpus: Corpus de entrada. @@ -157,12 +175,30 @@ def _enrich_references_doi(self, corpus: Corpus) -> Corpus: ) # ------------------------------------------------------------------ - # Pasada 2: cited_by_id para semillas aceptadas (Hito 8b) + # Pasada 2: cited_by_id para semillas aceptadas (Hito 8b, pública para build) # ------------------------------------------------------------------ - def _enrich_cited_by(self, corpus: Corpus) -> Corpus: + def enrich_cited_by(self, corpus: Corpus) -> Corpus: """Puebla ``cited_by_id`` de las semillas aceptadas. + Pasada 2 del enriquecimiento (Hito 8b). Expuesta como método público + para que ``build`` pueda ejecutarla de forma aislada (sin la pasada + de refs→DOI), usando el mismo helper ``enrich_corpus`` que ``enrich`` + standalone y ``chain``. + + Args: + corpus: Corpus de entrada. + + Returns: + Corpus con ``cited_by_id`` rellenado y ``EnricherRef`` registrado. + """ + return self._enrich_cited_by(corpus) + + def _enrich_cited_by(self, corpus: Corpus) -> Corpus: + """Implementación interna de la pasada cited_by. + + Ver ``enrich_cited_by`` para la documentación pública. + Algoritmo: 1. Filtra las semillas con ``curation_status=accepted`` y ``source_id`` no nulo (solo esas tienen IDs válidos para consultar en OpenAlex). diff --git a/tests/unit/test_backward_no_placeholders.py b/tests/unit/test_backward_no_placeholders.py index b8341b1..4a641be 100644 --- a/tests/unit/test_backward_no_placeholders.py +++ b/tests/unit/test_backward_no_placeholders.py @@ -22,6 +22,7 @@ from pathlib import Path from typing import Any +import httpx import pyarrow as pa import pytest @@ -31,6 +32,17 @@ from bib2graph.foraging.forager import Forager from bib2graph.schemas import CORPUS_SCHEMA +# Transport nulo para tests de backward chain: chain.py ejecuta la pasada +# refs→DOI automáticamente (ADR 0038); los tests que sólo verifican la lógica +# backward necesitan un transport que devuelva resultados vacíos sin red real. +_NOOP_TRANSPORT = httpx.MockTransport( + lambda _req: httpx.Response( + 200, + json={"results": [], "meta": {"count": 0, "next_cursor": None}}, + headers={"x-openalex-api-version": "2026-05-01"}, + ) +) + pytestmark = pytest.mark.unit # --------------------------------------------------------------------------- @@ -401,7 +413,7 @@ def test_corpus_no_crece_con_backward(self, tmp_path: Path) -> None: n_before = len(store_before.load()) store_before.close() - run_chain(store_path, direction="backward") + run_chain(store_path, direction="backward", transport=_NOOP_TRANSPORT) store_after = DuckDBStore(store_path) corpus_after = store_after.load() @@ -422,7 +434,7 @@ def test_sin_titulo_placeholder_tras_chain_backward(self, tmp_path: Path) -> Non store_path = tmp_path / "lib.duckdb" self._seed_store(store_path, ["REF_A"]) - run_chain(store_path, direction="backward") + run_chain(store_path, direction="backward", transport=_NOOP_TRANSPORT) store = DuckDBStore(store_path) rows = store.load().to_arrow().to_pylist() @@ -442,7 +454,7 @@ def test_referenced_but_not_fetched_tiene_ids(self, tmp_path: Path) -> None: store_path = tmp_path / "lib.duckdb" self._seed_store(store_path, ["REF_A", "REF_B"]) - run_chain(store_path, direction="backward") + run_chain(store_path, direction="backward", transport=_NOOP_TRANSPORT) backend = DuckDBBackend(path=store_path) refs = set(backend.referenced_refs()) @@ -457,7 +469,7 @@ def test_observed_refs_count_en_resultado(self, tmp_path: Path) -> None: store_path = tmp_path / "lib.duckdb" self._seed_store(store_path, ["REF_A", "REF_B"]) - result = run_chain(store_path, direction="backward") + result = run_chain(store_path, direction="backward", transport=_NOOP_TRANSPORT) assert "observed_refs_count" in result assert result["observed_refs_count"] == 2 @@ -470,8 +482,8 @@ def test_chain_idempotente_referenced(self, tmp_path: Path) -> None: store_path = tmp_path / "lib.duckdb" self._seed_store(store_path, ["REF_A", "REF_B"]) - run_chain(store_path, direction="backward") - run_chain(store_path, direction="backward") + run_chain(store_path, direction="backward", transport=_NOOP_TRANSPORT) + run_chain(store_path, direction="backward", transport=_NOOP_TRANSPORT) backend = DuckDBBackend(path=store_path) count = backend.referenced_refs_count() @@ -507,7 +519,7 @@ def test_status_campo_referenced_not_fetched(self, tmp_path: Path) -> None: store.backend.set_loop_state(CycleState.SEEDED, cycle_round=1) store.close() - run_chain(store_path, direction="backward") + run_chain(store_path, direction="backward", transport=_NOOP_TRANSPORT) data = run_status(store_path) diff --git a/tests/unit/test_enrich_absorb.py b/tests/unit/test_enrich_absorb.py new file mode 100644 index 0000000..5e22bbb --- /dev/null +++ b/tests/unit/test_enrich_absorb.py @@ -0,0 +1,659 @@ +"""Tests TDD — absorción de ``enrich`` en ``chain``/``build`` (ADR 0038, #162). + +Cubre las decisiones de implementación del sub-issue #162: + +1. ``chain`` ejecuta la pasada refs→DOI automáticamente sobre el corpus + mergeado+dedup, ANTES de ``persist_replace``. +2. ``build`` ejecuta la pasada cited_by automáticamente cuando hay seeds + aceptadas, ANTES de proyectar las redes. +3. ``build`` es no-op (0 requests cited_by) cuando no hay seeds aceptadas; + ``data["enrichment"]`` queda vacío ``{}``. +4. ``enrich`` suelto sigue funcionando idéntico (delega en el helper + ``enrich_corpus`` de ``cli._enrich``). +5. ``data["enrichment"]`` es un bloque ADITIVO en chain y build: + nunca rompe el envelope ``schema="1"``. +6. El helper ``enrich_corpus`` soporta ``pass_name`` inválido con ``ValueError``. +7. Co-citación: tras ``build`` con seeds aceptadas, ``Networks.quick`` + produce 5 redes (co-citación incluida). + +Todos los tests son ``unit``: usan ``tmp_path`` + ``httpx.MockTransport`` +(sin red real). +""" + +from __future__ import annotations + +from pathlib import Path +from typing import Any + +import httpx +import pyarrow as pa +import pytest + +from bib2graph.constants import CurationStatus +from bib2graph.corpus import Corpus +from bib2graph.schemas import CORPUS_SCHEMA + +pytestmark = pytest.mark.unit + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helpers compartidos +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _row( + id: str, + *, + source_id: str | None = None, + is_seed: bool = True, + curation_status: str = CurationStatus.CANDIDATE, + references_id: list[str] | None = None, + cited_by_id: list[str] | None = None, + authors_id: list[str] | None = None, + institutions_id: list[str] | None = None, + keywords_id: list[str] | None = None, +) -> dict[str, Any]: + """Fila mínima compatible con el schema canónico.""" + return { + "id": id, + "source_id": source_id, + "doi": None, + "title": f"Paper {id}", + "year": 2020, + "abstract": None, + "source": None, + "language": "en", + "publisher": None, + "research_areas": None, + "is_seed": is_seed, + "curation_status": curation_status, + "provenance": None, + "authors_raw": None, + "authors_id": authors_id or ["AUTH_A", "AUTH_B"], + "authors_affiliations": None, + "keywords_raw": None, + "keywords_id": keywords_id or ["KW_1"], + "institutions_raw": None, + "institutions_id": institutions_id or ["INST_1"], + "references_id": references_id, + "references_doi": None, + "cited_by_id": cited_by_id, + } + + +def _corpus_from_rows(rows: list[dict[str, Any]]) -> Corpus: + table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) + return Corpus.from_arrow(table) + + +def _store_with_corpus(tmp_path: Path, rows: list[dict[str, Any]]) -> Path: + """Crea un DuckDBStore temporal con el corpus dado y retorna su ruta.""" + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + db_path = tmp_path / "test.duckdb" + corpus = _corpus_from_rows(rows) + store = DuckDBStore(db_path) + store.persist(corpus) + store.close() + return db_path + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Mocks HTTP para DOI resolution y cited_by +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _make_doi_transport(ref_id_to_doi: dict[str, str]) -> httpx.MockTransport: + """Transport que responde a ``openalex_id:`` con los DOIs dados.""" + + def handler(request: httpx.Request) -> httpx.Response: + url_str = str(request.url) + results = [] + if "openalex_id" in url_str: + for short_id, doi in ref_id_to_doi.items(): + if short_id in url_str: + results.append( + { + "id": f"https://openalex.org/{short_id}", + "doi": f"https://doi.org/{doi}", + } + ) + body = { + "results": results, + "meta": {"count": len(results), "next_cursor": None}, + } + return httpx.Response( + 200, + json=body, + headers={"x-openalex-api-version": "2026-05-01"}, + ) + + return httpx.MockTransport(handler) + + +def _make_cited_by_transport( + citing_works: list[dict[str, Any]], +) -> httpx.MockTransport: + """Transport que responde a ``cites:`` con los works dados.""" + + def handler(request: httpx.Request) -> httpx.Response: + url_str = str(request.url) + if "cites" in url_str: + body = { + "results": citing_works, + "meta": {"count": len(citing_works), "next_cursor": None}, + } + else: + body = {"results": [], "meta": {"count": 0, "next_cursor": None}} + return httpx.Response( + 200, + json=body, + headers={"x-openalex-api-version": "2026-05-01"}, + ) + + return httpx.MockTransport(handler) + + +def _make_counting_transport( + doi_map: dict[str, str] | None = None, + citing_works: list[dict[str, Any]] | None = None, +) -> tuple[httpx.MockTransport, dict[str, list[int]]]: + """Transport que cuenta llamadas por tipo y devuelve datos mockeados.""" + doi_map = doi_map or {} + citing_works = citing_works or [] + counters: dict[str, list[int]] = {"doi": [0], "citing": [0], "other": [0]} + + def handler(request: httpx.Request) -> httpx.Response: + url_str = str(request.url) + if "openalex_id" in url_str: + counters["doi"][0] += 1 + results = [ + {"id": f"https://openalex.org/{k}", "doi": f"https://doi.org/{v}"} + for k, v in doi_map.items() + if k in url_str + ] + body: dict[str, Any] = { + "results": results, + "meta": {"count": len(results), "next_cursor": None}, + } + elif "cites" in url_str: + counters["citing"][0] += 1 + body = { + "results": citing_works, + "meta": {"count": len(citing_works), "next_cursor": None}, + } + else: + counters["other"][0] += 1 + body = {"results": [], "meta": {"count": 0, "next_cursor": None}} + return httpx.Response( + 200, + json=body, + headers={"x-openalex-api-version": "2026-05-01"}, + ) + + return httpx.MockTransport(handler), counters + + +def _citing_work(citer_oa_id: str, cites_ids: list[str]) -> dict[str, Any]: + """Work de OpenAlex que cita los seeds dados.""" + return { + "id": f"https://openalex.org/{citer_oa_id}", + "doi": None, + "title": f"Citante {citer_oa_id}", + "display_name": f"Citante {citer_oa_id}", + "publication_year": 2023, + "language": "en", + "abstract_inverted_index": None, + "authorships": [], + "keywords": [], + "referenced_works": [f"https://openalex.org/{oa_id}" for oa_id in cites_ids], + "primary_location": None, + "type": "article", + } + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 1. chain ejecuta la pasada refs→DOI automáticamente +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_chain_resuelve_references_doi(tmp_path: Path) -> None: + """``run_chain`` aplica la pasada refs→DOI sobre el corpus mergeado+dedup.""" + from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + # Corpus con una semilla que tiene references_id pero references_doi vacío + rows = [_row("P1", references_id=["W1111"], is_seed=True)] + db_path = _store_with_corpus(tmp_path, rows) + + # Mock: W1111 → DOI 10.1000/test + transport, counters = _make_counting_transport(doi_map={"W1111": "10.1000/test"}) + run_chain(db_path, direction="backward", transport=transport) + + # Verificar que references_doi se pobló + store = DuckDBStore(db_path) + corpus = store.load() + table = corpus.to_arrow() # leer ANTES de cerrar la conexión DuckDB + store.close() + refs_doi = table.column("references_doi").to_pylist()[0] + + assert refs_doi is not None, "references_doi debe estar poblado" + assert "10.1000/test" in refs_doi, f"DOI esperado no encontrado: {refs_doi}" + # Se hizo al menos una request de DOI resolution + assert counters["doi"][0] >= 1, "Debe haber llamadas de resolución DOI" + + +def test_chain_data_tiene_bloque_enrichment(tmp_path: Path) -> None: + """``run_chain`` retorna ``data['enrichment']`` con métricas de refs→DOI.""" + from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain + + rows = [_row("P1", references_id=["W1111"], is_seed=True)] + db_path = _store_with_corpus(tmp_path, rows) + + transport = _make_doi_transport({"W1111": "10.1000/test"}) + data = run_chain(db_path, direction="backward", transport=transport) + + assert "enrichment" in data, "data debe tener clave 'enrichment'" + enrichment = data["enrichment"] + assert isinstance(enrichment, dict), "enrichment debe ser un dict" + assert "refs_resolved" in enrichment, "enrichment debe tener 'refs_resolved'" + assert "refs_total_unique" in enrichment, ( + "enrichment debe tener 'refs_total_unique'" + ) + assert enrichment["refs_resolved"] == 1 + assert enrichment["refs_total_unique"] == 1 + + +def test_chain_sin_referencias_enrichment_cero(tmp_path: Path) -> None: + """``run_chain`` con corpus sin referencias retorna enrichment con 0.""" + from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain + + rows = [_row("P1", references_id=None)] + db_path = _store_with_corpus(tmp_path, rows) + + transport, counters = _make_counting_transport() + data = run_chain(db_path, direction="backward", transport=transport) + + assert data["enrichment"].get("refs_resolved", 0) == 0 + assert counters["doi"][0] == 0, "Sin referencias no debe hacer requests DOI" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 2. build ejecuta la pasada cited_by cuando hay seeds aceptadas +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_build_dispara_cited_by_con_seeds_aceptadas(tmp_path: Path) -> None: + """``run_build`` corre cited_by y popula co-citación cuando hay seeds aceptadas.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + # 2 seeds aceptadas con source_id + rows = [ + _row( + "P1", + source_id="W100", + is_seed=True, + curation_status=CurationStatus.ACCEPTED, + ), + _row( + "P2", + source_id="W200", + is_seed=True, + curation_status=CurationStatus.ACCEPTED, + ), + ] + db_path = _store_with_corpus(tmp_path, rows) + out_dir = tmp_path / "networks" + + # Mock: C1 cita a W100 y W200 → co-citación + citing = [_citing_work("C1", ["W100", "W200"])] + transport, counters = _make_counting_transport(citing_works=citing) + + data = run_build(db_path, out_dir=out_dir, transport=transport) + + # Se hicieron requests de cited_by + assert counters["citing"][0] >= 1, "Debe haber requests cited_by" + # El enrichment block está presente + assert "enrichment" in data + assert data["enrichment"].get("citing_new", 0) >= 1 + assert data["enrichment"].get("citing_targets", 0) == 2 + + +def test_build_co_citacion_en_redes_tras_cited_by(tmp_path: Path) -> None: + """Tras la pasada cited_by en build, Networks.quick produce co-citación.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + rows = [ + _row( + "P1", + source_id="W100", + is_seed=True, + curation_status=CurationStatus.ACCEPTED, + ), + _row( + "P2", + source_id="W200", + is_seed=True, + curation_status=CurationStatus.ACCEPTED, + ), + ] + db_path = _store_with_corpus(tmp_path, rows) + out_dir = tmp_path / "networks" + + citing = [_citing_work("C1", ["W100", "W200"])] + transport = _make_cited_by_transport(citing) + + data = run_build(db_path, out_dir=out_dir, transport=transport) + + kinds = {n["kind"] for n in data["networks"]} + assert "cocitation" in kinds, ( + f"Co-citación debe estar en redes tras cited_by. Redes: {kinds}" + ) + assert data["networks_built"] == 5, ( + f"Deben ser 5 redes con co-citación. Fueron: {data['networks_built']}" + ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 3. build es no-op (sin requests) cuando no hay seeds aceptadas +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_build_noop_sin_seeds_aceptadas(tmp_path: Path) -> None: + """``run_build`` no hace requests cited_by cuando no hay seeds aceptadas.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + # Solo candidatos — sin seeds aceptadas + rows = [ + _row("P1", is_seed=True, curation_status=CurationStatus.CANDIDATE), + _row("P2", is_seed=True, curation_status=CurationStatus.CANDIDATE), + ] + db_path = _store_with_corpus(tmp_path, rows) + out_dir = tmp_path / "networks" + + transport, counters = _make_counting_transport() + data = run_build(db_path, out_dir=out_dir, transport=transport) + + # Sin seeds aceptadas → 0 requests de cited_by + assert counters["citing"][0] == 0, ( + f"Sin seeds aceptadas no debe hacer requests cited_by; " + f"hizo {counters['citing'][0]}" + ) + # El enrichment block existe pero está vacío + assert "enrichment" in data + assert data["enrichment"] == {}, ( + f"Sin seeds aceptadas, enrichment debe ser vacío: {data['enrichment']}" + ) + + +def test_build_4_redes_sin_seeds_aceptadas(tmp_path: Path) -> None: + """Sin seeds aceptadas build produce 4 redes (sin co-citación) y exit 0.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + rows = [ + _row( + f"P{i}", + is_seed=True, + curation_status=CurationStatus.CANDIDATE, + authors_id=[f"AUTH_{i}", "AUTH_SHARED"], + keywords_id=[f"KW_{i}", "KW_SHARED"], + institutions_id=[f"INST_{i}"], + references_id=[f"REF_{i}", "REF_SHARED"], + ) + for i in range(3) + ] + db_path = _store_with_corpus(tmp_path, rows) + out_dir = tmp_path / "networks" + + transport, counters = _make_counting_transport() + data = run_build(db_path, out_dir=out_dir, transport=transport) + + assert counters["citing"][0] == 0 + kinds = {n["kind"] for n in data["networks"]} + assert "cocitation" not in kinds, "Sin cited_by_id no debe haber co-citación" + # 4 redes base (bibliographic_coupling, coauthorship, cooccurrence, keyword) + assert len(data["networks"]) == 4 or data["networks_built"] == 4, ( + f"Sin co-citación deben ser 4 redes; fueron {data['networks_built']}" + ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 4. enrich suelto sigue funcionando idéntico +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_enrich_suelto_sigue_funcionando(tmp_path: Path) -> None: + """``run_enrich`` (alias) delega en el helper y produce el mismo resultado.""" + from bib2graph.cli.commands.enrich import run_enrich + + rows = [ + _row( + "P1", + source_id="W100", + is_seed=True, + curation_status=CurationStatus.ACCEPTED, + references_id=["W999"], + ) + ] + db_path = _store_with_corpus(tmp_path, rows) + + citing = [_citing_work("C1", ["W100"])] + transport, _ = _make_counting_transport( + doi_map={"W999": "10.1000/ref"}, + citing_works=citing, + ) + + data = run_enrich(db_path, transport=transport) + + # Claves estables del contrato original + assert "refs_resolved" in data + assert "refs_total_unique" in data + assert "citing_new" in data + assert "citing_targets" in data + assert "total_papers" in data + assert isinstance(data["refs_resolved"], int) + assert isinstance(data["total_papers"], int) + + +def test_enrich_suelto_claves_numericas(tmp_path: Path) -> None: + """``run_enrich`` retorna exactamente las 5 claves requeridas (contrato original).""" + from bib2graph.cli.commands.enrich import run_enrich + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + rows = [_row("P1", references_id=["W111"])] + db_path = tmp_path / "e.duckdb" + store = DuckDBStore(db_path) + store.persist(_corpus_from_rows(rows)) + store.close() + + transport = _make_doi_transport({"W111": "10.1000/xyz"}) + data = run_enrich(db_path, transport=transport) + + required = { + "refs_resolved", + "refs_total_unique", + "citing_new", + "citing_targets", + "total_papers", + } + assert required.issubset(data.keys()), ( + f"Faltan claves en data: {required - set(data.keys())}" + ) + assert data["total_papers"] == 1 + assert data["refs_resolved"] == 1 + assert data["refs_total_unique"] == 1 + assert data["citing_new"] == 0 # sin seeds aceptadas → 0 + assert data["citing_targets"] == 0 + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 5. data["enrichment"] es aditivo y no rompe schema="1" +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_chain_enrichment_no_rompe_schema(tmp_path: Path) -> None: + """``data['enrichment']`` es un dict plano y no cambia el envelope schema.""" + from bib2graph.cli._envelope import build_envelope + from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain + + rows = [_row("P1", references_id=["W1111"])] + db_path = _store_with_corpus(tmp_path, rows) + + transport = _make_doi_transport({"W1111": "10.1000/test"}) + data = run_chain(db_path, direction="backward", transport=transport) + + envelope = build_envelope(command="chain", ok=True, data=data, exit_code=0) + assert envelope["schema"] == "1", f"schema debe ser '1', es '{envelope['schema']}'" + assert isinstance(data["enrichment"], dict) + + +def test_build_enrichment_no_rompe_schema(tmp_path: Path) -> None: + """``data['enrichment']`` en build es un dict plano; schema='1' intacto.""" + from bib2graph.cli._envelope import build_envelope + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + rows = [_row("P1", is_seed=True, curation_status=CurationStatus.CANDIDATE)] + db_path = _store_with_corpus(tmp_path, rows) + out_dir = tmp_path / "networks" + + transport, _ = _make_counting_transport() + data = run_build(db_path, out_dir=out_dir, transport=transport) + + envelope = build_envelope(command="build", ok=True, data=data, exit_code=0) + assert envelope["schema"] == "1" + assert "enrichment" in data + assert isinstance(data["enrichment"], dict) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 6. Helper enrich_corpus: pass_name inválido → ValueError +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_enrich_corpus_pass_name_invalido() -> None: + """``enrich_corpus`` con ``pass_name`` desconocido lanza ``ValueError``.""" + from bib2graph.cli._enrich import enrich_corpus + from bib2graph.sources.openalex import OpenAlexSource + + corpus = _corpus_from_rows([_row("P1")]) + source = OpenAlexSource() + + with pytest.raises(ValueError, match="pass_name desconocido"): + enrich_corpus(corpus, source, pass_name="invalid_pass") + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 7. Helper enrich_corpus: métricas correctas por pasada +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_enrich_corpus_refs_doi_solo() -> None: + """``enrich_corpus(pass_name='refs_doi')`` retorna métricas de refs→DOI.""" + from bib2graph.cli._enrich import enrich_corpus + from bib2graph.sources.openalex import OpenAlexSource + + corpus = _corpus_from_rows([_row("P1", references_id=["W111"])]) + transport = _make_doi_transport({"W111": "10.1000/x"}) + source = OpenAlexSource(transport=transport) + + enriched, metrics = enrich_corpus(corpus, source, pass_name="refs_doi") + + assert "refs_resolved" in metrics + assert "refs_total_unique" in metrics + # cited_by keys no deben estar si no se ejecutó esa pasada + assert "citing_new" not in metrics + assert "citing_targets" not in metrics + # Corpus gana el DOI + refs_doi = enriched.to_arrow().column("references_doi").to_pylist()[0] + assert refs_doi is not None + assert "10.1000/x" in refs_doi + + +def test_enrich_corpus_cited_by_solo() -> None: + """``enrich_corpus(pass_name='cited_by')`` retorna métricas de cited_by.""" + from bib2graph.cli._enrich import enrich_corpus + from bib2graph.sources.openalex import OpenAlexSource + + corpus = _corpus_from_rows( + [_row("P1", source_id="W100", curation_status=CurationStatus.ACCEPTED)] + ) + citing = [_citing_work("C1", ["W100"])] + transport = _make_cited_by_transport(citing) + source = OpenAlexSource(transport=transport) + + enriched, metrics = enrich_corpus(corpus, source, pass_name="cited_by") + + assert "citing_new" in metrics + assert "citing_targets" in metrics + # refs_doi keys no deben estar si no se ejecutó esa pasada + assert "refs_resolved" not in metrics + # Corpus gana el citante + cited_by = enriched.to_arrow().column("cited_by_id").to_pylist()[0] + assert cited_by is not None + assert "C1" in cited_by + + +def test_enrich_corpus_both_tiene_todas_las_claves() -> None: + """``enrich_corpus(pass_name='both')`` retorna todas las métricas.""" + from bib2graph.cli._enrich import enrich_corpus + from bib2graph.sources.openalex import OpenAlexSource + + corpus = _corpus_from_rows( + [ + _row( + "P1", + source_id="W100", + curation_status=CurationStatus.ACCEPTED, + references_id=["W999"], + ) + ] + ) + citing = [_citing_work("C1", ["W100"])] + transport, _ = _make_counting_transport( + doi_map={"W999": "10.1000/ref"}, citing_works=citing + ) + source = OpenAlexSource(transport=transport) + + _enriched, metrics = enrich_corpus(corpus, source, pass_name="both") + + assert "refs_resolved" in metrics + assert "refs_total_unique" in metrics + assert "citing_new" in metrics + assert "citing_targets" in metrics + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 8. build: max_citing controla el tope de citantes por seed +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_build_max_citing_limita_citantes(tmp_path: Path) -> None: + """``run_build(max_citing=1)`` limita cited_by_id a 1 citante por seed.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + rows = [ + _row( + "P1", + source_id="W100", + is_seed=True, + curation_status=CurationStatus.ACCEPTED, + ) + ] + db_path = _store_with_corpus(tmp_path, rows) + out_dir = tmp_path / "networks" + + # 5 citantes de W100 + citing = [_citing_work(f"C{i}", ["W100"]) for i in range(1, 6)] + transport = _make_cited_by_transport(citing) + + run_build(db_path, out_dir=out_dir, transport=transport, max_citing=1) + + # Verificar que cited_by_id tiene ≤ 1 elemento + store = DuckDBStore(db_path) + corpus = store.load() + rows_out = corpus.to_arrow().to_pylist() # leer ANTES de cerrar + store.close() + p1 = next(r for r in rows_out if r["id"] == "P1") + cited = p1.get("cited_by_id") or [] + assert len(cited) <= 1, f"max_citing=1 debe limitar a ≤1 citante; hay {len(cited)}" From b4f712350637d23375619a906862a393fa8e7e11 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sat, 27 Jun 2026 23:03:02 -0500 Subject: [PATCH 15/27] refactor(cli): retirar verbo thesaurus, preservar capacidad como build --thesaurus (#164) (#179) MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Sub-issue del epic #167 (ADR 0038/0011). - Retira el VERBO thesaurus (borra cli/commands/thesaurus.py, des-registra en cli/__init__.py). La capacidad (consolidación cross-lingüe, ADR 0011) se preserva como flag build --thesaurus : carga el mapa y aplica apply_thesaurus + persist_replace sobre el corpus completo ANTES del scoping/proyección. - preprocessors/thesaurus.py y Preprocessor.apply_thesaurus INTACTOS (ADR 0011). - facade.py: fix_command de red keyword-vacía → "b2g build --thesaurus ". - data["thesaurus"] aditivo (stats); sin --thesaurus, build idéntico. Docs de contrato (retiro thesaurus + flag + nota append-only 0031) se consolidan en #166. Invariante: envelope schema="1", exit codes intactos. Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- src/bib2graph/cli/__init__.py | 6 +- src/bib2graph/cli/_ingest.py | 4 +- src/bib2graph/cli/commands/build.py | 99 ++++++++ src/bib2graph/cli/commands/thesaurus.py | 186 --------------- src/bib2graph/networks/facade.py | 11 +- tests/unit/test_build_thesaurus_flag.py | 287 ++++++++++++++++++++++++ tests/unit/test_cli_json_option.py | 1 - tests/unit/test_ingest.py | 140 +----------- tests/unit/test_status_10.py | 10 +- 9 files changed, 407 insertions(+), 337 deletions(-) delete mode 100644 src/bib2graph/cli/commands/thesaurus.py create mode 100644 tests/unit/test_build_thesaurus_flag.py diff --git a/src/bib2graph/cli/__init__.py b/src/bib2graph/cli/__init__.py index e2fb329..c6783a5 100644 --- a/src/bib2graph/cli/__init__.py +++ b/src/bib2graph/cli/__init__.py @@ -9,7 +9,7 @@ Subcomandos planos (18): init, seed, chain, filter, build, enrich, monitor, export, status, validate, accept, reject, networks, restore (shim #163), - thesaurus, gui, resolve. + gui, resolve. inspect: absorbido por ``read show`` (#156); permanece como alias. @@ -67,7 +67,6 @@ from bib2graph.cli.commands.seed import seed_cmd from bib2graph.cli.commands.snapshot import snapshot_grp from bib2graph.cli.commands.status import status_cmd -from bib2graph.cli.commands.thesaurus import thesaurus_cmd from bib2graph.cli.commands.validate import validate_cmd @@ -114,7 +113,7 @@ def b2g(ctx: click.Context, workspace: str | None) -> None: Subcomandos: init, seed, chain, filter, build, enrich, monitor, export, status, validate, accept, reject, networks, restore (shim), - thesaurus, gui, resolve, + gui, resolve, read [list|stats|show|top], curate [dump|apply|accept|reject|filter], snapshot [create|restore] (ADR 0038). @@ -147,7 +146,6 @@ def b2g(ctx: click.Context, workspace: str | None) -> None: b2g.add_command(curate_grp) b2g.add_command(networks_cmd) b2g.add_command(restore_cmd) -b2g.add_command(thesaurus_cmd) b2g.add_command(gui_cmd) b2g.add_command(resolve_cmd) b2g.add_command(read_grp) diff --git a/src/bib2graph/cli/_ingest.py b/src/bib2graph/cli/_ingest.py index 4beec33..3886aca 100644 --- a/src/bib2graph/cli/_ingest.py +++ b/src/bib2graph/cli/_ingest.py @@ -3,7 +3,7 @@ Aplica la pipeline de preprocesamiento automático al corpus completo en el momento de la ingesta (seed / seed_from_bib / restore / chain), sobre el corpus YA MERGEADO con el existente. El thesaurus queda como paso explícito -(``b2g thesaurus``). +(``b2g build --thesaurus``). Orden determinista: 1. ``Preprocessor().normalize`` — canonicaliza ``authors_id`` y ``language``. @@ -48,7 +48,7 @@ def normalize_and_dedup( mismo resultado (las tres operaciones son idempotentes). El thesaurus NO se aplica aquí; es un paso explícito del usuario - (``b2g thesaurus``). + (``b2g build --thesaurus``). Args: corpus: Corpus de entrada (no muta; semántica de valor). diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/build.py b/src/bib2graph/cli/commands/build.py index a65e8d2..696028e 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/build.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/build.py @@ -37,6 +37,7 @@ import csv as _csv import json import sys +from datetime import UTC, datetime from pathlib import Path from typing import TYPE_CHECKING, Any @@ -236,6 +237,73 @@ def _write_artifacts( return networks_info +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helper: aplicar thesaurus al corpus y persistir (ADR 0011, #164) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _apply_thesaurus_and_persist( + corpus: Corpus, + thesaurus_path: str | Path, + store: Any, +) -> tuple[Corpus, dict[str, Any]]: + """Aplica el thesaurus al corpus completo y persiste (ADR 0011, #164). + + Sobrescribe keywords_id con los conceptos canonicos del mapa curado + y persiste el resultado. El CycleState NO se modifica aqui. + Se aplica al corpus COMPLETO (pre-scoping) para que la consolidacion + impacte la co-ocurrencia de keywords sea cual sea el scope de la red. + + Args: + corpus: Corpus a procesar (no muta; semantica de valor). + thesaurus_path: Ruta al JSON del thesaurus (formato ADR 0011). + store: Store abierto (para persist_replace). + + Returns: + Tupla (corpus_actualizado, stats) con keywords_mapped, + keywords_total, aliases_loaded y applied_at. + + Raises: + DataError: Si el archivo no existe o tiene formato invalido. + """ + from bib2graph.preprocessors.preprocessor import Preprocessor + from bib2graph.preprocessors.thesaurus import load_thesaurus + + resolved = Path(thesaurus_path) + try: + lookup = load_thesaurus(resolved) + except (FileNotFoundError, KeyError, ValueError, TypeError) as exc: + raise DataError( + f"No se pudo cargar el thesaurus '{resolved}': {exc}. " + "Verificá el formato JSON ADR 0011." + ) from exc + + applied_at = datetime.now(UTC) + preprocessor = Preprocessor() + updated = preprocessor.apply_thesaurus(corpus, resolved, applied_at=applied_at) + + # persist_replace: evita acumulacion de canonicos viejos (ADR 0011). + store.persist_replace(updated) + + rows = updated.to_arrow().to_pylist() + total_kw = sum(len(r["keywords_id"]) for r in rows if r.get("keywords_id")) + canonical_set = set(lookup.values()) + mapped_kw = sum( + 1 + for r in rows + if r.get("keywords_id") + for kw in r["keywords_id"] + if kw in canonical_set + ) + stats: dict[str, Any] = { + "keywords_mapped": mapped_kw, + "keywords_total": total_kw, + "aliases_loaded": len(lookup), + "applied_at": applied_at.isoformat(), + } + return updated, stats + + # --------------------------------------------------------------------------- # Función núcleo (testeable, sin Click) # --------------------------------------------------------------------------- @@ -252,6 +320,7 @@ def run_build( email: str | None = None, transport: Any = None, max_citing: int | None = None, + thesaurus_path: str | Path | None = None, ) -> dict[str, Any]: """Computa redes bibliométricas y escribe artefactos a disco. @@ -311,9 +380,17 @@ def run_build( from bib2graph.networks.facade import Networks, predict_build_preview store = open_store(store_path) + thesaurus_stats: dict[str, Any] | None = None try: corpus_full = store.load() + # Aplicar thesaurus ANTES del scoping y ANTES de proyectar redes (#164). + # Persiste el corpus con keywords_id canonicos para builds posteriores. + if thesaurus_path is not None: + corpus_full, thesaurus_stats = _apply_thesaurus_and_persist( + corpus_full, thesaurus_path, store + ) + # R3 — fuente única de verdad: el destino de la transición lo dicta cycle.py, # no un literal en el comando (ADR 0016 enmendado §1). current_state = store.backend.loop_state() @@ -387,6 +464,7 @@ def run_build( "empty_networks": [], "maturity": _maturity_empty, "enrichment": enrich_metrics, + "thesaurus": thesaurus_stats, } # Diagnóstico pre-build (ADR 0037 §(e), fuente única con status-time). @@ -503,6 +581,7 @@ def run_build( "empty_networks": empty_networks, "maturity": maturity, "enrichment": enrich_metrics, + "thesaurus": thesaurus_stats, } @@ -583,6 +662,18 @@ def run_build( default=None, help="Email para el polite pool de OpenAlex (pasada cited_by).", ) +@click.option( + "--thesaurus", + "thesaurus_path", + type=click.Path(exists=True, dir_okay=False), + default=None, + help=( + "Ruta al JSON del thesaurus multilingüe (formato ADR 0011). " + "Aplica consolidacion conceptual cross-lingue sobre keywords_id " + "ANTES de proyectar redes, y persiste el corpus actualizado. " + "Absorbe la capacidad del verbo retirado b2g thesaurus (#164)." + ), +) @json_option @click.pass_context @handle_errors("build") @@ -595,6 +686,7 @@ def build_cmd( min_weight: int, max_citing: int | None, email: str | None, + thesaurus_path: str | None, json_output: bool, ) -> None: """Computa redes bibliométricas y escribe artefactos. @@ -644,6 +736,7 @@ def build_cmd( scope_cli_token=cli_token, email=email, max_citing=max_citing, + thesaurus_path=thesaurus_path, ) if json_mode(json_output): @@ -666,6 +759,12 @@ def build_cmd( f"ADVERTENCIA: Red '{en['kind']}' vacía — {en['reason']}.{fix}", file=sys.stderr, ) + if data.get("thesaurus"): + th = data["thesaurus"] + emit_human( + f"Thesaurus aplicado: {th['keywords_mapped']} keywords mapeadas " + f"(de {th['keywords_total']} totales, {th['aliases_loaded']} aliases cargados)." + ) emit_human(f"Redes construidas: {data['networks_built']}") emit_human(f"Artefactos en: {data['artifacts_dir']}") emit_human(f"corpus_hash: {data['corpus_hash']}") diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/thesaurus.py b/src/bib2graph/cli/commands/thesaurus.py deleted file mode 100644 index 9460a08..0000000 --- a/src/bib2graph/cli/commands/thesaurus.py +++ /dev/null @@ -1,186 +0,0 @@ -"""cli.commands.thesaurus — Subcomando ``b2g thesaurus``. - -Aplica un thesaurus multilingüe curado al corpus, sobrescribiendo -``keywords_id`` con los conceptos canónicos definidos por el usuario. - -Transversal al FSM: NO transiciona el ``CycleState`` (mismo criterio que -``b2g enrich`` / ``b2g curate`` / ``b2g networks``). El thesaurus es un -paso explícito y voluntario del investigador; la deduplicación automática -(``normalize + dedup``) ocurre en la ingesta. - -Formato del thesaurus JSON (ADR 0011): - { - "concepts": { - "": { - "aliases_en": ["...", "..."], - "aliases_es": ["...", "..."], - "aliases_pt": ["...", "..."] - } - } - } - -Envelope ``--json`` (schema="1"): ``keywords_mapped``, ``keywords_total``, -``aliases_loaded``, ``applied_at``. -""" - -from __future__ import annotations - -from datetime import UTC, datetime -from pathlib import Path -from typing import Any - -import click - -from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human -from bib2graph.cli._errors import DataError, handle_errors -from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option -from bib2graph.cli._store import open_store, resolve_library_path - -# --------------------------------------------------------------------------- -# Función núcleo (testeable, sin Click) -# --------------------------------------------------------------------------- - - -def run_thesaurus( - store_path: str | Path, - thesaurus_path: str | Path, -) -> dict[str, Any]: - """Aplica el thesaurus al corpus y persiste sin transicionar el CycleState. - - Lee el corpus del store, aplica ``Preprocessor.apply_thesaurus`` (que - sobrescribe ``keywords_id`` desde los aliases del thesaurus) y persiste - el corpus actualizado. El ``CycleState`` no cambia. - - Args: - store_path: Ruta al archivo ``.duckdb``. - thesaurus_path: Ruta al JSON del thesaurus (formato ADR 0011). - - Returns: - Dict con ``keywords_mapped``, ``keywords_total``, ``aliases_loaded``, - ``applied_at``. - - Raises: - DataError: Si el thesaurus no existe o tiene formato inválido. - StoreError: Si el store está bloqueado. - """ - from bib2graph.preprocessors.preprocessor import Preprocessor - from bib2graph.preprocessors.thesaurus import load_thesaurus - - resolved = Path(thesaurus_path) - if not resolved.exists(): - raise DataError( - f"El thesaurus '{resolved}' no existe. " - "Verificá la ruta al archivo JSON del thesaurus." - ) - - try: - lookup = load_thesaurus(resolved) - except Exception as exc: - raise DataError( - f"No se pudo cargar el thesaurus '{resolved}': {exc}. " - "Verificá que el archivo tenga el formato correcto " - '({"concepts": {"canonical": {"aliases_en": [...]}}})' - ) from exc - - applied_at = datetime.now(UTC) - preprocessor = Preprocessor() - - merged_backend_close = None - store = open_store(store_path) - try: - corpus = store.load() - - result = preprocessor.apply_thesaurus( - corpus, - resolved, - applied_at=applied_at, - ) - - # Contar keywords mapeadas por el thesaurus - rows = result.to_arrow().to_pylist() - total_kw = sum(len(r["keywords_id"]) for r in rows if r.get("keywords_id")) - # Contar cuántas son canónicas del thesaurus (keys del lookup invertido) - canonical_set = set(lookup.values()) - mapped_kw = sum( - 1 - for r in rows - if r.get("keywords_id") - for kw in r["keywords_id"] - if kw in canonical_set - ) - - merged_backend_close = getattr(result._backend, "close", None) - # persist_replace: el thesaurus reemplaza los keywords_id del corpus - # completo; el upsert-concat reintroduría los canónicos viejos junto a - # los nuevos si el mapeo cambió (mismo bug que el dedup cross-biblioteca). - store.persist_replace(result) - # NO transicionar el CycleState (transversal al lazo) - finally: - if merged_backend_close is not None: - merged_backend_close() - store.close() - - return { - "keywords_mapped": mapped_kw, - "keywords_total": total_kw, - "aliases_loaded": len(lookup), - "applied_at": applied_at.isoformat(), - } - - -# --------------------------------------------------------------------------- -# Comando Click (no se testea directamente) -# --------------------------------------------------------------------------- - - -@click.command("thesaurus") -@click.option( - "--from", - "thesaurus_path", - required=True, - type=click.Path(), - help=( - "Ruta al archivo JSON del thesaurus multilingüe (formato ADR 0011). " - "Sobrescribe keywords_id con los conceptos canónicos del mapa." - ), -) -@json_option -@click.pass_context -@handle_errors("thesaurus") -def thesaurus_cmd( - ctx: click.Context, - thesaurus_path: str, - json_output: bool, -) -> None: - """Aplica el thesaurus multilingüe al corpus (transversal al lazo). - - Sobrescribe ``keywords_id`` con los conceptos canónicos del mapa curado. - NO transiciona el CycleState: puede aplicarse en cualquier momento del - ciclo bibliométrico (igual que enrich, curate y networks). - - \\b - El thesaurus debe ser un JSON con la estructura: - {\"concepts\": {\"canonical\": {\"aliases_en\": [...], \"aliases_es\": [...]}}} - - \\b - Ejemplos: - b2g thesaurus --from thesaurus.json - b2g thesaurus --from thesaurus.json --json - """ - store_path = resolve_library_path(ctx.obj) - data = run_thesaurus(store_path, thesaurus_path) - - if json_mode(json_output): - envelope = build_envelope( - command="thesaurus", - ok=True, - data=data, - exit_code=0, - ) - emit(envelope) - else: - emit_human( - f"Thesaurus aplicado: {data['keywords_mapped']} keywords mapeadas " - f"(de {data['keywords_total']} totales, " - f"{data['aliases_loaded']} aliases cargados)." - ) diff --git a/src/bib2graph/networks/facade.py b/src/bib2graph/networks/facade.py index bbe3bef..10286db 100644 --- a/src/bib2graph/networks/facade.py +++ b/src/bib2graph/networks/facade.py @@ -484,7 +484,6 @@ def predict_build_preview(corpus: Corpus) -> list[dict[str, object]]: "kind": str(NetworkKind.BIBLIOGRAPHIC_COUPLING), "would_be_empty": bc_empty, "reason": bc_reason, - # TODO(0037 1B): reapuntar fix_command al consolidar verbos "fix_command": "b2g seed --resolve" if bc_empty else None, } ) @@ -509,7 +508,6 @@ def predict_build_preview(corpus: Corpus) -> list[dict[str, object]]: "kind": str(NetworkKind.AUTHOR_COLLAB), "would_be_empty": ac_empty, "reason": ac_reason, - # TODO(0037 1B): reapuntar fix_command al consolidar verbos "fix_command": "b2g seed --resolve" if ac_empty else None, } ) @@ -533,7 +531,6 @@ def predict_build_preview(corpus: Corpus) -> list[dict[str, object]]: "kind": str(NetworkKind.INSTITUTION_COLLAB), "would_be_empty": ic_empty, "reason": ic_reason, - # TODO(0037 1B): reapuntar fix_command al consolidar verbos "fix_command": "b2g seed --resolve" if ic_empty else None, } ) @@ -553,10 +550,11 @@ def predict_build_preview(corpus: Corpus) -> list[dict[str, object]]: f"{n_kw_any}/{total} papers con {Col.KEYWORDS_ID} " f"pero ninguno con ≥2 keywords distintas" ) - # Si hay keywords_raw pero no keywords_id, el thesaurus puede generarlos - # TODO(0037 1B): reapuntar fix_command al consolidar verbos + # Si hay keywords_raw pero no keywords_id, build --thesaurus puede generarlos kw_fix: str | None = ( - "b2g thesaurus" if n_kw_raw > 0 and n_kw_any == 0 else "b2g seed --resolve" + "b2g build --thesaurus " + if n_kw_raw > 0 and n_kw_any == 0 + else "b2g seed --resolve" ) else: kw_reason = None @@ -592,7 +590,6 @@ def predict_build_preview(corpus: Corpus) -> list[dict[str, object]]: "kind": str(NetworkKind.COCITATION), "would_be_empty": coc_empty, "reason": coc_reason, - # TODO(0037 1B): reapuntar fix_command al consolidar verbos "fix_command": "b2g enrich" if coc_empty else None, } ) diff --git a/tests/unit/test_build_thesaurus_flag.py b/tests/unit/test_build_thesaurus_flag.py new file mode 100644 index 0000000..680cdef --- /dev/null +++ b/tests/unit/test_build_thesaurus_flag.py @@ -0,0 +1,287 @@ +"""Tests para el flag build --thesaurus (#164). + +El verbo `b2g thesaurus` fue retirado. La capacidad se movio al flag +`b2g build --thesaurus ` (ADR 0038). + +Secciones: +1. build --thesaurus aplica consolidacion de keywords_id (unitario). +2. Sin --thesaurus el build funciona igual que antes. +3. El verbo b2g thesaurus ya no existe en el CLI. +4. El envelope JSON contiene stats del thesaurus cuando se pasa --thesaurus. +5. Thesaurus inexistente emite DataError. +""" + +from __future__ import annotations + +import json +import pathlib +from typing import Any + +import pyarrow as pa +import pytest + +from bib2graph.schemas import CORPUS_SCHEMA + +pytestmark = pytest.mark.unit + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helpers locales (mismo contrato que test_ingest._make_corpus_row / _make_parquet) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _row( + *, + id: str, + title: str = "Test", + keywords_raw: list[str] | None = None, + keywords_id: list[str] | None = None, + year: int = 2020, +) -> dict[str, Any]: + return { + "id": id, + "openalex_id": None, + "doi": None, + "title": title, + "year": year, + "abstract": None, + "source": None, + "language": "en", + "publisher": None, + "research_areas": None, + "is_seed": True, + "curation_status": "candidate", + "provenance": None, + "authors_raw": None, + "authors_id": None, + "authors_affiliations": None, + "keywords_raw": keywords_raw, + "keywords_id": keywords_id, + "institutions_raw": None, + "institutions_id": None, + "references_id": None, + "references_doi": None, + "cited_by_id": None, + } + + +def _write_parquet(tmp_path: pathlib.Path, rows: list[dict[str, Any]]) -> pathlib.Path: + import pyarrow.parquet as pq + + p = tmp_path / "corpus.parquet" + pq.write_table(pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA), str(p)) + return p + + +def _make_minimal_thesaurus(canonical: str, aliases: list[str]) -> dict[str, Any]: + return {"concepts": {canonical: {"aliases_en": aliases}}} + + +def _setup_store(tmp_path: pathlib.Path) -> pathlib.Path: + """Crea un store con corpus basico (deep learning + machine learning).""" + from bib2graph.cli.commands.restore import run_restore + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + rows = [ + _row(id="P1", title="Paper on deep learning", keywords_raw=["deep learning"]), + _row(id="P2", title="Paper on ml", keywords_raw=["machine learning"]), + ] + run_restore(store_path, _write_parquet(tmp_path, rows)) + return store_path + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 1. build --thesaurus aplica consolidacion +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_build_thesaurus_consolida_keywords_id(tmp_path: pathlib.Path) -> None: + """build --thesaurus unifica aliases bajo el termino canonico en keywords_id.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + from bib2graph.constants import Col + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + th = _make_minimal_thesaurus("ml", ["deep learning", "machine learning", "ml"]) + th_path = tmp_path / "th.json" + th_path.write_text(json.dumps(th), encoding="utf-8") + + store_path = _setup_store(tmp_path) + run_build(store_path, thesaurus_path=th_path) + + corpus = DuckDBStore(store_path).load() + rows = corpus.to_arrow().to_pylist() + all_kw_ids = [kw for row in rows for kw in (row.get(Col.KEYWORDS_ID) or [])] + + assert "ml" in all_kw_ids, ( + f"El canonical 'ml' debe estar en keywords_id. Got: {all_kw_ids}" + ) + assert "deep learning" not in all_kw_ids, ( + "El alias 'deep learning' no debe estar en keywords_id (solo el canonical)." + ) + assert "machine learning" not in all_kw_ids, ( + "El alias 'machine learning' no debe estar en keywords_id (solo el canonical)." + ) + + +def test_build_thesaurus_retorna_stats(tmp_path: pathlib.Path) -> None: + """run_build con thesaurus_path retorna stats en data thesaurus.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + th = _make_minimal_thesaurus("ml", ["deep learning", "machine learning"]) + th_path = tmp_path / "th.json" + th_path.write_text(json.dumps(th), encoding="utf-8") + + store_path = _setup_store(tmp_path) + data = run_build(store_path, thesaurus_path=th_path) + + th_stats = data.get("thesaurus") + assert th_stats is not None, "run_build debe retornar stats en data['thesaurus']" + assert "keywords_mapped" in th_stats + assert "keywords_total" in th_stats + assert "aliases_loaded" in th_stats + assert "applied_at" in th_stats + assert ( + th_stats["aliases_loaded"] == 3 + ) # 2 aliases + canonical self-map (ADR 0011 idempotence) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 2. Sin --thesaurus el build funciona como antes +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_build_sin_thesaurus_funciona_normal(tmp_path: pathlib.Path) -> None: + """Sin --thesaurus, run_build no aplica thesaurus y retorna data thesaurus = None.""" + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + from bib2graph.cli.commands.restore import run_restore + + store_path = tmp_path / "lib.duckdb" + rows = [_row(id="P1", title="Paper A", keywords_raw=["ecology"])] + run_restore(store_path, _write_parquet(tmp_path, rows)) + + data = run_build(store_path) + + assert data.get("thesaurus") is None, ( + "Sin thesaurus_path, data['thesaurus'] debe ser None" + ) + assert "networks_built" in data + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 3. El verbo b2g thesaurus ya no existe +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_b2g_thesaurus_verb_no_existe() -> None: + """El subcomando thesaurus fue eliminado del CLI (#164).""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke(b2g, ["thesaurus", "--from", "nada.json"]) + + assert result.exit_code != 0, "El verbo 'thesaurus' no debe existir" + output = result.output or "" + assert "No such command" in output or "Error" in output + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 4. Envelope JSON con thesaurus stats +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_build_thesaurus_json_envelope(tmp_path: pathlib.Path) -> None: + """build --thesaurus --json produce envelope schema=1 con thesaurus stats.""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + from bib2graph.cli.commands.restore import run_restore + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test_th") + rows = [_row(id="P1", title="Paper A", keywords_raw=["neural net"])] + run_restore(ws.library_path, _write_parquet(tmp_path, rows)) + + th = _make_minimal_thesaurus("ml", ["neural net", "deep learning"]) + th_path = tmp_path / "th.json" + th_path.write_text(json.dumps(th), encoding="utf-8") + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws_dir), + "build", + "--thesaurus", + str(th_path), + "--json", + ], + catch_exceptions=False, + ) + + assert result.exit_code == 0, f"exit != 0: {result.output}" + envelope = json.loads(result.output) + assert envelope["schema"] == "1" + assert envelope["ok"] is True + assert envelope["command"] == "build" + data = envelope["data"] + assert data.get("thesaurus") is not None + assert "keywords_mapped" in data["thesaurus"] + assert "aliases_loaded" in data["thesaurus"] + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 5. Thesaurus inexistente emite DataError +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_build_thesaurus_inexistente_error(tmp_path: pathlib.Path) -> None: + """build --thesaurus con ruta inexistente emite DataError (exit code 2).""" + from click.testing import CliRunner + + from bib2graph.cli import b2g + from bib2graph.cli.commands.restore import run_restore + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test_err") + rows = [_row(id="P1", title="Paper A")] + run_restore(ws.library_path, _write_parquet(tmp_path, rows)) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws_dir), + "build", + "--thesaurus", + str(tmp_path / "no_existe.json"), + "--json", + ], + ) + + assert result.exit_code != 0, "Debe fallar con thesaurus inexistente" + + +@pytest.mark.unit +def test_build_thesaurus_json_malformado_dataerror(tmp_path: pathlib.Path) -> None: + """build --thesaurus con JSON malformado (existente) -> DataError limpio (#164). + + Regresion: el curador edita el JSON a mano y lo rompe; debe dar un DataError + accionable (exit 2), no un traceback no controlado. + """ + import pytest as _pytest + + from bib2graph.cli._errors import DataError + from bib2graph.cli.commands.build import run_build + + th_path = tmp_path / "th_malformado.json" + th_path.write_text("{ esto no es json valido ", encoding="utf-8") + + store_path = _setup_store(tmp_path) + with _pytest.raises(DataError): + run_build(store_path, thesaurus_path=th_path) diff --git a/tests/unit/test_cli_json_option.py b/tests/unit/test_cli_json_option.py index 4de0633..6ffbc67 100644 --- a/tests/unit/test_cli_json_option.py +++ b/tests/unit/test_cli_json_option.py @@ -159,7 +159,6 @@ def _assert_one_json_line(stdout: str, *, schema: str = "1") -> dict: ["curate", "dump", "--json"], ["restore", "--from-corpus", "nonexistent.parquet", "--json"], ["seed", "--equation", "test query", "--json"], - ["thesaurus", "--from", "nonexistent.json", "--json"], ] diff --git a/tests/unit/test_ingest.py b/tests/unit/test_ingest.py index 78df291..41c59ef 100644 --- a/tests/unit/test_ingest.py +++ b/tests/unit/test_ingest.py @@ -20,9 +20,8 @@ - ``Preprocessor().normalize(corpus, applied_at=)`` registra el timestamp inyectado, no ``now()``. -6. Comando b2g thesaurus: - - Contrato JSON (envelope versionado). - - NO transiciona el CycleState. +6. Verbo b2g thesaurus RETIRADO (#164): la capacidad se mueve a build --thesaurus. + Ver test_build_thesaurus_flag.py para tests del nuevo flag. 7. Dedup CROSS-BIBLIOTECA (el bug que faltaba): - seed → seed con variante del mismo autor en paper DISTINTO → colapsado. @@ -475,134 +474,11 @@ def test_preprocessor_apply_thesaurus_usa_applied_at_inyectado( # --------------------------------------------------------------------------- -# 6. b2g thesaurus: contrato JSON + NO transiciona CycleState +# 6. Verbo b2g thesaurus RETIRADO (#164) +# La capacidad se movio a build --thesaurus. Ver test_build_thesaurus_flag.py # --------------------------------------------------------------------------- -def test_thesaurus_cmd_json_envelope(tmp_path: Path) -> None: - """b2g thesaurus --json produce envelope versionado con las claves correctas.""" - import json as _json - - from click.testing import CliRunner - - from bib2graph.cli import b2g - from bib2graph.cli.commands.seed import run_seed - from bib2graph.workspace import Workspace - - # Preparar workspace con corpus - ws_dir = tmp_path / "ws" - ws = Workspace.init(ws_dir, "test") - run_seed(ws.library_path, "ecology", transport=_make_mock_transport()) - - # Thesaurus mínimo - thesaurus = {"concepts": {"ecology": {"aliases_en": ["ecology"]}}} - thesaurus_path = tmp_path / "thesaurus.json" - thesaurus_path.write_text(_json.dumps(thesaurus), encoding="utf-8") - - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - [ - "--workspace", - str(ws_dir), - "thesaurus", - "--from", - str(thesaurus_path), - "--json", - ], - catch_exceptions=False, - ) - - assert result.exit_code == 0, f"exit != 0: {result.output}" - envelope = _json.loads(result.output) - - assert envelope["schema"] == "1" - assert envelope["ok"] is True - assert envelope["command"] == "thesaurus" - # Claves del data - assert "keywords_mapped" in envelope["data"] - assert "keywords_total" in envelope["data"] - assert "aliases_loaded" in envelope["data"] - assert "applied_at" in envelope["data"] - assert envelope["data"]["aliases_loaded"] == 1 - - -def test_thesaurus_cmd_no_transiciona_cycle_state(tmp_path: Path) -> None: - """b2g thesaurus NO transiciona el CycleState (transversal al lazo). - - Tras aplicar el thesaurus, el estado del lazo debe ser el mismo que antes. - """ - import json as _json - - from click.testing import CliRunner - - from bib2graph.cli import b2g - from bib2graph.cli.commands.seed import run_seed - from bib2graph.cycle import CycleState - from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore - from bib2graph.workspace import Workspace - - ws_dir = tmp_path / "ws" - ws = Workspace.init(ws_dir, "test") - run_seed(ws.library_path, "ecology", transport=_make_mock_transport()) - - # Estado inicial: SEEDED - state_before = DuckDBStore(ws.library_path).backend.loop_state() - assert state_before == CycleState.SEEDED - - thesaurus = {"concepts": {"ecology": {"aliases_en": ["ecology"]}}} - thesaurus_path = tmp_path / "thesaurus.json" - thesaurus_path.write_text(_json.dumps(thesaurus), encoding="utf-8") - - runner = CliRunner() - runner.invoke( - b2g, - [ - "--workspace", - str(ws_dir), - "thesaurus", - "--from", - str(thesaurus_path), - ], - catch_exceptions=False, - ) - - # Estado tras thesaurus: SEEDED (sin cambio) - state_after = DuckDBStore(ws.library_path).backend.loop_state() - assert state_after == CycleState.SEEDED, ( - f"thesaurus no debería transicionar el CycleState: " - f"antes={state_before}, después={state_after}" - ) - - -def test_thesaurus_cmd_ruta_inexistente_emite_error(tmp_path: Path) -> None: - """b2g thesaurus con ruta inexistente → error con exit code != 0.""" - from click.testing import CliRunner - - from bib2graph.cli import b2g - from bib2graph.cli.commands.seed import run_seed - from bib2graph.workspace import Workspace - - ws_dir = tmp_path / "ws" - ws = Workspace.init(ws_dir, "test") - run_seed(ws.library_path, "ecology", transport=_make_mock_transport()) - - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - [ - "--workspace", - str(ws_dir), - "thesaurus", - "--from", - str(tmp_path / "no_existe.json"), - "--json", - ], - ) - - assert result.exit_code != 0 - - # --------------------------------------------------------------------------- # 7. normalize_and_dedup standalone # --------------------------------------------------------------------------- @@ -822,7 +698,7 @@ def test_seed_openalex_cross_biblioteca_colapsa_autores(tmp_path: Path) -> None: # --------------------------------------------------------------------------- -# 9. Thesaurus re-mapeo: persist_replace evita acumulación de canónicos +# 9. build --thesaurus re-mapeo: persist_replace evita acumulacion de canonicos # --------------------------------------------------------------------------- @@ -835,8 +711,8 @@ def test_thesaurus_remapeo_no_acumula_canonicos(tmp_path: Path) -> None: """ import json as _json + from bib2graph.cli.commands.build import run_build from bib2graph.cli.commands.restore import run_restore - from bib2graph.cli.commands.thesaurus import run_thesaurus from bib2graph.constants import Col from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore @@ -865,7 +741,7 @@ def test_thesaurus_remapeo_no_acumula_canonicos(tmp_path: Path) -> None: } th_v1_path = tmp_path / "thesaurus_v1.json" th_v1_path.write_text(_json.dumps(thesaurus_v1), encoding="utf-8") - run_thesaurus(store_path, th_v1_path) + run_build(store_path, thesaurus_path=th_v1_path) # Verificar estado tras v1 corpus_v1 = DuckDBStore(store_path).load() @@ -885,7 +761,7 @@ def test_thesaurus_remapeo_no_acumula_canonicos(tmp_path: Path) -> None: } th_v2_path = tmp_path / "thesaurus_v2.json" th_v2_path.write_text(_json.dumps(thesaurus_v2), encoding="utf-8") - run_thesaurus(store_path, th_v2_path) + run_build(store_path, thesaurus_path=th_v2_path) # Reload: solo debe haber el canónico v2, no acumulación de v1 + v2 corpus_v2 = DuckDBStore(store_path).load() diff --git a/tests/unit/test_status_10.py b/tests/unit/test_status_10.py index fd6a819..e8b54c7 100644 --- a/tests/unit/test_status_10.py +++ b/tests/unit/test_status_10.py @@ -243,10 +243,10 @@ def test_canonical_bibtex_sin_resolve_redes_vacias(self) -> None: assert ic["fix_command"] == "b2g seed --resolve" # keyword_cooccurrence vacía: keywords_raw tiene datos pero keywords_id no - # Fix debe ser thesaurus (puede generarlos sin red) + # Fix debe ser build --thesaurus (puede generarlos sin red) kw = by_kind[NetworkKind.KEYWORD_COOCCURRENCE] assert kw["would_be_empty"] is True - assert kw["fix_command"] == "b2g thesaurus" + assert kw["fix_command"] == "b2g build --thesaurus " def test_keywords_id_poblado_produce_red_no_vacia(self) -> None: """Con keywords_id >= 2 por paper, keyword_cooccurrence sale no-vacía. @@ -335,7 +335,7 @@ def test_fix_thesaurus_cuando_hay_keywords_raw_sin_id(self) -> None: by_kind = {str(e["kind"]): e for e in preview} kw = by_kind[NetworkKind.KEYWORD_COOCCURRENCE] assert kw["would_be_empty"] is True - assert kw["fix_command"] == "b2g thesaurus" + assert kw["fix_command"] == "b2g build --thesaurus " def test_fix_seed_resolve_cuando_no_hay_keywords_raw(self) -> None: """Sin keywords_raw, fix_command para keyword_cooccurrence='b2g seed --resolve'.""" @@ -584,10 +584,10 @@ def test_bibtex_sin_resolve_diagnostico_completo(self, tmp_path: Path) -> None: ) assert by_kind[NetworkKind.COCITATION]["fix_command"] == "b2g enrich" - # Keyword fix = thesaurus (hay keywords_raw pero no keywords_id) + # Keyword fix = build --thesaurus (hay keywords_raw pero no keywords_id) kw = by_kind[NetworkKind.KEYWORD_COOCCURRENCE] assert kw["would_be_empty"] is True - assert kw["fix_command"] == "b2g thesaurus" + assert kw["fix_command"] == "b2g build --thesaurus " def test_bibtex_con_thesaurus_keyword_no_vacia(self, tmp_path: Path) -> None: """Tras thesaurus, keywords_id se puebla → keyword_cooccurrence no-vacía. From d4cdf0b53aa9f5d5c8e2a784917001d436bccb7e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sat, 27 Jun 2026 23:56:32 -0500 Subject: [PATCH 16/27] =?UTF-8?q?feat(cli):=20aliases=20de=20retrocompat?= =?UTF-8?q?=20con=20aviso=20de=20deprecaci=C3=B3n=20+=20entry-point=20bib2?= =?UTF-8?q?graph=20(#165)=20(#180)?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Sub-issue del epic #167 (ADR 0037 d + 0038 P1). Absorbe #152. - Helper cli/_deprecation.py:emit_deprecation(old, new, *, removed_in="0.11.0"): imprime a stderr SIEMPRE (nunca stdout, #151) y devuelve el mensaje. - 9 verbos sueltos avisan deprecación y siguen delegando (lógica intacta): accept/reject/filter a curate, networks a build --spec, inspect a read show|status, monitor a chain --since, resolve a seed --resolve, restore a snapshot restore, enrich a chain. El aviso va a stderr + al warnings[] top-level del envelope en --json. - Entry-point bib2graph a b2g (#152): main_bib2graph_alias avisa y delega en main(); script en pyproject. --corpus-scope refactorizado al helper. - Ventana cierra en 0.11.0. NO incluye thesaurus (ya eliminado en #164). Docs (seccion deprecacion + enmienda 0038 P1 sumando enrich) se consolidan en #166. Invariante: envelope schema="1", exit codes, stdout puro intactos; logica sin cambios. Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- pyproject.toml | 3 + src/bib2graph/cli/__init__.py | 26 +- src/bib2graph/cli/_deprecation.py | 50 ++ src/bib2graph/cli/commands/accept.py | 7 +- src/bib2graph/cli/commands/build.py | 14 +- src/bib2graph/cli/commands/enrich.py | 8 +- src/bib2graph/cli/commands/filter.py | 7 +- src/bib2graph/cli/commands/inspect.py | 10 +- src/bib2graph/cli/commands/monitor.py | 7 +- src/bib2graph/cli/commands/networks.py | 7 +- src/bib2graph/cli/commands/reject.py | 7 +- src/bib2graph/cli/commands/resolve.py | 7 +- src/bib2graph/cli/commands/restore.py | 7 +- tests/unit/test_deprecation_aliases.py | 869 +++++++++++++++++++++++++ tests/unit/test_networkspec_yaml.py | 6 +- tests/unit/test_resolve.py | 6 +- tests/unit/test_restore.py | 7 +- tests/unit/test_snapshot_grp.py | 4 +- 18 files changed, 1029 insertions(+), 23 deletions(-) create mode 100644 src/bib2graph/cli/_deprecation.py create mode 100644 tests/unit/test_deprecation_aliases.py diff --git a/pyproject.toml b/pyproject.toml index d761b5b..4104a95 100644 --- a/pyproject.toml +++ b/pyproject.toml @@ -90,6 +90,9 @@ Issues = "https://github.com/complexluise/bib2graph/issues" # CLI entry point. Hito 6: implementación real del CLI agente-native. # El paquete bib2graph.cli (antes cli.py) expone main() en __init__.py. b2g = "bib2graph.cli:main" +# Alias deprecado del ejecutable legado 'bib2graph' (ADR 0038, #165). +# Emite aviso a stderr y delega en main(). Se retira en 0.11.0. +bib2graph = "bib2graph.cli:main_bib2graph_alias" # ----- Build (hatchling, src layout) -------------------------------------- diff --git a/src/bib2graph/cli/__init__.py b/src/bib2graph/cli/__init__.py index c6783a5..ebb838c 100644 --- a/src/bib2graph/cli/__init__.py +++ b/src/bib2graph/cli/__init__.py @@ -3,8 +3,9 @@ Arma el grupo Click principal, registra los subcomandos planos y los grupos noun-verb, y expone ``main()`` como entry point del paquete. -Entry point en ``pyproject.toml``: - b2g = "bib2graph.cli:main" +Entry points en ``pyproject.toml``: + b2g = "bib2graph.cli:main" + bib2graph = "bib2graph.cli:main_bib2graph_alias" # deprecado, #165 Subcomandos planos (18): init, seed, chain, filter, build, enrich, monitor, export, @@ -48,6 +49,7 @@ import click +from bib2graph.cli._deprecation import emit_deprecation from bib2graph.cli.commands.accept import accept_cmd from bib2graph.cli.commands.build import build_cmd from bib2graph.cli.commands.chain import chain_cmd @@ -178,3 +180,23 @@ def main() -> int: return 1 except SystemExit as exc: return int(exc.code) if exc.code is not None else 0 + + +def main_bib2graph_alias() -> int: + """Entry point del ejecutable legado ``bib2graph`` (alias deprecado, #165). + + Emite el aviso de deprecación a stderr y delega en ``main()``. + + DEPRECADO: el ejecutable canónico es ``b2g``. Este alias se retira en 0.11.0 + (ADR 0038, #165). + + Returns: + Exit code del proceso (0 éxito, 1-5 error según ADR 0010). + """ + _force_utf8() + emit_deprecation( + "bib2graph", + "b2g", + removed_in="0.11.0", + ) + return main() diff --git a/src/bib2graph/cli/_deprecation.py b/src/bib2graph/cli/_deprecation.py new file mode 100644 index 0000000..2ce1311 --- /dev/null +++ b/src/bib2graph/cli/_deprecation.py @@ -0,0 +1,50 @@ +"""cli._deprecation — Helper de avisos de deprecación (ADR 0038, #165). + +Centraliza la emisión de avisos de deprecación para verbos sueltos y +ejecutables legados. El aviso va SIEMPRE a stderr (tanto en modo humano +como en modo ``--json``) para no contaminar stdout (#151). + +En modo ``--json`` el mensaje también se propaga al top-level ``warnings[]`` +del envelope vía ``build_envelope(..., warnings=[msg])``. + +Formato canónico:: + + AVISO: 'b2g networks' está deprecado y se eliminará en 0.11.0; usá 'b2g build --spec'. + +Retiro planificado: 0.11.0 (ADR 0038 P1). +""" + +from __future__ import annotations + +import sys + + +def emit_deprecation( + old: str, + new: str, + *, + removed_in: str = "0.11.0", +) -> str: + """Emite un aviso de deprecación a stderr y devuelve el mensaje. + + El mensaje se imprime **siempre a stderr** (nunca a stdout), lo que + garantiza que el stdout en modo ``--json`` permanezca limpio (#151). + El retorno permite al llamador enhebrarlo en el ``warnings[]`` del + envelope JSON (top-level, no ``data.deprecation``). + + Args: + old: Forma deprecada (p.ej. ``'b2g networks'``). + new: Forma canónica sugerida (p.ej. ``'b2g build --spec'``). + removed_in: Versión en la que se eliminará (default ``"0.11.0"``). + + Returns: + El mensaje de aviso emitido, listo para enhebrarlo en el envelope. + + Example:: + + msg = emit_deprecation("b2g networks", "b2g build --spec") + envelope = build_envelope(..., warnings=[msg]) + """ + msg = f"AVISO: '{old}' está deprecado y se eliminará en {removed_in}; usá '{new}'." + print(msg, file=sys.stderr) + return msg diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/accept.py b/src/bib2graph/cli/commands/accept.py index 0876dc4..f8ed674 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/accept.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/accept.py @@ -1,4 +1,4 @@ -"""cli.commands.accept — Subcomando ``b2g accept``. +"""cli.commands.accept — Subcomando ``b2g accept`` (alias deprecado, #165). Marca papers como accepted en el corpus. @@ -10,6 +10,8 @@ Shim delgado (ADR 0028 G3): la orquestación vive en ``service.curate``; este módulo inyecta el reloj (frontera CLI, R2/ADR 0017) y delega. + +DEPRECADO (ADR 0038, #165): usar ``b2g curate accept``. Se retira en 0.11.0. """ from __future__ import annotations @@ -20,6 +22,7 @@ import click +from bib2graph.cli._deprecation import emit_deprecation from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import handle_errors from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option @@ -91,6 +94,7 @@ def accept_cmd( Curación TRANSVERSAL: no transiciona el CycleState. Disponible en cualquier estado del lazo (Nota 05 §4, ADR 0016 enmendado R3). """ + dep_msg = emit_deprecation("b2g accept", "b2g curate accept") store_path = resolve_library_path(ctx.obj) data = run_accept(store_path, list(ids), by=by) @@ -100,6 +104,7 @@ def accept_cmd( ok=True, data=data, exit_code=0, + warnings=[dep_msg], ) emit(envelope) else: diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/build.py b/src/bib2graph/cli/commands/build.py index 696028e..8c3b9fd 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/build.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/build.py @@ -43,6 +43,7 @@ import click +from bib2graph.cli._deprecation import emit_deprecation from bib2graph.cli._enrich import enrich_corpus from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import DataError, DependencyError, handle_errors @@ -703,11 +704,10 @@ def build_cmd( effective_out_dir = ws.networks_dir # Resolver scope: --corpus-scope deprecado tiene prioridad con aviso. + corpus_scope_dep_msg: str | None = None if corpus_scope_deprecated is not None: - print( - "AVISO: --corpus-scope está deprecado y se eliminará en 0.11.0; " - "usá --scope en su lugar.", - file=sys.stderr, + corpus_scope_dep_msg = emit_deprecation( + "b2g build --corpus-scope", "b2g build --scope" ) # El vocab deprecado (all|accepted|seeds_only) ya es el vocab interno. # Preservamos el mismo token para scope_cli_token (compat pre-0.10.0). @@ -740,12 +740,16 @@ def build_cmd( ) if json_mode(json_output): + # Fusionar warnings de corpus con el aviso de deprecación de --corpus-scope. + all_warnings: list[str] = list(data.get("warnings") or []) + if corpus_scope_dep_msg is not None: + all_warnings.append(corpus_scope_dep_msg) envelope = build_envelope( command="build", ok=True, data=data, exit_code=0, - warnings=data.get("warnings"), + warnings=all_warnings or None, ) emit(envelope) else: diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/enrich.py b/src/bib2graph/cli/commands/enrich.py index 6fcce7d..8bfdae2 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/enrich.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/enrich.py @@ -1,4 +1,4 @@ -"""cli.commands.enrich — Subcomando ``b2g enrich``. +"""cli.commands.enrich — Subcomando ``b2g enrich`` (alias deprecado, #165). Enriquece el corpus en dos pasadas usando OpenAlex: - **Pasada 1 (Hito 8a):** resuelve ``references_id`` → ``references_doi``. @@ -9,6 +9,9 @@ es una operación ortogonal al FSM del lazo bibliométrico. Si en el futuro se decide transicionar (p. ej. a un estado ENRICHED), se agrega la llamada a ``apply_transition`` aquí, sin tocar el FSM en el núcleo. + +DEPRECADO (ADR 0038, #165): absorbido en ``b2g chain`` / ``b2g build``. +Se retira en 0.11.0. """ from __future__ import annotations @@ -18,6 +21,7 @@ import click +from bib2graph.cli._deprecation import emit_deprecation from bib2graph.cli._enrich import enrich_corpus from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import handle_errors @@ -134,6 +138,7 @@ def enrich_cmd( Si no hay referencias ni semillas aceptadas, termina sin error. """ + dep_msg = emit_deprecation("b2g enrich", "b2g chain") store_path = resolve_library_path(ctx.obj) data = run_enrich( store_path, @@ -148,6 +153,7 @@ def enrich_cmd( ok=True, data=data, exit_code=0, + warnings=[dep_msg], ) emit(envelope) else: diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/filter.py b/src/bib2graph/cli/commands/filter.py index fefe1cf..a76999b 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/filter.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/filter.py @@ -1,4 +1,4 @@ -"""cli.commands.filter — Subcomando ``b2g filter``. +"""cli.commands.filter — Subcomando ``b2g filter`` (alias deprecado, #165). Aplica filtros PRISMA deterministas al corpus: marca rejected (no borra). Transiciona el CycleState a FILTERED tras persistir con éxito. @@ -9,6 +9,8 @@ ``run_filter`` se mantiene aquí como función importable para tests existentes; internamente llama a ``service.curate.filter_corpus``. + +DEPRECADO (ADR 0038, #165): usar ``b2g curate filter``. Se retira en 0.11.0. """ from __future__ import annotations @@ -19,6 +21,7 @@ import click +from bib2graph.cli._deprecation import emit_deprecation from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import handle_errors from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option @@ -118,6 +121,7 @@ def filter_cmd( Tras el filtro, el estado del lazo transiciona a FILTERED. """ + dep_msg = emit_deprecation("b2g filter", "b2g curate filter") store_path = resolve_library_path(ctx.obj) # R2: el reloj se inyecta en la frontera CLI (ADR 0017 enmendado). now = datetime.now(UTC) @@ -137,6 +141,7 @@ def filter_cmd( ok=True, data=data, exit_code=0, + warnings=[dep_msg], ) emit(envelope) else: diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/inspect.py b/src/bib2graph/cli/commands/inspect.py index fd20a19..a29a570 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/inspect.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/inspect.py @@ -1,7 +1,10 @@ -"""cli.commands.inspect — Subcomando ``b2g inspect``. +"""cli.commands.inspect — Subcomando ``b2g inspect`` (alias deprecado, #165). Dump read-only del manifest y conteos. Con --id: datos de un paper. NO transiciona el CycleState. + +DEPRECADO (ADR 0038, #165): usar ``b2g read show`` (con ``--id``) o +``b2g status`` (sin ``--id``). Se retira en 0.11.0. """ from __future__ import annotations @@ -12,6 +15,7 @@ import click +from bib2graph.cli._deprecation import emit_deprecation from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import DataError, handle_errors from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option @@ -133,6 +137,9 @@ def inspect_cmd( Sin --id: muestra el manifest y conteos. Con --id: muestra datos + provenance de ese paper. """ + # Forma canónica depende de si se pasa --id o no. + new_cmd = "b2g read show" if paper_id else "b2g status" + dep_msg = emit_deprecation("b2g inspect", new_cmd) store_path = resolve_library_path(ctx.obj) data = run_inspect(store_path, paper_id=paper_id) @@ -142,6 +149,7 @@ def inspect_cmd( ok=True, data=data, exit_code=0, + warnings=[dep_msg], ) emit(envelope) else: diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/monitor.py b/src/bib2graph/cli/commands/monitor.py index bd14255..2256737 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/monitor.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/monitor.py @@ -1,4 +1,4 @@ -"""cli.commands.monitor — Subcomando ``b2g monitor``. +"""cli.commands.monitor — Subcomando ``b2g monitor`` (alias deprecado, #165). Re-chequea OpenAlex por nuevos citantes del corpus (forward chaining), mergea los candidatos nuevos a la biblioteca viva y transiciona el @@ -12,6 +12,8 @@ ``run_chain`` (con ``_fsm_action="monitor"``), garantizando fuente única de la lógica de forrajeo (ADR 0037 §c). La retirada formal de este subcomando es el issue #165. + +DEPRECADO (ADR 0038, #165): usar ``b2g chain --since``. Se retira en 0.11.0. """ from __future__ import annotations @@ -21,6 +23,7 @@ import click +from bib2graph.cli._deprecation import emit_deprecation from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import handle_errors from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option @@ -101,6 +104,7 @@ def monitor_cmd( Requiere un corpus previo (ejecutar 'b2g seed' primero). Requiere --email para el polite pool de OpenAlex. """ + dep_msg = emit_deprecation("b2g monitor", "b2g chain --since") store_path = resolve_library_path(ctx.obj) data = run_monitor(store_path, email=email) @@ -110,6 +114,7 @@ def monitor_cmd( ok=True, data=data, exit_code=0, + warnings=[dep_msg], ) emit(envelope) else: diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/networks.py b/src/bib2graph/cli/commands/networks.py index 5b2aedd..a1c51d0 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/networks.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/networks.py @@ -1,4 +1,4 @@ -"""cli.commands.networks — Subcomando ``b2g networks``. +"""cli.commands.networks — Subcomando ``b2g networks`` (alias deprecado, #165). Carga una especificación declarativa de redes desde un archivo YAML y construye cada red, escribiendo artefactos a disco. @@ -19,6 +19,8 @@ Envelope ``--json`` (schema="1"): lista de redes en el mismo formato que ``b2g build``. +DEPRECADO (ADR 0038, #165): usar ``b2g build --spec``. Se retira en 0.11.0. + #159 — helper compartido: ``run_networks`` delega la carga YAML y proyección a ``_build_from_spec_file`` (definido en ``build.py``). Esto garantiza que ``build --spec`` y @@ -33,6 +35,7 @@ import click +from bib2graph.cli._deprecation import emit_deprecation from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import handle_errors from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option @@ -133,6 +136,7 @@ def networks_cmd( No transiciona el estado del lazo bibliométrico. """ + dep_msg = emit_deprecation("b2g networks", "b2g build --spec") ws = resolve_workspace(ctx.obj) effective_out_dir: str | Path | None = out_dir if effective_out_dir is None: @@ -146,6 +150,7 @@ def networks_cmd( ok=True, data=data, exit_code=0, + warnings=[dep_msg], ) emit(envelope) else: diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/reject.py b/src/bib2graph/cli/commands/reject.py index b14cd32..6aa84ed 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/reject.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/reject.py @@ -1,4 +1,4 @@ -"""cli.commands.reject — Subcomando ``b2g reject``. +"""cli.commands.reject — Subcomando ``b2g reject`` (alias deprecado, #165). Marca papers como rejected en el corpus. @@ -10,6 +10,8 @@ Shim delgado (ADR 0028 G3): la orquestación vive en ``service.curate``; este módulo inyecta el reloj (frontera CLI, R2/ADR 0017) y delega. + +DEPRECADO (ADR 0038, #165): usar ``b2g curate reject``. Se retira en 0.11.0. """ from __future__ import annotations @@ -20,6 +22,7 @@ import click +from bib2graph.cli._deprecation import emit_deprecation from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import handle_errors from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option @@ -91,6 +94,7 @@ def reject_cmd( Curación TRANSVERSAL: no transiciona el CycleState. Disponible en cualquier estado del lazo (Nota 05 §4, ADR 0016 enmendado R3). """ + dep_msg = emit_deprecation("b2g reject", "b2g curate reject") store_path = resolve_library_path(ctx.obj) data = run_reject(store_path, list(ids), by=by) @@ -100,6 +104,7 @@ def reject_cmd( ok=True, data=data, exit_code=0, + warnings=[dep_msg], ) emit(envelope) else: diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/resolve.py b/src/bib2graph/cli/commands/resolve.py index d0a26fb..1c32e24 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/resolve.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/resolve.py @@ -1,4 +1,4 @@ -"""cli.commands.resolve — Subcomando ``b2g resolve``. +"""cli.commands.resolve — Subcomando ``b2g resolve`` (alias deprecado, #165). Resuelve los DOIs del workspace actual a IDs de OpenAlex (``source_id``), habilitando el enriquecimiento posterior con ``b2g enrich`` y el forrajeo @@ -13,6 +13,8 @@ --json Salida JSON estructurada (envelope versionado, ADR 0021). NO transiciona el CycleState (operación ortogonal al lazo, igual que enrich). + +DEPRECADO (ADR 0038, #165): usar ``b2g seed --resolve``. Se retira en 0.11.0. """ from __future__ import annotations @@ -22,6 +24,7 @@ import click +from bib2graph.cli._deprecation import emit_deprecation from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import handle_errors from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option @@ -98,6 +101,7 @@ def resolve_cmd( b2g resolve --email mi@email.com b2g enrich --email mi@email.com """ + dep_msg = emit_deprecation("b2g resolve", "b2g seed --resolve") store_path = resolve_library_path(ctx.obj) data = run_resolve(store_path, email=email) @@ -107,6 +111,7 @@ def resolve_cmd( ok=True, data=data, exit_code=0, + warnings=[dep_msg], ) emit(envelope) else: diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/restore.py b/src/bib2graph/cli/commands/restore.py index 04756bd..49227d0 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/restore.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/restore.py @@ -1,9 +1,11 @@ -"""cli.commands.restore — Shim ``b2g restore`` (ADR 0038, #163). +"""cli.commands.restore — Shim ``b2g restore`` (ADR 0038, #163, alias deprecado #165). El subcomando ``restore`` suelto se mantiene intacto como shim para compatibilidad con scripts y flujos existentes. Su retiro está planificado en el sub-issue #165. +DEPRECADO (ADR 0038, #165): usar ``b2g snapshot restore``. Se retira en 0.11.0. + La lógica vive en ``service.snapshot.run_restore`` (fuente única). Este módulo es un adaptador delgado que: - Inyecta el reloj en la frontera CLI (``decided_at``, R2/ADR 0017). @@ -30,6 +32,7 @@ import click +from bib2graph.cli._deprecation import emit_deprecation from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human from bib2graph.cli._errors import handle_errors from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option @@ -84,6 +87,7 @@ def restore_cmd( \b Alternativa canónica (ADR 0038): b2g snapshot restore --from-corpus ... """ + dep_msg = emit_deprecation("b2g restore", "b2g snapshot restore") store_path = resolve_library_path(ctx.obj) # R2/ADR 0017: el reloj se inyecta en la frontera CLI. decided_at = datetime.now(UTC) @@ -95,6 +99,7 @@ def restore_cmd( ok=True, data=data, exit_code=0, + warnings=[dep_msg], ) emit(envelope) else: diff --git a/tests/unit/test_deprecation_aliases.py b/tests/unit/test_deprecation_aliases.py new file mode 100644 index 0000000..8e5d8cc --- /dev/null +++ b/tests/unit/test_deprecation_aliases.py @@ -0,0 +1,869 @@ +"""Tests de los alias deprecados y el entry-point ``bib2graph`` (ADR 0038, #165). + +Casos cubiertos por alias: + 1. El alias corre sin error y delega correctamente (exit 0). + 2. El aviso de deprecación va a **stderr** (result.stderr contiene "AVISO"). + 3. En modo ``--json``, stdout es JSON puro parseable (exactamente 1 línea). + 4. ``envelope["warnings"]`` contiene el mensaje de deprecación. + 5. ``envelope["schema"] == "1"`` (invariante de contrato). + +Comandos deprecados testeados: + - ``b2g accept`` → ``b2g curate accept`` + - ``b2g reject`` → ``b2g curate reject`` + - ``b2g filter`` → ``b2g curate filter`` + - ``b2g inspect`` → ``b2g read show`` / ``b2g status`` + - ``b2g restore`` → ``b2g snapshot restore`` + +Casos de error (sin workspace → error envelope en stdout, aviso igual a stderr): + - ``b2g monitor --json`` → error envelope, pero aviso sigue en stderr + - ``b2g resolve --json`` → error envelope, pero aviso sigue en stderr + - ``b2g enrich --json`` → error envelope, pero aviso sigue en stderr + +Entry-point legado: + - ``bib2graph`` (``main_bib2graph_alias``): avisa a stderr y delega en ``main()``. + +Helper ``emit_deprecation``: + - Escribe el aviso a stderr y devuelve el mensaje. + - El formato es el canónico ("AVISO: '...' está deprecado y se eliminará en ..."). + +Filosofía (AGENTS.md): se testean las funciones detrás de los comandos. +CliRunner solo donde hay integración de flag necesaria. +Marcador: ``unit`` (DuckDB en tmp_path; sin red real). +""" + +from __future__ import annotations + +import io +import json +from pathlib import Path +from typing import Any +from unittest.mock import patch + +import pyarrow as pa +import pytest +from click.testing import CliRunner + +from bib2graph.cli import b2g +from bib2graph.schemas import CORPUS_SCHEMA + +pytestmark = pytest.mark.unit + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helpers compartidos +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _row( + *, + id: str, + title: str = "Título de prueba", + year: int = 2020, + is_seed: bool = False, + curation_status: str = "candidate", + language: str = "en", +) -> dict[str, Any]: + """Fila mínima con schema completo.""" + return { + "id": id, + "source_id": None, + "doi": None, + "title": title, + "year": year, + "abstract": None, + "source": None, + "language": language, + "publisher": None, + "research_areas": None, + "is_seed": is_seed, + "curation_status": curation_status, + "provenance": None, + "authors_raw": None, + "authors_id": None, + "authors_affiliations": None, + "keywords_raw": None, + "keywords_id": None, + "institutions_raw": None, + "institutions_id": None, + "references_id": None, + "references_doi": None, + "cited_by_id": None, + } + + +def _init_workspace(tmp_path: Path, name: str = "test-ws") -> Any: + """Crea y devuelve un Workspace inicializado.""" + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / name + return Workspace.init(ws_dir, name) + + +def _seed_store(ws: Any, rows: list[dict[str, Any]]) -> None: + """Persiste filas en el store del workspace.""" + from bib2graph.corpus import Corpus + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) + corpus = Corpus.from_arrow(table) + store = DuckDBStore(ws.library_path) + store.persist(corpus) + store.close() + + +def _make_parquet(path: Path) -> Path: + """Escribe un parquet mínimo con el schema canónico.""" + import pyarrow.parquet as pq + + rows = [_row(id="P1"), _row(id="P2")] + table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) + pq.write_table(table, str(path)) + return path + + +def _assert_one_json_stdout(result: Any, *, schema: str = "1") -> dict[str, Any]: + """Verifica que result.stdout es exactamente 1 línea JSON con schema correcto. + + En Click 8.4.1, result.stdout es solo stdout (no incluye stderr). + """ + lines = [ln for ln in result.stdout.splitlines() if ln.strip()] + assert len(lines) == 1, ( + f"stdout debe ser exactamente 1 línea JSON, tuvo {len(lines)}:\n" + f"stdout={result.stdout!r}\nstderr={result.stderr!r}" + ) + data = json.loads(lines[0]) + assert data.get("schema") == schema, ( + f"schema esperado '{schema}', obtenido {data.get('schema')!r}" + ) + return data + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Tests del helper emit_deprecation +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestEmitDeprecation: + """Verifica el helper puro ``emit_deprecation``.""" + + def test_escribe_a_stderr(self) -> None: + """emit_deprecation imprime el aviso a stderr.""" + from bib2graph.cli._deprecation import emit_deprecation + + buf = io.StringIO() + with patch("sys.stderr", buf): + emit_deprecation("b2g viejo", "b2g nuevo") + assert "AVISO" in buf.getvalue() + assert "b2g viejo" in buf.getvalue() + assert "b2g nuevo" in buf.getvalue() + + def test_retorna_el_mensaje(self) -> None: + """emit_deprecation devuelve el mensaje emitido.""" + from bib2graph.cli._deprecation import emit_deprecation + + buf = io.StringIO() + with patch("sys.stderr", buf): + msg = emit_deprecation("b2g viejo", "b2g nuevo") + assert msg == buf.getvalue().strip() + + def test_formato_canonico(self) -> None: + """El mensaje sigue el formato canónico con versión de retiro.""" + from bib2graph.cli._deprecation import emit_deprecation + + buf = io.StringIO() + with patch("sys.stderr", buf): + msg = emit_deprecation("b2g networks", "b2g build --spec") + assert "0.11.0" in msg + assert "b2g networks" in msg + assert "b2g build --spec" in msg + + def test_version_custom(self) -> None: + """removed_in personalizable.""" + from bib2graph.cli._deprecation import emit_deprecation + + buf = io.StringIO() + with patch("sys.stderr", buf): + msg = emit_deprecation("b2g old", "b2g new", removed_in="1.0.0") + assert "1.0.0" in msg + + def test_no_escribe_a_stdout(self) -> None: + """emit_deprecation NO escribe a stdout.""" + from bib2graph.cli._deprecation import emit_deprecation + + stderr_buf = io.StringIO() + stdout_buf = io.StringIO() + with patch("sys.stderr", stderr_buf), patch("sys.stdout", stdout_buf): + emit_deprecation("b2g viejo", "b2g nuevo") + assert stdout_buf.getvalue() == "" + assert "AVISO" in stderr_buf.getvalue() + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Tests b2g accept (alias deprecado → b2g curate accept) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestAcceptDeprecado: + """b2g accept emite aviso de deprecación y delega en curate accept.""" + + def test_corre_y_delega(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g accept sigue funcionando: exit 0 y accepted_count correcto.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "accept", "--ids", "P1"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0, result.output + + def test_aviso_va_a_stderr(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g accept emite aviso de deprecación a stderr.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "accept", "--ids", "P1"], + catch_exceptions=False, + ) + assert "deprecad" in result.stderr.lower(), ( + f"Esperaba aviso en stderr, obtuvo: {result.stderr!r}" + ) + assert "curate accept" in result.stderr.lower() + + def test_json_stdout_puro_una_linea(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g accept --json: stdout es exactamente 1 línea JSON puro (#151).""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "accept", "--ids", "P1", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0 + _assert_one_json_stdout(result) + + def test_json_warnings_contiene_deprecacion(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g accept --json: envelope['warnings'] contiene el aviso de deprecación.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "accept", "--ids", "P1", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + envelope = _assert_one_json_stdout(result) + assert envelope["warnings"], "warnings debe ser no-vacío" + assert any("deprecad" in w.lower() for w in envelope["warnings"]) + assert any("curate accept" in w.lower() for w in envelope["warnings"]) + + def test_schema_1_intacto(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g accept --json: envelope['schema'] == '1' (invariante).""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "accept", "--ids", "P1", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + envelope = _assert_one_json_stdout(result) + assert envelope["schema"] == "1" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Tests b2g reject (alias deprecado → b2g curate reject) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestRejectDeprecado: + """b2g reject emite aviso de deprecación y delega en curate reject.""" + + def test_corre_y_delega(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g reject sigue funcionando: exit 0 y rejected_count correcto.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "reject", "--ids", "P1"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0, result.output + + def test_aviso_va_a_stderr(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g reject emite aviso de deprecación a stderr.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "reject", "--ids", "P1"], + catch_exceptions=False, + ) + assert "deprecad" in result.stderr.lower() + assert "curate reject" in result.stderr.lower() + + def test_json_stdout_puro_una_linea(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g reject --json: stdout es exactamente 1 línea JSON puro.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "reject", "--ids", "P1", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0 + _assert_one_json_stdout(result) + + def test_json_warnings_contiene_deprecacion(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g reject --json: envelope['warnings'] contiene el aviso.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "reject", "--ids", "P1", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + envelope = _assert_one_json_stdout(result) + assert envelope["warnings"] + assert any("curate reject" in w.lower() for w in envelope["warnings"]) + + def test_schema_1_intacto(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g reject --json: schema == '1'.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "reject", "--ids", "P1", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + assert _assert_one_json_stdout(result)["schema"] == "1" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Tests b2g filter (alias deprecado → b2g curate filter) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestFilterDeprecado: + """b2g filter emite aviso de deprecación y delega en curate filter.""" + + def test_corre_y_delega(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g filter sigue funcionando: exit 0.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1", year=2020)]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "filter", "--year-gte", "1900"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0, result.output + + def test_aviso_va_a_stderr(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g filter emite aviso de deprecación a stderr.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1", year=2020)]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "filter", "--year-gte", "1900"], + catch_exceptions=False, + ) + assert "deprecad" in result.stderr.lower() + assert "curate filter" in result.stderr.lower() + + def test_json_stdout_puro_una_linea(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g filter --json: stdout es exactamente 1 línea JSON puro.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1", year=2020)]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "filter", "--year-gte", "1900", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0 + _assert_one_json_stdout(result) + + def test_json_warnings_contiene_deprecacion(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g filter --json: envelope['warnings'] contiene el aviso.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1", year=2020)]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "filter", "--year-gte", "1900", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + envelope = _assert_one_json_stdout(result) + assert envelope["warnings"] + assert any("curate filter" in w.lower() for w in envelope["warnings"]) + + def test_schema_1_intacto(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g filter --json: schema == '1'.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1", year=2020)]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "filter", "--year-gte", "1900", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + assert _assert_one_json_stdout(result)["schema"] == "1" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Tests b2g inspect (alias deprecado → b2g read show / b2g status) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestInspectDeprecado: + """b2g inspect emite aviso de deprecación y delega en read show / status.""" + + def test_aviso_va_a_stderr_sin_id(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g inspect sin --id avisa 'b2g status' en stderr.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "inspect"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0, result.output + assert "deprecad" in result.stderr.lower() + assert "b2g status" in result.stderr.lower() + + def test_aviso_va_a_stderr_con_id(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g inspect con --id avisa 'b2g read show' en stderr.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "inspect", "--id", "P1"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0, result.output + assert "deprecad" in result.stderr.lower() + assert "read show" in result.stderr.lower() + + def test_json_stdout_puro_una_linea(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g inspect --json: stdout es exactamente 1 línea JSON puro.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "inspect", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0 + _assert_one_json_stdout(result) + + def test_json_warnings_contiene_deprecacion(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g inspect --json: envelope['warnings'] contiene el aviso.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "inspect", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + envelope = _assert_one_json_stdout(result) + assert envelope["warnings"] + assert any("deprecad" in w.lower() for w in envelope["warnings"]) + + def test_schema_1_intacto(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g inspect --json: schema == '1'.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "inspect", "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + assert _assert_one_json_stdout(result)["schema"] == "1" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Tests b2g restore (alias deprecado → b2g snapshot restore) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestRestoreDeprecado: + """b2g restore emite aviso de deprecación y delega en snapshot restore.""" + + def test_corre_y_delega(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g restore sigue funcionando: exit 0 y papers_loaded correcto.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + parquet_path = _make_parquet(tmp_path / "corpus.parquet") + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "restore", + "--from-corpus", + str(parquet_path), + ], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0, result.output + + def test_aviso_va_a_stderr(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g restore emite aviso de deprecación a stderr.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + parquet_path = _make_parquet(tmp_path / "corpus.parquet") + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "restore", + "--from-corpus", + str(parquet_path), + ], + catch_exceptions=False, + ) + assert "deprecad" in result.stderr.lower() + assert "snapshot restore" in result.stderr.lower() + + def test_json_stdout_puro_una_linea(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g restore --json: stdout es exactamente 1 línea JSON puro.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + parquet_path = _make_parquet(tmp_path / "corpus.parquet") + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "restore", + "--from-corpus", + str(parquet_path), + "--json", + ], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0 + _assert_one_json_stdout(result) + + def test_json_warnings_contiene_deprecacion(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g restore --json: envelope['warnings'] contiene el aviso.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + parquet_path = _make_parquet(tmp_path / "corpus.parquet") + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "restore", + "--from-corpus", + str(parquet_path), + "--json", + ], + catch_exceptions=False, + ) + envelope = _assert_one_json_stdout(result) + assert envelope["warnings"] + assert any("snapshot restore" in w.lower() for w in envelope["warnings"]) + + def test_schema_1_intacto(self, tmp_path: Path) -> None: + """b2g restore --json: schema == '1'.""" + ws = _init_workspace(tmp_path) + parquet_path = _make_parquet(tmp_path / "corpus.parquet") + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "restore", + "--from-corpus", + str(parquet_path), + "--json", + ], + catch_exceptions=False, + ) + assert _assert_one_json_stdout(result)["schema"] == "1" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Tests aliases en modo error (sin workspace): +# aviso sigue yendo a stderr, y el error envelope es 1 línea en stdout +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestAvisosEnModError: + """En el camino de error (sin workspace), el aviso igual va a stderr (#151).""" + + @pytest.mark.parametrize( + "cmd_args", + [ + ["monitor", "--json"], + ["resolve", "--json"], + ["enrich", "--json"], + ], + ) + def test_aviso_a_stderr_en_error(self, cmd_args: list[str]) -> None: + """Sin workspace, el aviso de deprecación sigue yendo a stderr.""" + runner = CliRunner() + with runner.isolated_filesystem(): + result = runner.invoke(b2g, cmd_args, catch_exceptions=False) + # El aviso fue a stderr + assert "deprecad" in result.stderr.lower(), ( + f"cmd={cmd_args}, stderr={result.stderr!r}" + ) + + @pytest.mark.parametrize( + "cmd_args", + [ + ["monitor", "--json"], + ["resolve", "--json"], + ["enrich", "--json"], + ], + ) + def test_stdout_una_linea_json_en_error(self, cmd_args: list[str]) -> None: + """Sin workspace con --json: stdout es 1 línea de envelope de error (#151).""" + runner = CliRunner() + with runner.isolated_filesystem(): + result = runner.invoke(b2g, cmd_args, catch_exceptions=False) + # stdout es exactamente 1 línea JSON (el error envelope), sin fuga del aviso + lines = [ln for ln in result.stdout.splitlines() if ln.strip()] + assert len(lines) == 1, ( + f"stdout debe ser 1 línea, tuvo {len(lines)}: {result.stdout!r}" + ) + envelope = json.loads(lines[0]) + assert envelope["schema"] == "1" + # El error envelope tiene ok=False (sin workspace) + assert envelope["ok"] is False + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Tests del entry-point bib2graph (main_bib2graph_alias) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestBib2graphEntryPoint: + """El ejecutable legado ``bib2graph`` avisa y delega en ``b2g``.""" + + def test_avisa_a_stderr(self) -> None: + """main_bib2graph_alias emite aviso de deprecación a stderr.""" + from bib2graph.cli import main_bib2graph_alias + + buf = io.StringIO() + with ( + patch("sys.stderr", buf), + patch("bib2graph.cli.main", return_value=0) as mock_main, + ): + result = main_bib2graph_alias() + assert result == 0 + assert mock_main.called + assert "deprecad" in buf.getvalue().lower() + assert "bib2graph" in buf.getvalue() + assert "b2g" in buf.getvalue() + + def test_delega_en_main(self) -> None: + """main_bib2graph_alias delega el control en main().""" + from bib2graph.cli import main_bib2graph_alias + + with ( + patch("sys.stderr", io.StringIO()), + patch("bib2graph.cli.main", return_value=42) as mock_main, + ): + result = main_bib2graph_alias() + assert mock_main.called + assert result == 42 + + def test_mensaje_contiene_version_retiro(self) -> None: + """El aviso del entry-point menciona la versión de retiro 0.11.0.""" + from bib2graph.cli import main_bib2graph_alias + + buf = io.StringIO() + with patch("sys.stderr", buf), patch("bib2graph.cli.main", return_value=0): + main_bib2graph_alias() + assert "0.11.0" in buf.getvalue() + + def test_entry_point_registrado_en_pyproject(self) -> None: + """El entry-point 'bib2graph' está registrado en pyproject.toml.""" + # Verificar que la función main_bib2graph_alias existe y es importable + from bib2graph.cli import main_bib2graph_alias + + assert callable(main_bib2graph_alias) + + def test_cli_runner_avisa_y_corre(self) -> None: + """Via CliRunner: invocar b2g init avisa en stderr y corre correctamente.""" + runner = CliRunner() + with runner.isolated_filesystem(): + # Verificamos que b2g (main) funciona; bib2graph es un wrapper + result = runner.invoke(b2g, ["init", "test-ws", "--json"]) + assert result.exit_code == 0 + # La función main_bib2graph_alias avisa a sys.stderr; este test verifica + # solo que el wrapper es importable y delega (las pruebas de unit mock main). + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Tests refactor --corpus-scope → emit_deprecation +# --------------------------------------------------------------------------- + + +class TestCorpusScopeDeprecado: + """build --corpus-scope usa emit_deprecation y agrega al warnings[] del envelope.""" + + def test_corpus_scope_aviso_en_stderr(self, tmp_path: Path) -> None: + """build --corpus-scope emite aviso a stderr (via emit_deprecation).""" + from bib2graph.corpus import Corpus + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + rows = [_row(id="P1", is_seed=True)] + table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) + corpus = Corpus.from_arrow(table) + store = DuckDBStore(ws.library_path) + store.persist(corpus) + store.close() + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws_dir), "build", "--corpus-scope", "all"], + ) + assert result.exit_code == 0, result.output + assert "deprecad" in result.stderr.lower() + + def test_corpus_scope_warnings_en_envelope_json(self, tmp_path: Path) -> None: + """build --corpus-scope --json agrega el aviso al envelope['warnings'].""" + from bib2graph.corpus import Corpus + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + from bib2graph.workspace import Workspace + + ws_dir = tmp_path / "ws" + ws = Workspace.init(ws_dir, "test") + rows = [_row(id="P1", is_seed=True)] + table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) + corpus = Corpus.from_arrow(table) + store = DuckDBStore(ws.library_path) + store.persist(corpus) + store.close() + + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws_dir), "build", "--corpus-scope", "all", "--json"], + ) + assert result.exit_code == 0, result.output + # stdout debe ser 1 línea JSON (el envelope) + envelope = json.loads(result.stdout) + assert envelope["schema"] == "1" + # El aviso de deprecación de --corpus-scope debe estar en warnings top-level + assert any("corpus-scope" in w.lower() for w in envelope["warnings"]), ( + f"warnings debe contener 'corpus-scope', got: {envelope['warnings']}" + ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Tests b2g networks (alias deprecado -> b2g build --spec) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _write_spec(tmp_path: Path) -> Path: + spec = tmp_path / "redes.yaml" + spec.write_text("networks:\n - kind: bibliographic_coupling\n", encoding="utf-8") + return spec + + +class TestNetworksDeprecado: + """b2g networks emite aviso de deprecacion y delega en build --spec.""" + + def test_corre_y_delega(self, tmp_path: Path) -> None: + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1", year=2020)]) + spec = _write_spec(tmp_path) + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "networks", "--spec", str(spec)], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0, result.output + + def test_aviso_va_a_stderr(self, tmp_path: Path) -> None: + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1", year=2020)]) + spec = _write_spec(tmp_path) + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "networks", "--spec", str(spec)], + catch_exceptions=False, + ) + assert "deprecad" in result.stderr.lower() + assert "build --spec" in result.stderr.lower() + + def test_json_stdout_puro_una_linea(self, tmp_path: Path) -> None: + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1", year=2020)]) + spec = _write_spec(tmp_path) + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "networks", "--spec", str(spec), "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + assert result.exit_code == 0 + _assert_one_json_stdout(result) + + def test_json_warnings_contiene_deprecacion(self, tmp_path: Path) -> None: + ws = _init_workspace(tmp_path) + _seed_store(ws, [_row(id="P1", year=2020)]) + spec = _write_spec(tmp_path) + runner = CliRunner() + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "networks", "--spec", str(spec), "--json"], + catch_exceptions=False, + ) + envelope = _assert_one_json_stdout(result) + assert envelope["warnings"] + assert any("build --spec" in w.lower() for w in envelope["warnings"]) diff --git a/tests/unit/test_networkspec_yaml.py b/tests/unit/test_networkspec_yaml.py index 533d7e1..0462412 100644 --- a/tests/unit/test_networkspec_yaml.py +++ b/tests/unit/test_networkspec_yaml.py @@ -489,7 +489,8 @@ def test_networks_cmd_json_envelope_correcto(tmp_path: Path) -> None: ) assert result.exit_code == 0, f"Salida inesperada: {result.output}" - envelope = json.loads(result.output) + # Usar result.stdout porque b2g networks emite aviso de deprecación a stderr (#165). + envelope = json.loads(result.stdout) assert envelope["schema"] == "1" assert envelope["ok"] is True @@ -532,7 +533,8 @@ def test_networks_cmd_yaml_invalido_emite_data_error(tmp_path: Path) -> None: ) assert result.exit_code == 2 # DataError → exit 2 - envelope = json.loads(result.output) + # Usar result.stdout porque b2g networks emite aviso de deprecación a stderr (#165). + envelope = json.loads(result.stdout) assert envelope["ok"] is False assert envelope["error"] is not None assert envelope["error"]["code"] == "DATA_ERROR" diff --git a/tests/unit/test_resolve.py b/tests/unit/test_resolve.py index 3892949..3a57fa5 100644 --- a/tests/unit/test_resolve.py +++ b/tests/unit/test_resolve.py @@ -374,7 +374,8 @@ def test_cli_resolve_json_envelope(tmp_path: Path) -> None: result = runner.invoke(b2g, ["--workspace", str(ws_path), "resolve", "--json"]) assert result.exit_code == 0, result.output - data = json.loads(result.output) + # Usar result.stdout porque b2g resolve emite aviso de deprecación a stderr (#165). + data = json.loads(result.stdout) assert data["ok"] is True assert data["command"] == "resolve" assert "resolved" in data["data"] @@ -475,7 +476,8 @@ def test_cli_seed_from_bib_resolve_envelope(tmp_path: Path) -> None: ], ) assert result.exit_code == 0, result.output - data = json.loads(result.output) + # Usar result.stdout porque b2g resolve emite aviso de deprecación a stderr (#165). + data = json.loads(result.stdout) assert data["ok"] is True assert data["command"] == "resolve" assert "resolved" in data["data"] diff --git a/tests/unit/test_restore.py b/tests/unit/test_restore.py index 66af198..b0b2737 100644 --- a/tests/unit/test_restore.py +++ b/tests/unit/test_restore.py @@ -298,7 +298,9 @@ def test_restore_cmd_sin_red(tmp_path: Path) -> None: ) assert result.exit_code == 0, f"Salida inesperada: {result.output}" - envelope = json.loads(result.output) + # Usar result.stdout (solo stdout) porque b2g restore emite aviso de deprecación + # a stderr (#165); result.output mezcla ambas streams en Click 8.4.1. + envelope = json.loads(result.stdout) assert envelope["ok"] is True assert envelope["command"] == "restore" assert envelope["data"]["papers_loaded"] == 2 @@ -341,7 +343,8 @@ def test_restore_cmd_envelope_contiene_state(tmp_path: Path) -> None: ) assert result.exit_code == 0 - envelope = json.loads(result.output) + # Usar result.stdout porque b2g restore emite aviso de deprecación a stderr (#165). + envelope = json.loads(result.stdout) assert "state" in envelope["data"] assert envelope["data"]["state"] == "FILTERED" diff --git a/tests/unit/test_snapshot_grp.py b/tests/unit/test_snapshot_grp.py index bcd96de..ae5e0f7 100644 --- a/tests/unit/test_snapshot_grp.py +++ b/tests/unit/test_snapshot_grp.py @@ -306,7 +306,9 @@ def test_restore_shim_funciona(tmp_path: Path) -> None: ) assert result.exit_code == 0, f"Salida inesperada:\n{result.output}" - lines = [ln for ln in result.output.splitlines() if ln.strip()] + # Usar result.stdout porque b2g restore (shim deprecado, #165) emite aviso + # a stderr; result.output mezcla ambas streams en Click 8.4.1. + lines = [ln for ln in result.stdout.splitlines() if ln.strip()] assert len(lines) == 1 envelope = json.loads(lines[0]) assert envelope["ok"] is True From fc7c9b6c96ce6c9c68afdb3e52dd688e368d7415 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sun, 28 Jun 2026 00:19:32 -0500 Subject: [PATCH 17/27] docs(api): consolidar superficie CLI 0.10.0 + enmiendas ADR 0025/0031/0038 (#166) (#181) MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Sub-issue del epic #167. Cierra el drift de contrato deferido y registra las enmiendas ADR pendientes de la superficie 0.10.0. API.md / AGENTS.md: - chain --since (#158): ISO + relativos, fuerza forward, →MONITORED (chain→FORAGED), new_candidates/loop_state/round; corrige drift "CHAINED" y "monitor verbo vivo". - enrich absorbido (#162): alias; refs→DOI en chain, cited_by en build; data.enrichment; build suma --email/--max-citing. - thesaurus retirado (#164): capacidad como flag build --thesaurus; data.thesaurus. - Sección "Avisos de deprecación" (#165): formato, stderr + warnings[], 9 aliases + entry-point bib2graph + --corpus-scope. - Header "10 verbos + 3 grupos noun-verb + gui + 9 aliases" verificable vs cli/__init__.py. Enmiendas ADR (append-only): - 0025: enrich deja de ser verbo; build deja de ser puro (requests cited_by con aceptadas; no-op sin aceptadas). - 0031: el 18° paso explícito thesaurus se retira como verbo; capacidad → build --thesaurus. - 0038 P1: suma enrich a la ventana de deprecación; consolida los 9 aliases. Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- AGENTS.md | 32 ++- docs/API.md | 268 +++++++++++++----- .../0025-enricher-cocitacion-openalex.md | 26 ++ ...-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md | 19 ++ .../0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md | 38 +++ 5 files changed, 295 insertions(+), 88 deletions(-) diff --git a/AGENTS.md b/AGENTS.md index 70debcd..c5e04d0 100644 --- a/AGENTS.md +++ b/AGENTS.md @@ -33,11 +33,14 @@ explícito), `filters/` (PRISMA), `networks/` (proyectores, analyzer, spec, facade), `sources/equation.py` (capa declarativa de la ecuación, 9a), `exporters/` (GraphML, CSV) y `cli/`. - El **CLI `b2g` es real** —paquete `cli/` con 19 subcomandos en `cli/commands/`, no un - placeholder (el 16° `b2g networks` es la capa declarativa YAML del Hito 9; el 17° `b2g restore` - rehidrata un corpus curado sin red, Ciclo 9a —**ahora `b2g snapshot restore`**, #163, abajo—; el 18° `b2g thesaurus` aplica el thesaurus curado, - único paso explícito del preproc, #88, abajo; el 19° `b2g gui` levanta la API local FastAPI, Hito G3 - del MVP GUI, ADR 0028)—. + El **CLI `b2g` es real** —paquete `cli/`, no un placeholder—. **Superficie 0.10.0 (ADR 0037/0038, + AS-BUILT):** **10 verbos del ciclo** (`init`, `seed`, `chain`, `curate`, `build`, `read`, `export`, + `snapshot`, `status`, `validate`) **+ 3 grupos noun-verb** (`read {list,stats,show,top}`, + `curate {dump,apply,accept,reject,filter}`, `snapshot {create,restore}`) **+ `gui`** (excepción, ADR + 0027/0028) **+ 9 aliases deprecados** (`accept`/`reject`/`filter`/`inspect`/`monitor`/`networks`/ + `enrich`/`restore`/`resolve`, retiro 0.11.0). **`thesaurus` se retiró como verbo** (#164): su + capacidad es **`b2g build --thesaurus`**. Conteo verificable contra `b2g --help`; detalle en + `docs/API.md` §Convenciones CLI. **Grupo noun-verb `read {list,stats,show,top}` (#156/#157, ADR 0037 §b):** primer grupo del CLI (lectura pura del corpus, no transiciona); `read list` filtra por `--query`/`--status`/`--seeds|--candidates`/`--year`, `read stats --group-by {status,year,is_seed}`, `read show --id` (resuelve id/doi/source_id, ADR 0036), @@ -116,8 +119,9 @@ `cli/_ingest.py::normalize_and_dedup` sobre el corpus **completo mergeado** ⇒ dedup **cross-biblioteca**); el corpus queda siempre normalizado y deduplicado. **`rapidfuzz` pasa al núcleo** (`[project.dependencies]`; **el extra `[dedup]` se elimina**, import ya no perezoso). - Nuevo **18° subcomando `b2g thesaurus --from `** (único paso explícito del preproc, - transversal al FSM). La ingesta y `thesaurus` persisten con **`persist_replace`** / + El thesaurus era entonces el 18° subcomando `b2g thesaurus --from ` —**RETIRADO como verbo + en 0.10.0 (#164, ADR 0038)**: su capacidad vive como flag **`b2g build --thesaurus`**—. La ingesta y + la pasada `build --thesaurus` persisten con **`persist_replace`** / `overwrite_corpus` (DELETE+INSERT, preservan tablas hermanas; evita que el upsert-concat D3 reintroduzca variantes). `build`/`networks` siguen puros. Deuda conocida: dedup O(n²) por ingesta (optimización futura) y skip #93 (`test_run_seed_from_bib_reseed_incrementa_ronda`, crash @@ -193,7 +197,7 @@ `docs/API.md` §5/§4 y ADR [0020](docs/decisiones/0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md) §AS-BUILT #54. - **Forward chaining del `Forager` batcheado** (#21, 2026-06-16): el forward del `Forager` - (`b2g chain`/`b2g monitor`) **ya no es N+1** — reusa `OpenAlexSource.fetch_citing_batch` (batcheo OR + (`b2g chain`, incl. `chain --since` —ex `monitor`, #158) **ya no es N+1** — reusa `OpenAlexSource.fetch_citing_batch` (batcheo OR + cap por semilla `max_citing_per_paper`/`--max-citing`, default 50) con preview sin red. **Opera sobre `is_seed=True`** (todas las semillas, **sin** filtrar `curation_status`): el chaining precede a la curación; la restricción a `accepted` es del **Enricher** (Hito 8b), no del Forager. Ver @@ -506,11 +510,13 @@ src/bib2graph/ # Neo4jStore ([neo4j], post-V1) cli/ # paquete de 3 capas (Click → run_() núcleo → envelope/errores); # _ingest.py = helper normalize_and_dedup (auto-preproc en la ingesta, ADR 0031); - # cli/commands/ = 19 subcomandos (incl. monitor FSM→MONITORED, enrich refs→DOI + co-citación, - # init scaffold de workspace —ADR 0029, curate dump/import CSV —#22+#26, - # networks capa declarativa YAML —Hito 9, restore rehidrata corpus curado sin - # red →FILTERED —ADR 0030/9a, thesaurus aplica thesaurus curado transversal —#88/ADR 0031, - # gui levanta la API local FastAPI —Hito G3 del MVP GUI/ADR 0028, extra [gui]; + # cli/commands/ = superficie 0.10.0 (ADR 0037/0038): 10 verbos del ciclo + 3 grupos + # noun-verb (read/curate/snapshot) + gui (excepción) + 9 aliases deprecados + # (accept/reject/filter/inspect/monitor/networks/enrich/restore/resolve, retiro 0.11.0). + # chain --since absorbe monitor →MONITORED (#158); enrich absorbido en chain (refs→DOI) + # + build (co-citación) (#162); thesaurus retirado → build --thesaurus (#164); + # _deprecation.py emite avisos a stderr + warnings[] (#165). init scaffold —ADR 0029; + # build --spec absorbe networks —#159; gui levanta la API local FastAPI —Hito G3/ADR 0028, extra [gui]; # G4: _make_index_response inyecta el token en el index.html servido vía ruta GET /). # CLI = API # para LLM y agentes (Hito 6, ARCHITECTURE.md §6.3). No es un cli.py plano. diff --git a/docs/API.md b/docs/API.md index 9c92fb6..38c3062 100644 --- a/docs/API.md +++ b/docs/API.md @@ -254,6 +254,20 @@ > pasa a estar **permitido con `--from-bib`** cuando se usa junto a `--resolve` (se propaga al polite > pool en la resolución). Solo `source_id` (no `external_ids`, diferido #120). Ver §2 + §convenciones > CLI. +> +> **Sincronizado con la superficie CLI 0.10.0 — ADR [0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) +> + [0038](decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md) (AS-BUILT 2026-06-28, epic #167):** la +> superficie por acreción (~20 subcomandos) se **consolidó en 10 verbos del ciclo + 3 grupos noun-verb +> (`read`/`curate`/`snapshot`) + `gui` como excepción**, con una **ventana de deprecación** de 9 aliases +> (retiro 0.11.0). Cierres de este consolidado docs (#166): **`monitor` → `chain --since`** (#158: +> forrajeo incremental, fecha ISO o atajo `90d/6m/1y`, fuerza forward, transiciona a **`MONITORED`** —no +> existe `CHAINED`); **`enrich` absorbido** (#162: refs→DOI en `chain`, co-citación en `build` cuando hay +> aceptadas → `build` deja de ser estrictamente "puro/sin red"; bloque `data["enrichment"]`); +> **`thesaurus` retirado como verbo** (#164: la capacidad es `build --thesaurus`); **avisos de +> deprecación** a stderr + `warnings[]` (#165). El contrato de salida (envelope `schema="1"`, exit codes, +> FSM) **no cambia** (reorganización semántica). Ver §convenciones CLI (header "Superficie 0.10.0", +> §`chain`, §`build`, §`enrich`, §Avisos de deprecación). *(Banner de cierre; las notas AS-BUILT de +> arriba describen la acreción previa y quedan como historia inmutable.)* ## Convenciones @@ -275,25 +289,31 @@ invocaciones:** el estado vive en el `library.duckdb` del **workspace** (opción `--workspace`; `--store` fue eliminada en [#75](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/75), ver abajo). -**Set de 20 subcomandos** (decisión del PO, ADR 0021 §A — **amplía** este doc, que antes listaba 9 -y dejaba `accept`/`reject` como "solo programático"; el 12° `monitor` se agregó en el cleanup -pre-v0.3; el 13° `enrich` en el Ciclo 8a, ADR -[0025](decisiones/0025-enricher-cocitacion-openalex.md); el 14° `init` con el workspace, ADR -[0029](decisiones/0029-workspace-por-investigacion.md); el 15° `curate` con la curación a escala, -#22 + #26; el 16° `networks` con la capa declarativa YAML, Hito 9; el 17° `restore` con la -rehidratación de corpus curado sin red, Ciclo 9a, ADR -[0030](decisiones/0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md); el 18° `thesaurus` con el -preprocesamiento automático en la ingesta, #88, ADR -[0031](decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md); el 19° **`gui`** con la API -local + frontend, Hito G3 del MVP GUI, ADR -[0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md); el 20° **`resolve`** con la -resolución DOI→`source_id` del flujo BibTeX e2e, issues #110/#112, ADR -[0035](decisiones/0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md)). **(Reorganización 0037/0038, en -curso):** esta superficie por acreción se consolidó en **10 verbos del ciclo + 3 grupos noun-verb** -(`read`, `curate`, **`snapshot {create, restore}`** —#163, ver §`snapshot`—) + `gui` como excepción; -el `restore` plano pasó a **`snapshot restore`** (#163, alias deprecado), y `networks`/`enrich`/ -`resolve`/`thesaurus` se absorben o retiran (ADR 0038, ventana cierra 0.11.0). El conteo histórico de -abajo refleja la acreción, no la superficie objetivo: +**Superficie 0.10.0 — 10 verbos del ciclo + 3 grupos noun-verb + `gui` (excepción) + 9 aliases +deprecados** (AS-BUILT, ADR [0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) / +[0038](decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md)). La superficie por acreción del 0021 (que +llegó a ~20 subcomandos) se **consolidó** en una superficie que mapea 1:1 el ciclo de investigación +(*más es menos*). El conteo es **verificable contra `b2g --help`**: + +- **10 verbos del ciclo:** `init`, `seed`, `chain`, `curate` (grupo), `build`, `read` (grupo), + `export`, `snapshot` (grupo), `status`, `validate`. *(El par EXPORT/SNAPSHOT cuenta como uno; ver + ADR 0037 §"Los 10 verbos".)* +- **3 grupos noun-verb:** **`read {list,stats,show,top}`** (#156/#157), **`curate + {dump,apply,accept,reject,filter}`** (#155), **`snapshot {create,restore}`** (#163, ADR 0038). +- **`gui`** — fuera del set de 10 por diseño (excepción explícita, gobernada por ADR 0027/0028, + gateada por #34; no es un paso del ciclo agents-first). +- **9 aliases deprecados** (siguen vivos con aviso a stderr, se eliminan en **0.11.0** — ADR 0038 P1): + `accept`, `reject`, `filter`, `inspect`, `monitor`, `networks`, `enrich`, `restore`, `resolve`. Más el + entry-point `bib2graph`→`b2g` y la opción `build --corpus-scope`→`build --scope`. Ver §Avisos de + deprecación. **`thesaurus` NO es alias: se retiró por completo** (su capacidad es `build --thesaurus`, + #164). + +> **Historia de la acreción (contexto, no superficie objetivo):** el 0021 listaba 9 subcomandos y +> dejaba `accept`/`reject` como "solo programático"; luego crecieron `monitor` (cleanup pre-v0.3), +> `enrich` (Ciclo 8a, ADR 0025), `init` (workspace, ADR 0029), `curate` (#22+#26), `networks` (Hito 9), +> `restore` (Ciclo 9a, ADR 0030), `thesaurus` (#88, ADR 0031), `gui` (Hito G3, ADR 0028) y `resolve` +> (#110/#112, ADR 0035). Los ADR 0037/0038 los reorganizaron a la superficie de arriba. Las secciones +> por-comando de abajo describen cada verbo/grupo **en su forma 0.10.0**: - `seed`, `chain`, **`filter`** (filtros PRISMA deterministas: año/tipo/idioma/citas **con conteo en cada paso**), `build`, `export`, `snapshot`, **`status`** (expone el ciclo: estado actual, @@ -380,36 +400,57 @@ abajo refleja la acreción, no la superficie objetivo: biblioteca viva por subprocess (historia C4). **AS-BUILT #22/#26:** la curación **a escala** ya no es uno-a-uno —el subcomando **`curate`** (abajo) hace dump/import CSV en lote—; la **curación interactiva rica y la GUI siguen siendo futuro**. Ver [`ROADMAP.md`](ROADMAP/README.md) Hito 6. -- **`monitor`** (cleanup pre-v0.3): re-chequea OpenAlex por **citantes nuevos** del corpus (forward - chaining **batcheado**, AS-BUILT #21: reusa `fetch_citing_batch` con cap por semilla, scope - `is_seed`), mergea los candidatos nuevos a la biblioteca viva y **transiciona a `MONITORED`** vía - `apply_transition(state, "monitor", round)` (paso 8 del ciclo, Ellis). `data` = - `{new_candidates, total_papers, loop_state, round}`; `--email` para el polite pool; `--json` con - `schema="1"`. **Sin pre-check de capacidad** (a diferencia de `chain`): instancia `OpenAlexSource` - fijo, que **siempre** tiene `fetch_citing` (asimetría deliberada con `chain`, que acepta - `--direction` variable y sí pre-chequea). Errores accionables: sin corpus/estado previo → - `DataError` (exit 2). Con `monitor`, **`MONITORED` deja de ser inalcanzable**. +- **`chain`** (paso CHAIN del ciclo): expande el corpus con candidatos rankeados por *information + scent* (forward/backward chaining batcheado, §5). **`--direction [backward|forward|both]`** (default + `both`), **`--depth`** (solo 1), **`--max-candidates`**, **`--max-citing`** (presupuesto de citantes + por semilla en forward, default 50), **`--email`** (polite pool), **`--preview`** (dry-run: estima el + crecimiento **sin** fetchear ni transicionar — backward exacto desde `references_id`; forward exacto + solo si el corpus tiene `cited_by_id` poblado, si no avisa que requiere fetch). En el camino normal + **transiciona a `FORAGED`** y corre **automáticamente la pasada de enriquecimiento refs→DOI** (#162, + ver §`enrich`): el envelope `--json` suma el bloque aditivo `data["enrichment"]`. `data` = + `{candidates_found, new_candidates, total_papers, direction, depth, ranking_preview, + observed_refs_count, loop_state, round, enrichment}`. + + **`--since` — forrajeo incremental (#158, ADR 0037 §c; absorbe `monitor`):** trae **solo citantes + publicados desde** una fecha. Acepta **fecha ISO `YYYY-MM-DD`** o **atajo relativo** (`90d` = 90 días, + `6m` = 6 meses, `1y` = 1 año), parseado en la frontera CLI (`cli/_options.py::parse_since`, reloj + R2/ADR 0017). **`--since` fuerza forward** y **transiciona a `MONITORED`** (no a `FORAGED`): es el paso + MONITOR (Ellis) reexpresado como modo de `chain`. Reglas de dirección: **`backward` + `--since` → + `UsageError` (exit 1)** (no tiene sentido); **`both` + `--since` → la ventana aplica solo al tramo + forward** (`effective_direction=forward`). Guarda de portada (como el ex `monitor`): sin corpus/estado + previo o corpus vacío → `DataError` (exit 2), sugiere `b2g seed`. **`b2g monitor` queda como alias + deprecado** (retiro 0.11.0) que delega en `chain` con la acción FSM `monitor`. **AS-BUILT #158:** tras + el merge, `chain --since` **deduplica** el corpus (ingesta normalizada, ADR 0031). **Corrección de + drift:** `chain` (normal) transiciona a **`FORAGED`**, y `chain --since`/`monitor` a **`MONITORED`** — + **no existe** ningún estado `CHAINED`. - **`enrich`** (Hito 8 = Ciclos 8a + 8b, ADR - [0025](decisiones/0025-enricher-cocitacion-openalex.md)): corre el `OpenAlexEnricher` (§3) sobre - la biblioteca viva en **2 pasadas**. **8a:** resuelve `references_id`→`references_doi` (batching - por OR) y registra el `EnricherRef` en el `Manifest` (idempotente). **8b:** la pasada de - **co-citación** trae los citantes de las **semillas aceptadas** y **mergea sus `openalex_id` en - `cited_by_id`** (unión idempotente; no crece el corpus). Flags: `--email` (polite pool), - `--api-key` (opcional), **`--max-citing INTEGER`** (tope de citantes **por semilla**, acota el - fetch), `--json`. `data` = `{enriched, references_resolved, ...}`. **NO transiciona el - `CycleState`** (ortogonal al lazo): se puede enriquecer en cualquier estado sin perturbar el FSM. - `build` sigue puro/sin red. -- **`thesaurus`** (#88, ADR [0031](decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md), 18° - subcomando): aplica un **thesaurus multilingüe curado** al corpus —**`--from `** - (requerido, JSON formato ADR 0011)— sobrescribiendo `keywords_id` con los conceptos canónicos del - mapa (`Preprocessor.apply_thesaurus`, §6). Es el **único paso explícito del preproc**: requiere el - mapeo del usuario, por eso no es automático (a diferencia de `normalize`+dedup, que corren solos en - la ingesta). **NO transiciona el `CycleState`** (transversal al lazo, igual que `enrich`/`curate`/ - `networks`). Persiste con **`persist_replace`** (§4.1): el thesaurus reemplaza los `keywords_id` del - corpus completo; el upsert-concat reintroduciría los canónicos viejos junto a los nuevos si el mapeo - cambió. `data` = `{keywords_mapped, keywords_total, aliases_loaded, applied_at}`; `--json` con - `schema="1"`. Errores accionables: thesaurus inexistente o con formato inválido → `DataError` - (exit 2). + [0025](decisiones/0025-enricher-cocitacion-openalex.md); **ABSORBIDO en `chain`/`build`** — #162, + ADR 0038): el `OpenAlexEnricher` (§3) **deja de ser verbo propio**. Sus dos pasadas corren ahora + automáticas en los pasos del ciclo, vía el helper único `cli/_enrich.py::enrich_corpus(corpus, + source, *, max_citing, pass_name)`: + - **Pasada 8a (`refs_doi`)** — resuelve `references_id`→`references_doi` (batching por OR): corre + **automática en `chain`** (forrajeo). + - **Pasada 8b (`cited_by`)** — co-citación: trae los citantes de las **semillas aceptadas** y + mergea sus `openalex_id` en `cited_by_id` (unión idempotente; no crece el corpus): corre + **automática en `build`** cuando hay semillas aceptadas (**no-op de red, cero requests, si no las + hay**). Por eso **`build` ya NO es estrictamente "puro/sin red"** (ADR 0025 enmendado, #162): hace + requests `cited_by` en build-time porque la co-citación necesita las aceptadas, recién disponibles + tras curar. + + Ambos comandos suman el bloque **aditivo `data["enrichment"]`** al `--json` (`refs_resolved`/ + `refs_total_unique` y/o `citing_new`/`citing_targets`, solo las claves de las pasadas ejecutadas). + `build` suma además **`--email`** y **`--max-citing`** (tope de citantes por semilla en la pasada + `cited_by`). **`b2g enrich` queda como alias deprecado** (retiro 0.11.0, ver §Avisos de deprecación) + que corre ambas pasadas (`pass_name="both"`) y **NO transiciona el `CycleState`**. +- **`thesaurus` — RETIRADO como verbo (#164, ADR 0038).** El subcomando `b2g thesaurus` **ya no + existe** (no queda ni como alias; la issue [#149](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/149) + constató que no implementaba un tesauro como tal). La capacidad —consolidación cross-lingüe de + keywords (ADR [0011](decisiones/0011-thesaurus-multilingue.md), `Preprocessor.apply_thesaurus`, §6)— + **se preserva como flag `b2g build --thesaurus `** (JSON formato ADR 0011): `build` aplica el + thesaurus sobre `keywords_id` **antes** de scopear/proyectar, persiste con **`persist_replace`** (§4.1) + y suma el bloque aditivo `data["thesaurus"] = {keywords_mapped, keywords_total, aliases_loaded, + applied_at}`. (Coherente con el ADR 0031 enmendado: `normalize`+dedup siguen automáticos en la + ingesta; lo que cae es el *verbo* explícito.) - **`init`** (ADR [0029](decisiones/0029-workspace-por-investigacion.md)): **scaffold de un workspace**. `b2g init ` crea `/` con `workspace.json` + `library.duckdb` + `networks/`/`snapshots/`/`exports/`; **`b2g init .`** inicializa el cwd. Si la carpeta ya es un @@ -576,6 +617,19 @@ aplica sin `--spec`.** Con `--spec`, cada red usa el `min_weight` declarado en s pasar **`--min-weight` junto a `--spec` emite un warning a stderr** ("se ignora con `--spec`") — no falla, pero el valor del CLI se descarta. +**`--thesaurus ` (#164, absorbe el verbo retirado `b2g thesaurus`):** aplica un thesaurus +multilingüe curado (JSON formato ADR [0011](decisiones/0011-thesaurus-multilingue.md)) sobre +`keywords_id` **antes** de scopear y proyectar, y persiste el corpus actualizado con `persist_replace` +(§4.1). Suma el bloque aditivo `data["thesaurus"] = {keywords_mapped, keywords_total, aliases_loaded, +applied_at}`. Thesaurus inexistente/mal formado → `DataError` (exit 2). + +**`--email` / `--max-citing` (#162, pasada de co-citación):** `build` corre **automáticamente la pasada +`cited_by`** del Enricher (§`enrich`) cuando hay **semillas aceptadas** —puebla `cited_by_id` para la +red de co-citación—; **`--max-citing INTEGER`** acota los citantes por semilla y **`--email`** va al +polite pool de OpenAlex. **Sin semillas aceptadas la pasada es no-op (cero requests).** Suma el bloque +aditivo `data["enrichment"]` (`citing_new`/`citing_targets`). Por esto `build` **ya no es +estrictamente puro/sin red** (ADR 0025 enmendado); los proyectores sí siguen puros (ADR 0014). + **Diagnóstico de red-vacía en build-time (ADR 0037 §(e), no-divergencia con status-time):** `build` reusa `predict_build_preview` (la **misma** fuente que usa `status`) para diagnosticar redes que salen vacías. En modo humano va como `warning` a stderr; en `--json` va en el envelope como @@ -591,8 +645,11 @@ Si una red sale vacía por el `min_weight` del YAML (modo spec), el `reason` **c **`maturity`** (bloque aditivo del one-shot, AS-BUILT #160 — ver Apéndice `maturity`; `curated` deriva del **corpus completo** pre-scope, `scope` reusa este `data["scope"]`, `empty_networks` es la lista de `kind` extraída de `data["empty_networks"]` sin duplicar `reason`/`fix_command`; presente -también en el early-return de corpus vacío). -Invariante: envelope `schema="1"`, exit codes y FSM intactos; todo lo de #159/#160 es **aditivo**. +también en el early-return de corpus vacío), **`enrichment`** (#162, métricas de la pasada `cited_by`: +`citing_new`/`citing_targets`; presente aun cuando es no-op) y **`thesaurus`** (#164, presente solo si +se pasó `--thesaurus`). +Invariante: envelope `schema="1"`, exit codes y FSM intactos; todo lo de #159/#160/#162/#164 es +**aditivo**. > **No-divergencia es por-corpus.** La garantía de no-divergencia entre el diagnóstico de red-vacía de > `build` y el de `status` (ADR 0037 §(e)) es **sobre el mismo corpus de entrada**. Con `--scope != all`, @@ -635,16 +692,18 @@ accionable ("ejecutá `b2g build`"). Lo dispara que el `networks/.corpus_hash` * cache **no existe** (nunca se corrió `build`), **no** es stale. `status` **avisa, NO regenera**: invalidación por hash, **no** un build-system (ADR [0029](decisiones/0029-workspace-por-investigacion.md)). -**Transiciones automáticas del ciclo** (ADR 0021 §F; AS-BUILT R3): `seed`→`SEEDED`, `chain`→`FORAGED`, -`filter`→`FILTERED`, **`curate filter`→`FILTERED`** (#155: dentro del grupo `curate` la transición la -define el VERBO, no el grupo —precedente D1 de #159), `build`→`BUILT`, -**`monitor`→`MONITORED`** (cleanup pre-v0.3), +**Transiciones automáticas del ciclo** (ADR 0021 §F; AS-BUILT R3): `seed`→`SEEDED`, +**`chain`→`FORAGED`** (chaining normal), **`chain --since`→`MONITORED`** (#158: forrajeo incremental; +el alias deprecado `monitor` transiciona igual, vía la acción FSM `monitor`), `filter`→`FILTERED`, +**`curate filter`→`FILTERED`** (#155: dentro del grupo `curate` la transición la define el VERBO, no el +grupo —precedente D1 de #159), `build`→`BUILT`, **`snapshot restore`→`FILTERED`** (Ciclo 9a, ADR 0030/0038: el corpus restaurado ya pasó curación; -reusa la transición permisiva `filter`; el verbo suelto `restore` —alias deprecado— transiciona igual); -`accept`/`reject`/**`curate {dump,apply,accept,reject}`**/**`read`**/`export`/**`snapshot create`**/`status`/`inspect`/`validate`/**`enrich`**/**`networks`** +reusa la transición permisiva `filter`; el verbo suelto `restore` —alias deprecado— transiciona igual). +**No existe un estado `CHAINED`:** `chain` va a `FORAGED` y `chain --since` a `MONITORED`. +`accept`/`reject`/**`curate {dump,apply,accept,reject}`**/**`read`**/`export`/**`snapshot create`**/`status`/`inspect`/`validate`/el alias `enrich`/el alias `networks` **no transicionan** (los verbos transversales de `curate` y **`read`** son transversales/lectura pura -—**salvo `curate filter`**, que sí transiciona; `enrich` y `networks` son -ortogonales al lazo, ADR 0025 / Hito 9). El estado +—**salvo `curate filter`**, que sí transiciona; el enriquecimiento absorbido en `chain`/`build` y el +alias `networks` son ortogonales al lazo, ADR 0025 / Hito 9). El estado destino lo dicta `bib2graph.cycle.apply_transition` (fuente única de verdad; los comandos no hardcodean el destino). `seed` con **estado previo** se trata como **`reseed`** (loop-back a `SEEDED`, ronda++, acumula sobre lo curado). @@ -793,6 +852,47 @@ one-shot con un resultado terminado. **Aditivo: `schema="1"` intacto.** (sin I/O, re-exportada desde `bib2graph.service`), invariante de neutralidad de transporte intacta (§0). +### Avisos de deprecación (AS-BUILT #165, ADR [0038](decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md) P1) + +La consolidación 0.10.0 retira solapamientos **sin romper de una**: los nombres viejos siguen +funcionando durante 0.10.x con un **aviso de deprecación**, y **se eliminan en 0.11.0** (criterio por +versión, no fecha). El helper único es `cli/_deprecation.py::emit_deprecation`. + +**Formato canónico** (exacto): + +```text +AVISO: '' está deprecado y se eliminará en 0.11.0; usá ''. +``` + +- **Canal: stderr SIEMPRE** (modo humano y modo `--json`), nunca stdout — preserva el stdout puro de + una línea-envelope (#151). En `--json`, el mismo mensaje se propaga además al **`warnings[]` + top-level** del envelope (no a `data`), enhebrado vía `build_envelope(..., warnings=[msg])`. +- **No cambia el contrato:** el alias delega en la misma lógica de servicio (fuente única) y conserva + su `command`/envelope; `schema="1"`, exit codes y FSM intactos. + +**Los 9 verbos deprecados** (alias vivo con aviso → forma canónica): + +| Alias deprecado | Forma canónica | +|---|---| +| `b2g accept` | `b2g curate accept` | +| `b2g reject` | `b2g curate reject` | +| `b2g filter` | `b2g curate filter` | +| `b2g inspect` | `b2g read show` (papers) / `b2g status` (manifest/FSM) | +| `b2g monitor` | `b2g chain --since` | +| `b2g networks` | `b2g build --spec` | +| `b2g enrich` | `b2g chain` (refs→DOI) + `b2g build` (co-citación) | +| `b2g restore` | `b2g snapshot restore` | +| `b2g resolve` | `b2g seed --resolve` | + +**Además** (mismo corte 0.11.0): + +- **Entry-point `bib2graph` → `b2g`** (`main_bib2graph_alias` emite el aviso y delega en `main`). +- **Opción `build --corpus-scope` → `build --scope`** (deprecación de **flag**, oculta en `--help`; + el vocab viejo `seeds_only` sigue aceptado y tiene precedencia si se pasan ambos). + +**`thesaurus` NO está en esta lista:** se **retiró por completo** (sin alias). Su capacidad vive como +`b2g build --thesaurus ` (#164, ver §`build`). + --- ## 0. Capa de servicios `service/` — contrato neutral compartido (AS-BUILT G1, ADR 0028) @@ -1503,18 +1603,20 @@ contrato universal; las consumen el `Forager` y el `Enricher`): - **`fetch_citing(openalex_id) -> list[dict]`** (singular, Forager forward chaining): `GET works?filter=cites:`, con retry/backoff ante 429/5xx (R5). No cambió en el Hito 8. -- **`fetch_citing_batch(ids, *, max_per_paper) -> dict[seed_id, list[citer_id]]`** (Hito 8b, ADR +- **`fetch_citing_batch(ids, *, max_per_paper, since: date | None = None) -> dict[seed_id, list[citer_id]]`** (Hito 8b, ADR [0025](decisiones/0025-enricher-cocitacion-openalex.md)): trae los citantes de un conjunto de semillas **batcheando por OR** (`cites:W1|W2|...`, lotes ≤50), pagina por cursor y **atribuye - página a página** (cruza `referenced_works` del citante con el set objetivo, por short-id). Con + página a página** (cruza `referenced_works` del citante con el set objetivo, por short-id). **`since` + (#158, forrajeo incremental):** filtra los citantes a los publicados desde esa fecha agregando + `,from_publication_date:` al `filter` de OpenAlex (lo usa `chain --since`). Con **presupuesto por semilla**: corta la paginación cuando **todas** las semillas del lote alcanzan `max_per_paper` (acota el *fetch*, no solo la columna; **sin starvation** entre semillas; mata el N+1 diferido de R5). Lo consume el `OpenAlexEnricher` (§3) para poblar `cited_by_id`. **AS-BUILT #78 (2026-06-17): firma y contrato INTACTOS** —sigue devolviendo solo el mapeo de atribución— pero internamente es un **thin wrapper** sobre `_fetch_citing_pages` que **descarta `works_map`** (la metadata que ya viaja en la misma request). El Enricher 8b no cambia. -- **`fetch_citing_batch_with_works(ids, *, max_per_paper) -> tuple[dict[seed_id, list[citer_id]], dict[citer_id, work]]`** - (#78, 2026-06-17, Forager forward chaining): la **variante que conserva la metadata**. Misma red, +- **`fetch_citing_batch_with_works(ids, *, max_per_paper, since: date | None = None) -> tuple[dict[seed_id, list[citer_id]], dict[citer_id, work]]`** + (#78, 2026-06-17, Forager forward chaining; `since` #158): la **variante que conserva la metadata**. Misma red, mismo batcheo/atribución/presupuesto que `fetch_citing_batch` (comparten `_fetch_citing_pages`), pero devuelve además el `works_map` (`citer_id → work JSON con _FIELDS`) que `fetch_citing_batch` tira. **Cero red extra**: la metadata ya venía en la query de citantes y antes se descartaba. La @@ -1571,7 +1673,9 @@ epic GUI #34). Reglas: - **Ejemplos existentes:** - **`examples/valoraciones/`** (Ciclo B, AS-BUILT 2026-06-17): **~80 filas** (70 `candidate` + 10 `accepted` enriquecidos), armado **100% por CLI** (sin script): `seed --spec equation.yaml` - (`max_results: 80`) → `curate apply curacion.csv` → `enrich --max-citing 25` → `snapshot create`. + (`max_results: 80`) → `curate apply curacion.csv` → `enrich --max-citing 25` → `snapshot create` + (receta histórica; en la superficie 0.10.0 la co-citación corre en `build --max-citing 25`, ya que + `enrich` quedó deprecado — #162). **Co-citación presente** (rala) + coupling/author/institution/keyword sustanciales. Verificado por el gate R2 `tests/unit/test_example_r2_gate.py` (`corpus_hash` estable + comunidades Louvain estables entre corridas; piso `n>=50`, las 5 redes con datos). Se rehidrata con @@ -1594,6 +1698,11 @@ end-to-end** (Hito 8 completo). El `Enricher` vive en el **núcleo, sobre OpenAlex** (ADR 0025, decisión B), **no** en el extra `[s2]` (ese DoD pre-giro queda superado; `[s2]` se reserva para un futuro `SemanticScholarEnricher` de señal adicional). +> **Superficie CLI (#162, ADR 0038):** el `Enricher` **ya no se invoca por un verbo propio**. La pasada +> refs→DOI corre automática en **`chain`** y la de co-citación (`cited_by`) en **`build`** (cuando hay +> aceptadas); el helper único es `cli/_enrich.py::enrich_corpus`. El verbo `b2g enrich` sobrevive como +> **alias deprecado** (retiro 0.11.0). Ver §convenciones CLI (§`enrich`, §`build`, §Avisos de deprecación). + ```python @runtime_checkable class Enricher(Protocol): @@ -1671,7 +1780,8 @@ class DuckDBStore: ``` > **`persist_replace` vs `persist` (#88, ADR [0031](decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md)).** -> La **ingesta automática** (`seed`/`seed_from_bib`/`chain`/`restore`) y **`b2g thesaurus`** persisten +> La **ingesta automática** (`seed`/`seed_from_bib`/`chain`/`restore`) y la pasada **`build +> --thesaurus`** (#164) persisten > con **`persist_replace`** (→ `DuckDBBackend.overwrite_corpus`, DELETE+INSERT reasignando `_seq` > desde 0, ADR 0024), porque ya tienen el corpus **completo, normalizado y deduplicado** en memoria y > el upsert-concat D3 (`persist`) **reintroduciría** las variantes que el dedup cross-biblioteca acaba @@ -1709,8 +1819,9 @@ El estado + la **ronda** se persisten en `loop_state_log` (append-only; estado a columna `round`); las transiciones son **permisivas** (ADR 0016: no se bloquea ningún salto). `reseed` es de **primera clase** (loop-back a `SEEDED` + ronda++, acumula sobre lo curado); `seed.py` lo cablea cuando hay estado previo. **Fuente única de verdad:** `chain`/`filter`/`build` derivan su destino de -`apply_transition`, no de un literal. **`MONITORED`** es **alcanzable** desde el cleanup pre-v0.3: el -comando **`b2g monitor`** lo dispara (`apply_transition(state, "monitor", round)`, paso 8 del ciclo). +`apply_transition`, no de un literal. **`MONITORED`** es **alcanzable** vía **`b2g chain --since`** +(#158, forrajeo incremental; el alias deprecado `b2g monitor` delega), que dispara +`apply_transition(state, "monitor", round)` (paso 8 del ciclo). El comando `b2g status` consume `loop_state()`/`loop_round()`/`available_transitions()` y expone `curation_available`/`round` (ver §convenciones CLI). @@ -1796,10 +1907,14 @@ class Forager: SIN filtrar curation_status) con by_direction['forward']=0 y forward_requires_fetch=True; el conteo de citantes reales solo llega con chain(). NO muta el corpus.""" - def chain(self, corpus: Corpus, *, direction: Direction = "both") -> "RankedCandidates": + def chain(self, corpus: Corpus, *, direction: Direction = "both", + since: date | None = None) -> "RankedCandidates": """Computa candidatos (curation_status='candidate', is_seed=False) rankeados por scent. Devuelve SOLO los candidatos nuevos (no mergeados): el humano hace - corpus.merge(ranked.corpus). NO muta el corpus de entrada. Sella Manifest.chaining.""" + corpus.merge(ranked.corpus). NO muta el corpus de entrada. Sella Manifest.chaining. + `since` (#158, forrajeo incremental): propaga a fetch_citing_batch(since=) → + from_publication_date en OpenAlex; solo afecta el tramo forward. Lo usa `b2g chain --since` + (transición a MONITORED).""" class GrowthPreview(BaseModel): estimated_new: int # total estimable localmente (forward=0 si requiere fetch) @@ -1849,7 +1964,7 @@ class RankedCandidates(BaseModel): el Forager forrajeando solo `accepted`— fue la causa del bug que este AS-BUILT cierra.)* - **`preview` del forward sin red (#21):** estima el **nº de semillas a forrajear** (`is_seed`) sin emitir requests, manteniendo `forward_requires_fetch=True` (el conteo de citantes reales solo llega - con `chain`). `b2g monitor` usa este mismo forward batcheado. + con `chain`). **`b2g chain --since`** (#158, ex `monitor`) usa este mismo forward batcheado. - **`fetch_citing` (singular) con retry/backoff** ante 429/5xx (`_fetch_all_with_retry`: exponential backoff, 3 intentos) sigue disponible; el forward del Forager lo consume ahora vía la variante **batcheada** `fetch_citing_batch`. @@ -1875,9 +1990,10 @@ class RankedCandidates(BaseModel): > ADR [0031](decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md)):** `normalize` (+ el dedup > fuzzy de §11) corre **automáticamente en cada ingesta** vía el helper de frontera > `cli/_ingest.py::normalize_and_dedup` (sobre el corpus completo mergeado). `apply_thesaurus`, que -> requiere el mapeo curado del usuario, queda como el **único paso explícito** del preproc: -> **`b2g thesaurus --from `** (18° subcomando, transversal, NO transiciona el FSM; -> §convenciones CLI). Ambos métodos aceptan `applied_at` inyectado desde la frontera (R2, ADR 0017). +> requiere el mapeo curado del usuario, se expone (**#164, ADR 0038**) como el flag +> **`b2g build --thesaurus `** —el verbo suelto `b2g thesaurus` **se retiró** (ya no existe ni +> como alias); ver §`build` y §Avisos de deprecación—. Ambos métodos aceptan `applied_at` inyectado +> desde la frontera (R2, ADR 0017). ```python class Preprocessor: @@ -1895,7 +2011,7 @@ class Preprocessor: multilingüe CURADO (en/es/pt), dict canónico→aliases en JSON o Path a ese JSON. Determinista e idempotente (ADR 0011). SIN fallback semántico/LLM (ADR 0011 enmendado / 0022): lo que no matchea queda fuera, sin inventar conceptos con un modelo. Paso EXPLÍCITO - (`b2g thesaurus`), NO automático: requiere el mapeo del usuario (ADR 0031).""" + (flag `b2g build --thesaurus`, #164), NO automático: requiere el mapeo del usuario (ADR 0031).""" ``` **Filtros de inclusión/exclusión** (funciones puras, flujo PRISMA; ADR @@ -2315,7 +2431,9 @@ networks: > ingesta** (`seed`/`seed_from_bib`/`chain`/`restore`). **`rapidfuzz` pasa al núcleo** > (`[project.dependencies]`); **el extra `[dedup]` se ELIMINA** y el import deja de ser perezoso. El > **algoritmo** de 0026 (token_sort_ratio + Union-Find + canónico) **no cambia**: cambia *quién lo -> invoca y cuándo*. `b2g thesaurus` es el único paso explícito del preproc (§convenciones CLI, §6). +> invoca y cuándo*. La consolidación de keywords (thesaurus) es el único paso **no automático** del +> preproc y se expone como el flag **`b2g build --thesaurus`** (#164; el verbo `b2g thesaurus` se +> retiró — §convenciones CLI, §6). **Dedup fuzzy determinista** con `rapidfuzz` (núcleo desde #88): el complemento aproximado de la normalización conservadora del `Preprocessor` (§6). Las funciones siguen exportadas desde @@ -2328,7 +2446,7 @@ normalización conservadora del `Preprocessor` (§6). Las funciones siguen expor def normalize_and_dedup(corpus: Corpus, *, applied_at: datetime | None = None) -> Corpus: """normalize → deduplicate_authors(0.92) → deduplicate_keywords(0.90), en ese orden, sobre el corpus COMPLETO YA MERGEADO (existing + incoming) ⇒ dedup CROSS-BIBLIOTECA. NO aplica thesaurus - (eso es el paso explícito `b2g thesaurus`). `applied_at` se inyecta desde la frontera (R2).""" + (eso es el flag explícito `b2g build --thesaurus`, #164). `applied_at` se inyecta desde la frontera (R2).""" # Funciones de librería (ADR 0026, intactas; ahora invocadas por el helper, no a mano) def deduplicate_authors(corpus: Corpus, *, threshold: float = 0.92) -> Corpus: diff --git a/docs/decisiones/0025-enricher-cocitacion-openalex.md b/docs/decisiones/0025-enricher-cocitacion-openalex.md index 8a6cad7..36151c6 100644 --- a/docs/decisiones/0025-enricher-cocitacion-openalex.md +++ b/docs/decisiones/0025-enricher-cocitacion-openalex.md @@ -101,3 +101,29 @@ documentando que el 2º nivel se materializa como **`cited_by_id`** (8b): "citan > `OpenAlexSource.fetch_citing_batch` (batcheo OR ≤50 con presupuesto por semilla), > `Networks.quick` → 4/5 redes según `cited_by_id`. **13 subcomandos** (`enrich` incluido). > **365 tests verdes** (mypy/ruff limpios). + +--- + +> **Nota append-only — superficie 0.10.0: `enrich` deja de ser verbo y `build` ya no es estrictamente +> "puro/sin red" (2026-06-28, #162, ADR [0038](0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md)).** +> Esta nota **no revierte** la decisión de 0025 (la capacidad del Enricher sigue viva, núcleo, +> opt-in); solo registra **dónde** vive ahora y un invariante que cambia: +> +> - **`enrich` deja de ser subcomando propio** (la decisión C de arriba — "`enrich` es subcomando CLI +> propio" — queda **superada como superficie**, no como capacidad). El verbo `enrich` pasa a **alias +> deprecado** (aviso a stderr, se elimina en 0.11.0) que delega en la misma lógica. La pasada +> **refs→DOI (8a)** corre **automática en `chain`** (forrajeo); la pasada **co-citación / `cited_by` +> (8b)** corre **automática en `build`** cuando hay semillas aceptadas. La implementación se unifica +> en el helper `cli/_enrich.py::enrich_corpus(corpus, source, *, max_citing, pass_name)` (pasadas +> `"refs_doi"`/`"cited_by"`/`"both"`), fuente única compartida por `chain`/`build`/el alias `enrich`. +> Ambos comandos suman un bloque **aditivo `data["enrichment"]`** al envelope `--json` +> (`refs_resolved`/`refs_total_unique` y/o `citing_new`/`citing_targets`, solo las claves de las +> pasadas ejecutadas). `build` suma además `--email` y `--max-citing`. +> - **`build` ya NO es estrictamente "puro/sin red".** La frase de la decisión ("`build` sigue +> puro/sin red") **deja de ser cierta**: `build` hace requests `cited_by` a OpenAlex **cuando hay +> semillas aceptadas**. **Por qué (decisión del PO):** la co-citación necesita las semillas +> **aceptadas**, que recién están disponibles en *build-time* (después de curar); correrla en `build` +> es lo que hace que el camino one-shot del ADR 0037 produzca la red de co-citación sin un verbo +> aparte. **Sin semillas aceptadas, `build` es no-op de red (cero requests)** y mantiene su pureza +> de proyección (los proyectores siguen puros, ADR 0014). La pasada solo *puebla `cited_by_id`*; no +> crece el corpus (decisión A de arriba, intacta). diff --git a/docs/decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md b/docs/decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md index b289c70..81e7c30 100644 --- a/docs/decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md +++ b/docs/decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md @@ -129,3 +129,22 @@ El preprocesamiento determinista se ejecuta **automáticamente en la ingesta**, > `DuckDBBackend.overwrite_corpus` (DELETE+INSERT, preservan tablas hermanas, reasignan `_seq`); > `Preprocessor.normalize`/`apply_thesaurus` aceptan `applied_at`. Deuda: O(n²) del dedup por > ingesta (optimización futura) y skip #93. + +--- + +> **Nota append-only — el "único paso explícito" `thesaurus` se retira como verbo (2026-06-28, #164, +> ADR [0038](0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md)).** El punto 3 de la decisión arriba ("El +> thesaurus es el ÚNICO paso explícito del preproc — `b2g thesaurus --from `, 18° +> subcomando") **se revisa**: el verbo `thesaurus` **se elimina** (no queda ni como alias). El ADR 0038 +> ya lo anticipó (issue [#149](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/149), cerrada +> *invalid*); esta nota cierra el círculo en el 0031. +> +> - **La capacidad se preserva como flag `b2g build --thesaurus `** (consolidación +> cross-lingüe de keywords, ADR [0011](0011-thesaurus-multilingue.md) **intacto**): `build` aplica +> `Preprocessor.apply_thesaurus` sobre `keywords_id` **antes** de scopear y proyectar, persiste el +> corpus actualizado con `persist_replace` (punto 4, intacto) y suma un bloque aditivo +> `data["thesaurus"]` (`keywords_mapped`/`keywords_total`/`aliases_loaded`/`applied_at`). +> - **El resto del 0031 sigue vigente:** `normalize` + dedup **automáticos en la ingesta** (puntos 1, +> 2, 4, 5) no cambian; `rapidfuzz` sigue en el núcleo. Lo único que cae es el *verbo* explícito: la +> consolidación de keywords pasa de paso-CLI propio a flag de `build`. (Sutileza vs. el 0031: ya no +> hay "único paso explícito" del preproc; el thesaurus es ahora un *opt-in de `build`*, no un verbo.) diff --git a/docs/decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md b/docs/decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md index ae59a54..56a7bc9 100644 --- a/docs/decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md +++ b/docs/decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md @@ -229,3 +229,41 @@ grupo y el BREAKING que la Decisión no explicitó. AS-BUILT en [`../API.md`](.. > **Follow-up (BAJO, #175):** la implementación dejó `normalize_and_dedup` duplicado en > `service/snapshot.py` respecto del helper de `cli/_ingest.py`. Es deuda de DRY, **no** afecta el > contrato; se trata en su propio issue, no aquí. + +## Enmienda 2026-06-28 (append-only) — corrige el gap de P1: `enrich` también entra a la ventana, y consolida los 9 aliases (#162/#165) + +> Anotación append-only (gemela de la enmienda `filter` de 2026-06-27; no revierte nada de arriba). +> Surge de absorber `enrich` en `chain`/`build` ([#162](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/162)) +> y de la implementación de la capa de deprecación ([#165](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/165)). + +El parámetro **(P1)** enumeró los aliases que cierran en `0.11.0` como *"`networks`, `accept`, +`reject`, `inspect`, `monitor` —más `resolve` y el entry-point `bib2graph`"*. Pero la tabla de +huérfanos de la **Decisión** de arriba absorbe **`enrich`** en `chain`/`build`: el verbo plano queda +como alias deprecado. P1 **omitió `enrich`** —el **mismo gap** que ya se corrigió para `filter` (#155) +y que aplica también a `restore` (→ `snapshot restore`, #163)—; no es una decisión, es una omisión. + +**Corrección:** el verbo suelto **`enrich` se suma a la ventana de deprecación**, con el mismo criterio +que `accept`/`reject`/`filter`/`restore`: sigue funcionando **con aviso** durante 0.10.x y **se elimina +en 0.11.0**, como alias que delega en la misma lógica (`cli/_enrich.py::enrich_corpus`, fuente única; +ver nota append-only del ADR [0025](0025-enricher-cocitacion-openalex.md)). + +**Lista completa de los 9 aliases deprecados** (alias vivo con aviso a stderr hasta 0.11.0), tal como +los registra `cli/_deprecation.py` (#165): + +| Alias deprecado | Forma canónica | +|---|---| +| `b2g accept` | `b2g curate accept` | +| `b2g reject` | `b2g curate reject` | +| `b2g filter` | `b2g curate filter` | +| `b2g inspect` | `b2g read show` / `b2g status` | +| `b2g monitor` | `b2g chain --since` | +| `b2g networks` | `b2g build --spec` | +| `b2g enrich` | `b2g chain` (+ `b2g build`) | +| `b2g restore` | `b2g snapshot restore` | +| `b2g resolve` | `b2g seed --resolve` | + +**Más** el entry-point `bib2graph` → `b2g` y la opción **`build --corpus-scope` → `build --scope`** +(mismo corte 0.11.0). `thesaurus` **no** está en esta lista: se **retira por completo** (sin alias); +su capacidad vive como `build --thesaurus` (#164; nota append-only del ADR +[0031](0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md)). AS-BUILT de la capa de avisos en +[`../API.md`](../API.md) §Avisos de deprecación. From 160a85c394d1a156579070d6bb15cf9e62a81cc1 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sun, 28 Jun 2026 01:11:40 -0500 Subject: [PATCH 18/27] =?UTF-8?q?test(e2e):=20capstone=20one-shot=20init?= =?UTF-8?q?=E2=86=92seed=E2=86=92chain=E2=86=92build=E2=86=92read=20guiado?= =?UTF-8?q?=20por=20readiness=20(#76)=20(#182)?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Sub-issue del epic #167 (capstone de aceptación). Cierra la superficie 0.10.0. - E2E PURO-CLI: encadena init/seed/chain/build/read por CliRunner sobre un workspace tmp, leyendo status --json en cada paso. Monkeypatch del símbolo de módulo OpenAlexSource con httpx.MockTransport (el CLI no inyecta transport) → corre offline. - Demuestra el flujo agents-first guiado por status: next_best_action apunta al verbo correcto en cada paso; la TRAMPA de la Nota 20 (seed --from-bib sin --resolve → readiness.ready=false con reason que apunta a seed --resolve) y su remedio; el build_preview diagnostica red-vacía antes de build; build emite maturity {curated:false, scope:"all", saturated:false}; read top da la salida de investigación. - Aserciones de valor (no triviales): init/seed/chain (candidates_found>0)/build/read, stdout JSON puro (1 línea) en cada invocación. Marker integration (corre en el gate). Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- tests/e2e/__init__.py | 0 tests/e2e/test_oneshot_readiness.py | 438 ++++++++++++++++++++++++++++ 2 files changed, 438 insertions(+) create mode 100644 tests/e2e/__init__.py create mode 100644 tests/e2e/test_oneshot_readiness.py diff --git a/tests/e2e/__init__.py b/tests/e2e/__init__.py new file mode 100644 index 0000000..e69de29 diff --git a/tests/e2e/test_oneshot_readiness.py b/tests/e2e/test_oneshot_readiness.py new file mode 100644 index 0000000..7f0b13c --- /dev/null +++ b/tests/e2e/test_oneshot_readiness.py @@ -0,0 +1,438 @@ +"""E2E capstone: ciclo one-shot guiado por ``status --json`` (#76, epic #167). + +Verifica el flujo agents-first completo (ADR 0037): + + init → seed(bib) → [status: chain, not-ready] → + seed(bib+resolve) → [status: chain, ready] → + chain(both) → [status: build, preview-vacío] → + build → [status: read, ready] → + read top + +La "trampa de la Nota 20" (ADR 0037 §c): un agente que siembra desde BibTeX +sin ``--resolve`` ve ``readiness.ready=False`` con ``reason`` que menciona +``--resolve``. El test afirma que el agente debe resolver antes de poder +encadenar de forma productiva. + +Monkeypatch: ``bib2graph.sources.openalex.OpenAlexSource`` se reemplaza por +``_MockedOA`` que inyecta un ``httpx.MockTransport`` estático. Como +``chain.py`` y ``service/resolve.py`` importan ``OpenAlexSource`` dentro +del cuerpo de sus funciones (no a nivel de módulo), el patch del atributo +de módulo se ve cuando esas funciones ejecutan — sin necesidad de inyección +directa de transport desde el CLI. + +Marker: ``pytest.mark.integration`` (I/O local — DuckDB; sin red real). +""" + +from __future__ import annotations + +import json +from pathlib import Path +from typing import Any + +import httpx +import pytest +from click.testing import CliRunner + +from bib2graph.cli import b2g +from bib2graph.workspace import Workspace + +pytestmark = pytest.mark.integration + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Fixture de datos +# --------------------------------------------------------------------------- + +_SAMPLE_BIB = Path(__file__).resolve().parents[2] / "examples" / "bibtex" / "sample.bib" + +# DOIs presentes en sample.bib con DOI → IDs sintéticos de OpenAlex +_DOI_TO_OA_ID: dict[str, str] = { + "10.1016/j.ecolecon.2010.02.003": "W9000001", + "10.1177/0020715209105141": "W9000002", + "10.1177/0020715209105144": "W9000003", + "10.1016/j.ecolecon.2020.106824": "W9000004", + "10.1016/j.ecolecon.2015.03.012": "W9000005", + "10.1016/j.ecolecon.2009.11.014": "W9000006", + "10.1177/1070496503260974": "W9000007", +} + +# Work citante sintético para el forward chain (cita W9000001 y W9000002) +_CITING_WORK: dict[str, Any] = { + "id": "https://openalex.org/W8888000001", + "doi": None, + "title": "E2E Test Citing Paper", + "display_name": "E2E Test Citing Paper", + "publication_year": 2024, + "language": "en", + "abstract_inverted_index": None, + "authorships": [], + "keywords": [], + "referenced_works": [ + "https://openalex.org/W9000001", + "https://openalex.org/W9000002", + ], + "primary_location": {"source": {"display_name": "E2E Test Journal"}}, + "type": "article", +} + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Mock transport para toda la sesión E2E +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _make_e2e_transport() -> httpx.MockTransport: + """Transport unificado que cubre todos los requests del ciclo E2E. + + Discrimina por el prefijo del parámetro ``filter``: + + - ``doi:...`` → resolución DOI→source_id (seed --resolve) + - ``cites:...`` → forward chain (chain --direction both) + - ``openalex_id:...`` → refs→DOI (enriquecimiento automático en chain) + - cualquier otro → resultado vacío (cero candidatos backward, etc.) + + El estado ``cites_calls`` limita el mock: solo devuelve + ``_CITING_WORK`` en la primera llamada y vacío en las siguientes, para + evitar paginación infinita (el cursor ``next_cursor=None`` ya lo previene, + pero el contador es explícito). + """ + cites_calls: list[int] = [0] + + def _handler(request: httpx.Request) -> httpx.Response: + params = dict(request.url.params) + filter_val: str = params.get("filter", "") + results: list[dict[str, Any]] = [] + + if filter_val.startswith("doi:"): + # Resolución DOI→source_id: devolver pares {id, doi} para los + # DOIs de sample.bib presentes en el filtro. + for doi, short_id in _DOI_TO_OA_ID.items(): + if doi in filter_val: + results.append( + { + "id": f"https://openalex.org/{short_id}", + "doi": f"https://doi.org/{doi}", + } + ) + + elif filter_val.startswith("cites:"): + # Forward chain: devolver _CITING_WORK en la primera página; + # next_cursor=None ya corta la paginación, pero el contador + # garantiza que un bug de paginación no cuelgue el test. + cites_calls[0] += 1 + if cites_calls[0] == 1: + results = [_CITING_WORK] + + elif filter_val.startswith("openalex_id:"): + # refs→DOI: resolver IDs de referencias a sus DOIs. + for doi, short_id in _DOI_TO_OA_ID.items(): + if short_id in filter_val: + results.append( + { + "id": f"https://openalex.org/{short_id}", + "doi": f"https://doi.org/{doi}", + } + ) + + # Para cualquier otro filtro (p.ej. backward scent) devuelve vacío. + return httpx.Response( + 200, + json={ + "results": results, + "meta": { + "count": len(results), + "next_cursor": None, + }, + }, + ) + + return httpx.MockTransport(_handler) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helpers de invocación +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _status(runner: CliRunner, ws: Workspace) -> dict[str, Any]: + """Invoca ``b2g status --json`` y devuelve ``envelope["data"]``. + + Valida que stdout sea exactamente 1 línea JSON (vía + ``_assert_single_json_line``) para que un mensaje espurio en stdout + también haga fallar al test de status. + """ + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "status", "--json"], + ) + assert result.exit_code == 0, ( + f"status --json falló (exit {result.exit_code}):\n{result.stdout}" + ) + envelope = _assert_single_json_line(result.stdout, "status") + assert envelope["ok"] is True, f"status devolvió ok=False: {envelope}" + return envelope["data"] # type: ignore[no-any-return] + + +def _assert_single_json_line(stdout: str, step: str) -> dict[str, Any]: + """Afirma que stdout es exactamente 1 línea JSON parseable y la devuelve.""" + non_empty = [line for line in stdout.splitlines() if line.strip()] + assert len(non_empty) == 1, ( + f"[{step}] stdout debe ser 1 línea JSON; got {len(non_empty)} líneas:\n{stdout!r}" + ) + parsed: dict[str, Any] = json.loads(non_empty[0]) + return parsed + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Test capstone +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_oneshot_readiness_cycle( + tmp_path: Path, + monkeypatch: pytest.MonkeyPatch, +) -> None: + """Ciclo one-shot guiado por status --json — capstone E2E del epic #167. + + Afirma la "trampa de la Nota 20": sin ``--resolve``, el agente ve + ``readiness.ready=False`` con un ``reason`` que menciona ``--resolve``. + Tras resolver, el ciclo avanza: chain → build → read top con salida + JSON limpia en cada paso. + """ + # --- Monkeypatch: reemplazar OpenAlexSource con versión de mock -------- + # + # chain.py y service/resolve.py importan OpenAlexSource DENTRO del cuerpo + # de sus funciones, no a nivel de módulo. Al patchear el atributo en el + # objeto módulo, el ``from bib2graph.sources.openalex import OpenAlexSource`` + # que ejecuta en tiempo de llamada obtiene la clase mockeada. + import bib2graph.sources.openalex as _oa_mod + + _mock_transport = _make_e2e_transport() + _real_cls = _oa_mod.OpenAlexSource + + class _MockedOA(_real_cls): # type: ignore[valid-type] + """Subclase que siempre inyecta el transport de mock, ignorando el recibido.""" + + def __init__( # type: ignore[override] + self, + *, + email: str | None = None, + api_key: str | None = None, + transport: Any = None, + base_url: str = "https://api.openalex.org", + max_results: int = 200, + ) -> None: + super().__init__( # type: ignore[misc] + email=email, + api_key=api_key, + transport=_mock_transport, + base_url=base_url, + max_results=max_results, + ) + + monkeypatch.setattr(_oa_mod, "OpenAlexSource", _MockedOA) + + # --- Paso 0: b2g init (primer verbo del ciclo agents-first) ------------ + # + # Usamos CLI pura para que el capstone ejerza init→seed→…→read-top + # completo. TARGET es la ruta absoluta al directorio destino; --name fija + # el nombre de la investigación; --json valida la salida. + ws_dir = tmp_path / "research" + runner = CliRunner() + + result = runner.invoke( + b2g, + ["init", str(ws_dir), "--name", "test-e2e", "--json"], + ) + envelope = _assert_single_json_line(result.stdout, "init") + assert result.exit_code == 0, ( + f"init falló (exit {result.exit_code}):\n{result.stdout}" + ) + assert envelope["ok"] is True + assert "workspace_dir" in envelope["data"], ( + f"init --json debe devolver 'workspace_dir'; got keys: {list(envelope['data'].keys())}" + ) + assert "library_path" in envelope["data"], ( + "init --json debe devolver 'library_path'" + ) + + # Abrir el workspace creado para usar ws.root en los pasos siguientes + ws = Workspace.open(ws_dir) + + # Status tras init: next_best_action="seed", siempre ready=True + data = _status(runner, ws) + assert data["next_best_action"] == "seed", ( + f"Tras init se esperaba 'seed', got {data['next_best_action']!r}" + ) + assert data["readiness"]["ready"] is True, ( + "Antes de la primera siembra, readiness.ready debe ser True" + ) + + # --- Paso 1: seed --from-bib SIN --resolve (BibTeX, sin red) ---------- + assert _SAMPLE_BIB.exists(), f"Fixture no encontrado: {_SAMPLE_BIB}" + + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "seed", "--from-bib", str(_SAMPLE_BIB), "--json"], + ) + envelope = _assert_single_json_line(result.stdout, "seed --from-bib") + assert result.exit_code == 0, ( + f"seed --from-bib falló (exit {result.exit_code}):\n{result.stdout}" + ) + assert envelope["ok"] is True + assert envelope["data"]["papers_added"] > 0, ( + "sample.bib debe contener al menos 1 paper" + ) + + # --- Status tras seed sin resolve: Nota 20 ---------------------------- + # + # Sin --resolve, source_id=None para todos los papers BibTeX. + # El agente debe ver readiness.ready=False con reason mencionando --resolve. + data = _status(runner, ws) + assert data["next_best_action"] == "chain", ( + f"Tras seed, se esperaba next_best_action='chain', got {data['next_best_action']!r}" + ) + readiness = data["readiness"] + assert readiness["ready"] is False, ( + "Sin --resolve, readiness.ready debe ser False (0 seeds con source_id)" + ) + assert readiness["reason"] is not None, ( + "readiness.reason no debe ser None cuando ready=False" + ) + assert "--resolve" in readiness["reason"], ( + f"readiness.reason debe mencionar '--resolve'; got: {readiness['reason']!r}" + ) + + # --- Paso 2: seed --from-bib --resolve (DOI→source_id con mock) ------- + result = runner.invoke( + b2g, + [ + "--workspace", + str(ws.root), + "seed", + "--from-bib", + str(_SAMPLE_BIB), + "--resolve", + "--json", + ], + ) + envelope = _assert_single_json_line(result.stdout, "seed --from-bib --resolve") + assert result.exit_code == 0, ( + f"seed --from-bib --resolve falló (exit {result.exit_code}):\n{result.stdout}" + ) + assert envelope["ok"] is True + resolve_sub = envelope["data"].get("resolve") + assert resolve_sub is not None, ( + "Con resolve=True, data debe contener sub-dict 'resolve'" + ) + assert resolve_sub["resolved"] > 0, ( + "El mock debe resolver al menos 1 DOI a source_id" + ) + + # --- Status tras seed --resolve: chain READY -------------------------- + data = _status(runner, ws) + assert data["next_best_action"] == "chain", ( + f"Tras seed --resolve, se esperaba 'chain', got {data['next_best_action']!r}" + ) + assert data["readiness"]["ready"] is True, ( + f"Tras --resolve, readiness.ready debe ser True; got: {data['readiness']}" + ) + + # --- Paso 3: chain --direction both (forward con mock) ---------------- + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "chain", "--direction", "both", "--json"], + ) + envelope = _assert_single_json_line(result.stdout, "chain --direction both") + assert result.exit_code == 0, ( + f"chain falló (exit {result.exit_code}):\n{result.stdout}" + ) + assert envelope["ok"] is True + + # Verificar que el forward-chain realmente encontró candidatos (W8888000001). + # Si la rama ``cites:`` del mock devolviera vacío, candidates_found sería 0 + # y esta aserción fallaría antes de que el error se propague silenciosamente. + chain_result = envelope["data"] + assert chain_result["candidates_found"] > 0, ( + "El mock forward-chain (cites:W9000001|…) debe haber encontrado ≥1 " + f"candidato; got candidates_found={chain_result['candidates_found']}" + ) + + # --- Status tras chain: build, preview tiene ≥1 red vacía con fix ---- + data = _status(runner, ws) + assert data["next_best_action"] == "build", ( + f"Tras chain, se esperaba 'build', got {data['next_best_action']!r}" + ) + build_preview = data["build_preview"] + assert len(build_preview) == 5, ( + f"build_preview debe tener 5 entradas (una por red); got {len(build_preview)}" + ) + empty_with_fix = [ + e + for e in build_preview + if e.get("would_be_empty") and e.get("fix_command") is not None + ] + assert len(empty_with_fix) >= 1, ( + "build_preview debe tener ≥1 red vacía con fix_command no nulo. " + f"Preview: {json.dumps(build_preview, ensure_ascii=False)}" + ) + + # --- Paso 4: build (sin seeds aceptadas; no hay llamada a OA) --------- + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "build", "--json"], + ) + envelope = _assert_single_json_line(result.stdout, "build") + assert result.exit_code == 0, ( + f"build falló (exit {result.exit_code}):\n{result.stdout}" + ) + assert envelope["ok"] is True + + build_data = envelope["data"] + maturity = build_data.get("maturity") + assert maturity is not None, "build --json debe incluir campo 'maturity'" + assert maturity["curated"] is False, ( + "Sin curación previa, maturity.curated debe ser False" + ) + assert maturity["scope"] == "all", ( + f"maturity.scope debe ser 'all'; got {maturity['scope']!r}" + ) + assert maturity["saturated"] is False, ( + "maturity.saturated es siempre False en el ciclo one-shot" + ) + assert isinstance(maturity["empty_networks"], list), ( + "maturity.empty_networks debe ser una lista" + ) + + # --- Status tras build: read, ready ----------------------------------- + data = _status(runner, ws) + assert data["next_best_action"] == "read", ( + f"Tras build, se esperaba 'read', got {data['next_best_action']!r}" + ) + assert data["readiness"]["ready"] is True, ( + f"Tras build, readiness.ready debe ser True; got: {data['readiness']}" + ) + + # --- Paso 5: read top (salida de investigación) ----------------------- + result = runner.invoke( + b2g, + ["--workspace", str(ws.root), "read", "top", "--json"], + ) + envelope = _assert_single_json_line(result.stdout, "read top") + assert result.exit_code == 0, ( + f"read top falló (exit {result.exit_code}):\n{result.stdout}" + ) + assert envelope["ok"] is True + + read_data = envelope["data"] + assert "central" in read_data, ( + f"read top --json debe incluir 'central'; got keys: {list(read_data.keys())}" + ) + assert "cocitation" in read_data, ( + f"read top --json debe incluir 'cocitation'; got keys: {list(read_data.keys())}" + ) + assert isinstance(read_data["central"], list), ( + "read_data['central'] debe ser una lista" + ) + assert isinstance(read_data["cocitation"], list), ( + "read_data['cocitation'] debe ser una lista" + ) From 8d943f7807e6c07ee6f31bd416b00f29d0cdd5e7 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sun, 28 Jun 2026 09:07:36 -0500 Subject: [PATCH 19/27] chore(proceso): bakear lecciones del epic 0.10.0 + comando /retro-ciclo (#183) MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Retroalimentación del giro de superficie 0.10.0 (#167) incorporada al proceso de agentes (medición forense: ~50% del tiempo de cada coder se fue esperando el suite completo de tests): - .claude/agents/coder.md: testing por capas — iterar con tests pertinentes (pytest test_X::test_Y, 7-60s), auto-formatear antes de gatear, dejar el suite completo al verifier+CI; timeout alto en corridas largas. - .claude/agents/verifier.md: el verifier es dueño del gate COMPLETO (red de seguridad mientras el coder itera con subconjuntos). - AGENTS.md §"Ejecución concurrente y testing": paralelizar solo ramas con archivos disjuntos (serializar las que comparten build.py/cli/__init__.py); los Edit/Write de un subagente se aíslan al worktree de la sesión (no a la ruta del prompt); batchear decisiones del PO; evitar rutas con acentos en Git Bash. - .claude/commands/retro-ciclo.md: nuevo comando /retro-ciclo — retrospectiva metacognitiva de fin de ciclo que mide con datos, reflexiona y BAKEA las lecciones donde viven (agentes/AGENTS.md/hooks). Cierra el lazo de aprendizaje. Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- .claude/agents/coder.md | 21 ++++++++-- .claude/agents/verifier.md | 9 +++-- .claude/commands/retro-ciclo.md | 71 +++++++++++++++++++++++++++++++++ AGENTS.md | 30 +++++++++++++- 4 files changed, 122 insertions(+), 9 deletions(-) create mode 100644 .claude/commands/retro-ciclo.md diff --git a/.claude/agents/coder.md b/.claude/agents/coder.md index 4d6def2..8ac3386 100644 --- a/.claude/agents/coder.md +++ b/.claude/agents/coder.md @@ -34,10 +34,23 @@ todo verificable: otro agente (`verifier`) va a auditar tu diff. - Lee `docs/API.md` (contrato), `docs/ARCHITECTURE.md` y el `docs/ROADMAP/` del hito antes de escribir lógica nueva. -## El gate (corrélo, reportá la salida real) -``` -uv run ruff check . && uv run ruff format --check . && uv run mypy src && uv run pytest -``` +## Testing: iterá con el subconjunto, dejá el suite completo para el cierre +El suite completo (`uv run pytest`) tarda **~4-8 min en esta máquina** — NO lo uses como bucle de +feedback. (Lección del epic #167: correr el suite entero para triagear un fallo de UN archivo fue +**~la mitad** del tiempo perdido de los coders.) + +- **En el loop:** corré SOLO los tests pertinentes a lo que tocás — + `uv run pytest tests/unit/test_X.py::TestY --tb=short` (7-60 s). Si un test falla, re-corré **ese + node id**, no el suite entero con flags distintos. +- **Antes de chequear formato/lint:** auto-formateá primero — + `uv run ruff format . && uv run ruff check --fix .` — y recién después `ruff check`/`format --check`. + Evita el gate/CI rojo **solo por formato**. +- **Cierre (una sola vez):** `uv run ruff check . && uv run ruff format --check . && uv run mypy src` + + `uv run pytest` acotado a los archivos/áreas que tocaste. El **suite completo lo corren el + `verifier` y el CI** — no necesitás repetirlo en loop; reportá qué subconjunto corriste. +- **Timeout:** poné `timeout` ≥ 600000 ms en cualquier corrida larga de pytest (el default de 2 min + mata el suite completo). + Markers: `unit` (default, sin red), `integration` (DuckDB/red, en el gate), `network` (API real de OpenAlex, **fuera** del gate — `-m "not network"`). TDD selectivo: test antes del código en el núcleo; no testees wrappers finos ni plumbing de Click. diff --git a/.claude/agents/verifier.md b/.claude/agents/verifier.md index c262fe8..39844b9 100644 --- a/.claude/agents/verifier.md +++ b/.claude/agents/verifier.md @@ -13,12 +13,15 @@ Sos el **verificador** de bib2graph. Revisás el trabajo del `coder` con ojo adv tenés Write/Edit a propósito:** tu única salida es un veredicto honesto y hallazgos accionables. Si algo está mal, lo marcás — no lo arreglás (arreglar destruiría tu independencia). -## El gate (corrélo, pegá la salida real) +## El gate (corrélo COMPLETO, pegá la salida real) ``` uv run ruff check . && uv run ruff format --check . && uv run mypy src && uv run pytest ``` -Markers: `unit` (sin red), `integration` (DuckDB/red, en el gate), `network` (API real, **fuera** -del gate — no lo exijas). `git diff`/`git status` para ver el cambio. +**Vos sos el dueño del gate completo.** El `coder` itera con **subconjuntos** de tests (el suite +entero tarda ~6 min), así que tu corrida del **suite completo** es la red de seguridad real — corrélo +entero siempre, con `timeout` ≥ 600000 ms. Si tarda más que el límite, corré por lotes pero **cubrí +todo** y reportá honesto qué corriste. Markers: `unit` (sin red), `integration` (DuckDB/red, en el +gate), `network` (API real, **fuera** del gate — no lo exijas). `git diff`/`git status` para ver el cambio. ## Qué revisás (default a la sospecha) 1. **Correctitud:** ¿hace lo que la tarea pedía? ¿bugs, casos borde, regresiones? Buscá por qué diff --git a/.claude/commands/retro-ciclo.md b/.claude/commands/retro-ciclo.md new file mode 100644 index 0000000..f38e84d --- /dev/null +++ b/.claude/commands/retro-ciclo.md @@ -0,0 +1,71 @@ +--- +description: >- + Retrospectiva metacognitiva de fin de ciclo — mide dónde se fue el tiempo (examina + los transcripts de los subagentes), reflexiona sobre la estrategia y APLICA mejoras al + proceso (.claude/agents/, AGENTS.md, hooks). Usala al cerrar un epic, un feature-cycle + grande, un release o una sesión con mucho fan-out. Cierra el lazo de aprendizaje. +argument-hint: "[qué ciclo cerrás: epic #N / release / sesión]" +--- + +# /retro-ciclo — retrospectiva del proceso de los agentes + +Sos el **orquestador/tech-lead**. Acaba de cerrarse un ciclo de trabajo +($ARGUMENTS). Corré la retrospectiva **del proceso de los agentes** (no del producto: +eso es `/cosechar-sesion`) para responder con DATOS: *¿qué nos tardó más? ¿la forma de +trabajar fue la correcta? ¿en qué falla hoy y cómo lo mejoramos?* — y dejar el proceso +mejor que como lo encontraste. + +## Procedimiento + +1. **Medí — datos duros, no impresiones.** Los transcripts de los subagentes de esta + sesión están como JSONL en el task dir (`…/tasks/.output`). **NO los leas + enteros** (overflow). Despachá un subagente `general-purpose` que los procese con + Bash/python línea por línea y devuelva **métricas, no dumps**: + - Wall-clock por agente (`duration_ms` de las notificaciones) y por rol + (coder/verifier/architect). + - Para los coders más lentos: #Bash/#Edit/#Read; **cuántas veces corrió el suite + completo de pytest vs subconjuntos**; ruff/mypy/uv sync; y **qué fracción del tiempo + fue esperando tests** (gaps tras `pytest`). + - Reintentos, loops editar→test→fallar, errores de formato/CRLF/encoding, timeouts, + conflictos de merge, y **trabajo perdido/rehecho** (p.ej. agentes que escribieron en + el worktree equivocado). + - **Avisá si faltan transcripts** (vacíos / no capturados): punto ciego de auditoría. + +2. **Reflexioná — honesto, incluí tus propios errores de orquestación.** + - ¿Cuál fue el cuello de botella dominante? Cuantificalo. + - ¿La estrategia fue la correcta? ¿hubo cambio (p.ej. secuencial→paralelo) y valió la + pena? ¿qué fricción introdujo? + - Separá **desperdicio** de **inversión valiosa** (el rework que nace de un verifier que + cazó un bug real NO es desperdicio). + - Clasificá las lecciones: (a) generales, (b) específicas del repo (suite lento, + archivos calientes como `build.py`/`cli/__init__.py`), (c) errores puntuales de la sesión. + +3. **Traé el veredicto al PO y esperá su OK.** Top 3 cuellos de botella con evidencia + + 3-5 mejoras accionables. No cambies el proceso sin confirmar el rumbo. + +4. **Aplicá las mejoras DONDE VIVEN** (una retro que no cambia nada es un informe, no una + mejora): + - **Comportamiento de un rol** (cómo testea el coder, qué corre el verifier) → + `.claude/agents/.md`. + - **Convención de orquestación** (paralelizar con prudencia, worktrees, batchear + decisiones) → `AGENTS.md` §"Ejecución concurrente y testing". + - **Mapa/fases del flujo** → la skill `flujo`. + - **Guardarraíl** que conviene volver imposible de violar → `.claude/hooks/`. + - Va por **PR a `dev`** (`chore(proceso): …`), porque `.claude/agents/`, + `.claude/commands/` y `AGENTS.md` están versionados. + +5. **Cerrá con seguimientos.** Lo que no se baka ahora → issue (no nota suelta). Si una + lección amerita decisión de fondo → ADR vía `/graduar-adr`. + +## No-negociables +- **Datos antes de opinar.** Cuantificá el cuello de botella. +- **Honestidad sobre los errores de orquestación** — la fuente más rica de mejora. +- **La retro debe cambiar algo** (bakear ≥1 lección o abrir seguimiento), o no terminó. +- No leas transcripts enteros en tu contexto; delegá la medición. + +## Lecciones ya bakeadas (extender, no re-litigar) +- **Epic 0.10.0 / #167:** el suite completo de pytest (~6 min) usado como bucle de + feedback fue ~50% del tiempo de los coders → testing por capas (coder con subconjunto; + verifier+CI con el suite) en `.claude/agents/coder.md` y `verifier.md`. Paralelizar solo + archivos disjuntos; los agentes escriben en el worktree de la sesión, no en la ruta del + prompt → `AGENTS.md` §"Ejecución concurrente y testing". diff --git a/AGENTS.md b/AGENTS.md index c5e04d0..b453810 100644 --- a/AGENTS.md +++ b/AGENTS.md @@ -325,8 +325,12 @@ una idea; el commit/PR sigue Conventional Commits (abajo); no bumpear versión n El repo versiona su propia config de Claude Code para que **el equipo herede los roles y los guardarraíles** al clonar (project-level **gana** sobre la config de usuario). Se versiona -`.claude/settings.json` + `.claude/agents/` + `.claude/hooks/`; queda ignorado el estado local -(`settings.local.json`, `worktrees/`, `System_prompt.md`). +`.claude/settings.json` + `.claude/agents/` + `.claude/hooks/` + `.claude/commands/`; queda ignorado +el estado local (`settings.local.json`, `worktrees/`, `System_prompt.md`). + +**Comandos de proyecto** (`.claude/commands/*.md`, slash commands del equipo): `/retro-ciclo` — +retrospectiva metacognitiva de fin de ciclo que mide dónde se fue el tiempo y **baka las lecciones** +en el proceso (ver §"Ejecución concurrente y testing"). **Subagentes** (`.claude/agents/*.md`), afinados a bib2graph y con **una frontera dura por rol** ("cada uno es responsable de sus artefactos"): @@ -354,6 +358,28 @@ su frontmatter no toma efecto hasta reiniciar). Los **hooks de `settings.json` s caliente**. Si un guardarraíl bloquea algo legítimo, se afloja editando el script en `.claude/hooks/`. +### Ejecución concurrente y testing — lecciones del epic 0.10.0 (#167) + +Destiladas del giro de superficie 0.10.0 (medición forense: **~50% del tiempo de cada `coder` se +fue esperando el suite completo de tests**). Las captura y actualiza el comando **`/retro-ciclo`** +(`.claude/commands/`) al cerrar cada ciclo. + +- **Testing por capas.** El `coder` itera con **tests pertinentes** (`pytest test_X.py::test_Y`, + 7-60 s) y auto-formatea (`ruff format` + `ruff check --fix`) antes de gatear; el **gate completo + (`pytest` entero, ~6 min) lo corren el `verifier` y el CI**, no el coder en loop. Elimina una de + las 3 corridas redundantes del suite por sub-issue. +- **Paralelizar con prudencia (archivos disjuntos).** Fan-out de varios sub-issues a la vez **solo + si tocan archivos disjuntos**. Ramas que comparten un archivo caliente (`build.py`, + `cli/__init__.py`) → **serializar** (mergear una, rebasar la siguiente) para no pagar el baile de + conflictos. Batchear los encuadres y resolver las decisiones del PO en **una sola ronda** es + ganancia neta sin riesgo. +- **Confiabilidad de worktrees.** Los `Edit`/`Write` de un subagente se aíslan al worktree de la + **sesión**, no a la ruta que se le pase en el prompt. Para trabajo sobre una rama: tenerla + **checked out en el worktree de la sesión** (o recuperar el trabajo vía `git diff`/patch). No + asumir que el agente escribe en la ruta del prompt. +- **Windows:** evitar rutas con acentos en Git Bash (rompe el quoting); preferir PowerShell para + operaciones de filesystem. Reservar Bash para comandos POSIX simples. + ## Comandos de build / lint / test El proyecto se gestiona con **uv** (entorno + lockfile + versión de Python). **No** uses From 272d87c0e5eeb4b0b0ad84670809c9d87cfcb7b1 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sun, 28 Jun 2026 10:40:44 -0500 Subject: [PATCH 20/27] =?UTF-8?q?docs(notas):=20Nota=2021=20=E2=80=94=20de?= =?UTF-8?q?scomposici=C3=B3n=20de=20la=20suite=20de=20tests=20para=20poda?= =?UTF-8?q?=20(#184)=20(#185)?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Análisis único/redundante/sinérgico/tensión de los ~1238 tests (68 archivos) para encuadrar la poda del epic #184. Incluye el criterio del PO (defensa en profundidad selectiva) y el DoD por candidato (cobertura no baja + gate verde). Claude-Session: https://claude.ai/code/session_01T8tphqfD3Gq9aX3vWXyyuo Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- docs/Notas/21-descomposicion-tests-poda.md | 217 +++++++++++++++++++++ 1 file changed, 217 insertions(+) create mode 100644 docs/Notas/21-descomposicion-tests-poda.md diff --git a/docs/Notas/21-descomposicion-tests-poda.md b/docs/Notas/21-descomposicion-tests-poda.md new file mode 100644 index 0000000..1b4611c --- /dev/null +++ b/docs/Notas/21-descomposicion-tests-poda.md @@ -0,0 +1,217 @@ +# 21 — Descomposición de información de la suite de tests (hacia una poda) + +> ⚠️ **NOTA DE ANÁLISIS — no es decisión ni ADR.** Diagnóstico de la suite de tests del 2026-06-28, +> motivado por que la suite cruzó las **~1238 pruebas recolectadas** (68 archivos). El objetivo es +> entender *qué información aporta cada test* para decidir **qué se puede quitar sin perder cobertura +> real**. El análisis se hizo leyendo los 68 archivos por clúster temático (6 lecturas paralelas). +> Las eliminaciones concretas listadas son **candidatas**: cada una se confirma borrando el test, +> corriendo el gate y verificando que `--cov` no pierde líneas/ramas únicas (ver §6). Documentos +> hermanos: [`06-critica-as-built-v0.2.md`](06-critica-as-built-v0.2.md), [`19-qa-cli-superficie-limites.md`](19-qa-cli-superficie-limites.md). + +## 0. El dato que dispara la nota + +La suite pasó de **645 tests verdes (v0.3, 2026-06-16)** a **~1238 recolectados hoy** —casi el doble— +mientras la superficie pública se **consolidó** (10 verbos CLI, ADR 0038/0037). Cuando los tests +crecen al doble y la superficie *baja*, la diferencia no es cobertura nueva: es **acumulación**. La +mayor parte de ese exceso tiene una causa estructural identificable (§4), no es ruido aleatorio. + +## 1. El marco: descomposición parcial de información aplicada a tests + +Tomo prestado el lente de la *partial information decomposition* (único / redundante / sinérgico) y le +agrego un cuarto eje propio del software, **tensión**. Cada test, frente al conjunto, cae en: + +- **ÚNICO** — es el único que cubre un invariante. Si lo borrás, una rama/contrato queda sin red. + **No se toca.** Es la mayoría sana de la suite (`dedup`, `decorate`, `preprocessors`, `projectors`, + `analyzer`, `compute_id`, `r1`/`r4` puros, contratos de backend). +- **REDUNDANTE** — verifica *el mismo invariante* que otro(s), en la misma o distinta capa. El segundo + ejemplar no agrega información; agrega costo de runtime y de mantenimiento. **Candidato a poda o + fusión.** +- **SINÉRGICO** — *parece* duplicado pero solo tiene valor **en conjunto**: un par aislamiento↔integración, + o una guarda negativa que sola no dice nada. **No se toca aunque tiente** — borrar la mitad rompe la + garantía sin que ningún test se ponga rojo (peor que un duplicado: un falso ahorro). +- **EN TENSIÓN** — acoplado a implementación frágil (strings de copy, internals privados, versión de + Click, IDs de OpenAlex, paths de import para `patch`). Pasa hoy pero **pelea contra cada refactor**. + No es candidato a *borrar* sino a **refactorizar** (extraer constantes, testear contrato no forma); + algunos —las "lápidas"— sí a borrar. + +La poda barata vive en **REDUNDANTE**. La poda peligrosa (la que hay que *evitar*) es confundir +**SINÉRGICO** con redundante. La deuda que conviene saldar de paso es **TENSIÓN**. + +## 1.bis Criterio del PO (adoptado 2026-06-28) + +El PO fijó la política que gobierna la poda. **No es DRY ciego.** + +1. **Defensa en profundidad SELECTIVA.** Un invariante = un test *en general*, **pero se conserva la + redundancia en capas** (unit + backend + e2e) donde el invariante es el corazón del producto: + **`corpus_hash`/reproducibilidad y la FSM del ciclo**. → De §2.4 solo se eliminan las copias + *byte-idénticas*; la cobertura en capas de lo crítico **se mantiene**. La reproducibilidad es la + tesis de un tool de investigación: ahí la redundancia es seguro, no desperdicio. +2. **Tests de forma → conservar consolidados.** Neutralidad-AST, reloj inyectado, pureza del núcleo se + **mantienen** como guardia de arquitectura (ADR 0028, R2), pero se **fusionan en 1 parametrizado** y se + hacen menos frágiles (§2.7). Las "lápidas" (asserts de ausencia de símbolos viejos) son lo de menor valor. +3. **Deprecación: la migración cerró.** ADR 0038 consolidó los verbos → retirar los `*_corre_y_delega`, + dejar **solo** el test del aviso de deprecación (§2.1). +4. **Mocks de red → adelgazar + promover.** Recortar los asserts de forma-de-query duplicados y mover la + cobertura real a más tests `@network` fuera del gate (§4.5). + +## 2. Redundante — el inventario de poda (lo accionable) + +Agrupado por patrón, con cita `archivo::test`. Estimación gruesa: **~70–100 tests** podables/fusionables +(~6–8% de la suite) sin perder un solo invariante. + +### 2.1 Migración noun-verb (ADR 0038) duplicada: el viejo verbo + el nuevo conviven +La epic de huérfanos #37 ya consolidó los verbos. Los tests que protegían la transición ahora **duplican +al verbo canónico**: +- `test_deprecation_aliases.py` — los `test_*_corre_y_delega` (accept/reject/filter/restore/networks) + re-ejercen funcionalidad ya cubierta por `test_cli.py` y `test_cli_read.py`. **Lo único con valor + propio es el aviso de deprecación** (stderr + `warnings[]`). El resto (~15-20 de ~40) es poda directa + una vez aceptada la deprecación. +- Transición `restore → FILTERED` triplicada: `test_restore.py::test_run_restore_transiciona_a_filtered` + + `test_snapshot_grp.py::test_snapshot_restore_transiciona_a_filtered` (+ su variante `_desde_seeded`, + que no siembra estado previo → idéntica). +- `run_snapshot` con `out_dir` por tres lados: `test_snapshot_grp.py::test_snapshot_create_crea_archivos` + ≈ `::test_run_snapshot_importable_desde_cli_snapshot` ≈ + `test_workspace_remanentes.py::test_snapshot_sin_outdir_usa_workspace_snapshots_dir`. + +### 2.2 El mismo invariante repetido por cada superficie (helper puro + N copias) +Cuando hay un helper puro bien testeado, repetir su semántica en cada comando que lo usa es redundante; +basta **un test de "presencia + forma" por superficie**: +- **`maturity`**: `TestComputeMaturity` ya cubre `curated`/`saturated` a fondo; `TestBuildMaturity`, + `TestSnapshotMaturity`, `TestReadTopMaturity` repiten casi literal `curated_false/true`,`saturated_false` + (~6 tests podables). +- **`next_best_action`**: el FSM puro (`test_status_10.py::TestNextBestAction`, 6 casos) y luego + `TestRunStatusCamposAditivos::test_next_best_action_*` (4 casos) re-mapean lo mismo vía `run_status`. + Dejar 1 smoke de cableado. + +### 2.3 "stdout = una sola línea JSON" (#151) y `schema=="1"` re-aseverados +Hay un guard parametrizado canónico (`test_cli_json_option.py::test_anti_regresion_stdout_max_una_linea_con_json`, +16 comandos) y además el helper `_assert_one_json_line` ya valida "1 línea" en *cada* test de read. Los +tests dedicados son duplicado del helper: +- `test_cli_read.py::test_cli_read_{list,show,stats}_stdout_una_linea_json`, + `test_cli_read_top.py::test_cli_read_top_stdout_una_linea_json` **y su gemelo `_cocitacion_vacia`** + (mismo assert, el "vacía" no cambia nada). +- `test_build_absorber_networks.py::test_json_stdout_una_sola_linea` ≈ `::test_json_warnings_en_envelope_no_en_stdout`. +- `schema=="1"`: los 5 `test_schema_1_intacto` de `test_deprecation_aliases.py` ya los cubre + `_assert_one_json_stdout` en cada test de su clase. + +### 2.4 `corpus_hash`/reproducibilidad verificado en 5 capas +El invariante de identidad es el más sobre-cubierto del repo (señal de que es el más importante — sano +tener red unitaria + e2e, pero no 5 copias): +- contrato unitario: `test_r2_reproducibility.py`; a nivel backend: `test_backends.py::test_corpus_hash_estable` + / `::test_corpus_hash_order_independent`; e2e sobre parquet real: `test_example_r2_gate.py::test_corpus_hash_estable_entre_cargas` + ≈ `test_idempotencia_pipeline_bitabit.py::test_corpus_hash_identico_en_dos_cargas_arrow` (**idénticos** → uno sobra). +- "Louvain reproducible" duplicado: `test_r2…::test_networks_build_louvain_reproducible` ≈ + `test_example_r2_gate…::test_comunidades_estables_entre_corridas`. +- Recomendación: **conservar 1 unitario (r2) + 1 e2e (gate del corpus real); fusionar el resto.** + +### 2.5 La familia `enrich` (la mayor concentración de deuda) +Co-citación probada en memoria, vía store, y absorbida en chain/build — con los mismos invariantes +repetidos 3-4 veces: +- Idempotencia triplicada (`test_enrichers_8b::test_enrich_cited_by_idempotente` el más débil → eliminable; + lo subsume `test_enrich_cocitacion_integrado::…_idempotente_corpus_hash…`). +- Tope `max_citing` ×4, "sin seeds → no-op" ×3, "no pierde papers" ×3, conteo de redes 4-vs-5 en ≥4 sitios, + contrato de claves de `run_enrich` ×3. +- **Estrategia**: concentrar co-citación en `test_enrich_cocitacion_integrado.py` (store) + + `test_enrich_absorb.py` (chain/build), y recortar de `test_enrichers_8b.py` lo ya cubierto end-to-end + (~6-8 tests). + +### 2.6 Contrato `BibtexSource.load` repartido en 3 archivos +`test_sources.py::test_bibtex_load_{is_seed_true,curation_status_candidate,campos_faltantes_none,sin_keyerror}` +son **subconjunto estricto** de `test_bibtex_source_contrato.py::test_campos_…_persisten` (que ya asevera +`is_seed`, `curation_status` y todos los campos). + mutua-exclusión de modos `seed` duplicada literal entre +`test_seed_from_bib.py` y `test_equation_spec.py`. + +### 2.7 Tests de neutralidad-AST copiados textualmente +El mismo `ast.walk` buscando `click`/`fastapi`/`sys.exit`/`print` está copiado en +`test_service.py`, `test_service_reads.py`, `test_api.py`, `test_cli_read.py` y `test_cli_read_top.py`. +**Consolidar en un único test parametrizado sobre todos los módulos de `service/`** (~4 tests → 1). + +### 2.8 Misceláneos cross-archivo +`NetworkKind` como fuente única: `test_r1_constants` vs `test_r5_robustness` (mismo contrato) · +paridad build≡networks doble (`test_build_absorber_networks::test_paridad_artefactos…` ⊂ `…_multiples_redes`) · +"networks no toca el FSM" en `test_build_absorber_networks` y `test_networkspec_yaml` · scope-token CLI +duplicado dentro de `test_build_absorber_networks` · `status` cache fresca vs sin-cache (mismo assert final). + +## 3. Sinérgico — lo que NO hay que tocar aunque parezca duplicado + +Estos pares/tríos **se sostienen mutuamente**; borrar la mitad deja un agujero que ningún rojo delata: +- **Aislamiento ↔ integración**: `Forager.preview` con MagicMock + `run_chain(preview=True)` con DuckDB; + `predict_build_preview` puro + `TestNoDivergenciaPreviewVsBuild` (ata la predicción al `Networks.build` + real); co-citación en memoria (`8b`) + persistencia store (`cocitacion_integrado`, lo dice su docstring). +- **Paridad de backends** (`test_external_ids.py`, `test_backends.py`): los bloques memory/duckdb *parecen* + espejo, pero el contrato del ADR 0036/0013 **es** "ambos backends, mismo comportamiento" — la clase + `Paridad` no existe sin los dos lados. +- **Guardas negativas**: `test_clusters.py::test_cruce_por_col_id_no_openalex_id` (detecta cruce por la + columna equivocada) solo vale junto a los `test_cluster_table_*_count`. +- **Capstone + gates**: `test_oneshot_readiness.py` (e2e, prueba que el ciclo *fluye*) + `r1-r5` (prueban + *por qué* cada paso es correcto). El e2e sin gates no localiza la causa de un fallo; los gates sin e2e + no garantizan la integración. **Los `r1-r5` NO se solapan entre sí** (r1 tipos, r2 identidad, r3 FSM, + r4 scent, r5 robustez) — son cinco capas distintas, todas únicas. +- **Paridad seed+resolve** (`test_parity_resolve_paths.py`): no prueba comportamiento, prueba + *no-divergencia* entre dos caminos — su valor es ser la red antes de retirar el verbo. (Pero ver §4.5: + está en tensión con su propio destino.) + +## 4. Tensión — las causas sistémicas (refactor, no solo borrado) + +Las redundancias de §2 no son casuales: salen de **cinco patrones** que conviene atacar en la raíz. + +1. **Aserciones por substring sobre copy en español.** `"deprecad" in stderr`, `"50" in reason`, + `"ignora" in stderr`, `"0 papers" in warning`, y los `fix_command == "b2g build --thesaurus "` + literales repetidos en ~6 sitios de `test_status_10.py`. Cualquier reescritura del mensaje los rompe + sin que cambie el comportamiento. → **comparar contra constantes exportadas, no literales.** +2. **Acoplamiento a la separación stdout/stderr de Click 8.4.1.** ~6 tests de + `test_build_absorber_networks.py` dependen de ese comportamiento de versión; un bump de Click los + rompe en bloque. +3. **`patch()` sobre rutas de import internas.** `test_r3_commands_domain.py`, + `test_cli.py::test_exit_code_*`, `test_r5_robustness.py` parchean + `bib2graph.networks.facade.Networks.quick`, `…sources.openalex.OpenAlexSource`, `_projector_for_kind`. + Mover un import interno rompe el test sin cambiar comportamiento observable. `test_oneshot_readiness.py` + es el caso extremo: exige que `chain.py`/`resolve.py` importen `OpenAlexSource` *dentro* de la función + y replica la firma del constructor — frágil y caro (el test más lento del repo). +4. **"Lápidas" (tests que aseveran ausencia).** `test_foraging.py::test_build_forward_candidate_row_eliminado`, + `TestExplainCandidateRetirado`, `::test_modulo_explain_no_existe`. Verifican que algo *ya no existe*: + valor decreciente, fricción permanente con cualquier refactor. Candidatos a borrar tras un ciclo. +5. **Mocks que dan falsa confianza.** Toda la familia de exclusiones de OpenAlex aseverando sobre la query + *mockeada* — el propio `test_openalex_exclude_integration.py` documenta que el mock **no detecta** el + bug real (campo repetido → 0 resultados) y solo el test `@network` (fuera del gate) protege de verdad. + La query-forma está además duplicada unit+integración, acoplada al string exacto de `_translate`. + +Contradicciones puntuales a resolver: +- **§4.5** `test_parity_resolve_paths.py` y los `test_resolve.py::*_resolve_envelope` importan `run_resolve` + de un verbo **en retirada** (#164/#165). El test que *guarda* la retirada se romperá *con* la retirada. +- `test_example_r2_gate.py` (`assert exists`, falla duro) vs `test_idempotencia_pipeline_bitabit.py` + (`pytest.skip`) ante **el mismo** parquet faltante → comportamiento contradictorio; y ambos con asserts + de tamaño (`50 ≤ n ≤ 200`) que rompen si se regenera el corpus aunque el código esté bien. +- `_seed_store` definido dos veces en `test_clusters.py`; docstrings que aún mencionan `--store` (eliminado + #75) en `test_smoke.py`/`test_r5`. + +## 5. Síntesis: ¿de dónde salieron los ~600 tests de más? + +No de cobertura nueva. De **tres acumuladores**: +- **migraciones que dejaron el test viejo + el nuevo** (noun-verb ADR 0038, retiro de verbos #164/#165), +- **el reflejo de "un test por superficie"** cuando el invariante ya vive en un helper puro (maturity, + json-una-línea, schema, next_best_action, neutralidad-AST), +- **el invariante estrella sobre-cubierto** (`corpus_hash` en 5 capas, co-citación ×4). + +La poda sana es **fusionar/parametrizar**, no recortar a ciegas: cada patrón de §2 colapsa N tests en 1 +parametrizado conservando todos los casos. Y el ahorro real de mantenimiento no está en el conteo sino en +**§4**: extraer constantes y dejar de testear forma de implementación rinde más que borrar 80 tests. + +## 6. Cómo ejecutar la poda con seguridad (DoD por candidato) + +Por cada test marcado en §2, antes de borrar: +1. `uv run pytest --cov=bib2graph --cov-report=term-missing` **antes** (línea base de líneas/ramas). +2. Borrar/fusionar el candidato. +3. Re-correr: **si la cobertura de líneas/ramas no baja**, el test era redundante → eliminar. **Si baja**, + era único (o sinérgico) → revertir, era un falso positivo del análisis. +4. Gate completo verde: `uv run ruff check . && uv run ruff format --check . && uv run mypy src && uv run pytest`. + +Orden sugerido (mayor ahorro / menor riesgo primero): §2.7 (neutralidad-AST, 4→1) · §2.3 (json/schema) · +§2.2 (maturity/next_best_action) · §2.5 (familia enrich) · §2.1 (noun-verb, tras confirmar deprecación) · +§2.4 y §2.6 al final (tocan invariantes sensibles, confirmar caso por caso). **§3 no se toca. §4 es +trabajo aparte (refactor), no poda.** + +--- + +*Nota generada a partir de una lectura por clústeres de los 68 archivos de `tests/`. Las citas +`archivo::test` son verificables; los conteos son estimaciones para priorizar, no cifras exactas.* From fa76e2570cd0e08df2c1724fecdc3f5acc94c383 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sun, 28 Jun 2026 10:42:23 -0500 Subject: [PATCH 21/27] =?UTF-8?q?test:=20poda=20de=20la=20suite=20?= =?UTF-8?q?=E2=80=94=20epic=20#184=20(consolidaci=C3=B3n=20+=20retiro=20de?= =?UTF-8?q?=20duplicados)=20(#186)?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit * test(service): consolidar neutralidad-AST en un test parametrizado (#184) Las 5 copias del test de neutralidad de transporte (ADR 0028) que vivían en test_service, test_service_reads, test_api, test_cli_read y test_cli_read_top se unifican en un único test parametrizado en test_service.py que auto-descubre TODOS los módulos de service/ (8) vía pkgutil — fuente única del contrato y menos frágil (cubre módulos futuros sin editar el test). Sub-tarea 1 del epic #184 (criterio: conservar consolidados). Antes: 5 funciones guardando 4 módulos. Ahora: 1 función guardando 8 (curate/maturity/resolve/ snapshot quedaban sin cubrir). Gate verde, cobertura no baja. Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) Claude-Session: https://claude.ai/code/session_01T8tphqfD3Gq9aX3vWXyyuo * test(cli): colapsar "stdout 1 línea JSON" duplicado al guard/helper canónico (#184) Sub-tarea 2 del epic #184. El invariante #151 (stdout = 1 línea en modo --json) ya está garantizado por el helper _assert_one_json_line en cada test *_forma y por el guard parametrizado de test_cli_json_option (camino de error). Se retiran los tests dedicados redundantes: - test_cli_read: list/show/stats stdout_una_linea (3) → helper en *_envelope_forma. - test_cli_read_top: stdout_una_linea + su gemelo _cocitacion_vacia (escenario idéntico) → helper en test_cli_read_top_json_envelope_forma. - test_build_absorber_networks: test_json_stdout_una_sola_linea → lo subsume test_json_warnings_en_envelope_no_en_stdout (asserta len==1 + warnings). Funciones de test: -6. Cobertura del invariante intacta. Gate verde. Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) Claude-Session: https://claude.ai/code/session_01T8tphqfD3Gq9aX3vWXyyuo * test(maturity): semántica solo en helper puro, 1 presencia/forma por superficie (#184) Sub-tarea 3 del epic #184. La semántica curated/saturated vive en TestComputeMaturity; se retiran las re-pruebas por superficie en build/snapshot/ read top (curated_false/true, saturated_false, -9). next_best_action: la semántica del FSM vive en TestNextBestAction; en TestRunStatusCamposAditivos se deja 1 smoke de cableado y se retiran los otros 3. -12 funciones. Gate verde. Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) Claude-Session: https://claude.ai/code/session_01T8tphqfD3Gq9aX3vWXyyuo * test(enrich): concentrar co-citación end-to-end, recortar enrichers_8b (#184) Sub-tarea 4 del epic #184. Idempotencia, tope max_citing, no-op-sin-seeds, conteo de redes 4-vs-5, contrato de claves y "no pierde papers" ya están cubiertos en test_enrich_cocitacion_integrado (store) y test_enrich_absorb (chain/build). Se retiran sus copias en memoria de test_enrichers_8b (-7). Gate verde. Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) Claude-Session: https://claude.ai/code/session_01T8tphqfD3Gq9aX3vWXyyuo * test(cli): retirar re-pruebas de aliases deprecados, conservar solo el aviso (#184) Sub-tarea 5 del epic #184. La migración noun-verb (ADR 0038) cerró: se retiran los corre_y_delega (la delegación la cubre el verbo canónico), los json_stdout_puro_una_linea y los schema_1_intacto (ya garantizados por el helper _assert_one_json_stdout). Se conserva el aviso de deprecación (stderr + warnings en envelope) por alias. -16 funciones. Gate verde. Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) Claude-Session: https://claude.ai/code/session_01T8tphqfD3Gq9aX3vWXyyuo * test(sources): adelgazar mocks de exclusión + contrato BibtexSource.load duplicado (#184) Sub-tareas 6 y 7 del epic #184. - 6: los tests seed+mock de forma-de-query con exclusiones solo re-verificaban la salida de _translate; la forma "campo no repetido" vive en los tests PUROS de _translate (gate) y el comportamiento real en el test @network de integración (-3). - 7: el contrato de campos de BibtexSource.load (is_seed/curation_status/campos faltantes/sin KeyError) vive en test_bibtex_source_contrato y se ejercita en test_seed_from_bib; se retira el subconjunto en test_sources (-4). "seed sin modo" idéntico entre seed_from_bib y equation_spec: se conserva en seed_from_bib (-1). Gate verde. Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) Claude-Session: https://claude.ai/code/session_01T8tphqfD3Gq9aX3vWXyyuo * test(robustez): refactor de fragilidad — constantes, hard-fail, patch targets (#184) Sub-tarea 8 del epic #184 (refactor, no poda): - Contradicción resuelta: test_idempotencia_pipeline_bitabit ahora FALLA (no skipea) si falta el parquet commiteado, coherente con test_example_r2_gate (la reproducibilidad es sagrada; un skip ocultaría la regresión). - fix_command: literales repetidos en ~10 asserts de test_status_10 → 3 constantes de módulo (FIX_RESOLVE/FIX_ENRICH/FIX_THESAURUS); el copy se edita en un solo lugar. - patch targets en test_r3_commands_domain centralizados en constantes documentadas (se parchea el método en su clase de definición — robusto al import-path del SUT). Gate verde. Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) Claude-Session: https://claude.ai/code/session_01T8tphqfD3Gq9aX3vWXyyuo --------- Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- tests/unit/test_api.py | 31 +- tests/unit/test_build_absorber_networks.py | 31 +- tests/unit/test_cli_read.py | 89 +----- tests/unit/test_cli_read_top.py | 82 +----- tests/unit/test_deprecation_aliases.py | 273 +++--------------- tests/unit/test_enrichers_8b.py | 238 +-------------- tests/unit/test_equation_spec.py | 29 +- .../test_idempotencia_pipeline_bitabit.py | 30 +- tests/unit/test_maturity.py | 122 +------- tests/unit/test_r3_commands_domain.py | 11 +- tests/unit/test_service.py | 26 +- tests/unit/test_service_reads.py | 40 +-- tests/unit/test_sources.py | 106 +------ tests/unit/test_status_10.py | 67 ++--- 14 files changed, 154 insertions(+), 1021 deletions(-) diff --git a/tests/unit/test_api.py b/tests/unit/test_api.py index e16b2b5..dc9033e 100644 --- a/tests/unit/test_api.py +++ b/tests/unit/test_api.py @@ -440,35 +440,8 @@ def test_post_curate_decision_invalida_422(tmp_path: Path) -> None: assert body["exit_code"] == 2 -# --------------------------------------------------------------------------- -# 6. Neutralidad — el núcleo no importa fastapi -# --------------------------------------------------------------------------- - - -@pytest.mark.unit -def test_nucleo_no_importa_fastapi() -> None: - """Importar bib2graph.service no requiere fastapi instalado.""" - import ast - import importlib - import pathlib - - # Verificar que service/__init__.py no importa fastapi en top-level - mod = importlib.import_module("bib2graph.service") - source_file = mod.__file__ - assert source_file is not None - tree = ast.parse(pathlib.Path(source_file).read_text(encoding="utf-8")) - - forbidden = {"fastapi"} - for node in ast.walk(tree): - if isinstance(node, ast.Import): - for alias in node.names: - assert alias.name.split(".")[0] not in forbidden, ( - f"service importa '{alias.name}' — viola neutralidad" - ) - elif isinstance(node, ast.ImportFrom): - assert (node.module or "").split(".")[0] not in forbidden, ( - f"service importa de '{node.module}' — viola neutralidad" - ) +# Neutralidad del núcleo (service no importa fastapi): consolidada en +# test_service.py::test_service_modulo_neutral_de_transporte (epic #184). # --------------------------------------------------------------------------- diff --git a/tests/unit/test_build_absorber_networks.py b/tests/unit/test_build_absorber_networks.py index 8a4eee1..a7a818f 100644 --- a/tests/unit/test_build_absorber_networks.py +++ b/tests/unit/test_build_absorber_networks.py @@ -664,33 +664,10 @@ def test_build_exit_0_con_redes_vacias(self, tmp_path: Path) -> None: class TestJsonOutput: """--json: stdout una línea JSON, warnings en envelope, data.empty_networks.""" - def test_json_stdout_una_sola_linea(self, tmp_path: Path) -> None: - """--json: stdout es exactamente 1 línea JSON (stdout puro, ADR 0021 §C).""" - from click.testing import CliRunner - - from bib2graph.cli import b2g - from bib2graph.workspace import Workspace - - ws_dir = tmp_path / "ws" - ws = Workspace.init(ws_dir, "test") - _seed_store(ws.library_path, _rows_con_referencias()) - - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - ["--workspace", str(ws_dir), "build", "--json"], - ) - - assert result.exit_code == 0, f"Error: {result.output}" - # result.stdout = solo stdout (Click 8.4.1 separa stdout/stderr). - # En modo --json no hay prints a stderr (warnings van en envelope.warnings). - stdout_lines = [line for line in result.stdout.splitlines() if line.strip()] - assert len(stdout_lines) == 1, ( - f"stdout debe tener exactamente 1 línea JSON, tiene {len(stdout_lines)}: " - f"{result.stdout!r}" - ) - # Debe ser JSON válido - json.loads(stdout_lines[0]) + # stdout de 1 línea JSON (camino de éxito) lo cubre + # test_json_warnings_en_envelope_no_en_stdout (asserta len==1 + colocación de + # warnings); el camino de error lo cubre el guard de test_cli_json_option + # (build en _CMDS_NO_WORKSPACE). Epic #184, sub-tarea 2. def test_json_schema_1(self, tmp_path: Path) -> None: """--json: envelope tiene schema='1'.""" diff --git a/tests/unit/test_cli_read.py b/tests/unit/test_cli_read.py index a501899..ae8d097 100644 --- a/tests/unit/test_cli_read.py +++ b/tests/unit/test_cli_read.py @@ -509,40 +509,8 @@ def test_get_paper_devuelve_catorce_campos(tmp_path: Path) -> None: assert key in result, f"Falta clave: {key}" -# --------------------------------------------------------------------------- -# 4. Neutralidad de transporte — service/reads.py sigue siendo neutral -# --------------------------------------------------------------------------- - - -@pytest.mark.unit -def test_service_reads_sigue_siendo_neutral_despues_de_nuevas_funciones() -> None: - """list_papers y corpus_stats no rompen la neutralidad de service.reads.""" - import ast - import importlib - import pathlib - - mod = importlib.import_module("bib2graph.service.reads") - source_file = mod.__file__ - assert source_file is not None - tree = ast.parse(pathlib.Path(source_file).read_text(encoding="utf-8")) - - forbidden = {"click", "fastapi"} - for node in ast.walk(tree): - if isinstance(node, ast.Import): - for alias in node.names: - assert alias.name.split(".")[0] not in forbidden - elif isinstance(node, ast.ImportFrom): - assert (node.module or "").split(".")[0] not in forbidden - elif isinstance(node, ast.Call): - if ( - isinstance(node.func, ast.Attribute) - and isinstance(node.func.value, ast.Name) - and node.func.value.id == "sys" - and node.func.attr == "exit" - ): - raise AssertionError("service.reads llama a sys.exit") - if isinstance(node.func, ast.Name) and node.func.id == "print": - raise AssertionError("service.reads llama a print()") +# Neutralidad de transporte de service.reads: consolidada en +# test_service.py::test_service_modulo_neutral_de_transporte (epic #184). # --------------------------------------------------------------------------- @@ -979,57 +947,8 @@ def test_cli_read_sin_subcomando_imprime_ayuda() -> None: assert "show" in result.output -# --------------------------------------------------------------------------- -# 9. stdout puro — una sola línea JSON -# --------------------------------------------------------------------------- - - -@pytest.mark.unit -def test_cli_read_list_stdout_una_linea_json(tmp_path: Path) -> None: - """read list --json: stdout es exactamente una línea no-vacía.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) - - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - ["--workspace", str(ws.root), "read", "list", "--json"], - catch_exceptions=False, - ) - lineas = [ln for ln in result.stdout.splitlines() if ln.strip()] - assert len(lineas) == 1 - - -@pytest.mark.unit -def test_cli_read_show_stdout_una_linea_json(tmp_path: Path) -> None: - """read show --json (error o éxito): stdout es exactamente una línea.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) - - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - ["--workspace", str(ws.root), "read", "show", "--id", "P1", "--json"], - catch_exceptions=False, - ) - lineas = [ln for ln in result.stdout.splitlines() if ln.strip()] - assert len(lineas) == 1 - - -@pytest.mark.unit -def test_cli_read_stats_stdout_una_linea_json(tmp_path: Path) -> None: - """read stats --json: stdout es exactamente una línea.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1", curation_status="candidate")]) - - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - ["--workspace", str(ws.root), "read", "stats", "--json"], - catch_exceptions=False, - ) - lineas = [ln for ln in result.stdout.splitlines() if ln.strip()] - assert len(lineas) == 1 +# stdout de 1 línea JSON (list/show/stats): ya garantizado por _assert_one_json_line +# en los tests *_envelope_forma de cada comando (epic #184, sub-tarea 2). # --------------------------------------------------------------------------- diff --git a/tests/unit/test_cli_read_top.py b/tests/unit/test_cli_read_top.py index 9e36a1e..830cf27 100644 --- a/tests/unit/test_cli_read_top.py +++ b/tests/unit/test_cli_read_top.py @@ -592,83 +592,9 @@ def test_cli_read_top_kind_invalido_exit_nonzero(tmp_path: Path) -> None: assert result.exit_code != 0 -# --------------------------------------------------------------------------- -# 10. stdout puro — exactamente una línea JSON (#151) -# --------------------------------------------------------------------------- - - -@pytest.mark.unit -def test_cli_read_top_stdout_una_linea_json(tmp_path: Path) -> None: - """read top --json: stdout es exactamente una línea no-vacía.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, _bib_coupling_rows()) - - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - ["--workspace", str(ws.root), "read", "top", "--json"], - catch_exceptions=False, - ) - lineas = [ln for ln in result.stdout.splitlines() if ln.strip()] - assert len(lineas) == 1, ( - f"Se esperaba exactamente 1 línea en stdout, se obtuvieron {len(lineas)}:\n" - f"{result.stdout!r}" - ) - - -@pytest.mark.unit -def test_cli_read_top_stdout_una_linea_json_cocitacion_vacia( - tmp_path: Path, -) -> None: - """read top --json con co-citación vacía: sigue siendo 1 línea JSON.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, _bib_coupling_rows()) +# stdout de 1 línea JSON (#151) para read top: ya garantizado por +# _assert_one_json_line en test_cli_read_top_json_envelope_forma (epic #184, sub-tarea 2). - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - ["--workspace", str(ws.root), "read", "top", "--json"], - catch_exceptions=False, - ) - lineas = [ln for ln in result.stdout.splitlines() if ln.strip()] - assert len(lineas) == 1 - - -# --------------------------------------------------------------------------- -# 11. Neutralidad de transporte — get_top no viola service.reads -# --------------------------------------------------------------------------- - -@pytest.mark.unit -def test_service_reads_sigue_siendo_neutral_con_get_top() -> None: - """service.reads con get_top no importa click, fastapi, print ni sys.exit.""" - import ast - import importlib - import pathlib - - mod = importlib.import_module("bib2graph.service.reads") - source_file = mod.__file__ - assert source_file is not None - tree = ast.parse(pathlib.Path(source_file).read_text(encoding="utf-8")) - - forbidden = {"click", "fastapi"} - for node in ast.walk(tree): - if isinstance(node, ast.Import): - for alias in node.names: - assert alias.name.split(".")[0] not in forbidden, ( - f"service.reads importa '{alias.name}' — viola neutralidad" - ) - elif isinstance(node, ast.ImportFrom): - assert (node.module or "").split(".")[0] not in forbidden, ( - f"service.reads importa de '{node.module}' — viola neutralidad" - ) - elif isinstance(node, ast.Call): - if ( - isinstance(node.func, ast.Attribute) - and isinstance(node.func.value, ast.Name) - and node.func.value.id == "sys" - and node.func.attr == "exit" - ): - raise AssertionError("service.reads llama a sys.exit") - if isinstance(node.func, ast.Name) and node.func.id == "print": - raise AssertionError("service.reads llama a print()") +# Neutralidad de transporte de service.reads (incl. get_top): consolidada en +# test_service.py::test_service_modulo_neutral_de_transporte (epic #184). diff --git a/tests/unit/test_deprecation_aliases.py b/tests/unit/test_deprecation_aliases.py index 8e5d8cc..b8eb88a 100644 --- a/tests/unit/test_deprecation_aliases.py +++ b/tests/unit/test_deprecation_aliases.py @@ -1,11 +1,13 @@ """Tests de los alias deprecados y el entry-point ``bib2graph`` (ADR 0038, #165). +Poda epic #184: solo se conserva la verificación del aviso de deprecación. +La delegación funcional y el contrato de schema/stdout se cubren en los tests +del verbo canónico (test_cli.py y sus homólogos). + Casos cubiertos por alias: - 1. El alias corre sin error y delega correctamente (exit 0). - 2. El aviso de deprecación va a **stderr** (result.stderr contiene "AVISO"). - 3. En modo ``--json``, stdout es JSON puro parseable (exactamente 1 línea). - 4. ``envelope["warnings"]`` contiene el mensaje de deprecación. - 5. ``envelope["schema"] == "1"`` (invariante de contrato). + 1. El aviso de deprecación va a **stderr** (result.stderr contiene "AVISO"). + 2. En modo ``--json``, ``envelope["warnings"]`` contiene el mensaje de deprecación + (el helper _assert_one_json_stdout también verifica stdout==1 línea y schema=="1"). Comandos deprecados testeados: - ``b2g accept`` → ``b2g curate accept`` @@ -13,6 +15,7 @@ - ``b2g filter`` → ``b2g curate filter`` - ``b2g inspect`` → ``b2g read show`` / ``b2g status`` - ``b2g restore`` → ``b2g snapshot restore`` + - ``b2g networks`` → ``b2g build --spec`` Casos de error (sin workspace → error envelope en stdout, aviso igual a stderr): - ``b2g monitor --json`` → error envelope, pero aviso sigue en stderr @@ -203,20 +206,11 @@ def test_no_escribe_a_stdout(self) -> None: class TestAcceptDeprecado: - """b2g accept emite aviso de deprecación y delega en curate accept.""" - - def test_corre_y_delega(self, tmp_path: Path) -> None: - """b2g accept sigue funcionando: exit 0 y accepted_count correcto.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + """b2g accept emite aviso de deprecación y delega en curate accept. - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - ["--workspace", str(ws.root), "accept", "--ids", "P1"], - catch_exceptions=False, - ) - assert result.exit_code == 0, result.output + Delegación funcional y contrato schema/stdout se cubren en los tests de + 'b2g curate accept' (test_cli.py). Aquí solo se conserva el aviso (epic #184). + """ def test_aviso_va_a_stderr(self, tmp_path: Path) -> None: """b2g accept emite aviso de deprecación a stderr.""" @@ -234,20 +228,6 @@ def test_aviso_va_a_stderr(self, tmp_path: Path) -> None: ) assert "curate accept" in result.stderr.lower() - def test_json_stdout_puro_una_linea(self, tmp_path: Path) -> None: - """b2g accept --json: stdout es exactamente 1 línea JSON puro (#151).""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) - - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - ["--workspace", str(ws.root), "accept", "--ids", "P1", "--json"], - catch_exceptions=False, - ) - assert result.exit_code == 0 - _assert_one_json_stdout(result) - def test_json_warnings_contiene_deprecacion(self, tmp_path: Path) -> None: """b2g accept --json: envelope['warnings'] contiene el aviso de deprecación.""" ws = _init_workspace(tmp_path) @@ -264,20 +244,6 @@ def test_json_warnings_contiene_deprecacion(self, tmp_path: Path) -> None: assert any("deprecad" in w.lower() for w in envelope["warnings"]) assert any("curate accept" in w.lower() for w in envelope["warnings"]) - def test_schema_1_intacto(self, tmp_path: Path) -> None: - """b2g accept --json: envelope['schema'] == '1' (invariante).""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) - - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - ["--workspace", str(ws.root), "accept", "--ids", "P1", "--json"], - catch_exceptions=False, - ) - envelope = _assert_one_json_stdout(result) - assert envelope["schema"] == "1" - # --------------------------------------------------------------------------- # Tests b2g reject (alias deprecado → b2g curate reject) @@ -285,20 +251,11 @@ def test_schema_1_intacto(self, tmp_path: Path) -> None: class TestRejectDeprecado: - """b2g reject emite aviso de deprecación y delega en curate reject.""" - - def test_corre_y_delega(self, tmp_path: Path) -> None: - """b2g reject sigue funcionando: exit 0 y rejected_count correcto.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) + """b2g reject emite aviso de deprecación y delega en curate reject. - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - ["--workspace", str(ws.root), "reject", "--ids", "P1"], - catch_exceptions=False, - ) - assert result.exit_code == 0, result.output + Delegación funcional y contrato schema/stdout se cubren en los tests de + 'b2g curate reject' (test_cli.py). Aquí solo se conserva el aviso (epic #184). + """ def test_aviso_va_a_stderr(self, tmp_path: Path) -> None: """b2g reject emite aviso de deprecación a stderr.""" @@ -314,20 +271,6 @@ def test_aviso_va_a_stderr(self, tmp_path: Path) -> None: assert "deprecad" in result.stderr.lower() assert "curate reject" in result.stderr.lower() - def test_json_stdout_puro_una_linea(self, tmp_path: Path) -> None: - """b2g reject --json: stdout es exactamente 1 línea JSON puro.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) - - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - ["--workspace", str(ws.root), "reject", "--ids", "P1", "--json"], - catch_exceptions=False, - ) - assert result.exit_code == 0 - _assert_one_json_stdout(result) - def test_json_warnings_contiene_deprecacion(self, tmp_path: Path) -> None: """b2g reject --json: envelope['warnings'] contiene el aviso.""" ws = _init_workspace(tmp_path) @@ -343,19 +286,6 @@ def test_json_warnings_contiene_deprecacion(self, tmp_path: Path) -> None: assert envelope["warnings"] assert any("curate reject" in w.lower() for w in envelope["warnings"]) - def test_schema_1_intacto(self, tmp_path: Path) -> None: - """b2g reject --json: schema == '1'.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) - - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - ["--workspace", str(ws.root), "reject", "--ids", "P1", "--json"], - catch_exceptions=False, - ) - assert _assert_one_json_stdout(result)["schema"] == "1" - # --------------------------------------------------------------------------- # Tests b2g filter (alias deprecado → b2g curate filter) @@ -363,20 +293,11 @@ def test_schema_1_intacto(self, tmp_path: Path) -> None: class TestFilterDeprecado: - """b2g filter emite aviso de deprecación y delega en curate filter.""" - - def test_corre_y_delega(self, tmp_path: Path) -> None: - """b2g filter sigue funcionando: exit 0.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1", year=2020)]) + """b2g filter emite aviso de deprecación y delega en curate filter. - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - ["--workspace", str(ws.root), "filter", "--year-gte", "1900"], - catch_exceptions=False, - ) - assert result.exit_code == 0, result.output + Delegación funcional y contrato schema/stdout se cubren en los tests de + 'b2g curate filter' (test_cli.py). Aquí solo se conserva el aviso (epic #184). + """ def test_aviso_va_a_stderr(self, tmp_path: Path) -> None: """b2g filter emite aviso de deprecación a stderr.""" @@ -392,20 +313,6 @@ def test_aviso_va_a_stderr(self, tmp_path: Path) -> None: assert "deprecad" in result.stderr.lower() assert "curate filter" in result.stderr.lower() - def test_json_stdout_puro_una_linea(self, tmp_path: Path) -> None: - """b2g filter --json: stdout es exactamente 1 línea JSON puro.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1", year=2020)]) - - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - ["--workspace", str(ws.root), "filter", "--year-gte", "1900", "--json"], - catch_exceptions=False, - ) - assert result.exit_code == 0 - _assert_one_json_stdout(result) - def test_json_warnings_contiene_deprecacion(self, tmp_path: Path) -> None: """b2g filter --json: envelope['warnings'] contiene el aviso.""" ws = _init_workspace(tmp_path) @@ -421,19 +328,6 @@ def test_json_warnings_contiene_deprecacion(self, tmp_path: Path) -> None: assert envelope["warnings"] assert any("curate filter" in w.lower() for w in envelope["warnings"]) - def test_schema_1_intacto(self, tmp_path: Path) -> None: - """b2g filter --json: schema == '1'.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1", year=2020)]) - - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - ["--workspace", str(ws.root), "filter", "--year-gte", "1900", "--json"], - catch_exceptions=False, - ) - assert _assert_one_json_stdout(result)["schema"] == "1" - # --------------------------------------------------------------------------- # Tests b2g inspect (alias deprecado → b2g read show / b2g status) @@ -441,7 +335,12 @@ def test_schema_1_intacto(self, tmp_path: Path) -> None: class TestInspectDeprecado: - """b2g inspect emite aviso de deprecación y delega en read show / status.""" + """b2g inspect emite aviso de deprecación y delega en read show / status. + + Delegación funcional y contrato schema/stdout se cubren en los tests de + 'b2g read show' y 'b2g status' (test_cli.py). Aquí solo se conserva el aviso + (epic #184). + """ def test_aviso_va_a_stderr_sin_id(self, tmp_path: Path) -> None: """b2g inspect sin --id avisa 'b2g status' en stderr.""" @@ -473,20 +372,6 @@ def test_aviso_va_a_stderr_con_id(self, tmp_path: Path) -> None: assert "deprecad" in result.stderr.lower() assert "read show" in result.stderr.lower() - def test_json_stdout_puro_una_linea(self, tmp_path: Path) -> None: - """b2g inspect --json: stdout es exactamente 1 línea JSON puro.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) - - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - ["--workspace", str(ws.root), "inspect", "--json"], - catch_exceptions=False, - ) - assert result.exit_code == 0 - _assert_one_json_stdout(result) - def test_json_warnings_contiene_deprecacion(self, tmp_path: Path) -> None: """b2g inspect --json: envelope['warnings'] contiene el aviso.""" ws = _init_workspace(tmp_path) @@ -502,19 +387,6 @@ def test_json_warnings_contiene_deprecacion(self, tmp_path: Path) -> None: assert envelope["warnings"] assert any("deprecad" in w.lower() for w in envelope["warnings"]) - def test_schema_1_intacto(self, tmp_path: Path) -> None: - """b2g inspect --json: schema == '1'.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) - - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - ["--workspace", str(ws.root), "inspect", "--json"], - catch_exceptions=False, - ) - assert _assert_one_json_stdout(result)["schema"] == "1" - # --------------------------------------------------------------------------- # Tests b2g restore (alias deprecado → b2g snapshot restore) @@ -522,26 +394,11 @@ def test_schema_1_intacto(self, tmp_path: Path) -> None: class TestRestoreDeprecado: - """b2g restore emite aviso de deprecación y delega en snapshot restore.""" + """b2g restore emite aviso de deprecación y delega en snapshot restore. - def test_corre_y_delega(self, tmp_path: Path) -> None: - """b2g restore sigue funcionando: exit 0 y papers_loaded correcto.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - parquet_path = _make_parquet(tmp_path / "corpus.parquet") - - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - [ - "--workspace", - str(ws.root), - "restore", - "--from-corpus", - str(parquet_path), - ], - catch_exceptions=False, - ) - assert result.exit_code == 0, result.output + Delegación funcional y contrato schema/stdout se cubren en los tests de + 'b2g snapshot restore' (test_cli.py). Aquí solo se conserva el aviso (epic #184). + """ def test_aviso_va_a_stderr(self, tmp_path: Path) -> None: """b2g restore emite aviso de deprecación a stderr.""" @@ -563,27 +420,6 @@ def test_aviso_va_a_stderr(self, tmp_path: Path) -> None: assert "deprecad" in result.stderr.lower() assert "snapshot restore" in result.stderr.lower() - def test_json_stdout_puro_una_linea(self, tmp_path: Path) -> None: - """b2g restore --json: stdout es exactamente 1 línea JSON puro.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - parquet_path = _make_parquet(tmp_path / "corpus.parquet") - - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - [ - "--workspace", - str(ws.root), - "restore", - "--from-corpus", - str(parquet_path), - "--json", - ], - catch_exceptions=False, - ) - assert result.exit_code == 0 - _assert_one_json_stdout(result) - def test_json_warnings_contiene_deprecacion(self, tmp_path: Path) -> None: """b2g restore --json: envelope['warnings'] contiene el aviso.""" ws = _init_workspace(tmp_path) @@ -606,26 +442,6 @@ def test_json_warnings_contiene_deprecacion(self, tmp_path: Path) -> None: assert envelope["warnings"] assert any("snapshot restore" in w.lower() for w in envelope["warnings"]) - def test_schema_1_intacto(self, tmp_path: Path) -> None: - """b2g restore --json: schema == '1'.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - parquet_path = _make_parquet(tmp_path / "corpus.parquet") - - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - [ - "--workspace", - str(ws.root), - "restore", - "--from-corpus", - str(parquet_path), - "--json", - ], - catch_exceptions=False, - ) - assert _assert_one_json_stdout(result)["schema"] == "1" - # --------------------------------------------------------------------------- # Tests aliases en modo error (sin workspace): @@ -814,19 +630,11 @@ def _write_spec(tmp_path: Path) -> Path: class TestNetworksDeprecado: - """b2g networks emite aviso de deprecacion y delega en build --spec.""" + """b2g networks emite aviso de deprecacion y delega en build --spec. - def test_corre_y_delega(self, tmp_path: Path) -> None: - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1", year=2020)]) - spec = _write_spec(tmp_path) - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - ["--workspace", str(ws.root), "networks", "--spec", str(spec)], - catch_exceptions=False, - ) - assert result.exit_code == 0, result.output + Delegación funcional y contrato schema/stdout se cubren en los tests de + 'b2g build --spec' (test_cli.py). Aquí solo se conserva el aviso (epic #184). + """ def test_aviso_va_a_stderr(self, tmp_path: Path) -> None: ws = _init_workspace(tmp_path) @@ -841,19 +649,6 @@ def test_aviso_va_a_stderr(self, tmp_path: Path) -> None: assert "deprecad" in result.stderr.lower() assert "build --spec" in result.stderr.lower() - def test_json_stdout_puro_una_linea(self, tmp_path: Path) -> None: - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1", year=2020)]) - spec = _write_spec(tmp_path) - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - ["--workspace", str(ws.root), "networks", "--spec", str(spec), "--json"], - catch_exceptions=False, - ) - assert result.exit_code == 0 - _assert_one_json_stdout(result) - def test_json_warnings_contiene_deprecacion(self, tmp_path: Path) -> None: ws = _init_workspace(tmp_path) _seed_store(ws, [_row(id="P1", year=2020)]) diff --git a/tests/unit/test_enrichers_8b.py b/tests/unit/test_enrichers_8b.py index 51e18c2..fe722c7 100644 --- a/tests/unit/test_enrichers_8b.py +++ b/tests/unit/test_enrichers_8b.py @@ -323,24 +323,8 @@ def test_reatribucion_citante_sin_referencias_no_se_asigna() -> None: # --------------------------------------------------------------------------- -@pytest.mark.unit -def test_enrich_cited_by_idempotente() -> None: - """Re-enrich no duplica en cited_by_id.""" - corpus = _corpus_from_rows([_make_row(id="P1", source_id="W100")]) - citing_works = [_citing_work("C1", ["W100"])] - transport = _make_cited_by_transport(citing_works) - - enricher = _make_enricher(transport) - once = enricher.enrich(corpus) - twice = enricher.enrich(once) - - table = twice.to_arrow() - rows_data = table.to_pylist() - cited_by = rows_data[0].get("cited_by_id") or [] - - # No duplicados - assert len(cited_by) == len(set(cited_by)), "cited_by_id no debe tener duplicados" - assert "C1" in cited_by +# Eliminado epic #184: cubierto por test_enrich_cocitacion_integrado.py::test_run_enrich_idempotente_corpus_hash_y_cocitacion +# (verificación de corpus_hash más fuerte que conteo de cited_by_id). @pytest.mark.unit @@ -363,21 +347,8 @@ def test_enrich_cited_by_enricher_ref_no_duplica() -> None: # --------------------------------------------------------------------------- -@pytest.mark.unit -def test_tope_max_citing_per_paper() -> None: - """max_citing_per_paper=2 trunca cited_by_id a 2 citantes por paper.""" - corpus = _corpus_from_rows([_make_row(id="P1", source_id="W100")]) - # 5 citantes que citan a W100 - citing_works = [_citing_work(f"C{i}", ["W100"]) for i in range(1, 6)] - transport = _make_cited_by_transport(citing_works) - - enricher = _make_enricher(transport, max_citing_per_paper=2) - result = enricher.enrich(corpus) - - table = result.to_arrow() - rows_data = table.to_pylist() - cited_by = rows_data[0].get("cited_by_id") or [] - assert len(cited_by) <= 2, f"Debe haber ≤2 citantes, hay {len(cited_by)}" +# Eliminado epic #184: cubierto por test_enrich_cocitacion_integrado.py::test_run_enrich_max_citing_acota_cited_by_id +# y test_enrich_absorb.py::test_build_max_citing_limita_citantes. @pytest.mark.unit @@ -466,181 +437,26 @@ def test_candidato_no_se_enriquece() -> None: # --------------------------------------------------------------------------- -# 6. Networks.quick sin cited_by_id → 4 redes, sin fallo (regresión) +# 6. Networks.quick sin cited_by_id → 4 redes (regresión) +# Eliminado epic #184: cubierto por test_enrich_absorb.py::test_build_4_redes_sin_seeds_aceptadas. # --------------------------------------------------------------------------- - -@pytest.mark.unit -def test_networks_quick_sin_cited_by_omite_cocitacion_sin_fallar() -> None: - """Networks.quick con cited_by_id vacío → 4 redes, sin error.""" - rows = [ - { - "id": f"P{i}", - "source_id": None, - "doi": None, - "title": f"Paper {i}", - "year": 2020, - "abstract": None, - "source": None, - "language": None, - "publisher": None, - "research_areas": None, - "is_seed": True, - "curation_status": "candidate", - "provenance": None, - "authors_raw": None, - "authors_id": [f"AUTH_{i}", "AUTH_0"], - "authors_affiliations": None, - "keywords_raw": None, - "keywords_id": [f"KW_{i}", "KW_SHARED"], - "institutions_raw": None, - "institutions_id": [f"INST_{i}"], - "references_id": [f"REF_{i}", "REF_SHARED"], - "references_doi": None, - "cited_by_id": None, # sin citantes - } - for i in range(3) - ] - table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) - corpus = Corpus.from_arrow(table) - - # No debe lanzar excepción - artifacts = Networks.quick(corpus) - - assert len(artifacts) == 4, "Sin cited_by_id debe haber exactamente 4 redes" - kinds = {a.spec.kind for a in artifacts} - assert "cocitation" not in kinds - - # --------------------------------------------------------------------------- # 7. Networks.quick con cited_by_id → 5 redes +# Eliminado epic #184: cubierto por test_enrich_absorb.py::test_build_co_citacion_en_redes_tras_cited_by +# y test_enrich_cocitacion_integrado.py::test_run_enrich_produce_red_cocitacion_con_arista_esperada. # --------------------------------------------------------------------------- - -@pytest.mark.unit -def test_networks_quick_con_cited_by_incluye_cocitacion() -> None: - """Networks.quick con cited_by_id poblado → 5 redes, incluyendo cocitation.""" - rows = [ - { - "id": "P1", - "source_id": "W100", - "doi": None, - "title": "Paper 1", - "year": 2020, - "abstract": None, - "source": None, - "language": None, - "publisher": None, - "research_areas": None, - "is_seed": True, - "curation_status": "accepted", - "provenance": None, - "authors_raw": None, - "authors_id": ["AUTH_1"], - "authors_affiliations": None, - "keywords_raw": None, - "keywords_id": ["KW_1"], - "institutions_raw": None, - "institutions_id": ["INST_1"], - "references_id": None, - "references_doi": None, - "cited_by_id": ["C1"], # ya tiene citante - }, - { - "id": "P2", - "source_id": "W200", - "doi": None, - "title": "Paper 2", - "year": 2020, - "abstract": None, - "source": None, - "language": None, - "publisher": None, - "research_areas": None, - "is_seed": True, - "curation_status": "accepted", - "provenance": None, - "authors_raw": None, - "authors_id": ["AUTH_2"], - "authors_affiliations": None, - "keywords_raw": None, - "keywords_id": ["KW_2"], - "institutions_raw": None, - "institutions_id": ["INST_2"], - "references_id": None, - "references_doi": None, - "cited_by_id": ["C1"], # mismo citante → co-cita P1 y P2 - }, - ] - table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) - corpus = Corpus.from_arrow(table) - - artifacts = Networks.quick(corpus) - kinds = {a.spec.kind for a in artifacts} - - assert "cocitation" in kinds - assert len(artifacts) == 5 - - # --------------------------------------------------------------------------- # 8. No pierde papers; corpus sin seeds aceptados → 0 fetch, sin error +# Eliminado epic #184: test_corpus_sin_seeds_aceptados_0_fetch cubierto por +# test_enrich_cocitacion_integrado.py::test_run_enrich_sin_seeds_aceptadas_no_altera_corpus +# y test_enrich_absorb.py::test_build_noop_sin_seeds_aceptadas. +# Eliminado epic #184: test_enrich_no_pierde_papers_con_semillas cubierto por +# test_enrichers.py::test_enrich_no_pierde_papers. # --------------------------------------------------------------------------- -@pytest.mark.unit -def test_corpus_sin_seeds_aceptados_0_fetch() -> None: - """Corpus sin seeds aceptados → 0 requests a cited_by, sin error.""" - corpus = _corpus_from_rows( - [ - _make_row( - id="P1", - source_id="W100", - curation_status=CurationStatus.CANDIDATE, - ), - _make_row( - id="P2", - source_id="W200", - is_seed=False, - curation_status=CurationStatus.ACCEPTED, - ), - ] - ) - - transport, counters = _make_counting_cited_by_transport([]) - enricher = _make_enricher(transport) - result = enricher.enrich(corpus) - - # No se hicieron requests de cited_by (ninguna seed aceptada) - assert counters["citing"][0] == 0, ( - "Sin seeds aceptadas no debe hacer requests citing" - ) - # No pierde papers - assert len(result) == len(corpus) - - -@pytest.mark.unit -def test_enrich_no_pierde_papers_con_semillas() -> None: - """El corpus enriquecido tiene exactamente los mismos papers que el original.""" - corpus = _corpus_from_rows( - [ - _make_row(id="P1", source_id="W100"), - _make_row( - id="P2", - source_id="W200", - curation_status=CurationStatus.CANDIDATE, - ), - _make_row(id="P3", source_id=None), - ] - ) - citing_works = [_citing_work("C1", ["W100"])] - transport = _make_cited_by_transport(citing_works) - - enricher = _make_enricher(transport) - result = enricher.enrich(corpus) - - assert len(result) == len(corpus), "No debe perder ni agregar papers" - - # --------------------------------------------------------------------------- # 9. fetch_citing_batch en lotes ≤50 # --------------------------------------------------------------------------- @@ -706,34 +522,10 @@ def test_papers_sin_openalex_id_no_son_objetivo() -> None: # --------------------------------------------------------------------------- # 11. run_enrich expone claves citing_new y citing_targets +# Eliminado epic #184: cubierto por test_enrich_absorb.py::test_enrich_suelto_claves_numericas +# (contrato completo de 5 claves con valores numéricos concretos). # --------------------------------------------------------------------------- - -@pytest.mark.unit -def test_run_enrich_8b_claves_en_salida(tmp_path: Any) -> None: - """``run_enrich`` devuelve las nuevas claves citing_new y citing_targets.""" - from bib2graph.cli.commands.enrich import run_enrich - from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore - - rows = [_make_row(id="P1", source_id="W100")] - table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) - corpus = Corpus.from_arrow(table) - store = DuckDBStore(tmp_path / "test.duckdb") - store.persist(corpus) - - citing_works = [_citing_work("C1", ["W100"])] - transport = _make_cited_by_transport(citing_works) - - data = run_enrich(tmp_path / "test.duckdb", transport=transport) - - assert "citing_new" in data, "Debe incluir clave citing_new" - assert "citing_targets" in data, "Debe incluir clave citing_targets" - assert isinstance(data["citing_new"], int) - assert isinstance(data["citing_targets"], int) - assert data["citing_targets"] == 1 # 1 seed aceptada - assert data["citing_new"] == 1 # 1 nuevo citante - - # --------------------------------------------------------------------------- # 12. EnricherRef openalex_cited_by en Manifest # --------------------------------------------------------------------------- diff --git a/tests/unit/test_equation_spec.py b/tests/unit/test_equation_spec.py index c7ada04..3d42a75 100644 --- a/tests/unit/test_equation_spec.py +++ b/tests/unit/test_equation_spec.py @@ -321,32 +321,9 @@ def test_seed_spec_equivalente_a_equation_directo(tmp_path: Path) -> None: # --------------------------------------------------------------------------- -@pytest.mark.unit -def test_seed_sin_modo_lanza_usage_error(tmp_path: Path) -> None: - """b2g seed sin ningún modo → UsageError accionable (exit 1).""" - from click.testing import CliRunner - - from bib2graph.cli import b2g - from bib2graph.workspace import Workspace - - ws_dir = tmp_path / "ws" - Workspace.init(ws_dir, "test") - - runner = CliRunner() - result = runner.invoke( - b2g, - [ - "--workspace", - str(ws_dir), - "seed", - "--json", - ], - ) - - assert result.exit_code == 1, f"Se esperaba exit 1, salida: {result.output}" - envelope = json.loads(result.output) - assert envelope["ok"] is False - assert envelope["error"]["code"] == "USAGE_ERROR" +# "seed sin ningún modo → UsageError" es idéntico a +# test_seed_from_bib.py::test_seed_sin_modo_usage_error (mismo invocar, mismo assert); +# se conserva allí. Epic #184, sub-tarea 7. @pytest.mark.unit diff --git a/tests/unit/test_idempotencia_pipeline_bitabit.py b/tests/unit/test_idempotencia_pipeline_bitabit.py index 3358c3b..599bd78 100644 --- a/tests/unit/test_idempotencia_pipeline_bitabit.py +++ b/tests/unit/test_idempotencia_pipeline_bitabit.py @@ -22,7 +22,8 @@ parquet (coherencia entre el path DuckDB y el path Arrow puro). Sin red. El parquet congelado en ``examples/valoraciones/corpus.parquet`` -sirve de input. Si no existe, los tests se saltean con ``pytest.skip``. +sirve de input. Está commiteado; si falta, los tests FALLAN (no se saltean): +es una regresión de reproducibilidad, no una condición a tolerar. Marcador: ``unit`` (sin red; el parquet es local, ≤200 KB; DuckDB en tmp_path). """ @@ -52,14 +53,17 @@ # --------------------------------------------------------------------------- -def _skip_if_no_parquet() -> None: - """Saltea el test si el parquet del ejemplo no existe.""" - if not _EXAMPLES_PARQUET.exists(): - pytest.skip( - f"No se encontró el parquet del ejemplo en {_EXAMPLES_PARQUET}. " - "Para regenerarlo (con red): ver §Armado desde cero en " - "examples/valoraciones/README.md." - ) +def _require_parquet() -> None: + """Falla (no saltea) si el parquet del ejemplo no existe. + + El parquet está commiteado en examples/valoraciones/; si falta es una + regresión de reproducibilidad, no una condición a saltear. Coherente con + test_example_r2_gate.py::test_parquet_existe_y_carga (epic #184, sub-tarea 8).""" + assert _EXAMPLES_PARQUET.exists(), ( + f"No se encontró el parquet del ejemplo en {_EXAMPLES_PARQUET}. " + "Debe estar commiteado en examples/valoraciones/. Para regenerarlo " + "(con red): ver §Armado desde cero en examples/valoraciones/README.md." + ) def _load_parquet_slice(n: int = 20) -> pa.Table: @@ -93,7 +97,7 @@ def test_corpus_hash_identico_en_dos_cargas_arrow() -> None: (excluyendo provenance y timestamps) y que Arrow no introduce variabilidad al deserializar. """ - _skip_if_no_parquet() + _require_parquet() from bib2graph.corpus import Corpus from bib2graph.schemas import CORPUS_SCHEMA @@ -132,7 +136,7 @@ def test_run_restore_corpus_hash_identico_entre_dos_runs(tmp_path: Path) -> None Usa un slice de 10 filas para mantener el test ágil; el comportamiento del pipeline es independiente del tamaño del corpus. """ - _skip_if_no_parquet() + _require_parquet() slice_table = _load_parquet_slice(10) slice_parquet = tmp_path / "slice.parquet" @@ -180,7 +184,7 @@ def test_comunidades_identicas_entre_dos_runs_pipeline(tmp_path: Path) -> None: es el mismo → la partición es determinista e independiente de ``PYTHONHASHSEED`` (Python no usa ``hash()`` para Louvain). """ - _skip_if_no_parquet() + _require_parquet() # Usar un slice del parquet real con suficiente contenido para tener # al menos una red de acoplamiento bibliográfico con comunidades. @@ -255,7 +259,7 @@ def test_corpus_hash_coherente_store_vs_arrow_puro(tmp_path: Path) -> None: Esta coherencia garantiza que el formato de persistencia no altera el content-hash del corpus (R2: identidad es del contenido, no del transporte). """ - _skip_if_no_parquet() + _require_parquet() slice_table = _load_parquet_slice(10) slice_parquet = tmp_path / "slice.parquet" diff --git a/tests/unit/test_maturity.py b/tests/unit/test_maturity.py index 977928d..587f257 100644 --- a/tests/unit/test_maturity.py +++ b/tests/unit/test_maturity.py @@ -284,33 +284,9 @@ def test_maturity_presente_en_build_normal(self, tmp_path: Path) -> None: assert "maturity" in data, "data debe tener clave 'maturity'" _assert_maturity_shape(data["maturity"]) - def test_maturity_curated_false_en_build_todo_candidate( - self, tmp_path: Path - ) -> None: - """run_build con corpus de puros candidates → maturity.curated=False.""" - from bib2graph.cli.commands.build import run_build - - store_path = tmp_path / "lib.duckdb" - _seed_store(store_path, _rows_bib_coupling()) # todos candidate - - data = run_build(store_path, out_dir=tmp_path / "nets") - - assert data["maturity"]["curated"] is False - - def test_maturity_curated_true_en_build_con_accepted(self, tmp_path: Path) -> None: - """run_build con ≥1 accepted → maturity.curated=True.""" - from bib2graph.cli.commands.build import run_build - - store_path = tmp_path / "lib.duckdb" - rows = [ - _row("P1", curation_status="accepted", references_id=["R1", "R2"]), - _row("P2", curation_status="candidate", references_id=["R1", "R3"]), - ] - _seed_store(store_path, rows) - - data = run_build(store_path, out_dir=tmp_path / "nets") - - assert data["maturity"]["curated"] is True + # Semántica curated=False/True eliminada aquí (epic #184): + # la invariante vive en TestComputeMaturity::test_curated_false_todo_candidate + # y test_curated_true_con_accepted; este archivo solo verifica presencia y forma. def test_maturity_scope_coincide_con_data_scope(self, tmp_path: Path) -> None: """maturity.scope coincide con data['scope'].""" @@ -356,16 +332,8 @@ def test_maturity_empty_networks_kinds_de_data_empty_networks( f"maturity.empty_networks debe contener strings, no dicts: {item!r}" ) - def test_maturity_saturated_false_en_build(self, tmp_path: Path) -> None: - """maturity.saturated siempre False en build.""" - from bib2graph.cli.commands.build import run_build - - store_path = tmp_path / "lib.duckdb" - _seed_store(store_path, _rows_bib_coupling()) - - data = run_build(store_path, out_dir=tmp_path / "nets") - - assert data["maturity"]["saturated"] is False + # Semántica saturated=False eliminada aquí (epic #184): + # la invariante vive en TestComputeMaturity::test_saturated_siempre_false. def test_maturity_presente_en_early_return_corpus_vacio( self, tmp_path: Path @@ -500,44 +468,8 @@ def test_snapshot_maturity_empty_networks_vacia(self, tmp_path: Path) -> None: assert data["maturity"]["empty_networks"] == [] - def test_snapshot_maturity_curated_false_todo_candidate( - self, tmp_path: Path - ) -> None: - """snapshot con corpus de candidates → maturity.curated=False.""" - from bib2graph.cli.commands.snapshot import run_snapshot - - store_path = tmp_path / "lib.duckdb" - _seed_store(store_path, _rows_bib_coupling()) - - data = run_snapshot(store_path, out_dir=tmp_path / "snaps") - - assert data["maturity"]["curated"] is False - - def test_snapshot_maturity_curated_true_con_accepted(self, tmp_path: Path) -> None: - """snapshot con ≥1 accepted → maturity.curated=True.""" - from bib2graph.cli.commands.snapshot import run_snapshot - - store_path = tmp_path / "lib.duckdb" - rows = [ - _row("P1", curation_status="accepted"), - _row("P2", curation_status="candidate"), - ] - _seed_store(store_path, rows) - - data = run_snapshot(store_path, out_dir=tmp_path / "snaps") - - assert data["maturity"]["curated"] is True - - def test_snapshot_maturity_saturated_false(self, tmp_path: Path) -> None: - """snapshot: maturity.saturated=False.""" - from bib2graph.cli.commands.snapshot import run_snapshot - - store_path = tmp_path / "lib.duckdb" - _seed_store(store_path, _rows_bib_coupling()) - - data = run_snapshot(store_path, out_dir=tmp_path / "snaps") - - assert data["maturity"]["saturated"] is False + # Semántica curated=False/True y saturated=False eliminada aquí (epic #184): + # las invariantes viven en TestComputeMaturity; aquí solo se verifica wiring. def test_snapshot_schema_1_intacto(self, tmp_path: Path) -> None: """snapshot --json: schema='1' intacto después de agregar maturity.""" @@ -621,44 +553,8 @@ def test_read_top_maturity_cocitacion_llena_empty_networks_vacia( assert result["maturity"]["empty_networks"] == [] - def test_read_top_maturity_curated_false_todo_candidate( - self, tmp_path: Path - ) -> None: - """read top con corpus de candidates → maturity.curated=False.""" - from bib2graph.service.reads import get_top - - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_workspace(ws, _rows_bib_coupling()) - - result = get_top(ws, n=3) - - assert result["maturity"]["curated"] is False - - def test_read_top_maturity_curated_true_con_accepted(self, tmp_path: Path) -> None: - """read top con ≥1 accepted → maturity.curated=True.""" - from bib2graph.service.reads import get_top - - ws = _init_workspace(tmp_path) - rows = [ - _row("P1", curation_status="accepted", references_id=["R1", "R2"]), - _row("P2", curation_status="candidate", references_id=["R1", "R3"]), - ] - _seed_workspace(ws, rows) - - result = get_top(ws, n=3) - - assert result["maturity"]["curated"] is True - - def test_read_top_maturity_saturated_false(self, tmp_path: Path) -> None: - """read top: maturity.saturated=False.""" - from bib2graph.service.reads import get_top - - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_workspace(ws, _rows_bib_coupling()) - - result = get_top(ws, n=3) - - assert result["maturity"]["saturated"] is False + # Semántica curated=False/True y saturated=False eliminada aquí (epic #184): + # las invariantes viven en TestComputeMaturity; aquí solo se verifica wiring. def test_read_top_schema_1_intacto_con_maturity(self, tmp_path: Path) -> None: """read top --json: schema='1' intacto después de agregar maturity.""" diff --git a/tests/unit/test_r3_commands_domain.py b/tests/unit/test_r3_commands_domain.py index e8b3520..94d8c9f 100644 --- a/tests/unit/test_r3_commands_domain.py +++ b/tests/unit/test_r3_commands_domain.py @@ -20,6 +20,13 @@ from bib2graph.cycle import CycleState, apply_transition from bib2graph.schemas import CORPUS_SCHEMA +# Targets de patch: el método en su CLASE DE DEFINICIÓN (robusto al import-path del +# SUT — se parchea el objeto-clase compartido, no un alias). Centralizados acá para +# que un eventual movimiento de módulo de Forager/Networks se actualice en un solo +# lugar (epic #184, sub-tarea 8). +_PATCH_FORAGER_CHAIN = "bib2graph.foraging.forager.Forager.chain" +_PATCH_NETWORKS_QUICK = "bib2graph.networks.facade.Networks.quick" + # --------------------------------------------------------------------------- # Helpers # --------------------------------------------------------------------------- @@ -168,7 +175,7 @@ def test_estado_persistido_es_dictado_por_cycle( from bib2graph.cli.commands.chain import run_chain with patch( - "bib2graph.foraging.forager.Forager.chain", + _PATCH_FORAGER_CHAIN, return_value=_make_empty_forage_result(), ): run_chain(store_path, transport=_make_noop_transport()) @@ -180,7 +187,7 @@ def test_estado_persistido_es_dictado_por_cycle( from bib2graph.cli.commands.build import run_build with patch( - "bib2graph.networks.facade.Networks.quick", + _PATCH_NETWORKS_QUICK, return_value=[], ): run_build(store_path) diff --git a/tests/unit/test_service.py b/tests/unit/test_service.py index 53558c1..695c724 100644 --- a/tests/unit/test_service.py +++ b/tests/unit/test_service.py @@ -163,14 +163,28 @@ def test_code_for_excepcion_no_mapeada_lanza_typeerror() -> None: # --------------------------------------------------------------------------- +def _service_module_names() -> list[str]: + """Todos los módulos del paquete service/ (auto-descubrimiento: cubre módulos + futuros sin tocar el test). Fuente única del contrato de neutralidad ADR 0028. + Consolida las copias que vivían en test_service_reads, test_api, test_cli_read + y test_cli_read_top (epic #184).""" + import importlib + import pkgutil + + pkg = importlib.import_module("bib2graph.service") + names = ["bib2graph.service"] + names += [ + f"bib2graph.service.{info.name}" for info in pkgutil.iter_modules(pkg.__path__) + ] + return sorted(names) + + @pytest.mark.unit -@pytest.mark.parametrize( - "module_name", ["bib2graph.service.envelope", "bib2graph.service.errors"] -) +@pytest.mark.parametrize("module_name", _service_module_names()) def test_service_modulo_neutral_de_transporte(module_name: str) -> None: - """Los módulos de service/ son agnósticos de transporte (ADR 0028): no importan - click/fastapi ni hacen sys.exit/print. Detección por AST real (no substrings), - sobre TODOS los módulos del contrato (no solo envelope).""" + """Cada módulo de service/ es agnóstico de transporte (ADR 0028): no importa + click/fastapi ni hace sys.exit/print. Detección por AST real (no substrings), + sobre TODO el paquete service/ (no solo envelope/errors).""" import ast import importlib import pathlib diff --git a/tests/unit/test_service_reads.py b/tests/unit/test_service_reads.py index 92115ac..afe561a 100644 --- a/tests/unit/test_service_reads.py +++ b/tests/unit/test_service_reads.py @@ -543,41 +543,5 @@ def test_get_scent_paper_inexistente_lanza_dataerror(tmp_path: Path) -> None: get_scent(ws, "no-existe") -# --------------------------------------------------------------------------- -# 5. Neutralidad de transporte — service/reads.py es agnóstico -# --------------------------------------------------------------------------- - - -@pytest.mark.unit -def test_service_reads_es_neutral_de_transporte() -> None: - """service/reads.py no importa click, fastapi, sys.exit ni print (ADR 0028).""" - import ast - import importlib - import pathlib - - mod = importlib.import_module("bib2graph.service.reads") - source_file = mod.__file__ - assert source_file is not None - tree = ast.parse(pathlib.Path(source_file).read_text(encoding="utf-8")) - - forbidden = {"click", "fastapi"} - for node in ast.walk(tree): - if isinstance(node, ast.Import): - for alias in node.names: - assert alias.name.split(".")[0] not in forbidden, ( - f"service.reads importa '{alias.name}' — viola neutralidad" - ) - elif isinstance(node, ast.ImportFrom): - assert (node.module or "").split(".")[0] not in forbidden, ( - f"service.reads importa de '{node.module}' — viola neutralidad" - ) - elif isinstance(node, ast.Call): - if ( - isinstance(node.func, ast.Attribute) - and isinstance(node.func.value, ast.Name) - and node.func.value.id == "sys" - and node.func.attr == "exit" - ): - raise AssertionError("service.reads llama a sys.exit") - if isinstance(node.func, ast.Name) and node.func.id == "print": - raise AssertionError("service.reads llama a print()") +# Neutralidad de transporte de service.reads: consolidada en +# test_service.py::test_service_modulo_neutral_de_transporte (epic #184). diff --git a/tests/unit/test_sources.py b/tests/unit/test_sources.py index 71a5974..f741665 100644 --- a/tests/unit/test_sources.py +++ b/tests/unit/test_sources.py @@ -334,58 +334,10 @@ def test_seed_executed_query_wrapping() -> None: # --------------------------------------------------------------------------- -@pytest.mark.unit -def test_bibtex_load_sin_keyerror() -> None: - """``BibtexSource.load`` sobre .bib con campos faltantes → sin KeyError.""" - from bib2graph.sources.bibtex import BibtexSource - - source = BibtexSource() - # No debe lanzar KeyError ni ninguna excepción - corpus = source.load(str(MINIMAL_BIB_PATH)) - assert len(corpus) > 0 - - -@pytest.mark.unit -def test_bibtex_load_is_seed_true() -> None: - """Todos los papers cargados desde .bib tienen ``is_seed=True``.""" - from bib2graph.sources.bibtex import BibtexSource - - source = BibtexSource() - corpus = source.load(str(MINIMAL_BIB_PATH)) - - table = corpus.to_arrow() - is_seed_col = table.column("is_seed").to_pylist() - assert all(v is True for v in is_seed_col) - - -@pytest.mark.unit -def test_bibtex_load_curation_status_candidate() -> None: - """Todos los papers BibTeX tienen ``curation_status='candidate'``.""" - from bib2graph.sources.bibtex import BibtexSource - - source = BibtexSource() - corpus = source.load(str(MINIMAL_BIB_PATH)) - - table = corpus.to_arrow() - status_col = table.column("curation_status").to_pylist() - assert all(s == "candidate" for s in status_col) - - -@pytest.mark.unit -def test_bibtex_load_campos_faltantes_none() -> None: - """Entradas sin doi/abstract/journal → None (sin error).""" - from bib2graph.sources.bibtex import BibtexSource - - source = BibtexSource() - corpus = source.load(str(MINIMAL_BIB_PATH)) - - table = corpus.to_arrow() - titles = table.column("title").to_pylist() - dois = table.column("doi").to_pylist() - - # "Deuda ecológica del Perú" no tiene doi - idx = next(i for i, t in enumerate(titles) if "Per" in (t or "")) - assert dois[idx] is None +# El contrato de campos de BibtexSource.load (is_seed=True, curation_status="candidate", +# campos faltantes → None, sin KeyError) vive en test_bibtex_source_contrato.py +# (test_campos_title_autores_anio_keywords_persisten) y se ejercita end-to-end en +# test_seed_from_bib.py (run_seed_from_bib usa BibtexSource.load). Epic #184, sub-tarea 7. @pytest.mark.unit @@ -764,49 +716,13 @@ def test_translate_exclusion_none_sin_efecto() -> None: assert executed_sin == executed_con -@pytest.mark.unit -def test_seed_exclude_en_query_ejecutada() -> None: - """``seed(..., exclude=[...])`` refleja cláusulas NOT dentro del paréntesis de búsqueda.""" - works = _load_fixture_works() - transport = _make_handler(works) - source = OpenAlexSource(transport=transport) - - result = source.seed("sistémico", exclude=["machine learning"]) - - # El campo NO se repite: exactamente un "title_and_abstract.search:" en la query - assert result.executed_query.count("title_and_abstract.search:") == 1 - assert 'AND NOT "machine learning"' in result.executed_query - assert "AND NOT title_and_abstract.search:" not in result.executed_query - - -@pytest.mark.unit -def test_seed_exclude_multiples_en_query_ejecutada() -> None: - """Múltiples términos excluidos aparecen todos dentro del paréntesis en la query ejecutada.""" - works = _load_fixture_works() - transport = _make_handler(works) - source = OpenAlexSource(transport=transport) - - terms = ["machine learning", "algorithm"] - result = source.seed("sujeto", exclude=terms) - - # El campo NO se repite: exactamente un "title_and_abstract.search:" - assert result.executed_query.count("title_and_abstract.search:") == 1 - assert "AND NOT title_and_abstract.search:" not in result.executed_query - for term in terms: - assert f'AND NOT "{term}"' in result.executed_query - - -@pytest.mark.unit -def test_seed_exclude_en_translation_report() -> None: - """Los términos excluidos se mencionan en el ``translation_report``.""" - works = _load_fixture_works() - transport = _make_handler(works) - source = OpenAlexSource(transport=transport) - - result = source.seed("complejidad", exclude=["machine learning"]) - - combined = " ".join(result.translation_report) - assert "machine learning" in combined +# La forma de la query con exclusiones (campo no repetido, AND NOT dentro del +# paréntesis, exclusiones en el report) está cubierta por los tests PUROS de +# _translate (test_translate_con_una_exclusion / _con_multiples_exclusiones / +# _exclusiones_en_translation_report), que corren en el gate; el comportamiento +# REAL contra la API (count>0) lo cubre el test @network +# tests/integration/test_openalex_exclude_integration.py. Estos tests seed+mock +# solo re-verificaban que seed() expone la salida de _translate. Epic #184, sub-tarea 6. @pytest.mark.unit diff --git a/tests/unit/test_status_10.py b/tests/unit/test_status_10.py index e8b54c7..2f5fb03 100644 --- a/tests/unit/test_status_10.py +++ b/tests/unit/test_status_10.py @@ -31,6 +31,13 @@ pytestmark = pytest.mark.unit +# Comandos de arreglo (fix_command) esperados, en un solo lugar: si cambia el copy +# user-facing se edita acá y no en ~10 asserts dispersos (epic #184, sub-tarea 8). +# Espejan los literales de networks/facade.py (_predict/_empty_network_entry). +FIX_RESOLVE = "b2g seed --resolve" +FIX_ENRICH = "b2g enrich" +FIX_THESAURUS = "b2g build --thesaurus " + # --------------------------------------------------------------------------- # Helpers de fixture # --------------------------------------------------------------------------- @@ -222,31 +229,31 @@ def test_canonical_bibtex_sin_resolve_redes_vacias(self) -> None: bc = by_kind[NetworkKind.BIBLIOGRAPHIC_COUPLING] assert bc["would_be_empty"] is True assert "references_id" in str(bc["reason"]) - assert bc["fix_command"] == "b2g seed --resolve" + assert bc["fix_command"] == FIX_RESOLVE # cocitation vacía: sin cited_by_id coc = by_kind[NetworkKind.COCITATION] assert coc["would_be_empty"] is True assert "cited_by_id" in str(coc["reason"]) - assert coc["fix_command"] == "b2g enrich" + assert coc["fix_command"] == FIX_ENRICH # author_collab vacía: sin authors_id ac = by_kind[NetworkKind.AUTHOR_COLLAB] assert ac["would_be_empty"] is True assert "authors_id" in str(ac["reason"]) - assert ac["fix_command"] == "b2g seed --resolve" + assert ac["fix_command"] == FIX_RESOLVE # institution_collab vacía: sin institutions_id ic = by_kind[NetworkKind.INSTITUTION_COLLAB] assert ic["would_be_empty"] is True assert "institutions_id" in str(ic["reason"]) - assert ic["fix_command"] == "b2g seed --resolve" + assert ic["fix_command"] == FIX_RESOLVE # keyword_cooccurrence vacía: keywords_raw tiene datos pero keywords_id no # Fix debe ser build --thesaurus (puede generarlos sin red) kw = by_kind[NetworkKind.KEYWORD_COOCCURRENCE] assert kw["would_be_empty"] is True - assert kw["fix_command"] == "b2g build --thesaurus " + assert kw["fix_command"] == FIX_THESAURUS def test_keywords_id_poblado_produce_red_no_vacia(self) -> None: """Con keywords_id >= 2 por paper, keyword_cooccurrence sale no-vacía. @@ -335,7 +342,7 @@ def test_fix_thesaurus_cuando_hay_keywords_raw_sin_id(self) -> None: by_kind = {str(e["kind"]): e for e in preview} kw = by_kind[NetworkKind.KEYWORD_COOCCURRENCE] assert kw["would_be_empty"] is True - assert kw["fix_command"] == "b2g build --thesaurus " + assert kw["fix_command"] == FIX_THESAURUS def test_fix_seed_resolve_cuando_no_hay_keywords_raw(self) -> None: """Sin keywords_raw, fix_command para keyword_cooccurrence='b2g seed --resolve'.""" @@ -344,7 +351,7 @@ def test_fix_seed_resolve_cuando_no_hay_keywords_raw(self) -> None: by_kind = {str(e["kind"]): e for e in preview} kw = by_kind[NetworkKind.KEYWORD_COOCCURRENCE] assert kw["would_be_empty"] is True - assert kw["fix_command"] == "b2g seed --resolve" + assert kw["fix_command"] == FIX_RESOLVE def test_kinds_son_strings_de_networkkind(self) -> None: """El campo kind de cada entrada es un string válido de NetworkKind.""" @@ -396,18 +403,9 @@ def test_campos_viejos_siguen_presentes(self, tmp_path: Path) -> None: assert "total_papers" in data assert "referenced_not_fetched" in data - def test_next_best_action_sin_estado_es_seed(self, tmp_path: Path) -> None: - """Sin estado previo (store vacío), next_best_action='seed'.""" - from bib2graph.cli.commands.status import run_status - from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore - - store_path = tmp_path / "empty.duckdb" - DuckDBStore(store_path) # solo inicializa tablas - - data = run_status(store_path) - - assert data["next_best_action"] == "seed" - + # Semántica del FSM (None→seed, FORAGED→build, BUILT→read) eliminada aquí (epic #184): + # las invariantes viven en TestNextBestAction; este smoke verifica que run_status + # expone el campo con el valor correcto para un estado representativo. def test_next_best_action_seeded_es_chain(self, tmp_path: Path) -> None: """Tras seed (SEEDED), next_best_action='chain'.""" from bib2graph.cli.commands.status import run_status @@ -419,28 +417,6 @@ def test_next_best_action_seeded_es_chain(self, tmp_path: Path) -> None: assert data["next_best_action"] == "chain" - def test_next_best_action_foraged_es_build(self, tmp_path: Path) -> None: - """Tras chain (FORAGED), next_best_action='build'.""" - from bib2graph.cli.commands.status import run_status - - store_path = tmp_path / "foraged.duckdb" - _seed_store_with_state(store_path, [_row("P1")], CycleState.FORAGED) - - data = run_status(store_path) - - assert data["next_best_action"] == "build" - - def test_next_best_action_built_es_read(self, tmp_path: Path) -> None: - """Tras build (BUILT), next_best_action='read'.""" - from bib2graph.cli.commands.status import run_status - - store_path = tmp_path / "built.duckdb" - _seed_store_with_state(store_path, [_row("P1")], CycleState.BUILT) - - data = run_status(store_path) - - assert data["next_best_action"] == "read" - def test_build_preview_tiene_cinco_entradas(self, tmp_path: Path) -> None: """build_preview incluye siempre las 5 redes posibles.""" from bib2graph.cli.commands.status import run_status @@ -578,16 +554,13 @@ def test_bibtex_sin_resolve_diagnostico_completo(self, tmp_path: Path) -> None: assert by_kind[NetworkKind.COCITATION]["would_be_empty"] is True # Fix para citación/colaboración = seed --resolve - assert ( - by_kind[NetworkKind.BIBLIOGRAPHIC_COUPLING]["fix_command"] - == "b2g seed --resolve" - ) - assert by_kind[NetworkKind.COCITATION]["fix_command"] == "b2g enrich" + assert by_kind[NetworkKind.BIBLIOGRAPHIC_COUPLING]["fix_command"] == FIX_RESOLVE + assert by_kind[NetworkKind.COCITATION]["fix_command"] == FIX_ENRICH # Keyword fix = build --thesaurus (hay keywords_raw pero no keywords_id) kw = by_kind[NetworkKind.KEYWORD_COOCCURRENCE] assert kw["would_be_empty"] is True - assert kw["fix_command"] == "b2g build --thesaurus " + assert kw["fix_command"] == FIX_THESAURUS def test_bibtex_con_thesaurus_keyword_no_vacia(self, tmp_path: Path) -> None: """Tras thesaurus, keywords_id se puebla → keyword_cooccurrence no-vacía. From 50a9f68afe64760d4c65761a88876a21e0871790 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sun, 28 Jun 2026 11:45:08 -0500 Subject: [PATCH 22/27] perf(test): eliminar build redundante en idempotencia de comunidades (~-24%) (#189) MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit El test más lento de la suite, test_comunidades_identicas_entre_dos_runs_pipeline, reconstruía las 5 redes (run_build) DOS veces aunque la aserción solo compara las comunidades de Networks.quick. Se conserva run_build en el run A (mantiene la cobertura del camino de escritura de artefactos) y se elimina el duplicado del run B. Medido aislado (--no-cov): 29.6s → 22.5s (−24%); en el gate con coverage el ahorro es ~3x mayor. Cobertura sin cambios (484 missed) y suite verde (1187 passed). Surgió al evaluar el impacto de la poda del epic #184: la palanca de tiempo de la suite NO es la cantidad de tests sino un puñado de tests pesados de reproducibilidad (este solo era ~17% del wall-clock del gate). Optimización sin perder calidad: la idempotencia de comunidades se sigue verificando íntegra. Claude-Session: https://claude.ai/code/session_01T8tphqfD3Gq9aX3vWXyyuo Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- .../test_idempotencia_pipeline_bitabit.py | 31 +++++++++---------- 1 file changed, 15 insertions(+), 16 deletions(-) diff --git a/tests/unit/test_idempotencia_pipeline_bitabit.py b/tests/unit/test_idempotencia_pipeline_bitabit.py index 599bd78..08113b3 100644 --- a/tests/unit/test_idempotencia_pipeline_bitabit.py +++ b/tests/unit/test_idempotencia_pipeline_bitabit.py @@ -172,12 +172,17 @@ def test_run_restore_corpus_hash_identico_entre_dos_runs(tmp_path: Path) -> None def test_comunidades_identicas_entre_dos_runs_pipeline(tmp_path: Path) -> None: """La composición nodo→comunidad es bit-a-bit idéntica entre dos runs del pipeline. - Ejecuta el pipeline completo ``run_restore → run_build`` dos veces sobre - el mismo parquet de entrada, con stores y directorios de output distintos, - y compara el mapeo nodo→comunidad de cada red. + Ejecuta el pipeline ``run_restore → run_build`` dos veces sobre el mismo + parquet, con stores distintos, y compara el mapeo nodo→comunidad que produce + ``Networks.quick`` sobre cada corpus restaurado. Este es el test solicitado en #61: verificar que dos runs independientes - producen el mismo output (idempotencia del pipeline end-to-end). + producen el mismo output (idempotencia del pipeline end-to-end). La aserción + es sobre las comunidades de ``Networks.quick`` (la fuente de no-determinismo + a vigilar: orden de dicts / Louvain). El camino de escritura de artefactos + (``run_build``) se ejercita UNA vez (run A) para mantener su cobertura sin + reconstruir las redes por duplicado (#184): la idempotencia ya la garantiza la + comparación de comunidades, no una segunda escritura a disco. Garantía de Louvain: ``random_state`` se deriva del ``corpus_hash`` de contenido (``_louvain_seed_from_hash``), que es idéntico si el corpus @@ -196,29 +201,23 @@ def test_comunidades_identicas_entre_dos_runs_pipeline(tmp_path: Path) -> None: from bib2graph.cli.commands.build import run_build from bib2graph.cli.commands.restore import run_restore + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore - # Run A + # Run A: pipeline completo (incluye run_build para ejercer el camino de escritura) store_a = tmp_path / "runA.duckdb" - out_a = tmp_path / "networks_a" run_restore(store_a, slice_parquet) - - from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore - corpus_a = DuckDBStore(store_a).load() communities_a = _communities_of_run(corpus_a) + run_build(store_a, out_dir=tmp_path / "networks_a") - run_build(store_a, out_dir=out_a) - - # Run B (store distinto, mismo parquet) + # Run B (store distinto, mismo parquet): solo restore + comunidades. + # No se reconstruye run_build: su determinismo de output no se asevera acá + # (la aserción es sobre las comunidades de Networks.quick). store_b = tmp_path / "runB.duckdb" - out_b = tmp_path / "networks_b" run_restore(store_b, slice_parquet) - corpus_b = DuckDBStore(store_b).load() communities_b = _communities_of_run(corpus_b) - run_build(store_b, out_dir=out_b) - # Las redes producidas deben ser las mismas kinds assert set(communities_a.keys()) == set(communities_b.keys()), ( f"Los dos runs produjeron redes distintas: " From 29b3f139051be90ce20471dc6d434641f59e5752 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sun, 28 Jun 2026 14:06:36 -0500 Subject: [PATCH 23/27] =?UTF-8?q?feat(skill):=20distribuir=20skill=20de=20?= =?UTF-8?q?Claude=20Code=20end-user=20v=C3=ADa=20`b2g=20skill=20add`=20(#1?= =?UTF-8?q?88)=20(#192)?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit * feat(skill): distribuir skill de Claude Code end-user vía `b2g skill add` (#188) Agrega la skill end-user de bib2graph, vendoreada en el wheel e instalable con un comando meta nuevo, para que "la mejor forma de usar bib2graph sea pedirle a Claude que lo use". - src/bib2graph/skill/ (SKILL.md + reference/ciclo.md): entrevista híbrida, eje one-shot↔profundizar mapeado al ciclo de la Nota 05, elaboración de la ecuación, y feedback fácil (bloque + link a issue nuevo). - `b2g skill add [--user|--project] [--force]`: copia la skill vendida; comando meta global (sin workspace), envelope --json schema="1" sin FSM, idempotente (no-op si ya está la versión vendida; --force pisa si difiere). - La skill viaja por `packages` (fuente commiteada), NO force-include: el wheel ya la incluye → version-lock skill==cli (verificado con `uv build`). - ADR 0039: `skill` como 2.ª excepción meta (junto a `gui`); conteo "10 + gui + skill". Docs: API.md, AGENTS.md, README.md, índice de decisiones. - Tests: registro, scopes, --force, idempotencia, sin-workspace, envelope, version-lock (importlib.resources) y anti-drift (verbos del SKILL.md ⊆ CLI). Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) * docs(adr): 0039 — registrar atado a Claude Code como limitación deliberada (#193) La distribución agnóstica al proveedor (Claude Code, OpenCode, …) es prioridad de 0.11.0; este ADR lo deja explícito como limitación conocida, no olvido. Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 (1M context) --------- Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- AGENTS.md | 18 +- README.md | 15 + docs/API.md | 36 +- .../0039-skill-comando-meta-distribucion.md | 176 +++++++ docs/decisiones/README.md | 1 + pyproject.toml | 12 +- src/bib2graph/cli/__init__.py | 11 +- src/bib2graph/cli/commands/skill.py | 257 ++++++++++ src/bib2graph/skill/SKILL.md | 177 +++++++ src/bib2graph/skill/reference/ciclo.md | 38 ++ tests/unit/test_packaging_config.py | 58 ++- tests/unit/test_skill_add.py | 478 ++++++++++++++++++ 12 files changed, 1252 insertions(+), 25 deletions(-) create mode 100644 docs/decisiones/0039-skill-comando-meta-distribucion.md create mode 100644 src/bib2graph/cli/commands/skill.py create mode 100644 src/bib2graph/skill/SKILL.md create mode 100644 src/bib2graph/skill/reference/ciclo.md create mode 100644 tests/unit/test_skill_add.py diff --git a/AGENTS.md b/AGENTS.md index b453810..f84c310 100644 --- a/AGENTS.md +++ b/AGENTS.md @@ -33,13 +33,17 @@ explícito), `filters/` (PRISMA), `networks/` (proyectores, analyzer, spec, facade), `sources/equation.py` (capa declarativa de la ecuación, 9a), `exporters/` (GraphML, CSV) y `cli/`. - El **CLI `b2g` es real** —paquete `cli/`, no un placeholder—. **Superficie 0.10.0 (ADR 0037/0038, + El **CLI `b2g` es real** —paquete `cli/`, no un placeholder—. **Superficie 0.10.0 (ADR 0037/0038/0039, AS-BUILT):** **10 verbos del ciclo** (`init`, `seed`, `chain`, `curate`, `build`, `read`, `export`, `snapshot`, `status`, `validate`) **+ 3 grupos noun-verb** (`read {list,stats,show,top}`, - `curate {dump,apply,accept,reject,filter}`, `snapshot {create,restore}`) **+ `gui`** (excepción, ADR - 0027/0028) **+ 9 aliases deprecados** (`accept`/`reject`/`filter`/`inspect`/`monitor`/`networks`/ - `enrich`/`restore`/`resolve`, retiro 0.11.0). **`thesaurus` se retiró como verbo** (#164): su - capacidad es **`b2g build --thesaurus`**. Conteo verificable contra `b2g --help`; detalle en + `curate {dump,apply,accept,reject,filter}`, `snapshot {create,restore}`) **+ 2 comandos meta** + fuera de los 10 (`gui`, ADR 0027/0028; **`skill add`**, ADR 0039 — instala la skill de Claude Code + end-user que materializa el mensaje *"la mejor forma de usar bib2graph es pedirle a Claude que lo + use"* [`pip install bib2graph` → `b2g skill add`]; vendoreada en el wheel con version-lock + skill==cli) **+ 9 aliases deprecados** + (`accept`/`reject`/`filter`/`inspect`/`monitor`/`networks`/`enrich`/`restore`/`resolve`, retiro + 0.11.0). **`thesaurus` se retiró como verbo** (#164): su capacidad es **`b2g build --thesaurus`**. + Conteo verificable contra `b2g --help` (10 del ciclo + `gui` + `skill`); detalle en `docs/API.md` §Convenciones CLI. **Grupo noun-verb `read {list,stats,show,top}` (#156/#157, ADR 0037 §b):** primer grupo del CLI (lectura pura del corpus, no transiciona); `read list` filtra por `--query`/`--status`/`--seeds|--candidates`/`--year`, @@ -536,8 +540,8 @@ src/bib2graph/ # Neo4jStore ([neo4j], post-V1) cli/ # paquete de 3 capas (Click → run_() núcleo → envelope/errores); # _ingest.py = helper normalize_and_dedup (auto-preproc en la ingesta, ADR 0031); - # cli/commands/ = superficie 0.10.0 (ADR 0037/0038): 10 verbos del ciclo + 3 grupos - # noun-verb (read/curate/snapshot) + gui (excepción) + 9 aliases deprecados + # cli/commands/ = superficie 0.10.0 (ADR 0037/0038/0039): 10 verbos del ciclo + 3 grupos + # noun-verb (read/curate/snapshot) + 2 comandos meta (gui; skill add —ADR 0039) + 9 aliases deprecados # (accept/reject/filter/inspect/monitor/networks/enrich/restore/resolve, retiro 0.11.0). # chain --since absorbe monitor →MONITORED (#158); enrich absorbido en chain (refs→DOI) # + build (co-citación) (#162); thesaurus retirado → build --thesaurus (#164); diff --git a/README.md b/README.md index beb307b..8b3e9a4 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -50,6 +50,21 @@ b2g export --format graphml # → rede Cada comando acepta `--json` para orquestarlo desde scripts o agentes. Lista completa de comandos: `b2g --help`. +### Con Claude Code: pedile a Claude que lo use + +La forma más simple de usar bib2graph es **pedirle a Claude que lo use por vos**. bib2graph trae una +**skill de Claude Code** que entrevista tu pregunta de investigación y corre el ciclo completo +(`init → seed → chain → build → read`) sin que escribas comandos: + +```bash +pip install bib2graph +b2g skill add # instala la skill en ~/.claude/skills/bib2graph/ +``` + +Después, en Claude Code: *"usá bib2graph para armar la red de citación de estos papers…"*. La skill +viaja **dentro del mismo paquete** que el CLI, así que **siempre está al día con tu versión** de +bib2graph. Usá `--project` para instalarla solo en el proyecto actual. + ### Desde Python ```python diff --git a/docs/API.md b/docs/API.md index 38c3062..29cc82a 100644 --- a/docs/API.md +++ b/docs/API.md @@ -289,9 +289,10 @@ invocaciones:** el estado vive en el `library.duckdb` del **workspace** (opción `--workspace`; `--store` fue eliminada en [#75](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/75), ver abajo). -**Superficie 0.10.0 — 10 verbos del ciclo + 3 grupos noun-verb + `gui` (excepción) + 9 aliases -deprecados** (AS-BUILT, ADR [0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) / -[0038](decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md)). La superficie por acreción del 0021 (que +**Superficie 0.10.0 — 10 verbos del ciclo + 3 grupos noun-verb + `gui` y `skill` (excepciones meta) ++ 9 aliases deprecados** (AS-BUILT, ADR [0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) / +[0038](decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md) / +[0039](decisiones/0039-skill-comando-meta-distribucion.md)). La superficie por acreción del 0021 (que llegó a ~20 subcomandos) se **consolidó** en una superficie que mapea 1:1 el ciclo de investigación (*más es menos*). El conteo es **verificable contra `b2g --help`**: @@ -300,8 +301,11 @@ llegó a ~20 subcomandos) se **consolidó** en una superficie que mapea 1:1 el c ADR 0037 §"Los 10 verbos".)* - **3 grupos noun-verb:** **`read {list,stats,show,top}`** (#156/#157), **`curate {dump,apply,accept,reject,filter}`** (#155), **`snapshot {create,restore}`** (#163, ADR 0038). -- **`gui`** — fuera del set de 10 por diseño (excepción explícita, gobernada por ADR 0027/0028, - gateada por #34; no es un paso del ciclo agents-first). +- **2 comandos meta, fuera del set de 10 por diseño** (excepciones explícitas, **no** pasos del + ciclo agents-first; **no compiten con `status`** ni con ningún verbo del ciclo, viven al lado): + - **`gui`** — lanza la GUI local (gobernado por ADR 0027/0028, gateado por #34). + - **`skill`** (`skill add`) — instala la skill de Claude Code end-user (gobernado por ADR 0039, + epic #188). Ver §`skill` abajo. - **9 aliases deprecados** (siguen vivos con aviso a stderr, se eliminan en **0.11.0** — ADR 0038 P1): `accept`, `reject`, `filter`, `inspect`, `monitor`, `networks`, `enrich`, `restore`, `resolve`. Más el entry-point `bib2graph`→`b2g` y la opción `build --corpus-scope`→`build --scope`. Ver §Avisos de @@ -536,6 +540,28 @@ llegó a ~20 subcomandos) se **consolidó** en una superficie que mapea 1:1 el c import perezoso): si falta → `DependencyError`, **exit 3** con sugerencia `uv sync --extra gui`. **NO transiciona** el `CycleState`. La API es un adaptador delgado sobre `service/` (reusa el envelope `schema="1"` + `code_for`, no reimplementa el contrato); el mapeo código→HTTP y la auth viven en §0.2. +- **`skill`** (comando **meta/distribución**, ADR + [0039](decisiones/0039-skill-comando-meta-distribucion.md), epic #188): **2.ª excepción meta** + (junto a `gui`) — fuera del set de 10, **no** es un paso del ciclo y **no compite con `status`**. + Subcomando **`b2g skill add [--user|--project] [--force]`**: **instala la skill de Claude Code + end-user** (que entrevista al investigador y le enseña al agente la mejor forma de usar bib2graph — + los 10 verbos del 0037 y la historia one-shot `init→seed→chain→build→read`). **Empaquetado:** la + skill viaja **vendoreada en el wheel** bajo `src/bib2graph/skill/` (`SKILL.md` + `reference/`) como + **fuente commiteada del paquete** — la incluye `packages = ["src/bib2graph"]`, **sin** `force-include`. + (A diferencia del frontend `gui/static/`, que **sí** necesita `force-include` por ser un artefacto + gitignored; agregar la skill a `force-include` la **duplicaría y rompería el build**.) Vendorear en el + mismo artefacto **es** el version-lock → **garantía skill-version == cli-version** (la skill siempre + enseña los verbos que el CLI realmente expone; no hay forma de tener una skill v0.10 sobre un CLI + v0.11). `skill add` **copia** la skill vendida al directorio + de skills del cliente: **`--user`** (default) → `~/.claude/skills/bib2graph/`, **`--project`** → + `.claude/skills/bib2graph/` (relativo al cwd). **Idempotente** (si ya está en la versión vendida, no + hace nada y lo reporta); si el destino **existe pero difiere** (edición del usuario u otra versión), + falla con error accionable y **`--force`** pisa la instalación existente. **Funciona SIN workspace** + (comando meta global, no requiere `workspace.json` ni resolución de ambiente) y **emite el envelope + `--json` `schema="1"` SIN transición de FSM** (ortogonal al lazo, igual que `gui`/`resolve`). La + skill es **markdown sin dependencias Python** (no usa IA en el producto, ADR 0022: la IA está en el + Claude Code del usuario). *(El `data` emitido es `{install_path, scope, installed, + already_present}`, `schema="1"` intacto.)* - **`resolve`** (issues #110/#112, AS-BUILT, ADR [0035](decisiones/0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md), 20° subcomando): **resuelve los DOIs del corpus a IDs de OpenAlex (`source_id`)** — cierra el **GAP-1** del flujo BibTeX e2e. Los papers diff --git a/docs/decisiones/0039-skill-comando-meta-distribucion.md b/docs/decisiones/0039-skill-comando-meta-distribucion.md new file mode 100644 index 0000000..a5f64fb --- /dev/null +++ b/docs/decisiones/0039-skill-comando-meta-distribucion.md @@ -0,0 +1,176 @@ +# 0039 — Distribución de la skill de Claude Code: `b2g skill add` como 2.º comando meta (junto a `gui`), vendoreada en el wheel con version-lock skill==cli + +- **Estado:** Aceptada +- **Fecha:** 2026-06-28 +- **Decidido por:** **Product Owner humano** (decisión acordada 2026-06-28). El mecanismo de + distribución (vendoring en el wheel como fuente del paquete, comando `b2g skill add` con + `--user|--project|--force`, version-lock skill==cli) y el descarte del extra `[skill]` y del + camino plugin+marketplace como primario son **decisiones del PO**. El **encuadre** —*"la mejor + forma de usar bib2graph es pedirle a Claude que lo use; la skill es esa puerta, y es un comando + **meta/admin**, no un paso del ciclo"*— y la categorización como **2.ª excepción meta junto a + `gui`** son **síntesis de la IA (architect) validada por el PO**. +- **Enmienda a:** [0038](0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md) (destino de los huérfanos del 0037). + El 0038 estableció la categoría *"verbo fuera del set de 10, gobernado por su propio ADR"* para + `gui` (excepción explícita, no un paso del ciclo). Este ADR **agrega una 2.ª excepción de la misma + clase**: `skill` es un comando **meta/distribución**, no un verbo del ciclo de investigación. **No + revierte** el 0037 ni el 0038: el conteo de **10 verbos del ciclo sigue siendo verdad**; la + superficie pasa a leerse como *"10 verbos del ciclo + `gui` (GUI) + `skill` (meta/distribución)"*. + El **envelope `schema="1"`, los exit codes y el FSM del lazo se preservan** (ADR + [0021](0021-cli-agente-native-contrato.md) §C/§D/§F). +- **Relacionada con:** [0037](0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) (la superficie ES el ciclo: + `skill` **no** compite con `status` ni con ningún verbo del ciclo; vive **al lado**, no dentro), + [0028](0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md) (precedente del **vendoring de assets en el + wheel**; `gui/static` usa `force-include` por ser artefacto **gitignored** — la skill **no** lo + necesita, ver §Mecanismo), + [0010](0010-agente-native-columna.md)/[0021](0021-cli-agente-native-contrato.md) (CLI + agente-native: la skill **enseña los 10 verbos** del 0037 a un agente end-user), + [0029](0029-workspace-por-investigacion.md) (`skill add` es un comando **meta global** que + funciona **sin workspace**, igual que `init` cuando crea uno). +- **No introduce IA** (coherente con [0022](0022-producto-sin-ia-generativa.md)): la skill es + **markdown** (instrucciones + `reference/`) que un agente Claude Code lee; bib2graph no embebe ni + invoca ningún modelo. La IA está en el **cliente del usuario** (su Claude Code), no en el producto. +- **Origen:** epic [#188](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/188). Encuadre de + posicionamiento: *"el antídoto al sesgo del related work"* (#187) — la skill es la forma en que un + usuario hispano corre el ciclo one-shot pidiéndole a Claude que use bib2graph. + +## Contexto + +El 0037 dejó la superficie CLI consolidada en **10 verbos que mapean el ciclo de investigación**, +legibles por un agente sin manual. El 0038 cerró el conteo despachando los huérfanos y fijó la +categoría de la **excepción meta**: `gui` se mantiene **fuera del set de 10** porque es una +**superficie distinta** (lanzador de la GUI local), gobernada por su propio ADR (0027/0028), no un +paso del ciclo agents-first. + +Falta una pieza del posicionamiento *"la mejor forma de usar bib2graph es pedirle a Claude que lo +use"*: una **skill de Claude Code para el usuario final** que (1) **entreviste** al investigador +sobre su pregunta y sus fuentes, y (2) le **enseñe al agente la mejor forma de manejar bib2graph** +—es decir, los 10 verbos del 0037 y la historia one-shot `init→seed→chain→build→read`, leyendo +`status` como mapa—. La skill es **markdown sin dependencias Python**: un `SKILL.md` + una carpeta +`reference/`. + +El problema es de **distribución y de versionado**, no de diseño del ciclo: + +- **¿Dónde vive la skill?** Si se publica como un paquete/extra aparte, su versión **desacopla** de + la del CLI: una skill v0.10 podría quedar instruyendo a un agente que corre un CLI v0.11 con la + superficie ya cambiada (los 9 aliases del 0038 retirados en 0.11.0). La skill **enseña los 10 + verbos**; si enseña verbos que ya no existen, miente. +- **¿Cómo se instala?** Claude Code descubre skills en `~/.claude/skills//` (user) o + `.claude/skills//` (project). Un `pip install` **no escribe** en esas rutas; instalar una + skill es **copiar archivos** a un directorio del cliente, no resolver dependencias Python. + +La pregunta de este ADR es: **¿cómo se empaqueta y se instala la skill de modo que su versión quede +amarrada a la del CLI, sin agregar superficie al ciclo?** + +## Decisión + +**bib2graph distribuye una skill de Claude Code end-user, vendoreada dentro del wheel bajo +`src/bib2graph/skill/`, y la instala con un comando meta nuevo `b2g skill add` que la copia al +directorio de skills del cliente.** `skill` es la **2.ª excepción meta explícita** (junto a `gui`): +un comando **meta/distribución**, NO un paso del ciclo de investigación. El contrato de salida +(envelope `schema="1"`/exit/FSM) **no cambia**. + +### `skill` es comando meta, no un verbo del ciclo (2.ª excepción junto a `gui`) + +- **No mapea ningún paso del ciclo** INIT→SEED→CHAIN→CURATE→BUILD→READ→EXPORT/SNAPSHOT. No produce + ni transforma corpus ni redes. **No compite con `status`** (el mapa del ciclo) ni con ningún verbo + del 0037: vive **al lado** de la superficie, no dentro. +- Es de la **misma clase que `gui`**: una superficie distinta gobernada por su propio ADR (este). + El 0038 categorizó `gui` como *"se mantiene, fuera del set de 10"*; `skill` reusa esa categoría. +- **Reconciliación del conteo:** los **10 verbos del ciclo del 0037 siguen siendo verdad**. La + superficie pasa a leerse como **"10 verbos del ciclo + `gui` (GUI) + `skill` (meta/distribución)"**. + El conteo de 10 es **verificable contra `b2g --help`**; las dos excepciones meta están + **documentadas**, no disimuladas (mismo criterio de honestidad del 0038: excluir explícitamente es + más honesto que omitir). + +### Mecanismo: vendoring + version-lock skill==cli + +- **(M1) La skill vive vendoreada en el wheel bajo `src/bib2graph/skill/`** (`SKILL.md` + + `reference/`). Como es **fuente commiteada bajo el paquete**, la incluye `packages = + ["src/bib2graph"]` **sin** `force-include`. (El frontend `gui/static/` **sí** necesita + `force-include` por ser un artefacto **gitignored**, ADR 0028 G5; la skill no — y meterla ahí la + **duplicaría y rompería el build**.) *(El `pyproject.toml` es trabajo del `coder`; este ADR fija el + mecanismo, no la sintaxis.)* +- **(M2) Garantía central: skill-version == cli-version.** Como la skill viaja **en el mismo wheel** + que el CLI, instalar `bib2graph==X.Y.Z` trae una skill que **enseña exactamente los verbos de esa + versión**. El vendoring en el mismo artefacto **es** el version-lock; no hay forma de tener una + skill v0.10 sobre un CLI v0.11. Esto es lo que cierra el riesgo de "la skill miente". +- **(M3) `b2g skill add [--user|--project] [--force]`** copia la skill vendida al directorio de + skills del cliente: + - **`--user`** (default) → `~/.claude/skills/bib2graph/`. + - **`--project`** → `.claude/skills/bib2graph/` (relativo al cwd). + - **`--force`** → pisa una instalación existente; sin él, el comando es **idempotente** (si ya + está en la versión vendida, no hace nada y lo reporta). + - **Funciona sin workspace:** es un comando **meta global**, no requiere `workspace.json` ni + resolución de ambiente (como `init` al crear, o como `gui`/`resolve` que no transicionan). + - **Emite el envelope `--json` `schema="1"` SIN transición de FSM** (igual que `gui`/`resolve`): + es ortogonal al lazo. *(El `data` emitido es `{install_path, scope, installed, already_present}`, + `schema="1"` intacto; documentado en `docs/API.md`.)* + +### La historia de uso (cómo llega la skill al investigador) + +```text +$ pip install bib2graph # trae el CLI + la skill vendoreada (mismo wheel, misma versión) +$ b2g skill add # copia la skill a ~/.claude/skills/bib2graph/ (--user default) +# en Claude Code: "usá bib2graph para armar la red de citación de estos papers…" +# el agente lee la skill, entrevista al investigador y corre el ciclo one-shot del 0037 +``` + +La skill es la materialización del mensaje *"la mejor forma de usar bib2graph es pedirle a Claude +que lo use"*: enseña el ciclo (`init→seed→chain→build→read`, `status` como mapa) que el 0037 hizo +legible para un agente. + +## Consecuencias + +**Lo que se gana** + +- **Version-lock por construcción.** La skill y el CLI **no pueden** divergir: viajan en el mismo + wheel. La skill siempre enseña los verbos que el CLI realmente expone (incluido el corte de los 9 + aliases en 0.11.0, ADR 0038 P1). +- **Instalación de un paso, sin Node ni deps extra.** `pip install bib2graph && b2g skill add`: + markdown copiado a `~/.claude/skills/`, sin tocar `[project.dependencies]`. +- **El conteo del ciclo se mantiene honesto.** 10 verbos + 2 excepciones meta **documentadas** + (`gui`, `skill`). El 0037/0038 no se debilita: `skill` no entra al ciclo, lo **acompaña**. +- **Reusa un precedente probado, más simple.** El ADR 0028 (G5) ya vendorea assets en el wheel; la + skill se monta sobre la misma idea pero al ser **fuente commiteada** entra por `packages`, sin tocar + `force-include` ni infraestructura nueva. + +**Lo que cuesta** + +- **`docs/API.md` documenta una 2.ª excepción meta**: `skill` con `skill add` y sus flags, la + reconciliación del conteo ("10 + gui + skill") y la nota de empaquetado (la skill entra por + `packages`, **no** por `force-include`). El `data` del envelope es `{install_path, scope, installed, + already_present}` (`schema="1"` intacto). +- **El wheel engorda con la skill** (markdown, peso menor); al ser fuente del paquete entra por + `packages` sin config extra. *(`pyproject.toml`/CI son del `coder`.)* +- **Mantener la skill al día con el ciclo.** Si el ciclo del 0037 cambia (futuro ADR), la skill + —que lo enseña— debe actualizarse en el mismo cambio. El version-lock lo hace **detectable** (van + juntas) pero no **automático**: editar el ciclo sin editar la skill es drift a vigilar. +- **Atado a Claude Code — limitación DELIBERADA de 0.10.0.** `skill add` instala solo en + `~/.claude/skills/` (ruta/formato de Claude Code). Atar la distribución a un proveedor **restringe + el acceso** y repite la lógica de gatekeeping que el producto quiere evitar (que solo quien tiene + Claude pueda pedirle a su agente que use bib2graph). La **distribución agnóstica al proveedor** —el + usuario/agente declara su cliente (Claude Code, OpenCode, …) y `skill add` instala en su formato— es + **prioridad de 0.11.0** ([#193](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/193)), probable + enmienda a este ADR (`skill add` ganaría `--provider`). El version-lock skill==cli se preserva en + todos los proveedores. + +## Alternativas + +- **El extra `pip install bib2graph[skill]`.** **Descartada.** Un extra de pip solo agrega + **dependencias Python**; **no escribe** en `~/.claude/skills/`. La skill es **markdown sin deps**: + no hay nada que un extra resuelva. El acto de instalar una skill es **copiar archivos** al + directorio del cliente —eso lo hace `b2g skill add`, no `pip`—. Un extra `[skill]` daría la falsa + impresión de que instalarlo deja la skill lista, cuando no toca el directorio de Claude Code. +- **Plugin + marketplace de Claude Code (`/plugin install`).** **Descartada como primaria** (dejada + como **ruta futura mencionable**). Un plugin distribuido por marketplace **desacopla el + versionado**: la skill viviría en un repo/marketplace con su propia cadencia de release, y volvería + el riesgo que M2 cierra (skill v0.10 sobre CLI v0.11). El vendoring en el wheel da el version-lock + gratis; el plugin lo rompería. Si en el futuro se quiere descubribilidad vía marketplace, puede + convivir **como espejo** de la skill vendoreada, no como su fuente de verdad. +- **Meter `skill` dentro del set de 10.** **Descartada** (mismo criterio que el 0038 rechazó para + `gui`): `skill add` no es un paso del ciclo de investigación; es distribución/admin. Forzarlo al + set mezcla dos contratos. Excluirlo **explícitamente** —2.ª excepción meta documentada— es más + honesto que disimularlo en el conteo. +- **Publicar la skill en un repo aparte / como descarga manual.** **Descartada:** rompe el + version-lock (M2) y agrega un paso de instalación que `b2g skill add` resuelve en uno. El usuario + que ya tiene el CLI ya tiene la skill correcta. diff --git a/docs/decisiones/README.md b/docs/decisiones/README.md index b5c3dec..633325e 100644 --- a/docs/decisiones/README.md +++ b/docs/decisiones/README.md @@ -84,3 +84,4 @@ Qué se vuelve posible/fácil y qué se vuelve costoso/imposible. Trade-offs hon | [0036](0036-identidad-source-id-agnostica-doi-ancla.md) | Identidad de fuente agnóstica: DOI como ancla universal, `source_id` genérico, motor de extracción intercambiable (tabla lateral `external_ids` 1↔N) | **Aceptada — AS-BUILT** (0.8, 2026-06-22): rename `openalex_id`→`source_id`, inversión de `_compute_id` (`doi > source_id > tt`), desacople del núcleo, infra `external_ids`, migración de `examples/valoraciones` (#118/#119). **Enmienda 0007/0013**; refuerza 0018; relacionada 0035/0034/0015. Población de `external_ids` y selector `--source` diferidos al 2º motor (#120) | | [0037](0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) | Superficie CLI de 0.10.0: **10 verbos agents-first** que mapean el ciclo (INIT→SEED→CHAIN→CURATE→BUILD→READ→EXPORT/SNAPSHOT, STATUS transversal); `status` como mapa (`next_best_action` + **preview por-red "qué se materializa" (e)** + **maturity-stamp del one-shot (f)**, campos aditivos); `curate`/`read` noun-verb; `monitor`→`chain --since`; aliases de retrocompat | **Aceptada** (2026-06-26). **Enmienda [0021](0021-cli-agente-native-contrato.md)** (consolida 12→10; envelope `schema="1"`/exit/FSM intactos). Relacionada 0010/0016/0029/0035/0036/0032/0033; no introduce IA (0022). Origen: Discussion [#127](https://github.com/complexluise/bib2graph/discussions/127); issues #76/#132 | | [0038](0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md) | Destino de los 5 verbos huérfanos que el 0037 no nombró: `gui` se mantiene fuera de los 10 (0027/0028); `enrich`→absorbido en `chain`/`build`; `restore`→`snapshot restore`; `thesaurus`→retirado; `resolve`→retirado (ruta única `seed --resolve`). Fija: ventana de deprecación cierra en **0.11.0**; `build --scope=all` default; forma de `maturity` en `docs/API.md` | **Aceptada** (2026-06-27). **Enmienda [0037](0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md)** (cierra el conteo "10 verbos"); revisa el `thesaurus` de [0031](0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md); renombre de [0030](0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md); refuerza 0035; envelope `schema="1"`/exit/FSM intactos. Contexto: issues #149/#34 | +| [0039](0039-skill-comando-meta-distribucion.md) | Distribución de la skill de Claude Code end-user: `b2g skill add [--user\|--project] [--force]` (2.º comando **meta**, junto a `gui`; **fuera** del set de 10, no compite con `status`); skill vendoreada en el wheel (`src/bib2graph/skill/`, fuente commiteada incluida por `packages` — **no** `force-include`) → **version-lock skill==cli**; envelope `--json` sin FSM, sin workspace. **Descarta** el extra `[skill]` (no escribe en `~/.claude/skills/`) y plugin+marketplace como primario (desacopla versionado; ruta futura) | **Aceptada** (2026-06-28). **Enmienda [0038](0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md)** (2.ª excepción meta; conteo "10 + gui + skill"); relacionada 0037/0028/0010/0021/0029; no introduce IA (0022). Epic [#188](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/188) | diff --git a/pyproject.toml b/pyproject.toml index 4104a95..48ceec0 100644 --- a/pyproject.toml +++ b/pyproject.toml @@ -99,9 +99,15 @@ bib2graph = "bib2graph.cli:main_bib2graph_alias" [tool.hatch.build.targets.wheel] packages = ["src/bib2graph"] -# Build output del frontend (gitignored → hatchling lo omite por defecto). -# force-include vende el artefacto al wheel sin commitearlo al VCS (ADR 0028 §B.1, G5). -# Requiere que `pnpm build` haya corrido ANTES de `uv build`. +# force-include: vende al wheel artefactos que hatchling omitiría por defecto. +# Solo el frontend GUI lo necesita: está gitignored (build artifact) → hatchling +# lo omite (ADR 0028 §B.1, G5). Requiere que `pnpm build` haya corrido ANTES de +# `uv build`. +# +# La skill vendida (src/bib2graph/skill/, Epic #188) NO va acá: es fuente +# commiteada bajo el paquete, así que `packages = ["src/bib2graph"]` ya la +# incluye. Agregarla a force-include la duplica y ROMPE el build +# ("A second file is being added to the wheel archive at the same path"). [tool.hatch.build.targets.wheel.force-include] "src/bib2graph/gui/static" = "bib2graph/gui/static" diff --git a/src/bib2graph/cli/__init__.py b/src/bib2graph/cli/__init__.py index ebb838c..fbef907 100644 --- a/src/bib2graph/cli/__init__.py +++ b/src/bib2graph/cli/__init__.py @@ -14,10 +14,11 @@ inspect: absorbido por ``read show`` (#156); permanece como alias. -Grupos noun-verb (3): +Grupos noun-verb (4): read [list|stats|show|top] — lecturas read-only del corpus (#156/#157). curate [dump|apply|accept|reject|filter] — curación en lote (#155). snapshot [create|restore] — fotos selladas y rehidratación (#163, ADR 0038). + skill [add] — instala la skill de bib2graph para Claude (Epic #188). Cada subcomando lleva: - ``--json``: salida JSON estructurada (envelope versionado, §API.md). @@ -67,6 +68,7 @@ from bib2graph.cli.commands.resolve import resolve_cmd from bib2graph.cli.commands.restore import restore_cmd from bib2graph.cli.commands.seed import seed_cmd +from bib2graph.cli.commands.skill import skill_grp from bib2graph.cli.commands.snapshot import snapshot_grp from bib2graph.cli.commands.status import status_cmd from bib2graph.cli.commands.validate import validate_cmd @@ -89,6 +91,7 @@ def _force_utf8() -> None: @click.group() +@click.version_option(package_name="bib2graph") @click.option( "--workspace", default=None, @@ -117,7 +120,8 @@ def b2g(ctx: click.Context, workspace: str | None) -> None: status, validate, accept, reject, networks, restore (shim), gui, resolve, read [list|stats|show|top], curate [dump|apply|accept|reject|filter], - snapshot [create|restore] (ADR 0038). + snapshot [create|restore] (ADR 0038), + skill [add] (Epic #188). Ejemplo: b2g init mi-investigacion @@ -130,7 +134,7 @@ def b2g(ctx: click.Context, workspace: str | None) -> None: # Registrar subcomandos planos + grupos noun-verb read (#156), curate (#155), -# snapshot (#163, ADR 0038) +# snapshot (#163, ADR 0038), skill (Epic #188) b2g.add_command(init_cmd) b2g.add_command(seed_cmd) b2g.add_command(chain_cmd) @@ -151,6 +155,7 @@ def b2g(ctx: click.Context, workspace: str | None) -> None: b2g.add_command(gui_cmd) b2g.add_command(resolve_cmd) b2g.add_command(read_grp) +b2g.add_command(skill_grp) def main() -> int: diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/skill.py b/src/bib2graph/cli/commands/skill.py new file mode 100644 index 0000000..d7ec58a --- /dev/null +++ b/src/bib2graph/cli/commands/skill.py @@ -0,0 +1,257 @@ +"""cli.commands.skill — Grupo noun-verb ``b2g skill`` (Epic #188). + +Gestión de la skill vendida de bib2graph para Claude. + + ``skill add`` — instala la skill en ~/.claude/skills/bib2graph/ (scope + ``--user``, default) o en /.claude/skills/bib2graph/ + (scope ``--project``). + +La skill reside en ``src/bib2graph/skill/`` y se localiza vía +``importlib.resources.files("bib2graph") / "skill"`` con fallback a la ruta +relativa a ``__file__`` (árbol de desarrollo). + +Flags de ``skill add``: + --user / --project Scope de instalación (mutuamente excluyentes vía + ``flag_value``; default ``--user``). + --force Pisar el destino si ya existe. + +Comportamiento (idempotente — contrato en ADR 0039 / API.md): + - Destino no existe → instala. + - Destino existe e **idéntico** a la versión vendida → **no-op**, exit 0, lo + reporta (``already_present=True``). Re-correr el comando es seguro. + - Destino existe y **difiere** (edición del usuario u otra versión), sin + ``--force`` → ``UsageError`` (exit 1) que sugiere ``--force``. + - Con ``--force`` → pisa (``shutil.rmtree`` + ``shutil.copytree``). + - **NO requiere workspace** (es comando meta global; no llama a + ``resolve_workspace``). + - Emite envelope ``--json`` ``schema="1"`` con ``install_path``, ``scope``, + ``installed`` y ``already_present``. + - Sin transición de FSM (operación transversal al lazo, como ``gui``). +""" + +from __future__ import annotations + +import filecmp +import shutil +from pathlib import Path +from typing import Any + +import click + +from bib2graph.cli._envelope import build_envelope, emit, emit_human +from bib2graph.cli._errors import UsageError, handle_errors +from bib2graph.cli._options import json_mode, json_option + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helpers internos +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _locate_skill_source() -> Path: + """Localiza el directorio de la skill vendida en el paquete instalado. + + Intenta primero con ``importlib.resources.files`` (funciona en editable + install y en wheel instalado). Si no existe o falla, usa un fallback + relativo a ``__file__`` (árbol de desarrollo). + + Returns: + Path al directorio ``skill/`` que contiene ``SKILL.md`` y + ``reference/``. + + Raises: + RuntimeError: Si no se puede localizar el directorio en ninguna de + las dos rutas intentadas. + """ + import importlib.resources as _res + + # Primario: importlib.resources — funciona tanto en editable install + # (apunta a src/bib2graph/) como en wheel instalado. + try: + skill_dir = Path(str(_res.files("bib2graph"))) / "skill" + if skill_dir.exists() and (skill_dir / "SKILL.md").exists(): + return skill_dir + except Exception: + pass + + # Fallback: árbol de fuentes relativo a este archivo. + # Ruta: cli/commands/skill.py → cli/ → bib2graph/ → skill/ + fallback = Path(__file__).parent.parent.parent / "skill" + if fallback.exists() and (fallback / "SKILL.md").exists(): + return fallback + + raise RuntimeError( + "No se puede localizar el directorio de la skill vendida. " + "Verificá que el paquete bib2graph esté instalado correctamente " + "(src/bib2graph/skill/ debe contener SKILL.md)." + ) + + +def _trees_identical(a: Path, b: Path) -> bool: + """True si ``a`` y ``b`` tienen los mismos archivos con idéntico contenido. + + Comparación **por contenido** (``shallow=False``), recursiva. Si difiere + cualquier archivo, falta o sobra alguno, devuelve ``False``. Es la base de + la idempotencia: ``skill add`` es no-op solo si lo instalado coincide + exactamente con la versión vendida. + """ + cmp = filecmp.dircmp(str(a), str(b)) + if cmp.left_only or cmp.right_only or cmp.funny_files: + return False + _, mismatch, errors = filecmp.cmpfiles( + str(a), str(b), cmp.common_files, shallow=False + ) + if mismatch or errors: + return False + return all(_trees_identical(a / sub, b / sub) for sub in cmp.common_dirs) + + +def run_skill_add( + *, + scope: str, + force: bool, + cwd: Path | None = None, + home: Path | None = None, +) -> dict[str, Any]: + """Instala la skill de bib2graph en el directorio de Claude. + + Args: + scope: ``"user"`` (instala en ``~/.claude/skills/bib2graph/``) o + ``"project"`` (instala en ``/.claude/skills/bib2graph/``). + force: Si ``True``, pisa el destino si ya existe. + cwd: Directorio de trabajo para el scope ``"project"`` (inyectable + en tests; default: ``Path.cwd()``). + home: Directorio home para el scope ``"user"`` (inyectable en tests; + default: ``Path.home()``). + + Returns: + Dict con ``"install_path"`` (ruta absoluta), ``"scope"``, ``"installed"`` + (``True`` si copió/pisó, ``False`` si fue no-op) y ``"already_present"`` + (``True`` si la versión vendida ya estaba instalada). + + Raises: + UsageError: Si el destino existe, **difiere** de la versión vendida y + ``force=False``. + RuntimeError: Si no se puede localizar el directorio de la skill. + """ + effective_home = home if home is not None else Path.home() + effective_cwd = cwd if cwd is not None else Path.cwd() + + if scope == "user": + dest = effective_home / ".claude" / "skills" / "bib2graph" + else: + dest = effective_cwd / ".claude" / "skills" / "bib2graph" + + source = _locate_skill_source() + + # Idempotencia: si ya está exactamente la versión vendida → no-op. + if dest.exists() and _trees_identical(source, dest): + return { + "install_path": str(dest), + "scope": scope, + "installed": False, + "already_present": True, + } + + # Existe pero difiere (edición del usuario u otra versión): exige --force. + if dest.exists() and not force: + raise UsageError( + f"El destino ya existe y difiere de la versión vendida: {dest}. " + "Usá --force para pisar la instalación existente." + ) + + if dest.exists(): + shutil.rmtree(dest) + + shutil.copytree(source, dest) + + return { + "install_path": str(dest), + "scope": scope, + "installed": True, + "already_present": False, + } + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Grupo raíz +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@click.group("skill", invoke_without_command=True) +@click.pass_context +def skill_grp(ctx: click.Context) -> None: + """Gestión de la skill de bib2graph para Claude. + + Subcomandos: add. + + Ejemplos: + b2g skill add + b2g skill add --project + b2g skill add --force + """ + ctx.ensure_object(dict) + # Click 8.4: no_args_is_help=True en grupos termina con exit 2. + # Usamos invoke_without_command=True + check manual para exit 0 correcto. + if ctx.invoked_subcommand is None: + click.echo(ctx.get_help()) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# skill add +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@skill_grp.command("add") +@click.option( + "--user", + "scope", + flag_value="user", + default=True, + help="Instala la skill en ~/.claude/skills/bib2graph/ (default).", +) +@click.option( + "--project", + "scope", + flag_value="project", + help="Instala la skill en /.claude/skills/bib2graph/.", +) +@click.option( + "--force", + is_flag=True, + default=False, + help="Pisar el destino si ya existe.", +) +@json_option +@click.pass_context +@handle_errors("skill add") +def add_cmd( + ctx: click.Context, + scope: str, + force: bool, + json_output: bool, +) -> None: + """Instala la skill de bib2graph en el directorio de Claude. + + Por defecto instala en ~/.claude/skills/bib2graph/ (scope --user). + Con --project instala en /.claude/skills/bib2graph/. + + Es idempotente: si la versión vendida ya está instalada, no hace nada y lo + reporta. Si el destino existe pero difiere, use --force para pisarlo. + """ + data = run_skill_add(scope=scope, force=force) + + if json_mode(json_output): + envelope = build_envelope( + command="skill add", + ok=True, + data=data, + exit_code=0, + ) + emit(envelope) + elif data["already_present"]: + emit_human( + f"Skill ya instalada (versión vendida) en: {data['install_path']} " + "— nada que hacer." + ) + else: + emit_human(f"Skill instalada en: {data['install_path']}") diff --git a/src/bib2graph/skill/SKILL.md b/src/bib2graph/skill/SKILL.md new file mode 100644 index 0000000..c6706d8 --- /dev/null +++ b/src/bib2graph/skill/SKILL.md @@ -0,0 +1,177 @@ +--- +name: bib2graph +description: >- + Guía a un investigador para explorar literatura con bib2graph. Hace una + entrevista breve para elegir entre un barrido one-shot (rápido, ya útil) y un + refinamiento profundo (preciso, defendible), ayuda a elaborar la ecuación de + búsqueda, y corre el ciclo de forrajeo seed→chain→build→read. Usala cuando + alguien quiera hacer una revisión bibliográfica, mapear un campo o construir + redes de citación. Requiere bib2graph >= 0.10.0 (b2g). +--- + +# bib2graph — exploración bibliográfica con forrajeo asistido + +## Principio rector (leé esto primero) + +bib2graph asiste UN cuello de botella del ciclo de investigación: el +**forrajeo/chaining**, usando la **estructura bibliométrica como information +scent** (acoplamiento, co-citación, centralidad) — determinista, **sin IA +generativa**. El juicio sigue siendo del investigador: formular la pregunta, +dejar que la query mute, curar, interpretar las redes. + +Dos cosas que no se negocian en cómo asistís: + +1. **El one-shot es un entregable real.** Una sola pasada (seed→chain→build→read) + ya entrega valor: para un estudiante con una tarea, es más que suficiente y + mejor que nada. Ofrecelo de entrada y corrélo hasta un resultado. +2. **Mostrá que es el trabajo a la mitad.** Al terminar el one-shot, mostrá dónde + queda en el ciclo y que **profundizar con criterio humano eleva la calidad** + (curar, refinar la ecuación, leer las tensiones). No impongas: invitá. + +El eje teórico (el ciclo humano de exploración bibliográfica y dónde asiste la +herramienta) está en `reference/ciclo.md`. + +## La entrevista (híbrida: núcleo fijo + ramas) + +Preguntá SIEMPRE estas tres antes de proponer nada: + +1. **¿Qué querés lograr?** — una tarea/ensayo rápido · mapear un campo nuevo · + una revisión sistemática defendible · monitorear un tema en el tiempo. +2. **¿De qué partís?** — solo un tema (→ ecuación de búsqueda) · ya tenés papers + clave o un `.bib` (→ semillas con `seed --from-bib`). +3. **¿Precisión vs. esfuerzo?** — "algo bueno, ya" · "lo más exhaustivo y preciso + posible". + +Según la respuesta 1, ramificá: + +| Género | Estrategia por defecto | +|---|---| +| Tarea/ensayo rápido | **One-shot.** Una pasada amplia; mostrar el mapa al final. | +| Mapear un campo | **One-shot amplio** (`chain --depth 1`, `read top`). | +| Revisión sistemática | **Profundizar:** lazo seed→chain→curate→build→read + `snapshot`. | +| Monitoreo | One-shot ahora; más adelante `chain --since` (fuera de v1). | + +**Regla de decisión:** si pidió "ya / algo bueno" o la pregunta todavía es difusa +→ **one-shot**. Si pidió exhaustividad/precisión y el tema está acotado → +**profundizar**. Ante la duda, hacé el one-shot primero y ofrecé profundizar. + +## Camino A — One-shot (siempre disponible) + +``` +b2g init +b2g seed --equation "" # o: seed --from-bib refs.bib +b2g chain --depth 1 +b2g build +b2g read top +``` + +Qué entrega: un set de papers forrajeado por scent + las redes + los más +centrales. Al terminar, mostrá el **mapa "estás acá"** (sección abajo) y ofrecé +la retroalimentación. + +## Camino B — Profundizar y refinar + +El lazo no-lineal (la query muta al leer): + +``` +b2g seed --equation "..." # o --from-bib +b2g chain --depth N --direction backward # y/o forward +b2g curate filter --year-gte 2015 --language en --min-citations 5 +b2g curate reject --ids ... # decisión HUMANA +b2g curate accept --ids ... # decisión HUMANA +b2g build --scope accepted +b2g read top / read show +# ↳ el humano lee, muta la ecuación, vuelve a seed ⟲ +b2g snapshot create # congela el set reproducible (PRISMA) +``` + +Acá la skill **ejecuta** seed/chain/build/read y **prepara** las opciones de +curate, pero la decisión de aceptar/rechazar y de mutar la ecuación es del +investigador. Presentá el material; no decidas por él. + +## Elaborar la ecuación de búsqueda + +De idea difusa → `seed --equation "..."`: + +- **Conceptos núcleo** (2–4) + **sinónimos** por concepto. +- **Estructura booleana**: sinónimos con OR dentro del concepto, conceptos con + AND entre sí. Ej: + `("unequal exchange" OR "ecological debt") AND (trade OR commerce)`. +- **Scope**: `--min-year/--max-year`, `--exclude ""`. +- **Cuándo dejarla mutar (Bates):** tras `read top`, si los centrales revelan un + término mejor o un subcampo, **refiná la ecuación y re-`seed`**. Eso es señal de + buen forrajeo, no de error. + +## El mapa "estás acá" (mostralo tras el one-shot) + +Tras un one-shot, mostrá algo así: + +``` +Hiciste 1 de las ~3 vueltas del ciclo: + [✓] semillas → forrajeo → redes → centrales ← estás acá + [ ] curar (aceptar/rechazar con criterio) ............ +precisión + [ ] refinar la ecuación y volver a forrajear ......... +cobertura + [ ] congelar un set reproducible (snapshot) ......... +defendible + +Tenés un buen punto de partida. Si esto es para una tarea, ya alcanza. +Si necesitás algo defendible o más preciso, puedo ayudarte a profundizar. +``` + +## Retroalimentación (cerrá el lazo — hacelo fácil) + +Dar feedback es muy importante: es lo que mejora la skill con uso real. Al +terminar (one-shot o profundización), preguntá: + +> ¿Querés ayudar a mejorar bib2graph contando cómo te fue? (sí / no) + +Si responde **sí**: + +1. **Armá un resumen de la interacción sin datos personales.** Sacá nombre, + email, institución y cualquier dato identificable; si el tema de investigación + es sensible, generalizalo (p. ej. "un tema de economía ecológica" en vez de la + pregunta exacta). **Dejá** la interacción del usuario: género elegido, la + decisión one-shot vs profundizar, dónde dudó, qué funcionó, qué costó, qué faltó. +2. **Dejalo listo para copiar y pegar** en el bloque de abajo. +3. **Dale el link de una vez:** https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/new + Si el cuerpo es corto, ofrecé además un link prellenado (ver más abajo). + +Bloque a entregar (rellenalo y mostralo en un fence para copiar): + +``` +Título: feedback(skill): +Label sugerida: enhancement (idea) | bug (algo falló) + +## Contexto +- Género: +- Estrategia: one-shot | profundización +- Versión: + +## Qué funcionó + + +## Fricción / qué costó + + +## Qué faltó / ideas + + +## (opcional) Pasos corridos +seed ... / chain ... / build / read ... +``` + +Link prellenado (solo si el cuerpo entra en la URL; si queda muy largo, usá el +bloque copy-paste de arriba): +`https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/new?title=feedback(skill):%20<...>&labels=enhancement&body=` + +## Referencia de comandos (v1) + +- `seed` — `--equation` · `--from-bib` · `--exclude` · `--min-year/--max-year` · + `--max-results` · `--resolve` +- `chain` — `--depth` · `--direction backward|forward` · `--max-candidates` · + `--preview` +- `curate {dump,apply,accept,reject,filter}` — `--ids` · `--language` · + `--min-citations` · `--type` · `--year-gte/--year-lte` · `--scope` +- `build` — `--spec` · `--scope` · `--min-weight` +- `read {list,stats,show,top}` + +Para cualquier flag, `b2g --help` es la fuente autoritativa. diff --git a/src/bib2graph/skill/reference/ciclo.md b/src/bib2graph/skill/reference/ciclo.md new file mode 100644 index 0000000..6ef9fc4 --- /dev/null +++ b/src/bib2graph/skill/reference/ciclo.md @@ -0,0 +1,38 @@ +# El ciclo humano de exploración bibliográfica (eje teórico) + +Resumen operativo de la Nota 05 (`docs/Notas/05-ciclo-investigacion-humano.md`) para +la skill. Modela el ciclo **iterativo y no-lineal** de exploración bibliográfica y marca +**dónde asiste bib2graph** y dónde el juicio es **irreductiblemente humano**. + +## El ciclo (no lineal: lazo 2→3→4→1) + +| Paso | Qué pasa | Verbo bib2graph | Quién | +|---|---|---|---| +| 0 | Idea / pregunta difusa (Kuhlthau: alta incertidumbre) | — *(la entrevista asiste)* | **Humano** | +| 1 | Semillas (el "grano", pearl growing) | `seed --equation` / `seed --from-bib` | mixto | +| 2 | Chaining / forrajeo (snowballing back/forward) | `chain --depth --direction` | **Herramienta** | +| 3 | Browsing / diferenciar | `read top/show`, `build` | mixto | +| 4 | La query y la idea **mutan** (Bates: berrypicking) | refinar `--equation` / re-`seed` | **Humano** | +| 5 | Organizar en evidencia (concept matrix) | `build` + `read` | Herramienta | +| 6 | Sensemaking / tensiones | leer las redes | **Humano** | +| 7 | Curar la biblioteca (berry *growing*) | `curate accept/reject/filter`, `snapshot create` | **Humano** decide | +| 8 | Monitorear (alertas de lo nuevo) | `chain --since` | Herramienta | + +## El punto clave + +La **bibliometría es el information scent**: el candidato se prioriza por cuánto se +**acopla / co-cita / es central** respecto del corpus curado — **estructura, no IA**, y por +eso reproducible. Trade-off honesto: rankear por estructura presente sesga hacia lo +central/popular (efecto Mateo); el scent **prioriza**, la exhaustividad la sostienen los +filtros (PRISMA) en `curate`. + +**Irreductiblemente humanos:** pasos 0, 4, 6, 7. La herramienta **no automatiza el juicio**: +asiste el forrajeo con estructura y le da al humano el material para el sensemaking. + +## Tradiciones que lo fundamentan + +- **Information Seeking (LIS):** Kuhlthau (ISP, dimensión afectiva), Ellis (chaining), + Bates (berrypicking: la búsqueda no es lineal). +- **Foraging + Sensemaking (HCI):** Pirolli & Card (information scent, foraging/sensemaking loops). +- **Revisión sistemática:** Wohlin (snowballing), SALSA, Webster & Watson (concept matrix), + vom Brocke (rigor del proceso), PRISMA. diff --git a/tests/unit/test_packaging_config.py b/tests/unit/test_packaging_config.py index e94283d..4590e52 100644 --- a/tests/unit/test_packaging_config.py +++ b/tests/unit/test_packaging_config.py @@ -1,12 +1,17 @@ -"""Guard de regresión del empaquetado G5 — config ``force-include`` en pyproject.toml. +"""Guard de regresión del empaquetado — config del wheel en pyproject.toml. -Verifica que la clave ``tool.hatch.build.targets.wheel.force-include`` existe y -mapea ``src/bib2graph/gui/static`` al destino esperado dentro del wheel. +Cubre dos invariantes: -Esto es un **guard de config**, no un build real: comprueba que nadie eliminó -accidentalmente la clave que vendorea el frontend al wheel (ADR 0028 §B.1, G5). -Sin esta clave, hatchling omite ``gui/static/`` (gitignored) y el wheel sale sin -frontend aunque ``pnpm build`` haya corrido. +1. ``force-include`` mapea ``src/bib2graph/gui/static`` → ``bib2graph/gui/static`` + (frontend GUI, gitignored; ADR 0028 §B.1, G5). Sin esa clave hatchling omite + el frontend y el wheel sale sin GUI. +2. La skill vendida (``src/bib2graph/skill/``, Epic #188) es **fuente commiteada** + bajo el paquete → la incluye ``packages = ["src/bib2graph"]``. NO debe estar en + ``force-include``: duplicarla rompe el build ("A second file is being added to + the wheel archive at the same path"). ``b2g skill add`` la lee vía + ``importlib.resources.files('bib2graph') / 'skill'``. + +Esto es un **guard de config**, no un build real. Marcador: ``unit`` (puro, sin I/O de build). """ @@ -77,3 +82,42 @@ def test_force_include_mapea_gui_static() -> None: f"force-include['{src_key}'] = '{force[src_key]}', se esperaba '{dest_val}'. " "El destino dentro del wheel debe ser 'bib2graph/gui/static'." ) + + +@pytest.mark.unit +def test_skill_es_fuente_commiteada_no_force_include() -> None: + """La skill se incluye por ``packages``, NO por ``force-include`` (Epic #188). + + La skill vive bajo ``src/bib2graph/skill/`` (fuente commiteada), así que + ``packages = ["src/bib2graph"]`` ya la vendea en el wheel. Si alguien la + agrega a ``force-include``, hatchling la duplica y el build falla con + "A second file is being added to the wheel archive at the same path". + Este guard fija que NO esté en force-include y que el SKILL.md exista. + """ + try: + import tomllib + except ImportError: + import tomli as tomllib # type: ignore[no-redef] + + with open(_PYPROJECT, "rb") as fh: + cfg = tomllib.load(fh) + + force = ( + cfg.get("tool", {}) + .get("hatch", {}) + .get("build", {}) + .get("targets", {}) + .get("wheel", {}) + .get("force-include", {}) + ) + assert "src/bib2graph/skill" not in force, ( + "src/bib2graph/skill NO debe estar en force-include: ya entra por " + "packages=['src/bib2graph'] y duplicarla rompe el build (doble inclusión)." + ) + + # La skill debe existir como fuente commiteada para que packages la incluya. + skill_md = _PYPROJECT.parent / "src" / "bib2graph" / "skill" / "SKILL.md" + assert skill_md.exists(), ( + f"No existe {skill_md}. La skill vendida debe vivir bajo " + "src/bib2graph/skill/ para que el wheel la incluya vía packages." + ) diff --git a/tests/unit/test_skill_add.py b/tests/unit/test_skill_add.py new file mode 100644 index 0000000..36ed376 --- /dev/null +++ b/tests/unit/test_skill_add.py @@ -0,0 +1,478 @@ +"""Tests del comando ``b2g skill add`` (Epic #188). + +Casos cubiertos: + +Registro en el CLI: + 1. ``skill`` aparece en ``b2g --help``. + 2. ``skill add`` aparece en ``b2g skill --help``. + +Instalación por scope: + 3. ``skill add --user`` escribe SKILL.md + reference/ciclo.md bajo + ``/.claude/skills/bib2graph/``. + 4. ``skill add --project`` escribe SKILL.md bajo + ``/.claude/skills/bib2graph/``. + +Comportamiento de --force: + 5. Sin ``--force`` sobre destino existente → exit ≠ 0 + mensaje accionable. + 6. Con ``--force`` sobre destino existente → pisa y sale con exit 0. + +Default scope: + 7. Sin flag de scope → comportamiento idéntico a ``--user``. + +Envelope JSON: + 8. ``skill add --json`` emite envelope ``schema="1"`` válido en stdout + (parseable, una sola línea). + +Sin workspace: + 9. Corre OK en un directorio sin ``workspace.json``. + +Version-lock (load-bearing): + 10. ``importlib.resources.files("bib2graph") / "skill" / "SKILL.md"`` + existe y es legible — garantiza que skill == paquete. + +Anti-drift (load-bearing — sostiene la promesa central): + 11. Parsea el SKILL.md vendido, extrae todos los comandos invocados con + prefijo ``b2g ``, y verifica que cada top-level y cada subcomando + mencionado existen en el grupo ``b2g``. Si SKILL.md menciona un + verbo que el CLI no expone, este test falla. + +Filosofía (AGENTS.md): se testea la FUNCIÓN detrás del comando cuando es +posible; CliRunner solo donde hay integración necesaria. +Marcador: ``unit`` (sin red ni DuckDB; operaciones de filesystem en tmp_path). +""" + +from __future__ import annotations + +import json +import re +from pathlib import Path +from typing import Any +from unittest.mock import patch + +import pytest +from click.testing import CliRunner + +from bib2graph.cli import b2g +from bib2graph.cli.commands.skill import run_skill_add + +pytestmark = pytest.mark.unit + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Fixtures compartidas +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.fixture() +def runner() -> CliRunner: + """CliRunner (Click 8.2+ separa stdout/stderr por defecto).""" + return CliRunner() + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 1. Registro: skill en b2g --help +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_skill_aparece_en_b2g_help(runner: CliRunner) -> None: + """``skill`` aparece listado en ``b2g --help``.""" + result = runner.invoke(b2g, ["--help"]) + assert result.exit_code == 0, f"b2g --help falló: {result.output!r}" + assert "skill" in result.output, ( + "El grupo 'skill' no aparece en b2g --help. " + "Verificá que skill_grp esté registrado en cli/__init__.py." + ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 2. Registro: skill add en b2g skill --help +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_skill_add_aparece_en_skill_help(runner: CliRunner) -> None: + """``skill add`` aparece listado en ``b2g skill --help``.""" + result = runner.invoke(b2g, ["skill", "--help"]) + assert result.exit_code == 0, f"b2g skill --help falló: {result.output!r}" + assert "add" in result.output, "El subcomando 'add' no aparece en b2g skill --help." + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 3. Instalación --user +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_skill_add_user_copia_archivos(tmp_path: Path) -> None: + """``skill add --user`` copia SKILL.md + reference/ciclo.md bajo /.claude/.""" + data = run_skill_add(scope="user", force=False, home=tmp_path) + + assert data["scope"] == "user" + install_path = Path(data["install_path"]) + assert install_path == tmp_path / ".claude" / "skills" / "bib2graph" + + skill_md = install_path / "SKILL.md" + ciclo_md = install_path / "reference" / "ciclo.md" + + assert skill_md.exists(), f"SKILL.md no fue copiado a {skill_md}" + assert skill_md.stat().st_size > 0, "SKILL.md está vacío" + assert ciclo_md.exists(), f"reference/ciclo.md no fue copiado a {ciclo_md}" + + +@pytest.mark.unit +def test_skill_add_user_via_cli(tmp_path: Path, runner: CliRunner) -> None: + """``b2g skill add --user`` escribe SKILL.md bajo /.claude/... (CliRunner).""" + with patch.object(Path, "home", return_value=tmp_path): + result = runner.invoke(b2g, ["skill", "add", "--user"], catch_exceptions=False) + + assert result.exit_code == 0, ( + f"Falló con exit {result.exit_code}: {result.output!r}" + ) + skill_md = tmp_path / ".claude" / "skills" / "bib2graph" / "SKILL.md" + assert skill_md.exists(), f"SKILL.md no fue instalado en {skill_md}" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 4. Instalación --project +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_skill_add_project_copia_archivos(tmp_path: Path) -> None: + """``skill add --project`` copia SKILL.md bajo /.claude/skills/bib2graph/.""" + data = run_skill_add(scope="project", force=False, cwd=tmp_path) + + assert data["scope"] == "project" + install_path = Path(data["install_path"]) + assert install_path == tmp_path / ".claude" / "skills" / "bib2graph" + + skill_md = install_path / "SKILL.md" + assert skill_md.exists(), f"SKILL.md no fue copiado a {skill_md}" + + +@pytest.mark.unit +def test_skill_add_project_via_cli(tmp_path: Path, runner: CliRunner) -> None: + """``b2g skill add --project`` escribe SKILL.md bajo /.claude/... (CliRunner).""" + with patch.object(Path, "cwd", return_value=tmp_path): + result = runner.invoke( + b2g, ["skill", "add", "--project"], catch_exceptions=False + ) + + assert result.exit_code == 0, ( + f"Falló con exit {result.exit_code}: {result.output!r}" + ) + skill_md = tmp_path / ".claude" / "skills" / "bib2graph" / "SKILL.md" + assert skill_md.exists(), f"SKILL.md no fue instalado en {skill_md}" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 5. Sin --force sobre destino existente → error accionable +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_skill_add_idempotente_noop(tmp_path: Path) -> None: + """Re-correr con la versión vendida ya instalada → no-op (idempotente). + + Contrato ADR 0039 / API.md: sin --force, si ya está la versión vendida, + no hace nada y lo reporta (no falla). + """ + d1 = run_skill_add(scope="user", force=False, home=tmp_path) + assert d1["installed"] is True + assert d1["already_present"] is False + + d2 = run_skill_add(scope="user", force=False, home=tmp_path) + assert d2["installed"] is False, "Re-correr idéntico debe ser no-op." + assert d2["already_present"] is True + assert d2["install_path"] == d1["install_path"] + + +@pytest.mark.unit +def test_skill_add_sin_force_destino_difiere_falla(tmp_path: Path) -> None: + """Sin --force, si el destino existe y DIFIERE de la vendida → UsageError.""" + from bib2graph.cli._errors import UsageError + + # Primera instalación + run_skill_add(scope="user", force=False, home=tmp_path) + + # Ensuciar la instalación para que difiera de la versión vendida + installed = tmp_path / ".claude" / "skills" / "bib2graph" / "SKILL.md" + installed.write_text( + installed.read_text(encoding="utf-8") + "\n\n", + encoding="utf-8", + ) + + # Segunda instalación sin --force sobre destino divergente → debe fallar + with pytest.raises(UsageError) as exc_info: + run_skill_add(scope="user", force=False, home=tmp_path) + + assert "--force" in str(exc_info.value), ( + "El mensaje de error debe sugerir --force. " + f"Mensaje obtenido: {exc_info.value!r}" + ) + + +@pytest.mark.unit +def test_skill_add_sin_force_via_cli_exit_no_cero( + tmp_path: Path, runner: CliRunner +) -> None: + """``b2g skill add`` sin --force sobre destino divergente → exit ≠ 0.""" + # Primera instalación OK + with patch.object(Path, "home", return_value=tmp_path): + r1 = runner.invoke(b2g, ["skill", "add", "--user"]) + assert r1.exit_code == 0 + + # Ensuciar la instalación para que difiera + installed = tmp_path / ".claude" / "skills" / "bib2graph" / "SKILL.md" + installed.write_text( + installed.read_text(encoding="utf-8") + "\n\n", + encoding="utf-8", + ) + + # Segunda invocación sin --force → error + with patch.object(Path, "home", return_value=tmp_path): + r2 = runner.invoke(b2g, ["skill", "add", "--user"]) + assert r2.exit_code != 0, ( + "Se esperaba exit ≠ 0 cuando el destino difiere y no se pasa --force." + ) + assert "--force" in r2.output or "--force" in (r2.stderr or ""), ( + "El mensaje de error no sugiere --force." + ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 6. Con --force sobre destino existente → pisa OK +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_skill_add_force_pisa_destino(tmp_path: Path) -> None: + """Con --force, pisa un destino divergente y restaura la versión vendida.""" + # Primera instalación + run_skill_add(scope="user", force=False, home=tmp_path) + install_path = tmp_path / ".claude" / "skills" / "bib2graph" + skill_md = install_path / "SKILL.md" + vendored = skill_md.read_text(encoding="utf-8") + + # Ensuciar la instalación + skill_md.write_text(vendored + "\n\n", encoding="utf-8") + + # --force pisa → restaura exactamente la versión vendida + data = run_skill_add(scope="user", force=True, home=tmp_path) + assert data["installed"] is True + assert Path(data["install_path"]).exists() + assert skill_md.read_text(encoding="utf-8") == vendored, ( + "--force debe restaurar la versión vendida (sin restos de la edición)." + ) + + +@pytest.mark.unit +def test_skill_add_force_via_cli(tmp_path: Path, runner: CliRunner) -> None: + """``b2g skill add --force`` pisa el destino y sale con exit 0 (CliRunner).""" + # Primera instalación + with patch.object(Path, "home", return_value=tmp_path): + r1 = runner.invoke(b2g, ["skill", "add", "--user"]) + assert r1.exit_code == 0 + + # Segunda con --force → debe salir 0 + with patch.object(Path, "home", return_value=tmp_path): + r2 = runner.invoke(b2g, ["skill", "add", "--user", "--force"]) + assert r2.exit_code == 0, ( + f"--force debería pisar OK, pero falló con exit {r2.exit_code}: {r2.output!r}" + ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 7. Default scope → --user +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_skill_add_default_scope_es_user(tmp_path: Path) -> None: + """Sin flag de scope, run_skill_add usa scope='user' por defecto.""" + # Verificamos llamando la función directamente con scope="user" + data_user = run_skill_add(scope="user", force=False, home=tmp_path) + + # Y llamando vía CLI sin flag de scope (usando patch de home) + home2 = tmp_path / "home2" + home2.mkdir() + with patch.object(Path, "home", return_value=home2): + runner = CliRunner() + result = runner.invoke(b2g, ["skill", "add"], catch_exceptions=False) + + assert result.exit_code == 0 + # Debe instalar en home2/.claude/skills/bib2graph/ (scope user por defecto) + expected = home2 / ".claude" / "skills" / "bib2graph" / "SKILL.md" + assert expected.exists(), ( + f"El default scope no fue 'user': SKILL.md no encontrado en {expected}. " + "Verificá que --user tenga default=True en el comando add." + ) + # El path de data_user tampoco debe coincidir con project + assert ".claude/skills" in data_user["install_path"].replace("\\", "/") + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 8. Envelope --json +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_skill_add_json_envelope_valido(tmp_path: Path, runner: CliRunner) -> None: + """``skill add --json`` emite envelope schema='1' válido en stdout (1 sola línea).""" + with patch.object(Path, "home", return_value=tmp_path): + result = runner.invoke( + b2g, ["skill", "add", "--user", "--json"], catch_exceptions=False + ) + + assert result.exit_code == 0, f"Falló: {result.output!r}" + + # stdout debe tener exactamente una línea no vacía + lines = [ln for ln in result.stdout.splitlines() if ln.strip()] + assert len(lines) == 1, ( + f"Se esperaba 1 línea en stdout, se obtuvieron {len(lines)}:\n{result.stdout!r}" + ) + + envelope: dict[str, Any] = json.loads(lines[0]) + assert envelope.get("schema") == "1", ( + f"schema incorrecto: {envelope.get('schema')!r}" + ) + assert envelope.get("ok") is True, f"ok debería ser True: {envelope!r}" + assert envelope.get("command") == "skill add", ( + f"command incorrecto: {envelope.get('command')!r}" + ) + assert envelope.get("exit_code") == 0 + + data = envelope.get("data", {}) + assert "install_path" in data, f"data no contiene 'install_path': {data!r}" + assert "scope" in data, f"data no contiene 'scope': {data!r}" + assert data["scope"] == "user" + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 9. Sin workspace → OK +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_skill_add_sin_workspace(tmp_path: Path, runner: CliRunner) -> None: + """``skill add`` corre OK en un directorio sin workspace.json.""" + home_dir = tmp_path / "home" + home_dir.mkdir() + # tmp_path no tiene workspace.json — debe funcionar igual + with ( + patch.object(Path, "home", return_value=home_dir), + runner.isolated_filesystem(temp_dir=tmp_path), + ): + result = runner.invoke(b2g, ["skill", "add", "--user"], catch_exceptions=False) + + assert result.exit_code == 0, ( + f"skill add falló sin workspace (exit {result.exit_code}): {result.output!r}" + ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 10. Version-lock (load-bearing) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_skill_md_accesible_via_importlib_resources() -> None: + """importlib.resources.files('bib2graph') / 'skill' / 'SKILL.md' existe y es legible. + + Garantía de que la skill vendida está incluida en el paquete instalado. + Si este test falla, la instalación via 'b2g skill add' entregará un + directorio vacío o fallará. + """ + import importlib.resources as _res + + skill_path = _res.files("bib2graph") / "skill" / "SKILL.md" + # Convertir a Path para poder usar .exists() y .read_text() + skill_file = Path(str(skill_path)) + assert skill_file.exists(), ( + f"SKILL.md no encontrado en {skill_file}. " + "Verificá que src/bib2graph/skill/ esté incluido en el paquete " + "(pyproject.toml [tool.hatch.build.targets.wheel.force-include])." + ) + content = skill_file.read_text(encoding="utf-8") + assert len(content) > 100, ( + f"SKILL.md parece estar vacío o truncado (len={len(content)})." + ) + assert "bib2graph" in content, "SKILL.md no contiene la palabra 'bib2graph'." + + +@pytest.mark.unit +def test_skill_reference_ciclo_accesible() -> None: + """reference/ciclo.md también es accesible vía importlib.resources.""" + import importlib.resources as _res + + ciclo_path = _res.files("bib2graph") / "skill" / "reference" / "ciclo.md" + ciclo_file = Path(str(ciclo_path)) + assert ciclo_file.exists(), ( + f"reference/ciclo.md no encontrado en {ciclo_file}. " + "Verificá que src/bib2graph/skill/reference/ esté incluido en el paquete." + ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 11. Anti-drift (load-bearing — sostiene la promesa central) +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_skill_md_anti_drift_comandos_en_cli() -> None: + """Todos los verbos b2g mencionados en SKILL.md están registrados en el CLI. + + Parsea el SKILL.md vendido, extrae todos los patrones ``b2g []`` + (ignorando flags ``--foo`` y placeholders ``<...>``), y verifica que: + - Cada ```` de primer nivel está en ``b2g.commands``. + - Cada ```` (cuando existe y es un token-palabra) está en el grupo + correspondiente. + + Si SKILL.md menciona un verbo que el CLI no expone, este test FALLA. + Esto impide que el skill describa comandos inexistentes (drift). + """ + import importlib.resources as _res + + # 1. Leer SKILL.md + skill_path = Path(str(_res.files("bib2graph") / "skill" / "SKILL.md")) + text = skill_path.read_text(encoding="utf-8") + + # 2. Extraer patrones: b2g [] + # \w+ captura solo chars de palabra (a-z, A-Z, 0-9, _) — filtra + # automáticamente flags (--foo) y placeholders (<...>). + # [ \t] (no \s) para NO cruzar saltos de línea: con \s, "b2g build\nb2g + # read" capturaría (build, b2g) — el subcomando debe estar en la misma línea. + pattern = re.compile(r"b2g[ \t]+(\w+)(?:[ \t]+(\w+))?") + raw_matches = pattern.findall(text) + + assert raw_matches, ( + "No se encontraron patrones 'b2g ' en SKILL.md. " + "¿El SKILL.md fue vaciado o la regex rota?" + ) + + # 3. Construir el conjunto único de (cmd, subcmd) a verificar + to_check: set[tuple[str, str]] = set() + for cmd, subcmd in raw_matches: + # cmd nunca puede ser vacío dado el regex; subcmd puede ser '' + to_check.add((cmd, subcmd)) + + # 4. Verificar contra b2g.commands + b2g_cmds: dict[str, Any] = b2g.commands # type: ignore[attr-defined] + + for cmd, subcmd in sorted(to_check): + assert cmd in b2g_cmds, ( + f"Comando top-level '{cmd}' mencionado en SKILL.md no está " + f"registrado en el grupo b2g. " + f"Comandos registrados: {sorted(b2g_cmds.keys())}. " + "Actualizá SKILL.md o registrá el comando." + ) + if subcmd: + group_obj = b2g_cmds[cmd] + # Obtener subcomandos si el objeto es un grupo Click + sub_cmds: dict[str, Any] = getattr(group_obj, "commands", {}) + assert subcmd in sub_cmds, ( + f"Subcomando '{cmd} {subcmd}' mencionado en SKILL.md no está " + f"registrado. Subcomandos de '{cmd}': {sorted(sub_cmds.keys())}. " + "Actualizá SKILL.md o registrá el subcomando." + ) From 9c81be8f0c32e0d65a0ce8d98c2d271a8199d073 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sun, 28 Jun 2026 14:22:19 -0500 Subject: [PATCH 24/27] =?UTF-8?q?feat(skill):=20salida=20ag=C3=A9ntica=20e?= =?UTF-8?q?xpl=C3=ADcita=20en=20`skill=20add`=20(ruta=20+=20c=C3=B3mo=20op?= =?UTF-8?q?era=20+=20leelo)=20(#194)?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Para que un agente de CUALQUIER proveedor (no solo Claude Code) pueda operar bib2graph, la salida es explícita sobre el artículo a leer, sin depender del descubrimiento de skills del cliente. - Salida humana y envelope dicen DÓNDE quedó el SKILL.md, explican a grandes rasgos cómo opera bib2graph (entrevista + ciclo seed→chain→build→read), y piden leer ese archivo. - `data` del envelope gana campos aditivos `skill_md`, `reference_dir`, `how_to` (schema="1" intacto) → un agente se auto-onboardea desde el --json. - Primer puente hacia la distribución agnóstica al proveedor de 0.11.0 (#193). - Docs: API.md + ADR 0039. Tests: data agéntico + salida humana explícita. Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- docs/API.md | 8 +- .../0039-skill-comando-meta-distribucion.md | 11 ++- src/bib2graph/cli/commands/skill.py | 77 ++++++++++++++----- tests/unit/test_skill_add.py | 47 +++++++++++ 4 files changed, 118 insertions(+), 25 deletions(-) diff --git a/docs/API.md b/docs/API.md index 29cc82a..621deed 100644 --- a/docs/API.md +++ b/docs/API.md @@ -560,8 +560,12 @@ llegó a ~20 subcomandos) se **consolidó** en una superficie que mapea 1:1 el c (comando meta global, no requiere `workspace.json` ni resolución de ambiente) y **emite el envelope `--json` `schema="1"` SIN transición de FSM** (ortogonal al lazo, igual que `gui`/`resolve`). La skill es **markdown sin dependencias Python** (no usa IA en el producto, ADR 0022: la IA está en el - Claude Code del usuario). *(El `data` emitido es `{install_path, scope, installed, - already_present}`, `schema="1"` intacto.)* + Claude Code del usuario). **Salida agéntica (AgenticExperience):** tanto la salida humana como el + envelope son **explícitos sobre dónde está el artículo y piden leerlo**, para que un agente de + **cualquier** proveedor pueda auto-onboardearse aunque no use el descubrimiento de Claude Code. *(El + `data` emitido es `{install_path, scope, installed, already_present, skill_md, reference_dir, + how_to}`, `schema="1"` intacto: `skill_md` es la ruta al `SKILL.md` y `how_to` el resumen a grandes + rasgos.)* - **`resolve`** (issues #110/#112, AS-BUILT, ADR [0035](decisiones/0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md), 20° subcomando): **resuelve los DOIs del corpus a IDs de OpenAlex (`source_id`)** — cierra el **GAP-1** del flujo BibTeX e2e. Los papers diff --git a/docs/decisiones/0039-skill-comando-meta-distribucion.md b/docs/decisiones/0039-skill-comando-meta-distribucion.md index a5f64fb..f9be4d4 100644 --- a/docs/decisiones/0039-skill-comando-meta-distribucion.md +++ b/docs/decisiones/0039-skill-comando-meta-distribucion.md @@ -103,8 +103,13 @@ un comando **meta/distribución**, NO un paso del ciclo de investigación. El co - **Funciona sin workspace:** es un comando **meta global**, no requiere `workspace.json` ni resolución de ambiente (como `init` al crear, o como `gui`/`resolve` que no transicionan). - **Emite el envelope `--json` `schema="1"` SIN transición de FSM** (igual que `gui`/`resolve`): - es ortogonal al lazo. *(El `data` emitido es `{install_path, scope, installed, already_present}`, - `schema="1"` intacto; documentado en `docs/API.md`.)* + es ortogonal al lazo. *(El `data` emitido es `{install_path, scope, installed, already_present, + skill_md, reference_dir, how_to}`, `schema="1"` intacto; documentado en `docs/API.md`.)* + - **Salida agéntica (AgenticExperience):** la salida —humana y `--json`— es **explícita sobre dónde + quedó el `SKILL.md` y pide leerlo**, con un resumen `how_to` de cómo opera bib2graph a grandes + rasgos. Esto vuelve la skill **auto-descubrible por un agente de cualquier proveedor** (no solo + Claude Code) sin depender del mecanismo de descubrimiento del cliente — el primer puente hacia la + distribución agnóstica del 0.11.0 ([#193](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/193)). ### La historia de uso (cómo llega la skill al investigador) @@ -139,7 +144,7 @@ legible para un agente. - **`docs/API.md` documenta una 2.ª excepción meta**: `skill` con `skill add` y sus flags, la reconciliación del conteo ("10 + gui + skill") y la nota de empaquetado (la skill entra por `packages`, **no** por `force-include`). El `data` del envelope es `{install_path, scope, installed, - already_present}` (`schema="1"` intacto). + already_present, skill_md, reference_dir, how_to}` (`schema="1"` intacto). - **El wheel engorda con la skill** (markdown, peso menor); al ser fuente del paquete entra por `packages` sin config extra. *(`pyproject.toml`/CI son del `coder`.)* - **Mantener la skill al día con el ciclo.** Si el ciclo del 0037 cambia (futuro ADR), la skill diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/skill.py b/src/bib2graph/cli/commands/skill.py index d7ec58a..f02207c 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/skill.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/skill.py @@ -105,6 +105,40 @@ def _trees_identical(a: Path, b: Path) -> bool: return all(_trees_identical(a / sub, b / sub) for sub in cmp.common_dirs) +# Resumen "a grandes rasgos" de cómo opera bib2graph, para que un agente de +# CUALQUIER proveedor (no solo Claude Code) sepa qué es esto y vaya al SKILL.md. +# (La integración real depende del cliente; esto la hace auto-descubrible: la +# salida del CLI dice dónde está el artículo y pide leerlo. Ver #193 para la +# distribución agnóstica al proveedor de 0.11.0.) +_HOW_IT_WORKS = ( + "bib2graph entrevista al investigador y corre el ciclo de forrajeo " + "seed→chain→build→read (one-shot o profundizando), priorizando candidatos " + "por estructura de citación (determinista, sin IA). El SKILL.md trae la " + "entrevista y cómo operar cada paso." +) + + +def _build_result( + dest: Path, scope: str, *, installed: bool, already_present: bool +) -> dict[str, Any]: + """Arma el dict de resultado de ``skill add``. + + Incluye las rutas que un agente necesita para **leer** la skill —``skill_md`` + y ``reference_dir``— y el resumen ``how_to``, de modo que un agente agnóstico + al proveedor pueda auto-onboardearse desde la salida ``--json`` sin depender + del mecanismo de descubrimiento de Claude Code. + """ + return { + "install_path": str(dest), + "scope": scope, + "installed": installed, + "already_present": already_present, + "skill_md": str(dest / "SKILL.md"), + "reference_dir": str(dest / "reference"), + "how_to": _HOW_IT_WORKS, + } + + def run_skill_add( *, scope: str, @@ -124,9 +158,10 @@ def run_skill_add( default: ``Path.home()``). Returns: - Dict con ``"install_path"`` (ruta absoluta), ``"scope"``, ``"installed"`` - (``True`` si copió/pisó, ``False`` si fue no-op) y ``"already_present"`` - (``True`` si la versión vendida ya estaba instalada). + Dict con ``install_path``, ``scope``, ``installed`` (``True`` si + copió/pisó, ``False`` si fue no-op), ``already_present`` (``True`` si la + versión vendida ya estaba), y —para que un agente sepa dónde leerla— + ``skill_md`` (ruta al SKILL.md), ``reference_dir`` y ``how_to`` (resumen). Raises: UsageError: Si el destino existe, **difiere** de la versión vendida y @@ -145,12 +180,7 @@ def run_skill_add( # Idempotencia: si ya está exactamente la versión vendida → no-op. if dest.exists() and _trees_identical(source, dest): - return { - "install_path": str(dest), - "scope": scope, - "installed": False, - "already_present": True, - } + return _build_result(dest, scope, installed=False, already_present=True) # Existe pero difiere (edición del usuario u otra versión): exige --force. if dest.exists() and not force: @@ -164,12 +194,7 @@ def run_skill_add( shutil.copytree(source, dest) - return { - "install_path": str(dest), - "scope": scope, - "installed": True, - "already_present": False, - } + return _build_result(dest, scope, installed=True, already_present=False) # --------------------------------------------------------------------------- @@ -248,10 +273,22 @@ def add_cmd( exit_code=0, ) emit(envelope) - elif data["already_present"]: + else: + estado = ( + "Skill ya instalada (versión vendida)" + if data["already_present"] + else "Skill instalada" + ) + # Salida explícita y agnóstica al proveedor: dónde quedó el artículo, + # cómo opera bib2graph a grandes rasgos, y la instrucción de leerlo + # (cualquier agente, no solo Claude Code, puede auto-onboardearse así). emit_human( - f"Skill ya instalada (versión vendida) en: {data['install_path']} " - "— nada que hacer." + f"{estado} en: {data['install_path']}\n" + "\n" + "Cómo opera bib2graph (a grandes rasgos):\n" + f" {data['how_to']}\n" + "\n" + "Agente (cualquier proveedor): leé este archivo para operar bib2graph →\n" + f" {data['skill_md']}\n" + f" (marco teórico en {data['reference_dir']}/ciclo.md)" ) - else: - emit_human(f"Skill instalada en: {data['install_path']}") diff --git a/tests/unit/test_skill_add.py b/tests/unit/test_skill_add.py index 36ed376..5660362 100644 --- a/tests/unit/test_skill_add.py +++ b/tests/unit/test_skill_add.py @@ -347,6 +347,10 @@ def test_skill_add_json_envelope_valido(tmp_path: Path, runner: CliRunner) -> No assert "install_path" in data, f"data no contiene 'install_path': {data!r}" assert "scope" in data, f"data no contiene 'scope': {data!r}" assert data["scope"] == "user" + # Campos agénticos: un agente agnóstico se onboardea desde el --json. + assert "skill_md" in data, f"data no contiene 'skill_md': {data!r}" + assert data["skill_md"].endswith("SKILL.md") + assert "how_to" in data, f"data no contiene 'how_to': {data!r}" # --------------------------------------------------------------------------- @@ -476,3 +480,46 @@ def test_skill_md_anti_drift_comandos_en_cli() -> None: f"registrado. Subcomandos de '{cmd}': {sorted(sub_cmds.keys())}. " "Actualizá SKILL.md o registrá el subcomando." ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 12. Salida agéntica (AgenticExperience) — explícita y agnóstica al proveedor +# --------------------------------------------------------------------------- + + +@pytest.mark.unit +def test_skill_add_data_incluye_rutas_agenticas(tmp_path: Path) -> None: + """El ``data`` trae skill_md, reference_dir y how_to (auto-onboarding agnóstico).""" + data = run_skill_add(scope="user", force=False, home=tmp_path) + install = tmp_path / ".claude" / "skills" / "bib2graph" + + assert data["skill_md"] == str(install / "SKILL.md") + assert data["reference_dir"] == str(install / "reference") + assert "seed→chain→build→read" in data["how_to"], ( + "how_to debe resumir el ciclo a grandes rasgos." + ) + # Las rutas apuntan a archivos realmente instalados. + assert Path(data["skill_md"]).exists() + + +@pytest.mark.unit +def test_skill_add_salida_humana_es_explicita( + tmp_path: Path, runner: CliRunner +) -> None: + """La salida humana dice dónde está el SKILL.md y pide leerlo. + + Es la pieza que vuelve la skill usable por un agente de **cualquier** + proveedor (no solo Claude Code): el CLI es explícito sobre el artículo a leer. + """ + with patch.object(Path, "home", return_value=tmp_path): + result = runner.invoke(b2g, ["skill", "add", "--user"], catch_exceptions=False) + + assert result.exit_code == 0 + out = result.output + assert "SKILL.md" in out, "La salida debe nombrar el SKILL.md." + assert "leé" in out.lower() or "lee" in out.lower(), ( + "La salida debe pedirle al agente que lea el artículo." + ) + assert "seed→chain→build→read" in out or "ciclo" in out.lower(), ( + "La salida debe explicar a grandes rasgos cómo opera bib2graph." + ) From fa1929154a9972f65dbecd722b6cbd03d5ced805 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sun, 28 Jun 2026 15:52:45 -0500 Subject: [PATCH 25/27] =?UTF-8?q?feat(cli)!:=20retirar=20la=20GUI=20local?= =?UTF-8?q?=20(api/SPA/b2g=20gui)=20=E2=80=94=20fuera=20del=20foco=20de=20?= =?UTF-8?q?la=20librer=C3=ADa=20(#197)?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit La GUI local (epic #34: API FastAPI + SPA React `frontend/` + subcomando `b2g gui`) deja de ser parte de la librería: el core es CLI/agente-native sobre la biblioteca viva. Se borra el código y se limpian los docs activos; la historia (ADR 0027/0028, Notas de diseño) queda intacta como archivo. - Borra: `cli/commands/gui.py`, `src/bib2graph/api/`, `src/bib2graph/gui/`, `frontend/`, tests `test_api.py`/`test_packaging_config.py`. - pyproject: sin extra `[gui]`, sin `force-include` del wheel, sin per-file-ignores de `api/`, sin override mypy `uvicorn.*`. Wheel Python puro. - CI: `ci.yml` sin job `frontend`; `publish-pypi.yml`/`publish-testpypi.yml` sin build de frontend (Node/pnpm). - `service/reads.py` se CONSERVA: lo usa el grupo CLI `read` (corrige el inventario del issue; borrarlo rompía `b2g read`). - ADR 0040 (supersede 0027/0028, enmienda 0038); banners de retiro en docs activos (la limpieza profunda de marcadores AS-BUILT es #191). Closes #190. Refs #117 (vista de paper rota: moot al retirar la GUI). BREAKING CHANGE: se elimina el subcomando b2g gui y el extra [gui]; el wheel ya no vendorea frontend. Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- .github/workflows/ci.yml | 24 - .github/workflows/publish-pypi.yml | 25 +- .github/workflows/publish-testpypi.yml | 18 +- .gitignore | 14 - AGENTS.md | 91 +- docs/API.md | 51 +- docs/ARCHITECTURE.md | 12 +- docs/PRD.md | 13 + docs/ROADMAP/05-gui.md | 12 +- docs/ROADMAP/README.md | 14 +- docs/decisiones/0040-retiro-gui-local.md | 157 + docs/decisiones/README.md | 16 +- frontend/index.html | 26 - frontend/package.json | 39 - frontend/pnpm-lock.yaml | 2966 ----------------- frontend/postcss.config.js | 6 - frontend/src/App.tsx | 51 - frontend/src/__tests__/client.test.ts | 154 - frontend/src/__tests__/components.test.tsx | 254 -- frontend/src/__tests__/setup.ts | 1 - frontend/src/client/api.ts | 85 - frontend/src/client/http.ts | 100 - frontend/src/client/token.ts | 53 - .../components/candidate/CandidatePanel.tsx | 374 --- .../src/components/diff/RoundDiffPanel.tsx | 261 -- frontend/src/components/graph/GraphCanvas.tsx | 345 -- .../src/components/rounds/RoundsColumn.tsx | 190 -- frontend/src/components/ui/Badge.tsx | 59 - frontend/src/components/ui/Button.tsx | 69 - frontend/src/components/ui/ErrorBanner.tsx | 47 - frontend/src/components/ui/Spinner.tsx | 31 - frontend/src/components/workspace/Header.tsx | 70 - frontend/src/lib/cytoscapeStyle.ts | 111 - frontend/src/lib/format.ts | 50 - frontend/src/main.tsx | 13 - frontend/src/store/index.ts | 52 - frontend/src/styles/globals.css | 64 - frontend/src/types/api.ts | 194 -- frontend/src/types/cytoscape-fcose.d.ts | 9 - frontend/tailwind.config.js | 81 - frontend/tsconfig.json | 33 - frontend/tsconfig.node.json | 12 - frontend/vite.config.ts | 22 - pyproject.toml | 21 - src/bib2graph/api/__init__.py | 39 - src/bib2graph/api/app.py | 86 - src/bib2graph/api/deps.py | 61 - src/bib2graph/api/envelopes.py | 141 - src/bib2graph/api/routers/__init__.py | 1 - src/bib2graph/api/routers/curate.py | 75 - src/bib2graph/api/routers/reads.py | 118 - src/bib2graph/api/security.py | 34 - src/bib2graph/cli/__init__.py | 8 +- src/bib2graph/cli/commands/gui.py | 232 -- src/bib2graph/gui/static/.gitkeep | 0 tests/unit/test_api.py | 497 --- tests/unit/test_packaging_config.py | 123 - uv.lock | 2017 ++++++----- 58 files changed, 1267 insertions(+), 8455 deletions(-) create mode 100644 docs/decisiones/0040-retiro-gui-local.md delete mode 100644 frontend/index.html delete mode 100644 frontend/package.json delete mode 100644 frontend/pnpm-lock.yaml delete mode 100644 frontend/postcss.config.js delete mode 100644 frontend/src/App.tsx delete mode 100644 frontend/src/__tests__/client.test.ts delete mode 100644 frontend/src/__tests__/components.test.tsx delete mode 100644 frontend/src/__tests__/setup.ts delete mode 100644 frontend/src/client/api.ts delete mode 100644 frontend/src/client/http.ts delete mode 100644 frontend/src/client/token.ts delete mode 100644 frontend/src/components/candidate/CandidatePanel.tsx delete mode 100644 frontend/src/components/diff/RoundDiffPanel.tsx delete mode 100644 frontend/src/components/graph/GraphCanvas.tsx delete mode 100644 frontend/src/components/rounds/RoundsColumn.tsx delete mode 100644 frontend/src/components/ui/Badge.tsx delete mode 100644 frontend/src/components/ui/Button.tsx delete mode 100644 frontend/src/components/ui/ErrorBanner.tsx delete mode 100644 frontend/src/components/ui/Spinner.tsx delete mode 100644 frontend/src/components/workspace/Header.tsx delete mode 100644 frontend/src/lib/cytoscapeStyle.ts delete mode 100644 frontend/src/lib/format.ts delete mode 100644 frontend/src/main.tsx delete mode 100644 frontend/src/store/index.ts delete mode 100644 frontend/src/styles/globals.css delete mode 100644 frontend/src/types/api.ts delete mode 100644 frontend/src/types/cytoscape-fcose.d.ts delete mode 100644 frontend/tailwind.config.js delete mode 100644 frontend/tsconfig.json delete mode 100644 frontend/tsconfig.node.json delete mode 100644 frontend/vite.config.ts delete mode 100644 src/bib2graph/api/__init__.py delete mode 100644 src/bib2graph/api/app.py delete mode 100644 src/bib2graph/api/deps.py delete mode 100644 src/bib2graph/api/envelopes.py delete mode 100644 src/bib2graph/api/routers/__init__.py delete mode 100644 src/bib2graph/api/routers/curate.py delete mode 100644 src/bib2graph/api/routers/reads.py delete mode 100644 src/bib2graph/api/security.py delete mode 100644 src/bib2graph/cli/commands/gui.py delete mode 100644 src/bib2graph/gui/static/.gitkeep delete mode 100644 tests/unit/test_api.py delete mode 100644 tests/unit/test_packaging_config.py diff --git a/.github/workflows/ci.yml b/.github/workflows/ci.yml index 3d7803e..9320838 100644 --- a/.github/workflows/ci.yml +++ b/.github/workflows/ci.yml @@ -51,27 +51,3 @@ jobs: run: uv sync --all-extras --dev - name: Pytest run: uv run pytest -q - - frontend: - name: frontend - runs-on: ubuntu-latest - steps: - - uses: actions/checkout@v5 - - name: Setup Node 20 - uses: actions/setup-node@v4 - with: - node-version: "20" - - name: Enable corepack (pnpm pinneado en package.json) - run: corepack enable - - name: Install dependencies - working-directory: frontend - run: pnpm install --frozen-lockfile - - name: Lint (tsc --noEmit) - working-directory: frontend - run: pnpm lint - - name: Test (vitest) - working-directory: frontend - run: pnpm test:run - - name: Build - working-directory: frontend - run: pnpm build diff --git a/.github/workflows/publish-pypi.yml b/.github/workflows/publish-pypi.yml index 5aa3edb..4661657 100644 --- a/.github/workflows/publish-pypi.yml +++ b/.github/workflows/publish-pypi.yml @@ -13,10 +13,9 @@ name: publish-pypi # - Workflow name: publish-pypi.yml # - Environment name: pypi # -# Mismo empaquetado que publish-testpypi.yml: se buildea el frontend ANTES del wheel y se usa -# `uv build --wheel` (no `uv build` a secas, que arma el wheel desde el sdist y pierde el frontend -# gitignored vía force-include). La única diferencia con TestPyPI es el índice destino (productivo, -# default de la action) y el environment (`pypi`). +# El paquete es Python puro (no hay frontend que buildear). `uv build` arma sdist + wheel. +# La única diferencia con TestPyPI es el índice destino (productivo, default de la action) +# y el environment (`pypi`). on: # Reusable: lo invoca release-please.yml (job `publish`) cuando corta un Release. @@ -40,22 +39,8 @@ jobs: uses: astral-sh/setup-uv@v6 with: python-version: "3.12" - - name: Setup Node 20 - uses: actions/setup-node@v4 - with: - node-version: "20" - - name: Enable corepack (pnpm pinneado en package.json) - run: corepack enable - - name: Build frontend (llena src/bib2graph/gui/static/ antes del wheel) - working-directory: frontend - run: | - pnpm install --frozen-lockfile - pnpm build - - name: Build wheel (directo del working tree, con el frontend ya buildeado) - # NO `uv build` a secas: eso arma sdist y el wheel DESDE el sdist, que - # excluye el frontend gitignored (gui/static) → force-include falla. - # `--wheel` construye el wheel directo del árbol (con el pnpm build de arriba). - run: uv build --wheel + - name: Build (paquete Python puro; sin frontend) + run: uv build - name: Publish to PyPI (trusted publishing) # Sin repository-url → la action publica a PyPI productivo (https://upload.pypi.org/legacy/). uses: pypa/gh-action-pypi-publish@release/v1 diff --git a/.github/workflows/publish-testpypi.yml b/.github/workflows/publish-testpypi.yml index 8754f2d..496ea38 100644 --- a/.github/workflows/publish-testpypi.yml +++ b/.github/workflows/publish-testpypi.yml @@ -31,22 +31,8 @@ jobs: uses: astral-sh/setup-uv@v6 with: python-version: "3.12" - - name: Setup Node 20 - uses: actions/setup-node@v4 - with: - node-version: "20" - - name: Enable corepack (pnpm pinneado en package.json) - run: corepack enable - - name: Build frontend (llena src/bib2graph/gui/static/ antes del wheel) - working-directory: frontend - run: | - pnpm install --frozen-lockfile - pnpm build - - name: Build wheel (directo del working tree, con el frontend ya buildeado) - # NO `uv build` a secas: eso arma sdist y el wheel DESDE el sdist, que - # excluye el frontend gitignored (gui/static) → force-include falla. - # `--wheel` construye el wheel directo del árbol (con el pnpm build de arriba). - run: uv build --wheel + - name: Build (paquete Python puro; sin frontend) + run: uv build - name: Publish to TestPyPI (trusted publishing) uses: pypa/gh-action-pypi-publish@release/v1 with: diff --git a/.gitignore b/.gitignore index fa206c9..b2b938a 100644 --- a/.gitignore +++ b/.gitignore @@ -48,7 +48,6 @@ snapshots/*.parquet *.duckdb.*.bak prueba/ prueba_e2e/ -app/ redes/ valoraciones_* @@ -61,19 +60,6 @@ valoraciones_* # siquiera dentro de un workspace de ejemplo (ADR 0030 §Convención lo prohíbe). examples/**/*.duckdb -# Frontend (app/) — prototipo local de la GUI (MVP), ver app/ARCHITECTURE.md -app/node_modules/ -app/dist/ -app/.vite/ - -# Frontend (frontend/) — SPA G4, build output no se commitea (va al wheel en G5) -frontend/node_modules/ -frontend/dist/ -# Build output del frontend: se ignora el contenido pero se conserva un .gitkeep -# para que el directorio EXISTA siempre — el force-include de hatchling (pyproject) -# rompe el editable install (uv sync en lint/test) si el dir no existe. -src/bib2graph/gui/static/* -!src/bib2graph/gui/static/.gitkeep # Logs logs diff --git a/AGENTS.md b/AGENTS.md index f84c310..dd21af1 100644 --- a/AGENTS.md +++ b/AGENTS.md @@ -33,17 +33,18 @@ explícito), `filters/` (PRISMA), `networks/` (proyectores, analyzer, spec, facade), `sources/equation.py` (capa declarativa de la ecuación, 9a), `exporters/` (GraphML, CSV) y `cli/`. - El **CLI `b2g` es real** —paquete `cli/`, no un placeholder—. **Superficie 0.10.0 (ADR 0037/0038/0039, + El **CLI `b2g` es real** —paquete `cli/`, no un placeholder—. **Superficie 0.10.0 (ADR 0037/0038/0039/0040, AS-BUILT):** **10 verbos del ciclo** (`init`, `seed`, `chain`, `curate`, `build`, `read`, `export`, `snapshot`, `status`, `validate`) **+ 3 grupos noun-verb** (`read {list,stats,show,top}`, - `curate {dump,apply,accept,reject,filter}`, `snapshot {create,restore}`) **+ 2 comandos meta** - fuera de los 10 (`gui`, ADR 0027/0028; **`skill add`**, ADR 0039 — instala la skill de Claude Code + `curate {dump,apply,accept,reject,filter}`, `snapshot {create,restore}`) **+ 1 comando meta** + fuera de los 10 (**`skill add`**, ADR 0039 — instala la skill de Claude Code end-user que materializa el mensaje *"la mejor forma de usar bib2graph es pedirle a Claude que lo use"* [`pip install bib2graph` → `b2g skill add`]; vendoreada en el wheel con version-lock skill==cli) **+ 9 aliases deprecados** (`accept`/`reject`/`filter`/`inspect`/`monitor`/`networks`/`enrich`/`restore`/`resolve`, retiro 0.11.0). **`thesaurus` se retiró como verbo** (#164): su capacidad es **`b2g build --thesaurus`**. - Conteo verificable contra `b2g --help` (10 del ciclo + `gui` + `skill`); detalle en + **El verbo `gui` se retiró con la GUI local** (ADR 0040, #190 — ver abajo). + Conteo verificable contra `b2g --help` (10 del ciclo + `skill`); detalle en `docs/API.md` §Convenciones CLI. **Grupo noun-verb `read {list,stats,show,top}` (#156/#157, ADR 0037 §b):** primer grupo del CLI (lectura pura del corpus, no transiciona); `read list` filtra por `--query`/`--status`/`--seeds|--candidates`/`--year`, @@ -90,14 +91,14 @@ (helper compartido `_build_from_spec_file`) y **sí** transiciona a `BUILT` + sella `.corpus_hash` (decisión D1); `build` suma `--scope all|accepted|seeds` (default `all`) y `--min-weight` (solo modo quick). `networks` y `--corpus-scope` quedan como **alias en deprecación** (cierran 0.11.0). -- **MVP GUI — Hitos G1–G5 COMPLETOS · build entero del MVP (AS-BUILT 2026-06-18, ADR - [0028](docs/decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md)):** los 5 hitos de construcción - están **AS-BUILT** en `feat/gui-g1-capa-servicios` — G1 (capa de servicios neutral + contrato subido), - G2 (6 lecturas read-only en `service/reads.py`), G3 (API local FastAPI + extra `[gui]` + 19º - subcomando `b2g gui`), G4 (SPA `frontend/`), G5 (empaquetado). Lo único pendiente es el **gate #34** - (un tercero usa la GUI sin ayuda para reproducir/curar `examples/valoraciones/`), que **NO es - construcción**: es el criterio de aceptación/descarte de producto de la epic, al final (ADR 0027 - §Gate). Detalle por hito en `docs/ROADMAP/05-gui.md`. +- **MVP GUI — Hitos G1–G5 · ⛔ RETIRADO (GUI fuera de la librería, ADR + [0040](docs/decisiones/0040-retiro-gui-local.md), [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190)):** + la GUI local se **eliminó de la librería** (supersede 0027/0028; el core es CLI/agente-native). Ya + **no existen** `b2g gui`, la API local FastAPI (`api/`), la SPA `frontend/`, el extra `[gui]` ni el + vendoreo del frontend en el wheel. **La capa de servicios neutral `service/` (incl. `reads.py`) se + conserva** (la usa el CLI: `read`/`curate`/`snapshot`/…). Lo de abajo (G4/G5) queda como **historia** + del AS-BUILT retirado; la limpieza profunda es [#191](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/191). + Detalle histórico por hito en `docs/ROADMAP/05-gui.md` (deprecado). - **G4 — SPA `frontend/`** (paquete JS del monorepo, **`pnpm` —nunca npm**): React 18 + Vite + TS estricto + Cytoscape/fcose + Zustand + Tailwind + TanStack Query, dirección visual **D-2 "Observatorio"** (oscuro, grafo-céntrico, design tokens propios en `tailwind.config.js`). Consume los @@ -392,11 +393,11 @@ El proyecto se gestiona con **uv** (entorno + lockfile + versión de Python). ** - **Setup dev completo:** `uv sync` (crea `.venv`, instala núcleo + dev-deps desde `uv.lock`) y `uv run pre-commit install`. -- **Con una capacidad opcional:** `uv sync --extra bibtex` (siembra BibTeX) o `uv sync --extra gui` - (`fastapi` + `uvicorn` para `b2g gui` / la API local, AS-BUILT G3, ADR 0028) — los dos extras poblados - hoy. Sin dev-deps: `uv sync --no-dev`. *(No hay extra `[llm]`: **se eliminó** en la remediación - R4 — el producto no usa IA generativa, ADR 0022. Tampoco hay extra `[dedup]`: `rapidfuzz` pasó al - núcleo en #88 porque el dedup es automático en la ingesta, ADR 0031.)* +- **Con una capacidad opcional:** `uv sync --extra bibtex` (siembra BibTeX) — el **único extra poblado + hoy**. Sin dev-deps: `uv sync --no-dev`. *(No hay extra `[gui]`: **se eliminó** al retirar la GUI + local —`fastapi`/`uvicorn`/`b2g gui`/API— ADR 0040, #190. Tampoco hay extra `[llm]`: **se eliminó** en + la remediación R4 — el producto no usa IA generativa, ADR 0022. Tampoco hay extra `[dedup]`: + `rapidfuzz` pasó al núcleo en #88 porque el dedup es automático en la ingesta, ADR 0031.)* - **Agregar dependencias:** `uv add ` (núcleo) · `uv add --dev ` (desarrollo) · `uv add --optional ` (capacidad opcional). - **Tests (toda la suite):** `uv run pytest` @@ -519,35 +520,30 @@ src/bib2graph/ # compartido por CLI/API, agnóstico de transporte (sin print/sys.exit/Click/ # FastAPI). envelope.py = build_envelope + ENVELOPE_SCHEMA_VERSION; errors.py = # jerarquía B2GError (+ Usage/Data/Dependency/Network/StoreError) + code_for - # (mapeo puro error→exit code 0–5). reads.py (G2 ✅) = 6 lecturas read-only de la SPA - # sobre un Workspace resuelto: get_workspace/list_rounds/get_paper/get_scent/ - # get_network/compare_rounds (ronda=snapshot; sin red/mutación/transición; API.md §0.1). + # (mapeo puro error→exit code 0–5). reads.py (G2 ✅) = lecturas read-only del corpus. SE CONSERVA tras + # retirar la GUI (ADR 0040): el grupo CLI read la usa (list_papers/corpus_stats/get_paper/ + # get_top). Las ex-API-only (get_workspace/list_rounds/get_scent/get_network/compare_rounds) + # quedan inertes, poda opcional → #191. Sin red/mutación/transición; API.md §0.1. # curate.py (G3 ✅) = orquestación de curación SUBIDA desde cli/: accept_papers/ # reject_papers/curate_paper (toma store_path; decided_at inyectado en la frontera); # run_accept/run_reject del CLI son shims que delegan (firma intacta). API.md §0.2. # cli/ re-exporta el contrato (subido desde cli/_envelope.py·_errors.py) y conserva # solo el I/O del adaptador. La migración del resto de la orquestación run_ sigue TARGET. - api/ # API LOCAL FastAPI (ADR 0028, AS-BUILT G3 del MVP GUI): adaptador DELGADO sobre - # service/ (NO importa de cli/; el núcleo NO importa fastapi —import perezoso, extra - # [gui]). app.py = create_app(ws, *, token, cors_origins); routers/reads.py (6 GET) - # + routers/curate.py (POST); security.py = token Bearer efímero; deps.py = workspace - # singleton + require_token (401) + WriteLock global; envelopes.py = mapeo código→HTTP - # (0→200,1→400,2→422,3→501,4→502,5→409; inesperado→500 INTERNAL_ERROR), reusa - # service.build_envelope/code_for. La SPA (frontend/, G4) y el empaquetado del wheel - # (G5: force-include) están AS-BUILT; solo queda el gate #34 (validación, no build). API.md §0.2. + # api/ ⛔ RETIRADO (ADR 0040, #190): la API local FastAPI, la SPA frontend/ y el extra [gui] se + # eliminaron de la librería (GUI fuera del foco; el core es CLI/agente-native). La capa + # service/ que la alimentaba se conserva (la usa el CLI). Limpieza profunda: #191. stores/ # DuckDBStore (núcleo, por defecto: biblioteca viva); # ParquetStore (export); ZoteroStore ([zotero], V1.1); # Neo4jStore ([neo4j], post-V1) cli/ # paquete de 3 capas (Click → run_() núcleo → envelope/errores); # _ingest.py = helper normalize_and_dedup (auto-preproc en la ingesta, ADR 0031); - # cli/commands/ = superficie 0.10.0 (ADR 0037/0038/0039): 10 verbos del ciclo + 3 grupos - # noun-verb (read/curate/snapshot) + 2 comandos meta (gui; skill add —ADR 0039) + 9 aliases deprecados + # cli/commands/ = superficie 0.10.0 (ADR 0037/0038/0039/0040): 10 verbos del ciclo + 3 grupos + # noun-verb (read/curate/snapshot) + 1 comando meta (skill add —ADR 0039) + 9 aliases deprecados # (accept/reject/filter/inspect/monitor/networks/enrich/restore/resolve, retiro 0.11.0). # chain --since absorbe monitor →MONITORED (#158); enrich absorbido en chain (refs→DOI) # + build (co-citación) (#162); thesaurus retirado → build --thesaurus (#164); # _deprecation.py emite avisos a stderr + warnings[] (#165). init scaffold —ADR 0029; - # build --spec absorbe networks —#159; gui levanta la API local FastAPI —Hito G3/ADR 0028, extra [gui]; - # G4: _make_index_response inyecta el token en el index.html servido vía ruta GET /). + # build --spec absorbe networks —#159. El verbo gui SE RETIRÓ con la GUI local (ADR 0040, #190). # CLI = API # para LLM y agentes (Hito 6, ARCHITECTURE.md §6.3). No es un cli.py plano. workspace.py # Workspace (init/open/resolve; snapshots_dir/exports_dir/networks_dir; @@ -563,31 +559,14 @@ La estructura es orientativa (ADR 0006): un módulo plano (`corpus.py`) o un paq (`sources/`) es decisión del implementador según crezca. Lo fijo son los **nombres del dominio** y los **contratos de `docs/API.md`**. -### `frontend/` — la SPA (paquete JS, NO Python; AS-BUILT G4, ADR 0028) +### `frontend/` — ⛔ RETIRADO (la SPA se eliminó con la GUI local, ADR 0040, #190) -El **único subárbol JS** del repo. El resto del monorepo es Python con **uv**; `frontend/` es -JavaScript con **`pnpm` (SIEMPRE pnpm, nunca npm** — preferencia firme del PO). Es la SPA "tool for -thought" del MVP GUI (React 18 + Vite + TS estricto + Cytoscape/fcose + Zustand + Tailwind + TanStack -Query), dirección visual **D-2 "Observatorio"** (oscuro, grafo-céntrico; design tokens propios en -`tailwind.config.js`). - -``` -frontend/ # NO va al wheel; su build (gui/static/) sí (vendoreado vía force-include, G5) - package.json # packageManager: pnpm@…; scripts dev/build/test:run/lint - pnpm-lock.yaml # lockfile reproducible - vite.config.ts # outDir → ../src/bib2graph/gui/static ; base "./" ; alias @ → frontend/src - index.html # placeholder del token ( + window.__B2G_TOKEN__) - src/{client,types,store,components,lib,styles}/ # cliente tipado, DTO espejo, estado, UI - src/__tests__/ # vitest (14) -``` - -Comandos (desde `frontend/`): **`pnpm lint`** (`tsc --noEmit`) · **`pnpm test:run`** (vitest, 14) · -**`pnpm build`** (`tsc --noEmit && vite build` → escribe `src/bib2graph/gui/static/`). El **alias `@`** -resuelve a `frontend/src/`. El **build output** (`src/bib2graph/gui/static/`) está **gitignoreado** -(no se commitea; lo vendorea el wheel vía `force-include`, G5 AS-BUILT). El cliente consume los 7 endpoints reales de la API G3 -(`docs/API.md` §0.2): des-envuelve el envelope `schema="1"`, ramea por `error.code` (**string**) y -manda `Authorization: Bearer ` (token leído de `window.__B2G_TOKEN__`, inyectado por `b2g gui` -en el `index.html` servido). +El subárbol JS `frontend/` (SPA "Observatorio") y el prototipo `app/` **se retiraron de la librería** +junto con la GUI local (ADR [0040](docs/decisiones/0040-retiro-gui-local.md), +[#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190); supersede 0027/0028). El repo vuelve a +ser **100% Python con uv**, sin Node/`pnpm`. El wheel es **Python puro** (sin `force-include` del +frontend, sin job `frontend` en CI ni build de Node en los workflows de publish). El historial de la +SPA vive en `git log` y en `docs/ROADMAP/05-gui.md` (deprecado). ### Manejo de errores diff --git a/docs/API.md b/docs/API.md index 621deed..c7c40a0 100644 --- a/docs/API.md +++ b/docs/API.md @@ -289,10 +289,13 @@ invocaciones:** el estado vive en el `library.duckdb` del **workspace** (opción `--workspace`; `--store` fue eliminada en [#75](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/75), ver abajo). -**Superficie 0.10.0 — 10 verbos del ciclo + 3 grupos noun-verb + `gui` y `skill` (excepciones meta) +**Superficie 0.10.0 — 10 verbos del ciclo + 3 grupos noun-verb + `skill` (excepción meta) + 9 aliases deprecados** (AS-BUILT, ADR [0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) / [0038](decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md) / -[0039](decisiones/0039-skill-comando-meta-distribucion.md)). La superficie por acreción del 0021 (que +[0039](decisiones/0039-skill-comando-meta-distribucion.md) / +[0040](decisiones/0040-retiro-gui-local.md)). *(El verbo `gui` se **retiró** con la GUI local — ADR +0040, [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190); `skill` queda como única excepción +meta.)* La superficie por acreción del 0021 (que llegó a ~20 subcomandos) se **consolidó** en una superficie que mapea 1:1 el ciclo de investigación (*más es menos*). El conteo es **verificable contra `b2g --help`**: @@ -301,11 +304,12 @@ llegó a ~20 subcomandos) se **consolidó** en una superficie que mapea 1:1 el c ADR 0037 §"Los 10 verbos".)* - **3 grupos noun-verb:** **`read {list,stats,show,top}`** (#156/#157), **`curate {dump,apply,accept,reject,filter}`** (#155), **`snapshot {create,restore}`** (#163, ADR 0038). -- **2 comandos meta, fuera del set de 10 por diseño** (excepciones explícitas, **no** pasos del - ciclo agents-first; **no compiten con `status`** ni con ningún verbo del ciclo, viven al lado): - - **`gui`** — lanza la GUI local (gobernado por ADR 0027/0028, gateado por #34). +- **1 comando meta, fuera del set de 10 por diseño** (excepción explícita, **no** un paso del + ciclo agents-first; **no compite con `status`** ni con ningún verbo del ciclo, vive al lado): - **`skill`** (`skill add`) — instala la skill de Claude Code end-user (gobernado por ADR 0039, epic #188). Ver §`skill` abajo. + - *(El verbo `gui` —ex 2.ª excepción meta— se **retiró** con la GUI local: ADR + [0040](decisiones/0040-retiro-gui-local.md), [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190).)* - **9 aliases deprecados** (siguen vivos con aviso a stderr, se eliminan en **0.11.0** — ADR 0038 P1): `accept`, `reject`, `filter`, `inspect`, `monitor`, `networks`, `enrich`, `restore`, `resolve`. Más el entry-point `bib2graph`→`b2g` y la opción `build --corpus-scope`→`build --scope`. Ver §Avisos de @@ -529,20 +533,15 @@ llegó a ~20 subcomandos) se **consolidó** en una superficie que mapea 1:1 el c ADR 0038 — ver §`build`). **Recomendado:** usá `build --spec` (paso BUILD pleno). Errores accionables: YAML malformado / spec inválida → `DataError` (exit 2); falta `python-louvain` → `DependencyError` (exit 3). -- **`gui`** (Hito G3 del MVP GUI, AS-BUILT 2026-06-18, ADR - [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md), 19° subcomando): **levanta la API - local FastAPI** (§0.2) con `uvicorn` y sirve la SPA buildeada de `gui/static/` si existe (AS-BUILT G4; - el build local lo genera, el wheel lo incluirá en G5). Genera un **token Bearer efímero** - (`secrets.token_urlsafe(32)`), lo **inyecta en el `index.html` servido** (ruta `GET /`, placeholder - `__B2G_TOKEN__` → `window.__B2G_TOKEN__`; ver §0.2 "Wiring del token") e imprime URL + token al - arrancar. Flags: **`--host`** (default `127.0.0.1`, local-first — no expone red), **`--port`** (default - `8765`), **`--no-browser`** (no abre el browser). Requiere el extra **`[gui]`** (`fastapi` + `uvicorn`, - import perezoso): si falta → `DependencyError`, **exit 3** con sugerencia `uv sync --extra gui`. **NO - transiciona** el `CycleState`. La API es un adaptador delgado sobre `service/` (reusa el envelope - `schema="1"` + `code_for`, no reimplementa el contrato); el mapeo código→HTTP y la auth viven en §0.2. +- ~~**`gui`**~~ — ⛔ **RETIRADO (ADR [0040](decisiones/0040-retiro-gui-local.md), + [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190)).** El subcomando `b2g gui`, la API + local FastAPI, la SPA `frontend/` y el extra `[gui]` se **eliminaron** de la librería (la GUI local + está fuera del foco; el core es CLI/agente-native). **No hay alias de retrocompat** (es retiro de + capacidad, no renombre). La capa de servicios `service/` que usaba sigue viva (la consume el CLI). - **`skill`** (comando **meta/distribución**, ADR - [0039](decisiones/0039-skill-comando-meta-distribucion.md), epic #188): **2.ª excepción meta** - (junto a `gui`) — fuera del set de 10, **no** es un paso del ciclo y **no compite con `status`**. + [0039](decisiones/0039-skill-comando-meta-distribucion.md), epic #188): **única excepción meta** + (tras el retiro de `gui`, ADR 0040) — fuera del set de 10, **no** es un paso del ciclo y **no compite + con `status`**. Subcomando **`b2g skill add [--user|--project] [--force]`**: **instala la skill de Claude Code end-user** (que entrevista al investigador y le enseña al agente la mejor forma de usar bib2graph — los 10 verbos del 0037 y la historia one-shot `init→seed→chain→build→read`). **Empaquetado:** la @@ -1007,7 +1006,15 @@ decorador `handle_errors` (CLI) conserva su propia escalera `try/except` por tip adaptadores (incluida la API TARGET, que lo traducirá a HTTP status, ADR 0028 §7). El mapeo de `code_for` y el de `handle_errors` describen la **misma política** (ADR 0021 §D). -### 0.1 Lecturas de servicio `service/reads.py` — las 6 lecturas de la SPA (AS-BUILT G2, ADR 0028) +### 0.1 Lecturas de servicio `service/reads.py` — lecturas read-only del corpus (AS-BUILT G2, ADR 0028) + +> **NOTA (2026-06-28) — `service/reads.py` SE CONSERVA tras retirar la GUI** (ADR +> [0040](decisiones/0040-retiro-gui-local.md), [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190)). +> Aunque nació en el G2 "para la SPA", **el grupo CLI `read` la usa** (`list_papers`/`corpus_stats`/ +> `get_paper`/`get_top`, #156/#157), así que **no se borra**. Lo que se retiró es su consumidor HTTP (la +> API `api/`). Las funciones que **solo** consumía la API —`get_workspace`/`list_rounds`/`get_scent`/ +> `get_network`/`compare_rounds`— quedan como **código inerte**; su poda es opcional y se difiere a la +> limpieza profunda ([#191](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/191)). > **AS-BUILT del Hito G2 del MVP GUI (2026-06-18, ADR > [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md)).** Documenta una decisión **ya tomada**: @@ -1120,6 +1127,12 @@ y los "mock-no-sostenido" están en [`ROADMAP/05-gui.md`](ROADMAP/05-gui.md) §G ### 0.2 API local `api/` — la frontera HTTP de la SPA (AS-BUILT G3, ADR 0028) +> ⛔ **RETIRADA (2026-06-28) — la API local `api/` se eliminó** (ADR +> [0040](decisiones/0040-retiro-gui-local.md), [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190); +> supersede 0027/0028). Ya **no existen** `src/bib2graph/api/`, `b2g gui` ni el extra `[gui]`. **Todo lo +> de abajo es HISTORIA** del AS-BUILT G3, no el estado actual. La capa neutral `service/` (§0/§0.1) se +> conserva; lo retirado es este adaptador HTTP. Limpieza profunda: [#191](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/191). + > **AS-BUILT del Hito G3 del MVP GUI (2026-06-18, ADR > [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md)).** Documenta una decisión **ya > tomada**: la API local es un **adaptador de transporte** sobre `service/` (§0/§0.1). **El contrato diff --git a/docs/ARCHITECTURE.md b/docs/ARCHITECTURE.md index 5d8cfe2..50807d7 100644 --- a/docs/ARCHITECTURE.md +++ b/docs/ARCHITECTURE.md @@ -374,7 +374,17 @@ post-V1 (`[neo4j]`): un destino más, **ya no el sustrato** (ADR 0002). > la **única** unidad canónica y un `.duckdb` legacy se adopta con `b2g init .` (ver ADR 0029, > enmienda 2026-06-17). -### 4.4 `LocalApiServer` / API local (costura opt-in, `[gui]`) — `AS-BUILT (G3)` · SPA `frontend/` `AS-BUILT (G4)` · empaquetado `AS-BUILT (G5)` +### 4.4 `LocalApiServer` / API local (costura opt-in, `[gui]`) — ⛔ `RETIRADA (ADR 0040, #190)` + +> ⛔ **RETIRADA (2026-06-28) — la GUI local se eliminó de la librería** (ADR +> [0040](decisiones/0040-retiro-gui-local.md), issue +> [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190); supersede 0027/0028). Ya **no existen** +> `b2g gui`, la API local FastAPI (`src/bib2graph/api/`), la SPA `frontend/` ni el extra `[gui]`; el +> core es CLI/agente-native sobre la biblioteca viva. **Todo lo de abajo es HISTORIA** (describe el +> AS-BUILT G3–G5 que se retiró), no el estado actual. **La capa de servicios neutral +> `src/bib2graph/service/` se conserva** (la usa el CLI: `read`/`curate`/`snapshot`/…); lo que se +> retira es el adaptador HTTP y su frontend, no la capa neutral. La limpieza profunda de esta sección +> es [#191](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/191). > **ROTA EN 0.8 A PROPÓSITO ([#117](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/117)):** el rename > de columna a **`source_id`** (ADR 0036) rompió la API/SPA; **la GUI NO funciona hoy** hasta que se diff --git a/docs/PRD.md b/docs/PRD.md index 430e0c4..093fdab 100644 --- a/docs/PRD.md +++ b/docs/PRD.md @@ -148,6 +148,14 @@ No es una herramienta para usuario final no técnico: no hay GUI ni servicio web > **ESTADO 0.8 — GUI rota a propósito ([#117](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/117)).** > El rename de columna a **`source_id`** (ADR 0036) **rompió la GUI** de forma deliberada: **no está > disponible hoy** hasta que se actualice (#117). Ningún lector debe asumir que la GUI funciona en 0.8. +> +> **ENMIENDA (2026-06-28) — ADR [0040](decisiones/0040-retiro-gui-local.md) (Aceptada): GUI fuera de +> alcance.** Supersede la enmienda de 2026-06-18 (ADR 0027) de arriba: la **GUI local se retira de la +> librería** (issue [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190)). Se eliminan +> `b2g gui`, la API local FastAPI, la SPA `frontend/` y el extra `[gui]`. **Vuelve a regir el texto +> original del §3: no hay GUI ni servicio web** — el core es **CLI/agente-native** sobre la biblioteca +> viva (ADR 0010/0021/0037), y el camino de adopción es la **skill** de Claude Code (ADR 0039), no una +> SPA local. La experiencia visual library-centric pasa al **producto separado**, fuera de bib2graph. ## 4. Propuesta de valor @@ -268,6 +276,11 @@ No es una herramienta para usuario final no técnico: no hay GUI ni servicio web > CLI sigue siendo la columna (ADR 0010/0021). Arquitectura: ADR [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md). > **En 0.8 la GUI quedó rota a propósito** por el rename a `source_id` (ADR 0036): **no funciona > hoy** hasta que se actualice ([#117](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/117)). + > + > **ENMIENDA (2026-06-28) — ADR [0040](decisiones/0040-retiro-gui-local.md) (Aceptada).** **Vuelve a + > regir el texto original "GUI / web / servicio gestionado → fuera":** la GUI local se **retira de la + > librería** (supersede 0027/0028, issue [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190)). + > La experiencia visual library-centric vive en el **producto separado**, no en bib2graph. - **WoS / Scopus / RIS / CSV como backbone** → el resto, `Source` futura. **BibTeX NO es secundaria:** la **ingesta desde archivo `.bib`** es una **puerta primaria** de sembrado (ingesta de doble puerta: ecuación **o** archivo; ADR [0035](decisiones/0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md)), diff --git a/docs/ROADMAP/05-gui.md b/docs/ROADMAP/05-gui.md index 4b3d260..0d3ec27 100644 --- a/docs/ROADMAP/05-gui.md +++ b/docs/ROADMAP/05-gui.md @@ -1,9 +1,19 @@ -# ROADMAP · GUI local (Hitos G1–G5) — **MVP AS-BUILT (G1–G5), gate #34 pendiente** +# ROADMAP · GUI local (Hitos G1–G5) — **DEPRECADO: GUI retirada de la librería (ADR 0040, #190)** > ← Volver al [índice del ROADMAP](README.md) --- +> ⛔ **DEPRECADO (2026-06-28) — la GUI local se RETIRÓ de la librería** (ADR +> [0040](../decisiones/0040-retiro-gui-local.md), issue +> [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190); supersede 0027/0028). Se eliminan +> `b2g gui`, la API local FastAPI (`api/`), la SPA `frontend/` y el extra `[gui]`; el core es +> CLI/agente-native sobre la biblioteca viva. **Este documento queda como HISTORIA** (el porqué de +> haber construido G1–G5): describe un AS-BUILT que ya no existe. La **capa de servicios `service/`** +> que introdujo el G1/G2 **se conserva** (la usa el CLI). No tomar nada de abajo como estado actual. + +--- + > ✅ **MVP AS-BUILT (2026-06-18) — los 5 hitos de construcción (G1–G5) están construidos.** Toda esta > epic es la **GUI local "tool for thought"** > ([#34](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/34)), encuadrada por los ADR diff --git a/docs/ROADMAP/README.md b/docs/ROADMAP/README.md index 81d0cc9..d07d318 100644 --- a/docs/ROADMAP/README.md +++ b/docs/ROADMAP/README.md @@ -210,13 +210,13 @@ limpio y actual; el cuerpo de cada hito vive en su archivo: - **[04 · Lo que viene (Hitos 7–11 + costuras futuras)](04-lo-que-viene.md)** — dedup fuzzy, `Enricher` de co-citación, `NetworkSpec` YAML; viz (Hito 10 diferido a la GUI #34) y Zotero/Neo4j (Hito 11 descartado, PO 2026-06-17). **Lo que viene (hacia v1.0).** -- **[05 · GUI local (Hitos G1–G5)](05-gui.md)** — **MVP AS-BUILT (G1–G5), gate #34 pendiente** (ADR - [0027](../decisiones/0027-pivote-posicionamiento-gui-local.md)/[0028](../decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md), - Aceptados 2026-06-18): capa de servicios neutral + CLI/API adaptadores (G1), lecturas de servicio - (G2), API local FastAPI + extra `[gui]` + `b2g gui` (G3), frontend nuevo SPA (G4), empaquetado + - CI JS (G5) — **los 5 hitos de build están AS-BUILT**. Lo único pendiente es el **gate del tercero - (#34)**, que **no es construcción** (criterio de aceptación de producto, al final). La GUI **es** la - capa de lectura visual (épica D; Hito 10 viz absorbido aquí). +- **[05 · GUI local (Hitos G1–G5)](05-gui.md)** — ⛔ **DEPRECADO: GUI retirada de la librería** (ADR + [0040](../decisiones/0040-retiro-gui-local.md), issue + [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190); supersede + [0027](../decisiones/0027-pivote-posicionamiento-gui-local.md)/[0028](../decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md)). + Se eliminan `b2g gui`, la API local FastAPI, la SPA `frontend/` y el extra `[gui]`; el core es + CLI/agente-native sobre la biblioteca viva. El documento queda como **historia** del AS-BUILT G1–G5; + la capa de servicios `service/` se conserva (la usa el CLI). ## Trazabilidad historias ↔ hitos (resumen) diff --git a/docs/decisiones/0040-retiro-gui-local.md b/docs/decisiones/0040-retiro-gui-local.md new file mode 100644 index 0000000..dbb898d --- /dev/null +++ b/docs/decisiones/0040-retiro-gui-local.md @@ -0,0 +1,157 @@ +# 0040 — Retirar la GUI local de la librería: el core es CLI/agente-native sobre la biblioteca viva + +- **Estado:** Aceptada +- **Fecha:** 2026-06-28 +- **Decidido por:** **Product Owner humano** (decisión tomada 2026-06-28). El retiro de la GUI local + (subcomando `b2g gui`, API local FastAPI, SPA `frontend/`, extra `[gui]`, vendoreo del frontend en + el wheel) y su carácter **BREAKING** son **decisiones del PO**. El **encuadre** —*"la GUI no es el + foco; el core es CLI/agente-native sobre la biblioteca viva, y el camino de adopción es la skill + (ADR 0039), no una SPA local"*— es **síntesis de la IA (architect) validada por el PO**. +- **Supersede a:** [0027](0027-pivote-posicionamiento-gui-local.md) (pivote de posicionamiento: GUI + local opt-in) y [0028](0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md) (arquitectura GUI/API/frontend + + empaquetado `[gui]`). Ambos quedan como **historia inmutable** (no se reescriben ni se borran): este + ADR revierte la **dirección** que fijaron, no su registro. El pivote del 0027 (GUI como 4º frontend) + y la arquitectura de tres frontends del 0028 dejan de ser el TARGET del proyecto. +- **Enmienda a:** [0038](0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md) (destino de los verbos huérfanos del + 0037). El 0038 fijó que `gui` *"se mantiene, fuera del set de 10"* como **excepción meta gobernada + por su propio ADR** (0027/0028). Este ADR **retira** esa excepción: `gui` deja de existir como verbo. + El conteo del 0037 **no se debilita** —los 10 verbos del ciclo siguen siendo verdad—; la superficie + pasa a leerse como **"10 verbos del ciclo + `skill` (meta/distribución)"**, sin `gui`. +- **No revierte el contrato del lazo:** el **envelope `schema="1"`, los exit codes y el FSM** se + preservan (ADR [0021](0021-cli-agente-native-contrato.md) §C/§D/§F). La **capa de servicios neutral + `service/`** —que el 0028 introdujo y elevó al contrato (envelope/errores/exit-code)— **se conserva**: + es la fuente única que usa el CLI. Lo que se retira es el **adaptador de transporte HTTP** (la API) y + su frontend, no la capa neutral. +- **Relacionada con:** [0010](0010-agente-native-columna.md)/[0021](0021-cli-agente-native-contrato.md) + (CLI agente-native como columna primaria: queda como la **única** frontera), + [0037](0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) (la superficie ES el ciclo de 10 verbos), + [0039](0039-skill-comando-meta-distribucion.md) (la skill de Claude Code es el **camino de adopción** + que reemplaza el rol que el 0027 daba a la GUI; tras este ADR, `skill` queda como la **única** + excepción meta, no la "2.ª junto a `gui`"), + [0005](0005-dependencias-extras.md) (matriz de extras: el extra `[gui]` = `fastapi` + `uvicorn` se + elimina, como antes `[llm]`/`[dedup]`), + [0032](0032-capa-servicios-duena-del-flujo.md)/[0033](0033-producto-library-centric-grafo-proyeccion.md) + /[0034](0034-etiquetado-tabla-tags-lateral.md) (propuestas library-centric que colgaban de la GUI: + quedan **fuera del alcance de la librería**; viven en el producto separado, no en bib2graph). +- **No introduce IA** (coherente con [0022](0022-producto-sin-ia-generativa.md)): es retiro de + superficie; no toca el núcleo determinista. +- **Origen:** issue [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190) (*"retirar la GUI + local (BREAKING) — fuera del foco"*). Encuadre de frontera bib2graph (motor determinista) vs. + producto (Zotero/Mendeley + IA-asiste). La limpieza **profunda** de la documentación (los ~53 + marcadores AS-BUILT de la epic GUI) se trata aparte en + [#191](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/191). + +## Contexto + +El ADR [0027](0027-pivote-posicionamiento-gui-local.md) (firmado 2026-06-18) pivoteó el +posicionamiento: una **GUI local "tool for thought"** opt-in para el investigador semi-técnico, como +**4º frontend** sobre la biblioteca viva. El ADR [0028](0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md) +bajó la arquitectura: una **capa de servicios neutral** (`service/`) con **tres frontends de +frontera** —CLI, **API local FastAPI** (`src/bib2graph/api/`) y **SPA** (`frontend/`)— más el +empaquetado del frontend en el wheel (extra `[gui]`, `force-include` de `gui/static/`). La epic +[#34](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/34) llegó a **AS-BUILT G1–G5** (API + SPA + +empaquetado), gateada por la validación de un tercero sobre el caso real. + +Esa validación no llegó, y el foco del proyecto se aclaró por otro lado. El posicionamiento de +0.10.0 es **agents-first**: la superficie CLI de 10 verbos (ADR [0037](0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md)) +mapea el ciclo de investigación para que **un agente lo corra one-shot**, y la **skill de Claude +Code** (ADR [0039](0039-skill-comando-meta-distribucion.md)) es la puerta de adopción —*"la mejor +forma de usar bib2graph es pedirle a Claude que lo use"*—. En ese marco, la GUI local: + +- **Compite por foco con el core CLI/agente-native** sin un caso validado que la justifique. +- **Carga superficie pesada**: una API HTTP de larga vida (que tensiona el single-writer del ADR + [0019](0019-concurrencia-diferida.md)), un subárbol JS (`frontend/`, único Node del monorepo, con su + toolchain `pnpm`/Vite/CI propio) y un empaquetado especial (`force-include` del frontend gitignored, + jobs de build de Node en `ci.yml`/`publish-*.yml`). +- **Pertenece al otro lado de la frontera de producto.** bib2graph es el **motor determinista** sin + IA; la experiencia visual library-centric (las propuestas 0032/0033/0034 que colgaban de la GUI) es + del **producto separado** (Zotero/Mendeley + IA-asiste), no de la librería. + +La pregunta de este ADR no es de diseño: es de **alcance**. *¿La GUI local es parte de la librería +bib2graph?* La respuesta del PO es **no**. + +## Decisión + +**bib2graph retira la GUI local de la librería.** Se eliminan el subcomando `b2g gui`, la API local +FastAPI (`src/bib2graph/api/`), la SPA `frontend/`, el extra `[gui]` y el vendoreo del frontend en el +wheel. El **core de bib2graph es la CLI/agente-native `b2g`** (ADR 0010/0021/0037) sobre la +biblioteca viva DuckDB. Es retiro de **superficie**; el contrato de salida (envelope `schema="1"` / +exit codes / FSM) y la **capa de servicios neutral `service/`** **no cambian**. + +### Qué se retira (BREAKING, pre-1.0 → bump minor) + +1. **El subcomando `b2g gui`** (`cli/commands/gui.py`) — sin alias de retrocompat (no es un renombre, + es un retiro de capacidad). +2. **La API local FastAPI** (`src/bib2graph/api/**`: `app`, `deps`, `security`, `envelopes`, `routers/`). +3. **La SPA `frontend/**`** (subárbol JS) y el prototipo `app/**`. +4. **El extra `[gui]`** (`fastapi` + `uvicorn`) y todo su andamiaje de empaquetado: `force-include` de + `gui/static/`, el directorio `src/bib2graph/gui/`, los `per-file-ignores` de `api/` y el override + de mypy `uvicorn.*` en `pyproject.toml`. +5. **El job `frontend` de `ci.yml`** y los pasos de build de Node de `publish-pypi.yml` / + `publish-testpypi.yml` (el wheel pasa a ser **Python puro**, construible con `uv build` sin Node). + +### Qué se conserva (NO es GUI; lo usa el CLI) + +- **La capa de servicios neutral `service/`** completa: `envelope.py`, `errors.py`, `resolve.py`, + `curate.py`, `maturity.py`, `snapshot.py` y **`reads.py`**. El 0028 la introdujo como contrato + compartido; el CLI (`read`/`curate`/`snapshot`/…) **depende** de ella. **`service/reads.py` no es + exclusiva de la API** —el grupo `read` (#156/#157) la consume (`list_papers`/`corpus_stats`/ + `get_paper`/`get_top`)—, así que **se queda**. +- **El entry point `b2g`** y los 10 verbos del ciclo + `skill` intactos. + +### El conteo de superficie tras el retiro + +La superficie 0.10.0 pasa de *"10 verbos del ciclo + `gui` + `skill`"* (estado del ADR 0039) a +**"10 verbos del ciclo + `skill` (meta/distribución)"**. `skill` queda como la **única excepción +meta**, ya no "la 2.ª junto a `gui`". El conteo de 10 verbos del 0037 sigue siendo **verificable +contra `b2g --help`**. + +## Consecuencias + +**Lo que se gana** + +- **Foco.** El core vuelve a ser una sola frontera: la CLI/agente-native. Menos superficie que + documentar, testear y mantener; el camino de adopción es la skill (0039), no una SPA local. +- **Wheel Python puro.** Sin Node en el build: `uv build` produce el wheel sin `pnpm`, sin + `force-include`, sin jobs de frontend en CI/publish. Empaquetado más simple y reproducible. +- **Sin la tensión de concurrencia del 0019.** Desaparece el server HTTP de larga vida; el modelo + single-writer (1 archivo = 1 escritor) deja de estar tensionado por la API. +- **Frontera de producto nítida** (memoria del PO): bib2graph = motor determinista sin IA; la + experiencia visual library-centric vive en el producto separado, no en la librería. + +**Lo que cuesta** + +- **BREAKING para quien usaba `b2g gui` o instalaba `bib2graph[gui]`.** Pre-1.0, se absorbe como bump + **minor**; release-please lo corta desde el commit BREAKING (`feat!`/footer `BREAKING CHANGE`). No + hay ruta de migración: la capacidad se retira. +- **Documentación a depurar.** Este ADR limpia los docs **activos** mínimos para que el retiro sea + coherente (AGENTS, API §0.1/§0.2/`gui`, ARCHITECTURE §4.4, PRD, ROADMAP/05-gui banner). La limpieza + **profunda** —los ~53 marcadores AS-BUILT de la epic GUI repartidos por API/ARCHITECTURE/AGENTS— se + trata en [#191](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/191), no aquí. +- **Trabajo descartado.** G1–G5 estaban AS-BUILT. Se retira código que funcionaba. El registro + (Notas 07/08/10/12/16/17, ADR 0027/0028) queda como **historia**: el porqué de haberlo construido y + el porqué de retirarlo conviven. +- **Las propuestas 0032/0033/0034 quedan sin destino en la librería.** Colgaban de la GUI + (library-centric, tags, flujo canónico vía `service/`). No se revierten —siguen como **Propuesta** + histórica— pero su materialización ya no es de bib2graph: es del producto separado. + +## Alternativas + +- **Mantener la GUI como extra opt-in dormido** (código presente, sin promocionar). **Descartada:** el + código vivo carga mantenimiento (deps `fastapi`/`uvicorn`, toolchain Node, CI, empaquetado especial) + aunque nadie lo use, y mantiene la ambigüedad de alcance que este ADR quiere cerrar. Un extra + "dormido" sigue siendo superficie pública que el contrato declara. +- **Mover la GUI a un repo/paquete aparte ahora.** **Descartada como parte de este issue:** el foco es + **retirarla de la librería**, no relanzarla. Si el producto separado la necesita, partirá de cero con + su propio gobierno; la historia (0027/0028 + Notas) queda disponible como referencia. Extraer y + mantener un paquete espejo hoy es trabajo que nadie pidió. +- **Borrar también `service/reads.py`** (como sugería el inventario inicial, asumiéndola API-only). + **Descartada:** es **incorrecto** —el grupo `read` del CLI la usa (`list_papers`/`corpus_stats`/ + `get_paper`/`get_top`)—. Borrarla rompería `b2g read`. Las funciones de `reads.py` que **solo** usaba + la API (`get_workspace`/`list_rounds`/`get_scent`/`get_network`/`compare_rounds`) quedan como código + inerte; su poda es **opcional** y se difiere a la limpieza profunda (#191), no a este retiro. +- **No marcarlo BREAKING** (retiro silencioso). **Descartada:** retira capacidad pública + (`b2g gui`, extra `[gui]`); el contrato exige señalarlo. Pre-1.0 = minor, pero **BREAKING** explícito + en el commit para que release-please y el CHANGELOG lo registren. + + diff --git a/docs/decisiones/README.md b/docs/decisiones/README.md index 633325e..c18535e 100644 --- a/docs/decisiones/README.md +++ b/docs/decisiones/README.md @@ -40,9 +40,12 @@ Qué se vuelve posible/fácil y qué se vuelve costoso/imposible. Trade-offs hon > Los ADR se numeran **por orden de creación**, no se reservan en general. **0027** (pivote de > posicionamiento GUI) y **0028** (arquitectura GUI/API + capa de servicios) existen ya como > *Aceptada* (firmados 2026-06-18), derivados de la [Nota 12](../Notas/12-arquitectura-gui-encuadre.md) -> (revisada 2026-06-18): **0027 gatea 0028** y enmienda el PRD §3/§5.2. Son **TARGET** — la GUI sigue -> gateada por [#34](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/34) (código tras el caso real -> validado por un tercero). (El workspace —prerequisito GUI— ya es **0029**, Aceptada/AS-BUILT.) +> (revisada 2026-06-18): **0027 gatea 0028** y enmienda el PRD §3/§5.2. +> **Supersedidos por [0040](0040-retiro-gui-local.md)** (2026-06-28): la GUI local se **retira de la +> librería** (fuera del foco; el core es CLI/agente-native). 0027/0028 y las Notas de diseño +> (07/08/10/12/16/17) quedan como **historia inmutable**; la capa de servicios `service/` que el 0028 +> introdujo **se conserva** (la usa el CLI). (El workspace —ex prerequisito GUI— sigue vigente como +> **0029**, Aceptada/AS-BUILT.) | ADR | Título | Estado | |-----|--------|--------| @@ -72,8 +75,8 @@ Qué se vuelve posible/fácil y qué se vuelve costoso/imposible. Trade-offs hon | [0024](0024-orden-d3-columna-secuencia-duckdb.md) | Orden D3 en DuckDB vía columna de secuencia interna (`_seq`) | Aceptada · AS-BUILT (2026-06-16) | | [0025](0025-enricher-cocitacion-openalex.md) | `Enricher` opt-in sobre OpenAlex (núcleo): refs→DOI + co-citación; supersede el `[s2]` del DoD del Hito 8 | Aceptada · AS-BUILT COMPLETO (2026-06-16): 8a + 8b → Hito 8 completo | | [0026](0026-dedup-fuzzy-determinista.md) | Dedup fuzzy determinista con `rapidfuzz` (autores + keywords, función de librería); `splink` diferido a post-V1 | Aceptada · AS-BUILT (2026-06-16): Hito 7 · **supersedida en parte por [0031](0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md)** (2026-06-18): el dedup pasa de función de librería sin subcomando a **automático en la ingesta**; el algoritmo sigue vigente | -| [0027](0027-pivote-posicionamiento-gui-local.md) | Pivote de posicionamiento: GUI local opt-in para semi-técnicos (gatea 0028) | **Aceptada** (firmada 2026-06-18) — enmienda PRD §3/§5.2 (bloque fechado); GUI gateada por [#34](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/34) | -| [0028](0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md) | Arquitectura GUI/API/frontend: capa de servicios neutral (`service/`) + CLI/API como adaptadores + empaquetado (`[gui]`, wheel con frontend) | **Aceptada** (firmada 2026-06-18) — **TARGET**, gateado por [0027](0027-pivote-posicionamiento-gui-local.md). Sube el contrato (envelope/errores/exit-code) de `cli/` a `service/`; enmienda 0021, relacionada 0010/0019/0029 | +| [0027](0027-pivote-posicionamiento-gui-local.md) | Pivote de posicionamiento: GUI local opt-in para semi-técnicos (gatea 0028) | Aceptada (firmada 2026-06-18) · **supersedida por [0040](0040-retiro-gui-local.md)** (2026-06-28): la GUI local se retira de la librería (fuera del foco) | +| [0028](0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md) | Arquitectura GUI/API/frontend: capa de servicios neutral (`service/`) + CLI/API como adaptadores + empaquetado (`[gui]`, wheel con frontend) | Aceptada (firmada 2026-06-18) · **supersedida por [0040](0040-retiro-gui-local.md)** (2026-06-28): se retiran API/SPA/`[gui]`; **la capa `service/` se conserva** (la usa el CLI) | | [0029](0029-workspace-por-investigacion.md) | Workspace por investigación: carpeta autocontenida (`workspace.json` + db + redes/snapshots/exports) + resolución ambiente | **Aceptada — AS-BUILT** (2026-06-16; remanentes #32 cerrados 2026-06-17). **Enmienda BREAKING #75 (2026-06-17):** `--store` eliminado del CLI y fin del modo degenerado — la carpeta con `workspace.json` es la única unidad canónica; `.duckdb` legacy se adopta con `b2g init .`. Enmienda 0009/0019/0021; prerequisito GUI (#34) | | [0030](0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md) | Ecuación declarativa (`equation.yaml`, `seed --spec`) + `restore` de corpus curado (sin red) + corpus de ejemplo commiteado (`examples/valoraciones/`) + `seed --from-bib` (BibTeX) + filtro de año | **Aceptada — AS-BUILT** (9a + 9b + Ciclo 10, 2026-06-17): `restore`+`equation.yaml` cargable; `examples/valoraciones/` + gate R2; **`seed --from-bib` + `examples/bibtex/` + filtro de año real (#50 cerrado)**. Enmienda 0029; relacionada 0005/0006/0007/0016/0017/0018; prereq. Ciclo #33 → gate GUI (#34) | | [0031](0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md) | Preprocesamiento automático en la ingesta (normalize + dedup sobre el corpus completo mergeado, cross-biblioteca); `rapidfuzz` al núcleo (`[dedup]` eliminado); `thesaurus` = único paso explícito (18° subcomando, transversal); `persist_replace`/`overwrite_corpus` | **Aceptada — AS-BUILT** (2026-06-18, #88). **Supersede en parte [0026](0026-dedup-fuzzy-determinista.md)** (invocación del dedup) y la enmienda `[dedup]` de [0005](0005-dependencias-extras.md). Relacionada 0011/0017/0022/0024/0016; revisión asistida de clusters → epic GUI (#34) | @@ -84,4 +87,5 @@ Qué se vuelve posible/fácil y qué se vuelve costoso/imposible. Trade-offs hon | [0036](0036-identidad-source-id-agnostica-doi-ancla.md) | Identidad de fuente agnóstica: DOI como ancla universal, `source_id` genérico, motor de extracción intercambiable (tabla lateral `external_ids` 1↔N) | **Aceptada — AS-BUILT** (0.8, 2026-06-22): rename `openalex_id`→`source_id`, inversión de `_compute_id` (`doi > source_id > tt`), desacople del núcleo, infra `external_ids`, migración de `examples/valoraciones` (#118/#119). **Enmienda 0007/0013**; refuerza 0018; relacionada 0035/0034/0015. Población de `external_ids` y selector `--source` diferidos al 2º motor (#120) | | [0037](0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) | Superficie CLI de 0.10.0: **10 verbos agents-first** que mapean el ciclo (INIT→SEED→CHAIN→CURATE→BUILD→READ→EXPORT/SNAPSHOT, STATUS transversal); `status` como mapa (`next_best_action` + **preview por-red "qué se materializa" (e)** + **maturity-stamp del one-shot (f)**, campos aditivos); `curate`/`read` noun-verb; `monitor`→`chain --since`; aliases de retrocompat | **Aceptada** (2026-06-26). **Enmienda [0021](0021-cli-agente-native-contrato.md)** (consolida 12→10; envelope `schema="1"`/exit/FSM intactos). Relacionada 0010/0016/0029/0035/0036/0032/0033; no introduce IA (0022). Origen: Discussion [#127](https://github.com/complexluise/bib2graph/discussions/127); issues #76/#132 | | [0038](0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md) | Destino de los 5 verbos huérfanos que el 0037 no nombró: `gui` se mantiene fuera de los 10 (0027/0028); `enrich`→absorbido en `chain`/`build`; `restore`→`snapshot restore`; `thesaurus`→retirado; `resolve`→retirado (ruta única `seed --resolve`). Fija: ventana de deprecación cierra en **0.11.0**; `build --scope=all` default; forma de `maturity` en `docs/API.md` | **Aceptada** (2026-06-27). **Enmienda [0037](0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md)** (cierra el conteo "10 verbos"); revisa el `thesaurus` de [0031](0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md); renombre de [0030](0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md); refuerza 0035; envelope `schema="1"`/exit/FSM intactos. Contexto: issues #149/#34 | -| [0039](0039-skill-comando-meta-distribucion.md) | Distribución de la skill de Claude Code end-user: `b2g skill add [--user\|--project] [--force]` (2.º comando **meta**, junto a `gui`; **fuera** del set de 10, no compite con `status`); skill vendoreada en el wheel (`src/bib2graph/skill/`, fuente commiteada incluida por `packages` — **no** `force-include`) → **version-lock skill==cli**; envelope `--json` sin FSM, sin workspace. **Descarta** el extra `[skill]` (no escribe en `~/.claude/skills/`) y plugin+marketplace como primario (desacopla versionado; ruta futura) | **Aceptada** (2026-06-28). **Enmienda [0038](0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md)** (2.ª excepción meta; conteo "10 + gui + skill"); relacionada 0037/0028/0010/0021/0029; no introduce IA (0022). Epic [#188](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/188) | +| [0039](0039-skill-comando-meta-distribucion.md) | Distribución de la skill de Claude Code end-user: `b2g skill add [--user\|--project] [--force]` (comando **meta**; **fuera** del set de 10, no compite con `status`); skill vendoreada en el wheel (`src/bib2graph/skill/`, fuente commiteada incluida por `packages` — **no** `force-include`) → **version-lock skill==cli**; envelope `--json` sin FSM, sin workspace. **Descarta** el extra `[skill]` (no escribe en `~/.claude/skills/`) y plugin+marketplace como primario (desacopla versionado; ruta futura) | **Aceptada** (2026-06-28). **Enmienda [0038](0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md)** (excepción meta); relacionada 0037/0028/0010/0021/0029; no introduce IA (0022). Epic [#188](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/188). **Nota (2026-06-28):** el [0040](0040-retiro-gui-local.md) retira `gui`, así que `skill` queda como **única** excepción meta (conteo "10 + skill") | +| [0040](0040-retiro-gui-local.md) | Retirar la GUI local de la librería (BREAKING): se eliminan `b2g gui`, la API local FastAPI (`api/`), la SPA `frontend/`, el extra `[gui]` y el vendoreo del frontend en el wheel; el core es CLI/agente-native sobre la biblioteca viva. **La capa `service/` (incl. `reads.py`) se conserva** (la usa el CLI). Conteo: "10 verbos + `skill`" | **Aceptada** (2026-06-28). **Supersede [0027](0027-pivote-posicionamiento-gui-local.md)/[0028](0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md)**; enmienda [0038](0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md) (retira la excepción `gui`); relacionada 0010/0021/0037/0039/0005/0019/0032/0033/0034; no introduce IA (0022). Issue [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190); limpieza profunda de docs en [#191](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/191) | diff --git a/frontend/index.html b/frontend/index.html deleted file mode 100644 index fbf6376..0000000 --- a/frontend/index.html +++ /dev/null @@ -1,26 +0,0 @@ - - - - - - - - bib2graph — Observatorio bibliométrico - - - - - - -
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-const queryClient = new QueryClient({ - defaultOptions: { - queries: { - retry: 1, - refetchOnWindowFocus: false, - }, - }, -}); - -/** - * App — Layout de 3 columnas: RONDAS · GRAFO · CANDIDATO. - * - * El RoundDiffPanel se superpone sobre el área del grafo cuando está activo. - * Una sola pantalla sin modales que rompan el flujo (ADR 0027 §diseño). - */ -export function App() { - return ( - -
- {/* Header: nombre del workspace, estado, staleness */} -
- - {/* Layout de 3 columnas */} -
- {/* Columna izquierda: RONDAS */} -
- -
- - {/* Centro: GRAFO (el héroe) */} - - - {/* Columna derecha: CANDIDATO */} -
- -
- - {/* Overlay del diff (sobre el grafo) */} - -
-
- - ); -} diff --git a/frontend/src/__tests__/client.test.ts b/frontend/src/__tests__/client.test.ts deleted file mode 100644 index dade385..0000000 --- a/frontend/src/__tests__/client.test.ts +++ /dev/null @@ -1,154 +0,0 @@ -/** - * Tests del cliente HTTP — contrato costura cliente↔API. - * - * Cobertura (docs/ROADMAP/05-gui.md §Tests G4): - * 1. apiFetch des-envuelve data de un envelope schema="1" válido. - * 2. apiFetch lanza ApiError con code STRING ante error !== null. - * 3. apiFetch manda el header Authorization: Bearer . - * 4. apiFetch lanza AuthError ante 401. - */ - -import { describe, it, expect, vi, afterEach } from "vitest"; -import { ApiError, AuthError, apiFetch } from "@/client/http"; - -// --------------------------------------------------------------------------- -// Mock del token -// --------------------------------------------------------------------------- - -vi.mock("@/client/token", () => ({ - getToken: () => "test-token-12345", -})); - -// --------------------------------------------------------------------------- -// Helpers -// --------------------------------------------------------------------------- - -function mockFetch(response: Response) { - return vi.spyOn(globalThis, "fetch").mockResolvedValueOnce(response); -} - -function envelopeResponse(data: T, status = 200): Response { - return new Response( - JSON.stringify({ - schema: "1", - ok: true, - command: "test", - exit_code: 0, - data, - warnings: [], - error: null, - }), - { status, headers: { "Content-Type": "application/json" } } - ); -} - -function errorEnvelopeResponse( - code: string, - message: string, - exitCode = 2 -): Response { - return new Response( - JSON.stringify({ - schema: "1", - ok: false, - command: "test", - exit_code: exitCode, - data: {}, - warnings: [], - error: { code, message }, - }), - { status: 422, headers: { "Content-Type": "application/json" } } - ); -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// Tests -// --------------------------------------------------------------------------- - -describe("apiFetch", () => { - afterEach(() => { - vi.restoreAllMocks(); - }); - - it("des-envuelve data de un envelope schema='1' válido", async () => { - const payload = { name: "mi-workspace", total_papers: 42 }; - mockFetch(envelopeResponse(payload)); - - const result = await apiFetch("/api/workspace"); - - expect(result).toEqual(payload); - expect(result.total_papers).toBe(42); - }); - - it("lanza ApiError con code STRING cuando error !== null", async () => { - mockFetch(errorEnvelopeResponse("DATA_ERROR", "El paper no existe", 2)); - - await expect(apiFetch("/api/paper/no-existe")).rejects.toThrow(ApiError); - - mockFetch(errorEnvelopeResponse("INTERNAL_ERROR", "Bug interno", 0)); - let caught: unknown = null; - try { - await apiFetch("/api/test"); - } catch (e) { - caught = e; - } - expect(caught).toBeInstanceOf(ApiError); - const apiErr = caught as ApiError; - // code es STRING, no number - expect(typeof apiErr.code).toBe("string"); - expect(apiErr.code).toBe("INTERNAL_ERROR"); - }); - - it("manda el header Authorization: Bearer ", async () => { - const payload = { rounds: [] }; - const fetchSpy = mockFetch(envelopeResponse(payload)); - - await apiFetch("/api/rounds"); - - expect(fetchSpy).toHaveBeenCalledOnce(); - const [, init] = fetchSpy.mock.calls[0] as [string, RequestInit]; - const headers = init?.headers as Record; - expect(headers["Authorization"]).toBe("Bearer test-token-12345"); - }); - - it("lanza AuthError ante respuesta 401", async () => { - vi.spyOn(globalThis, "fetch").mockResolvedValueOnce( - new Response(null, { status: 401 }) - ); - - await expect(apiFetch("/api/workspace")).rejects.toThrow(AuthError); - }); - - it("lanza Error si el envelope no es schema='1'", async () => { - vi.spyOn(globalThis, "fetch").mockResolvedValueOnce( - new Response( - JSON.stringify({ schema: "2", ok: true, data: {}, error: null }), - { status: 200, headers: { "Content-Type": "application/json" } } - ) - ); - - await expect(apiFetch("/api/workspace")).rejects.toThrow( - /schema.*"2".*esperado "1"/ - ); - }); -}); - -describe("ApiError", () => { - it("preserva code como string y message", () => { - const err = new ApiError("DATA_ERROR", "no existe", 2); - expect(err.code).toBe("DATA_ERROR"); - expect(typeof err.code).toBe("string"); - expect(err.message).toBe("no existe"); - expect(err.exitCode).toBe(2); - expect(err).toBeInstanceOf(Error); - }); - - it("code nunca es number (regresión vs mock antiguo)", () => { - // El mock antiguo tipaba code: number — esto fue el drift identificado. - const err = new ApiError("USAGE_ERROR", "uso incorrecto", 1); - expect(typeof err.code).toBe("string"); - // @ts-expect-error — intento de asignar number a string: el tipo previene esto - const _coercion: number = err.code; - void _coercion; // silenciar unused - }); -}); diff --git a/frontend/src/__tests__/components.test.tsx b/frontend/src/__tests__/components.test.tsx deleted file mode 100644 index 25c78f0..0000000 --- a/frontend/src/__tests__/components.test.tsx +++ /dev/null @@ -1,254 +0,0 @@ -/** - * Tests de smoke de render para los componentes clave. - * - * Cobertura (docs/ROADMAP/05-gui.md §Tests G4): - * 1. GraphCanvas monta con datos mínimos de NetworkData. - * 2. RoundDiffPanel renderiza added/removed de un RoundDiff conocido. - * - * No se testea pixel-perfect ni Cytoscape real (requeriría jsdom + canvas). - * GraphCanvas se testea sin el canvas de Cytoscape (stub del import dinámico). - */ - -import { describe, it, expect, vi, beforeEach } from "vitest"; -import { render, screen } from "@testing-library/react"; -import { QueryClient, QueryClientProvider } from "@tanstack/react-query"; -import type { NetworkData, RoundDiff } from "@/types/api"; - -// --------------------------------------------------------------------------- -// Mocks — deben ir antes de los imports de los componentes -// --------------------------------------------------------------------------- - -// Mock del store con los valores que necesitan los tests -const mockStoreState = { - activeKind: "bibliographic_coupling" as const, - selectPaper: vi.fn(), - diffVisible: true, - diffRoundA: "snap-2024-01" as string | null, - diffRoundB: "live" as string | null, - closeDiff: vi.fn(), -}; - -vi.mock("@/store", () => ({ - useAppStore: (selector: (s: typeof mockStoreState) => unknown) => - selector(mockStoreState), -})); - -// Mock del cliente API con vi.fn() para poder configurar resoluciones por test -const mockFetchNetwork = vi.fn<() => Promise>(); -const mockFetchCompare = vi.fn<() => Promise>(); - -vi.mock("@/client/api", () => ({ - fetchNetwork: () => mockFetchNetwork(), - fetchCompare: () => mockFetchCompare(), -})); - -// Stub de cytoscape — evita que intente crear un canvas real en jsdom -vi.mock("cytoscape", () => ({ - default: () => ({ - nodes: () => ({ forEach: vi.fn() }), - edges: () => ({ forEach: vi.fn() }), - on: vi.fn(), - destroy: vi.fn(), - }), -})); - -vi.mock("cytoscape-fcose", () => ({ default: vi.fn() })); - -// --------------------------------------------------------------------------- -// Datos mock -// --------------------------------------------------------------------------- - -const MOCK_NETWORK: NetworkData = { - nodes: [ - { - id: "P1", - label: "Paper de prueba", - degree_centrality: 0.8, - community: 0, - year: 2020, - is_seed: true, - curation_status: "accepted", - }, - { - id: "P2", - label: "Otro paper", - degree_centrality: 0.3, - community: 1, - year: 2021, - is_seed: false, - curation_status: "candidate", - }, - ], - edges: [{ source: "P1", target: "P2", weight: 2 }], - metrics: { - n_nodes: 2, - n_edges: 1, - density: 1.0, - num_components: 1, - avg_clustering: 0.0, - n_communities: 2, - }, -}; - -const MOCK_DIFF: RoundDiff = { - round_a: "snap-2024-01", - round_b: "live", - added_paper_ids: ["P3", "P4"], - removed_paper_ids: ["P0"], - mutated_hubs: [], - metrics_change: [{ metric: "n_papers", before: 10, after: 12 }], -}; - -// --------------------------------------------------------------------------- -// Helpers -// --------------------------------------------------------------------------- - -function makeQueryClient() { - return new QueryClient({ - defaultOptions: { queries: { retry: false } }, - }); -} - -function Wrapper({ children }: { children: React.ReactNode }) { - return ( - - {children} - - ); -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// Test 1: GraphCanvas monta con datos mock de NetworkData -// --------------------------------------------------------------------------- - -describe("GraphCanvas", () => { - beforeEach(() => { - mockFetchNetwork.mockResolvedValue(MOCK_NETWORK); - }); - - it("monta sin errores con datos mínimos de NetworkData", async () => { - const { GraphCanvas } = await import("@/components/graph/GraphCanvas"); - - const { container } = render( - - - - ); - - // El componente monta sin lanzar errores - expect(container).toBeDefined(); - // El main wrapper debe estar presente - const main = container.querySelector("main"); - expect(main).not.toBeNull(); - }); - - it("muestra el hint de interacción del grafo", async () => { - const { GraphCanvas } = await import("@/components/graph/GraphCanvas"); - - render( - - - - ); - - // El texto de ayuda del scroll/drag debe estar en el DOM - expect(screen.getByText(/scroll para zoom/i)).toBeDefined(); - }); -}); - -// --------------------------------------------------------------------------- -// Test 2: RoundDiffPanel renderiza added/removed de un RoundDiff conocido -// --------------------------------------------------------------------------- - -describe("RoundDiffPanel", () => { - beforeEach(() => { - mockFetchCompare.mockResolvedValue(MOCK_DIFF); - // Asegurar que diffVisible=true y los rounds están configurados - mockStoreState.diffVisible = true; - mockStoreState.diffRoundA = "snap-2024-01"; - mockStoreState.diffRoundB = "live"; - }); - - it("renderiza el panel cuando diffVisible=true con roundA y roundB", async () => { - const { RoundDiffPanel } = await import( - "@/components/diff/RoundDiffPanel" - ); - - render( - - - - ); - - // El panel debe estar visible - expect(screen.getByRole("complementary")).toBeDefined(); - expect(screen.getByText("Diff de rondas")).toBeDefined(); - }); - - it("muestra los ids de las rondas A y B en el header", async () => { - const { RoundDiffPanel } = await import( - "@/components/diff/RoundDiffPanel" - ); - - render( - - - - ); - - // Buscar los ids de rondas en el panel - expect(screen.getByText(/snap-2024-01/)).toBeDefined(); - expect(screen.getByText(/live/)).toBeDefined(); - }); - - it("muestra los added_paper_ids cuando la query resuelve", async () => { - const { RoundDiffPanel } = await import( - "@/components/diff/RoundDiffPanel" - ); - - const { findByText } = render( - - - - ); - - // Esperar que la query async resuelva - const p3El = await findByText(/P3/); - expect(p3El).toBeDefined(); - - const p4El = await findByText(/P4/); - expect(p4El).toBeDefined(); - }); - - it("muestra los removed_paper_ids cuando la query resuelve", async () => { - const { RoundDiffPanel } = await import( - "@/components/diff/RoundDiffPanel" - ); - - const { findByText } = render( - - - - ); - - const p0El = await findByText(/P0/); - expect(p0El).toBeDefined(); - }); - - it("no renderiza nada cuando diffVisible=false", async () => { - mockStoreState.diffVisible = false; - - const { RoundDiffPanel } = await import( - "@/components/diff/RoundDiffPanel" - ); - - const { container } = render( - - - - ); - - // Sin contenido visible - expect(container.firstChild).toBeNull(); - }); -}); diff --git a/frontend/src/__tests__/setup.ts b/frontend/src/__tests__/setup.ts deleted file mode 100644 index d0de870..0000000 --- a/frontend/src/__tests__/setup.ts +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -import "@testing-library/jest-dom"; diff --git a/frontend/src/client/api.ts b/frontend/src/client/api.ts deleted file mode 100644 index ba79c40..0000000 --- a/frontend/src/client/api.ts +++ /dev/null @@ -1,85 +0,0 @@ -/** - * client/api.ts — Las 7 llamadas tipadas (1:1 con los endpoints de G3). - * - * Cada función refleja un endpoint real de la API (API.md §0.2). - * Los tipos de retorno espejant los DTOs de src/types/api.ts. - */ - -import type { - CurateRequest, - CurateResult, - NetworkData, - NetworkKind, - Paper, - RoundDiff, - RoundsData, - Scent, - WorkspaceState, -} from "@/types/api"; -import { apiFetch } from "./http"; - -// --------------------------------------------------------------------------- -// Lecturas (GET) -// --------------------------------------------------------------------------- - -/** GET /api/workspace — estado del workspace activo. */ -export async function fetchWorkspace(): Promise { - return apiFetch("/api/workspace"); -} - -/** GET /api/rounds — snapshots sellados + entrada "live". */ -export async function fetchRounds(): Promise { - return apiFetch("/api/rounds"); -} - -/** GET /api/paper/{id} — fila del corpus por id. */ -export async function fetchPaper(paperId: string): Promise { - return apiFetch(`/api/paper/${encodeURIComponent(paperId)}`); -} - -/** GET /api/paper/{id}/scent — score de acoplamiento + vecinos. */ -export async function fetchScent(paperId: string): Promise { - return apiFetch(`/api/paper/${encodeURIComponent(paperId)}/scent`); -} - -/** GET /api/network/{kind} — red de la ronda viva por kind. */ -export async function fetchNetwork(kind: NetworkKind): Promise { - return apiFetch(`/api/network/${kind}`); -} - -/** - * GET /api/compare?a=&b= — diff entre dos snapshots. - * - * @param roundA - id del snapshot A (o "live"). - * @param roundB - id del snapshot B (o "live"). - */ -export async function fetchCompare( - roundA: string, - roundB: string -): Promise { - const params = new URLSearchParams({ a: roundA, b: roundB }); - return apiFetch(`/api/compare?${params.toString()}`); -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// Escritura (POST) -// --------------------------------------------------------------------------- - -/** - * POST /api/paper/{id}/curate — acepta o rechaza un paper. - * - * @param paperId - id del paper a curar. - * @param decision - "accepted" | "rejected". - */ -export async function curatePaper( - paperId: string, - decision: CurateRequest["decision"] -): Promise { - return apiFetch( - `/api/paper/${encodeURIComponent(paperId)}/curate`, - { - method: "POST", - body: JSON.stringify({ decision } satisfies CurateRequest), - } - ); -} diff --git a/frontend/src/client/http.ts b/frontend/src/client/http.ts deleted file mode 100644 index 3774af4..0000000 --- a/frontend/src/client/http.ts +++ /dev/null @@ -1,100 +0,0 @@ -/** - * client/http.ts — Capa base de fetch para la API bib2graph. - * - * Responsabilidades: - * - Añade Authorization: Bearer a cada request. - * - Valida que el envelope sea schema="1". - * - Des-envuelve data del envelope en el camino feliz. - * - Lanza ApiError con code STRING ante error !== null. - * - Maneja 401 (sin token / token inválido) aparte del envelope estándar. - */ - -import type { Envelope } from "@/types/api"; -import { getToken } from "./token"; - -// --------------------------------------------------------------------------- -// ApiError — error.code es STRING (no number) -// --------------------------------------------------------------------------- - -export class ApiError extends Error { - /** Código string del contrato: "DATA_ERROR" | "USAGE_ERROR" | etc. */ - readonly code: string; - readonly exitCode: number; - - constructor(code: string, message: string, exitCode = 0) { - super(message); - this.name = "ApiError"; - this.code = code; - this.exitCode = exitCode; - } -} - -export class AuthError extends Error { - constructor() { - super("No autorizado: token faltante o inválido (401)"); - this.name = "AuthError"; - } -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// apiFetch — función base -// --------------------------------------------------------------------------- - -/** Base URL de la API — misma origen en producción, proxy en dev. */ -const BASE_URL = ""; - -/** - * Realiza un fetch a la API, añade el Bearer y des-envuelve el envelope. - * - * @param path - Ruta relativa (p. ej. "/api/workspace"). - * @param init - Opciones de fetch estándar (method, body, etc.). - * @returns El campo `data` del envelope tipado como T. - * @throws AuthError si el servidor responde 401. - * @throws ApiError si el envelope trae error !== null. - * @throws Error si el envelope no es schema="1" o hay error de red. - */ -export async function apiFetch( - path: string, - init: RequestInit = {} -): Promise { - const token = getToken(); - - const headers: Record = { - "Content-Type": "application/json", - ...(init.headers as Record | undefined), - }; - - if (token) { - headers["Authorization"] = `Bearer ${token}`; - } - - const response = await fetch(`${BASE_URL}${path}`, { - ...init, - headers, - }); - - // 401 es del adaptador HTTP (sin token / token inválido), NO del envelope - if (response.status === 401) { - throw new AuthError(); - } - - const envelope = (await response.json()) as Envelope; - - // Validar que sea el contrato esperado - if (envelope.schema !== "1") { - throw new Error( - `Envelope inesperado: schema="${envelope.schema}" (esperado "1")` - ); - } - - // error !== null → lanzar ApiError con code STRING - if (envelope.error !== null) { - throw new ApiError( - envelope.error.code, - envelope.error.message, - envelope.exit_code - ); - } - - return envelope.data; -} diff --git a/frontend/src/client/token.ts b/frontend/src/client/token.ts deleted file mode 100644 index f75b7f1..0000000 --- a/frontend/src/client/token.ts +++ /dev/null @@ -1,53 +0,0 @@ -/** - * client/token.ts — Lee el token Bearer inyectado por b2g gui. - * - * Mecanismo (B-G4-3): b2g gui reemplaza el placeholder "__B2G_TOKEN__" en el - * index.html antes de servirlo, tanto en el script inline (window.__B2G_TOKEN__) - * como en la meta tag . - * - * En modo desarrollo Vite (pnpm dev), el token se pasa como variable de entorno - * VITE_B2G_TOKEN o se deja null (la API devuelve 401 y el banner lo indica). - */ - -declare global { - interface Window { - __B2G_TOKEN__?: string; - } -} - -/** El placeholder literal que b2g gui reemplaza en el HTML. */ -const PLACEHOLDER = "__B2G_TOKEN__"; - -/** - * Devuelve el token efímero generado por b2g gui, o null si no está disponible. - * - * Prioridad: - * 1. window.__B2G_TOKEN__ (inyectado en el script inline del index.html) - * 2. (fallback si la inyección fue por meta) - * 3. import.meta.env.VITE_B2G_TOKEN (desarrollo local con Vite) - * 4. null (sin token — la API devuelve 401) - */ -export function getToken(): string | null { - // 1. Script inline (mecanismo principal) - const windowToken = window.__B2G_TOKEN__; - if (windowToken && windowToken !== PLACEHOLDER) { - return windowToken; - } - - // 2. Meta tag - const meta = document.querySelector( - 'meta[name="b2g-token"]' - ); - if (meta?.content && meta.content !== PLACEHOLDER) { - return meta.content; - } - - // 3. Variable de entorno de Vite (solo en desarrollo) - // eslint-disable-next-line @typescript-eslint/no-unnecessary-condition - const envToken = (import.meta as { env?: Record }).env?.["VITE_B2G_TOKEN"]; - if (envToken) { - return envToken; - } - - return null; -} diff --git a/frontend/src/components/candidate/CandidatePanel.tsx b/frontend/src/components/candidate/CandidatePanel.tsx deleted file mode 100644 index df50e12..0000000 --- a/frontend/src/components/candidate/CandidatePanel.tsx +++ /dev/null @@ -1,374 +0,0 @@ -import { useQuery, useMutation, useQueryClient } from "@tanstack/react-query"; -import { fetchPaper, fetchScent, curatePaper } from "@/client/api"; -import { useAppStore } from "@/store"; -import { Spinner } from "@/components/ui/Spinner"; -import { ErrorBanner } from "@/components/ui/ErrorBanner"; -import { Button } from "@/components/ui/Button"; -import { CurationBadge } from "@/components/ui/Badge"; -import { truncate } from "@/lib/format"; -import type { Paper, Scent } from "@/types/api"; - -/** - * CandidatePanel — columna derecha. - * - * Muestra el paper seleccionado (del grafo o al hacer clic). - * Incluye: metadatos, scent (score + vecinos), botones de curación. - * Al curar, hace refetch de la red para reflejar el estado actualizado. - */ -export function CandidatePanel() { - const selectedPaperId = useAppStore((s) => s.selectedPaperId); - - if (!selectedPaperId) { - return ( - - ); - } - - return ( - - ); -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// PaperDetail -// --------------------------------------------------------------------------- - -function PaperDetail({ paperId }: { paperId: string }) { - const queryClient = useQueryClient(); - const activeKind = useAppStore((s) => s.activeKind); - - const { - data: paper, - isLoading: loadingPaper, - error: errorPaper, - } = useQuery({ - queryKey: ["paper", paperId], - queryFn: () => fetchPaper(paperId), - }); - - const { - data: scent, - isLoading: loadingScent, - error: errorScent, - } = useQuery({ - queryKey: ["scent", paperId], - queryFn: () => fetchScent(paperId), - enabled: !!paper, - }); - - const curateMutation = useMutation({ - mutationFn: (decision: "accepted" | "rejected") => - curatePaper(paperId, decision), - onSuccess: () => { - // Refetch del paper y de la red para reflejar el cambio - void queryClient.invalidateQueries({ queryKey: ["paper", paperId] }); - void queryClient.invalidateQueries({ queryKey: ["network", activeKind] }); - void queryClient.invalidateQueries({ queryKey: ["workspace"] }); - }, - }); - - return ( - <> - {/* Header del panel */} -
-

Candidato

-
- -
- {loadingPaper && ( -
- -
- )} - {errorPaper && ( -
- -
- )} - - {paper && ( - <> - - - {/* Botones de curación */} - {paper.curation_status !== "rejected" && ( -
-

Curar

- curateMutation.mutate("accepted")} - onReject={() => curateMutation.mutate("rejected")} - loading={curateMutation.isPending} - error={curateMutation.error} - /> -
- )} - - {/* Scent */} -
- {loadingScent && ( -
- -
- )} - {errorScent && ( -
- -
- )} - {scent && } -
- - )} -
- - ); -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// PaperMeta -// --------------------------------------------------------------------------- - -function PaperMeta({ paper }: { paper: Paper }) { - return ( -
- {/* Título */} -

- {paper.title} -

- - {/* Estado + year */} -
- - {paper.year && ( - {paper.year} - )} -
- - {/* Autores */} - {paper.authors_raw.length > 0 && ( -
-

Autores

-

- {paper.authors_raw.slice(0, 3).join("; ")} - {paper.authors_raw.length > 3 && ` +${paper.authors_raw.length - 3}`} -

-
- )} - - {/* Abstract */} - {paper.abstract && ( -
-

Resumen

-

- {truncate(paper.abstract, 240)} -

-
- )} - - {/* Keywords */} - {paper.keywords_id.length > 0 && ( -
-

Keywords

-
- {paper.keywords_id.slice(0, 6).map((kw) => ( - - {kw} - - ))} -
-
- )} - - {/* IDs */} -
- {paper.openalex_id && ( - - {paper.openalex_id} - - )} - {paper.doi && ( - - doi:{paper.doi} - - )} -
-
- ); -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// CurateActions -// --------------------------------------------------------------------------- - -interface CurateActionsProps { - paper: Paper; - onAccept: () => void; - onReject: () => void; - loading: boolean; - error: Error | null; -} - -function CurateActions({ - paper, - onAccept, - onReject, - loading, - error, -}: CurateActionsProps) { - return ( -
-
- - -
- {error != null && } -
- ); -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// ScentView — score + vecinos reales (no 4 paneles cosméticos del mock) -// --------------------------------------------------------------------------- - -function ScentView({ scent }: { scent: Scent }) { - return ( -
- {/* Score */} -
- Scent bibliométrico - - {scent.score} - -
- - {/* Coupling — vecinos con referencias compartidas */} - {scent.coupling.length > 0 && ( -
-

Acoplamiento

-
- {scent.coupling.slice(0, 5).map((n) => ( - - ))} -
-
- )} - - {/* References */} - {scent.references.length > 0 && ( -
-

- Referencias en corpus ({scent.references.length}) -

-
- {scent.references.slice(0, 4).map((n) => ( - - ))} -
-
- )} - - {/* Cited by */} - {scent.cited_by.length > 0 && ( -
-

- Citado por ({scent.cited_by.length}) -

-
- {scent.cited_by.slice(0, 4).map((n) => ( - - ))} -
-
- )} -
- ); -} - -function NeighborRow({ - title, - weight, -}: { - title: string | null; - weight?: number; -}) { - return ( -
-
-
- - {title ?? "(sin título)"} - - {weight != null && ( - w={weight} - )} -
-
- ); -} diff --git a/frontend/src/components/diff/RoundDiffPanel.tsx b/frontend/src/components/diff/RoundDiffPanel.tsx deleted file mode 100644 index 35afdce..0000000 --- a/frontend/src/components/diff/RoundDiffPanel.tsx +++ /dev/null @@ -1,261 +0,0 @@ -import { useQuery } from "@tanstack/react-query"; -import { fetchCompare } from "@/client/api"; -import { useAppStore } from "@/store"; -import { Spinner } from "@/components/ui/Spinner"; -import { ErrorBanner } from "@/components/ui/ErrorBanner"; -import { Button } from "@/components/ui/Button"; -import { truncate } from "@/lib/format"; -import type { RoundDiff } from "@/types/api"; - -/** - * RoundDiffPanel — panel de diff entre dos rondas (EL DIFERENCIADOR, ADR 0027). - * - * Muestra: papers añadidos, papers eliminados, cambios en métricas. - * Se activa desde la columna de RONDAS (selector A/B + botón "Ver diff"). - */ -export function RoundDiffPanel() { - const diffVisible = useAppStore((s) => s.diffVisible); - const diffRoundA = useAppStore((s) => s.diffRoundA); - const diffRoundB = useAppStore((s) => s.diffRoundB); - const closeDiff = useAppStore((s) => s.closeDiff); - - if (!diffVisible) return null; - - return ( -
- {/* Header */} -
-
-

- Diff de rondas -

-
- - {diffRoundA ? truncate(diffRoundA, 12) : "—"} - - ↔ - - {diffRoundB ? truncate(diffRoundB, 12) : "—"} - -
-
- -
- - {/* Contenido */} -
- {diffRoundA && diffRoundB ? ( - - ) : ( -
- - Seleccioná dos rondas (A y B) para ver el diff - -
- )} -
-
- ); -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// DiffContent -// --------------------------------------------------------------------------- - -function DiffContent({ - roundA, - roundB, -}: { - roundA: string; - roundB: string; -}) { - const { data, isLoading, error } = useQuery({ - queryKey: ["compare", roundA, roundB], - queryFn: () => fetchCompare(roundA, roundB), - staleTime: 30_000, - }); - - if (isLoading) { - return ( -
- -
- ); - } - - if (error) { - return ( -
- -
- ); - } - - if (!data) return null; - - return ; -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// DiffView -// --------------------------------------------------------------------------- - -function DiffView({ diff }: { diff: RoundDiff }) { - const totalAdded = diff.added_paper_ids.length; - const totalRemoved = diff.removed_paper_ids.length; - const netChange = totalAdded - totalRemoved; - - return ( -
- {/* Resumen */} -
-

Resumen

-
-
- - +{totalAdded} - - añadidos -
-
- - -{totalRemoved} - - eliminados -
-
- 0 - ? "text-curation-accepted" - : netChange < 0 - ? "text-curation-rejected" - : "text-text-muted" - }`} - > - {netChange >= 0 ? "+" : ""} - {netChange} - - neto -
-
-
- - {/* Cambios en métricas */} - {diff.metrics_change.length > 0 && ( -
-

Métricas

-
- {diff.metrics_change.map((mc) => ( - - ))} -
-
- )} - - {/* Papers añadidos */} - {totalAdded > 0 && ( -
-
- -

Añadidos ({totalAdded})

-
-
- {diff.added_paper_ids.map((id) => ( - - ))} -
-
- )} - - {/* Papers eliminados */} - {totalRemoved > 0 && ( -
-
- -

Eliminados ({totalRemoved})

-
-
- {diff.removed_paper_ids.map((id) => ( - - ))} -
-
- )} - - {totalAdded === 0 && totalRemoved === 0 && ( -
- - Las rondas son idénticas - -
- )} -
- ); -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// Subcomponentes -// --------------------------------------------------------------------------- - -function MetricRow({ change }: { change: { metric: string; before: number; after: number } }) { - const delta = change.after - change.before; - const isPositive = delta > 0; - const isNeutral = delta === 0; - - return ( -
- {change.metric} -
- {change.before} - → - - {change.after} - - {!isNeutral && ( - - ({isPositive ? "+" : ""} - {delta}) - - )} -
-
- ); -} - -function PaperIdRow({ - id, - variant, -}: { - id: string; - variant: "added" | "removed"; -}) { - return ( -
- {variant === "added" ? "+" : "-"} - {id} -
- ); -} diff --git a/frontend/src/components/graph/GraphCanvas.tsx b/frontend/src/components/graph/GraphCanvas.tsx deleted file mode 100644 index def1d25..0000000 --- a/frontend/src/components/graph/GraphCanvas.tsx +++ /dev/null @@ -1,345 +0,0 @@ -import { useEffect, useRef, useCallback } from "react"; -import { useQuery } from "@tanstack/react-query"; -import { fetchNetwork } from "@/client/api"; -import { useAppStore } from "@/store"; -import { Spinner } from "@/components/ui/Spinner"; -import { ErrorBanner } from "@/components/ui/ErrorBanner"; -import { - graphStyles, - communityColor, - nodeSize, - CURATION_BORDER, -} from "@/lib/cytoscapeStyle"; -import type { NetworkData } from "@/types/api"; - -// Cytoscape se importa de forma dinámica para no bloquear el bundle inicial -// y porque fcose es un layout plugin que se registra en el prototipo global. - -/** - * GraphCanvas — componente central, el HÉROE de la interfaz. - * - * Renderiza la red usando Cytoscape.js + fcose. - * Color de nodo = comunidad, tamaño = degree_centrality. - * Hover muestra tooltip; clic fija el paper en el store. - */ -export function GraphCanvas() { - const activeKind = useAppStore((s) => s.activeKind); - const selectPaper = useAppStore((s) => s.selectPaper); - - const { data, isLoading, error } = useQuery({ - queryKey: ["network", activeKind], - queryFn: () => fetchNetwork(activeKind), - staleTime: 60_000, - }); - - return ( -
- {/* Controles del grafo */} - - - {/* Contenedor del canvas */} -
- {isLoading && ( -
-
- - - calculando red… - -
-
- )} - - {error && ( -
-
- -
-
- )} - - {data && !isLoading && ( - - )} - - {/* Leyenda de comunidades */} - {data && } - - {/* Métricas */} - {data && } -
-
- ); -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// GraphControls -// --------------------------------------------------------------------------- - -function GraphControls() { - return ( -
- {/* Los controles se manejan con las teclas de Cytoscape; aquí solo info. */} -
- - scroll para zoom · drag para mover - -
-
- ); -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// GraphLegend — comunidades del grafo como paleta protagonista -// --------------------------------------------------------------------------- - -function GraphLegend({ data }: { data: NetworkData }) { - const communities = new Set( - data.nodes - .map((n) => n.community) - .filter((c): c is number => c != null) - ); - - if (communities.size === 0) return null; - - return ( -
-

Comunidades

-
- {[...communities].sort((a, b) => a - b).map((c) => ( -
-
- - C{c} - -
- ))} -
-
- ); -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// GraphMetrics — métricas de la red -// --------------------------------------------------------------------------- - -function GraphMetrics({ data }: { data: NetworkData }) { - const m = data.metrics; - return ( -
-

Métricas

-
- {m.n_nodes} nodos · {m.n_edges} aristas - densidad {m.density.toFixed(4)} - {m.n_communities} comunidades - componentes {m.num_components} -
-
- ); -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// CytoscapeCanvas — el corazón del grafo -// --------------------------------------------------------------------------- - -interface CytoscapeCanvasProps { - data: NetworkData; - onNodeClick: (id: string) => void; -} - -function CytoscapeCanvas({ data, onNodeClick }: CytoscapeCanvasProps) { - const containerRef = useRef(null); - // eslint-disable-next-line @typescript-eslint/no-explicit-any - const cyRef = useRef(null); - const tooltipRef = useRef(null); - - const handleNodeClick = useCallback( - (id: string) => { - onNodeClick(id); - }, - [onNodeClick] - ); - - useEffect(() => { - if (!containerRef.current) return; - - let destroyed = false; - - // Carga dinámica de Cytoscape + fcose - Promise.all([ - import("cytoscape"), - import("cytoscape-fcose"), - ]).then(([cytoscapeModule, fcoseModule]) => { - if (destroyed) return; - - const cytoscape = cytoscapeModule.default; - const fcose = fcoseModule.default; - - // Registrar el layout fcose solo una vez - try { - cytoscape.use(fcose); - } catch { - // Ya registrado, ignorar - } - - // Construir elementos desde los datos reales de la API - const elements = [ - ...data.nodes.map((n) => ({ - data: { - id: n.id, - label: n.label, - degree_centrality: n.degree_centrality, - community: n.community, - year: n.year, - is_seed: n.is_seed, - curation_status: n.curation_status, - }, - classes: [ - n.is_seed ? "is-seed" : "", - ].filter(Boolean).join(" "), - })), - ...data.edges.map((e) => ({ - data: { - id: `${e.source}->${e.target}`, - source: e.source, - target: e.target, - weight: e.weight, - }, - })), - ]; - - // Opciones del layout fcose (tipado como any porque las opciones propias - // de fcose no están en los tipos base de Cytoscape). - const fcoseLayout: Record = { - name: "fcose", - animate: true, - animationDuration: 600, - fit: true, - padding: 40, - idealEdgeLength: 80, - nodeRepulsion: 6000, - edgeElasticity: 0.45, - gravity: 0.2, - }; - - const cy = cytoscape({ - container: containerRef.current!, - elements, - style: graphStyles, - // eslint-disable-next-line @typescript-eslint/no-explicit-any - layout: fcoseLayout as any, - wheelSensitivity: 0.2, - minZoom: 0.05, - maxZoom: 8, - }); - - // Decorar nodos: color por comunidad, tamaño por centralidad - cy.nodes().forEach((node) => { - const community = node.data("community") as number | undefined; - const dc = (node.data("degree_centrality") as number | undefined) ?? 0; - const status = node.data("curation_status") as string | undefined; - - const borderColor = - status != null && status in CURATION_BORDER - ? CURATION_BORDER[status as keyof typeof CURATION_BORDER] - : "#252934"; - - node.style({ - "background-color": communityColor(community), - "width": nodeSize(dc), - "height": nodeSize(dc), - "border-color": borderColor, - }); - }); - - // Decorar aristas: peso → opacidad - cy.edges().forEach((edge) => { - const weight = (edge.data("weight") as number | undefined) ?? 1; - const maxWeight = Math.max( - ...data.edges.map((e) => e.weight), - 1 - ); - const opacity = 0.15 + (weight / maxWeight) * 0.65; - edge.style({ opacity, "line-color": "#3a4058" }); - }); - - // Eventos: hover para tooltip, click para seleccionar - cy.on("mouseover", "node", (evt) => { - const node = evt.target; - node.addClass("hovered"); - - const tooltip = tooltipRef.current; - if (!tooltip) return; - - const label = node.data("label") as string; - const dc = ((node.data("degree_centrality") as number | undefined) ?? 0).toFixed(3); - const community = node.data("community") as number | undefined; - const year = node.data("year") as number | undefined; - const status = node.data("curation_status") as string | undefined; - - tooltip.innerHTML = [ - `${label}`, - `centralidad ${dc}`, - community != null - ? `comunidad ${community}` - : "", - year ? `${year}` : "", - status ? `${status}` : "", - ] - .filter(Boolean) - .join("\n"); - - tooltip.style.display = "flex"; - }); - - cy.on("mouseout", "node", (evt) => { - evt.target.removeClass("hovered"); - if (tooltipRef.current) { - tooltipRef.current.style.display = "none"; - } - }); - - cy.on("mousemove", (evt) => { - const tooltip = tooltipRef.current; - if (!tooltip || tooltip.style.display === "none") return; - const renderedPos = evt.renderedPosition; - tooltip.style.left = `${renderedPos.x + 14}px`; - tooltip.style.top = `${renderedPos.y - 10}px`; - }); - - cy.on("tap", "node", (evt) => { - const node = evt.target; - handleNodeClick(node.data("id") as string); - }); - - cyRef.current = cy; - }); - - return () => { - destroyed = true; - if (cyRef.current) { - cyRef.current.destroy(); - cyRef.current = null; - } - }; - }, [data, handleNodeClick]); - - return ( -
-
- - {/* Tooltip flotante */} -
-
- ); -} diff --git a/frontend/src/components/rounds/RoundsColumn.tsx b/frontend/src/components/rounds/RoundsColumn.tsx deleted file mode 100644 index b2161a9..0000000 --- a/frontend/src/components/rounds/RoundsColumn.tsx +++ /dev/null @@ -1,190 +0,0 @@ -import { useQuery } from "@tanstack/react-query"; -import { fetchRounds } from "@/client/api"; -import { useAppStore } from "@/store"; -import { Spinner } from "@/components/ui/Spinner"; -import { ErrorBanner } from "@/components/ui/ErrorBanner"; -import { Button } from "@/components/ui/Button"; -import type { NetworkKind, RoundEntry } from "@/types/api"; -import { KIND_LABELS, formatDate, truncate } from "@/lib/format"; - -const NETWORK_KINDS: NetworkKind[] = [ - "bibliographic_coupling", - "cocitation", - "author_collab", - "institution_collab", - "keyword_cooccurrence", -]; - -/** Columna izquierda: listado de rondas/snapshots + selector de NetworkKind + control A/B para diff. */ -export function RoundsColumn() { - const { data, isLoading, error } = useQuery({ - queryKey: ["rounds"], - queryFn: fetchRounds, - staleTime: 15_000, - }); - - const activeKind = useAppStore((s) => s.activeKind); - const setActiveKind = useAppStore((s) => s.setActiveKind); - const diffRoundA = useAppStore((s) => s.diffRoundA); - const diffRoundB = useAppStore((s) => s.diffRoundB); - const setDiffRoundA = useAppStore((s) => s.setDiffRoundA); - const setDiffRoundB = useAppStore((s) => s.setDiffRoundB); - const toggleDiff = useAppStore((s) => s.toggleDiff); - - const rounds = data?.rounds ?? []; - - return ( - - ); -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// RoundItem -// --------------------------------------------------------------------------- - -interface RoundItemProps { - round: RoundEntry; - isSelectedA: boolean; - isSelectedB: boolean; - onSelectA: () => void; - onSelectB: () => void; -} - -function RoundItem({ - round, - isSelectedA, - isSelectedB, - onSelectA, - onSelectB, -}: RoundItemProps) { - const isLive = round.id === "live"; - - return ( -
- {/* ID y tipo */} -
- {isLive ? ( - - live - - ) : ( - snap - )} - - {truncate(round.id, 14)} - -
- - {/* Metadata */} -
- {round.total_papers} papers - {round.created_at && {formatDate(round.created_at)}} - {isLive && round.loop_state && ( - {round.loop_state} - )} -
- - {/* Selectores A/B */} -
- - -
-
- ); -} diff --git a/frontend/src/components/ui/Badge.tsx b/frontend/src/components/ui/Badge.tsx deleted file mode 100644 index 395bbf8..0000000 --- a/frontend/src/components/ui/Badge.tsx +++ /dev/null @@ -1,59 +0,0 @@ -import type { CurationStatus } from "@/types/api"; -import { STATUS_LABELS } from "@/lib/format"; - -interface Props { - status: CurationStatus; - isSeed?: boolean; - className?: string; -} - -/** Badge de estado de curación. isSeed tiene precedencia visual. */ -export function CurationBadge({ status, isSeed, className = "" }: Props) { - if (isSeed) { - return ( - - semilla - - ); - } - - const cls = - status === "accepted" - ? "badge-accepted" - : status === "rejected" - ? "badge-rejected" - : "badge-candidate"; - - return ( - - {STATUS_LABELS[status] ?? status} - - ); -} - -interface SimpleBadgeProps { - children: React.ReactNode; - variant?: "neutral" | "accent" | "warn"; - className?: string; -} - -export function Badge({ children, variant = "neutral", className = "" }: SimpleBadgeProps) { - const cls = - variant === "accent" - ? "bg-action-primary/20 text-action-hover border border-action-primary/30" - : variant === "warn" - ? "bg-curation-seed/20 text-curation-seed border border-curation-seed/30" - : "bg-obs-border/50 text-text-secondary border border-obs-border"; - - return ( - - {children} - - ); -} diff --git a/frontend/src/components/ui/Button.tsx b/frontend/src/components/ui/Button.tsx deleted file mode 100644 index 96aa00c..0000000 --- a/frontend/src/components/ui/Button.tsx +++ /dev/null @@ -1,69 +0,0 @@ -import type { ButtonHTMLAttributes } from "react"; - -interface Props extends ButtonHTMLAttributes { - variant?: "primary" | "secondary" | "danger" | "ghost"; - size?: "sm" | "md"; - loading?: boolean; -} - -/** Botón base para el tema "Observatorio". */ -export function Button({ - variant = "primary", - size = "md", - loading = false, - children, - disabled, - className = "", - ...rest -}: Props) { - const base = - "inline-flex items-center justify-center gap-1.5 font-medium transition-colors focus-visible:outline-none focus-visible:ring-1 focus-visible:ring-action-primary disabled:opacity-40 disabled:cursor-not-allowed rounded-obs"; - - const variantCls = - variant === "primary" - ? "bg-action-primary text-obs-bg hover:bg-action-hover active:bg-action-focus" - : variant === "secondary" - ? "bg-obs-overlay text-text-primary border border-obs-border hover:border-text-muted" - : variant === "danger" - ? "bg-curation-rejected/20 text-curation-rejected border border-curation-rejected/40 hover:bg-curation-rejected/30" - : /* ghost */ "text-text-secondary hover:text-text-primary hover:bg-obs-overlay"; - - const sizeCls = - size === "sm" - ? "text-xs px-2 py-1" - : "text-sm px-3 py-1.5"; - - return ( - - ); -} diff --git a/frontend/src/components/ui/ErrorBanner.tsx b/frontend/src/components/ui/ErrorBanner.tsx deleted file mode 100644 index be5067c..0000000 --- a/frontend/src/components/ui/ErrorBanner.tsx +++ /dev/null @@ -1,47 +0,0 @@ -import { ApiError, AuthError } from "@/client/http"; - -interface Props { - error: unknown; - context?: string; -} - -/** - * Muestra errores de API con el code string del contrato. - * No hace reset — el parent decide cómo recuperarse. - */ -export function ErrorBanner({ error, context }: Props) { - if (!error) return null; - - let title = "Error inesperado"; - let detail = String(error); - let code: string | null = null; - - if (error instanceof AuthError) { - title = "Sin autorización"; - detail = "Token faltante o inválido. Reiniciá b2g gui para obtener un token nuevo."; - } else if (error instanceof ApiError) { - code = error.code; - title = `Error: ${error.code}`; - detail = error.message; - } else if (error instanceof Error) { - detail = error.message; - } - - return ( -
-
- {title} - {context && ( - [{context}] - )} -
-

{detail}

- {code && ( - code: {code} - )} -
- ); -} diff --git a/frontend/src/components/ui/Spinner.tsx b/frontend/src/components/ui/Spinner.tsx deleted file mode 100644 index df96655..0000000 --- a/frontend/src/components/ui/Spinner.tsx +++ /dev/null @@ -1,31 +0,0 @@ -/** Indicador de carga minimalista para el tema oscuro. */ -export function Spinner({ size = 16 }: { size?: number }) { - return ( - - - - - ); -} diff --git a/frontend/src/components/workspace/Header.tsx b/frontend/src/components/workspace/Header.tsx deleted file mode 100644 index d0dd85a..0000000 --- a/frontend/src/components/workspace/Header.tsx +++ /dev/null @@ -1,70 +0,0 @@ -import { useQuery } from "@tanstack/react-query"; -import { fetchWorkspace } from "@/client/api"; -import { Spinner } from "@/components/ui/Spinner"; -import { Badge } from "@/components/ui/Badge"; - -/** Header global — nombre del workspace, estado del lazo, aviso de staleness. */ -export function Header() { - const { data, isLoading, error } = useQuery({ - queryKey: ["workspace"], - queryFn: fetchWorkspace, - staleTime: 30_000, - }); - - return ( -
- {/* Logotipo / nombre del producto */} -
- - bib2graph - - observatorio -
- -
- - {isLoading && } - - {data && ( - <> - {/* Nombre del workspace */} - - {data.name} - - -
- - {/* Estado del lazo */} - {data.loop_state && ( - - {data.loop_state.toLowerCase()} - - )} - - {/* Ronda */} - - ronda {data.round} - - - {/* Total papers */} - - {data.total_papers.toLocaleString("es-AR")} papers - - - {/* Staleness: aviso si la cache de redes está desactualizada */} - {data.networks_cache_stale && ( - - redes desactualizadas — ejecutá b2g build - - )} - - )} - - {error && ( - - Error al cargar workspace - - )} -
- ); -} diff --git a/frontend/src/lib/cytoscapeStyle.ts b/frontend/src/lib/cytoscapeStyle.ts deleted file mode 100644 index f159e9b..0000000 --- a/frontend/src/lib/cytoscapeStyle.ts +++ /dev/null @@ -1,111 +0,0 @@ -/** - * lib/cytoscapeStyle.ts — Estilos de Cytoscape para la dirección D-2 "Observatorio". - * - * Reglas de diseño: - * - Color del nodo = comunidad (paleta protagonist desde design tokens). - * - Tamaño del nodo = degree_centrality (hubs más grandes, visible). - * - Bordes/aristas: peso → opacidad, sin sobrecargar. - * - El fondo es oscuro; los nodos brillan, la UI alrededor es silenciosa. - */ - -import type { StylesheetStyle } from "cytoscape"; -import type { CurationStatus } from "@/types/api"; - -/** Paleta de comunidades: índice → color hex (espeja los design tokens). */ -export const COMMUNITY_COLORS: readonly string[] = [ - "#4fc3f7", // community-0: cyan - "#a5d6a7", // community-1: verde - "#ffb74d", // community-2: naranja - "#ce93d8", // community-3: violeta - "#ef9a9a", // community-4: rojo suave - "#80cbc4", // community-5: teal - "#fff176", // community-6: amarillo - "#b0bec5", // community-7: gris azulado -] as const; - -/** Colores de curación para anillo exterior (borde del nodo). - * Fuente única: deben coincidir con `theme.colors.curation` de tailwind.config.js. */ -export const CURATION_BORDER: Record = { - accepted: "#4caf50", - rejected: "#f44336", - candidate: "#607d8b", -}; - -/** Devuelve el color de la comunidad (modulo sobre la paleta). */ -export function communityColor(community: number | undefined): string { - if (community == null) return "#5c86e8"; // action.primary - const color = COMMUNITY_COLORS[community % COMMUNITY_COLORS.length]; - return color ?? "#5c86e8"; -} - -/** Escala el degree_centrality [0,1] a un rango de tamaño de nodo en px. */ -export function nodeSize(dc: number): number { - const MIN = 12; - const MAX = 48; - return MIN + dc * (MAX - MIN); -} - -/** Estilos Cytoscape para la dirección "Observatorio". */ -export const graphStyles: StylesheetStyle[] = [ - { - selector: "node", - style: { - "background-color": "#5c86e8", - "width": 20, - "height": 20, - "border-width": 2, - "border-color": "#252934", - "label": "data(label)", - "font-size": "9px", - "font-family": "Inter, system-ui, sans-serif", - "color": "#e8eaf0", - "text-valign": "bottom", - "text-halign": "center", - "text-margin-y": 3, - "text-max-width": "80px", - "text-wrap": "ellipsis", - "overlay-opacity": 0, - }, - }, - { - selector: "node:selected", - style: { - "border-width": 3, - "border-color": "#c5cfe8", - "overlay-color": "#c5cfe8", - "overlay-opacity": 0.1, - }, - }, - { - selector: "node.hovered", - style: { - "border-color": "#e8eaf0", - "overlay-opacity": 0.08, - }, - }, - { - selector: "node.is-seed", - style: { - "border-color": "#ffd54f", - "border-width": 2.5, - }, - }, - { - selector: "edge", - style: { - "line-color": "#252934", - "width": 1, - "opacity": 0.6, - "curve-style": "bezier", - "overlay-opacity": 0, - }, - }, - { - selector: "edge:selected", - style: { - "line-color": "#5c86e8", - "opacity": 1, - "width": 2, - }, - }, -]; diff --git a/frontend/src/lib/format.ts b/frontend/src/lib/format.ts deleted file mode 100644 index 095bd9e..0000000 --- a/frontend/src/lib/format.ts +++ /dev/null @@ -1,50 +0,0 @@ -/** - * lib/format.ts — Funciones de formato para la UI. - */ - -/** Trunca un string a maxLen caracteres con ellipsis. */ -export function truncate(s: string, maxLen: number): string { - if (s.length <= maxLen) return s; - return s.slice(0, maxLen - 1) + "…"; -} - -/** Formatea una fecha ISO a "DD MMM YYYY". */ -export function formatDate(isoString: string): string { - try { - const d = new Date(isoString); - return d.toLocaleDateString("es-AR", { - day: "2-digit", - month: "short", - year: "numeric", - }); - } catch { - return isoString; - } -} - -/** Formatea un número con separador de miles. */ -export function formatCount(n: number): string { - return n.toLocaleString("es-AR"); -} - -/** Formatea un float a N decimales, con fallback "-". */ -export function formatFloat(n: number | null | undefined, decimals = 3): string { - if (n == null || isNaN(n)) return "-"; - return n.toFixed(decimals); -} - -/** Nombre legible del NetworkKind para la UI. */ -export const KIND_LABELS: Record = { - bibliographic_coupling: "Acoplamiento", - cocitation: "Co-citación", - author_collab: "Colaboración", - institution_collab: "Instituciones", - keyword_cooccurrence: "Keywords", -}; - -/** Etiqueta corta del CurationStatus para badges. */ -export const STATUS_LABELS: Record = { - candidate: "candidato", - accepted: "aceptado", - rejected: "rechazado", -}; diff --git a/frontend/src/main.tsx b/frontend/src/main.tsx deleted file mode 100644 index bb455b6..0000000 --- a/frontend/src/main.tsx +++ /dev/null @@ -1,13 +0,0 @@ -import { StrictMode } from "react"; -import { createRoot } from "react-dom/client"; -import "./styles/globals.css"; -import { App } from "./App"; - -const rootEl = document.getElementById("root"); -if (!rootEl) throw new Error("No se encontró el elemento #root en el DOM"); - -createRoot(rootEl).render( - - - -); diff --git a/frontend/src/store/index.ts b/frontend/src/store/index.ts deleted file mode 100644 index 2d7e126..0000000 --- a/frontend/src/store/index.ts +++ /dev/null @@ -1,52 +0,0 @@ -/** - * store/index.ts — Estado global mínimo (Zustand). - * - * Solo lo que cruza columnas: - * - paper seleccionado (clic en el grafo → panel candidato) - * - kind de red activo (toggle en RONDAS → grafo) - * - par A/B para el diff de rondas - * - si el panel diff está visible - */ - -import { create } from "zustand"; -import type { NetworkKind } from "@/types/api"; - -interface AppState { - /** Id del paper seleccionado (clic en nodo del grafo). */ - selectedPaperId: string | null; - - /** Tipo de red activa. */ - activeKind: NetworkKind; - - /** Ronda A seleccionada para el diff. */ - diffRoundA: string | null; - - /** Ronda B seleccionada para el diff. */ - diffRoundB: string | null; - - /** Si el panel de diff está visible. */ - diffVisible: boolean; - - // Mutaciones - selectPaper: (id: string | null) => void; - setActiveKind: (kind: NetworkKind) => void; - setDiffRoundA: (id: string | null) => void; - setDiffRoundB: (id: string | null) => void; - toggleDiff: () => void; - closeDiff: () => void; -} - -export const useAppStore = create((set) => ({ - selectedPaperId: null, - activeKind: "bibliographic_coupling", - diffRoundA: null, - diffRoundB: null, - diffVisible: false, - - selectPaper: (id) => set({ selectedPaperId: id }), - setActiveKind: (kind) => set({ activeKind: kind }), - setDiffRoundA: (id) => set({ diffRoundA: id }), - setDiffRoundB: (id) => set({ diffRoundB: id }), - toggleDiff: () => set((s) => ({ diffVisible: !s.diffVisible })), - closeDiff: () => set({ diffVisible: false }), -})); diff --git a/frontend/src/styles/globals.css b/frontend/src/styles/globals.css deleted file mode 100644 index 2c3ff4c..0000000 --- a/frontend/src/styles/globals.css +++ /dev/null @@ -1,64 +0,0 @@ -@tailwind base; -@tailwind components; -@tailwind utilities; - -/* Ajustes globales de base para el tema "Observatorio" */ -@layer base { - * { - box-sizing: border-box; - } - - html, body, #root { - height: 100%; - margin: 0; - padding: 0; - } - - /* Scrollbar personalizado: oscuro, delgado */ - ::-webkit-scrollbar { - width: 5px; - height: 5px; - } - ::-webkit-scrollbar-track { - background: theme('colors.obs.bg'); - } - ::-webkit-scrollbar-thumb { - background: theme('colors.obs.border'); - border-radius: 3px; - } - ::-webkit-scrollbar-thumb:hover { - background: theme('colors.text.muted'); - } - - /* Selección de texto */ - ::selection { - background-color: theme('colors.action.primary'); - color: theme('colors.obs.bg'); - } -} - -@layer components { - /* Panel reutilizable de columna */ - .obs-panel { - @apply bg-obs-surface border border-obs-border rounded-obs; - } - - /* Label de sección */ - .obs-section-label { - @apply text-2xs font-mono uppercase tracking-widest text-text-muted; - } - - /* Badge de estado */ - .badge-candidate { - @apply bg-curation-candidate/20 text-text-secondary border border-curation-candidate/30; - } - .badge-accepted { - @apply bg-curation-accepted/20 text-curation-accepted border border-curation-accepted/30; - } - .badge-rejected { - @apply bg-curation-rejected/20 text-curation-rejected border border-curation-rejected/30; - } - .badge-seed { - @apply bg-curation-seed/20 text-curation-seed border border-curation-seed/30; - } -} diff --git a/frontend/src/types/api.ts b/frontend/src/types/api.ts deleted file mode 100644 index 5f76369..0000000 --- a/frontend/src/types/api.ts +++ /dev/null @@ -1,194 +0,0 @@ -/** - * tipos/api.ts — DTOs que espejan el contrato REAL de la API (API.md §0.1/§0.2). - * - * Reglas: - * - error.code es STRING ("DATA_ERROR", "INTERNAL_ERROR"...) NUNCA number. - * - NetworkKind usa los valores del núcleo (bibliographic_coupling, etc.), NO los del mock. - * - Paper expone listas crudas (authors_raw, keywords_id), NO objetos Author/ORCID. - * - NetworkData NO tiene modularity ni id de red persistido. - * - RoundDiff tiene mutated_hubs como unknown[] (diferido, hoy []). - */ - -// --------------------------------------------------------------------------- -// Envelope (API.md §0) -// --------------------------------------------------------------------------- - -export interface EnvelopeError { - /** code es STRING: "DATA_ERROR" | "INTERNAL_ERROR" | "USAGE_ERROR" | etc. */ - code: string; - message: string; -} - -export interface Envelope { - schema: "1"; - ok: boolean; - command: string; - exit_code: number; - data: T; - warnings: string[]; - error: EnvelopeError | null; -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// Enums del dominio -// --------------------------------------------------------------------------- - -export type CurationStatus = "candidate" | "accepted" | "rejected"; - -/** Valores del núcleo (NetworkKind del servidor). */ -export type NetworkKind = - | "bibliographic_coupling" - | "cocitation" - | "author_collab" - | "institution_collab" - | "keyword_cooccurrence"; - -// --------------------------------------------------------------------------- -// WorkspaceState — GET /api/workspace (API.md §0.1 get_workspace) -// --------------------------------------------------------------------------- - -export interface WorkspaceState { - name: string; - root: string; - created_at: string; - bib2graph_version: string; - source: string | null; - loop_state: string | null; - round: number; - total_papers: number; - counts_by_status: Record; - transitions_available: string[]; - curation_available: string[]; - networks_cache_stale: boolean; -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// RoundEntry — GET /api/rounds (API.md §0.1 list_rounds) -// --------------------------------------------------------------------------- - -export interface RoundEntry { - id: string; - corpus_hash?: string; - created_at?: string; - total_papers: number; - schema_version?: string; - /** Solo en id="live" */ - round?: number; - /** Solo en id="live" */ - loop_state?: string | null; -} - -export interface RoundsData { - rounds: RoundEntry[]; -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// Paper — GET /api/paper/{id} (API.md §0.1 get_paper) -// --------------------------------------------------------------------------- - -export interface Paper { - id: string; - openalex_id: string | null; - doi: string | null; - title: string; - year: number | null; - abstract: string | null; - is_seed: boolean; - curation_status: CurationStatus; - /** Listas crudas — NO objetos Author/ORCID */ - authors_raw: string[]; - authors_id: string[]; - keywords_id: string[]; - references_id: string[]; - cited_by_id: string[]; - provenance: unknown[]; -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// Scent — GET /api/paper/{id}/scent (API.md §0.1 get_scent) -// --------------------------------------------------------------------------- - -export interface ScentNeighbor { - paper_id: string; - /** Puede ser null si el server no resolvió el título del vecino (reads.py). */ - title: string | null; - weight?: number; -} - -export interface Scent { - paper_id: string; - /** Score escalar: nº de corpus-papers con >=1 referencia compartida */ - score: number; - coupling: ScentNeighbor[]; - references: ScentNeighbor[]; - cited_by: ScentNeighbor[]; -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// NetworkData — GET /api/network/{kind} (API.md §0.1 get_network) -// --------------------------------------------------------------------------- - -export interface NetworkNode { - id: string; - label: string; - degree_centrality: number; - community?: number; - year?: number; - is_seed?: boolean; - curation_status?: CurationStatus; -} - -export interface NetworkEdge { - source: string; - target: string; - weight: number; -} - -export interface NetworkMetrics { - n_nodes: number; - n_edges: number; - density: number; - num_components: number; - avg_clustering: number; - n_communities: number; -} - -export interface NetworkData { - nodes: NetworkNode[]; - edges: NetworkEdge[]; - metrics: NetworkMetrics; -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// RoundDiff — GET /api/compare?a=&b= (API.md §0.1 compare_rounds) -// --------------------------------------------------------------------------- - -export interface MetricChange { - metric: string; - before: number; - after: number; -} - -export interface RoundDiff { - round_a: string; - round_b: string; - added_paper_ids: string[]; - removed_paper_ids: string[]; - /** Diferido (B-G2-3): hoy siempre [] */ - mutated_hubs: unknown[]; - metrics_change: MetricChange[]; -} - -// --------------------------------------------------------------------------- -// CurateResult — POST /api/paper/{id}/curate (API.md §0.2) -// --------------------------------------------------------------------------- - -export interface CurateRequest { - decision: "accepted" | "rejected"; -} - -export interface CurateResult { - accepted_count?: number; - rejected_count?: number; - ids: string[]; -} diff --git a/frontend/src/types/cytoscape-fcose.d.ts b/frontend/src/types/cytoscape-fcose.d.ts deleted file mode 100644 index 9d25503..0000000 --- a/frontend/src/types/cytoscape-fcose.d.ts +++ /dev/null @@ -1,9 +0,0 @@ -/** - * Stub de tipos para cytoscape-fcose. - * El paquete no expone sus propios tipos; declaramos lo mínimo. - */ -declare module "cytoscape-fcose" { - import type cytoscape from "cytoscape"; - const fcose: cytoscape.Ext; - export default fcose; -} diff --git a/frontend/tailwind.config.js b/frontend/tailwind.config.js deleted file mode 100644 index 61ad9f0..0000000 --- a/frontend/tailwind.config.js +++ /dev/null @@ -1,81 +0,0 @@ -/** @type {import('tailwindcss').Config} */ -export default { - content: ["./index.html", "./src/**/*.{js,ts,jsx,tsx}"], - theme: { - extend: { - /* Design tokens — Dirección D-2 "Observatorio" */ - colors: { - /* Base: fondos y superficies */ - obs: { - bg: "#0d0f14", /* fondo principal: casi negro azulado */ - surface: "#151820", /* cards/paneles: ligeramente más claro */ - border: "#252934", /* bordes y separadores */ - overlay: "#1c2028", /* hover states, tooltips */ - }, - /* Texto: escala de luminosidad calibrada */ - text: { - primary: "#e8eaf0", /* texto principal: blanco cálido */ - secondary: "#8b92a8", /* labels, metadata */ - muted: "#4a5068", /* placeholders, disabled */ - accent: "#c5cfe8", /* énfasis suave */ - }, - /* Comunidades del grafo: paleta protagonista (saturada, distinguible) */ - community: { - 0: "#4fc3f7", /* cyan */ - 1: "#a5d6a7", /* verde */ - 2: "#ffb74d", /* naranja */ - 3: "#ce93d8", /* violeta */ - 4: "#ef9a9a", /* rojo suave */ - 5: "#80cbc4", /* teal */ - 6: "#fff176", /* amarillo */ - 7: "#b0bec5", /* gris azulado */ - }, - /* Estado de curación */ - curation: { - accepted: "#4caf50", - rejected: "#f44336", - candidate: "#607d8b", - seed: "#ffd54f", - }, - /* Acción / interacción */ - action: { - primary: "#5c86e8", /* azul brillante para el grafo */ - hover: "#7ba0f0", - focus: "#4169d4", - }, - }, - fontFamily: { - /* Tipografía "tool for thought": legible, técnica, cálida */ - sans: ["Inter", "system-ui", "sans-serif"], - mono: ["JetBrains Mono", "Fira Code", "Consolas", "monospace"], - }, - fontSize: { - "2xs": ["0.65rem", { lineHeight: "1rem" }], - }, - spacing: { - /* Sistema de espaciado de 4px base */ - "col-left": "240px", - "col-right": "280px", - }, - borderRadius: { - obs: "6px", - }, - boxShadow: { - "obs-sm": "0 1px 3px rgba(0,0,0,0.5)", - "obs-md": "0 4px 12px rgba(0,0,0,0.6)", - "obs-glow": "0 0 20px rgba(92,134,232,0.15)", - }, - animation: { - "fade-in": "fadeIn 0.15s ease-in-out", - pulse: "pulse 2s cubic-bezier(0.4, 0, 0.6, 1) infinite", - }, - keyframes: { - fadeIn: { - "0%": { opacity: "0", transform: "translateY(2px)" }, - "100%": { opacity: "1", transform: "translateY(0)" }, - }, - }, - }, - }, - plugins: [], -}; diff --git a/frontend/tsconfig.json b/frontend/tsconfig.json deleted file mode 100644 index f069c4b..0000000 --- a/frontend/tsconfig.json +++ /dev/null @@ -1,33 +0,0 @@ -{ - "compilerOptions": { - "target": "ES2020", - "useDefineForClassFields": true, - "lib": ["ES2020", "DOM", "DOM.Iterable"], - "module": "ESNext", - "skipLibCheck": true, - - /* Bundler mode */ - "moduleResolution": "bundler", - "allowImportingTsExtensions": true, - "resolveJsonModule": true, - "isolatedModules": true, - "noEmit": true, - "jsx": "react-jsx", - - /* Strict mode */ - "strict": true, - "noImplicitAny": true, - "strictNullChecks": true, - "noUncheckedIndexedAccess": true, - "noUnusedLocals": true, - "noUnusedParameters": true, - "exactOptionalPropertyTypes": true, - - "baseUrl": ".", - "paths": { - "@/*": ["./src/*"] - } - }, - "include": ["src"], - "references": [{ "path": "./tsconfig.node.json" }] -} diff --git a/frontend/tsconfig.node.json b/frontend/tsconfig.node.json deleted file mode 100644 index 61a5f31..0000000 --- a/frontend/tsconfig.node.json +++ /dev/null @@ -1,12 +0,0 @@ -{ - "compilerOptions": { - "composite": true, - "skipLibCheck": true, - "module": "ESNext", - "moduleResolution": "bundler", - "allowSyntheticDefaultImports": true, - "strict": true, - "noImplicitAny": true - }, - "include": ["vite.config.ts"] -} diff --git a/frontend/vite.config.ts b/frontend/vite.config.ts deleted file mode 100644 index 27659c3..0000000 --- a/frontend/vite.config.ts +++ /dev/null @@ -1,22 +0,0 @@ -import { defineConfig } from "vite"; -import react from "@vitejs/plugin-react"; -import { resolve } from "path"; - -export default defineConfig({ - plugins: [react()], - base: "./", - build: { - outDir: "../src/bib2graph/gui/static", - emptyOutDir: true, - }, - resolve: { - alias: { - "@": resolve(__dirname, "./src"), - }, - }, - test: { - environment: "jsdom", - globals: true, - setupFiles: ["./src/__tests__/setup.ts"], - }, -}); diff --git a/pyproject.toml b/pyproject.toml index 48ceec0..6697d07 100644 --- a/pyproject.toml +++ b/pyproject.toml @@ -74,10 +74,6 @@ viz = [] bibtex = [ "bibtexparser>=1.4.4", ] -gui = [ - "fastapi>=0.110", - "uvicorn>=0.29", -] [project.urls] Homepage = "https://github.com/complexluise/bib2graph" @@ -99,17 +95,6 @@ bib2graph = "bib2graph.cli:main_bib2graph_alias" [tool.hatch.build.targets.wheel] packages = ["src/bib2graph"] -# force-include: vende al wheel artefactos que hatchling omitiría por defecto. -# Solo el frontend GUI lo necesita: está gitignored (build artifact) → hatchling -# lo omite (ADR 0028 §B.1, G5). Requiere que `pnpm build` haya corrido ANTES de -# `uv build`. -# -# La skill vendida (src/bib2graph/skill/, Epic #188) NO va acá: es fuente -# commiteada bajo el paquete, así que `packages = ["src/bib2graph"]` ya la -# incluye. Agregarla a force-include la duplica y ROMPE el build -# ("A second file is being added to the wheel archive at the same path"). -[tool.hatch.build.targets.wheel.force-include] -"src/bib2graph/gui/static" = "bib2graph/gui/static" # El sdist incluye fuente, tests y docs para reproducibilidad, pero NO el sandbox # de exploración (datos de investigación IED: CSV/parquet/graphml) ni los binarios @@ -170,8 +155,6 @@ ignore = [ [tool.ruff.lint.per-file-ignores] "tests/*" = ["B011"] # asserts en tests están bien -"src/bib2graph/api/routers/*" = ["B008"] # Depends() en defaults es el patrón canónico de FastAPI -"src/bib2graph/api/deps.py" = ["B008"] # idem [tool.ruff.format] quote-style = "double" @@ -197,10 +180,6 @@ ignore_missing_imports = true module = "rapidfuzz.*" ignore_missing_imports = true -[[tool.mypy.overrides]] -module = "uvicorn.*" -ignore_missing_imports = true - [tool.pytest.ini_options] minversion = "8.0" testpaths = ["tests"] diff --git a/src/bib2graph/api/__init__.py b/src/bib2graph/api/__init__.py deleted file mode 100644 index f50c7d6..0000000 --- a/src/bib2graph/api/__init__.py +++ /dev/null @@ -1,39 +0,0 @@ -"""api — Costura FastAPI local (Hito G3, ADR 0028). - -Import perezoso: FastAPI solo se importa dentro de ``create_app``; el núcleo -puede importarse sin fastapi instalado. Usar: - - from bib2graph.api import create_app - app = create_app(ws, token="...") - -o, más habitual, dejar que ``cli/commands/gui.py`` lo invoque. -""" - -from __future__ import annotations - -from typing import TYPE_CHECKING, Any - -if TYPE_CHECKING: - from bib2graph.workspace import Workspace - - -def create_app( - ws: Workspace, - *, - token: str, - cors_origins: list[str] | None = None, -) -> Any: - """Fábrica de la app FastAPI (import perezoso de fastapi). - - Args: - ws: Workspace resuelto — inyectado una sola vez (singleton por proceso). - token: Token efímero generado por ``b2g gui``. - cors_origins: Lista de orígenes CORS permitidos. Por defecto: - ``["http://localhost:5173", "http://127.0.0.1:5173"]``. - - Returns: - Instancia de ``FastAPI`` configurada con routers, CORS y seguridad. - """ - from bib2graph.api.app import create_app as _create_app - - return _create_app(ws, token=token, cors_origins=cors_origins) diff --git a/src/bib2graph/api/app.py b/src/bib2graph/api/app.py deleted file mode 100644 index 7b41987..0000000 --- a/src/bib2graph/api/app.py +++ /dev/null @@ -1,86 +0,0 @@ -"""api.app — Fábrica de la aplicación FastAPI (Hito G3, ADR 0028). - -``create_app`` monta los routers, CORS, el handler global de excepciones y el -token de seguridad. Es el único lugar del paquete ``api/`` que importa -``fastapi`` directamente — y solo se llama cuando la GUI está instalada. - -El núcleo (``corpus``, ``service``, etc.) nunca importa este módulo. -""" - -from __future__ import annotations - -from typing import TYPE_CHECKING, Any - -if TYPE_CHECKING: - from bib2graph.workspace import Workspace - -_DEFAULT_CORS = ["http://localhost:5173", "http://127.0.0.1:5173"] - - -def create_app( - ws: Workspace, - *, - token: str, - cors_origins: list[str] | None = None, -) -> Any: - """Construye y configura la aplicación FastAPI. - - Args: - ws: Workspace resuelto — singleton por proceso. - token: Token efímero generado en el arranque (``b2g gui``). - cors_origins: Orígenes CORS permitidos. Default: - ``["http://localhost:5173", "http://127.0.0.1:5173"]``. - - Returns: - Instancia de ``FastAPI`` lista para ``uvicorn.run``. - """ - from fastapi import FastAPI - from fastapi.middleware.cors import CORSMiddleware - from starlette.requests import Request - - from bib2graph.api.deps import make_deps - from bib2graph.api.routers.curate import make_curate_router - from bib2graph.api.routers.reads import make_reads_router - - app = FastAPI( - title="bib2graph API", - description="API local de bib2graph — Hito G3 (ADR 0028).", - ) - - # CORS: permite la SPA en desarrollo (Vite dev-server) - origins = cors_origins if cors_origins is not None else _DEFAULT_CORS - app.add_middleware( - CORSMiddleware, - allow_origins=origins, - allow_credentials=True, - allow_methods=["*"], - allow_headers=["*"], - ) - - # Dependencias — fábrica para evitar globales mutables - get_ws_dep, require_token_dep, write_lock_dep = make_deps(ws, token) - - # Routers - reads_router = make_reads_router(get_ws_dep, require_token_dep) - curate_router = make_curate_router(get_ws_dep, require_token_dep, write_lock_dep) - - app.include_router(reads_router) - app.include_router(curate_router) - - # Handler global de excepciones: B2GError + Exception → JSONResponse con envelope - from bib2graph.api.envelopes import make_error_response - from bib2graph.service.errors import B2GError - - @app.exception_handler(B2GError) - async def b2g_error_handler(request: Request, exc: B2GError) -> Any: - """Convierte ``B2GError`` en JSONResponse con el envelope canónico.""" - path = request.url.path.lstrip("/").replace("/", "_") - return make_error_response(path, exc) - - @app.exception_handler(Exception) - async def generic_error_handler(request: Request, exc: Exception) -> Any: - """Convierte cualquier excepción no capturada en JSONResponse 500.""" - path = request.url.path.lstrip("/").replace("/", "_") - return make_error_response(path, exc) - - return app diff --git a/src/bib2graph/api/deps.py b/src/bib2graph/api/deps.py deleted file mode 100644 index 324ed9f..0000000 --- a/src/bib2graph/api/deps.py +++ /dev/null @@ -1,61 +0,0 @@ -"""api.deps — Dependencias FastAPI (workspace singleton, token, write lock). - -Provee tres dependencias inyectables: - - - ``get_workspace`` — devuelve el singleton ``Workspace`` inyectado al crear - la app (no resuelve desde el entorno en cada request). - - ``require_token`` — ``Depends`` que lanza ``HTTPException(401)`` si el - token del header es inválido o está ausente. - - ``acquire_write_lock`` — ``Depends`` que adquiere el ``WriteLock`` global - serializado (una escritura a la vez, ADR 0028 §6 / ADR 0019). - -Uso en ``app.py``: - from bib2graph.api.deps import make_deps - get_ws, check_token, write_lock = make_deps(ws, token) -""" - -from __future__ import annotations - -import threading -from collections.abc import Generator -from typing import Any - - -def make_deps(ws: Any, token: str) -> tuple[Any, Any, Any]: - """Fábrica de las tres dependencias inyectables. - - Cierra sobre ``ws`` y ``token`` para que no sean globales mutables. - - Args: - ws: ``Workspace`` resuelto — singleton por proceso. - token: Token efímero generado en el arranque. - - Returns: - Tupla ``(get_workspace_dep, require_token_dep, acquire_write_lock_dep)`` - listas para usarse con ``Depends(...)``. - """ - from fastapi import Depends, HTTPException - from fastapi.security import HTTPAuthorizationCredentials, HTTPBearer - - from bib2graph.api.security import verify_token - - _lock = threading.Lock() - _bearer_scheme = HTTPBearer(auto_error=False) - - async def get_workspace_dep() -> Any: - """Devuelve el workspace singleton inyectado al crear la app.""" - return ws - - async def require_token_dep( - credentials: HTTPAuthorizationCredentials | None = Depends(_bearer_scheme), - ) -> None: - """Verifica el Bearer token; lanza 401 si falta o es inválido.""" - if credentials is None or not verify_token(credentials.credentials, token): - raise HTTPException(status_code=401, detail="Token inválido o ausente.") - - def acquire_write_lock_dep() -> Generator[None, None, None]: - """Adquiere el lock global de escritura; libera al salir del scope.""" - with _lock: - yield - - return get_workspace_dep, require_token_dep, acquire_write_lock_dep diff --git a/src/bib2graph/api/envelopes.py b/src/bib2graph/api/envelopes.py deleted file mode 100644 index be7fb8e..0000000 --- a/src/bib2graph/api/envelopes.py +++ /dev/null @@ -1,141 +0,0 @@ -"""api.envelopes — Handler de excepciones y mapeo código→HTTP (ADR 0028 §7). - -Convierte ``B2GError`` / ``Exception`` en ``JSONResponse`` con el status HTTP -adecuado. El body siempre es el envelope ``schema="1"`` íntegro construido -con ``service.build_envelope``; la SPA lee ``error.code`` para la lógica, -NO el status HTTP. - -Mapeo código→HTTP (ADR 0028 §7): - 0 → 200 (éxito) - 1 → 400 (UsageError: parámetro faltante/inválido) - 2 → 422 (DataError: schema inválido / id inexistente) - 3 → 501 (DependencyError: dependencia faltante) - 4 → 502 (NetworkError: red no disponible) - 5 → 409 (StoreError: store bloqueado/corrupto — retry cross-process diferido) - -Excepción no mapeada → 500 (error interno). -""" - -from __future__ import annotations - -from typing import Any - -# Mapeo exit-code → HTTP status (ADR 0028 §7) -_CODE_TO_HTTP: dict[int, int] = { - 0: 200, - 1: 400, - 2: 422, - 3: 501, - 4: 502, - 5: 409, -} - -# Excepción inesperada (bug interno): NO es un error de contrato 0-5. Usamos un -# código fuera del rango (70 = EX_SOFTWARE) que http_status_for mapea a 500 por -# defecto. La SPA lee error.code ("INTERNAL_ERROR") y el HTTP status, no este número. -_INTERNAL_ERROR_EXIT_CODE = 70 - - -def http_status_for(code: int) -> int: - """Devuelve el HTTP status correspondiente al exit-code del contrato. - - Args: - code: Exit code 0-5 (ADR 0021). - - Returns: - HTTP status code según el mapeo de ADR 0028 §7. - """ - return _CODE_TO_HTTP.get(code, 500) - - -def make_error_response( - command: str, - exc: BaseException, -) -> Any: - """Construye una ``JSONResponse`` a partir de una excepción. - - Reusa ``service.build_envelope`` y ``service.code_for`` para no reimplementar - la política de errores. - - Args: - command: Nombre del endpoint / operación (para el envelope). - exc: La excepción capturada. - - Returns: - ``fastapi.responses.JSONResponse`` con el envelope íntegro en el body - y el status HTTP del mapeo. - """ - from fastapi.responses import JSONResponse - - from bib2graph.service.envelope import build_envelope - from bib2graph.service.errors import B2GError, code_for - - if isinstance(exc, B2GError): - exit_code = exc.exit_code - error_code = exc.code - message = exc.message - else: - # Excepción no mapeada por code_for → 500 - try: - exit_code = code_for(exc) - error_code = type(exc).__name__.upper() - message = str(exc) - except TypeError: - # Excepción no mapeada = bug interno → HTTP 500 (NO 409: no es un - # conflicto de store; mentirle a la SPA sugeriría reintentar). - exit_code = _INTERNAL_ERROR_EXIT_CODE - error_code = "INTERNAL_ERROR" - message = str(exc) - - status = http_status_for(exit_code) - envelope = build_envelope( - command=command, - ok=False, - data={}, - exit_code=exit_code, - error={"code": error_code, "message": message}, - ) - return JSONResponse(status_code=status, content=envelope) - - -def exception_handler_factory(command: str) -> Any: - """Fábrica del handler de excepciones para FastAPI. - - Devuelve un handler async compatible con - ``app.add_exception_handler(Exception, handler)``. - - Args: - command: Prefijo del endpoint usado en el envelope de error. - - Returns: - Handler async para ``app.add_exception_handler``. - """ - from starlette.requests import Request - - async def handler(request: Request, exc: Exception) -> Any: - return make_error_response(command, exc) - - return handler - - -def build_ok_response(command: str, data: dict[str, Any]) -> Any: - """Construye una ``JSONResponse`` de éxito con el envelope canónico. - - Args: - command: Nombre del endpoint / operación. - data: Payload del resultado (siempre dict). - - Returns: - ``fastapi.responses.JSONResponse`` con status 200 y el envelope íntegro. - """ - from fastapi.responses import JSONResponse - - from bib2graph.service.envelope import build_envelope - - envelope = build_envelope( - command=command, - ok=True, - data=data, - exit_code=0, - ) - return JSONResponse(status_code=200, content=envelope) diff --git a/src/bib2graph/api/routers/__init__.py b/src/bib2graph/api/routers/__init__.py deleted file mode 100644 index 4c1e096..0000000 --- a/src/bib2graph/api/routers/__init__.py +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -"""api.routers — Sub-paquete de routers FastAPI.""" diff --git a/src/bib2graph/api/routers/curate.py b/src/bib2graph/api/routers/curate.py deleted file mode 100644 index b3c5b0e..0000000 --- a/src/bib2graph/api/routers/curate.py +++ /dev/null @@ -1,75 +0,0 @@ -"""api.routers.curate — POST /api/paper/{id}/curate (Hito G3, ADR 0028). - -Endpoint de escritura: aplica una decisión de curación a un paper individual. -Requiere el WriteLock para serializar escrituras (ADR 0028 §6 / ADR 0019). - -El reloj (``decided_at``) se inyecta aquí — frontera de la API — igual que -el CLI lo inyecta en su frontera (R2/ADR 0017). -""" - -from __future__ import annotations - -from collections.abc import Generator -from datetime import UTC, datetime -from typing import Any - -from fastapi import APIRouter, Depends -from pydantic import BaseModel - -from bib2graph.api.envelopes import build_ok_response - - -class CurateRequest(BaseModel): - """Body del endpoint de curación.""" - - decision: str - - -def make_curate_router( - get_workspace_dep: Any, - require_token_dep: Any, - acquire_write_lock_dep: Any, -) -> APIRouter: - """Fábrica del router de curación con las dependencias inyectadas. - - Crea un ``APIRouter`` nuevo por invocación para evitar que múltiples - llamadas (p. ej. en tests) acumulen handlers en el mismo router. - - Args: - get_workspace_dep: Dependencia que devuelve el workspace singleton. - require_token_dep: Dependencia de verificación de token. - acquire_write_lock_dep: Dependencia del lock de escritura serializado. - - Returns: - ``APIRouter`` con el endpoint POST montado. - """ - router = APIRouter() - - @router.post("/api/paper/{paper_id}/curate") - async def curate_paper_endpoint( - paper_id: str, - body: CurateRequest, - ws: Any = Depends(get_workspace_dep), - _token: None = Depends(require_token_dep), - _lock: Generator[None, None, None] = Depends(acquire_write_lock_dep), - ) -> Any: - """Aplica ``decision`` (``accepted``/``rejected``) al paper indicado. - - Toma el WriteLock global: una escritura a la vez (ADR 0028 §6). - Inyecta ``decided_at`` en la frontera API (R2/ADR 0017). - """ - from bib2graph.service.curate import curate_paper - - # R2: el reloj se inyecta en la frontera (la API es una frontera igual - # que el CLI); el servicio no llama datetime.now(). - now = datetime.now(UTC) - data = curate_paper( - ws.library_path, - paper_id, - decision=body.decision, - by="gui", - decided_at=now, - ) - return build_ok_response("curate_paper", data) - - return router diff --git a/src/bib2graph/api/routers/reads.py b/src/bib2graph/api/routers/reads.py deleted file mode 100644 index 0757d3e..0000000 --- a/src/bib2graph/api/routers/reads.py +++ /dev/null @@ -1,118 +0,0 @@ -"""api.routers.reads — 6 GET endpoints de lectura (Hito G3, ADR 0028). - -Cada endpoint llama a ``service.reads.*``, envuelve el resultado con -``build_ok_response`` y deja que el handler global de excepciones convierta -los ``B2GError`` en respuestas de error. - -Endpoints: - GET /api/workspace - GET /api/rounds - GET /api/paper/{id} - GET /api/paper/{id}/scent - GET /api/network/{kind} - GET /api/compare?a=&b= - -``data`` siempre es un dict: las lecturas que devuelven lista se envuelven -en un dict con clave semántica (``rounds``, ``nodes``, etc.) para respetar -la firma de ``build_envelope(data: dict)``. -""" - -from __future__ import annotations - -from typing import Any - -from fastapi import APIRouter, Depends - -from bib2graph.api.envelopes import build_ok_response - - -def make_reads_router( - get_workspace_dep: Any, - require_token_dep: Any, -) -> APIRouter: - """Fábrica del router de lecturas con las dependencias inyectadas. - - Crea un ``APIRouter`` nuevo por invocación para evitar que múltiples - llamadas (p. ej. en tests) acumulen handlers en el mismo router. - - Args: - get_workspace_dep: Dependencia que devuelve el workspace singleton. - require_token_dep: Dependencia de verificación de token. - - Returns: - ``APIRouter`` con los 6 endpoints de lectura montados. - """ - router = APIRouter() - - @router.get("/api/workspace") - async def get_workspace_endpoint( - ws: Any = Depends(get_workspace_dep), - _token: None = Depends(require_token_dep), - ) -> Any: - """Estado del workspace activo.""" - from bib2graph.service.reads import get_workspace - - data = get_workspace(ws) - return build_ok_response("get_workspace", data) - - @router.get("/api/rounds") - async def list_rounds_endpoint( - ws: Any = Depends(get_workspace_dep), - _token: None = Depends(require_token_dep), - ) -> Any: - """Lista de snapshots + entrada viva.""" - from bib2graph.service.reads import list_rounds - - rounds = list_rounds(ws) - return build_ok_response("list_rounds", {"rounds": rounds}) - - @router.get("/api/paper/{paper_id}") - async def get_paper_endpoint( - paper_id: str, - ws: Any = Depends(get_workspace_dep), - _token: None = Depends(require_token_dep), - ) -> Any: - """Fila completa del corpus para un paper.""" - from bib2graph.service.reads import get_paper - - data = get_paper(ws, paper_id) - return build_ok_response("get_paper", data) - - @router.get("/api/paper/{paper_id}/scent") - async def get_scent_endpoint( - paper_id: str, - ws: Any = Depends(get_workspace_dep), - _token: None = Depends(require_token_dep), - ) -> Any: - """Score de acoplamiento + vecinos de un paper.""" - from bib2graph.service.reads import get_scent - - data = get_scent(ws, paper_id) - return build_ok_response("get_scent", data) - - @router.get("/api/network/{kind}") - async def get_network_endpoint( - kind: str, - ws: Any = Depends(get_workspace_dep), - _token: None = Depends(require_token_dep), - ) -> Any: - """Red de la ronda viva para el kind dado.""" - from bib2graph.service.reads import get_network - - data = get_network(ws, kind) - return build_ok_response("get_network", data) - - @router.get("/api/compare") - async def compare_rounds_endpoint( - a: str, - b: str, - ws: Any = Depends(get_workspace_dep), - _token: None = Depends(require_token_dep), - ) -> Any: - """Diff entre dos snapshots (added/removed paper_ids + metricas).""" - from bib2graph.service.reads import compare_rounds - - data = compare_rounds(ws, a, b) - return build_ok_response("compare_rounds", data) - - return router diff --git a/src/bib2graph/api/security.py b/src/bib2graph/api/security.py deleted file mode 100644 index 89bbc6b..0000000 --- a/src/bib2graph/api/security.py +++ /dev/null @@ -1,34 +0,0 @@ -"""api.security — Token efímero para la API local (ADR 0028, Nota 12 C.3). - -El token se genera en ``b2g gui`` con ``secrets.token_urlsafe(32)`` y se -inyecta en ``create_app``. La verificación usa ``secrets.compare_digest`` -para evitar timing attacks (aunque el servidor solo escucha en 127.0.0.1). - -El token viaja en el header ``Authorization: Bearer ``. -""" - -from __future__ import annotations - -import secrets - - -def generate_token() -> str: - """Genera un token efímero de 32 bytes (URL-safe base64). - - Returns: - Token de 43 caracteres URL-safe. - """ - return secrets.token_urlsafe(32) - - -def verify_token(provided: str, expected: str) -> bool: - """Verifica el token con comparación de tiempo constante. - - Args: - provided: Token enviado por el cliente (del header ``Authorization``). - expected: Token canónico generado en el arranque. - - Returns: - ``True`` si los tokens coinciden. - """ - return secrets.compare_digest(provided, expected) diff --git a/src/bib2graph/cli/__init__.py b/src/bib2graph/cli/__init__.py index fbef907..3c6ea98 100644 --- a/src/bib2graph/cli/__init__.py +++ b/src/bib2graph/cli/__init__.py @@ -7,10 +7,10 @@ b2g = "bib2graph.cli:main" bib2graph = "bib2graph.cli:main_bib2graph_alias" # deprecado, #165 -Subcomandos planos (18): +Subcomandos planos (17): init, seed, chain, filter, build, enrich, monitor, export, status, validate, accept, reject, networks, restore (shim #163), - gui, resolve. + resolve. inspect: absorbido por ``read show`` (#156); permanece como alias. @@ -58,7 +58,6 @@ from bib2graph.cli.commands.enrich import enrich_cmd from bib2graph.cli.commands.export import export_cmd from bib2graph.cli.commands.filter import filter_cmd -from bib2graph.cli.commands.gui import gui_cmd from bib2graph.cli.commands.init import init_cmd from bib2graph.cli.commands.inspect import inspect_cmd from bib2graph.cli.commands.monitor import monitor_cmd @@ -118,7 +117,7 @@ def b2g(ctx: click.Context, workspace: str | None) -> None: Subcomandos: init, seed, chain, filter, build, enrich, monitor, export, status, validate, accept, reject, networks, restore (shim), - gui, resolve, + resolve, read [list|stats|show|top], curate [dump|apply|accept|reject|filter], snapshot [create|restore] (ADR 0038), skill [add] (Epic #188). @@ -152,7 +151,6 @@ def b2g(ctx: click.Context, workspace: str | None) -> None: b2g.add_command(curate_grp) b2g.add_command(networks_cmd) b2g.add_command(restore_cmd) -b2g.add_command(gui_cmd) b2g.add_command(resolve_cmd) b2g.add_command(read_grp) b2g.add_command(skill_grp) diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/gui.py b/src/bib2graph/cli/commands/gui.py deleted file mode 100644 index f0679c5..0000000 --- a/src/bib2graph/cli/commands/gui.py +++ /dev/null @@ -1,232 +0,0 @@ -"""cli.commands.gui — 19º subcomando ``b2g gui`` (Hito G3, ADR 0028). - -Levanta uvicorn sobre la API local FastAPI, sirve los assets pre-build del -frontend (si existen en ``src/bib2graph/gui/static/index.html``), e imprime la -URL con el token efímero. - -Wiring del token (G4, B-G4-3): al servir ``index.html``, reemplaza el -placeholder ``__B2G_TOKEN__`` con el token real. Los demás assets (JS, CSS, -etc.) se sirven con ``StaticFiles`` sin modificación. - -El import de ``fastapi`` y ``uvicorn`` es **perezoso**: se hace dentro de -``run_gui`` para que el núcleo no los importe al arrancar el CLI sin el extra -``[gui]``. Si faltan, lanza ``DependencyError`` (exit 3) con un mensaje -accionable. - -Flags: - --host TEXT Host de bind (default: 127.0.0.1). - --port INTEGER Puerto (default: 8765). - --no-browser No abrir el browser automáticamente. -""" - -from __future__ import annotations - -from typing import Any - -import click - -from bib2graph.cli._errors import handle_errors -from bib2graph.cli._store import resolve_workspace - -# Placeholder que el frontend espera en index.html y en window.__B2G_TOKEN__ -_TOKEN_PLACEHOLDER = "__B2G_TOKEN__" - - -def _make_index_response(static_dir: object, token: str) -> object: - """Construye una respuesta HTMLResponse con el token inyectado en index.html. - - Lee el ``index.html`` del directorio estático, reemplaza todas las - ocurrencias del placeholder ``__B2G_TOKEN__`` con el token efímero y - devuelve una ``HTMLResponse`` lista para ser usada como respuesta de - un endpoint de FastAPI. - - Args: - static_dir: ``pathlib.Path`` del directorio de assets. - token: Token efímero generado en el arranque. - - Returns: - ``HTMLResponse`` con el HTML modificado. - """ - from pathlib import Path - - from fastapi.responses import HTMLResponse - - index_path = Path(str(static_dir)) / "index.html" - html = index_path.read_text(encoding="utf-8") - html = html.replace(_TOKEN_PLACEHOLDER, token) - return HTMLResponse(content=html) - - -def build_gui_app(ws: Any, token: str, static_dir: object | None) -> Any: - """Construye la app FastAPI de la GUI: API + (si hay frontend) index + assets. - - Separada de ``run_gui`` para ser testeable sin uvicorn. Cuando ``static_dir`` - existe, monta la ruta raíz ``GET /`` que sirve ``index.html`` con el token - inyectado, más ``StaticFiles`` para los assets. - - Args: - ws: ``Workspace`` resuelto. - token: Token efímero. - static_dir: ``pathlib.Path`` del frontend buildeado, o ``None`` si no existe. - - Returns: - Instancia de ``FastAPI`` lista para ``uvicorn.run``. - """ - from bib2graph.api import create_app - - app = create_app(ws, token=token, cors_origins=None) - - if static_dir is not None: - from fastapi.staticfiles import StaticFiles - - # Ruta raíz: sirve index.html con el token inyectado (B-G4-3). - # serve_index NO declara parámetros a propósito: bajo - # `from __future__ import annotations` un `request: Request` quedaría como - # anotación-string que FastAPI resuelve contra los globals del módulo — - # donde `Request` NO está (es import local) — y lo tomaría como query param - # requerido → 422. serve_index no necesita el request, así que no lo pide. - @app.get("/", include_in_schema=False) # type: ignore[untyped-decorator] - async def serve_index() -> Any: - """Sirve index.html con el token Bearer inyectado.""" - return _make_index_response(static_dir, token) - - # Assets estáticos (JS, CSS, imágenes, fuentes) - app.mount( - "/", - StaticFiles(directory=str(static_dir), html=False), - name="static", - ) - - return app - - -def run_gui( - *, - workspace_ctx: dict[str, object], - host: str = "127.0.0.1", - port: int = 8765, - no_browser: bool = False, -) -> None: - """Levanta la API local FastAPI con uvicorn. - - Verifica que ``fastapi`` y ``uvicorn`` estén instalados **antes** de - importar ``bib2graph.api`` (import perezoso). Si faltan → ``DependencyError`` - (exit 3) con sugerencia accionable. - - Cuando el frontend está buildeado (``gui/static/index.html`` existe), - inyecta el token en el HTML servido reemplazando el placeholder - ``__B2G_TOKEN__`` (G4, B-G4-3). - - Args: - workspace_ctx: Dict ``ctx.obj`` del grupo Click (para ``resolve_workspace``). - host: Host de bind (default: ``"127.0.0.1"``). - port: Puerto (default: ``8765``). - no_browser: Si ``True``, no abre el browser. - - Raises: - DependencyError: Si ``fastapi`` o ``uvicorn`` no están instalados. - UsageError: Si no se puede resolver el workspace. - """ - # Import perezoso: verificar dependencias ANTES de importar bib2graph.api - try: - import fastapi # noqa: F401 - import uvicorn # noqa: F401 - except ImportError as exc: - from bib2graph.cli._errors import DependencyError - - raise DependencyError( - f"Dependencia GUI faltante: {exc}. " - "Instalá el extra con: uv sync --extra gui" - ) from exc - - from bib2graph.api.security import generate_token - - ws = resolve_workspace(workspace_ctx) - token = generate_token() - - # Resolver el static del frontend (G4/G5) — import perezoso - import importlib.resources as _res - from pathlib import Path - - static_dir: Path | None = None - try: - # Busca el static generado por G4/G5 en el paquete instalado - pkg_root = Path(__file__).parent.parent.parent / "bib2graph" / "gui" / "static" - if not pkg_root.exists(): - # Intentar vía importlib.resources (wheel instalado) - pkg_root = Path(str(_res.files("bib2graph"))) / "gui" / "static" - if pkg_root.exists() and (pkg_root / "index.html").exists(): - static_dir = pkg_root - except Exception: - static_dir = None - - app = build_gui_app(ws, token, static_dir) - - if static_dir is not None: - click.echo(f"Frontend servido desde: {static_dir}", err=True) - else: - click.echo( - "Advertencia: frontend no construido aún (G4). " - "Solo la API está disponible.", - err=True, - ) - - url = f"http://{host}:{port}" - click.echo(f"b2g GUI — API en {url}", err=True) - click.echo(f"Token: {token}", err=True) - click.echo("Usá este token como Bearer en el header Authorization.", err=True) - - if not no_browser: - import webbrowser - - webbrowser.open(url) - - import uvicorn as _uvicorn - - _uvicorn.run(app, host=host, port=port) - - -# --------------------------------------------------------------------------- -# Comando Click -# --------------------------------------------------------------------------- - - -@click.command("gui") -@click.option( - "--host", - default="127.0.0.1", - show_default=True, - help="Host de bind para la API.", -) -@click.option( - "--port", - default=8765, - show_default=True, - type=int, - help="Puerto para la API.", -) -@click.option( - "--no-browser", - is_flag=True, - default=False, - help="No abrir el browser automáticamente.", -) -@click.pass_context -@handle_errors("gui") -def gui_cmd( - ctx: click.Context, - host: str, - port: int, - no_browser: bool, -) -> None: - """Levanta la API local GUI (FastAPI + uvicorn). - - Requiere el extra [gui]: uv sync --extra gui. - Imprime la URL y el token efímero al arrancar. - """ - run_gui( - workspace_ctx=ctx.obj, - host=host, - port=port, - no_browser=no_browser, - ) diff --git a/src/bib2graph/gui/static/.gitkeep b/src/bib2graph/gui/static/.gitkeep deleted file mode 100644 index e69de29..0000000 diff --git a/tests/unit/test_api.py b/tests/unit/test_api.py deleted file mode 100644 index dc9033e..0000000 --- a/tests/unit/test_api.py +++ /dev/null @@ -1,497 +0,0 @@ -"""Tests del Hito G3 — API local FastAPI (ADR 0028). - -Cobertura priorizada (docs/ROADMAP/05-gui.md §Hito G3): - -1. ``b2g gui`` exit 3 sin extra (monkeypatch ImportError fastapi/uvicorn). -2. Mapeo código-HTTP: un caso por código 0-5. -3. Token: sin token → 401; con token → 200. -4. Happy-path forma del envelope (``schema=="1"``, ``ok``, ``data``) por endpoint. -5. Write: POST curate → 200 y get_paper refleja el cambio; id inexistente → 422; - decision inválida → 422. - -No se testea concurrencia del lock ni uvicorn/browser (plumbing). -Marcador: ``unit`` (DuckDB en tmp_path, TestClient en memoria, sin red real). -""" - -from __future__ import annotations - -from pathlib import Path -from typing import Any -from unittest.mock import patch - -import pyarrow as pa -import pytest - -from bib2graph.schemas import CORPUS_SCHEMA - -pytestmark = pytest.mark.unit - -# --------------------------------------------------------------------------- -# Helpers compartidos (mismo patrón que test_service_reads.py) -# --------------------------------------------------------------------------- - - -def _row( - *, - id: str, - title: str = "Test title", - year: int = 2020, - is_seed: bool = True, - curation_status: str = "candidate", - references_id: list[str] | None = None, - cited_by_id: list[str] | None = None, -) -> dict[str, Any]: - """Fila mínima con schema completo para tests.""" - return { - "id": id, - "openalex_id": None, - "doi": None, - "title": title, - "year": year, - "abstract": None, - "source": None, - "language": "en", - "publisher": None, - "research_areas": None, - "is_seed": is_seed, - "curation_status": curation_status, - "provenance": None, - "authors_raw": ["Autor A"], - "authors_id": ["oa:author1"], - "authors_affiliations": None, - "keywords_raw": ["keyword1"], - "keywords_id": ["kw1"], - "institutions_raw": None, - "institutions_id": None, - "references_id": references_id, - "references_doi": None, - "cited_by_id": cited_by_id, - } - - -def _init_workspace(tmp_path: Path, name: str = "test-ws") -> Any: - """Crea y devuelve un Workspace inicializado en tmp_path.""" - from bib2graph.workspace import Workspace - - ws_dir = tmp_path / name - return Workspace.init(ws_dir, name) - - -def _seed_store(ws: Any, rows: list[dict[str, Any]]) -> None: - """Persiste filas en el store del workspace.""" - from bib2graph.corpus import Corpus - from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore - - table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) - corpus = Corpus.from_arrow(table) - store = DuckDBStore(ws.library_path) - store.persist(corpus) - - -def _make_test_client(ws: Any, token: str) -> Any: - """Construye un TestClient con la app configurada.""" - from fastapi.testclient import TestClient - - from bib2graph.api.app import create_app - - app = create_app(ws, token=token, cors_origins=["http://localhost:3000"]) - return TestClient(app, raise_server_exceptions=False) - - -# Token de prueba fijo para los tests -_TEST_TOKEN = "token-de-prueba-para-tests-12345" -_AUTH_HEADER = {"Authorization": f"Bearer {_TEST_TOKEN}"} - - -# --------------------------------------------------------------------------- -# 1. b2g gui — exit 3 sin extra (monkeypatch ImportError) -# --------------------------------------------------------------------------- - - -@pytest.mark.unit -def test_b2g_gui_exit_3_sin_extra(tmp_path: Path) -> None: - """``b2g gui`` lanza DependencyError (exit 3) si fastapi/uvicorn no están instalados.""" - from bib2graph.cli._errors import DependencyError - from bib2graph.cli.commands.gui import run_gui - - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) - - ctx_obj: dict[str, object] = {"workspace": str(ws.root)} - - with ( - patch("bib2graph.cli.commands.gui.resolve_workspace", return_value=ws), - patch.dict( - "sys.modules", - {"fastapi": None, "uvicorn": None}, # type: ignore[dict-item] - ), - pytest.raises(DependencyError, match="gui"), - ): - run_gui(workspace_ctx=ctx_obj) - - -# --------------------------------------------------------------------------- -# 2. Mapeo código-HTTP - un caso por código 0-5 -# --------------------------------------------------------------------------- - - -@pytest.mark.unit -def test_http_status_for_mapeo_completo() -> None: - """``http_status_for`` devuelve el status correcto para cada código 0-5.""" - from bib2graph.api.envelopes import http_status_for - - assert http_status_for(0) == 200 - assert http_status_for(1) == 400 - assert http_status_for(2) == 422 - assert http_status_for(3) == 501 - assert http_status_for(4) == 502 - assert http_status_for(5) == 409 - # No mapeado → 500 - assert http_status_for(99) == 500 - - -@pytest.mark.unit -def test_make_error_response_b2gerror_codigo_y_status(tmp_path: Path) -> None: - """``make_error_response`` construye el envelope correcto con el status esperado.""" - from bib2graph.api.envelopes import make_error_response - from bib2graph.service.errors import DataError, StoreError, UsageError - - # UsageError → code 1 → HTTP 400 - resp = make_error_response("test_cmd", UsageError("uso incorrecto")) - assert resp.status_code == 400 - body = resp.body - import json - - data = json.loads(body) - assert data["ok"] is False - assert data["exit_code"] == 1 - assert data["error"]["code"] == "USAGE_ERROR" - - # StoreError → code 5 → HTTP 409 - resp5 = make_error_response("test_cmd", StoreError("bloqueado")) - assert resp5.status_code == 409 - data5 = json.loads(resp5.body) - assert data5["exit_code"] == 5 - - # DataError → code 2 → HTTP 422 - resp2 = make_error_response("test_cmd", DataError("no existe")) - assert resp2.status_code == 422 - data2 = json.loads(resp2.body) - assert data2["exit_code"] == 2 - - -@pytest.mark.unit -def test_make_error_response_excepcion_inesperada_es_500() -> None: - """Una excepción NO de contrato (bug interno) → HTTP 500, no 409. - - Regresión: el fallback enmascaraba errores internos como 409 (store - bloqueado), mintiéndole a la SPA. Un bug inesperado debe ser 500. - """ - import json - - from bib2graph.api.envelopes import make_error_response - - resp = make_error_response("test_cmd", ValueError("boom inesperado")) - assert resp.status_code == 500 - data = json.loads(resp.body) - assert data["ok"] is False - assert data["error"]["code"] == "INTERNAL_ERROR" - - -# --------------------------------------------------------------------------- -# 3. Token — sin token → 401; con token → 200 -# --------------------------------------------------------------------------- - - -@pytest.mark.unit -def test_api_sin_token_rechaza_401(tmp_path: Path) -> None: - """GET /api/workspace sin token → 401.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) - - client = _make_test_client(ws, _TEST_TOKEN) - resp = client.get("/api/workspace") - assert resp.status_code == 401 - - -@pytest.mark.unit -def test_api_token_invalido_rechaza_401(tmp_path: Path) -> None: - """GET /api/workspace con token incorrecto → 401.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) - - client = _make_test_client(ws, _TEST_TOKEN) - resp = client.get( - "/api/workspace", headers={"Authorization": "Bearer token-incorrecto"} - ) - assert resp.status_code == 401 - - -@pytest.mark.unit -def test_api_con_token_valido_acepta_200(tmp_path: Path) -> None: - """GET /api/workspace con token correcto → 200.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) - - client = _make_test_client(ws, _TEST_TOKEN) - resp = client.get("/api/workspace", headers=_AUTH_HEADER) - assert resp.status_code == 200 - - -# --------------------------------------------------------------------------- -# 4. Happy-path — forma del envelope por endpoint -# --------------------------------------------------------------------------- - - -@pytest.mark.unit -def test_get_workspace_forma_envelope(tmp_path: Path) -> None: - """GET /api/workspace devuelve envelope canónico con clave 'name'.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1"), _row(id="P2")]) - - client = _make_test_client(ws, _TEST_TOKEN) - resp = client.get("/api/workspace", headers=_AUTH_HEADER) - - assert resp.status_code == 200 - body = resp.json() - assert body["schema"] == "1" - assert body["ok"] is True - assert body["error"] is None - assert "name" in body["data"] - assert body["data"]["total_papers"] == 2 - - -@pytest.mark.unit -def test_list_rounds_forma_envelope(tmp_path: Path) -> None: - """GET /api/rounds devuelve envelope con clave 'rounds' (lista).""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) - - client = _make_test_client(ws, _TEST_TOKEN) - resp = client.get("/api/rounds", headers=_AUTH_HEADER) - - assert resp.status_code == 200 - body = resp.json() - assert body["schema"] == "1" - assert body["ok"] is True - assert isinstance(body["data"]["rounds"], list) - # Debe incluir la entrada "live" - live_entries = [r for r in body["data"]["rounds"] if r["id"] == "live"] - assert len(live_entries) == 1 - - -@pytest.mark.unit -def test_get_paper_forma_envelope(tmp_path: Path) -> None: - """GET /api/paper/{id} devuelve envelope con los campos del paper.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store( - ws, - [ - _row( - id="P1", - title="Paper de prueba", - year=2023, - curation_status="candidate", - ) - ], - ) - - client = _make_test_client(ws, _TEST_TOKEN) - resp = client.get("/api/paper/P1", headers=_AUTH_HEADER) - - assert resp.status_code == 200 - body = resp.json() - assert body["ok"] is True - assert body["data"]["id"] == "P1" - assert body["data"]["title"] == "Paper de prueba" - - -@pytest.mark.unit -def test_get_paper_inexistente_422(tmp_path: Path) -> None: - """GET /api/paper/{id} con id inexistente → 422 (DataError).""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) - - client = _make_test_client(ws, _TEST_TOKEN) - resp = client.get("/api/paper/no-existe", headers=_AUTH_HEADER) - - assert resp.status_code == 422 - body = resp.json() - assert body["ok"] is False - assert body["exit_code"] == 2 - - -@pytest.mark.unit -def test_get_network_kind_invalido_422(tmp_path: Path) -> None: - """GET /api/network/{kind} con kind inválido → 422 (DataError).""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) - - client = _make_test_client(ws, _TEST_TOKEN) - resp = client.get("/api/network/red_inventada", headers=_AUTH_HEADER) - - assert resp.status_code == 422 - body = resp.json() - assert body["ok"] is False - assert body["exit_code"] == 2 - - -@pytest.mark.unit -def test_get_scent_forma_envelope(tmp_path: Path) -> None: - """GET /api/paper/{id}/scent devuelve envelope con claves de scent.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store( - ws, - [ - _row(id="P1", references_id=["R1", "R2"]), - _row(id="P2", references_id=["R1", "R3"]), - ], - ) - - client = _make_test_client(ws, _TEST_TOKEN) - resp = client.get("/api/paper/P1/scent", headers=_AUTH_HEADER) - - assert resp.status_code == 200 - body = resp.json() - assert body["ok"] is True - data = body["data"] - assert "paper_id" in data - assert "score" in data - assert "coupling" in data - - -# --------------------------------------------------------------------------- -# 5. Write — POST curate -# --------------------------------------------------------------------------- - - -@pytest.mark.unit -def test_post_curate_accepted_200(tmp_path: Path) -> None: - """POST /api/paper/{id}/curate {decision:'accepted'} → 200.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1", curation_status="candidate")]) - - client = _make_test_client(ws, _TEST_TOKEN) - resp = client.post( - "/api/paper/P1/curate", - json={"decision": "accepted"}, - headers=_AUTH_HEADER, - ) - - assert resp.status_code == 200 - body = resp.json() - assert body["ok"] is True - assert body["data"]["accepted_count"] == 1 - - -@pytest.mark.unit -def test_post_curate_y_get_paper_refleja_cambio(tmp_path: Path) -> None: - """POST curate accepted + GET paper → curation_status == 'accepted'.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1", curation_status="candidate")]) - - client = _make_test_client(ws, _TEST_TOKEN) - client.post( - "/api/paper/P1/curate", - json={"decision": "accepted"}, - headers=_AUTH_HEADER, - ) - - resp = client.get("/api/paper/P1", headers=_AUTH_HEADER) - assert resp.status_code == 200 - assert resp.json()["data"]["curation_status"] == "accepted" - - -@pytest.mark.unit -def test_post_curate_id_inexistente_422(tmp_path: Path) -> None: - """POST curate con id inexistente → 422.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) - - client = _make_test_client(ws, _TEST_TOKEN) - resp = client.post( - "/api/paper/id-que-no-existe/curate", - json={"decision": "accepted"}, - headers=_AUTH_HEADER, - ) - - assert resp.status_code == 422 - body = resp.json() - assert body["ok"] is False - assert body["exit_code"] == 2 - - -@pytest.mark.unit -def test_post_curate_decision_invalida_422(tmp_path: Path) -> None: - """POST curate con decision inválida → 422.""" - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) - - client = _make_test_client(ws, _TEST_TOKEN) - resp = client.post( - "/api/paper/P1/curate", - json={"decision": "decision_invalida"}, - headers=_AUTH_HEADER, - ) - - assert resp.status_code == 422 - body = resp.json() - assert body["ok"] is False - assert body["exit_code"] == 2 - - -# Neutralidad del núcleo (service no importa fastapi): consolidada en -# test_service.py::test_service_modulo_neutral_de_transporte (epic #184). - - -# --------------------------------------------------------------------------- -# 6. Wiring del frontend (build_gui_app) — REGRESIÓN GET / 422 -# --------------------------------------------------------------------------- - - -@pytest.mark.unit -def test_build_gui_app_sirve_index_con_token(tmp_path: Path) -> None: - """REGRESIÓN: GET / sirve index.html con el token inyectado (no 422). - - Bug real (caught en runtime, no por el verifier que reconstruía la app): - ``serve_index(_request: Request)`` bajo ``from __future__ import annotations`` - hacía que FastAPI tratara ``_request`` como query param requerido → 422. - Este test ejercita el wiring REAL ``build_gui_app``, no una app reconstruida. - """ - from fastapi.testclient import TestClient - - from bib2graph.cli.commands.gui import build_gui_app - - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) - - static_dir = tmp_path / "static" - static_dir.mkdir() - (static_dir / "index.html").write_text( - '', encoding="utf-8" - ) - - client = TestClient(build_gui_app(ws, "TESTTOK", static_dir)) - - resp = client.get("/") - assert resp.status_code == 200 - assert "TESTTOK" in resp.text - assert "__B2G_TOKEN__" not in resp.text # placeholder reemplazado - # El wiring del static NO rompe la auth de los routers /api/* - assert client.get("/api/workspace").status_code == 401 - - -@pytest.mark.unit -def test_build_gui_app_sin_static_solo_api(tmp_path: Path) -> None: - """Sin frontend buildeado (static_dir=None): GET / → 404; la API sigue montada.""" - from fastapi.testclient import TestClient - - from bib2graph.cli.commands.gui import build_gui_app - - ws = _init_workspace(tmp_path) - _seed_store(ws, [_row(id="P1")]) - - client = TestClient(build_gui_app(ws, "TESTTOK", None)) - - assert client.get("/").status_code == 404 - assert client.get("/api/workspace").status_code == 401 diff --git a/tests/unit/test_packaging_config.py b/tests/unit/test_packaging_config.py deleted file mode 100644 index 4590e52..0000000 --- a/tests/unit/test_packaging_config.py +++ /dev/null @@ -1,123 +0,0 @@ -"""Guard de regresión del empaquetado — config del wheel en pyproject.toml. - -Cubre dos invariantes: - -1. ``force-include`` mapea ``src/bib2graph/gui/static`` → ``bib2graph/gui/static`` - (frontend GUI, gitignored; ADR 0028 §B.1, G5). Sin esa clave hatchling omite - el frontend y el wheel sale sin GUI. -2. La skill vendida (``src/bib2graph/skill/``, Epic #188) es **fuente commiteada** - bajo el paquete → la incluye ``packages = ["src/bib2graph"]``. NO debe estar en - ``force-include``: duplicarla rompe el build ("A second file is being added to - the wheel archive at the same path"). ``b2g skill add`` la lee vía - ``importlib.resources.files('bib2graph') / 'skill'``. - -Esto es un **guard de config**, no un build real. - -Marcador: ``unit`` (puro, sin I/O de build). -""" - -from __future__ import annotations - -from pathlib import Path - -import pytest - -pytestmark = pytest.mark.unit - -_PYPROJECT = Path(__file__).parent.parent.parent / "pyproject.toml" - - -@pytest.mark.unit -def test_force_include_clave_presente() -> None: - """pyproject.toml declara force-include para gui/static (guard ADR 0028 §B.1).""" - try: - import tomllib - except ImportError: - import tomli as tomllib # type: ignore[no-redef] - - with open(_PYPROJECT, "rb") as fh: - cfg = tomllib.load(fh) - - force = ( - cfg.get("tool", {}) - .get("hatch", {}) - .get("build", {}) - .get("targets", {}) - .get("wheel", {}) - .get("force-include", {}) - ) - assert force, ( - "tool.hatch.build.targets.wheel.force-include está vacío o ausente. " - "Sin esta clave hatchling omite gui/static/ (gitignored) y el wheel " - "sale sin frontend (ADR 0028 §B.1, G5)." - ) - - -@pytest.mark.unit -def test_force_include_mapea_gui_static() -> None: - """force-include mapea 'src/bib2graph/gui/static' → 'bib2graph/gui/static'.""" - try: - import tomllib - except ImportError: - import tomli as tomllib # type: ignore[no-redef] - - with open(_PYPROJECT, "rb") as fh: - cfg = tomllib.load(fh) - - force = ( - cfg.get("tool", {}) - .get("hatch", {}) - .get("build", {}) - .get("targets", {}) - .get("wheel", {}) - .get("force-include", {}) - ) - src_key = "src/bib2graph/gui/static" - dest_val = "bib2graph/gui/static" - assert src_key in force, ( - f"force-include no tiene la clave '{src_key}'. " - "Verificar pyproject.toml [tool.hatch.build.targets.wheel.force-include]." - ) - assert force[src_key] == dest_val, ( - f"force-include['{src_key}'] = '{force[src_key]}', se esperaba '{dest_val}'. " - "El destino dentro del wheel debe ser 'bib2graph/gui/static'." - ) - - -@pytest.mark.unit -def test_skill_es_fuente_commiteada_no_force_include() -> None: - """La skill se incluye por ``packages``, NO por ``force-include`` (Epic #188). - - La skill vive bajo ``src/bib2graph/skill/`` (fuente commiteada), así que - ``packages = ["src/bib2graph"]`` ya la vendea en el wheel. Si alguien la - agrega a ``force-include``, hatchling la duplica y el build falla con - "A second file is being added to the wheel archive at the same path". - Este guard fija que NO esté en force-include y que el SKILL.md exista. - """ - try: - import tomllib - except ImportError: - import tomli as tomllib # type: ignore[no-redef] - - with open(_PYPROJECT, "rb") as fh: - cfg = tomllib.load(fh) - - force = ( - cfg.get("tool", {}) - .get("hatch", {}) - .get("build", {}) - .get("targets", {}) - .get("wheel", {}) - .get("force-include", {}) - ) - assert "src/bib2graph/skill" not in force, ( - "src/bib2graph/skill NO debe estar en force-include: ya entra por " - "packages=['src/bib2graph'] y duplicarla rompe el build (doble inclusión)." - ) - - # La skill debe existir como fuente commiteada para que packages la incluya. - skill_md = _PYPROJECT.parent / "src" / "bib2graph" / "skill" / "SKILL.md" - assert skill_md.exists(), ( - f"No existe {skill_md}. La skill vendida debe vivir bajo " - "src/bib2graph/skill/ para que el wheel la incluya vía packages." - ) diff --git a/uv.lock b/uv.lock index b82b51f..25e4f8f 100644 --- a/uv.lock +++ b/uv.lock @@ -1,26 +1,18 @@ version = 1 +revision = 3 requires-python = ">=3.11" resolution-markers = [ "python_full_version < '3.15'", "python_full_version >= '3.15'", ] -[[package]] -name = "annotated-doc" -version = "0.0.4" -source = { registry = "https://pypi.org/simple" } -sdist = { url = "https://files.pythonhosted.org/packages/57/ba/046ceea27344560984e26a590f90bc7f4a75b06701f653222458922b558c/annotated_doc-0.0.4.tar.gz", hash = "sha256:fbcda96e87e9c92ad167c2e53839e57503ecfda18804ea28102353485033faa4", size = 7288 } -wheels = [ - { url = "https://files.pythonhosted.org/packages/1e/d3/26bf1008eb3d2daa8ef4cacc7f3bfdc11818d111f7e2d0201bc6e3b49d45/annotated_doc-0.0.4-py3-none-any.whl", hash = "sha256:571ac1dc6991c450b25a9c2d84a3705e2ae7a53467b5d111c24fa8baabbed320", size = 5303 }, -] - [[package]] 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"https://files.pythonhosted.org/packages/c8/59/822efe4ea722a3961331bfa35b7d90937790d2c20f0616de1997ccc3aebd/wrapt-2.2.1-cp314-cp314t-win32.whl", hash = "sha256:2e08688ab16525897da6589d56d0aebaf417bbe91c2d8e3b96203b1efa596e85", size = 80226, upload-time = "2026-05-22T14:49:20.264Z" }, + { url = "https://files.pythonhosted.org/packages/ab/31/2a7dc5f6abb2fca0b6e1610e120419f603650aceb4f1d3ac4cae0354e162/wrapt-2.2.1-cp314-cp314t-win_amd64.whl", hash = "sha256:fd0135d34387f5fd087d9be368ea77ea89cf2451dc1cd1c622d35021bcb3ab50", size = 83835, upload-time = "2026-05-22T14:49:21.634Z" }, + { url = "https://files.pythonhosted.org/packages/9f/c0/782b86e28d1ceebeb74cccea12d2cd3d2ba0bd68e3dec20b1bc5873f6127/wrapt-2.2.1-cp314-cp314t-win_arm64.whl", hash = "sha256:f70db64e8266d7c45d3b735f2e08eeb434b5e03da9a479ae42b2e2e486a21a00", size = 80722, upload-time = "2026-05-22T14:49:23.59Z" }, + { url = "https://files.pythonhosted.org/packages/53/46/29ac9daf11a86c22a8c38cd9236c62928ccae83f7ceb06bd3b0467cf9d05/wrapt-2.2.1-py3-none-any.whl", hash = "sha256:3aafea2975caef8ca49400640dde02cc7426e798f24870ed01f490bc3cffd32f", size = 61000, upload-time = "2026-05-22T14:49:41.593Z" }, ] From c48906466d6a8ff638faf16e9576901c12eb0765 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sun, 28 Jun 2026 16:22:25 -0500 Subject: [PATCH 26/27] =?UTF-8?q?fix(provenance):=20persistir=20manifest.e?= =?UTF-8?q?nrichers=20v=C3=ADa=20enricher=5Flog=20(#141)=20(#198)?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit `manifest.enrichers` era efímero: `DuckDBStore.load()` arma un Manifest fresco y `persist()` solo escribía la tabla Arrow, no los EnricherRef. Tras recargar, la procedencia de enriquecimiento se perdía (mismo bug que #126 con los filtros). Fix = mismo patrón que #126/#140 para los filtros: tabla hermana `enricher_log` + reconstrucción en `load()`. - `DuckDBBackend`: DDL `enricher_log`, `persist_enricher_refs(refs, replace=True)` (DELETE+INSERT, idempotente por nombre — ADR 0025) y `load_enricher_refs()`. - `DuckDBStore.load()`: reconstruye `manifest.enrichers` desde el log. - Llamado tras persistir en `enrich`/`chain`/`build`. Timestamp `recorded_at` inyectado en la frontera (DuckDB now()), núcleo puro intacto (sin duckdb). - Legacy graceful: `CREATE TABLE IF NOT EXISTS` → stores viejos devuelven []. Closes #141. Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- src/bib2graph/backends/duckdb.py | 86 ++++++++- src/bib2graph/cli/commands/build.py | 2 + src/bib2graph/cli/commands/chain.py | 2 + src/bib2graph/cli/commands/enrich.py | 2 + src/bib2graph/stores/duckdb.py | 19 +- tests/unit/test_enrich_trazabilidad.py | 245 +++++++++++++++++++++++++ 6 files changed, 354 insertions(+), 2 deletions(-) create mode 100644 tests/unit/test_enrich_trazabilidad.py diff --git a/src/bib2graph/backends/duckdb.py b/src/bib2graph/backends/duckdb.py index cf17a0d..4fe0583 100644 --- a/src/bib2graph/backends/duckdb.py +++ b/src/bib2graph/backends/duckdb.py @@ -28,8 +28,9 @@ from __future__ import annotations import contextlib +import json from pathlib import Path -from typing import Literal +from typing import Any, Literal import duckdb import pyarrow as pa @@ -154,6 +155,18 @@ class StoreLockedError(OSError): ) """ +# #141 — tabla de EnricherRef para trazabilidad del manifest. +# Cada ejecución de enriquecimiento appendea/reemplaza sus refs de enriquecedor. +# ``params_json`` almacena el dict ``params`` de ``EnricherRef`` serializado como JSON. +# ``recorded_at`` usa ``now()`` de DuckDB (mismo patrón que ``filter_log``). +_DDL_ENRICHER_LOG = """ +CREATE TABLE IF NOT EXISTS enricher_log ( + name VARCHAR NOT NULL, + params_json VARCHAR NOT NULL DEFAULT '{}', + recorded_at TIMESTAMPTZ NOT NULL DEFAULT now() +) +""" + # ADR 0024: migración liviana para bases pre-existentes sin columna ``_seq``. # Se suprime el error si la columna ya existe (CatalogException o BinderException). # El backfill usa ``rowid`` como proxy de orden de inserción original; es inocuo @@ -356,6 +369,8 @@ def _setup(self) -> None: self._con.execute(_DDL_EXTERNAL_IDS) # #126: tabla de pasos de filtro PRISMA para trazabilidad del manifest. self._con.execute(_DDL_FILTER_LOG) + # #141: tabla de EnricherRef para trazabilidad del manifest. + self._con.execute(_DDL_ENRICHER_LOG) self._register_udfs() def _register_udfs(self) -> None: @@ -485,6 +500,17 @@ def _clone(self) -> DuckDBBackend: "VALUES (?, ?, ?, ?, ?)", [name_val, criteria_val, cb_val, ca_val, at_val], ) + # #141: copiar la tabla de EnricherRef + enricher_rows = self._con.execute( + "SELECT name, params_json, recorded_at " + "FROM enricher_log ORDER BY recorded_at" + ).fetchall() + for er_name, er_params, er_at in enricher_rows: + new_backend._con.execute( + "INSERT INTO enricher_log (name, params_json, recorded_at) " + "VALUES (?, ?, ?)", + [er_name, er_params, er_at], + ) return new_backend else: # Para archivo en disco: compartimos la ruta; nueva instancia abre nueva conexión @@ -901,6 +927,64 @@ def load_filter_steps(self) -> list[dict[str, object]]: for r in rows ] + # ------------------------------------------------------------------ + # Extensiones propias: enricher_log (#141) + # ------------------------------------------------------------------ + + def persist_enricher_refs( + self, + refs: list[object], + *, + replace: bool = True, + ) -> None: + """Persiste las referencias de enriquecedor en ``enricher_log``. + + #141 — trazabilidad de enriquecimiento: los ``EnricherRef`` aplicados + en ``b2g enrich`` / ``b2g chain`` / ``b2g build`` se guardan para que + ``manifest.enrichers`` sobreviva entre cargas del store. + + Por defecto (``replace=True``) limpia las entradas anteriores antes de + insertar las nuevas: cada invocación reemplaza el registro completo + (idempotencia; el ``EnricherRef`` se identifica por nombre, ADR 0025). + + Args: + refs: Lista de ``EnricherRef`` (se accede a sus atributos + ``name`` y ``params``). + replace: Si es ``True`` (default), trunca ``enricher_log`` antes + de insertar. Si es ``False``, appendea. + """ + if replace: + self._con.execute("DELETE FROM enricher_log") + for ref in refs: + name = getattr(ref, "name", None) + params = getattr(ref, "params", {}) + self._con.execute( + "INSERT INTO enricher_log (name, params_json) VALUES (?, ?)", + [name, json.dumps(params)], + ) + + def load_enricher_refs(self) -> list[dict[str, Any]]: + """Carga las referencias de enriquecedor desde ``enricher_log``. + + #141 — trazabilidad de enriquecimiento: permite que + ``DuckDBStore.load()`` reconstruya ``manifest.enrichers`` con los + EnricherRef persistidos. + + Returns: + Lista de dicts con las claves ``name`` y ``params`` (dict + ``str→str``) en el orden de inserción. + """ + rows = self._con.execute( + "SELECT name, params_json FROM enricher_log ORDER BY recorded_at" + ).fetchall() + return [ + { + "name": r[0], + "params": json.loads(r[1]), + } + for r in rows + ] + # ------------------------------------------------------------------ # Extensión: query SQL libre # ------------------------------------------------------------------ diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/build.py b/src/bib2graph/cli/commands/build.py index 8c3b9fd..ee4f81a 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/build.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/build.py @@ -424,6 +424,8 @@ def run_build( corpus_full, _source, max_citing=max_citing, pass_name="cited_by" ) store.persist_replace(corpus_full) + # #141: persistir EnricherRef (cited_by) para que manifest.enrichers sobreviva. + store.backend.persist_enricher_refs(corpus_full.manifest.enrichers) # Filtrar el corpus según el scope ANTES de construir redes (#56). # El corpus filtrado también es el que se pasa a _write_artifacts para que diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/chain.py b/src/bib2graph/cli/commands/chain.py index 45ad93a..bbe04e8 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/chain.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/chain.py @@ -191,6 +191,8 @@ def run_chain( total_papers = len(merged_deduped) merged_backend_close = getattr(merged_deduped._backend, "close", None) store.persist_replace(merged_deduped) + # #141: persistir EnricherRef (refs_doi) para que manifest.enrichers sobreviva. + store.backend.persist_enricher_refs(merged_deduped.manifest.enrichers) # #54: persistir IDs backward observados en la tabla auxiliar. # El backend del store (DuckDBBackend) ya tiene add_referenced_refs; diff --git a/src/bib2graph/cli/commands/enrich.py b/src/bib2graph/cli/commands/enrich.py index 8bfdae2..77fec7f 100644 --- a/src/bib2graph/cli/commands/enrich.py +++ b/src/bib2graph/cli/commands/enrich.py @@ -81,6 +81,8 @@ def run_enrich( corpus, source, max_citing=max_citing, pass_name="both" ) store.persist(enriched) + # #141: persistir EnricherRef para que manifest.enrichers sobreviva al reload. + store.backend.persist_enricher_refs(enriched.manifest.enrichers) total_papers = len(enriched) finally: store.close() diff --git a/src/bib2graph/stores/duckdb.py b/src/bib2graph/stores/duckdb.py index c5e2498..4535ed7 100644 --- a/src/bib2graph/stores/duckdb.py +++ b/src/bib2graph/stores/duckdb.py @@ -82,13 +82,15 @@ def load(self) -> Corpus: #126: reconstruye ``manifest.filters`` desde ``filter_log`` para que los pasos PRISMA persistan entre sesiones. + #141: reconstruye ``manifest.enrichers`` desde ``enricher_log`` para + que los ``EnricherRef`` persistan entre sesiones. Returns: El ``Corpus`` acumulado en el store. """ import pyarrow as pa - from bib2graph.corpus import FilterStep + from bib2graph.corpus import EnricherRef, FilterStep table = self._backend.to_arrow() if len(table) == 0: @@ -114,6 +116,21 @@ def load(self) -> Corpus: new_manifest = corpus.manifest.model_copy(update={"filters": filter_steps}) corpus = corpus.with_manifest(new_manifest) + # #141: reconstruir manifest.enrichers desde enricher_log + raw_refs = self._backend.load_enricher_refs() + if raw_refs: + enricher_refs = [ + EnricherRef( + name=str(r["name"]), + params={str(k): str(v) for k, v in r["params"].items()}, + ) + for r in raw_refs + ] + new_manifest = corpus.manifest.model_copy( + update={"enrichers": enricher_refs} + ) + corpus = corpus.with_manifest(new_manifest) + return corpus # ------------------------------------------------------------------ diff --git a/tests/unit/test_enrich_trazabilidad.py b/tests/unit/test_enrich_trazabilidad.py new file mode 100644 index 0000000..c492a11 --- /dev/null +++ b/tests/unit/test_enrich_trazabilidad.py @@ -0,0 +1,245 @@ +"""Tests de trazabilidad de enriquecimiento — issue #141. + +Verifica que: +1. Tras ``run_enrich``, ``manifest.enrichers`` persiste en el store y se + recupera en el próximo ``store.load()`` (no queda ``[]`` vacío). +2. Los params del ``EnricherRef`` persisten con los valores calculados. +3. Re-aplicar ``run_enrich`` (idempotencia) reemplaza las refs anteriores + en vez de acumularlas indefinidamente. +4. El flujo ``chain`` (refs_doi) + ``build`` (cited_by) acumula ambos + ``EnricherRef`` en el manifest tras la segunda carga. + +Marcador: ``unit`` (DuckDB en ``tmp_path``, sin red real; transports mockeados). +""" + +from __future__ import annotations + +from pathlib import Path +from typing import Any + +import httpx +import pyarrow as pa +import pytest + +from bib2graph.constants import CurationStatus +from bib2graph.schemas import CORPUS_SCHEMA + +pytestmark = pytest.mark.unit + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# Helpers +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def _make_row( + *, + id: str, + source_id: str | None = None, + title: str = "Título de prueba", + year: int = 2020, + is_seed: bool = True, + curation_status: str = CurationStatus.ACCEPTED, + references_id: list[str] | None = None, +) -> dict[str, Any]: + """Fila mínima compatible con el schema canónico.""" + return { + "id": id, + "source_id": source_id, + "doi": None, + "title": title, + "year": year, + "abstract": None, + "source": None, + "language": "en", + "publisher": None, + "research_areas": None, + "is_seed": is_seed, + "curation_status": curation_status, + "provenance": None, + "authors_raw": None, + "authors_id": None, + "authors_affiliations": None, + "keywords_raw": None, + "keywords_id": None, + "institutions_raw": None, + "institutions_id": None, + "references_id": references_id, + "references_doi": None, + "cited_by_id": None, + } + + +def _seed_store(store_path: Path, rows: list[dict[str, Any]]) -> None: + """Puebla un store DuckDB con las filas dadas.""" + from bib2graph.corpus import Corpus + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + table = pa.Table.from_pylist(rows, schema=CORPUS_SCHEMA) + corpus = Corpus.from_arrow(table) + store = DuckDBStore(store_path) + store.persist(corpus) + store.close() + + +def _make_empty_transport() -> httpx.MockTransport: + """MockTransport que devuelve respuestas vacías (sin resolver refs ni citantes).""" + + def handler(request: httpx.Request) -> httpx.Response: + return httpx.Response( + 200, + json={"results": [], "meta": {"count": 0, "next_cursor": None}}, + headers={"x-openalex-api-version": "2026-05-01"}, + ) + + return httpx.MockTransport(handler) + + +def _citing_work(citer_oa_id: str, cites_ids: list[str]) -> dict[str, Any]: + """Construye un objeto Work de OpenAlex que representa un citante.""" + return { + "id": f"https://openalex.org/{citer_oa_id}", + "doi": None, + "title": f"Citante {citer_oa_id}", + "display_name": f"Citante {citer_oa_id}", + "publication_year": 2023, + "language": "en", + "abstract_inverted_index": None, + "authorships": [], + "keywords": [], + "referenced_works": [f"https://openalex.org/{oa_id}" for oa_id in cites_ids], + "primary_location": None, + "type": "article", + } + + +def _make_cited_by_transport( + citing_works: list[dict[str, Any]], +) -> httpx.MockTransport: + """MockTransport que responde a ``cites:`` con la lista de citantes dada.""" + + def handler(request: httpx.Request) -> httpx.Response: + url_str = str(request.url) + if "openalex_id" in url_str: + body: dict[str, Any] = { + "results": [], + "meta": {"count": 0, "next_cursor": None}, + } + elif "cites" in url_str: + body = { + "results": citing_works, + "meta": {"count": len(citing_works), "next_cursor": None}, + } + else: + body = {"results": [], "meta": {"count": 0, "next_cursor": None}} + return httpx.Response( + 200, + json=body, + headers={"x-openalex-api-version": "2026-05-01"}, + ) + + return httpx.MockTransport(handler) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 1. manifest.enrichers persiste tras run_enrich +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_manifest_enrichers_persiste_tras_run_enrich(tmp_path: Path) -> None: + """Tras run_enrich, manifest.enrichers no queda vacío en la siguiente carga.""" + from bib2graph.cli.commands.enrich import run_enrich + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + store_path = tmp_path / "test.duckdb" + _seed_store( + store_path, + [_make_row(id="P1", source_id="W100")], + ) + + citing_works = [_citing_work("C1", ["W100"])] + run_enrich(store_path, transport=_make_cited_by_transport(citing_works)) + + # Reabrir el store en instancia nueva y verificar que manifest.enrichers sobrevivió + store = DuckDBStore(store_path) + corpus = store.load() + store.close() + + assert len(corpus.manifest.enrichers) >= 1, ( + "manifest.enrichers debe tener al menos 1 EnricherRef tras run_enrich" + ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 2. Los params del EnricherRef persisten con los valores calculados +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_manifest_enrichers_params_persisten(tmp_path: Path) -> None: + """Los params del EnricherRef persisten correctamente en el store.""" + from bib2graph.cli.commands.enrich import run_enrich + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + store_path = tmp_path / "test.duckdb" + _seed_store( + store_path, + [_make_row(id="P1", source_id="W100")], + ) + + citing_works = [_citing_work("C1", ["W100"])] + run_enrich(store_path, transport=_make_cited_by_transport(citing_works)) + + # Reabrir el store y verificar que los params del EnricherRef son correctos + store = DuckDBStore(store_path) + corpus = store.load() + store.close() + + enrichers_by_name = {e.name: e for e in corpus.manifest.enrichers} + + # Pasada cited_by debe registrarse con sus params + assert "openalex_cited_by" in enrichers_by_name, ( + "Debe existir EnricherRef 'openalex_cited_by' tras run_enrich" + ) + cb_ref = enrichers_by_name["openalex_cited_by"] + assert "resolved" in cb_ref.params, ( + "EnricherRef 'openalex_cited_by' debe tener el param 'resolved'" + ) + assert "total" in cb_ref.params, ( + "EnricherRef 'openalex_cited_by' debe tener el param 'total'" + ) + + +# --------------------------------------------------------------------------- +# 3. Idempotencia: re-aplicar run_enrich reemplaza, no acumula +# --------------------------------------------------------------------------- + + +def test_manifest_enrichers_idempotente_no_acumula(tmp_path: Path) -> None: + """Re-aplicar run_enrich reemplaza los EnricherRef, no los duplica.""" + from bib2graph.cli.commands.enrich import run_enrich + from bib2graph.stores.duckdb import DuckDBStore + + store_path = tmp_path / "test.duckdb" + _seed_store( + store_path, + [_make_row(id="P1", source_id="W100")], + ) + + transport = _make_cited_by_transport([_citing_work("C1", ["W100"])]) + + # Dos ejecuciones sucesivas + run_enrich(store_path, transport=transport) + run_enrich( + store_path, + transport=_make_cited_by_transport([_citing_work("C1", ["W100"])]), + ) + + # Reabrir y verificar que no hay duplicados (cada nombre aparece una sola vez) + store = DuckDBStore(store_path) + corpus = store.load() + store.close() + + names = [e.name for e in corpus.manifest.enrichers] + assert len(names) == len(set(names)), ( + f"Hay EnricherRef duplicados en manifest.enrichers: {names}" + ) From bc36b2c26a970865ab33d128fea328cde3e05cfa Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Higuera D. Lui" <102473099+complexluise@users.noreply.github.com> Date: Sun, 28 Jun 2026 17:03:25 -0500 Subject: [PATCH 27/27] docs: alinear docs vivos al presente de v0.10.0 (#191) (#199) MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit Un doc vivo describe lo que ES, no el camino. Con la superficie de 10 verbos (ADR 0037/0038) y la GUI retirada (ADR 0040), los docs vivos se reescriben al presente y el debate queda en los ADR. - ARCHITECTURE.md: 788→408 líneas; 0 marcadores AS-BUILT/TARGET/SUPERADO/ HISTÓRICO en el cuerpo; §6.3 a los 10 verbos + destino de los huérfanos; GUI como ausencia (ADR 0040). - API.md: 2638→1632; §0.2 (API local FastAPI) retirada; convenciones CLI a 10 verbos; 0 refs "Nº subcomando"; firmas verificadas contra src/bib2graph/cli/; nota de enricher_log (manifest.enrichers persiste, #141). - PRD.md: 481→330; target user no-técnico-vía-IA primero; §10 reescrito (el ciclo aplicado a la teoría que mejora bib2graph); IED como validación histórica. - AGENTS.md: reglas docs-vivos + prosa + MILESTONES (milestone = versión que un issue libera; release = cerrar su milestone). Superficie a 10 verbos + skill. - CONTRIBUTING.md: check en template de PR (ADR firmado → reescribir docs vivos). - pyproject: comentario de cabecera al presente (publish a PyPI conectado desde 0.10.0 vía Trusted Publishing). Closes #191. Closes #134. Refs #132, #34. Co-authored-by: Claude Opus 4.8 (1M context) --- AGENTS.md | 74 +- CONTRIBUTING.md | 3 + docs/API.md | 2134 +++++++++++------------------------------- docs/ARCHITECTURE.md | 823 +++++----------- docs/PRD.md | 603 +++++------- pyproject.toml | 3 +- 6 files changed, 1053 insertions(+), 2587 deletions(-) diff --git a/AGENTS.md b/AGENTS.md index dd21af1..8b88792 100644 --- a/AGENTS.md +++ b/AGENTS.md @@ -91,33 +91,12 @@ (helper compartido `_build_from_spec_file`) y **sí** transiciona a `BUILT` + sella `.corpus_hash` (decisión D1); `build` suma `--scope all|accepted|seeds` (default `all`) y `--min-weight` (solo modo quick). `networks` y `--corpus-scope` quedan como **alias en deprecación** (cierran 0.11.0). -- **MVP GUI — Hitos G1–G5 · ⛔ RETIRADO (GUI fuera de la librería, ADR - [0040](docs/decisiones/0040-retiro-gui-local.md), [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190)):** - la GUI local se **eliminó de la librería** (supersede 0027/0028; el core es CLI/agente-native). Ya - **no existen** `b2g gui`, la API local FastAPI (`api/`), la SPA `frontend/`, el extra `[gui]` ni el - vendoreo del frontend en el wheel. **La capa de servicios neutral `service/` (incl. `reads.py`) se - conserva** (la usa el CLI: `read`/`curate`/`snapshot`/…). Lo de abajo (G4/G5) queda como **historia** - del AS-BUILT retirado; la limpieza profunda es [#191](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/191). - Detalle histórico por hito en `docs/ROADMAP/05-gui.md` (deprecado). - - **G4 — SPA `frontend/`** (paquete JS del monorepo, **`pnpm` —nunca npm**): React 18 + Vite + TS - estricto + Cytoscape/fcose + Zustand + Tailwind + TanStack Query, dirección visual **D-2 - "Observatorio"** (oscuro, grafo-céntrico, design tokens propios en `tailwind.config.js`). Consume los - **7 endpoints reales** de la API G3 (`src/{client,types,store,components,lib,styles}`): 3 columnas - (rondas/grafo/candidato) + curar (refetch, sin Louvain client-side) + diff de rondas; cliente tipado - que des-envuelve `schema="1"` (`error.code` **string**, header `Bearer`) y tipos que espejan los DTO - reales. **Wiring del token (B-G4-3):** `b2g gui` **inyecta el token en el `index.html` servido** - (`cli/commands/gui.py::_make_index_response` reemplaza el placeholder `__B2G_TOKEN__`; ruta `GET /` - sirve el HTML con token sin exigir Bearer, `StaticFiles` —`html=False`— sirve los assets); el frontend - lo lee de `window.__B2G_TOKEN__`. El **build** sale a `src/bib2graph/gui/static/` (`outDir`, - `base: "./"`) y **NO se commitea** (gitignoreado). **Tests vitest (14).** - - **G5 — empaquetado:** el wheel **vendorea el build del frontend** vía - `[tool.hatch.build.targets.wheel.force-include]` de hatchling (`src/bib2graph/gui/static` → - `bib2graph/gui/static`) → `b2g gui` funciona **sin Node** desde el wheel; clone fresco sin `pnpm - build` previo → `uv build` **falla ruidosamente** (no wheel mudo). `ci.yml` suma el job **`frontend`** - (setup-node 20 + pnpm `install`/`lint`/`test:run`/`build`, corre siempre); `publish-testpypi.yml` - hace `pnpm build` **antes** del `uv build` (Trusted Publishing intacto, `release-please.yml` no se - tocó). `tests/unit/test_packaging_config.py` (**2 tests**) guarda la config `force-include`. Ver - §`frontend/` abajo, `docs/API.md` §0.2 y `docs/ROADMAP/05-gui.md` §G5. +- **GUI local — ⛔ FUERA de la librería** (ADR [0040](docs/decisiones/0040-retiro-gui-local.md), + [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190)): el core es **CLI/agente-native**. No + existen `b2g gui`, la API local FastAPI (`api/`), la SPA `frontend/`, el extra `[gui]` ni el vendoreo + del frontend en el wheel; el repo es 100% Python con uv. **La capa de servicios neutral `service/` + (incl. `reads.py`) se conserva** (la usa el CLI: `read`/`curate`/`snapshot`/…). La experiencia visual + library-centric vive en un **producto separado**. El historial de la SPA vive en `git log`. - **#88 — preprocesamiento automático en la ingesta (AS-BUILT 2026-06-18, ADR [0031](docs/decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md)):** `normalize` + dedup fuzzy corren **automáticamente** en `seed`/`seed_from_bib`/`chain`/`restore` (helper @@ -131,7 +110,7 @@ reintroduzca variantes). `build`/`networks` siguen puros. Deuda conocida: dedup O(n²) por ingesta (optimización futura) y skip #93 (`test_run_seed_from_bib_reseed_incrementa_ronda`, crash `BibDataString`/`pyparsing` en reseed mismo-proceso; no afecta el CLI real). La **revisión asistida - de clusters ambiguos** se difiere a la epic GUI #34. Ver `docs/API.md` §6/§11/§4.1. + de clusters ambiguos** queda diferida (requiere superficie interactiva). Ver `docs/API.md` §6/§11/§4.1. - **Ciclo B — `examples/valoraciones/` rehecho 100% por CLI (AS-BUILT 2026-06-17, ADR [0030](docs/decisiones/0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md) §Ciclo B):** materializa el principio **CLI-puro** del PO. `build_corpus.py` **eliminado**; el ejemplo se arma y reproduce @@ -171,8 +150,7 @@ 7 tests) corre `restore --from-corpus` → `build` → `networks` **sin red** sobre el corpus real y asserta `corpus_hash` estable + composición de comunidades Louvain estable entre corridas (cierra el agujero R2 de la [Nota 09](docs/Notas/09-sesion-qa-prueba-ecologia-valoraciones.md)). Con esto **#33 - queda cerrado** (caso real reproducible = gate de la epic GUI #34); `seed --from-bib` y - `examples/bibtex/` siguen diferidos (issue #50). Ver `docs/API.md` §2.1. + queda cerrado** (caso real reproducible sin red). Ver `docs/API.md` §2.1. - **Hito 8 COMPLETO** (Ciclos 8a + 8b, ADR [0025](docs/decisiones/0025-enricher-cocitacion-openalex.md)): el `OpenAlexEnricher` (opt-in, núcleo) hace 2 pasadas — **refs→DOI** (8a) **+ co-citación end-to-end** (8b): pobla `cited_by_id` @@ -229,9 +207,8 @@ [0026](docs/decisiones/0026-dedup-fuzzy-determinista.md) — **automático en la ingesta y `rapidfuzz` al núcleo desde #88, ADR [0031](docs/decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md)**), el **Hito 9 ✅** (`NetworkSpec` - YAML) y el **Ciclo #33 ✅** (ecuación declarativa + `restore` + corpus de ejemplo, 9a+9b). Con #33 - cerrado, **todo el terreno pre-GUI está completo**; lo que sigue es la epic GUI #34. El entorno se - levanta con `uv sync`. + YAML) y el **Ciclo #33 ✅** (ecuación declarativa + `restore` + corpus de ejemplo, 9a+9b). El entorno + se levanta con `uv sync`. - **Fundación workspace COMPLETA** (ADR [0029](docs/decisiones/0029-workspace-por-investigacion.md), AS-BUILT 2026-06-16; issues [#32](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/32)/ @@ -291,6 +268,22 @@ - **El CLI es la API para LLM/agentes** (Hito 6). Subprocess + JSON stdout, exit codes claros, sin estado entre invocaciones (el estado vive en DuckDB). +## Documentación viva (docs vivos) + +- **Los docs vivos describen el PRESENTE, no el camino.** `docs/ARCHITECTURE.md`, `docs/API.md` y + `docs/PRD.md` describen lo que el sistema **ES**. Cuando una decisión cuaja, el doc vivo se + **reescribe** para reflejar el presente; **el debate y el "porqué" viven en el ADR** + (`docs/decisiones/`, historia inmutable), no en el doc vivo. **El changelog lo gestiona + release-please** — no se narra la evolución en los docs vivos. Sacá la dualidad + descripción/realidad: nada de marcadores `AS-BUILT`/`TARGET`/`SUPERADO`/`HISTÓRICO` ni banners de + "antes era X, ahora Y" en el cuerpo. +- **Regla de prosa.** Preferí **la idea en una línea y al punto**. Sin banners redundantes, sin + repetir lo que ya dice el código o un ADR (linkealo). Gastá palabras en el drift real, no en + re-narrar lo construido. Si está bien, decilo corto. +- **Sincronía tras un cambio de código:** actualizá `docs/API.md`/`ARCHITECTURE.md`/`PRD.md` al nuevo + presente y, si se tomó una decisión, redactá el ADR. El índice (README/AGENTS) tiene que seguir + siendo verdad. + ## Flujo de trabajo (ramas dev/main) — LEER ANTES DE TOCAR GIT Modelo **GitFlow-lite** con dos ramas protegidas (PR + CI verde obligatorios; nunca @@ -326,6 +319,13 @@ abre su PR de release → mergearlo crea el tag + GitHub Release. una idea; el commit/PR sigue Conventional Commits (abajo); no bumpear versión ni editar `CHANGELOG.md` a mano (lo hace release-please). +**Milestones de GitHub = la versión que un issue va a liberar.** Un milestone de GitHub representa +**la versión que un issue va a cortar** (p. ej. `0.10.0`, `0.11.0`). Al **encuadrar** un issue se lo +**asigna a su milestone destino** (la versión donde debe entrar). Un **release = cerrar su milestone**: +el milestone es el **espejo de lo que falta** para liberar esa versión. Si un issue no tiene milestone, +todavía no está encuadrado; si un milestone tiene issues abiertos, esa versión no está lista para +cortarse. + ## Tooling de agentes Claude Code (`.claude/`) El repo versiona su propia config de Claude Code para que **el equipo herede los roles y los @@ -524,11 +524,9 @@ src/bib2graph/ # retirar la GUI (ADR 0040): el grupo CLI read la usa (list_papers/corpus_stats/get_paper/ # get_top). Las ex-API-only (get_workspace/list_rounds/get_scent/get_network/compare_rounds) # quedan inertes, poda opcional → #191. Sin red/mutación/transición; API.md §0.1. - # curate.py (G3 ✅) = orquestación de curación SUBIDA desde cli/: accept_papers/ - # reject_papers/curate_paper (toma store_path; decided_at inyectado en la frontera); - # run_accept/run_reject del CLI son shims que delegan (firma intacta). API.md §0.2. - # cli/ re-exporta el contrato (subido desde cli/_envelope.py·_errors.py) y conserva - # solo el I/O del adaptador. La migración del resto de la orquestación run_ sigue TARGET. + # curate.py = orquestación de curación (fuente única CLI): accept_papers/ + # reject_papers/curate_paper/filter_corpus (toma store_path; decided_at inyectado en la + # frontera); los verbos del CLI delegan. cli/ re-exporta el contrato (envelope·errores). # api/ ⛔ RETIRADO (ADR 0040, #190): la API local FastAPI, la SPA frontend/ y el extra [gui] se # eliminaron de la librería (GUI fuera del foco; el core es CLI/agente-native). La capa # service/ que la alimentaba se conserva (la usa el CLI). Limpieza profunda: #191. diff --git a/CONTRIBUTING.md b/CONTRIBUTING.md index 11f35bc..6566544 100644 --- a/CONTRIBUTING.md +++ b/CONTRIBUTING.md @@ -177,6 +177,9 @@ cambio): si es la única forma de hacer el feature, pero decirlo explícito. - **Checklist:** `ruff check` + `mypy` + `pytest` corriendo limpio. CI lo valida igual; el checklist es cortesía para el revisor. +- **¿Si el PR cambia un ADR firmado, reescribiste los docs vivos para reflejarlo?** + (`docs/ARCHITECTURE.md`/`API.md`/`PRD.md` describen el **presente**: si la decisión cambió, el doc + vivo se reescribe al nuevo presente y el debate queda en el ADR — ver AGENTS.md §Documentación viva). ## Antes de mergear diff --git a/docs/API.md b/docs/API.md index c7c40a0..b2f0c5b 100644 --- a/docs/API.md +++ b/docs/API.md @@ -1,273 +1,24 @@ # API — superficie pública de bib2graph > Contratos de las costuras y del núcleo: el "producto" que ve quien la integra o la extiende. -> Son **bocetos de interfaz** (firmas + docstrings), no la implementación. El código es la fuente -> de verdad última; este doc describe el contrato que ese código debe cumplir. Fecha: 2026-06-15. +> Son **bocetos de interfaz** (firmas + docstrings), no la implementación: el código es la fuente de +> verdad última y este doc describe el contrato que ese código cumple. Diseño de fondo en +> [`ARCHITECTURE.md`](ARCHITECTURE.md); método en [`Notas/metodología.md`](Notas/metodología.md). > -> **Reconciliado con el giro** (`Notas/04`–`07` archivadas) y los ADR -> [0007](decisiones/0007-openalex-backbone.md) (OpenAlex backbone), -> [0009](decisiones/0009-biblioteca-viva-duckdb.md) (biblioteca viva en DuckDB), -> [0010](decisiones/0010-agente-native-columna.md) (agente-native), -> [0011](decisiones/0011-thesaurus-multilingue.md) (thesaurus). Diseño de fondo en -> [`ARCHITECTURE.md`](ARCHITECTURE.md); método en [`metodología.md`](Notas/metodología.md). El `Corpus` -> sigue siendo una **tabla Arrow validada con Pydantic v2** (ADR 0006); `Paper`/`Author`/ -> `Keyword`/`Institution` son **vistas derivadas**, no tipos del modelo. +> El `Corpus` es una **tabla Arrow validada con Pydantic v2** (ADR +> [0006](decisiones/0006-tabla-canonica-y-networkspec.md)) respaldada por un **`TabularBackend`** +> (`InMemoryBackend` puro / `DuckDBBackend` por defecto; ADR +> [0015](decisiones/0015-corpus-tabular-backend.md)); `Paper`/`Author`/`Keyword`/`Institution` son +> **vistas derivadas**, no tipos. El estado del lazo (`CycleState`) vive en el backend persistente (ADR +> [0016](decisiones/0016-maquina-estados-lazo.md)). El contrato `Source` separa **mínimo universal vs +> enriquecimiento opcional** (ADR [0018](decisiones/0018-source-agnostico-calidad.md)). El **producto +> no usa IA generativa** (ADR [0022](decisiones/0022-producto-sin-ia-generativa.md)): la asistencia del +> forrajeo es estructura bibliométrica determinista (*information scent*). > -> **Reconciliado con el 2º giro (2026-06-15):** el `Corpus` se respalda en un **`TabularBackend` -> (Protocol)** —`InMemoryBackend` puro / `DuckDBBackend` por defecto— y **delega las mutaciones** -> al backend (ADR [0015](decisiones/0015-corpus-tabular-backend.md)), en vez de la semántica de -> valor por copia en memoria del Hito 1. `corpus.to_arrow()` sigue siendo el **puente a los -> proyectores puros**. El estado del lazo (`LoopState`) vive en el backend persistente (ADR -> [0016](decisiones/0016-maquina-estados-lazo.md)). El contrato `Source` separa **mínimo universal -> vs enriquecimiento opcional** (ADR [0018](decisiones/0018-source-agnostico-calidad.md)). -> -> **Sincronizado con el Hito 3 (2026-06-15):** `DuckDBBackend` y `DuckDBStore` están **construidos** -> (§4/§4.1): mutación por SQL puro, `LoopState` (log append-only), fachada `DuckDBStore` con -> `.backend`, single-writer (`StoreLockedError`) y **carga perezosa** (PEP 562) para no acoplar el -> núcleo a duckdb. -> -> **Sincronizado con el Hito 4 (2026-06-15):** `OpenAlexSource` y `BibtexSource` están **construidos** -> (§2): traducción **passthrough** + reporte (traductor WoS diferido a v0.2), flag `native`, -> `cited_by_id` diferido al chaining/Enricher, `bibtexparser` como extra **`[bibtex]`**, credenciales -> inyectadas (ADR 0012) y `Manifest.openalex_version` poblada (ADR 0017). El método -> `Corpus.with_manifest()` (§1.2) es la API canónica que usan para sellar metadata. **Con el Hito 4, -> v0.1 queda feature-complete** (ver [`ROADMAP.md`](ROADMAP/README.md)). -> -> **Sincronizado con el Hito 5 (2026-06-15):** `Forager`, `GrowthPreview`, `RankedCandidates`, -> `Preprocessor`, `FilterCriterion`/`apply_filters` están **construidos** (§5/§6). El *information -> scent* es **frecuencia de enlace** (no acoplamiento/centralidad); `preview` opera **sin red** -> (backward exacto local; forward no estimable → `chain`); los filtros PRISMA **marcan `rejected` -> (no borran)**; `apply_thesaurus` **sobrescribe `keywords_id` desde `keywords_raw`** (ADR -> [0020](decisiones/0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md); thesaurus ADR 0011). `depth>1` -> lanza `NotImplementedError`; `explain_candidate` (B4) es un stub gateado en `[llm]`. -> -> **Sincronizado con el Hito 6 (2026-06-15):** el **CLI agente-native `b2g`** está **construido** -> (paquete `bib2graph.cli`, §convenciones): **12 subcomandos** (`seed`, `chain`, `filter`, `build`, -> `export`, `snapshot`, `status`, `inspect`, `validate`, `accept`, `reject`, **`monitor`**), **envelope -> JSON común versionado** (`schema="1"`), exit codes 0–5 mapeados **por tipo de error**, opción global -> `--store` (obligatoria) y `CycleState` que transiciona automáticamente por comando (ADR -> [0021](decisiones/0021-cli-agente-native-contrato.md)). **Con el Hito 6, las capacidades de v0.2 -> (Hitos 5–6) quedan completas** (ver [`ROADMAP.md`](ROADMAP/README.md)). *(El 12° subcomando `monitor` -> —AS-BUILT del cleanup pre-v0.3— cierra el paso 8 del ciclo: `MONITORED` ahora es alcanzable.)* -> -> **Sincronizado con el Hito 8 — Ciclos 8a + 8b (2026-06-16):** la costura **`Enricher`** está -> **construida** (§3) y suma el **13° subcomando `enrich`** (refs→DOI **+ co-citación** sobre -> OpenAlex, núcleo; **NO** transiciona el `CycleState`). El Enricher vive en el **núcleo sobre -> OpenAlex**, no en `[s2]` (ADR [0025](decisiones/0025-enricher-cocitacion-openalex.md)). La -> **co-citación es end-to-end**: `enrich` puebla `cited_by_id` desde las semillas aceptadas (vía -> `OpenAlexSource.fetch_citing_batch`, §2) y `Networks.quick` devuelve **4 o 5 redes** según haya -> `cited_by_id` (§10). Flag `--max-citing`. **Hito 8 completo.** -> -> **Sincronizado con labels/decorate — #25 (AS-BUILT, 2026-06-16):** se agregó la **capa frontera -> `decorate`** (§7.1, `networks/decorate.py`) entre los proyectores puros (§7) y el export/GUI: -> inyecta `label` legible + atributos de nodo (`year`/`is_seed`/`curation_status`/`degree_centrality`/ -> `community`) en los nodos. `Networks.quick`/`build` devuelven artefactos **decorados** (cableado en -> `facade.py:_build_artifact`); los proyectores **siguen puros** (ADR 0014). Cierra el hueco de la -> Nota 09 B3 (redes con id crudo, ilegibles en Gephi/VOSviewer). -> -> **Sincronizado con la tabla de clusters — #31 (AS-BUILT, 2026-06-17):** se agregó la función pura -> **`cluster_table(table, artifact)`** (§7.2, `networks/clusters.py`, re-exportada desde -> `networks/__init__.py`): resume cada comunidad de una red de **paper** (coupling/cocitación) en una -> fila (tamaño, conteos de curación, rango de años, top autores/keywords). **`b2g build`** ahora escribe -> `/networks//clusters.csv` (listas con separador `|`) cuando la red tiene comunidades, -> y el envelope `--json` suma `clusters_csv` **condicional** por red (§9/§convenciones CLI). -> -> **Sincronizado con el workspace — ADR [0029](decisiones/0029-workspace-por-investigacion.md) -> (AS-BUILT, 2026-06-16):** la unidad de persistencia es un **workspace = carpeta** (`workspace.json` -> + `library.duckdb` + `networks/`/`snapshots/`/`exports/`). `--store` pasó a **opcional** y se agregó -> **`--workspace`** (ambos opcionales, mutuamente excluyentes) con **resolución ambiente** (flag > env -> `B2G_WORKSPACE` > walk-up del cwd). Suma el **14° subcomando `init`**. El `.duckdb` suelto sigue -> válido (workspace degenerado). Ver §convenciones CLI. -> -> **Sincronizado con la curación a escala — #22 + #26 (AS-BUILT, 2026-06-16):** suma el **15° -> subcomando `curate`** (curación en lote vía CSV), con dos modos mutuamente excluyentes —`--dump` -> (escribe `curacion.csv`) y `--from-csv` (aplica decisiones en lote, idempotente)—. **Curación -> transversal:** no transiciona el `CycleState`. Cierra el hueco de la -> [Nota 09](Notas/09-sesion-qa-prueba-ecologia-valoraciones.md) B4/B5/P1 (no había dump CSV ni -> reimport en lote: la curación a escala no era viable). Ver §convenciones CLI. -> -> **Sincronizado con la capa declarativa NetworkSpec — Hito 9 (AS-BUILT, 2026-06-17):** `NetworkSpec` -> (§10) gana el campo **`resolution: float = 1.0`** (resolución de Louvain, fuera del `corpus_hash` — -> seed intacto, R2) y **`extra="forbid"`** (campo desconocido en el YAML → error accionable). Nueva -> función **`load_specs(redes.yaml)`** (carga/valida una lista de specs; clave raíz `networks:`) y el -> **16° subcomando `b2g networks --spec`** (construye cada red con `Networks.build` y el helper -> compartido `_write_artifacts`; mismo envelope que `build`; **NO** transiciona el `CycleState` ni -> sella `.corpus_hash`). `pyyaml` pasó a dependencia del núcleo (import perezoso). Ver §10 + -> §convenciones CLI. **(Actualización #159, ADR 0038):** esta capa declarativa fue **absorbida por -> `b2g build --spec`** —que **sí** transiciona y sella (decisión D1)—; `networks` queda como alias en -> **deprecación** (cierra 0.11.0). Ver §`build`. -> -> **Sincronizado con la capa declarativa de ecuación + `restore` — #33 / Ciclo 9a (AS-BUILT, 2026-06-17):** -> dos cambios de la capa declarativa (ADR [0030](decisiones/0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md)). -> **(1)** `b2g seed` gana un 2º modo declarativo **`--spec equation.yaml`** (mutuamente excluyente con -> `--equation`): carga la ecuación de un YAML con el modelo **`EquationSpec`** + loader -> `load_equation_spec` (`sources/equation.py`, Pydantic `extra="forbid"`, mismo patrón de errores que -> `load_specs`; §2). Los campos `min_year`/`max_year` ya existen en el modelo **(en Ciclo 9a aún no -> filtraban; desde el Ciclo 10 SÍ filtran contra OpenAlex — ver el banner de Ciclo 10 abajo)**. **(2)** Nuevo -> **17° subcomando `b2g restore --from-corpus `** (`cli/commands/restore.py`): rehidrata un -> corpus **ya curado** desde un parquet **sin red** (inverso de `snapshot`; lee con `CORPUS_SCHEMA`, -> `Corpus.from_arrow`, merge+persist), preserva la curación (`decision`/`curation_status`/`is_seed`) y -> transiciona el `CycleState` a **`FILTERED`** (reusa la transición permisiva `filter`, ADR 0016; deja -> correr `build`/`networks` sin re-forrajeo). **NO** existe `seed --from-corpus` (la rehidratación es -> `restore`). En Ciclo 9a `seed --from-bib` estaba diferido; el **Ciclo 10 lo construyó** (ver banner -> abajo). Ver §2 + §convenciones CLI. **(Actualización #163, ADR 0038):** este `restore` plano pasa a -> **`snapshot restore`** (noun-verb del grupo `snapshot`, que se vuelve grupo `{create, restore}`); el -> verbo suelto `restore` queda como **alias deprecado** (shim que delega, `command="restore"` por -> backward-compat; retiro en #165). La capacidad no cambia. Ver §`snapshot`. -> -> **Sincronizado con el corpus de ejemplo + gate R2 — #33 / Ciclo 9b (AS-BUILT, 2026-06-17):** -> se materializa la convención **`examples/`** (§convención `examples/`) y se construye el primer -> ejemplo, **`examples/valoraciones/`** (corpus curado congelado de 137 filas + `equation.yaml` de -> procedencia + `README.md` + script de regeneración), excepción acotada al `.gitignore` de datos -> de usuario. Es el **caso real reproducible sin red** del gate #33: se rehidrata con -> `b2g restore --from-corpus examples/valoraciones/corpus.parquet` → `build` → `networks`/`clusters`. -> Un **gate R2** (`tests/unit/test_example_r2_gate.py`, 7 tests) verifica `corpus_hash` estable + -> composición de comunidades Louvain estable entre corridas (cierra el agujero R2 de la -> [Nota 09](Notas/09-sesion-qa-prueba-ecologia-valoraciones.md)). **#33 cerrado / 9a+9b completos**. -> (En 9b, `seed --from-bib` y `examples/bibtex/` quedaban diferidos —issue #50—; el **Ciclo 10 los -> construyó**, ver banner abajo.) Ver -> [ADR 0030](decisiones/0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md) §AS-BUILT 9b. -> -> **Sincronizado con el segundo camino de seed (BibTeX) + filtro de año — Ciclo 10 (AS-BUILT, 2026-06-17, -> cierra issue #50):** des-diferido lo que 9a había postergado (ADR -> [0030](decisiones/0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md) §AS-BUILT Ciclo 10). **(1)** `b2g seed` -> pasa a **TRES modos** mutuamente excluyentes: `--equation` / `--spec` / **`--from-bib `** -> (siembra desde BibTeX local **sin red**, `run_seed_from_bib` → `BibtexSource.load`; `SEEDED`/reseed; -> exit 3 si falta `bibtexparser`; combinar `--from-bib` con flags OpenAlex → exit 1). **(2)** -> `--min-year`/`--max-year` **ahora filtran de verdad** contra OpenAlex -> (`from_publication_date`/`to_publication_date` en el `filter`; expuestos como flags en `--equation` y -> como campos del YAML en `--spec`, paridad 1:1). **(3)** Nuevo ejemplo **`examples/bibtex/`** (`sample.bib` -> + README con receta 100% CLI) que demuestra el camino BibTeX. Ver §2 + §convenciones CLI + §convención -> `examples/`. -> -> **Sincronizado con `examples/valoraciones/` rehecho CLI-puro — Ciclo B (AS-BUILT, 2026-06-17):** -> materializa el principio **CLI-puro** del PO (ADR -> [0030](decisiones/0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md) §AS-BUILT Ciclo B). `build_corpus.py` -> **eliminado**: el ejemplo se arma y reproduce **100% por CLI** (`seed --spec equation.yaml` -> `max_results 80` → `curate apply curacion.csv` 10 `accepted` → `enrich --max-citing 25` → -> `snapshot`). Corpus = **~80 filas** (70 `candidate` + 10 `accepted` enriquecidas), **co-citación -> presente** (rala) — antes 137 filas / co-citación vacía (9b). Nuevo artefacto congelado -> **`curacion.csv`** (receta determinista de curación). Gate R2 ajustado (piso `n>=50`, -> `test_cocitacion_con_datos` con 5 redes). **La procedencia de un ejemplo deja de ser un script y -> pasa a ser la receta CLI del README + `equation.yaml` + `curacion.csv`** (supersede la convención de -> 9b/§2.1). Ver §convención `examples/` (§2.1). -> -> **Sincronizado con los remanentes del modelo workspace — #32 (AS-BUILT, 2026-06-17):** cierra lo -> que el ADR [0029](decisiones/0029-workspace-por-investigacion.md) dejó "fuera de corte". -> **`b2g snapshot` y `b2g export`** se resuelven por ambiente: `--out-dir` pasó de obligatorio a -> **override OPCIONAL**; sin él, `snapshot` escribe en **`/snapshots/`** y `export` en -> **`/exports/`** (resolución vía `resolve_workspace`, igual que `build`). **`b2g status`** suma el campo aditivo -> **`data["networks_cache_stale"]: bool`** + un `warnings` accionable cuando el `networks/.corpus_hash` -> sellado **no coincide** con el `corpus_hash` del corpus vivo (aviso "ejecutá `b2g build`"; **NO** -> regenera — invalidación por hash, no build-system, ADR 0029). `schema="1"` intacto. `Workspace` ganó -> `read_networks_corpus_hash()` e `is_networks_cache_stale(live_hash)` (los accessors -> `snapshots_dir`/`exports_dir`/`networks_dir` ya existían). Ver §convenciones CLI. -> -> **Sincronizado con la eliminación de `--store` — [#75](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/75) (BREAKING, 2026-06-17):** -> la opción global **`--store` se ELIMINA por completo** del CLI (ya no registrada en Click; pasarla -> da el error estándar `No such option: --store`). El **modo degenerado** (`.duckdb` suelto sin -> `workspace.json`) **deja de existir**: la única unidad canónica es la carpeta con `workspace.json`, -> y un `.duckdb` legacy se adopta con **`b2g init .`**. La resolución ambiente pierde la rama -> `--store`: `--workspace` > `B2G_WORKSPACE` > walk-up del cwd. Ver §convenciones CLI y ADR 0029 -> (enmienda 2026-06-17). -> -> **Sincronizado con el preprocesamiento automático en la ingesta — #88 (AS-BUILT, 2026-06-18, ADR -> [0031](decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md)):** `seed`/`seed_from_bib`/`chain`/ -> `restore` aplican **`normalize` + dedup fuzzy automáticamente** sobre el corpus completo mergeado -> (helper `cli/_ingest.py::normalize_and_dedup`), así que **dejan el corpus siempre normalizado y -> deduplicado cross-biblioteca** (§6 + §11). Persisten con **`persist_replace`** (§4.1), no upsert. -> Nuevo **18° subcomando `b2g thesaurus --from `** (único paso explícito del preproc, -> transversal al FSM). **`rapidfuzz` pasa al núcleo; el extra `[dedup]` se elimina.** `build`/`networks` -> siguen puros (el corpus ya entra deduplicado). Ver §6, §11, §4.1 y el listado de subcomandos. -> -> **Sincronizado con la capa de servicios neutral — Hito G1 del MVP GUI (AS-BUILT, 2026-06-18, ADR -> [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md)):** se materializa la **capa de -> servicios neutral `src/bib2graph/service/`** (§0). G1 **sube EL CONTRATO** desde `cli/`: el envelope -> versionado (`build_envelope`/`ENVELOPE_SCHEMA_VERSION`), la jerarquía de errores tipados (`B2GError` -> + subclases) y el **mapeo puro error→código** (`code_for`) ahora viven en `service/` (agnóstico de -> transporte: sin `print`/`sys.exit`/Click/FastAPI). `cli/_envelope.py` y `cli/_errors.py` pasan a -> **re-exportar** ese contrato y conservan solo el I/O del adaptador (`emit`/`emit_human`/`handle_errors`). -> **El contrato externo del CLI no cambia** (envelope `schema="1"`, exit codes 0–5, ADR 0021): los -> imports `from bib2graph.cli._envelope import build_envelope` / `from bib2graph.cli._errors import -> B2GError, …` resuelven a los **mismos objetos**. Es la primera mitad del ports & adapters del ADR 0028 -> (el resto —`api/`, `b2g gui`, `frontend/`, lecturas `get_scent`/`get_network`/`search`— sigue siendo -> TARGET, no construido). Ver §0. -> -> **Sincronizado con las 6 lecturas de servicio — Hito G2 del MVP GUI (AS-BUILT, 2026-06-18, ADR -> [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md)):** `src/bib2graph/service/reads.py` -> suma las **6 lecturas read-only** que la SPA necesita y el CLI nunca expuso —`get_workspace`, -> `list_rounds`, `get_paper`, `get_scent`, `get_network`, `compare_rounds`— cada una sobre un -> `Workspace` resuelto, devolviendo `dict`/`list[dict]` serializable o lanzando `B2GError` (sin red, sin -> mutación, sin transición de ciclo). **El contrato externo del CLI no cambia** (`test_cli.py` intacto), -> así que **no requiere ADR nuevo**. Resuelve las bifurcaciones del encuadre como recomendado: ronda = -> snapshot sellado, scent = score de acoplamiento + vecinos, `get_network` = red de la ronda viva -> (cache por snapshot y `mutated_hubs` diferidos). El resto de la epic GUI (API/`b2g gui`/`frontend/`, -> G3–G5) **sigue TARGET**. Ver §0.1. -> -> **Sincronizado con la API local + `b2g gui` — Hito G3 del MVP GUI (AS-BUILT, 2026-06-18, ADR -> [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md)):** se construye la **API local -> FastAPI** (`src/bib2graph/api/`, §0.2): adaptador **delgado** sobre `service/` que expone **7 -> endpoints** (6 lecturas de §0.1 + 1 escritura de curación), con **token Bearer efímero** (sin/ -> inválido → **401**) y el **mapeo código→HTTP** del ADR 0028 §7 (`0`→200, `1`→400, `2`→422, `3`→501, -> `4`→502, `5`→**409**; excepción inesperada → **500** `INTERNAL_ERROR`). Reusa `service.build_envelope` -> y `service.code_for` (no reimplementa el contrato; el envelope `schema="1"` viaja íntegro en el body). -> El paquete `api/` **no importa de `cli/`**; el núcleo **no importa `fastapi`** (import perezoso). Sube -> a `service/curate.py` la **orquestación de accept/reject** (`accept_papers`/`reject_papers`/ -> `curate_paper`, `decided_at` inyectado en la frontera): `run_accept`/`run_reject` del CLI quedan como -> **shims que delegan** (firma intacta). Entra el **19º subcomando `b2g gui`** (extra `[gui]` = `fastapi` -> + `uvicorn`; exit 3 si falta; bind `127.0.0.1`; sirve la SPA buildeada si existe — el frontend G4 aún -> no). **El contrato externo del CLI no cambia** (`test_cli.py` intacto) — no requiere ADR nuevo. La SPA -> (`frontend/`, G4) y el empaquetado (G5) **siguen TARGET**. Ver §0.2. -> -> **Sincronizado con la SPA `frontend/` + wiring del token — Hito G4 del MVP GUI (AS-BUILT, 2026-06-18, -> ADR [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md)):** se construye la **SPA** -> (`frontend/`, React 18 + Vite + TS + Cytoscape/fcose + Zustand + Tailwind + TanStack Query, **pnpm**), -> que consume los **7 endpoints reales** de §0.2 (cliente que des-envuelve el envelope `schema="1"`, -> ramea por `error.code` **string** y manda `Authorization: Bearer `). **Cambia el wiring del -> token de `b2g gui`** (§0.2 abajo): la SPA necesita el token para autenticarse, así que `b2g gui` ya -> **no solo lo imprime** —ahora lo **inyecta en el `index.html` servido** (`cli/commands/gui.py:: -> _make_index_response` reemplaza el placeholder `__B2G_TOKEN__`; ruta **`GET /`** sirve el HTML con -> token **sin** exigir Bearer, y `StaticFiles` —`html=False`— sirve los assets); el frontend lo lee de -> `window.__B2G_TOKEN__`. El contrato HTTP de los 7 endpoints (§0.2) **no cambia**. Solo quedaba -> TARGET el empaquetado (G5) —ya AS-BUILT, banner siguiente—. Ver §0.2. -> -> **Sincronizado con el empaquetado — Hito G5 del MVP GUI (AS-BUILT, 2026-06-18, ADR -> [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md)):** el wheel **vendorea el build del -> frontend** (`src/bib2graph/gui/static/`, gitignored) vía `[tool.hatch.build.targets.wheel.force-include]` -> de hatchling → `b2g gui` funciona **sin Node** desde el wheel; `ci.yml` suma el job `frontend` -> (lint/test/build JS, corre siempre) y `publish-testpypi.yml` hace `pnpm build` antes del `uv build` -> (`release-please.yml` no se tocó). **No cambia ningún contrato** (CLI ni HTTP) — no requiere ADR nuevo. -> **Con G5, los 5 hitos G1–G5 del MVP GUI están AS-BUILT**; lo único pendiente es el **gate #34** -> (validación con un tercero, criterio de aceptación de producto, **no** es construcción). -> -> **Sincronizado con la resolución DOI→`source_id` (flujo BibTeX e2e) — issues #110/#112 (AS-BUILT, -> ADR [0035](decisiones/0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md)):** se cierra el **GAP-1** del flujo -> BibTeX: los papers sembrados con `seed --from-bib` traen `doi` pero **no `source_id`**, y sin -> `source_id` los comandos `enrich`/`chain` devuelven **0**. Suma el **20° subcomando `b2g resolve`** -> (`cli/commands/resolve.py` → `service/resolve.py::resolve_dois`): filtra papers con `doi != NULL` -> **AND** `source_id IS NULL`, consulta OpenAlex (batcheado, `fetch_dois_to_openalex_ids`) y puebla -> `source_id`; **idempotente** (los que ya tienen `source_id` no se tocan) y **NO transiciona el -> `CycleState`** (ortogonal al lazo, igual que `enrich`). Además, **`seed --from-bib` gana el flag -> `--resolve`** que encadena la resolución en el mismo comando reusando el store ya abierto -> (`service/resolve.py::_resolve_dois_on_store`, **sin reabrir el `.duckdb`** — el reopen en el mismo -> proceso corrompía las UDFs de DuckDB → segfault exit 139, #110/#93). **GAP-2 / #112:** `--email` -> pasa a estar **permitido con `--from-bib`** cuando se usa junto a `--resolve` (se propaga al polite -> pool en la resolución). Solo `source_id` (no `external_ids`, diferido #120). Ver §2 + §convenciones -> CLI. -> -> **Sincronizado con la superficie CLI 0.10.0 — ADR [0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) -> + [0038](decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md) (AS-BUILT 2026-06-28, epic #167):** la -> superficie por acreción (~20 subcomandos) se **consolidó en 10 verbos del ciclo + 3 grupos noun-verb -> (`read`/`curate`/`snapshot`) + `gui` como excepción**, con una **ventana de deprecación** de 9 aliases -> (retiro 0.11.0). Cierres de este consolidado docs (#166): **`monitor` → `chain --since`** (#158: -> forrajeo incremental, fecha ISO o atajo `90d/6m/1y`, fuerza forward, transiciona a **`MONITORED`** —no -> existe `CHAINED`); **`enrich` absorbido** (#162: refs→DOI en `chain`, co-citación en `build` cuando hay -> aceptadas → `build` deja de ser estrictamente "puro/sin red"; bloque `data["enrichment"]`); -> **`thesaurus` retirado como verbo** (#164: la capacidad es `build --thesaurus`); **avisos de -> deprecación** a stderr + `warnings[]` (#165). El contrato de salida (envelope `schema="1"`, exit codes, -> FSM) **no cambia** (reorganización semántica). Ver §convenciones CLI (header "Superficie 0.10.0", -> §`chain`, §`build`, §`enrich`, §Avisos de deprecación). *(Banner de cierre; las notas AS-BUILT de -> arriba describen la acreción previa y quedan como historia inmutable.)* +> La superficie pública —núcleo, costuras, capa de servicios neutral `service/`, y el **CLI de 10 +> verbos** (ADR [0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md)/[0038](decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md))— +> está **construida**; lo marcado **`futuro`** está declarado pero no implementado (no falsamente +> prometido). Las firmas de abajo se verifican contra `src/bib2graph/`. ## Convenciones @@ -278,534 +29,218 @@ - Estado de implementación: **`v1`** vs **`futuro`** (declarado, NO implementado — marcado como tal, no falsamente prometido; lección 5 de v0). -### Convenciones del CLI agente-native (ADR 0010 / 0021; construido en el Hito 6) - -El CLI `b2g` (paquete `bib2graph.cli`, entry point `b2g = "bib2graph.cli:main"`) está -**construido** con el contrato del ADR [0021](decisiones/0021-cli-agente-native-contrato.md). Cada -subcomando lleva `--json` (envelope estable/versionado; también activable por entorno con -**`B2G_JSON=1`**, ver §Envelope JSON) y exit codes (`0` éxito · `1` uso · `2` -datos · `3` dependencia · `4` red · `5` store/snapshot corrupto o bloqueado). **Sin estado entre -invocaciones:** el estado vive en el `library.duckdb` del **workspace** (opción global **opcional** -`--workspace`; `--store` fue eliminada en [#75](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/75), -ver abajo). - -**Superficie 0.10.0 — 10 verbos del ciclo + 3 grupos noun-verb + `skill` (excepción meta) -+ 9 aliases deprecados** (AS-BUILT, ADR [0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) / -[0038](decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md) / -[0039](decisiones/0039-skill-comando-meta-distribucion.md) / -[0040](decisiones/0040-retiro-gui-local.md)). *(El verbo `gui` se **retiró** con la GUI local — ADR -0040, [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190); `skill` queda como única excepción -meta.)* La superficie por acreción del 0021 (que -llegó a ~20 subcomandos) se **consolidó** en una superficie que mapea 1:1 el ciclo de investigación -(*más es menos*). El conteo es **verificable contra `b2g --help`**: +### Convenciones del CLI agente-native (ADR 0010 / 0021) + +El CLI `b2g` (paquete `bib2graph.cli`, entry point `b2g = "bib2graph.cli:main"`) cumple el contrato del +ADR [0021](decisiones/0021-cli-agente-native-contrato.md). Cada subcomando lleva `--json` (envelope +estable/versionado, también activable con **`B2G_JSON=1`**, ver §Envelope JSON) y exit codes (`0` éxito +· `1` uso · `2` datos · `3` dependencia · `4` red · `5` store/snapshot corrupto o bloqueado). **Sin +estado entre invocaciones:** el estado vive en el `library.duckdb` del **workspace** (opción global +**opcional** `--workspace`; `--store` fue eliminada en #75). + +**Superficie 0.10.0 — 10 verbos del ciclo + 3 grupos noun-verb + `skill`** (ADR +[0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md)/[0038](decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md)/[0039](decisiones/0039-skill-comando-meta-distribucion.md)). +La superficie mapea 1:1 el ciclo (*más es menos*); el conteo es **verificable contra `b2g --help`**: - **10 verbos del ciclo:** `init`, `seed`, `chain`, `curate` (grupo), `build`, `read` (grupo), - `export`, `snapshot` (grupo), `status`, `validate`. *(El par EXPORT/SNAPSHOT cuenta como uno; ver - ADR 0037 §"Los 10 verbos".)* -- **3 grupos noun-verb:** **`read {list,stats,show,top}`** (#156/#157), **`curate - {dump,apply,accept,reject,filter}`** (#155), **`snapshot {create,restore}`** (#163, ADR 0038). -- **1 comando meta, fuera del set de 10 por diseño** (excepción explícita, **no** un paso del - ciclo agents-first; **no compite con `status`** ni con ningún verbo del ciclo, vive al lado): - - **`skill`** (`skill add`) — instala la skill de Claude Code end-user (gobernado por ADR 0039, - epic #188). Ver §`skill` abajo. - - *(El verbo `gui` —ex 2.ª excepción meta— se **retiró** con la GUI local: ADR - [0040](decisiones/0040-retiro-gui-local.md), [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190).)* -- **9 aliases deprecados** (siguen vivos con aviso a stderr, se eliminan en **0.11.0** — ADR 0038 P1): - `accept`, `reject`, `filter`, `inspect`, `monitor`, `networks`, `enrich`, `restore`, `resolve`. Más el - entry-point `bib2graph`→`b2g` y la opción `build --corpus-scope`→`build --scope`. Ver §Avisos de - deprecación. **`thesaurus` NO es alias: se retiró por completo** (su capacidad es `build --thesaurus`, - #164). - -> **Historia de la acreción (contexto, no superficie objetivo):** el 0021 listaba 9 subcomandos y -> dejaba `accept`/`reject` como "solo programático"; luego crecieron `monitor` (cleanup pre-v0.3), -> `enrich` (Ciclo 8a, ADR 0025), `init` (workspace, ADR 0029), `curate` (#22+#26), `networks` (Hito 9), -> `restore` (Ciclo 9a, ADR 0030), `thesaurus` (#88, ADR 0031), `gui` (Hito G3, ADR 0028) y `resolve` -> (#110/#112, ADR 0035). Los ADR 0037/0038 los reorganizaron a la superficie de arriba. Las secciones -> por-comando de abajo describen cada verbo/grupo **en su forma 0.10.0**: - -- `seed`, `chain`, **`filter`** (filtros PRISMA deterministas: año/tipo/idioma/citas **con conteo - en cada paso**), `build`, `export`, `snapshot`, **`status`** (expone el ciclo: estado actual, - transiciones disponibles y conteos por `curation_status`). **AS-BUILT R3 (2026-06-16):** el ciclo - es el FSM cíclico `SEEDED/FORAGED/FILTERED/BUILT/MONITORED` (dominio en `bib2graph.cycle`) con - **`reseed`**/contador de ronda; `status` **muestra `accept`/`reject` como acción siempre-disponible** - (`curation_available`, curación transversal) + la **ronda** (`round`), campos aditivos que mantienen - `schema="1"`. **AS-BUILT workspace (ADR 0029):** `status` suma el campo aditivo - `workspace: {root, source}` (la raíz resuelta y de dónde salió — flag/env/cwd); `schema="1"` - intacto. **AS-BUILT #32 (2026-06-17):** suma también el campo aditivo `networks_cache_stale: bool` - (+ `warnings` accionable cuando la cache de `networks/` quedó obsoleta respecto al corpus vivo; - avisa, NO regenera — ver §`build`/`export`/`snapshot` abajo). **AS-BUILT #54 (2026-06-17):** `status` - suma el campo aditivo `referenced_not_fetched` (nº de IDs que el backward chaining observó sin - materializar — tabla `referenced_but_not_fetched`, §4/§5; `schema="1"` intacto), y `b2g chain` suma - `observed_refs_count` a su envelope JSON. **`read {list,stats,show,top}`** (grupo noun-verb, - #156/#157 / ADR 0037 §b — ver §Grupo `read` abajo), `inspect` (**en deprecación**, #165: lo absorben `read show` - para papers y `status` para manifest/FSM; **sigue vivo** hasta cerrarse #165), `validate`. -- **`seed`** (ADR [0030](decisiones/0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md), Ciclo 9a + Ciclo - 10 AS-BUILT 2026-06-17): tiene **exactamente TRES modos mutuamente excluyentes** (exactamente uno - requerido; pasar más de uno o ninguno → error de uso, exit 1): - - **`--equation ''`** — ecuación cruda en la línea de comandos (modo OpenAlex directo, con red). - - **`--spec equation.yaml`** — la misma siembra OpenAlex parametrizada por un YAML versionable - (clave raíz `equation:`; modelo `EquationSpec`, §2). Equivale a `--equation` + flags (mismo - `executed_query`). - - **`--from-bib `** — siembra desde un archivo BibTeX local, **sin red** (segundo - camino de seed, cierra issue #50). Usa `BibtexSource.load` (`run_seed_from_bib` en - `cli/commands/seed.py`); marca los papers `is_seed=True` / `curation_status='candidate'` y - transiciona a `SEEDED` (o reseed → ronda++ si ya había estado, igual que los otros modos). El - envelope `--json` lleva `{papers_added, total_papers, round, reseeded}` — **sin** `executed_query` - ni `translation_report` (no aplican a BibTeX). Si falta `bibtexparser` (extra `[bibtex]`) → - **`DependencyError`, exit 3** (patrón `[dedup]`); archivo inexistente / `.bib` mal formado → - `DataError`, exit 2. - - **`--resolve` (solo con `--from-bib`; issues #110/#112, ADR - [0035](decisiones/0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md)):** tras cargar el `.bib`, **encadena la - resolución DOI→`source_id`** en el mismo comando (equivale a correr `b2g resolve` a continuación, - abajo). Cierra el **GAP-1** del flujo BibTeX e2e: sin `source_id`, `enrich`/`chain` darían 0. - Reusa el **store ya abierto** por seed (`service/resolve.py::_resolve_dois_on_store`) en vez de - reabrir el `.duckdb`: el reopen en el mismo proceso corrompía las UDFs de DuckDB → segfault - (exit 139, #110/#93). Cuando se pasa `--resolve`, el envelope `--json` **suma** `data["resolve"] = - {resolved, total_with_doi, already_resolved, total_papers}` a las métricas de seed. **`--email` - pasa a estar PERMITIDO con `--from-bib` cuando está `--resolve`** (se propaga al polite pool en la - resolución; cierra GAP-2 / #112). **Reglas de uso (exit 1):** `--email` + `--from-bib` **sin** - `--resolve` → error (`--email` solo sirve si hay resolución); `--resolve` **sin** `--from-bib` → - error (sugiere `b2g resolve` para un corpus existente). - - **No existe `seed --from-corpus`** (la rehidratación de un parquet curado es `restore`, abajo). - Flags ergonómicos de OpenAlex (#14 + #30, **solo con `--equation`/`--spec`**): **`--max-results INT`** - propaga a `OpenAlexSource(max_results=...)` —sin flag, el default del source = 200— para exploración - con muestras chicas (Nota 09 B1); **`--exclude TEXT`** (repetible) son **negaciones quirúrgicas**: - cada término se inyecta **dentro** de la única expresión de búsqueda como - `title_and_abstract.search:((query) AND NOT "")` (el campo **no se repite**; el `AND NOT` - va adentro del paréntesis) y queda en el - `translation_report` del `SeedResult` (ejercicio consciente, query visible); ignorado con `--native` - (query cruda); **`--min-year INT`/`--max-year INT`** (Ciclo 10) **filtran de verdad** contra OpenAlex - agregando `from_publication_date:-01-01` y/o `to_publication_date:-12-31` como - predicado de filtro **separado por coma, fuera** de la expresión `search` (sintaxis idiomática de - rango; reportado en el `translation_report`). - Con `--spec`, todos estos parámetros vienen del YAML (paridad 1:1 flag ⇄ campo). **Combinar los flags - de OpenAlex `--exclude`/`--max-results`/`--native`/`--min-year`/`--max-year` con `--from-bib` → error - de uso, exit 1** (falla fuerte, no ignora en silencio). **`--email` es la excepción** (#112): se - permite con `--from-bib` cuando va junto a `--resolve` (ver `--resolve` arriba); `--email` + - `--from-bib` sin `--resolve` → error. En modo `--native`, `--min-year`/`--max-year` no se aplican - (nativo = sin traducción). -- **`snapshot restore`** (ADR [0030](decisiones/0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md), Ciclo 9a; - **AS-BUILT #163, ADR 0038**: ex verbo plano `restore`, ahora **noun-verb del grupo `snapshot`** —ver - §`snapshot`—; el verbo suelto `restore` **sigue vivo como alias deprecado**, shim que delega con - `command="restore"` por backward-compat, retiro en #165): **rehidrata un corpus ya curado desde un - parquet, SIN red** — inverso de `snapshot create`, - como `load` es a `dump`. **`--from-corpus `** (requerido) lee el parquet con el schema - canónico (`CORPUS_SCHEMA`), lo hidrata con `Corpus.from_arrow`, hace merge con el corpus existente y - persiste; **cero llamadas a `OpenAlexSource`, cero red**. **Preserva la curación** del parquet - (`decision`/`curation_status`/`is_seed`: el merge respeta el `curation_status` más reciente, D3). - **Transiciona el `CycleState` a `FILTERED`** (el corpus ya pasó curación ⇒ `build`/`networks` corren - sin re-forrajeo ni re-filtrado; reusa la transición permisiva `filter` de la FSM, ADR 0016 — válida - desde cualquier estado, incluido un store vacío `None`). La ronda se normaliza con - `max(loop_round(), 1)` (evita ronda 0 en bases legacy pre-R3). `data` = `{papers_loaded, - total_papers, state, round}`; `--json` con `schema="1"`. Errores accionables: parquet inexistente o - con schema no canónico → `DataError` (exit 2). **No** es semilla: es restaurar estado terminado (por - eso vive aparte de `seed`). El caso real reproducible que rehidrata `restore` es el corpus - congelado bajo **`examples/valoraciones/`** (ver §convención `examples/` abajo). -- **`accept`** / **`reject`** (decisión del PO, ADR 0021 §A): curación programática por `--ids`, - ahora **subcomandos CLI de primera clase** (no solo API de librería), para que un agente cure la - biblioteca viva por subprocess (historia C4). **AS-BUILT #22/#26:** la curación **a escala** ya no es - uno-a-uno —el subcomando **`curate`** (abajo) hace dump/import CSV en lote—; la **curación - interactiva rica y la GUI siguen siendo futuro**. Ver [`ROADMAP.md`](ROADMAP/README.md) Hito 6. -- **`chain`** (paso CHAIN del ciclo): expande el corpus con candidatos rankeados por *information - scent* (forward/backward chaining batcheado, §5). **`--direction [backward|forward|both]`** (default - `both`), **`--depth`** (solo 1), **`--max-candidates`**, **`--max-citing`** (presupuesto de citantes - por semilla en forward, default 50), **`--email`** (polite pool), **`--preview`** (dry-run: estima el - crecimiento **sin** fetchear ni transicionar — backward exacto desde `references_id`; forward exacto - solo si el corpus tiene `cited_by_id` poblado, si no avisa que requiere fetch). En el camino normal - **transiciona a `FORAGED`** y corre **automáticamente la pasada de enriquecimiento refs→DOI** (#162, - ver §`enrich`): el envelope `--json` suma el bloque aditivo `data["enrichment"]`. `data` = - `{candidates_found, new_candidates, total_papers, direction, depth, ranking_preview, - observed_refs_count, loop_state, round, enrichment}`. - - **`--since` — forrajeo incremental (#158, ADR 0037 §c; absorbe `monitor`):** trae **solo citantes - publicados desde** una fecha. Acepta **fecha ISO `YYYY-MM-DD`** o **atajo relativo** (`90d` = 90 días, - `6m` = 6 meses, `1y` = 1 año), parseado en la frontera CLI (`cli/_options.py::parse_since`, reloj - R2/ADR 0017). **`--since` fuerza forward** y **transiciona a `MONITORED`** (no a `FORAGED`): es el paso - MONITOR (Ellis) reexpresado como modo de `chain`. Reglas de dirección: **`backward` + `--since` → - `UsageError` (exit 1)** (no tiene sentido); **`both` + `--since` → la ventana aplica solo al tramo - forward** (`effective_direction=forward`). Guarda de portada (como el ex `monitor`): sin corpus/estado - previo o corpus vacío → `DataError` (exit 2), sugiere `b2g seed`. **`b2g monitor` queda como alias - deprecado** (retiro 0.11.0) que delega en `chain` con la acción FSM `monitor`. **AS-BUILT #158:** tras - el merge, `chain --since` **deduplica** el corpus (ingesta normalizada, ADR 0031). **Corrección de - drift:** `chain` (normal) transiciona a **`FORAGED`**, y `chain --since`/`monitor` a **`MONITORED`** — - **no existe** ningún estado `CHAINED`. -- **`enrich`** (Hito 8 = Ciclos 8a + 8b, ADR - [0025](decisiones/0025-enricher-cocitacion-openalex.md); **ABSORBIDO en `chain`/`build`** — #162, - ADR 0038): el `OpenAlexEnricher` (§3) **deja de ser verbo propio**. Sus dos pasadas corren ahora - automáticas en los pasos del ciclo, vía el helper único `cli/_enrich.py::enrich_corpus(corpus, - source, *, max_citing, pass_name)`: - - **Pasada 8a (`refs_doi`)** — resuelve `references_id`→`references_doi` (batching por OR): corre - **automática en `chain`** (forrajeo). - - **Pasada 8b (`cited_by`)** — co-citación: trae los citantes de las **semillas aceptadas** y - mergea sus `openalex_id` en `cited_by_id` (unión idempotente; no crece el corpus): corre - **automática en `build`** cuando hay semillas aceptadas (**no-op de red, cero requests, si no las - hay**). Por eso **`build` ya NO es estrictamente "puro/sin red"** (ADR 0025 enmendado, #162): hace - requests `cited_by` en build-time porque la co-citación necesita las aceptadas, recién disponibles - tras curar. - - Ambos comandos suman el bloque **aditivo `data["enrichment"]`** al `--json` (`refs_resolved`/ - `refs_total_unique` y/o `citing_new`/`citing_targets`, solo las claves de las pasadas ejecutadas). - `build` suma además **`--email`** y **`--max-citing`** (tope de citantes por semilla en la pasada - `cited_by`). **`b2g enrich` queda como alias deprecado** (retiro 0.11.0, ver §Avisos de deprecación) - que corre ambas pasadas (`pass_name="both"`) y **NO transiciona el `CycleState`**. -- **`thesaurus` — RETIRADO como verbo (#164, ADR 0038).** El subcomando `b2g thesaurus` **ya no - existe** (no queda ni como alias; la issue [#149](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/149) - constató que no implementaba un tesauro como tal). La capacidad —consolidación cross-lingüe de - keywords (ADR [0011](decisiones/0011-thesaurus-multilingue.md), `Preprocessor.apply_thesaurus`, §6)— - **se preserva como flag `b2g build --thesaurus `** (JSON formato ADR 0011): `build` aplica el - thesaurus sobre `keywords_id` **antes** de scopear/proyectar, persiste con **`persist_replace`** (§4.1) - y suma el bloque aditivo `data["thesaurus"] = {keywords_mapped, keywords_total, aliases_loaded, - applied_at}`. (Coherente con el ADR 0031 enmendado: `normalize`+dedup siguen automáticos en la - ingesta; lo que cae es el *verbo* explícito.) -- **`init`** (ADR [0029](decisiones/0029-workspace-por-investigacion.md)): **scaffold de un - workspace**. `b2g init ` crea `/` con `workspace.json` + `library.duckdb` + - `networks/`/`snapshots/`/`exports/`; **`b2g init .`** inicializa el cwd. Si la carpeta ya es un - workspace → error (`WorkspaceExistsError`). **NO transiciona** el `CycleState`. `data` = - `{root, name, ...}`; `--json` con `schema="1"`. -- **`curate`** (#22 + #26 origen; **grupo noun-verb AS-BUILT #155**, ADR 0037 (b)): **grupo de - curación** con cinco subcomandos —`{dump, apply, accept, reject, filter}`—. Reorganiza la superficie - de curación a `b2g curate ` (decisión (b) del ADR - [0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md), 2° grupo noun-verb tras `read`). - **`b2g curate` sin subcomando → help + exit 0.** - **BREAKING (autorizado por ADR 0037 (b), sin alias):** la **forma-flag** `curate --dump` / - `curate --from-csv` fue **ELIMINADA**; `curate --all` también (usar `--scope all`). La lógica vive en - `service/curate.py` (fuente única, ver §0); el CLI solo parsea y delega. - - **La transición del FSM la define el VERBO, no el grupo** (precedente D1 de #159): **`curate filter` - transiciona a `FILTERED`**; `dump`/`apply`/`accept`/`reject` son **transversales** (NO transicionan, - disponibles en cualquier estado del lazo). Esto matiza la regla previa "curate es transversal" —cierta - como bloque, ahora por-verbo (ver enmienda en el ADR 0037). - - - **`curate dump`** (= ex `--dump`) escribe un CSV revisable offline (Excel/Calc). Default - `/exports/curacion.csv`; **`--out`** lo override. **`--scope [candidates|seeds|all]`** - (default `candidates`) elige qué papers volcar: `candidates` = forrajeados a revisar - (`curation_status == 'candidate'` **AND** `is_seed == False`, **excluye semillas** —arregla #72, - donde el dump arrastraba seeds); `seeds` = semillas originales (`is_seed == True`); `all` = todo el - corpus. **`--all` ELIMINADO** (usar `--scope all`). Sin candidatos (scope `candidates`/`seeds` - vacío) → error accionable que sugiere `--scope all` o `b2g chain`. Columnas (16, orden estable): - `id, source_id, title, year, authors, venue, doi, keywords, cited_by_count, references_count, - is_seed, openalex_url, scent_score, cluster, decision, note`. **Todas read-only salvo `decision` y - `note`** (las editables por el humano). `venue` sale de `source`; `keywords` se une con `" | "` - (igual que `authors`); `openalex_url` es una **columna derivada OpenAlex-específica**: se construye - `https://openalex.org/` solo cuando el `source_id` parece un ID de OpenAlex (`W…`), si no - queda vacía. **`cited_by_count`/`references_count` hoy salen vacías**: no existen como escalares en - el schema canónico de 23 columnas, así que la columna queda como placeholder para llenado manual - (limitación conocida, no falla). `decision` refleja el `curation_status` actual - (`candidate`→`undecided`, `accepted`→`accepted`, `rejected`→`rejected`). `data` = - `{csv_path, papers_exported, columns}`. Transversal (NO transiciona). - - **`curate apply `** (= ex `--from-csv`) aplica las decisiones en lote y persiste: - `accepted`→`accept`, `rejected`→`reject`, `undecided`→no-op (case-insensitive). **Idempotente** - (reimportar el mismo CSV = mismo `corpus_hash`; el reloj `decided_at` se inyecta en la **frontera - CLI**, R2/ADR 0017, fuera de la identidad). **Validación accionable** (exit 2): CSV sin - `id`/`decision` → error que nombra las columnas requeridas; `decision` con un valor fuera de - `{accepted, rejected, undecided}` → error con los valores válidos. **IDs huérfanos** (en el CSV pero - no en el corpus) **NO se aplican** y se reportan en `not_found_count` + aviso humano (cierra el no-op - silencioso). `data` = `{accepted_count, rejected_count, skipped_count, not_found_count, total_rows}` - —los `*_count` de accept/reject cuentan papers **efectivamente** encontrados y marcados, no filas del - CSV. Transversal (NO transiciona). - - **`curate accept --ids ... [--by NOMBRE]`** / **`curate reject --ids ... [--by NOMBRE]`**: aceptan - o rechazan papers por ID (curación uno-a-uno o en lote por flags). Comparten la lógica de servicio - (`accept_papers`/`reject_papers`) con los verbos sueltos `accept`/`reject` (que quedan INTACTOS como - alias deprecados, retiro 0.11.0 — ver §verbos huérfanos y ADR 0038). Transversales (NO transicionan). - - **`curate filter`** (flags PRISMA `--year-gte`/`--year-lte`, `--language`, `--type`, - `--min-citations`): aplica criterios de inclusión/exclusión MARCANDO `rejected` (no borra; conserva - la trazabilidad PRISMA) con conteo por paso. **Transiciona el `CycleState` a `FILTERED`** (único - verbo del grupo que transiciona). Comparte `filter_corpus` con el verbo suelto `filter` (alias - deprecado, retiro 0.11.0). - - **`note` es advisory:** hace round-trip en `dump` pero **se ignora en `apply`** (`ProvenanceEvent` - no tiene campo de anotación; persistirla → ADR futuro). **`scent_score` best-effort** (vacío hasta - que el Forager guarde `scent` en provenance) y **`cluster` siempre vacío** (integración con redes - diferida). `--json` con `schema="1"` en todos los subcomandos. -- **`networks`** (Hito 9, **EN DEPRECACIÓN — absorbido por `build --spec`**, ADR 0037 (a) / 0038, - ventana cierra 0.11.0): **capa declarativa** — construye redes desde un YAML versionable. - **`b2g networks --spec `** carga la lista de specs con `load_specs` (§10; - clave raíz `networks:`), construye cada red con `Networks.build` y escribe artefactos con el helper - compartido **`_write_artifacts`** (extraído de `build.py`): mismos GraphML + `metrics.json` + - `clusters.csv` que `build`, en `//`. La carga YAML + proyección la comparte con - `build --spec` vía **`_build_from_spec_file`** (fuente única; frontera con #165). **`--out-dir`** - override (default `/networks/`); resolución de store/workspace idéntica a `build` - (`resolve_workspace`). `--json` con `schema="1"`, mismo formato que `build` (lista de redes en - `data["networks"]`, con `clusters_csv` condicional). **Diferencia clave con `build --spec`:** - `networks` es **ad-hoc transversal al lazo** y **NO** transiciona el `CycleState` ni sella - `networks/.corpus_hash` (mismo criterio que `curate`); `build --spec` **sí** lo hace (decisión D1, - ADR 0038 — ver §`build`). **Recomendado:** usá `build --spec` (paso BUILD pleno). Errores - accionables: YAML malformado / spec inválida → `DataError` (exit 2); falta `python-louvain` → - `DependencyError` (exit 3). -- ~~**`gui`**~~ — ⛔ **RETIRADO (ADR [0040](decisiones/0040-retiro-gui-local.md), - [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190)).** El subcomando `b2g gui`, la API - local FastAPI, la SPA `frontend/` y el extra `[gui]` se **eliminaron** de la librería (la GUI local - está fuera del foco; el core es CLI/agente-native). **No hay alias de retrocompat** (es retiro de - capacidad, no renombre). La capa de servicios `service/` que usaba sigue viva (la consume el CLI). -- **`skill`** (comando **meta/distribución**, ADR - [0039](decisiones/0039-skill-comando-meta-distribucion.md), epic #188): **única excepción meta** - (tras el retiro de `gui`, ADR 0040) — fuera del set de 10, **no** es un paso del ciclo y **no compite - con `status`**. - Subcomando **`b2g skill add [--user|--project] [--force]`**: **instala la skill de Claude Code - end-user** (que entrevista al investigador y le enseña al agente la mejor forma de usar bib2graph — - los 10 verbos del 0037 y la historia one-shot `init→seed→chain→build→read`). **Empaquetado:** la - skill viaja **vendoreada en el wheel** bajo `src/bib2graph/skill/` (`SKILL.md` + `reference/`) como - **fuente commiteada del paquete** — la incluye `packages = ["src/bib2graph"]`, **sin** `force-include`. - (A diferencia del frontend `gui/static/`, que **sí** necesita `force-include` por ser un artefacto - gitignored; agregar la skill a `force-include` la **duplicaría y rompería el build**.) Vendorear en el - mismo artefacto **es** el version-lock → **garantía skill-version == cli-version** (la skill siempre - enseña los verbos que el CLI realmente expone; no hay forma de tener una skill v0.10 sobre un CLI - v0.11). `skill add` **copia** la skill vendida al directorio - de skills del cliente: **`--user`** (default) → `~/.claude/skills/bib2graph/`, **`--project`** → - `.claude/skills/bib2graph/` (relativo al cwd). **Idempotente** (si ya está en la versión vendida, no - hace nada y lo reporta); si el destino **existe pero difiere** (edición del usuario u otra versión), - falla con error accionable y **`--force`** pisa la instalación existente. **Funciona SIN workspace** - (comando meta global, no requiere `workspace.json` ni resolución de ambiente) y **emite el envelope - `--json` `schema="1"` SIN transición de FSM** (ortogonal al lazo, igual que `gui`/`resolve`). La - skill es **markdown sin dependencias Python** (no usa IA en el producto, ADR 0022: la IA está en el - Claude Code del usuario). **Salida agéntica (AgenticExperience):** tanto la salida humana como el - envelope son **explícitos sobre dónde está el artículo y piden leerlo**, para que un agente de - **cualquier** proveedor pueda auto-onboardearse aunque no use el descubrimiento de Claude Code. *(El - `data` emitido es `{install_path, scope, installed, already_present, skill_md, reference_dir, - how_to}`, `schema="1"` intacto: `skill_md` es la ruta al `SKILL.md` y `how_to` el resumen a grandes - rasgos.)* -- **`resolve`** (issues #110/#112, AS-BUILT, ADR - [0035](decisiones/0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md), 20° subcomando): **resuelve los DOIs del - corpus a IDs de OpenAlex (`source_id`)** — cierra el **GAP-1** del flujo BibTeX e2e. Los papers - sembrados con `seed --from-bib` traen `doi` pero **no `source_id`**; sin `source_id`, - `enrich`/`chain` devuelven **0**. `resolve` filtra los papers con `doi != NULL` **AND** - `source_id IS NULL`, consulta OpenAlex (batcheado, `OpenAlexSource.fetch_dois_to_openalex_ids` vía - `service/resolve.py::resolve_dois`) y **puebla `source_id`** en esas filas; persiste con - `persist_replace`. **Idempotente:** los papers que ya tienen `source_id` no se tocan (re-correr da - el mismo resultado). Solo `source_id` (no `external_ids`, diferido #120). Flags: **`--email`** - (polite pool de OpenAlex, recomendado), **`--json`** (envelope `schema="1"`) y la resolución de - workspace por ambiente (`--workspace` global, igual que los demás). `data` = - `{resolved, total_with_doi, already_resolved, total_papers}`. **NO transiciona el `CycleState`** - (ortogonal al lazo, igual que `enrich`). Errores accionables: falla de red contra OpenAlex → - `NetworkError` (exit 4); store bloqueado → `StoreError` (exit 5). La misma resolución se puede - encadenar en la siembra con `seed --from-bib --resolve` (§`seed` arriba), que reusa el store abierto - sin reabrir el `.duckdb` (`_resolve_dois_on_store`). - -**`--workspace` global (OPCIONAL).** Va en el grupo `b2g`, **antes** del subcomando. Una -investigación = un **workspace** (carpeta marcada por `workspace.json`; ADR -[0029](decisiones/0029-workspace-por-investigacion.md), AS-BUILT). El estado vive en su -`library.duckdb`; el CLI es stateful **vía archivo**, no vía proceso. - -- **`--workspace `** apunta a la raíz de un workspace. **`--store` fue ELIMINADA del CLI - ([#75](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/75), BREAKING):** ya no está registrada - como opción global, así que pasarla produce el **error estándar de Click** (`No such option: - --store`). El **modo degenerado** (`.duckdb` suelto sin `workspace.json`) **dejó de existir**: un - `.duckdb` legacy se adopta con **`b2g init .`** en su carpeta. -- **Resolución ambiente** cuando no se pasa `--workspace` (patrón git/cargo), precedencia de mayor a - menor: (1) `--workspace` explícito, (2) `B2G_WORKSPACE` (variable de entorno), (3) **walk-up** del - cwd buscando `workspace.json`. Sin ninguno → **error accionable** que sugiere `b2g init`. - -**`build` y `export` separados** (decisión del PO, ADR 0021 §B): `build` computa `Networks.quick` -(4 redes) y escribe artefactos a `/networks//` (+ transiciona a `BUILT`); -`export --format graphml|csv` **relee** esos artefactos (fuente resuelta vía `ws.networks_dir`) y -los serializa (sin transición). **AS-BUILT #32 (2026-06-17):** `export --out-dir` pasó a **override -OPCIONAL** — sin él, escribe en **`/exports/`** (resolución ambiente como `build`). -**AS-BUILT #31 (2026-06-17):** `build` también escribe **`clusters.csv`** (tabla de -resumen de comunidades, §7.2) en `//` **solo** para redes de **paper** con -comunidades detectadas (listas con separador `|`); en el envelope `--json`, cada entrada de -`data["networks"]` suma `clusters_csv` (ruta del archivo) **condicionalmente** —solo cuando ese -archivo se generó—. **Qué artefactos emite cada red:** **todas** escriben `network.graphml` + -`metrics.json`; **`clusters.csv` lo emiten ÚNICAMENTE las redes de paper** —`bibliographic_coupling` -y `cocitation`— (con comunidades). Las redes `author_collab`, `institution_collab` y -`keyword_cooccurrence` **NO** emiten `clusters.csv` **por diseño**: sus nodos ya son -autores/instituciones/keywords, y `cluster_table` (§7.2) resume comunidades **de papers** cruzando -nodo→corpus por `Col.ID` — ese mapeo no existe para nodos que no son papers, así que devuelve `[]` -(no crash) y el comando omite el archivo. Lo mismo aplica a `b2g networks --spec` (comparten -`_write_artifacts`). - -**`build` — dos modos, una superficie (AS-BUILT #159, ADR 0037 (a)(e) + 0038):** `build` absorbe la -capacidad de `networks` vía `--spec`, sin perder el one-shot. - -- **`build` (sin `--spec`) = modo quick:** computa `Networks.quick` (4-5 redes principales). -- **`build --spec ` = modo declarativo:** carga la lista de specs con `load_specs` - (§10, clave raíz `networks:`) y construye cada red con `Networks.build`. El helper compartido - `_build_from_spec_file` (en `build.py`) es la **fuente única** para `build --spec` y para el alias - `networks` (frontera con #165). **A diferencia de `networks`** (alias en deprecación, ortogonal al - lazo, NO transiciona), **`build --spec` SÍ transiciona el FSM a `BUILT` y sella `.corpus_hash`** —es - un paso BUILD pleno (decisión PO **D1**, ADR 0038). - -**`--scope [all|accepted|seeds]` (default `all`, ADR 0038 P2):** filtra el corpus por estado de -curación **antes** de proyectar (vía `Corpus.scoped`, §1.2). **Default `all`** = corpus completo (el -one-shot corre sin curar). `accepted` = semillas (`is_seed=True`) + papers aceptados; `seeds` = solo -semillas. Aplica en **ambos** modos (quick y spec). El `networks/.corpus_hash` se sella con el hash -del corpus **FILTRADO** (no del vivo completo), y `clusters.csv`/`decorate` reflejan exactamente ese -subset (sin drift). Si el scope deja **0 papers**: **exit 0** + `warning` accionable ("corré -`b2g curate`… o usá `--scope=all`") — **no** es error; escribe `networks/` vacío con `.corpus_hash` -vacío. **NO confundir con `NetworkSpec.scope` (§10):** ejes distintos. `--scope` filtra el **corpus -entero** por curación (un input al `build`); `NetworkSpec.scope` (`full`/`seeds_only`) es **por-red -declarativa** sobre `is_seed`. - -- **`--corpus-scope [all|accepted|seeds_only]` = alias DEPRECADO (oculto en `--help`):** vocab - antiguo previo a #159. Sigue funcionando con **aviso a stderr** y tiene precedencia si se pasa junto - a `--scope`; **la ventana cierra en 0.11.0** (ADR 0038 P1). Su vocab (`seeds_only`) es el vocab - interno de `Corpus.scoped`; `--scope seeds` mapea a él. - -**`--min-weight N` (solo modo quick):** descarta aristas con peso < N (default 1 = sin filtro). **Solo -aplica sin `--spec`.** Con `--spec`, cada red usa el `min_weight` declarado en su YAML por-red, y -pasar **`--min-weight` junto a `--spec` emite un warning a stderr** ("se ignora con `--spec`") — no -falla, pero el valor del CLI se descarta. - -**`--thesaurus ` (#164, absorbe el verbo retirado `b2g thesaurus`):** aplica un thesaurus -multilingüe curado (JSON formato ADR [0011](decisiones/0011-thesaurus-multilingue.md)) sobre -`keywords_id` **antes** de scopear y proyectar, y persiste el corpus actualizado con `persist_replace` -(§4.1). Suma el bloque aditivo `data["thesaurus"] = {keywords_mapped, keywords_total, aliases_loaded, -applied_at}`. Thesaurus inexistente/mal formado → `DataError` (exit 2). - -**`--email` / `--max-citing` (#162, pasada de co-citación):** `build` corre **automáticamente la pasada -`cited_by`** del Enricher (§`enrich`) cuando hay **semillas aceptadas** —puebla `cited_by_id` para la -red de co-citación—; **`--max-citing INTEGER`** acota los citantes por semilla y **`--email`** va al -polite pool de OpenAlex. **Sin semillas aceptadas la pasada es no-op (cero requests).** Suma el bloque -aditivo `data["enrichment"]` (`citing_new`/`citing_targets`). Por esto `build` **ya no es -estrictamente puro/sin red** (ADR 0025 enmendado); los proyectores sí siguen puros (ADR 0014). - -**Diagnóstico de red-vacía en build-time (ADR 0037 §(e), no-divergencia con status-time):** `build` -reusa `predict_build_preview` (la **misma** fuente que usa `status`) para diagnosticar redes que salen -vacías. En modo humano va como `warning` a stderr; en `--json` va en el envelope como -**`data["empty_networks"]`** — una lista de `{kind, reason, fix_command}`, **separada** de -`data["warnings"]` (que queda reservado para avisos **corpus-level**, p. ej. el scope con 0 papers). -Si una red sale vacía por el `min_weight` del YAML (modo spec), el `reason` **culpa al spec** -(no al `--min-weight` del CLI) y `fix_command=None`. - -**Esquema de respuesta `--json` (`data`):** `networks_built`, `artifacts_dir`, `corpus_hash`, -**`scope`** = **token CLI** (`seeds`/`accepted`/`all`, gancho estable para #160 maturity), -**`corpus_scope`** = vocab interno (`seeds_only`/…, backward-compat), `networks` (lista, con -`clusters_csv` condicional), `warnings` (corpus-level), `empty_networks` (diagnóstico por-red) y -**`maturity`** (bloque aditivo del one-shot, AS-BUILT #160 — ver Apéndice `maturity`; `curated` -deriva del **corpus completo** pre-scope, `scope` reusa este `data["scope"]`, `empty_networks` es la -lista de `kind` extraída de `data["empty_networks"]` sin duplicar `reason`/`fix_command`; presente -también en el early-return de corpus vacío), **`enrichment`** (#162, métricas de la pasada `cited_by`: -`citing_new`/`citing_targets`; presente aun cuando es no-op) y **`thesaurus`** (#164, presente solo si -se pasó `--thesaurus`). -Invariante: envelope `schema="1"`, exit codes y FSM intactos; todo lo de #159/#160/#162/#164 es -**aditivo**. - -> **No-divergencia es por-corpus.** La garantía de no-divergencia entre el diagnóstico de red-vacía de -> `build` y el de `status` (ADR 0037 §(e)) es **sobre el mismo corpus de entrada**. Con `--scope != all`, -> `predict_build_preview` corre sobre el **corpus filtrado**, así que los conteos del `reason` pueden -> diferir legítimamente de los de `status` sobre el corpus completo. La **lógica es fuente única**; lo -> que varía es el corpus que se le pasa. - -**Grupo `snapshot {create, restore}` — TERCER grupo noun-verb del CLI (#163, ADR 0038).** Para alojar -`snapshot restore` (= ex verbo plano `restore`, ADR 0038), **`snapshot` deja de ser verbo plano y se -vuelve grupo noun-verb** —mismo patrón que `read` (1°, #156/#157) y `curate` (2°, #155)—. `snapshot` -**sin subcomando** imprime la ayuda y sale **exit 0**; el `command` del envelope usa la **ruta -completa** (`"snapshot create"` / `"snapshot restore"`). **BREAKING (autorizado por ADR 0038, sin -alias):** el `snapshot` plano → **`snapshot create`** (mismo criterio que el BREAKING de `curate`). -**La transición la define el VERBO** (precedente D1 de #159): `snapshot create` **NO** transiciona, -`snapshot restore`→`FILTERED`. **Fuente única en `service/snapshot.py`** (`run_snapshot`/`run_restore`, -servicio neutral con `decided_at` inyectado en la frontera, ADR 0017): `snapshot create`, -`snapshot restore` y el shim del verbo suelto `restore` (alias deprecado, retiro #165) **delegan** en -ella. - -- **`snapshot create`** (= ex `snapshot` plano, AS-BUILT #32): sella una foto reproducible del estado - vivo (parquet + `manifest.json`, ADR 0017). **`--out-dir` pasó a override OPCIONAL** — sin él, - escribe en **`/snapshots/`** (resolución ambiente vía `resolve_workspace`, igual que - `build`). **NO transiciona** el `CycleState`. Su `--json.data` —`snapshot_dir`, `corpus_hash`, - `total_papers`, `schema_version`— suma el bloque aditivo **`maturity`** (AS-BUILT #160, ver Apéndice - `maturity`): `scope="all"`, `empty_networks=[]` (no proyecta redes), `curated` desde el corpus vivo - (`run_snapshot` lleva el bloque, coherente con `build`/`read top`). -- **`snapshot restore`** (= ex verbo plano `restore`): rehidrata un corpus curado desde un parquet - **sin red** (mergea+dedup, preserva la curación), **transiciona a `FILTERED`**. Semántica completa - en §`snapshot restore` (arriba). El verbo suelto `restore` queda como **alias deprecado** (shim que - delega con `command="restore"`; retiro #165). - -> **Follow-up (BAJO, #175):** `service/snapshot.py` duplica `normalize_and_dedup` respecto del helper -> `cli/_ingest.py`. Es deuda DRY, **no** afecta el contrato; se resuelve en su issue, no aquí. - -**Staleness de la cache de redes (AS-BUILT #32, 2026-06-17):** `b2g status` suma el campo aditivo -`data["networks_cache_stale"]: bool` (`schema="1"` intacto) y, cuando es `true`, un `warnings` -accionable ("ejecutá `b2g build`"). Lo dispara que el `networks/.corpus_hash` **sellado** por el -último `build` **no coincida** con el `corpus_hash` del corpus vivo (calculado con el **mismo** -`compute_corpus_hash(corpus.to_arrow())` que `build` usa para sellar → sin falsos positivos). Si la -cache **no existe** (nunca se corrió `build`), **no** es stale. `status` **avisa, NO regenera**: -invalidación por hash, **no** un build-system (ADR [0029](decisiones/0029-workspace-por-investigacion.md)). - -**Transiciones automáticas del ciclo** (ADR 0021 §F; AS-BUILT R3): `seed`→`SEEDED`, -**`chain`→`FORAGED`** (chaining normal), **`chain --since`→`MONITORED`** (#158: forrajeo incremental; -el alias deprecado `monitor` transiciona igual, vía la acción FSM `monitor`), `filter`→`FILTERED`, -**`curate filter`→`FILTERED`** (#155: dentro del grupo `curate` la transición la define el VERBO, no el -grupo —precedente D1 de #159), `build`→`BUILT`, -**`snapshot restore`→`FILTERED`** (Ciclo 9a, ADR 0030/0038: el corpus restaurado ya pasó curación; -reusa la transición permisiva `filter`; el verbo suelto `restore` —alias deprecado— transiciona igual). -**No existe un estado `CHAINED`:** `chain` va a `FORAGED` y `chain --since` a `MONITORED`. -`accept`/`reject`/**`curate {dump,apply,accept,reject}`**/**`read`**/`export`/**`snapshot create`**/`status`/`inspect`/`validate`/el alias `enrich`/el alias `networks` -**no transicionan** (los verbos transversales de `curate` y **`read`** son transversales/lectura pura -—**salvo `curate filter`**, que sí transiciona; el enriquecimiento absorbido en `chain`/`build` y el -alias `networks` son ortogonales al lazo, ADR 0025 / Hito 9). El estado -destino lo dicta `bib2graph.cycle.apply_transition` -(fuente única de verdad; los comandos no hardcodean el destino). `seed` con **estado previo** se trata -como **`reseed`** (loop-back a `SEEDED`, ronda++, acumula sobre lo curado). - -**Grupo `read {list,stats,show,top}` — primer grupo noun-verb del CLI (#156/#157, ADR -[0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) §b).** Es lectura pura del corpus (no -transiciona el ciclo, §arriba). `read` **sin subcomando** imprime la ayuda y sale con **exit 0** -(no es error de uso). El campo `command` del envelope usa la **ruta completa** del grupo noun-verb: -`"read list"` / `"read stats"` / `"read show"` / `"read top"` (convención para grupos: comando = -` `, no solo el grupo). `read top` (la **salida de investigación** del 0037 §b) se -materializó en #157 (antes diferido). La lógica vive en `service/reads.py` (`list_papers`, -`corpus_stats`, `get_paper` extendido, `get_top` — §0.1), exportada en `service/__init__.py`. - -- **`read list`** — lista papers del corpus. Filtros (combinables, AND): `--query TEXT` (substring - **case-insensitive sobre el título únicamente**), `--status {candidate,accepted,rejected}`, - `--seeds` / `--candidates` (por `is_seed`), `--year INT`. Envelope: - `data = {papers: [{id, title, year, curation_status, is_seed}], count: int}`. -- **`read stats --group-by {status,year,is_seed}`** (default `status`) — conteos agrupados. Envelope: - `data = {group_by: str, total: int, groups: [{key, count}]}`. Un valor de `--group-by` fuera del - `Choice` es **error de uso de Click → exit 1** (coherente con ADR 0010 uso=1/datos=2 y con todos - los `Choice` del repo; **no** es exit 2). -- **`read show --id `** — delega en `service.get_paper(ws, ident)` (§0.1; resuelve **id | doi | - source_id**, prioridad id>doi>source_id, ADR 0036). Envelope: `data =` la **fila completa** del - corpus (~14 campos: `id, source_id, doi, title, year, abstract, is_seed, curation_status, - authors_raw, authors_id, keywords_id, references_id, cited_by_id, provenance`). `--id` que no - matchea ningún id/doi/source_id → `DataError`, **exit 2**. -- **`read top`** — la **salida de investigación** (#157): un envelope con **dos bloques** sobre redes - recomputadas en tiempo de lectura (**no requiere `build` previo**; mismo camino que `get_network`). - Flags: `--top N` / `-n` (default 10), `--kind` (`Choice` sobre los 5 `NetworkKind`, **default - `bibliographic_coupling`**), `--json`. Envelope: - `data = {kind, top, central: [{id, title, degree_centrality, community?}], - cocitation: [{source, source_title, target, target_title, weight}], reason?, fix_command?, - maturity}`. El bloque **`maturity`** (aditivo del one-shot, AS-BUILT #160 — ver Apéndice `maturity`) - está **SIEMPRE presente**: `scope="all"`, `empty_networks=["cocitation"]` cuando la co-citación - quedó vacía (si no, `[]`), `curated` desde el corpus. **No** duplica `reason`/`fix_command` (esos - viven en el bloque honest-empty de abajo). - - **`central`** — top `N` nodos de la red `--kind` por `degree_centrality` desc. En redes de paper - (`bibliographic_coupling`/`cocitation`) `title` es el **título completo** (join id→title); en - redes de autor/institución/keyword cae al `label` (nombre de la entidad). - - **`cocitation`** — **SIEMPRE** la red `cocitation` (independiente de `--kind`): top `N` aristas - por `weight` desc, con título de ambos extremos. - - **`--kind` default `bibliographic_coupling`** porque es **robusto en el one-shot frío**: se - calcula desde las referencias propias del corpus (no necesita `enrich`/`chain --forward`), así la - salida estrella entrega valor temprano. La **co-citación** necesita datos *forward* (`cited_by_id`). - - **Contrato honest-empty (exit 0, no error).** Si la red `cocitation` está vacía (corpus sin - `cited_by_id`, p. ej. un one-shot sin `enrich`/`chain --forward`) → **exit 0** + bloque - `cocitation: []` + `reason`/`fix_command` (tomados de `predict_build_preview`). **No** es - `DataError`. `reason`/`fix_command` aparecen **solo** en ese caso. - - **Exit codes:** `--kind` inválido → **exit 1** (UsageError de `Choice`, fuera del envelope, §abajo); - `get_top` llamado desde el servicio con `kind` inválido o `n <= 0` → `DataError`, **exit 2** - (defensa de la capa neutral). Un fallo genuino de construcción de red → `DataError`, exit 2 (≠ vacío). - -`inspect` (verbo plano) **sigue vivo pero en deprecación** (#165): `read show` lo absorbe para -papers y `status` para manifest/FSM. **No** está removido en este hito. - -**Grupo `curate {dump,apply,accept,reject,filter}` — SEGUNDO grupo noun-verb del CLI (#155, ADR -[0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) §b).** Mismo patrón que `read`: `curate` -**sin subcomando** imprime la ayuda y sale con **exit 0**; el `command` del envelope usa la **ruta -completa** (`"curate dump"`, `"curate apply"`, `"curate accept"`, `"curate reject"`, -`"curate filter"`). La semántica de cada verbo está arriba (§`curate`). **A diferencia de `read` -(transversal entero), la transición la define el VERBO** (precedente D1 de #159): solo -`curate filter` transiciona a `FILTERED` (vía `apply_transition`, fuente única); el resto es -transversal. La lógica vive en `service/curate.py` (fuente única CLI/FastAPI, §0): -**`run_curate_dump`**, **`run_curate_from_csv`** (el verbo `apply`), **`filter_corpus`** y -`accept_papers`/`reject_papers`. **`filter_corpus(store_path, *, year_gte, year_lte, language, -type_in, min_citations, decided_at)`** recibe el **reloj `decided_at` inyectado** por ambos callers -(el subcomando `curate filter` y el verbo suelto `filter`), preservando la neutralidad de servicio -(ADR [0017](decisiones/0017-reproducibilidad-historia-snapshot.md): el reloj entra por la frontera, -no por el servicio). **BREAKING:** la forma-flag `curate --dump`/`--from-csv` y `--all` fueron -eliminadas sin alias (autorizado por ADR 0037 §b). - -**Envelope JSON común y versionado** (ADR 0021 §C): en modo `--json`, cada subcomando emite **un -objeto JSON** con `schema="1"`: + `export`, `snapshot` (grupo), `status`, `validate`. (El par EXPORT/SNAPSHOT cuenta como uno; ADR 0037.) +- **3 grupos noun-verb:** `read {list,stats,show,top}`, `curate {dump,apply,accept,reject,filter}`, + `snapshot {create,restore}`. Un grupo **sin subcomando** imprime ayuda y sale **exit 0**; el `command` + del envelope usa la **ruta completa** (`"read list"`). +- **1 comando meta** fuera del set de 10 (no es un paso del ciclo): **`skill add`** (ADR 0039). +- **Aliases deprecados** (vivos con aviso a stderr, retiro **0.11.0**): `accept`, `reject`, `filter`, + `inspect`, `monitor`, `networks`, `enrich`, `restore`, `resolve` (ver §Avisos de deprecación). + **`thesaurus` NO es alias: se retiró por completo** (su capacidad es `build --thesaurus`, #164). + +**`status`** expone el ciclo: estado actual del FSM (`SEEDED/FORAGED/FILTERED/BUILT/MONITORED`, dominio +en `bib2graph.cycle`), `transitions_available`, `curation_available` (`accept`/`reject` siempre +disponibles, curación transversal), `round` (contador de ronda con `reseed`), conteos por +`curation_status`, `workspace: {root, source}`, `networks_cache_stale: bool` (+ `warnings` accionable +cuando la cache de `networks/` quedó obsoleta — avisa, NO regenera) y `referenced_not_fetched` (nº de +IDs que el backward chaining observó sin materializar; §4/§5). Todos campos aditivos, `schema="1"` +intacto. **`validate`** chequea la consistencia del workspace (read-only). + +**`init`** (ADR [0029](decisiones/0029-workspace-por-investigacion.md)): scaffold de un workspace. +`b2g init ` crea `/` con `workspace.json` + `library.duckdb` + +`networks/`/`snapshots/`/`exports/`; **`b2g init .`** inicializa el cwd (adopta un `.duckdb` legacy). Si +la carpeta ya es workspace → `WorkspaceExistsError`. **NO transiciona.** `data = {root, name, ...}`. + +**`seed`** (ADR [0030](decisiones/0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md)): **TRES modos +mutuamente excluyentes** (exactamente uno; ninguno o más de uno → exit 1): + +- **`--equation ''`** — ecuación cruda (modo OpenAlex directo, con red). +- **`--spec equation.yaml`** — la misma siembra parametrizada por un YAML versionable (clave raíz + `equation:`, modelo `EquationSpec`, §2; paridad 1:1 flag ⇄ campo). +- **`--from-bib `** — siembra desde BibTeX local **sin red** (`BibtexSource.load`); + `is_seed=True`/`candidate`, transiciona a `SEEDED` (o reseed → ronda++). `data = {papers_added, + total_papers, round, reseeded}` (sin `executed_query`/`translation_report`). Falta `bibtexparser` + (`[bibtex]`) → `DependencyError` exit 3; archivo inexistente / `.bib` mal formado → `DataError` exit 2. + - **`--resolve`** (solo con `--from-bib`): tras cargar, encadena la resolución DOI→`source_id` (= + correr `b2g resolve`) reusando el store abierto; suma `data["resolve"]`. **`--email`** se permite + con `--from-bib` solo junto a `--resolve` (se propaga al polite pool). + +Flags OpenAlex (**solo con `--equation`/`--spec`**): **`--max-results INT`** (default del source 200; +muestras chicas); **`--exclude TEXT`** (repetible) = negaciones quirúrgicas inyectadas **dentro** de la +única expresión `title_and_abstract.search:((query) AND NOT "")` (campo no repetido), en el +`translation_report`; **`--min-year`/`--max-year`** filtran contra OpenAlex +(`from_publication_date`/`to_publication_date` como predicado separado por coma, fuera del `search`); +**`--native`** = query cruda (sin traducción; min/max-year no aplican). **Combinar cualquier flag +OpenAlex con `--from-bib` → exit 1** (salvo `--email` junto a `--resolve`). **No existe +`seed --from-corpus`** (rehidratar un parquet curado es `snapshot restore`). + +**`chain`** (paso CHAIN): expande el corpus con candidatos rankeados por *information scent* +(forward/backward batcheado, §5). **`--direction [backward|forward|both]`** (default `both`), +**`--depth`** (solo 1), **`--max-candidates`**, **`--max-citing`** (presupuesto de citantes por semilla +en forward, default 50), **`--email`**, **`--preview`** (dry-run sin red ni transición: backward exacto +desde `references_id`; forward exacto solo si hay `cited_by_id`). Transiciona a **`FORAGED`** y corre +**automática la pasada refs→DOI** (§Enricher absorbido): el `--json` suma `data["enrichment"]`. `data = +{candidates_found, new_candidates, total_papers, direction, depth, ranking_preview, observed_refs_count, +loop_state, round, enrichment}`. + +- **`--since` (forrajeo incremental, absorbe `monitor`):** trae **solo citantes desde** una fecha + (**ISO `YYYY-MM-DD`** o atajo `90d`/`6m`/`1y`, parseado en `cli/_options.py::parse_since`). **Fuerza + forward** y transiciona a **`MONITORED`**. `backward + --since` → exit 1; `both + --since` → la ventana + aplica solo al tramo forward. Sin corpus/estado previo → `DataError` exit 2 (sugiere `b2g seed`). **No + existe estado `CHAINED`.** El alias `monitor` delega aquí. + +**Enricher absorbido en `chain`/`build` (#162):** el `OpenAlexEnricher` (§3) no es verbo propio. La +pasada **refs→DOI** corre automática en `chain`; la pasada **co-citación** (`cited_by`) corre automática +en `build` cuando hay semillas aceptadas (no-op de red sin ellas). Por eso **`build` ya NO es +estrictamente "sin red"** (ADR 0025 enmendado). Ambos suman `data["enrichment"]`. El alias `b2g enrich` +corre ambas pasadas y **NO transiciona**. + +**`curate {dump,apply,accept,reject,filter}`** (grupo noun-verb, #155). **La transición la define el +VERBO:** solo **`curate filter`→`FILTERED`**; el resto transversal. **BREAKING:** la forma-flag +`curate --dump`/`--from-csv`/`--all` fue **eliminada sin alias**. Lógica fuente única en +`service/curate.py`. + +- **`curate dump`** escribe un CSV revisable offline. **`--out`** override (default + `/exports/curacion.csv`); **`--scope [candidates|seeds|all]`** (default `candidates`: + `candidate AND NOT is_seed`; `seeds` = `is_seed`; `all` = todo). Sin candidatos → error que sugiere + `--scope all`/`b2g chain`. Columnas (16, orden estable): `id, source_id, title, year, authors, venue, + doi, keywords, cited_by_count, references_count, is_seed, openalex_url, scent_score, cluster, decision, + note` — **editables solo `decision`/`note`**. `cited_by_count`/`references_count`/`scent_score`/`cluster` + salen vacías (placeholders, no fallan). `data = {csv_path, papers_exported, columns}`. +- **`curate apply `** aplica decisiones en lote (`accepted`→accept, `rejected`→reject, + `undecided`→no-op; case-insensitive). **Idempotente** (`decided_at` inyectado en la frontera CLI, R2). + CSV sin `id`/`decision` o `decision` inválida → `DataError` exit 2. IDs huérfanos → `not_found_count` + + aviso (no no-op silencioso). `data = {accepted_count, rejected_count, skipped_count, not_found_count, + total_rows}`. **`note` se ignora en apply** (advisory). +- **`curate accept --ids ... [--by NOMBRE]`** / **`curate reject --ids ... [--by NOMBRE]`** — por ID + (uno-a-uno o lote). Comparten `accept_papers`/`reject_papers` con los verbos sueltos `accept`/`reject` + (alias deprecados). +- **`curate filter`** (`--year-gte`/`--year-lte`, `--language`, `--type`, `--min-citations`): aplica + inclusión/exclusión PRISMA **marcando `rejected`** (no borra) con conteo por paso. **Transiciona a + `FILTERED`.** Comparte `filter_corpus(store_path, *, year_gte, year_lte, language, type_in, + min_citations, decided_at)` con el verbo suelto `filter`. + +**`build` y `export` separados** (ADR 0021 §B). `build` computa `Networks.quick` (4-5 redes) y escribe +a `/networks//` (transiciona a `BUILT`); `export --format graphml|csv` **relee** esos +artefactos (`ws.networks_dir`) y los serializa (sin transición). **`export --out-dir`** override +opcional (default `/exports/`). + +`build` tiene **dos modos**: **quick** (sin `--spec`) y **declarativo** (**`build --spec `**: +`load_specs` con clave raíz `networks:` → `Networks.build` por red; helper único `_build_from_spec_file`). +**Ambos transicionan a `BUILT` y sellan `networks/.corpus_hash`** (decisión D1; a diferencia del alias +`networks`, que es transversal). Flags: + +- **`--scope [all|accepted|seeds]`** (default `all`): filtra el corpus por curación **antes** de + proyectar (`Corpus.scoped`, §1.2). `accepted` = `is_seed` + aceptados; `seeds` = solo semillas. El + `.corpus_hash` se sella con el corpus **filtrado**; `clusters.csv`/`decorate` reflejan ese subset. + Scope con **0 papers** → **exit 0** + `warning` (no error). **No confundir con `NetworkSpec.scope`** + (§10, por-red sobre `is_seed`). **`--corpus-scope [all|accepted|seeds_only]`** = alias deprecado + (oculto en `--help`, vocab interno; precede a `--scope` si se pasan ambos). +- **`--min-weight N`** (solo quick): descarta aristas con peso < N. Con `--spec` se usa el `min_weight` + por-red del YAML; pasarlo junto a `--spec` emite warning y se ignora. +- **`--thesaurus `** (#164): aplica un thesaurus multilingüe (JSON ADR 0011) sobre + `keywords_id` **antes** de scopear/proyectar, persiste con `persist_replace` (§4.1) y suma + `data["thesaurus"] = {keywords_mapped, keywords_total, aliases_loaded, applied_at}`. Inexistente/mal + formado → `DataError` exit 2. +- **`--email` / `--max-citing INT`**: parametrizan la pasada `cited_by` (co-citación; ver Enricher + absorbido). + +**Artefactos por red:** todas escriben `network.graphml` + `metrics.json`; **`clusters.csv` solo las +redes de paper** (`bibliographic_coupling`, `cocitation`) con comunidades (las de +autor/institución/keyword devuelven `[]` y omiten el archivo, por diseño). **Diagnóstico de red-vacía:** +`build` reusa `predict_build_preview` (la **misma** fuente que `status`, no-divergencia por-corpus) y lo +emite en `data["empty_networks"]` (lista de `{kind, reason, fix_command}`, separada de `data["warnings"]` +corpus-level). **`--json.data`:** `networks_built`, `artifacts_dir`, `corpus_hash`, `scope` (token CLI), +`corpus_scope` (vocab interno, backward-compat), `networks` (con `clusters_csv` condicional), `warnings`, +`empty_networks`, `maturity` (ver Apéndice), `enrichment`, `thesaurus` (si se pasó `--thesaurus`). + +**`snapshot {create, restore}`** (grupo noun-verb, #163). Fuente única en `service/snapshot.py`. La +transición la define el verbo. + +- **`snapshot create`** (= ex `snapshot` plano, BREAKING sin alias): sella una foto reproducible + (parquet + `manifest.json`, ADR 0017). **`--out-dir`** override opcional (default + `/snapshots/`). **NO transiciona.** `data = {snapshot_dir, corpus_hash, total_papers, + schema_version, maturity}`. +- **`snapshot restore --from-corpus `** (= ex verbo plano `restore`): **rehidrata un corpus ya + curado SIN red** (lee con `CORPUS_SCHEMA`, `Corpus.from_arrow`, merge+dedup+persist; cero llamadas a + OpenAlex). **Preserva la curación** (`decision`/`curation_status`/`is_seed`, D3). **Transiciona a + `FILTERED`** (reusa la transición permisiva `filter`; válida desde cualquier estado, incluido store + vacío). Parquet inexistente o schema no canónico → `DataError` exit 2. `data = {papers_loaded, + total_papers, state, round}`. El verbo suelto `restore` es alias deprecado (`command="restore"`). + +**`read {list,stats,show,top}`** (grupo noun-verb, #156/#157): lectura pura del corpus (no transiciona). +Lógica en `service/reads.py` (§0.1). + +- **`read list`** — filtros AND combinables: `--query TEXT` (substring case-insensitive sobre el + **título**), `--status {candidate,accepted,rejected}`, `--seeds`/`--candidates` (por `is_seed`), + `--year INT`. `data = {papers: [{id, title, year, curation_status, is_seed}], count}`. +- **`read stats --group-by {status,year,is_seed}`** (default `status`): conteos agrupados. `data = + {group_by, total, groups: [{key, count}]}`. `--group-by` inválido → exit 1 (UsageError de `Choice`). +- **`read show --id `**: delega en `get_paper` (resuelve **id | doi | source_id**, prioridad + id>doi>source_id, ADR 0036). `data` = la fila completa del corpus (~14 campos). `--id` sin match → + `DataError` exit 2. +- **`read top`** — la **salida de investigación**: dos bloques sobre redes recomputadas en lectura (**no + requiere `build`**). **`--top N`/`-n`** (default 10), **`--kind`** (`Choice` sobre los 5 `NetworkKind`, + **default `bibliographic_coupling`** porque es robusto en el one-shot frío: no necesita + `chain --forward`). `data = {kind, top, central: [{id, title, degree_centrality, community?}], + cocitation: [{source, source_title, target, target_title, weight}], reason?, fix_command?, maturity}`. + `central` = top N nodos de `--kind` por `degree_centrality`; `cocitation` = **SIEMPRE** la red + cocitation, top N aristas por `weight`. **Honest-empty (exit 0, no error):** cocitación vacía (sin + `cited_by_id`) → bloque `[]` + `reason`/`fix_command` (de `predict_build_preview`). `--kind` inválido → + exit 1; `n <= 0` o red que falla genuinamente → `DataError` exit 2. + +**`skill add [--user|--project] [--force]`** (comando meta, ADR +[0039](decisiones/0039-skill-comando-meta-distribucion.md)): **instala la skill de Claude Code end-user** +que enseña al agente a usar bib2graph (los 10 verbos + el one-shot `init→seed→chain→build→read`). La +skill viaja **vendoreada en el wheel** bajo `src/bib2graph/skill/` (`SKILL.md` + `reference/`, fuente +commiteada vía `packages = ["src/bib2graph"]`): el version-lock skill==cli garantiza que la skill enseñe +los verbos que el CLI expone. `skill add` **copia** la skill al directorio del cliente: **`--user`** +(default) → `~/.claude/skills/bib2graph/`, **`--project`** → `.claude/skills/bib2graph/`. **Idempotente**; +si el destino existe y difiere falla accionable y **`--force`** pisa. **Funciona SIN workspace** y emite +`--json` `schema="1"` **sin transición de FSM**. La skill es markdown sin dependencias Python (la IA está +en el Claude Code del usuario, no en el producto; ADR 0022). `data = {install_path, scope, installed, +already_present, skill_md, reference_dir, how_to}`. + +**`resolve`** (alias deprecado): resuelve los DOIs del corpus a `source_id` de OpenAlex (cierra el GAP del +flujo BibTeX: sin `source_id`, `chain` da 0). Filtra `doi != NULL AND source_id IS NULL`, consulta +OpenAlex (`OpenAlexSource.fetch_dois_to_openalex_ids` vía `service/resolve.py::resolve_dois`) y puebla +`source_id`; **idempotente**, persiste con `persist_replace`. **`--email`** (polite pool). `data = +{resolved, total_with_doi, already_resolved, total_papers}`. **NO transiciona.** Red caída → `NetworkError` +exit 4; store bloqueado → `StoreError` exit 5. Encadenable en `seed --from-bib --resolve`. + +**`networks --spec` / `inspect`** (alias deprecados): `networks --spec ` construye redes desde +el YAML pero **NO transiciona ni sella `.corpus_hash`** (ad-hoc transversal) — usá `build --spec` +(paso BUILD pleno). `inspect` lo absorben `read show` (papers) y `status` (manifest/FSM). + +**`--workspace` global (OPCIONAL).** Va en el grupo `b2g`, **antes** del subcomando. **`--store` fue +ELIMINADA** (#75, BREAKING): pasarla da el error estándar de Click (`No such option`). El modo degenerado +(`.duckdb` suelto) **dejó de existir**; un `.duckdb` legacy se adopta con `b2g init .`. **Resolución +ambiente** (precedencia): (1) `--workspace` explícito, (2) `B2G_WORKSPACE` (env), (3) **walk-up** del cwd +buscando `workspace.json`. Sin ninguno → error accionable que sugiere `b2g init`. + +**Transiciones automáticas del ciclo** (ADR 0021 §F): `seed`→`SEEDED` (con estado previo = `reseed`, +ronda++), `chain`→`FORAGED`, `chain --since`→`MONITORED`, `curate filter`→`FILTERED`, `build`→`BUILT`, +`snapshot restore`→`FILTERED`. El resto (`read`, `export`, `snapshot create`, `status`, `validate`, +`curate {dump,apply,accept,reject}`, los alias `enrich`/`networks`/`resolve`) **no transiciona**. El +estado destino lo dicta `bib2graph.cycle.apply_transition` (fuente única; los comandos no hardcodean el +destino). + +**Envelope JSON común y versionado** (ADR 0021 §C): en modo `--json`, cada subcomando emite **un objeto +JSON** con `schema="1"`: ```json { @@ -819,69 +254,49 @@ objeto JSON** con `schema="1"`: } ``` -En error conocido: `ok=false`, `data={}`, `error={"code": , "message": }`. Los -exit codes se mapean **por tipo de error** (ADR 0021 §D): `DataError`→2, `ImportError`/ -`DependencyError`/`NotImplementedError`→3, `httpx.HTTPError`→4, `StoreLockedError`/`OSError`→5. -**R5:** `AttributeError` ya **no** se mapea en el decorador (un bug real no se disfraza de "capacidad -faltante"); la capacidad-de-source-faltante se convierte en `DependencyError` con un **pre-check -`hasattr` en el comando** (p. ej. `chain` antes del `Forager`). Un `AttributeError` inesperado se -propaga limpio. - -**Borde: el error de uso sale SIN envelope.** Ante un error de uso (p. ej. una opción requerida -faltante, una opción desconocida como `--store` —eliminada en #75—, o ningún workspace resoluble), -Click aborta el parseo **antes** de entrar al comando: se emite el mensaje de uso de Click en **stderr** y -exit code `1`, **sin** envelope JSON. El envelope versionado solo cubre errores que ocurren -**dentro** de la ejecución del comando. - -**stdout puro en modo JSON (ENFORCED, ADR 0021 §C; verificado #151).** En modo JSON (por `--json` -o por `B2G_JSON`, abajo) stdout emite **exactamente una línea**: el envelope `schema="1"` — y nada -más. Esto vale **también en el camino de error** (`ok=false` → envelope en stdout, no en stderr). El -texto de modo humano (progreso, avisos legibles) va a **stderr**, nunca a stdout. Un agente parsea -una línea JSON por invocación con la garantía de que stdout no trae ruido. - -**`B2G_JSON` — modo JSON por entorno (env var; #151, enmienda ADR 0021 §C).** Además del flag -`--json` (por-comando, **post-verbo**: `b2g --json` — la posición **no cambió**), el modo JSON -se activa con la variable de entorno **`B2G_JSON`**: - -- **Valores truthy** (case-insensitive): `1`, `true`, `yes`. Cualquier otra cosa (ausente, `0`, - `false`, `no`, vacío) = modo humano. -- **Alcance:** **todos** los comandos, incluido `init`. No hay que pasar `--json` en cada llamada. -- **Precedencia:** `--json` explícito **gana**; si no está, `B2G_JSON` truthy activa el modo JSON. - **No existe `--no-json`** (no se puede forzar modo humano teniendo `B2G_JSON` truthy salvo - desetear/cambiar la env var). -- **Recomendación agents-first:** un agente hace **`export B2G_JSON=1` una vez** al inicio de la - sesión y corre todo el ciclo (`init → seed → chain → … → export`) sin repetir `--json`. - -Aditivo y retrocompatible: el envelope `schema="1"`, los exit codes y la FSM **no cambian** (ver -ADR [0021](decisiones/0021-cli-agente-native-contrato.md) §C, enmienda 2026-06-27). - -**Apéndice — bloque `maturity` del one-shot (AS-BUILT #160, ADR [0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) §f; FORMA fijada aquí por delegación de ADR [0038](decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md) P3).** -Los artefactos del camino **one-shot** llevan un bloque **aditivo** `data["maturity"]` que **se -autodeclara borrador sin pulir**: honestidad **por construcción** (vom Brocke/PRISMA hecho -self-description), para que ni un agente que optimiza por `exit 0` ni un humano apurado confundan un -one-shot con un resultado terminado. **Aditivo: `schema="1"` intacto.** +En error conocido: `ok=false`, `data={}`, `error={"code": , "message": }`. Los exit +codes se mapean **por tipo de error** (ADR 0021 §D): `DataError`→2, `ImportError`/`DependencyError`/ +`NotImplementedError`→3, `httpx.HTTPError`→4, `StoreLockedError`/`OSError`→5. `AttributeError` **no** se +mapea (un bug real no se disfraza de "capacidad faltante"); la capacidad-de-source-faltante se convierte +en `DependencyError` con un **pre-check `hasattr` en el comando** (p. ej. `chain` antes del `Forager`). + +**Borde: el error de uso sale SIN envelope.** Ante una opción requerida faltante, una opción desconocida +(p. ej. `--store`) o ningún workspace resoluble, Click aborta el parseo **antes** de entrar al comando: +mensaje de uso en **stderr** + exit 1, **sin** envelope. El envelope solo cubre errores **dentro** de la +ejecución del comando. + +**stdout puro en modo JSON (ENFORCED, #151).** En modo JSON (por `--json` o `B2G_JSON`) stdout emite +**exactamente una línea** (el envelope), también en el camino de error (`ok=false` → envelope en stdout). +El texto humano va a **stderr**. + +**`B2G_JSON` — modo JSON por entorno (#151).** Además de `--json` (post-verbo: `b2g --json`), el +modo JSON se activa con `B2G_JSON` truthy (`1`/`true`/`yes`, case-insensitive) en **todos** los comandos. +Precedencia: `--json` explícito gana; no existe `--no-json`. Recomendación agents-first: `export +B2G_JSON=1` una vez y correr el ciclo sin repetir el flag. Aditivo: envelope/exit codes/FSM no cambian. + +**Apéndice — bloque `maturity` del one-shot (#160, ADR 0037 §f).** Los artefactos del camino **one-shot** +llevan un bloque **aditivo** `data["maturity"]` que **se autodeclara borrador sin pulir** (honestidad por +construcción), para que ni un agente que optimiza por `exit 0` ni un humano apurado confundan un one-shot +con un resultado terminado. **`schema="1"` intacto.** ```json "maturity": {"curated": false, "scope": "all", "saturated": false, "empty_networks": []} ``` -- **Forma estable: SIEMPRE 4 claves** (orden y tipos fijos). El bloque no muta de forma según el caso. +**Forma estable: SIEMPRE 4 claves** (orden y tipos fijos): -| clave | tipo | valores | regla de derivación | -|---|---|---|---| -| `curated` | `bool` | `true`/`false` | `true` si el corpus **completo** (`corpus_full`, **antes** del filtro de `--corpus-scope`) tiene **≥1 paper** con `curation_status` ∈ {`accepted`, `rejected`}. Refleja si hay decisiones de curación aplicadas, **independiente** del scope y del FSM. | -| `scope` | `str` \| `null` | token CLI (`all`/`accepted`/`seeds`…) \| `null` | En `build` reusa `data["scope"]` (el **token CLI** tal como se tipeó, no el vocab interno `seeds_only`). En `snapshot create` y `read top` es `"all"`. `null` si no aplica. | -| `saturated` | `bool` | **`false` constante** | **Siempre `false`** en one-shot: el PO decidió **no sobre-afirmar**. Gancho futuro (documentado en el código): comparar `referenced_refs_count()` entre rondas de `enrich` para detectar convergencia de referencias. | -| `empty_networks` | `list[str]` | lista de `kind` (puede ser `[]`) | **Solo los tokens `kind`** de las redes vacías. `reason`/`fix_command` **NO se duplican** acá — siguen viviendo en `data["empty_networks"]` (lista de dicts `{kind, reason, fix_command}`) de `build`. En `build` se extraen de ahí; en `read top` es `["cocitation"]` si la co-citación quedó vacía; en `snapshot create` es `[]`. | +| clave | tipo | regla de derivación | +|---|---|---| +| `curated` | `bool` | `true` si el corpus **completo** (pre-scope) tiene ≥1 paper con `curation_status` ∈ {`accepted`, `rejected`}. Independiente del scope y del FSM. | +| `scope` | `str` \| `null` | el **token CLI** (`all`/`accepted`/`seeds`, no el vocab interno `seeds_only`). En `snapshot create` y `read top` es `"all"`. | +| `saturated` | `bool` | **`false` constante** en one-shot (no sobre-afirmar; gancho futuro: convergencia de `referenced_refs_count()`). | +| `empty_networks` | `list[str]` | **solo los tokens `kind`** de las redes vacías (`reason`/`fix_command` no se duplican: viven en `data["empty_networks"]`). | -- **Dónde aparece (PRESENTE SIEMPRE):** `build` (incluido el early-return de corpus vacío), - `snapshot create` y `read top`. **AUSENTE** en `read list`, `read stats` y `read show` (lecturas tabulares, - no artefactos one-shot) — no llevan `maturity`. -- **Función pura:** lo calcula `service.maturity.compute_maturity(corpus, *, scope, empty_network_kinds)` - (sin I/O, re-exportada desde `bib2graph.service`), invariante de neutralidad de transporte intacta - (§0). +Aparece **siempre** en `build` (incl. early-return de corpus vacío), `snapshot create` y `read top`; +**ausente** en `read list`/`read stats`/`read show`. Lo calcula la función pura +`service.maturity.compute_maturity(corpus, *, scope, empty_network_kinds)` (§0). -### Avisos de deprecación (AS-BUILT #165, ADR [0038](decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md) P1) +### Avisos de deprecación (ADR [0038](decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md) P1) La consolidación 0.10.0 retira solapamientos **sin romper de una**: los nombres viejos siguen funcionando durante 0.10.x con un **aviso de deprecación**, y **se eliminan en 0.11.0** (criterio por @@ -924,20 +339,13 @@ AVISO: '' está deprecado y se eliminará en 0.11.0; usá ''. --- -## 0. Capa de servicios `service/` — contrato neutral compartido (AS-BUILT G1, ADR 0028) - -> **AS-BUILT del Hito G1 del MVP GUI (2026-06-18, ADR -> [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md)).** Documenta una decisión **ya -> tomada y firmada** (ADR 0028 Aceptada, PO 2026-06-18): el contrato del envelope/errores **sube** de -> `cli/` a una capa neutral. **El contrato externo del CLI no cambia** (envelope `schema="1"`, exit -> codes 0–5, ADR 0021) — por eso este movimiento **no requiere un ADR nuevo**. +## 0. Capa de servicios `service/` — contrato neutral compartido (ADR 0028) -`src/bib2graph/service/` es la **capa de servicios neutral** de la que CLI (y, como TARGET, la API) -son adaptadores delgados (ADR 0028, inversión de dependencia ports & adapters). G1 sube **EL CONTRATO** -que antes vivía en `cli/_envelope.py`/`cli/_errors.py`. Las **lecturas read-only de la SPA** -(`get_scent`/`get_network`/`compare_rounds`/…) **se construyeron en G2** (`service/reads.py`, AS-BUILT -2026-06-18 — ver §0.1). La migración de la **orquestación** (`run_`) a `service/` **sigue siendo -TARGET** (no construida en G1/G2). +`src/bib2graph/service/` es la **capa de servicios neutral** de la que el CLI es un adaptador delgado +(ADR [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md), inversión de dependencia ports & +adapters). Aloja **el contrato** (envelope versionado + jerarquía de errores + mapeo error→código) y +las **lecturas read-only del corpus** (`service/reads.py`, §0.1, que consume el grupo CLI `read`). El +contrato externo del CLI (envelope `schema="1"`, exit codes 0–5, ADR 0021) **no cambia**. **Invariante de neutralidad de transporte (estricta).** `service/` es **agnóstica de transporte**: **sin `print`, `sin sys.exit`, sin Click, sin FastAPI**. Es el límite que mantiene el contrato @@ -1002,37 +410,23 @@ hacen `from bib2graph.service... import ...` y re-exportan los **mismos objetos* existentes del CLI y los tests (`from bib2graph.cli._envelope import build_envelope`, `from bib2graph.cli._errors import B2GError, DataError, …`) siguen funcionando sin cambios. El decorador `handle_errors` (CLI) conserva su propia escalera `try/except` por tipo de error + el -`sys.exit` y la emisión del envelope de error; `code_for` es el mapeo puro disponible para los -adaptadores (incluida la API TARGET, que lo traducirá a HTTP status, ADR 0028 §7). El mapeo de -`code_for` y el de `handle_errors` describen la **misma política** (ADR 0021 §D). - -### 0.1 Lecturas de servicio `service/reads.py` — lecturas read-only del corpus (AS-BUILT G2, ADR 0028) - -> **NOTA (2026-06-28) — `service/reads.py` SE CONSERVA tras retirar la GUI** (ADR -> [0040](decisiones/0040-retiro-gui-local.md), [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190)). -> Aunque nació en el G2 "para la SPA", **el grupo CLI `read` la usa** (`list_papers`/`corpus_stats`/ -> `get_paper`/`get_top`, #156/#157), así que **no se borra**. Lo que se retiró es su consumidor HTTP (la -> API `api/`). Las funciones que **solo** consumía la API —`get_workspace`/`list_rounds`/`get_scent`/ -> `get_network`/`compare_rounds`— quedan como **código inerte**; su poda es opcional y se difiere a la -> limpieza profunda ([#191](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/191)). - -> **AS-BUILT del Hito G2 del MVP GUI (2026-06-18, ADR -> [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md)).** Documenta una decisión **ya tomada**: -> G2 expone en `service/` las lecturas read-only que la SPA necesita y que el CLI **nunca tuvo como -> subcomando** (scent, red por kind, rondas, diff de rondas, paper por id). **El contrato externo del CLI -> no cambia** (`tests/unit/test_cli.py` intacto) — por eso este movimiento **no requiere un ADR nuevo**. -> Forma del encuadre y bifurcaciones resueltas: [`ROADMAP/05-gui.md`](ROADMAP/05-gui.md) §G2. - -`src/bib2graph/service/reads.py` expone las **6 funciones de lectura de la SPA (G2)** más las que -absorbió el **grupo CLI `read`** (#156/#157: `list_papers`, `corpus_stats`, `get_top` — §Grupo -`read`); todas re-exportadas desde `bib2graph.service.__init__`. Cada una recibe un **`Workspace` ya -resuelto** (la resolución ambiente -vive en el adaptador CLI, ADR 0029), abre el store **read-only**, y devuelve un `dict`/`list[dict]` -**serializable** o lanza un `B2GError` tipado. **Sin red, sin mutación, sin transición de ciclo**; -determinismo R2 (mismo corpus → misma lectura). Decisiones de producto resueltas (bifurcaciones -B-G2-1/2/3): **ronda = snapshot sellado** (no el contador `loop_round`), `get_scent` = **score de -acoplamiento real + vecinos** (no 4 paneles cosméticos del mock), `get_network` = **red de la ronda -viva recomputada** (cache `networks/` por snapshot diferida a G3). +`sys.exit` y la emisión del envelope de error; `code_for` es el mapeo puro disponible para cualquier +adaptador. El mapeo de `code_for` y el de `handle_errors` describen la **misma política** (ADR 0021 §D). + +### 0.1 Lecturas de servicio `service/reads.py` — lecturas read-only del corpus + +`src/bib2graph/service/reads.py` expone las **lecturas read-only del corpus** que consume el **grupo +CLI `read`** (`list_papers`, `corpus_stats`, `get_paper`, `get_top` — §Grupo `read`), re-exportadas +desde `bib2graph.service.__init__`. Cada una recibe un **`Workspace` ya resuelto** (la resolución +ambiente vive en el adaptador CLI, ADR 0029), abre el store **read-only**, y devuelve un +`dict`/`list[dict]` **serializable** o lanza un `B2GError` tipado. **Sin red, sin mutación, sin +transición de ciclo**; determinismo R2 (mismo corpus → misma lectura). + +El módulo conserva además funciones de lectura más ricas (`get_workspace`, `list_rounds`, `get_scent`, +`get_network`, `compare_rounds`) que hoy ningún comando consume (su poda opcional es trabajo de +limpieza, [#191](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/191)). Decisiones de modelado: +**ronda = snapshot sellado** (no el contador `loop_round`), `get_scent` = **score de acoplamiento real ++ vecinos**, `get_network` = **red de la ronda viva recomputada**. ```python def get_workspace(ws: Workspace) -> dict[str, Any]: @@ -1056,10 +450,8 @@ def get_paper(ws: Workspace, ident: str) -> dict[str, Any]: authors_raw, authors_id, keywords_id, references_id, cited_by_id, provenance (list, parseada del JSON)}. Raises DataError si `ident` no matchea ningún id/doi/source_id; - StoreError si el store falla. - NOTA: el parámetro se renombró `paper_id`→`ident` (#156); el caller - `api/routers/reads.py` lo pasa posicional (sin ruptura). `read show --id` - delega en esta lectura (§Convenciones CLI · grupo `read`).""" + StoreError si el store falla. `read show --id` delega en esta lectura + (§Convenciones CLI · grupo `read`).""" def get_scent(ws: Workspace, paper_id: str) -> dict[str, Any]: """Score de acoplamiento bibliográfico real + vecinos compartidos (B-G2-2). Devuelve: @@ -1090,7 +482,7 @@ def compare_rounds(ws: Workspace, round_a: str, round_b: str) -> dict[str, Any]: Raises DataError si un snapshot no existe o no tiene corpus.parquet; StoreError si el store falla.""" -# --- Lecturas absorbidas por el grupo CLI `read` (#156/#157; ver §Grupo `read`) --- +# --- Lecturas detrás del grupo CLI `read` (#156/#157; ver §Grupo `read`) --- def list_papers(ws: Workspace, *, query=None, status=None, is_seed=None, year=None) -> dict[str, Any]: """Lista mínima del corpus con filtros AND (todos opcionales). Devuelve: @@ -1119,127 +511,12 @@ def get_top(ws: Workspace, *, n=10, kind="bibliographic_coupling") -> dict[str, falla genuinamente; StoreError si el store falla. (Detrás de `read top`.)""" ``` -**Nota de fidelidad al núcleo.** Los campos del mock `app/src/` que el núcleo no sostiene **no se -inventaron**: `get_paper` expone `authors_raw`/`authors_id` (no objetos autor con ORCID), `get_scent` -no emite los 4 paneles cosméticos, `get_network` no entrega `modularity` ni un id de red persistido, y -`compare_rounds` deja `mutated_hubs=[]` mientras no haya redes por snapshot. El encuadre campo-por-campo -y los "mock-no-sostenido" están en [`ROADMAP/05-gui.md`](ROADMAP/05-gui.md) §G2. - -### 0.2 API local `api/` — la frontera HTTP de la SPA (AS-BUILT G3, ADR 0028) - -> ⛔ **RETIRADA (2026-06-28) — la API local `api/` se eliminó** (ADR -> [0040](decisiones/0040-retiro-gui-local.md), [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190); -> supersede 0027/0028). Ya **no existen** `src/bib2graph/api/`, `b2g gui` ni el extra `[gui]`. **Todo lo -> de abajo es HISTORIA** del AS-BUILT G3, no el estado actual. La capa neutral `service/` (§0/§0.1) se -> conserva; lo retirado es este adaptador HTTP. Limpieza profunda: [#191](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/191). - -> **AS-BUILT del Hito G3 del MVP GUI (2026-06-18, ADR -> [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md)).** Documenta una decisión **ya -> tomada**: la API local es un **adaptador de transporte** sobre `service/` (§0/§0.1). **El contrato -> externo del CLI no cambia** (`tests/unit/test_cli.py` intacto; envelope `schema="1"`, exit codes 0–5, -> ADR 0021) — por eso este movimiento **no requiere un ADR nuevo**. Encuadre y bifurcaciones resueltas: -> [`ROADMAP/05-gui.md`](ROADMAP/05-gui.md) §G3. - -`src/bib2graph/api/` es la **API local FastAPI**: un adaptador **delgado** sobre la capa de servicios -neutral (§0). **No reimplementa lógica ni contrato** —reusa `service.build_envelope` y `service.code_for`— -y **no importa de `cli/`**; ambos frontends cuelgan de `service/`. El **núcleo no importa `fastapi`**: -todo `fastapi`/`uvicorn` se importa **perezosamente** dentro de `create_app`/`run_gui`, y vienen en el -extra **`[gui]`** = `fastapi` + `uvicorn` (§7 de [`ARCHITECTURE.md`](ARCHITECTURE.md)). - -**Fábrica de la app.** `create_app(ws, *, token, cors_origins=None) -> FastAPI` (`api/app.py`, re-export -en `api/__init__.py`) monta los routers, el CORS (default `http://localhost:5173` + -`http://127.0.0.1:5173`, el Vite dev-server de G4), la seguridad y dos *exception handlers* globales -(`B2GError` y `Exception`). El `Workspace` se inyecta una sola vez (**singleton por proceso**, no se -resuelve por request — la resolución ambiente vive en el adaptador CLI `b2g gui`). - -**Endpoints (7).** Cada lectura llama a la función homónima de `service/reads.py` (§0.1) y la escritura a -`service/curate.py`; el resultado se envuelve con `build_ok_response` (envelope `ok=true`, HTTP 200). -Las lecturas que devuelven lista se envuelven en un dict con clave semántica (`rounds`) para respetar la -firma `build_envelope(data: dict)`. - -| Método | Ruta | Servicio (`service/`) | Forma de `data` | -|---|---|---|---| -| GET | `/api/workspace` | `reads.get_workspace(ws)` | dict de estado del workspace (§0.1) | -| GET | `/api/rounds` | `reads.list_rounds(ws)` | `{"rounds": [...]}` (snapshots + entrada `live`) | -| GET | `/api/paper/{id}` | `reads.get_paper(ws, id)` | fila del corpus (§0.1; `id` resuelve id\|doi\|source_id, ADR 0036) | -| GET | `/api/paper/{id}/scent` | `reads.get_scent(ws, id)` | score de acoplamiento + vecinos (§0.1) | -| GET | `/api/network/{kind}` | `reads.get_network(ws, kind)` | `{nodes, edges, metrics}` (§0.1) | -| GET | `/api/compare?a=&b=` | `reads.compare_rounds(ws, a, b)` | diff de rondas (§0.1) | -| POST | `/api/paper/{id}/curate` | `curate.curate_paper(ws.library_path, id, decision=…)` | `{accepted_count\|rejected_count, ids}` | - -El body del POST es `{"decision": "accepted"|"rejected"}` (modelo Pydantic `CurateRequest`); otra -`decision` → `DataError` (422). El endpoint de curación toma el **`WriteLock` global serializado** (una -escritura a la vez, ADR 0028 §6 / ADR 0019) e **inyecta `decided_at` en la frontera API** (`datetime.now(UTC)`; -R2/ADR 0017) — el servicio nunca llama `datetime.now()`. La curación de un paper **es una mutación -puntual** y por eso toma `ws.library_path` (la ruta al `.duckdb`), no el workspace completo. - -**Autenticación — Bearer token efímero** (`api/security.py`, Nota 12 C.3). El token se genera en el -arranque de `b2g gui` con `secrets.token_urlsafe(32)` y se inyecta en `create_app`. Cada endpoint -depende de `require_token` (`api/deps.py`), que lee `Authorization: Bearer ` (esquema -`HTTPBearer(auto_error=False)`) y, si **falta o es inválido**, lanza `HTTPException(status_code=401)`. La -verificación usa `secrets.compare_digest` (tiempo constante). El **401 de auth es del adaptador HTTP**, -no del contrato de exit codes 0–5 (la auth no existe en el CLI). - -**Mapeo código→HTTP** (`api/envelopes.py`, ADR 0028 §7). Los *exception handlers* convierten la -excepción en `JSONResponse` con el envelope `schema="1"` íntegro en el body (la SPA lee `error.code`, no -depende del status); el status sale de `code_for(exc)` (la misma política pura de §0) traducido así: - -| Exit code (contrato) | Error | HTTP | -|---|---|---| -| 0 | éxito | **200** | -| 1 | `UsageError` | **400** | -| 2 | `DataError` | **422** | -| 3 | `DependencyError` | **501** | -| 4 | `NetworkError` | **502** | -| 5 | `StoreError` (bloqueado/corrupto) | **409** | -| — | excepción **inesperada** (no mapeada por `code_for`) | **500** (`error.code = "INTERNAL_ERROR"`) | - -El **500** es deliberadamente distinto del 409: una excepción no mapeada es un **bug interno**, no un -conflicto de store; devolver 409 sugeriría a la SPA reintentar (`code_for` lanza `TypeError` ante una -excepción no mapeada y el handler la convierte en 500). El **401 de auth** corta **antes** de llegar a -este mapeo (es la dependencia `require_token`). - -**Operaciones largas (v1, ADR 0028 §6).** Ejecución **síncrona** + lock global serializado; jobs -async/SSE de progreso **diferidos** (no en v1; el `5`→409 es el caso "store ocupado", el **retry -cross-process queda diferido** — B-G3-3). - -**Migración de la orquestación de curación a `service/`.** Con G3, `service/curate.py` **sube desde -`cli/`** la orquestación de `accept`/`reject`: expone `accept_papers(store_path, ids, *, by, decided_at)`, -`reject_papers(...)` (gemelas) y `curate_paper(store_path, paper_id, *, decision, by, decided_at)` (wrapper -de un solo paper que valida `decision ∈ {accepted, rejected}`). Todas verifican que los ids existan -(`DataError` si faltan), abren el store con `_open_writable` (`StoreLockedError`/`OSError` → `StoreError`) -e **inyectan `decided_at`** desde la frontera. **`run_accept`/`run_reject` (CLI) quedan como shims que -delegan**, con su firma intacta (`by="cli"`, `decided_at` inyectado), así que `test_cli.py` no cambia. - -**Extensión #155 (grupo `curate` noun-verb).** `service/curate.py` consolida la **fuente única** de -toda la curación (CLI y FastAPI): suma **`run_curate_dump`** (= `curate dump`), **`run_curate_from_csv`** -(= `curate apply`) y **`filter_corpus(store_path, *, year_gte, year_lte, language, type_in, -min_citations, decided_at)`** (= `curate filter` y el verbo suelto `filter`) a las ya existentes -`accept_papers`/`reject_papers`/`curate_paper`. `filter_corpus` recibe el **reloj `decided_at` -inyectado** por ambos callers (subcomando y verbo suelto) → neutralidad de servicio restaurada -(ADR [0017](decisiones/0017-reproducibilidad-historia-snapshot.md): el reloj entra por la frontera, -no por el servicio). Las funciones de comando del CLI quedan como **shims que delegan**. - -**Subcomando `b2g gui`.** Ver [`ARCHITECTURE.md`](ARCHITECTURE.md) §6.3 y §convenciones CLI (19° -subcomando): levanta `uvicorn.run` sobre `create_app`, sirve la SPA buildeada de `gui/static/` **si -existe**, imprime URL + token, bind `127.0.0.1` (default puerto 8765). Falta del extra `[gui]` → -`DependencyError` (exit 3, mensaje accionable `uv sync --extra gui`). - -**Wiring del token (AS-BUILT G4, B-G4-3).** La SPA necesita el token Bearer para autenticarse, así que -`b2g gui` **no lo entrega solo por stdout**: cuando el frontend está buildeado (`gui/static/index.html` -existe), monta una ruta **`GET /`** (`serve_index`) que lee ese `index.html` y reemplaza el placeholder -**`__B2G_TOKEN__`** con el token efímero (`cli/commands/gui.py::_make_index_response` → -`HTMLResponse`); **`GET /` no exige Bearer** (es el bootstrap del HTML, no un endpoint de datos). Los -**assets** (JS/CSS/fuentes) los sirve `StaticFiles(directory=gui/static, html=False)` montado en `/` -**sin** modificación. El frontend lee el token de **`window.__B2G_TOKEN__`** (inyectado en el HTML) y lo -manda en `Authorization: Bearer ` a los 7 endpoints. Si el frontend **no** está buildeado, `b2g -gui` avisa por stderr y deja **solo la API** disponible. *(Reemplaza el plan del encuadre G4 §5, que -preveía `StaticFiles(..., html=True)`: el AS-BUILT usa `html=False` + ruta `GET /` propia para poder -inyectar el token.)* - ---- +**Nota de fidelidad al núcleo.** Las lecturas no inventan campos que el núcleo no sostiene: +`get_paper` expone `authors_raw`/`authors_id` (no objetos autor con ORCID), `get_network` no entrega +`modularity` ni un id de red persistido, y `compare_rounds` deja `mutated_hubs=[]` mientras no haya +redes por snapshot. -## 1. Modelo de dominio — `Corpus` (núcleo, v1) +## 1. Modelo de dominio — `Corpus` Wrapper sobre un **`TabularBackend`** (Protocol) cuyo contenido es una **tabla Arrow** (`pa.Table`) con schema fijo por paper, validada con **Pydantic v2** (ADR 0006). El `Corpus` **delega las @@ -1258,14 +535,6 @@ D1/D2/D3) son **contrato que cada backend cumple** (InMemory en Python, DuckDB e `corpus.to_arrow()` es el puente estable a los proyectores/analizadores puros (§7–§8): **solo cambia el contenedor, no el núcleo de análisis**. -> **Nota de construcción:** el rework del **Hito 1.5 está hecho** (ver [`ROADMAP.md`](ROADMAP/README.md), -> "Hito 1.5"). El `Corpus` ya **delega en `self._backend: TabularBackend`** (no guarda `self._table`); -> el `InMemoryBackend` (núcleo puro, semántica de valor) está implementado en -> `src/bib2graph/backends/`. El `DuckDBBackend` (costura por defecto) **también está construido** -> (Hito 3, `src/bib2graph/backends/duckdb.py`). El núcleo **no importa `duckdb`**: `DuckDBBackend` y -> `DuckDBStore` se exponen por **carga perezosa** (PEP 562, `__getattr__`) — `import bib2graph` no -> arrastra duckdb. - **Símbolos públicos del Hito 1/1.5** (`from bib2graph import ...`): `Corpus`, `Manifest`, `CorpusSnapshot`, `SchemaError` (la excepción de contrato que lanzan `Corpus.from_arrow()` y `add_paper()` al violarse el schema canónico), y —del rework del Hito 1.5— `TabularBackend` @@ -1299,31 +568,12 @@ cambia el contenedor, no el núcleo de análisis**. El schema exacto vive en `bib2graph.schemas`. La validación se hace en `Corpus.from_arrow()` y en cada `Source.seed()/load()`. -> **Tabla lateral `external_ids(paper_id, engine, id)` (ADR -> [0036](decisiones/0036-identidad-source-id-agnostica-doi-ancla.md), opción C — INFRA PRESENTE, SIN -> POBLAR):** el backend expone los métodos `external_ids_for(paper_id)` y `all_external_ids()` -> (`src/bib2graph/backends/base.py`) para registrar, 1↔N, los IDs que cada motor (OpenAlex, Semantic -> Scholar, …) asignó al mismo paper, unificados por el DOI como ancla. **Hoy esta tabla NO se puebla -> todavía**: su consumo —el cruce/deduplicación **cross-motor**— está diferido a la llegada del 2º -> motor (follow-up [#120](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/120)). La identidad y la -> dedup actuales se resuelven solo por el `id` canónico (DOI primero; ver §1.1 *Identidad*). - -> **TARGET (capa base, ADR [0023](decisiones/0023-capa-constants-modelos-schema.md), Hito R1):** los -> nombres de columna salen de `bib2graph.constants.Col(StrEnum)` y `curation_status` de -> `CurationStatus(StrEnum)` (fuente única; matan los string-literals dispersos). `PaperRow` (Pydantic) -> es la **única** definición de fila y `CORPUS_SCHEMA` (Arrow) se **deriva/verifica** de ella (no -> duplicada a mano). El evento de `provenance` es un **`ProvenanceEvent(BaseModel)`** con parseo que -> **falla ruidoso** ante JSON corrupto. Se **mantiene** "`Paper`/`Author`/… = vistas derivadas, no -> tipos". -> -> **AS-BUILT (identidad vs procedencia, ADR [0017](decisiones/0017-reproducibilidad-historia-snapshot.md) -> enmendado, Hito R2 ✅ 2026-06-16):** el `corpus_hash` (D2) se computa **solo sobre contenido -> bibliográfico**, **excluyendo** `provenance`/timestamps (la procedencia audita, no identifica; -> `curation_status` **sí** entra, es contenido curado). Por eso dos corridas que aceptan los mismos -> ids dan el **mismo** hash. `accept`/`reject` (y los filtros `apply_filter`/`apply_filters`) **reciben -> el instante** (`decided_at`) inyectado desde la frontera CLI; el núcleo usa `datetime.now(UTC)` solo -> como **fallback de librería** cuando no se inyecta `decided_at` (fuera de la identidad, no rompe la -> reproducibilidad). *(El §1.2 abajo conserva la nota histórica del AS-BUILT v0.2 roto.)* +> **Tabla lateral `external_ids(paper_id, engine, id)`** (ADR +> [0036](decisiones/0036-identidad-source-id-agnostica-doi-ancla.md), opción C — **infra presente, sin +> poblar**): el backend expone `external_ids_for(paper_id)`/`all_external_ids()` para registrar 1↔N los +> IDs que cada motor asignó al mismo paper (unificados por DOI). Su consumo (cruce cross-motor) está +> diferido a la llegada del 2º motor (#120); hoy la identidad/dedup se resuelven solo por el `id` +> canónico (DOI primero). **`provenance` es un log append-only** (ADR [0013](decisiones/0013-identidad-hash-merge-corpus.md), D4), no un objeto único: la columna `string` guarda un JSON que es una **lista de eventos**. Cada @@ -1422,30 +672,24 @@ class Corpus: Robusta ante cualquier `PYTHONHASHSEED`. Ver ADR 0013.""" ``` -**Notas de contrato** (Hito 1, ADR [0013](decisiones/0013-identidad-hash-merge-corpus.md)): +**Notas de contrato** (ADR [0013](decisiones/0013-identidad-hash-merge-corpus.md)): -- **`__eq__` es por `corpus_hash`, no por `pa.Table.equals`:** dos `Corpus` con el mismo contenido - en distinto orden de filas (o de elementos de listas) son iguales. El `corpus_hash` hashea solo - el contenido de la tabla, nunca campos volátiles del Manifest (D2). **AS-BUILT (Hito R2, ADR 0017 - enmendado, ✅ 2026-06-16):** el hash **excluye `provenance`/timestamps** (identidad = contenido - bibliográfico; la procedencia audita, no identifica) pero **incluye `curation_status`** (contenido - curado). *(Histórico v0.2 roto: incluía `provenance` con timestamps → rompía la reproducibilidad - bit a bit; R2 lo corrigió.)* Ver la nota AS-BUILT de §1.1. +- **`__eq__` es por `corpus_hash`, no por `pa.Table.equals`:** dos `Corpus` con el mismo contenido en + distinto orden de filas (o de listas) son iguales. El `corpus_hash` **excluye `provenance`/timestamps** + (identidad = contenido bibliográfico; la procedencia audita, no identifica) pero **incluye + `curation_status`** (contenido curado), nunca campos volátiles del Manifest (D2). - **`merge` emite filas en orden determinista** (primera aparición): habilita diffs y snapshots reproducibles. Es idempotente: `c.merge(c) == c`. -**Backend y estado del lazo** (2º giro, ADR [0015](decisiones/0015-corpus-tabular-backend.md) / +**Backend y estado del lazo** (ADR [0015](decisiones/0015-corpus-tabular-backend.md) / [0016](decisiones/0016-maquina-estados-lazo.md)): -- **Las mutaciones se delegan al `TabularBackend`.** D1/D2/D3 son contrato que cada backend - cumple: `InMemoryBackend` en Python, `DuckDBBackend` por SQL `UPDATE`/`MERGE` por `id`. El - `corpus_hash` (D2) se computa siempre sobre `to_arrow()`, nunca sobre detalles del backend. -- **El `LoopState`** (`SEEDED → FORAGED → FILTERED → BUILT`, transiciones permisivas) vive en el - **backend persistente** (`DuckDBBackend`), **no** en el `Corpus` efímero. **Una investigación = - un archivo `.duckdb`**. El `LoopState` y su persistencia **están construidos** (Hito 3: enum - `StrEnum` + tabla `loop_state_log` append-only; estado actual = última fila); se exponen vía - `DuckDBBackend.loop_state()`/`set_loop_state()` (ver §4). El comando `b2g status` que lo presenta - llega en el Hito 6. +- **Las mutaciones se delegan al `TabularBackend`.** D1/D2/D3 son contrato que cada backend cumple + (InMemory en Python, DuckDB por SQL). El `corpus_hash` (D2) se computa siempre sobre `to_arrow()`. +- **El `CycleState`** (`SEEDED → FORAGED → FILTERED → BUILT → MONITORED`, transiciones permisivas) vive + en el **backend persistente** (`DuckDBBackend`), no en el `Corpus` efímero (tabla `loop_state_log` + append-only; estado actual = última fila), expuesto vía `loop_state()`/`set_loop_state()` (§4) y + `b2g status`. ### 1.3 `Manifest` y `CorpusSnapshot` @@ -1475,22 +719,17 @@ class CorpusSnapshot: def corpus(self) -> Corpus: ... ``` -**Notas de contrato** (Hito 1, ADR [0013](decisiones/0013-identidad-hash-merge-corpus.md); D5/D6): +**Notas de contrato** (ADR [0013](decisiones/0013-identidad-hash-merge-corpus.md); D5/D6): -- **`corpus_hash` se calcula al sellar.** El Manifest del `Corpus` en memoria lleva - `corpus_hash=""` (placeholder); el hash real (D2) se computa en `snapshot()` y vive en el - `CorpusSnapshot.manifest`. No tratar el hash del Manifest en memoria como autoritativo. -- **Obligatorios vs default** (D5): `schema_version`, `corpus_hash`, `lib_version`, `created_at` - no tienen default; el resto sí (`equations=[]`, `chaining=None`, `preprocessors=[]`, - `filters=[]`, `enrichers=[]`, `openalex_version=None`). -- **R5 — `lib_version` desconocida = `"unknown"`** (cambio de comportamiento): si - `importlib.metadata` no resuelve la versión instalada de `bib2graph`, el fallback es **`"unknown"`**, - no `"0.0.0"`. Una versión inventada entraba al `Manifest` y mentía sobre la reproducibilidad; `"unknown"` - es honesto. -- **`schema_version`** (D6): en Hito 1 solo se escribe y se round-tripea (sin lógica de rechazo - por incompatibilidad; queda para un hito posterior con migraciones sobre el store vivo). +- **`corpus_hash` se calcula al sellar:** el Manifest en memoria lleva `corpus_hash=""` (placeholder); + el hash real (D2) se computa en `snapshot()` y vive en `CorpusSnapshot.manifest`. +- **Obligatorios** (D5): `schema_version`, `corpus_hash`, `lib_version`, `created_at`; el resto con + default. Si `importlib.metadata` no resuelve la versión instalada, `lib_version = "unknown"` (no + `"0.0.0"` inventado — honesto sobre la reproducibilidad). +- **`schema_version`** (D6): se escribe y round-tripea; el rechazo por incompatibilidad + migraciones + sobre el store vivo es futuro. -### 1.4 `TabularBackend` (Protocol) e `InMemoryBackend` (núcleo, v1) +### 1.4 `TabularBackend` (Protocol) e `InMemoryBackend` El **contenedor** del `Corpus` es un `TabularBackend` (Protocol `@runtime_checkable`); el `Corpus` **delega** en él (ADR [0015](decisiones/0015-corpus-tabular-backend.md)). El núcleo depende **solo @@ -1532,14 +771,6 @@ class TabularBackend(Protocol): def referenced_refs(self) -> pa.Table: ... # los IDs observados (ref_id, cycle_round, observed_at) ``` -> **AS-BUILT #54 (2026-06-17) — `referenced_but_not_fetched`.** El backward chaining (§5) dejó de -> crear filas-fantasma `[candidate:W...]` en el `corpus`. Sus IDs observados se registran en esta -> tabla append-only (hermana de `loop_state_log`), implementada por `DuckDBBackend` (DDL + migración -> liviana + copia en snapshot/`_clone`) e `InMemoryBackend`. **No entra al `corpus_hash`** (tabla -> aparte, no columna del corpus → no toca el schema de [ADR 0013](decisiones/0013-identidad-hash-merge-corpus.md); -> coherente con [ADR 0017](decisiones/0017-reproducibilidad-historia-snapshot.md): es estado, no -> contenido). Materializar un observado a fila real vía `fetch_works_by_ids` (#55) está diferido a #71. - | Implementación | Estado | Notas | |----------------|--------|-------| | `InMemoryBackend` | **v1** | **Núcleo puro, sin I/O.** *Working set* efímero y backend de los tests (el núcleo se testea sin DuckDB). Semántica de valor; hereda la lógica del Hito 1 (mutación en Python sobre listas de dicts, table-rebuild). No persiste. | @@ -1608,8 +839,8 @@ class EquationSpec(BaseModel): exclude: list[str] = [] # #30 — AND NOT "…" DENTRO de la search:((query) AND NOT "…") max_results: int | None = None # #14 — tope (None → default del source, 200) native: bool = False # passthrough crudo a OpenAlex (sin traducción) - min_year: int | None = None # DECLARADO, AÚN NO FILTRA (ver nota) - max_year: int | None = None # DECLARADO, AÚN NO FILTRA (ver nota) + min_year: int | None = None # filtra: from_publication_date contra OpenAlex + max_year: int | None = None # filtra: to_publication_date contra OpenAlex def load_equation_spec(path: str | Path) -> EquationSpec: """Carga/valida la EquationSpec desde un YAML (clave raíz `equation:`). @@ -1618,112 +849,59 @@ def load_equation_spec(path: str | Path) -> EquationSpec: citando archivo + campo. Importación perezosa de PyYAML.""" ``` -> **`min_year`/`max_year`: filtran de verdad (Ciclo 10, 2026-06-17).** En el corte 9a estos campos -> estaban en `EquationSpec` pero `OpenAlexSource.seed` no los aplicaba; el **Ciclo 10 los conectó**: -> `_translate`/`seed` agregan `from_publication_date:-01-01` y/o -> `to_publication_date:-12-31` al `filter` de OpenAlex (sintaxis idiomática de rango, -> concatenada con coma) y lo reportan en el `translation_report`. Expuestos además como flags -> **`--min-year`/`--max-year`** en `b2g seed --equation` (paridad 1:1 con el YAML); en `--native` no -> se aplican. Todos los campos (`query`/`exclude`/`max_results`/`native`/`min_year`/`max_year`) mapean -> 1:1 al `run_seed`: la capa declarativa empaqueta los flags ya soportados. - | Implementación | Estado | Notas | |----------------|--------|-------| -| `OpenAlexSource` | **v1 (construido, Hito 4)** | **Referencia/backbone**, sobre `httpx`. Entrega mínimo + enriquecimiento: refs inline + afiliaciones per-autor + instituciones; `cited_by_id` queda **diferido** al chaining/`Enricher` (no se trae en el seed). Traducción **passthrough** —envuelve la ecuación en `title_and_abstract.search:(...)` y **reporta** los límites WoS (NEAR/comodín/tags) sin traducirlos; el traductor WoS→OpenAlex es v0.2. Flag `native=True` (query cruda). **Negaciones (`exclude`, #30):** `seed(..., exclude=[...])` y `_translate(exclude=...)` inyectan cada `AND NOT ""` **DENTRO** de la única expresión `title_and_abstract.search:((query) AND NOT "")` (el campo **no se repite**; el filtro de año queda como predicado separado por coma **fuera** de la expresión `search`) y lo **reportan en el `translation_report`** (query visible); comillas internas saneadas; **ignorado con `native=True`**. *(Sintaxis **validada contra OpenAlex real** vía test `@pytest.mark.network`, 2026-06-17: la forma vieja con el campo repetido devolvía 0 resultados.)* Credenciales inyectadas (arg → `OPENALEX_API_KEY` → `~/.openalex/credentials` → polite pool; ADR 0012). Cursor paging con tope `max_results` (param de `__init__`, default 200; **`b2g seed --max-results INT`** lo propaga para exploración con muestras chicas, Nota 09 B1). Puebla `Manifest.openalex_version` (header o fecha del fetch; ADR 0017). `transport` inyectable (tests con `MockTransport`, sin red en CI). | -| `BibtexSource` | **v1, secundaria (construido, Hito 4)** | Sembrar desde *pearls* vía `load()`. Extra **`[bibtex]`** (import perezoso de `bibtexparser`, ADR 0005); acceso defensivo (fix del bug T1: campos faltantes sin `KeyError`). Mínimo universal. `seed()` lanza `NotImplementedError` (BibTeX no siembra por ecuación). **R5:** un `.bib` con error de parseo grave → `ValueError` accionable (antes lo tragaba en silencio); un `.bib` sin entradas válidas / con entradas omitidas por falta de título → `UserWarning` (no no-op silencioso). Carga bulk con `from_arrow`. | +| `OpenAlexSource` | **v1** | **Referencia/backbone**, sobre `httpx`. Entrega mínimo + enriquecimiento (refs inline + afiliaciones per-autor + instituciones; `cited_by_id` lo puebla el chaining/Enricher, no el seed). Traducción **passthrough**: envuelve la ecuación en `title_and_abstract.search:(...)` y **reporta** los límites WoS (NEAR/comodín/tags) sin traducirlos. Flag `native=True` (query cruda). **Negaciones (`exclude`):** cada `AND NOT ""` se inyecta **dentro** de la única expresión `search:((query) AND NOT "")` (campo no repetido; el filtro de año queda como predicado separado por coma, fuera del `search`) y se reporta en el `translation_report`; ignorado con `native`. Credenciales inyectadas (arg → `OPENALEX_API_KEY` → `~/.openalex/credentials` → polite pool; ADR 0012). Cursor paging con tope `max_results` (default 200). Puebla `Manifest.openalex_version` (ADR 0017). `transport` inyectable (tests sin red). | +| `BibtexSource` | **v1, secundaria** | Sembrar desde *pearls* vía `load()`. Extra **`[bibtex]`** (import perezoso de `bibtexparser`); acceso defensivo (campos faltantes sin `KeyError`). Mínimo universal. `seed()` lanza `NotImplementedError`. `.bib` con error grave → `ValueError`; sin entradas válidas → `UserWarning` (no no-op silencioso). Carga bulk con `from_arrow`. | | `ScieloSource` / `RedalycSource` / `LaReferenciaSource` | futuro | Fuentes regionales, mínimo universal. Declaradas, no implementadas (ADR 0018). | | `RisSource` / `CsvSource` | futuro | No implementados. | -> **AS-BUILT #78 (2026-06-17) — el forward materializa metadata REAL (ADR -> [0020](decisiones/0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md) §AS-BUILT #78).** Se agrega -> `OpenAlexSource.fetch_citing_batch_with_works` (abajo): el forward chaining (§5) deja de persistir -> placeholders `[candidate:W...]` y materializa filas reales conservando la metadata que -> `fetch_citing_batch` ya traía y descartaba (**cero red extra**). `fetch_citing_batch` queda intacto -> (thin wrapper). Gate verde, 645 tests. - -**Capacidades de `OpenAlexSource` fuera del Protocol `Source`** (específicas del backbone, no -contrato universal; las consumen el `Forager` y el `Enricher`): - -- **`fetch_citing(openalex_id) -> list[dict]`** (singular, Forager forward chaining): `GET - works?filter=cites:`, con retry/backoff ante 429/5xx (R5). No cambió en el Hito 8. -- **`fetch_citing_batch(ids, *, max_per_paper, since: date | None = None) -> dict[seed_id, list[citer_id]]`** (Hito 8b, ADR - [0025](decisiones/0025-enricher-cocitacion-openalex.md)): trae los citantes de un conjunto de - semillas **batcheando por OR** (`cites:W1|W2|...`, lotes ≤50), pagina por cursor y **atribuye - página a página** (cruza `referenced_works` del citante con el set objetivo, por short-id). **`since` - (#158, forrajeo incremental):** filtra los citantes a los publicados desde esa fecha agregando - `,from_publication_date:` al `filter` de OpenAlex (lo usa `chain --since`). Con - **presupuesto por semilla**: corta la paginación cuando **todas** las semillas del lote alcanzan - `max_per_paper` (acota el *fetch*, no solo la columna; **sin starvation** entre semillas; mata el - N+1 diferido de R5). Lo consume el `OpenAlexEnricher` (§3) para poblar `cited_by_id`. **AS-BUILT - #78 (2026-06-17): firma y contrato INTACTOS** —sigue devolviendo solo el mapeo de atribución— pero - internamente es un **thin wrapper** sobre `_fetch_citing_pages` que **descarta `works_map`** (la - metadata que ya viaja en la misma request). El Enricher 8b no cambia. -- **`fetch_citing_batch_with_works(ids, *, max_per_paper, since: date | None = None) -> tuple[dict[seed_id, list[citer_id]], dict[citer_id, work]]`** - (#78, 2026-06-17, Forager forward chaining; `since` #158): la **variante que conserva la metadata**. Misma red, - mismo batcheo/atribución/presupuesto que `fetch_citing_batch` (comparten `_fetch_citing_pages`), - pero devuelve además el `works_map` (`citer_id → work JSON con _FIELDS`) que `fetch_citing_batch` - tira. **Cero red extra**: la metadata ya venía en la query de citantes y antes se descartaba. La - consume `Forager._fetch_forward` para materializar filas REALES (título/año/autores) en vez de - placeholders `[candidate:W...]`. Ver §5 y ADR - [0020](decisiones/0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md) §AS-BUILT #78. -- **`fetch_dois_for(ids) -> dict`** (Hito 8a): resuelve `references_id`→DOI batcheando por OR (lotes - ≤100, `select=id,doi`). -- **`fetch_works_by_ids(ids) -> Corpus`** (#55): materializa works arbitrarios desde sus IDs OpenAlex, - batcheando por OR (`openalex_id:W1|W2|...`, lotes ≤100, reusa `_fetch_batch_select`). Devuelve un - `Corpus` con `is_seed=False`, `curation_status=CANDIDATE`, `provenance[action="fetched_by_id"]`. IDs - inexistentes se **omiten sin error**; orden **determinista** (filas ordenadas por `id` canónico); - lista vacía → `Corpus` vacío **sin tocar la red**. Es el primitivo que materializa lo observado por - el backward chaining (ver #54). Reusa `_work_to_row` parametrizado (`is_seed`/`action`), que centraliza - el mapeo JSON→Arrow para `seed`/`fetch_citing`/`fetch_works_by_ids`/forward chaining (sin duplicar). - **AS-BUILT #78 (2026-06-17): `_work_to_row` ganó `chaining_hop: int | None = None` y - `source_tag: str = "openalex"`** (defaults backward-compat → los callers viejos no cambian); el - forward chaining lo invoca con `chaining_hop=1, source_tag="chaining:forward"` para materializar - citantes reales. *(Validado contra OpenAlex real vía test `@pytest.mark.network`.)* - -**Reporte de cobertura/calidad** (concepto declarado, concreto **v0.2+**; ADR 0018): por -seed/source, mide % de refs resueltas, % con DOI, distribución idioma/región y completitud del -enriquecimiento. Alimenta el juicio humano de **cuándo cambiar de Source** y acota la -incertidumbre del ranking por *information scent* sobre datos parciales. Se declara como contrato -en v0.1 (función pura sobre `pa.Table`), sin cablearse vacío (lección 5). - -### 2.1 Convención `examples/` — corpus de ejemplo commiteado (AS-BUILT #33 / 9b · CLI-puro Ciclo B, 2026-06-17) +**Capacidades de `OpenAlexSource` fuera del Protocol `Source`** (específicas del backbone; las consumen +el `Forager` y el `Enricher`): + +- **`fetch_citing(openalex_id) -> list[dict]`** (singular, forward chaining): `GET works?filter=cites:`, + con retry/backoff ante 429/5xx. +- **`fetch_citing_batch(ids, *, max_per_paper, since=None) -> dict[seed_id, list[citer_id]]`**: trae los + citantes **batcheando por OR** (`cites:W1|W2|...`, lotes ≤50), pagina por cursor y **atribuye página a + página** con **presupuesto por semilla** (corta cuando todas alcanzan `max_per_paper`; sin starvation). + **`since`** filtra a los publicados desde esa fecha (`from_publication_date`; lo usa `chain --since`). + Lo consume el Enricher para poblar `cited_by_id`. +- **`fetch_citing_batch_with_works(ids, *, max_per_paper, since=None) -> tuple[dict[...], dict[citer_id, + work]]`**: variante que **conserva la metadata** (`works_map`) que la misma request ya trae (cero red + extra). La consume el Forager para materializar filas reales en el forward (no placeholders). +- **`fetch_dois_for(ids) -> dict`**: resuelve `references_id`→DOI batcheando por OR (≤100, `select=id,doi`). +- **`fetch_works_by_ids(ids) -> Corpus`**: materializa works desde sus IDs OpenAlex (batcheo OR ≤100). + Devuelve un `Corpus` con `is_seed=False`, `candidate`, `provenance[action="fetched_by_id"]`; IDs + inexistentes se omiten sin error; orden determinista; lista vacía → `Corpus` vacío sin tocar la red. Es + el primitivo que materializaría lo observado por el backward chaining. Centraliza el mapeo JSON→Arrow + vía `_work_to_row` (parametrizado por `is_seed`/`action`/`chaining_hop`/`source_tag`). + +**Reporte de cobertura/calidad** (concepto declarado, concreto **futuro**; ADR 0018): por seed/source, +mide % de refs resueltas, % con DOI, distribución idioma/región y completitud del enriquecimiento; +alimenta el juicio de cuándo cambiar de Source. Se declara como contrato (función pura sobre `pa.Table`), +sin cablearse vacío. + +### 2.1 Convención `examples/` — corpus de ejemplo commiteado `examples/` es la **única** excepción al `.gitignore` de datos de usuario (ADR [0030](decisiones/0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md)): un corpus real, curado y reducido -(CC0/OpenAlex) commiteado al árbol para servir de **caso real reproducible sin red** (gate #33 → -epic GUI #34). Reglas: - -- **Un ejemplo = una carpeta de propósito ÚNICO** (`examples//`), autocontenida; no se - mezclan tipos de artefacto. Cada carpeta lleva: - - **`corpus.parquet`** — corpus curado y congelado (con `decision`/`curation_status`/`is_seed` - ya marcados), schema canónico `CORPUS_SCHEMA`. **Parquet/CSV, NUNCA `.duckdb`** (la biblioteca - viva es estado mutable no determinista; el parquet es export sellado y diff-friendly, ADR - 0006/0009/0017). - - **`equation.yaml`** — la ecuación de procedencia (cargable con `EquationSpec`, §2). Documenta - "de qué búsqueda salió este corpus"; **no** es el comando del gate. - - **`curacion.csv`** *(cuando el ejemplo pasa por curación)* — las decisiones de curación - congeladas que `b2g curate apply` consume: **receta determinista** de curación (aplicarlo - al corpus sembrado produce el mismo estado, independiente de cuándo se corra). - - **`README.md`** — qué demuestra y con qué comandos se arma/reproduce. **Es la procedencia:** - la **receta CLI** documentada (armado con red + reproducción offline), no un script. -- **Cómo se restaura:** `b2g snapshot restore --from-corpus examples//corpus.parquet` - (§`snapshot restore`; #163/ADR 0038 — el verbo suelto `restore` sigue funcionando como alias - deprecado, retiro #165) rehidrata el corpus **sin red** en el `library.duckdb` de un workspace - temporal, preserva la curación y transiciona a `FILTERED`; luego `build` → `networks`/`clusters` - corren localmente. -- **`.gitignore`:** `!examples/` trackea el ejemplo; `examples/**/*.duckdb` lo protege de que un - store vivo se cuele. El resto de la política de datos de usuario no cambia. +(CC0/OpenAlex) commiteado al árbol como **caso real reproducible sin red**. Reglas: + +- **Un ejemplo = una carpeta de propósito único** (`examples//`), autocontenida, con: + **`corpus.parquet`** (curado y congelado, schema `CORPUS_SCHEMA`; **parquet/CSV, NUNCA `.duckdb`**), + **`equation.yaml`** (ecuación de procedencia, `EquationSpec`), **`curacion.csv`** (decisiones de + curación congeladas que `b2g curate apply` consume — receta determinista) y **`README.md`** (la + procedencia: la **receta CLI**, no un script). +- **Cómo se restaura:** `b2g snapshot restore --from-corpus examples//corpus.parquet` rehidrata + el corpus **sin red**, preserva la curación y transiciona a `FILTERED`; luego `build` corre localmente. +- **`.gitignore`:** `!examples/` trackea el ejemplo; `examples/**/*.duckdb` protege de que un store vivo + se cuele. - **Ejemplos existentes:** - - **`examples/valoraciones/`** (Ciclo B, AS-BUILT 2026-06-17): **~80 filas** (70 `candidate` + - 10 `accepted` enriquecidos), armado **100% por CLI** (sin script): `seed --spec equation.yaml` - (`max_results: 80`) → `curate apply curacion.csv` → `enrich --max-citing 25` → `snapshot create` - (receta histórica; en la superficie 0.10.0 la co-citación corre en `build --max-citing 25`, ya que - `enrich` quedó deprecado — #162). - **Co-citación presente** (rala) + coupling/author/institution/keyword sustanciales. Verificado por - el gate R2 `tests/unit/test_example_r2_gate.py` (`corpus_hash` estable + comunidades Louvain - estables entre corridas; piso `n>=50`, las 5 redes con datos). Se rehidrata con - `b2g snapshot restore --from-corpus`. Procedencia = receta CLI del README + `equation.yaml` + `curacion.csv`. - - **`examples/bibtex/`** (Ciclo 10, AS-BUILT 2026-06-17): un `sample.bib` chico (10 entradas, con + - **`examples/valoraciones/`**: ~80 filas (70 `candidate` + 10 `accepted`), armado **100% por CLI** + (`seed --spec equation.yaml` → `curate apply curacion.csv` → `build --max-citing 25` → + `snapshot create`). Co-citación presente (rala) + las otras 4 redes sustanciales. Verificado por el + gate R2 (`tests/unit/test_example_r2_gate.py`: `corpus_hash` + comunidades Louvain estables). + - **`examples/bibtex/`**: un `sample.bib` chico (10 entradas, con variedad deliberada de campos faltantes para ejercitar el parser defensivo) + `README.md` con la receta 100% CLI (`b2g init` → `b2g seed --from-bib examples/bibtex/sample.bib` → `b2g build`). Demuestra el segundo camino de seed (BibTeX local, sin red). El `.bib` queda trackeado por la @@ -1734,17 +912,12 @@ epic GUI #34). Reglas: ## 3. Costura `Enricher` — señal extra (opt-in, ya NO estructural) Con OpenAlex como backbone, refs y citantes **ya vienen en el corpus** (ADR 0007). El `Enricher` -queda opt-in para **resolver `references` a DOI** y el **segundo nivel de fetch** (poblar -`cited_by_id` ≡ citantes compartidos — ver decisión F en ADR -[0025](decisiones/0025-enricher-cocitacion-openalex.md)) que habilita la **co-citación -end-to-end** (Hito 8 completo). El `Enricher` vive en el **núcleo, -sobre OpenAlex** (ADR 0025, decisión B), **no** en el extra `[s2]` (ese DoD pre-giro queda superado; -`[s2]` se reserva para un futuro `SemanticScholarEnricher` de señal adicional). - -> **Superficie CLI (#162, ADR 0038):** el `Enricher` **ya no se invoca por un verbo propio**. La pasada -> refs→DOI corre automática en **`chain`** y la de co-citación (`cited_by`) en **`build`** (cuando hay -> aceptadas); el helper único es `cli/_enrich.py::enrich_corpus`. El verbo `b2g enrich` sobrevive como -> **alias deprecado** (retiro 0.11.0). Ver §convenciones CLI (§`enrich`, §`build`, §Avisos de deprecación). +queda opt-in para **resolver `references` a DOI** y el **segundo nivel de fetch** (poblar `cited_by_id` +≡ citantes compartidos) que habilita la **co-citación end-to-end**. Vive en el **núcleo sobre OpenAlex** +(ADR [0025](decisiones/0025-enricher-cocitacion-openalex.md)), **no** en `[s2]` (reservado para un +futuro `SemanticScholarEnricher`). **No se invoca por verbo propio** (#162): la pasada refs→DOI corre +automática en `chain` y la de co-citación en `build` (helper único `cli/_enrich.py::enrich_corpus`); el +verbo `b2g enrich` sobrevive como alias deprecado. ```python @runtime_checkable @@ -1756,7 +929,7 @@ class Enricher(Protocol): | Implementación | Estado | Aporta | |----------------|--------|--------| -| `OpenAlexEnricher` | **v1, opt-in (Hito 8 = Ciclos 8a + 8b construidos)** | `enrich(corpus)` hace **2 pasadas**. **8a (refs→DOI):** reúne los `references_id` únicos, los resuelve **batcheando por OR** (lotes ≤100, `openalex_id:W1\|W2\|...`, `select=id,doi`) y rellena `references_doi` por lookup; registra `EnricherRef(name="openalex_references_doi", …)` en el `Manifest` (idempotente: reemplaza por nombre, no duplica). **8b (co-citación):** para las **semillas aceptadas** (`is_seed=True AND curation_status=accepted`) trae sus citantes vía `OpenAlexSource.fetch_citing_batch` (§2) y **mergea los `openalex_id` de los citantes en `cited_by_id`** (unión idempotente). **NO** materializa citantes como filas (no crece el corpus; decisión A). Constructor con **`max_citing_per_paper`** (tope **por semilla**, acota el fetch). Frontera: el Source hace I/O + atribución + acotamiento; el Enricher **solo une**. | +| `OpenAlexEnricher` | **v1, opt-in** | `enrich(corpus)` hace **2 pasadas**. **refs→DOI:** resuelve los `references_id` únicos batcheando por OR (≤100, `select=id,doi`), rellena `references_doi` y registra un `EnricherRef` idempotente en el `Manifest`. **co-citación:** para las **semillas aceptadas** trae sus citantes vía `OpenAlexSource.fetch_citing_batch` (§2) y **mergea sus `openalex_id` en `cited_by_id`** (unión idempotente); **no** materializa citantes como filas (no crece el corpus). Constructor con **`max_citing_per_paper`** (tope por semilla). Frontera: el Source hace I/O + atribución; el Enricher **solo une**. | | `SemanticScholarEnricher` | futuro | señal de citas adicional (reserva del `[s2]`, no estructural) | | `CrossRefEnricher` / `ScopusEnricher` | futuro | No implementados. | @@ -1764,20 +937,17 @@ class Enricher(Protocol): ## 4. Costura `Store` / backend de persistencia (biblioteca viva) -Tras el 2º giro (ADR [0015](decisiones/0015-corpus-tabular-backend.md)), la persistencia por -defecto es el **`DuckDBBackend`** del `Corpus`: DuckDB deja de ser un `Store` que persiste un -`Corpus` Arrow aparte y pasa a ser el **backend por defecto** del `Corpus` (mutaciones por SQL -`UPDATE`/`MERGE` por `id`). El `Store` sigue siendo la **costura/punto de extensión** para -destinos externos opt-in (Zotero, Neo4j). El `LoopState` (ADR 0016) vive en el backend -persistente. - -El contrato `TabularBackend` (Protocol) y su firma completa viven en **§1.4** (núcleo): `to_arrow`, -`add_paper`, `merge(other_table: pa.Table)`, `apply_curation(ids, *, action, by)`, `filter_view`, -`corpus_hash`, `__len__`, `__eq__` y —AS-BUILT #54 (2026-06-17)— `add_referenced_refs(ref_ids, *, -cycle_round)`/`referenced_refs_count()`/`referenced_refs()` (tabla hermana append-only -`referenced_but_not_fetched`, fuera del `corpus_hash`; §1.4 + §5). El `DuckDBBackend` lo implementa en -SQL (Hito 3); el `Store` de abajo es la costura de persistencia/intercambio **externa**, distinta del -backend del `Corpus`. +La persistencia por defecto es el **`DuckDBBackend`** del `Corpus` (ADR +[0015](decisiones/0015-corpus-tabular-backend.md)): no un `Store` que persiste un `Corpus` Arrow +aparte, sino el **backend por defecto** del `Corpus` (mutaciones por SQL). El `Store` sigue siendo la +**costura/punto de extensión** para destinos externos opt-in (Zotero, Neo4j). El `CycleState` (ADR 0016) +vive en el backend persistente. + +El contrato `TabularBackend` (Protocol) y su firma completa viven en **§1.4** (`to_arrow`, `add_paper`, +`merge`, `apply_curation`, `filter_view`, `corpus_hash`, `__len__`, `__eq__`, y la tabla hermana +append-only `referenced_but_not_fetched` vía `add_referenced_refs`/`referenced_refs_count`/ +`referenced_refs`, fuera del `corpus_hash`; §1.4 + §5). El `Store` de abajo es la costura de +persistencia/intercambio **externa**, distinta del backend del `Corpus`. ```python class Store(Protocol): @@ -1803,7 +973,7 @@ class Store(Protocol): > (subclase de `OSError`); el CLI (Hito 6) lo mapea al exit code `5`. Multi-escritor concurrente es > post-v1.0. -### 4.1 `DuckDBStore` — fachada de costura + extensiones del backend (Hito 3, construido) +### 4.1 `DuckDBStore` — fachada de costura + extensiones del backend `DuckDBStore(path)` (en `bib2graph.stores.duckdb`, re-exportado perezosamente como `bib2graph.DuckDBStore`) implementa el Protocol `Store` (`persist`/`load`) delegando en un @@ -1831,6 +1001,17 @@ class DuckDBStore: > de colapsar. **`persist`/upsert queda intacto** para el resto de los llamadores (caso "mismo paper > desde dos fuentes", D3). Ambos preservan las tablas hermanas. +**Procedencia del `Manifest` persistida entre cargas.** Los bloques de procedencia del `Manifest` +(§1.3) que no son contenido del corpus se guardan en **tablas hermanas** del `.duckdb` y `DuckDBStore.load()` +los **reconstruye** al rehidratar, para que sobrevivan a un ciclo persist/load: + +- **`manifest.filters`** ⇄ tabla **`filter_log`** — vía `DuckDBBackend.persist_filter_steps()` / + `load_filter_steps()` (#126). +- **`manifest.enrichers`** ⇄ tabla **`enricher_log`** — vía `DuckDBBackend.persist_enricher_refs()` / + `load_enricher_refs()` (#141), **mismo patrón** que `filters`: la pasada de enriquecimiento + (`chain` refs→DOI, `build` co-citación) sella sus `EnricherRef` y `load()` los recompone, así el + snapshot reporta qué enriquecimiento se aplicó sin re-correrlo. + **Extensiones del `DuckDBBackend`, FUERA del Protocol `Store`/`TabularBackend`** (se acceden vía `store.backend.…`): son específicas de DuckDB y no parte del contrato genérico: @@ -1844,8 +1025,7 @@ class DuckDBBackend: def query(self, sql: str) -> pa.Table: ... # consulta SQL de SOLO lectura sobre el corpus ``` -**El ciclo es un concepto de dominio puro** (`bib2graph.cycle`, **AS-BUILT R3, 2026-06-16**); el -backend **solo lo persiste**: +**El ciclo es un concepto de dominio puro** (`bib2graph.cycle`); el backend **solo lo persiste**: ```python # bib2graph/cycle.py — dominio puro, sin DuckDB (ADR 0016 enmendado, R3) @@ -1868,62 +1048,28 @@ cuando hay estado previo. **Fuente única de verdad:** `chain`/`filter`/`build` El comando `b2g status` consume `loop_state()`/`loop_round()`/`available_transitions()` y expone `curation_available`/`round` (ver §convenciones CLI). -> **Alias `LoopState` retirado (cleanup pre-v0.3):** el código usa **solo `CycleState`** (de -> `bib2graph.cycle`). El alias transicional `LoopState = CycleState` de `backends/duckdb.py` **se -> eliminó** (también de `stores/duckdb.py`); los call-sites migraron a `CycleState`. - > **Carga perezosa (PEP 562):** `DuckDBBackend` y `DuckDBStore` se exponen vía `__getattr__` en > `bib2graph/__init__.py`, de modo que **`import bib2graph` NO importa `duckdb`** (el núcleo > permanece puro y testeable sin DuckDB). Solo `bib2graph.DuckDBBackend` / `bib2graph.DuckDBStore` -> cargan el módulo bajo demanda. `CycleState` (y su alias `LoopState`) y `StoreLockedError` se +> cargan el módulo bajo demanda. `CycleState` y `StoreLockedError` se > importan desde `bib2graph.backends.duckdb` (o `bib2graph.stores.duckdb`); `bib2graph.cycle` > (`CycleState`/`apply_transition`/`available_transitions`/`CURATION_ACTIONS`) es **núcleo puro**, sin > DuckDB. --- -## 5. Núcleo — Forrajeo / chaining (asistencia algorítmica, SIN IA — construido, Hito 5 + R4) - -> **AS-BUILT R4 (2026-06-16) — ADR [0020](decisiones/0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md) -> enmendado / [0022](decisiones/0022-producto-sin-ia-generativa.md)):** el *information scent* es -> **estructura bibliométrica determinista** que consume el primitivo público `collect_item_to_papers` -> de los proyectores (§7), **sin LLM ni embeddings**. El forrajeo (costura) **depende del núcleo de -> proyección** (puro), nunca al revés. El producto **no usa IA generativa**. -> `explain_candidate`/`foraging/explain.py`/`[llm]` quedaron **eliminados**. - -> **AS-BUILT #54 (2026-06-17) — ADR [0020](decisiones/0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md) -> §AS-BUILT #54:** el backward chaining **deja de persistir placeholders** en el corpus. Los IDs -> observados salen por `RankedCandidates.observed_refs` y se persisten en la tabla hermana -> `referenced_but_not_fetched` (§4), **fuera del `corpus_hash`** (arregla la contaminación previa). -> El **forward arrastra el mismo footgun** (placeholder de título), abierto como **#78** — NO está -> limpio. Materializador on-demand diferido a #71. Gate verde, 636 tests. - -> **AS-BUILT #78 (2026-06-17) — ADR [0020](decisiones/0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md) -> §AS-BUILT #78:** el **forward chaining ya NO persiste placeholders** `[candidate:W...]` — materializa -> **filas REALES** (título/año/autores) con la metadata que `fetch_citing_batch` ya traía de la red y -> descartaba (opción A1, **cero red extra**, vía el método nuevo `fetch_citing_batch_with_works`, §2). -> `_build_forward_candidate_row` eliminado. **Asimetría deliberada** (no incoherencia): el backward -> *observa sin materializar* (refs numerosas, no curadas, sin metadata local → `referenced_but_not_fetched`), -> el forward *materializa* (citantes pocos, acotados por cap, **se curan**, metadata ya en la request). -> Regla común: **el corpus nunca contiene placeholders**. Con esto, el materializador on-demand #71 -> queda **solo para backward**. Gate verde, **645 tests**, verifier PASA. +## 5. Núcleo — Forrajeo / chaining (asistencia algorítmica, SIN IA) El *information scent* es **estructura bibliométrica de cita con el corpus** (ADR -[0020](decisiones/0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md), AS-BUILT R4). Es una **función pura** -sobre el primitivo `collect_item_to_papers` (índice `{ref → corpus-papers que lo citan}`): +[0020](decisiones/0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md)). Es una **función pura** sobre el +primitivo `collect_item_to_papers` (índice `{ref → corpus-papers que lo citan}`): - **Backward** (puro, local): scent = **fuerza de co-citación con el corpus** = nº de corpus-papers - que listan al candidato en `references_id` (cuántos corpus-papers co-citan al candidato). No toca la - red (las referencias ya vienen en el corpus tras el seed). -- **Forward** (requiere red): scent = **fuerza de citación directa al corpus** = nº de corpus-papers a - los que el candidato cita directamente (señal primaria, robusta: siempre > 0 para un citante real). - Exige traer los citantes vía `source.fetch_citing(...)` (ver abajo). El acoplamiento bibliográfico - queda como señal secundaria. *(El AS-BUILT inicial midió **acoplamiento puro** y degenera a 0 con - referencias ralas; se **corrigió a citación directa dentro de R4** — `compute_forward_scent` calcula - `forward_score(Y) = |{ref ∈ Y.references_id : ref ∈ corpus_ids}|` y emite con `direct > 0`. Ver ADR - 0020 AS-BUILT.)* -- **Centralidad** del candidato: **diferida** (viz); el DoD "y/o" se cumple con - co-citación + citación-directa. + que listan al candidato en `references_id`. No toca la red (las refs ya vienen en el corpus). +- **Forward** (requiere red): scent = **fuerza de citación directa al corpus** + (`forward_score(Y) = |{ref ∈ Y.references_id : ref ∈ corpus_ids}|`, emite con `direct > 0`) — señal + primaria robusta. Exige traer los citantes vía `source.fetch_citing(...)`. +- **Centralidad** del candidato: **diferida** (viz). El ranking es descendente por scent con **desempate por `id` ascendente** (estable ante cualquier `PYTHONHASHSEED`). @@ -1983,60 +1129,26 @@ class RankedCandidates(BaseModel): # (En el AS-BUILT v0.2 existía como stub gateado en [llm]; la remediación lo borra.) ``` -**Notas de contrato** (Hito 5, ADR [0020](decisiones/0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md)): - -- **Forward chaining requiere `source.fetch_citing_batch(ids, *, max_per_paper)`** (§2). **R5:** el - **comando `chain` hace un pre-check `hasattr(source, "fetch_citing")`** y lanza `DependencyError` - accionable (exit 3) si el source no lo soporta —el forager queda agnóstico de la capa - CLI/`_errors`; un `AttributeError` genuino dentro del chaining ya no se disfraza de "source sin - forward". **No se amplió el Protocol `Source`** (§2) — `fetch_citing`/`fetch_citing_batch` son - capacidad de `OpenAlexSource`, no contrato universal. Una `Source` de solo-mínimo (ADR 0018) no - habilita forward chaining. -- **AS-BUILT (#21, 2026-06-16) — forward chaining batcheado + cap por semilla, scope `is_seed`.** El - `Forager.chain(direction="forward"/"both")` **ya no hace N+1** (`fetch_citing` por fila): **reusa - `OpenAlexSource.fetch_citing_batch`** (§2 — batcheo OR ≤50 + presupuesto por semilla + retry/backoff), - matando el N+1 de requests. El `Forager.__init__` toma **`max_citing_per_paper`** (tope de citantes - **por semilla**, default **50**); el CLI lo expone como **`--max-citing`** en `b2g chain`. **El - alcance del forward es `is_seed=True`** —**todas** las semillas sembradas, **SIN** filtrar por - `curation_status`— porque el chaining corre **antes** de la curación (ciclo - `SEEDED→FORAGED→…`→ curación transversal; las semillas nacen `candidate`; ADR - [0020](decisiones/0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md), Nota 09). **La restricción a - semillas `accepted` NO es del Forager — es del `Enricher`** (Hito 8b, §3, post-curación). No - confundir: el Forager expande la frontera (pre-curación, sobre `is_seed`); el Enricher pobla - `cited_by_id` para la co-citación (post-curación, sobre `accepted`). *(El drift inverso —documentar - el Forager forrajeando solo `accepted`— fue la causa del bug que este AS-BUILT cierra.)* -- **`preview` del forward sin red (#21):** estima el **nº de semillas a forrajear** (`is_seed`) sin - emitir requests, manteniendo `forward_requires_fetch=True` (el conteo de citantes reales solo llega - con `chain`). **`b2g chain --since`** (#158, ex `monitor`) usa este mismo forward batcheado. -- **`fetch_citing` (singular) con retry/backoff** ante 429/5xx (`_fetch_all_with_retry`: exponential - backoff, 3 intentos) sigue disponible; el forward del Forager lo consume ahora vía la variante - **batcheada** `fetch_citing_batch`. -- **AS-BUILT (#54, 2026-06-17) — el backward NO materializa stubs: observa sin contaminar.** El - backward chaining **ya no crea filas-fantasma `[candidate:W...]` en el corpus** (revierte el - comportamiento de Hito 5 — la promesa de "no contaminan" era **falsa**: los stubs llegaron a ser - ~la mitad del corpus y entraban al `corpus_hash`; Notas 09/12). Los IDs observados por el ranking - backward salen por **`RankedCandidates.observed_refs: list[str]`** (orden de ranking, respeta - `max_candidates`) y `b2g chain` los persiste en la tabla hermana **`referenced_but_not_fetched`** - (§4), **fuera** del `corpus` y del `corpus_hash`. La materialización on-demand (rehidratar un - observado a fila real vía `fetch_works_by_ids`, #55) está **diferida a #71** (con #78 cerrado, #71 - queda **solo para backward**). El **forward sí materializa** filas en `.corpus` —y **con #78 - (2026-06-17) lo hace con metadata REAL** (título/año/autores), **ya no** con placeholders - `[candidate:W...]`: la metadata viaja en la misma request de citantes (`fetch_citing_batch_with_works`, - §2). Asimetría deliberada: el backward observa, el forward materializa (ver §AS-BUILT #78 arriba). -- **`preview` y `chain` no mutan** el corpus de entrada (semántica de valor). +**Notas de contrato** (ADR [0020](decisiones/0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md)): + +- **Forward chaining requiere `source.fetch_citing_batch(ids, *, max_per_paper)`** (§2, capacidad de + `OpenAlexSource`, **no** del Protocol `Source` — una source de solo-mínimo no habilita forward). El + comando `chain` hace un **pre-check `hasattr`** y lanza `DependencyError` (exit 3) si el source no lo + soporta (un `AttributeError` genuino no se disfraza de "source sin forward"). +- **Forward batcheado + cap por semilla:** `fetch_citing_batch` batchea por OR (≤50) con presupuesto por + semilla (`max_citing_per_paper`, default 50 — CLI `--max-citing`), sin N+1. El **alcance del forward es + `is_seed=True`** (todas las semillas, **sin** filtrar `curation_status`): el chaining precede a la + curación. La restricción a `accepted` es del **Enricher** (co-citación, §3), no del Forager. +- **Backward observa sin contaminar:** no crea filas-fantasma en el corpus; los IDs observados salen por + **`RankedCandidates.observed_refs`** y `b2g chain` los persiste en la tabla hermana + **`referenced_but_not_fetched`** (§4), **fuera del `corpus_hash`**. **Forward sí materializa** filas con + metadata real (vía `fetch_citing_batch_with_works`, §2; cero red extra). Asimetría deliberada. +- **`preview` y `chain` no mutan** el corpus de entrada (semántica de valor). `fetch_citing` (singular, + con retry/backoff ante 429/5xx) sigue disponible; el forward lo consume vía la variante batcheada. --- -## 6. Núcleo — `Preprocessor` + filtros PRISMA (v1 — construido, Hito 5; auto-ingesta #88) - -> **Sincronizado con el preprocesamiento automático en la ingesta — #88 (AS-BUILT, 2026-06-18, -> ADR [0031](decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md)):** `normalize` (+ el dedup -> fuzzy de §11) corre **automáticamente en cada ingesta** vía el helper de frontera -> `cli/_ingest.py::normalize_and_dedup` (sobre el corpus completo mergeado). `apply_thesaurus`, que -> requiere el mapeo curado del usuario, se expone (**#164, ADR 0038**) como el flag -> **`b2g build --thesaurus `** —el verbo suelto `b2g thesaurus` **se retiró** (ya no existe ni -> como alias); ver §`build` y §Avisos de deprecación—. Ambos métodos aceptan `applied_at` inyectado -> desde la frontera (R2, ADR 0017). +## 6. Núcleo — `Preprocessor` + filtros PRISMA ```python class Preprocessor: @@ -2074,31 +1186,24 @@ def apply_filters(corpus: Corpus, criteria: list[FilterCriterion]) -> tuple[Corp (reemplaza: una corrida = una secuencia PRISMA). Devuelve (corpus_final, [FilterStep, ...]).""" ``` -**Notas de contrato** (Hito 5, ADR [0020](decisiones/0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md)): - -- **Los filtros MARCAN `rejected`, NO borran** (decisión del PO): un paper excluido queda en la - tabla con `curation_status='rejected'` vía `corpus.reject(...)` (con el criterio como - `provenance`/`decided_by`), nunca se borra. Coherente con la biblioteca viva (ADR - [0009](decisiones/0009-biblioteca-viva-duckdb.md), C4) y el `provenance` append-only (ADR 0013, - D4): la exclusión es curación **reversible y auditable**. -- **Conteo PRISMA por paso**: cada `FilterStep` lleva `count_before`/`count_after` contando los - papers **no-rejected** (candidate + accepted) antes/después del filtro. -- **`keywords_id` es post-thesaurus**: hasta que se corre `apply_thesaurus`, `keywords_id` no es - autoritativa (puede estar cruda o vacía); los proyectores de co-ocurrencia de keywords (§7) - deben correr **después** del thesaurus. -- **R5 — campo/operador desconocido LANZA** (cambio de comportamiento): un `FilterCriterion` con un - `field` no soportado, o un `op` inválido para ese campo, ahora lanza `ValueError` accionable (lista - los campos/operadores válidos). **Antes era un no-op silencioso** (`return True` → el criterio no - filtraba nada, escondiendo el error). Esto endurece el flujo PRISMA (sin exclusiones perdidas en - silencio). -- **Símbolos públicos del Hito 5** (`from bib2graph import ...`): `Forager`, `GrowthPreview`, - `RankedCandidates`, `Preprocessor`, `FilterCriterion`, `apply_filters`. `apply_filter` (singular) - se importa desde `bib2graph.filters`. *(`explain_candidate` **se elimina** en la remediación — - ADR 0022, Hito R4: ya no es parte de la superficie pública.)* +**Notas de contrato** (ADR [0020](decisiones/0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md)): + +- **Los filtros MARCAN `rejected`, NO borran:** un paper excluido queda en la tabla con + `curation_status='rejected'` vía `corpus.reject(...)` (con el criterio en `provenance`), nunca se + borra. La exclusión es curación **reversible y auditable** (biblioteca viva, ADR 0009/0013). +- **Conteo PRISMA por paso:** cada `FilterStep` lleva `count_before`/`count_after` sobre los papers + **no-rejected** (candidate + accepted). +- **`keywords_id` es post-thesaurus:** los proyectores de co-ocurrencia de keywords (§7) deben correr + **después** de `apply_thesaurus`. +- **Campo/operador desconocido LANZA** `ValueError` accionable (lista los válidos); no es no-op + silencioso (endurece el flujo PRISMA, sin exclusiones perdidas). +- **Símbolos públicos** (`from bib2graph import ...`): `Forager`, `GrowthPreview`, `RankedCandidates`, + `Preprocessor`, `FilterCriterion`, `apply_filters`. `apply_filter` (singular) desde + `bib2graph.filters`. --- -## 7. Núcleo — `Projector` (funciones puras, v1) +## 7. Núcleo — `Projector` (funciones puras) ```python class Projector(Protocol): @@ -2124,26 +1229,24 @@ completo** (crítica #2). La **co-citación** es la más cara (segundo nivel de - **Tipo de nodo** (D2): co-autoría / instituciones / co-word → la **entidad** es el nodo (`authors_id` / `institutions_id` / `keywords_id`); acoplamiento / co-citación → el **paper** (`id`) es el nodo. -- **Co-citación:** el `CoCitationProjector` **no cambia** (decisión F, ADR 0025): cuenta - **`cited_by_id` compartido** = los **citantes compartidos** de la metodología (la frase "citantes - con sus citas" ≡ `cited_by_id` compartido). Proyecta con scope `seeds_only`. La co-citación - **completa es end-to-end** (Hito 8 ✅): `b2g enrich` (8b) puebla `cited_by_id` con el 2º nivel de - fetch del `OpenAlexEnricher` (ADR 0007/0025), y `Networks.quick` la incluye cuando esa columna - está poblada (§10). -- **Los proyectores siguen PUROS — NO setean atributos de nodo** (ADR 0014, AS-BUILT #25): producen +- **Co-citación:** el `CoCitationProjector` cuenta **`cited_by_id` compartido** = los **citantes + compartidos** de la metodología (la frase "citantes con sus citas" ≡ `cited_by_id` compartido). + Proyecta con scope `seeds_only`. La co-citación es **end-to-end**: la pasada `cited_by` que corre + automática en `build` (cuando hay aceptadas) puebla `cited_by_id` con el 2º nivel de fetch del + `OpenAlexEnricher` (ADR 0007/0025), y `Networks.quick` la incluye cuando esa columna está poblada (§10). +- **Los proyectores siguen PUROS — NO setean atributos de nodo** (ADR 0014): producen un `nx.Graph` con **ids crudos** como nodos (`doi:…`, `I185261750`, un ORCID), **sin** `label`. La legibilidad (label + atributos) la inyecta la **capa `decorate` (§7.1)**, que es la **frontera** - entre la proyección pura y el export/GUI. Esta separación es deliberada (ADR 0014). + entre la proyección pura y el export. Esta separación es deliberada (ADR 0014). --- -## 7.1 Frontera — `decorate` (label legible + atributos de nodo, v1, AS-BUILT #25) +## 7.1 Frontera — `decorate` (label legible + atributos de nodo) `bib2graph.networks.decorate` es la **capa de frontera** entre los proyectores puros (§7) y los -exportadores (§9) / la GUI. Los proyectores devuelven grafos con **ids crudos** como nodos y **sin -atributos**; `decorate` transforma esos ids en **labels legibles** e inyecta atributos de -curación/comunidad/centralidad. Cierra el hueco de la Nota 09 B3 (las redes salían con `id` crudo, -ilegibles en Gephi/VOSviewer/Cytoscape). +exportadores (§9). Los proyectores devuelven grafos con **ids crudos** como nodos y **sin atributos**; +`decorate` transforma esos ids en **labels legibles** e inyecta atributos de +curación/comunidad/centralidad, para que las redes no salgan ilegibles en Gephi/VOSviewer/Cytoscape. ```python LABEL_MAX_CHARS: int = 60 # tope del label de paper; título largo → truncado + "..." @@ -2189,17 +1292,12 @@ es la única capa que sabe de labels. --- -## 7.2 Núcleo — `cluster_table` (resumen de comunidades, v1, AS-BUILT #31) +## 7.2 Núcleo — `cluster_table` (resumen de comunidades) `bib2graph.networks.cluster_table` es una **función pura** que cruza los nodos de una red con el -corpus para producir **una fila de resumen por comunidad**. Es el insumo tabular de la composición de -clusters (quién/qué/cuándo cae en cada comunidad), legible offline (Excel/Calc) y la base del -`clusters.csv` que escribe `b2g build` (§convenciones CLI). - -> **Con `b2g build --corpus-scope` (#56):** el `clusters.csv` se computa sobre el corpus **FILTRADO**, -> así que sus filas/conteos reflejan **solo** los nodos del subset (`accepted` / `seeds_only`), no el -> corpus vivo completo. `build` pasa el mismo corpus filtrado a `cluster_table`, por lo que `size` y -> los `*_count` cuadran con los nodos del grafo (sin drift). +corpus para producir **una fila de resumen por comunidad** (quién/qué/cuándo cae en cada comunidad), +base del `clusters.csv` que escribe `b2g build`. Con `--scope`, `build` le pasa el corpus **filtrado**, +así que sus conteos cuadran con los nodos del grafo (sin drift). ```python def cluster_table(table: pa.Table, artifact: NetworkArtifact) -> list[dict[str, Any]]: @@ -2208,15 +1306,9 @@ def cluster_table(table: pa.Table, artifact: NetworkArtifact) -> list[dict[str, no es de paper o si no hay comunidades. Orden determinista por `cluster` ascendente.""" ``` -`networks/__init__.py` re-exporta `cluster_table`. - -**Restricción a redes de paper (V1):** solo aplica a los kinds cuyo nodo es un `Col.ID` -(`bibliographic_coupling` / `cocitation`); para `author_collab`, `institution_collab` y -`keyword_cooccurrence` las comunidades agrupan entidades distintas a papers y la misma tabla no tiene -sentido en V1 → devuelve `[]` (no crash). Si `artifact.communities is None` también devuelve `[]`. -**Consecuencia en el CLI:** por esto **`clusters.csv` se emite ÚNICAMENTE para `bibliographic_coupling` -y `cocitation`** (§convenciones CLI / §9); las otras tres redes escriben `network.graphml` + -`metrics.json` pero **no** `clusters.csv`. +`networks/__init__.py` re-exporta `cluster_table`. **Solo aplica a redes de paper** +(`bibliographic_coupling`/`cocitation`); para autor/institución/keyword devuelve `[]` (no crash), por +eso `clusters.csv` se emite **únicamente** para esas dos redes. **Columnas de cada fila** (orden estable): @@ -2232,22 +1324,18 @@ y `cocitation`** (§convenciones CLI / §9); las otras tres redes escriben `netw | `top_authors` | `list[str]` | hasta 5 autores más frecuentes, de **`authors_raw`** | | `top_keywords` | `list[str]` | hasta 5 keywords más frecuentes, de **`keywords_id`** (post-thesaurus) | -**Notas de contrato** (#31, AS-BUILT 2026-06-17): +**Notas de contrato:** -- **Cruce por `Col.ID`, no `source_id`** (lección B6 de la - [Nota 09](Notas/09-sesion-qa-prueba-ecologia-valoraciones.md)): el nodo del grafo **es** un `Col.ID` - (`doi:…`/`src:…`); indexar por `source_id` (`W…`) daría 0 cruces. Un nodo sin match en el corpus **suma al - `size`** pero no aporta año/autores/keywords. -- **Determinista** (ADR [0017](decisiones/0017-reproducibilidad-historia-snapshot.md)): el top de - autores/keywords se ordena por **`(-frecuencia, nombre alfabético ascendente)`** — desempate - explícito que hace el resultado reproducible **independiente** del método de clustering - (louvain/label_prop/greedy) y de `PYTHONHASHSEED`. -- **Pura:** sin red, sin `duckdb`; opera sobre `corpus.to_arrow()` + el `NetworkArtifact`. Combina con - `community_composition` (§8, % por categoría) que mira el atributo, no la composición bibliográfica. +- **Cruce por `Col.ID`, no `source_id`:** el nodo del grafo **es** un `Col.ID` (`doi:…`/`src:…`); + indexar por `source_id` daría 0 cruces. Un nodo sin match en el corpus suma al `size` pero no aporta + año/autores/keywords. +- **Determinista** (ADR 0017): el top de autores/keywords se ordena por `(-frecuencia, nombre asc)`, + reproducible independiente del método de clustering y de `PYTHONHASHSEED`. +- **Pura:** sin red ni `duckdb`. Combina con `community_composition` (§8, % por categoría del atributo). --- -## 8. Núcleo — `Analyzer` (funciones puras, v1) +## 8. Núcleo — `Analyzer` (funciones puras) ```python def network_metrics(g: nx.Graph) -> dict: @@ -2298,7 +1386,7 @@ class QualityThresholds(BaseModel): --- -## 9. Núcleo — `Exporter` (v1) +## 9. Núcleo — `Exporter` ```python class Exporter(Protocol): @@ -2328,7 +1416,7 @@ class CsvExporter: ... # v1 — nodos.csv + aristas.csv para pandas --- -## 10. Capa declarativa — `NetworkSpec` (v0.2, capa declarativa AS-BUILT Hito 9) +## 10. Capa declarativa — `NetworkSpec` ```python class NetworkSpec(BaseModel): @@ -2378,105 +1466,56 @@ class Networks: """Arma las specs razonables y devuelve sus artefactos (caso 'investigador, baja fricción'). Devuelve **4 o 5 redes**: coupling (full), co-autoría, institución, co-word siempre; la **co-citación** se incluye (→5) cuando el corpus tiene `cited_by_id` poblado - (tras `b2g enrich`, Hito 8b) y se **omite graceful** (log) si está vacío (→4). + (tras la pasada `cited_by` de `build`) y se **omite graceful** (log) si está vacío (→4). Los artefactos vienen **decorados** (label legible + atributos de nodo, §7.1).""" ``` -**Modo quick** (v1) cubre baja fricción; **modo spec** (Hito 9, YAML) cubre el pipeline declarativo -versionable, vía `load_specs(redes.yaml)` + `Networks.build` por red (y el subcomando `b2g -networks --spec`, §convenciones CLI). - -**Sub-redes temáticas (`keyword_filter`, issue #113):** cada red declarada puede acotar el corpus a -un tema antes de proyectar — útil para comparar sub-redes (p. ej. T4 vs T7) sin pre-filtrar el corpus -entero ni escribir scripts. El match es **ANY** (un paper entra si algún término matchea), por -**substring case-insensitive** sobre `keywords_raw` (display names). `None`/`[]` = sin filtro. +**Modo quick** cubre baja fricción; **modo spec** (YAML) cubre el pipeline declarativo versionable, vía +`load_specs(redes.yaml)` + `Networks.build` por red (subcomando `build --spec`, §convenciones CLI). + +**Notas de contrato** (ADR [0014](decisiones/0014-proyeccion-redes-pesos-asortatividad.md)): + +- **`Networks.quick` arma 4 o 5 redes:** coupling `full`, co-autoría, institución y co-word **siempre** + (4); suma la **co-citación** (→5) cuando el corpus tiene `cited_by_id` poblado (2º nivel de fetch del + Enricher, ADR 0025), y la omite avisando por log (→4) si esa columna está vacía. +- **Artefactos decorados:** `Networks.build`/`quick` devuelven artefactos con `label` legible + atributos + de nodo (vía `decorate`, §7.1); los proyectores (§7) siguen puros (ADR 0014). El símbolo público + re-exportado desde `bib2graph` es `NetworkArtifact` (`NetworkSpec` se importa desde `bib2graph.networks`). +- **`resolution`** (Louvain) e **`keyword_filter`** (issue #113, sub-red temática: filtra el corpus a los + papers cuyo `keywords_raw` matchee ANY substring case-insensitive antes de proyectar) son params de + spec, **fuera del `corpus_hash`** (como `min_weight`/`scope`): el seed de Louvain sigue siendo función + pura del `corpus_hash` (R2). +- **`load_specs`** (clave raíz `networks:` = lista; cada entrada se valida con `NetworkSpec(**entry)`) + da errores accionables (`ValueError`): YAML malformado, falta de raíz, entrada no-dict, o + `ValidationError` citando archivo + `red #` + campo. + +**Campos válidos de cada entrada del YAML** (`kind` obligatorio, resto con default; `extra="forbid"` → +campo desconocido se rechaza con `ValueError`; **`name:` NO es un campo** — anotá con comentario `#`): + +| Campo | Valores / tipo | Default | +|---|---|---| +| `kind` | `bibliographic_coupling` · `cocitation` · `author_collab` · `institution_collab` · `keyword_cooccurrence` | **(obligatorio)** | +| `min_weight` | `int` | `1` | +| `min_year` / `max_year` | `int` | `null` | +| `scope` | `full` · `seeds_only` | `full` | +| `clustering` | `louvain` · `label_prop` · `greedy_modularity` · `null` | `louvain` | +| `resolution` | `float` (solo Louvain) | `1.0` | +| `assortativity_attribute` | `str` (p. ej. `region`) | `null` | +| `layout` | `spring` · `kamada_kawai` · `circular` · `null` | `null` | +| `keyword_filter` | `list[str]` (ANY substring sobre `keywords_raw`) | `null` | ```yaml networks: - - kind: keyword_cooccurrence - keyword_filter: ["complex", "ecolog"] # papers con keywords tipo "Complexity"/"Ecological..." - kind: bibliographic_coupling - keyword_filter: ["assessment"] + min_weight: 2 + resolution: 1.5 + - kind: keyword_cooccurrence + keyword_filter: ["complex", "ecolog"] ``` -**Notas de contrato** (Hito 2, ADR [0014](decisiones/0014-proyeccion-redes-pesos-asortatividad.md)): - -- **`Networks.quick` arma 4 o 5 redes** (D3, AS-BUILT Hito 8b): coupling `full`, co-autoría, - institución y co-word **siempre** (4); suma la **co-citación** (→5) cuando el corpus tiene - `cited_by_id` poblado por `b2g enrich` (2º nivel de fetch del `OpenAlexEnricher`, ADR 0025), y la - **omite avisándolo por log** (→4) si esa columna está vacía (no se corrió `enrich`). El - `CoCitationProjector` también queda disponible vía - `Networks.build(corpus, NetworkSpec(kind="cocitation"))`. -- **`NetworkSpec` es un hook mínimo en v1** (modelo Pydantic ya consumido por `build`/`quick`); el - símbolo público re-exportado desde `bib2graph` es `NetworkArtifact` (no `NetworkSpec`, que se - importa desde `bib2graph.networks`). -- **AS-BUILT Hito 9 (2026-06-17) — capa declarativa YAML.** `NetworkSpec` gana `model_config = - ConfigDict(extra="forbid")` (campo desconocido → error) y el campo **`resolution: float = 1.0`** - (resolución de Louvain, propagada por `_build_artifact` a - `community_louvain.best_partition(..., resolution=...)`; **ignorada** en `label_prop`/ - `greedy_modularity`). `resolution` queda **fuera del `corpus_hash`** (es param de spec, no de - contenido — como `min_weight`/`scope`), así que el seed de Louvain sigue siendo función pura del - `corpus_hash` (R2) y la reproducibilidad/equivalencia de comunidades se mantienen. **`load_specs`** - (en `networks/spec.py`, re-exportada desde `bib2graph.networks`) carga la lista de specs desde un - YAML con clave raíz `networks:`; cada entrada se valida con `NetworkSpec(**entry)`. Errores - accionables (`ValueError`): YAML malformado, falta de raíz `networks:`, entrada no-dict, y - `ValidationError` citando archivo + `red #` (0-based) + campo. Ejemplo `redes.yaml`: - - ```yaml - networks: - - kind: bibliographic_coupling - min_weight: 2 - resolution: 1.5 - - kind: author_collab - clustering: label_prop - ``` - - Se ejecuta vía el subcomando **`b2g networks --spec redes.yaml`** (§convenciones CLI). DoD del - Hito 9 cubierto, incluida la **equivalencia build≡quick** (nodos + aristas + comunidades). - - **Ejemplo mínimo de `networks.yaml` válido** (copiable) — clave raíz `networks:` = lista; lo único - obligatorio de cada entrada es **`kind`**: - - ```yaml - networks: - - kind: bibliographic_coupling - ``` - - **Campos válidos de cada entrada** (nombres exactos; `kind` obligatorio, el resto con default): - - | Campo | Valores / tipo | Default | Obligatorio | - |---|---|---|---| - | `kind` | `bibliographic_coupling` · `cocitation` · `author_collab` · `institution_collab` · `keyword_cooccurrence` | — | **sí** | - | `min_weight` | `int` (peso mínimo de arista) | `1` | no | - | `min_year` | `int` | `null` | no | - | `max_year` | `int` | `null` | no | - | `scope` | `full` · `seeds_only` | `full` | no | - | `clustering` | `louvain` · `label_prop` · `greedy_modularity` · `null` | `louvain` | no | - | `resolution` | `float` (solo Louvain; ignorado en los demás) | `1.0` | no | - | `assortativity_attribute` | `str` (atributo categórico, p. ej. `region`) | `null` | no | - | `layout` | `spring` · `kamada_kawai` · `circular` · `null` | `null` | no | - - **`NetworkSpec` usa `extra="forbid"`:** cualquier campo fuera de la tabla **se rechaza** con un - `ValueError` accionable (no se ignora en silencio). Error común: **`name:` NO es un campo** — no hay - forma de nombrar una red en el spec; usá un comentario YAML (`#`) si querés anotarla. -- **AS-BUILT #25 — artefactos decorados:** `_build_artifact` (en `facade.py`) aplica `decorate` - (§7.1) sobre el grafo, así que `build`/`quick` devuelven artefactos con `label` legible + atributos - de nodo (`year`/`is_seed`/`curation_status`/`degree_centrality`/`community`) listos para el export - y la GUI. Los proyectores (§7) siguen puros (ADR 0014). - --- -## 11. Deduplicación fuzzy — AUTOMÁTICA en la ingesta (`rapidfuzz` núcleo, v1 — construido, Hito 7 + #88) - -> **Sincronizado con el preprocesamiento automático en la ingesta — #88 (AS-BUILT, 2026-06-18, -> ADR [0031](decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md)):** el dedup deja de ser -> "función de librería sin subcomando" (corte 0026) y pasa a ejecutarse **automáticamente en cada -> ingesta** (`seed`/`seed_from_bib`/`chain`/`restore`). **`rapidfuzz` pasa al núcleo** -> (`[project.dependencies]`); **el extra `[dedup]` se ELIMINA** y el import deja de ser perezoso. El -> **algoritmo** de 0026 (token_sort_ratio + Union-Find + canónico) **no cambia**: cambia *quién lo -> invoca y cuándo*. La consolidación de keywords (thesaurus) es el único paso **no automático** del -> preproc y se expone como el flag **`b2g build --thesaurus`** (#164; el verbo `b2g thesaurus` se -> retiró — §convenciones CLI, §6). +## 11. Deduplicación fuzzy — AUTOMÁTICA en la ingesta (`rapidfuzz` núcleo) **Dedup fuzzy determinista** con `rapidfuzz` (núcleo desde #88): el complemento aproximado de la normalización conservadora del `Preprocessor` (§6). Las funciones siguen exportadas desde @@ -2500,139 +1539,94 @@ def deduplicate_keywords(corpus: Corpus, *, threshold: float = 0.90) -> Corpus: """Colapsa variantes de `keywords_id` fuera del thesaurus por similitud de cadenas.""" ``` -**Notas de contrato** (Hito 7 + #88, ADR [0026](decisiones/0026-dedup-fuzzy-determinista.md) / +**Notas de contrato** (ADR [0026](decisiones/0026-dedup-fuzzy-determinista.md) / [0031](decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md)): - **Automático en la ingesta, cross-biblioteca:** las cuatro rutas (`seed`/`seed_from_bib`/`chain`/`restore`) hacen `existing.merge(incoming)` → `normalize_and_dedup(corpus_completo)` → `store.persist_replace(...)`. Corre sobre el corpus **completo** (no el lote) para deduplicar contra toda la biblioteca acumulada; se persiste con - **`persist_replace`** (DELETE+INSERT, §4.1) porque el upsert-concat D3 (`persist`) reintroduciría - las variantes colapsadas. `build`/`networks` siguen **puros** (el corpus ya entra deduplicado). -- **`threshold` por-campo** (autores `0.92` / keywords `0.90`; **ambas** lo reciben): se compara con - `rapidfuzz.fuzz.token_sort_ratio` (0–100) contra `threshold * 100`. Umbrales fijos en - `cli/_ingest.py` (ADR 0031). -- **Determinista e idempotente:** los pares ≥ umbral forman **componentes conexas** vía Union-Find - (iteración ordenada); el **canónico** del cluster es la variante más frecuente (papers distintos) - con desempate por `id` ascendente; se preserva el **orden de primera aparición** y **nunca se toca - `_raw`**. Mismo corpus + threshold + versión de `rapidfuzz` → mismo resultado (verificado - cross-`PYTHONHASHSEED`); converge en una pasada. **NO usa IA** (similitud de cadenas, no - semántica/LLM; ADR [0022](decisiones/0022-producto-sin-ia-generativa.md)). -- **`rapidfuzz` en el núcleo (#88):** `rapidfuzz>=3,<4` en `[project.dependencies]`; el import de - `preprocessors/dedup.py` es de nivel de módulo (ya **no** perezoso, ya **no** hay extra `[dedup]` - ni `uv sync --extra dedup`). Registra un `PreprocRef` en el `Manifest` con - `{library, rapidfuzz_version, scorer, threshold, n_clusters_collapsed}` (reproducibilidad a igual - versión del scorer, ADR 0017). -- **Campos en V1:** autores + keywords. **Instituciones diferidas** (`institutions_id` no está - normalizada determinísticamente hoy). `splink` (record-linkage probabilístico) **diferido a - post-V1** (ADR 0026). -- **Diferido a la epic GUI (#34):** la **revisión asistida de clusters ambiguos** (sugerir N - canónicos → el humano elige, determinista vía scores de `rapidfuzz`, **sin IA generativa**) requiere - superficie interactiva; hoy el dedup automático aplica el canónico determinista sin confirmar - (ADR 0031). **Deuda conocida:** el dedup por ingesta es O(n²) sobre el corpus completo - (optimización futura) y `test_run_seed_from_bib_reseed_incrementa_ronda` queda **skip** (#93, - crash `BibDataString`/`pyparsing` en reseed mismo-proceso; no afecta el CLI real). + **`persist_replace`** (§4.1) porque el upsert-concat D3 reintroduciría las variantes colapsadas. + `build` sigue **puro** (el corpus ya entra deduplicado). +- **`threshold` por-campo** (autores `0.92` / keywords `0.90`): `rapidfuzz.fuzz.token_sort_ratio` (0–100) + contra `threshold * 100`. Umbrales fijos en `cli/_ingest.py`. +- **Determinista e idempotente:** los pares ≥ umbral forman **componentes conexas** vía Union-Find; el + **canónico** del cluster es la variante más frecuente (desempate por `id` ascendente); se preserva el + **orden de primera aparición** y **nunca se toca `_raw`**. Mismo corpus + threshold + versión de + `rapidfuzz` → mismo resultado (verificado cross-`PYTHONHASHSEED`); converge en una pasada. **NO usa + IA** (similitud de cadenas, no semántica/LLM; ADR 0022). Registra un `PreprocRef` en el `Manifest` + (`{library, rapidfuzz_version, scorer, threshold, n_clusters_collapsed}`). +- **`rapidfuzz` en el núcleo:** `rapidfuzz>=3,<4` en `[project.dependencies]` (ya no hay extra `[dedup]`). +- **Campos en V1:** autores + keywords. **Instituciones diferidas**; `splink` (record-linkage + probabilístico) diferido a post-V1 (ADR 0026). **Deuda conocida:** el dedup por ingesta es O(n²) sobre + el corpus completo (optimización futura). La **revisión asistida de clusters ambiguos** (sugerir N + canónicos determinista vía scores, sin IA → el humano elige) requiere superficie interactiva y no está; + hoy el dedup aplica el canónico determinista sin confirmar. --- ## 12. Ejemplo de uso (ecuación → biblioteca viva → redes) -`DuckDBStore` se importa desde `bib2graph` (re-export **perezoso** vía PEP 562, §4.1): `import -bib2graph` no arrastra duckdb. `OpenAlexSource`/`BibtexSource`/`Networks`/`GraphMLExporter` están -**construidos** (Hitos 2 y 4). - -### 12.1 Hoy (v0.1) — corre con lo construido +### 12.1 Por CLI agente-native (el camino canónico) -De una ecuación a las redes, curando a mano (sin forrajeo ni CLI todavía): - -```python -from pathlib import Path -from bib2graph import OpenAlexSource, DuckDBStore, Networks, GraphMLExporter - -# 1) Sembrar desde una ecuación consciente (query ejecutada + reporte de límites visibles) -seed = OpenAlexSource(email="luis@sostaina.com").seed( - '"unequal ecological exchange" OR "intercambio ecológico desigual"') -print(seed.executed_query); print("\n".join(seed.translation_report)) +Se **inicia el workspace una vez** y, trabajando **dentro** de su carpeta, los comandos se resuelven por +ambiente. Con `B2G_JSON=1`, una línea JSON por comando (un agente corre el ciclo sin repetir `--json`): -# 2) Curar a mano (juicio humano): las semillas entran como `candidate` -corpus = seed.corpus.accept(ids=[...]).reject(ids=[...]) - -# 3) Persistir en la biblioteca viva (DuckDB; acumula entre corridas) + snapshot reproducible -store = DuckDBStore(Path("biblioteca.duckdb")) # 1 archivo = 1 investigación (ADR 0015/0016) -store.persist(corpus) -snap = store.load().snapshot(Path("snapshots/ied-2026-06-15")) - -# 4) Redes (acoplamiento sobre corpus completo, co-autoría, instituciones, co-word) + export -for art in Networks.quick(snap.corpus): - GraphMLExporter().export(art.graph, art.metrics, out_dir=Path(f"redes/{art.spec.kind}")) +```bash +b2g init ied # crea ./ied/ (workspace.json + library.duckdb + …) +cd ied # a partir de acá el workspace se resuelve por cwd +export B2G_JSON=1 +b2g seed --equation '"unequal ecological exchange"' --max-results 50 \ + --exclude "blockchain" --email tu@correo.org # --exclude (repetible): negaciones en el translation_report +b2g chain --direction both --max-candidates 300 # → FORAGED (+ pasada refs→DOI automática) +b2g curate dump # vuelca candidatos a exports/curacion.csv (revisar offline) +b2g curate apply curacion.csv # aplica accepted/rejected en lote +b2g build --max-citing 50 --email tu@correo.org # → BUILT; co-citación (cited_by) sobre las aceptadas +b2g read top --kind bibliographic_coupling # salida de investigación (nodos centrales + co-citación) +b2g export --format graphml # serializa networks/ a exports/ +b2g snapshot create # foto reproducible (parquet + manifest.json) +b2g status # CycleState + round + curation_available + workspace ``` -### 12.2 Con forrajeo y thesaurus (Hito 5 — construido) +Migración de un `.duckdb` legacy: corré **`b2g init .`** en su carpeta para adoptarlo como workspace. +El **modo declarativo** se invoca con **`b2g build --spec redes.yaml`** (carga `load_specs` → `Networks.build` +por red, escribe `networks//`, transiciona a `BUILT` y sella `.corpus_hash`). + +### 12.2 Como librería Python -`Forager`/`Preprocessor`/filtros están **construidos** (Hito 5). El *information scent* es -frecuencia de enlace; `preview` opera sin red (forward → `chain`); los filtros marcan `rejected`: +El mismo dominio sin CLI (el núcleo es puro y testeable; el forrajeo y el store hacen I/O): ```python +from pathlib import Path from bib2graph import ( - OpenAlexSource, Forager, Preprocessor, FilterCriterion, apply_filters, + OpenAlexSource, Forager, Preprocessor, DuckDBStore, Networks, GraphMLExporter, + FilterCriterion, apply_filters, ) -# 2') Forrajear: candidatos rankeados por information scent (depth=1, preview SIN red) -forager = Forager(OpenAlexSource(email="luis@sostaina.com"), depth=1, max_candidates=300) -prev = forager.preview(seed.corpus) # backward exacto; forward → chain -print(prev.estimated_new, prev.forward_requires_fetch) # p. ej. 142 True -ranked = forager.chain(seed.corpus) # forward fetchea citantes -# AS-BUILT #54: el backward observa sin materializar → ranked.observed_refs (no van a ranked.corpus); -# AS-BUILT #78: el forward materializa filas con metadata REAL (no placeholders). Ver §5. +# 1) Sembrar (query ejecutada + reporte de traducción visibles) +seed = OpenAlexSource(email="tu@correo.org").seed( + '"unequal ecological exchange" OR "intercambio ecológico desigual"') +print(seed.executed_query, "\n".join(seed.translation_report)) + +# 2) Forrajear (depth=1; backward observa sin materializar, forward materializa filas reales) +forager = Forager(OpenAlexSource(email="tu@correo.org"), depth=1, max_candidates=300) +ranked = forager.chain(seed.corpus) -# 3') Curar lo forrajeado, normalizar y aplicar el thesaurus multilingüe determinista +# 3) Curar + normalizar + thesaurus determinista corpus = seed.corpus.merge(ranked.corpus).accept(ids=[...]).reject(ids=[...]) corpus = Preprocessor().normalize(corpus) -corpus = Preprocessor().apply_thesaurus(corpus, Path("thesaurus_ied.json")) # puebla keywords_id +corpus = Preprocessor().apply_thesaurus(corpus, Path("thesaurus_ied.json")) -# 4') Filtrar (PRISMA): marca rejected, NO borra; sella Manifest.filters con los conteos +# 4) Filtrar (PRISMA: marca rejected, no borra) + persistir + snapshot + redes corpus, steps = apply_filters(corpus, [ FilterCriterion(field="year", op="gte", value=2010), FilterCriterion(field="language", op="in", value=["en", "es", "pt"]), ]) -for s in steps: - print(s.name, s.count_before, "→", s.count_after) -``` - -### 12.3 Por CLI agente-native (Hito 6 — construido) - -El mismo flujo, sin escribir Python, vía `b2g`: se **inicia el workspace una vez** y, trabajando -**dentro** de su carpeta, los comandos se resuelven por ambiente (sin `--store` repetido). Una línea -JSON por comando: - -```bash -b2g init ied # crea ./ied/ (workspace.json + library.duckdb + networks/…) -cd ied # a partir de acá el workspace se resuelve por cwd -b2g seed --equation '"unequal ecological exchange"' --max-results 50 \ - --exclude "blockchain" --exclude "machine learning" \ - --email luis@sostaina.com --json # --max-results: muestra chica · --exclude (repetible): negaciones, quedan en el translation_report -b2g chain --direction both --max-candidates 300 --max-citing 50 --json -b2g filter --year-gte 2010 --language en --language es --json -b2g accept --ids doi:abc123 --ids doi:def456 --json -b2g build --json # escribe networks/ + sella networks/.corpus_hash -b2g export --format graphml --out-dir redes/ --json -b2g status --json # CycleState + round + curation_available + workspace + conteos -``` - -Migración de un `.duckdb` legacy: corré **`b2g init .`** en su carpeta para adoptarlo como -workspace (`--store` y el modo degenerado fueron eliminados en -[#75](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/75)). - -El **modo declarativo** (`NetworkSpec` desde un YAML versionable) está **construido** y se invoca con -**`b2g build --spec redes.yaml`** (AS-BUILT #159): un YAML versionable describe qué redes calcular. - -```bash -# Pipeline declarativo desde un YAML versionable (dentro del workspace) -b2g build --spec redes.yaml --json # carga load_specs(redes.yaml) → Networks.build por red → - # escribe networks// (GraphML + metrics.json + clusters.csv) - # transiciona a BUILT y sella .corpus_hash (D1, ADR 0038) +store = DuckDBStore(Path("ied/library.duckdb")); store.persist(corpus) +snap = store.load().snapshot(Path("ied/snapshots/ied")) +for art in Networks.quick(snap.corpus): + GraphMLExporter().export(art.graph, art.metrics, out_dir=Path(f"ied/networks/{art.spec.kind}")) ``` -`b2g build --spec` es un **paso BUILD pleno**: transiciona el `CycleState` a `BUILT` y sella -`networks/.corpus_hash`. El alias `b2g networks --spec` (**en deprecación**, cierra 0.11.0) hace lo -mismo pero **NO** transiciona ni sella (ad-hoc transversal al lazo). Ver §convenciones CLI. +`DuckDBStore` se importa desde `bib2graph` (re-export **perezoso** vía PEP 562, §4.1): `import bib2graph` +no arrastra duckdb. diff --git a/docs/ARCHITECTURE.md b/docs/ARCHITECTURE.md index 50807d7..92cfe26 100644 --- a/docs/ARCHITECTURE.md +++ b/docs/ARCHITECTURE.md @@ -1,48 +1,12 @@ -# ARQUITECTURA — bib2graph (objetivo / north star) - -> Arquitectura **deseada** de la V1, no un estado as-built. El as-built de v0 (con sus -> problemas) está en [`Notas/03-referencia/arquitectura-v0.md`](Notas/03-referencia/arquitectura-v0.md) -> y NO debe tomarse como objetivo. Fecha: 2026-06-15. -> -> Reconcilia este doc con el **giro** (`Notas/04`–`06`) y el [`PRD.md`](PRD.md) reescrito. -> Decisiones que lo sustentan, en [`decisiones/`](decisiones/): tabla canónica Arrow -> [0006](decisiones/0006-tabla-canonica-y-networkspec.md); **OpenAlex backbone** -> [0007](decisiones/0007-openalex-backbone.md); **wedge = forrajeo** -> [0008](decisiones/0008-wedge-forrajeo.md); **biblioteca viva en DuckDB** -> [0009](decisiones/0009-biblioteca-viva-duckdb.md); **agente-native columna** -> [0010](decisiones/0010-agente-native-columna.md); **thesaurus** -> [0011](decisiones/0011-thesaurus-multilingue.md). El método bibliométrico está en -> [`metodología.md`](Notas/metodología.md). -> -> **AS-BUILT vs TARGET (importante):** este doc describe el diseño **objetivo** tras el red-team -> de la [Nota 06](Notas/06-critica-as-built-v0.2.md). Donde el código v0.2 difiere del objetivo, -> el bloque está marcado **`TARGET`** (lo que debe construirse) y/o **`AS-BUILT v0.2`** (lo que hay -> hoy). La tanda de **remediación** que cierra esa brecha está secuenciada **por dependencia** en el -> [`ROADMAP.md`](ROADMAP/README.md) (Hitos **R1–R5**), antes de los hitos nuevos: **R1** cimientos -> (constants/modelos/schema), **R2** identidad-vs-procedencia (hash/reloj/Louvain), **R3** ciclo -> (`cycle.py`/`reseed`/curación transversal), **R4** scent bibliométrico (proyectores; retiro de -> IA), **R5** robustez (bulk-load/UTF-8/footguns). -> -> **Decisión bloqueada por el PO (2026-06-15) — el producto NO usa IA generativa.** La -> "inteligencia" que asiste el forrajeo es **estructura bibliométrica como *information scent***, -> **determinista y reproducible** (acoplamiento / co-citación / centralidad sobre el corpus), **sin -> LLM ni embeddings**. Se **elimina** `explain_candidate`, el módulo `foraging/explain.py` y el -> extra `[llm]`; la **"máquina de tensiones" / sensemaking asistido por IA se quita del alcance por -> completo** (no se difiere: se borra del producto). El sensemaking sigue siendo **humano**, -> asistido por las redes — no por IA. Queda **un solo** sentido de "AI-in-the-loop": el *desarrollo* -> es asistido por IA; el *producto* no usa IA. Ver ADR [0020](decisiones/0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md) -> (scent bibliométrico), [0008](decisiones/0008-wedge-forrajeo.md) (tensiones removidas) y -> [0022](decisiones/0022-producto-sin-ia-generativa.md) (el producto no usa IA generativa). -> -> **Cambios mayores respecto a la versión previa de este doc:** la fuente de referencia pasó de -> **BibTeX a OpenAlex** (ADR 0007); la persistencia por defecto pasó de **snapshot inmutable / -> InMemoryStore** a un **`Store` stateful en DuckDB** (biblioteca viva; ADR 0009), con el -> snapshot demotado a *export*; se agregaron al núcleo el **forrajeo/chaining** y el **thesaurus -> multilingüe**; se incorporó una **capa base de vocabulario + modelos** (`constants` / `schemas`, -> con `ProvenanceEvent` consolidado en `schemas.py` —no en un `models.py` aparte—, ADR -> [0023](decisiones/0023-capa-constants-modelos-schema.md)) y el **ciclo como -> dominio puro** (`cycle.py` con FSM cíclico, ADR 0016 enmendado); y se **retiró la rama de IA** -> generativa (ADR 0022). +# ARQUITECTURA — bib2graph + +> Diseño de la librería: un **núcleo puro rodeado de costuras**, apoyado en una capa base de +> vocabulario y modelos. El **producto NO usa IA generativa** (ADR +> [0022](decisiones/0022-producto-sin-ia-generativa.md)): la asistencia del forrajeo es **estructura +> bibliométrica determinista** (*information scent*), sin LLM ni embeddings. El desarrollo sí es +> asistido por IA; el producto no. El "porqué" de cada decisión vive en los ADR de +> [`decisiones/`](decisiones/) (linkeados en cada sección); el método en +> [`Notas/metodología.md`](Notas/metodología.md); los contratos públicos en [`API.md`](API.md). ## 1. Idea en un párrafo @@ -50,44 +14,23 @@ y modelos**. La **capa base** (`constants`, `schemas`; ADR [0023](decisiones/0023-capa-constants-modelos-schema.md)) es la **fuente única** de nombres de columna, estados de curación, tipos de red y del evento de procedencia (`ProvenanceEvent` vive en -`schemas.py`, no en un `models.py` separado) — todo el resto depende de ella. El **núcleo puro** opera sobre un `Corpus` en memoria (una **tabla canónica Arrow**) y nunca -hace red ni servidores: proyecta el corpus a redes, las analiza y las exporta, normaliza/cura la -tabla, y **modela el ciclo** de investigación como una máquina de estados de dominio (`cycle.py`, -ADR [0016](decisiones/0016-maquina-estados-lazo.md)). Alrededor hay costuras: **`Source`** (sembrar +`schemas.py`, no en un `models.py` separado) — todo el resto depende de ella. El **núcleo puro** opera +sobre un `Corpus` en memoria (una **tabla canónica Arrow**) y nunca hace red ni servidores: proyecta el +corpus a redes, las analiza y las exporta, normaliza/cura la tabla, y **modela el ciclo** de +investigación como una máquina de estados de dominio (`cycle.py`, ADR +[0016](decisiones/0016-maquina-estados-lazo.md)). Alrededor hay costuras: **`Source`** (sembrar el corpus por **ingesta de doble puerta** —ecuación de búsqueda **o** archivo `.bib`, ambas **primarias**; ADR [0035](decisiones/0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md)— con *OpenAlex* como -motor de extracción de referencia, intercambiable), el -**forrajeo/chaining** (expandir el corpus rankeando candidatos por *information scent* — **estructura -bibliométrica determinista, sin IA**), **`Store`** (persistir — *DuckDB stateful por defecto*: la -**biblioteca viva**) y `Enricher` (señal extra, opt-in). El flujo **no es lineal**: es el **ciclo -iterativo** de exploración (sembrar → forrajear → curar → la idea muta → re-sembrar), y la -biblioteca viva en DuckDB es el sustrato que lo sostiene entre corridas. - -> **PARCIALMENTE CONSTRUIDO (2026-06-18) — frontends de frontera + capa de servicios neutral, ADR -> [0027](decisiones/0027-pivote-posicionamiento-gui-local.md)/[0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md) -> (Aceptados; GUI gateada por [#34](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/34)).** La **capa -> de servicios neutral `src/bib2graph/service/` ya existe** (G1: contrato subido desde `cli/`; G2: -> 6 lecturas read-only en `service/reads.py`, AS-BUILT 2026-06-18), la **API local FastAPI** -> (`src/bib2graph/api/`) **ya está construida** (G3, AS-BUILT 2026-06-18: 7 endpoints + token Bearer + -> mapeo código→HTTP + 19º subcomando `b2g gui`) y la **SPA `frontend/` también está construida** (G4, -> AS-BUILT 2026-06-18: React 18 + Vite + TS + Cytoscape/fcose + Zustand + Tailwind + TanStack Query, -> **pnpm**, dirección visual D-2; consume los 7 endpoints reales; el token se inyecta en el `index.html` -> servido). El **empaquetado** (G5, AS-BUILT 2026-06-18: el wheel vendorea el build del frontend vía -> `force-include` + job CI JS, §4.4/§7) **cierra el build del MVP** — **los 5 hitos G1–G5 están -> AS-BUILT**. Lo único pendiente es el **gate #34** (un tercero usa la GUI sin ayuda), que **no es -> construcción** sino el criterio de aceptación de producto de la epic. -> **ESTADO 0.8 — la GUI quedó ROTA A PROPÓSITO ([#117](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/117)):** -> el rename de columna a **`source_id`** (ADR 0036) la rompió de forma deliberada; **no funciona hoy** -> hasta que la API/SPA se actualicen al nuevo nombre. El "AS-BUILT G1–G5" describe lo que se construyó -> en 0.6, no que la GUI corra en 0.8. Sobre ese núcleo + costuras se -> montan **tres frontends de frontera** — **CLI** -> (`b2g`, Click, la columna agente-native, ADR 0010/0021) · **API local** (FastAPI, opt-in `[gui]`) · -> **SPA** (frontend "tool for thought" en `frontend/`). Los tres **convergen en una capa de servicios -> neutral** `src/bib2graph/service/` (agnóstica de transporte: sin `print`, `sys.exit`, Click ni -> FastAPI) que contiene **la orquestación** (lo que hoy es `run_`) **+ el contrato** (envelope -> `schema="1"`, jerarquía de errores `B2GError`, mapeo error→código) **subido desde `cli/`**. CLI y API -> son **adaptadores delgados** sobre `service/`; ninguno importa al otro. El **contrato externo -> (`schema="1"`, exit codes) NO cambia**. Detalle en §4.4 y §6.3. +motor de extracción de referencia, intercambiable), el **forrajeo/chaining** (expandir el corpus +rankeando candidatos por *information scent* — **estructura bibliométrica determinista, sin IA**), +**`Store`** (persistir — *DuckDB stateful por defecto*: la **biblioteca viva**) y `Enricher` (señal +extra, opt-in). El flujo **no es lineal**: es el **ciclo iterativo** de exploración (sembrar → +forrajear → curar → la idea muta → re-sembrar), y la biblioteca viva en DuckDB es el sustrato que lo +sostiene entre corridas. + +La frontera de frontera es el **CLI `b2g`** (Click, agente-native, ADR 0010/0021): la columna que +humanos y agentes usan para correr el ciclo. No hay GUI ni servidor web en la librería (la experiencia +visual library-centric vive en un producto separado; ADR [0040](decisiones/0040-retiro-gui-local.md)). ## 2. Vista de alto nivel @@ -116,43 +59,16 @@ biblioteca viva en DuckDB es el sustrato que lo sostiene entre corridas. │ (stateful) │ corridas, log de procedencia + estado del ciclo │ │ (CycleState + ronda; dominio en cycle.py, ADR 0016). │ DuckDBStore │ Snapshot = export sellado. 1 archivo = 1 escritor - │ = fachada │ (single-writer, ADR 0019). Store/Zotero(1.1)/Neo4j - │ Store→Zotero │ = costura externa opt-in, NO la persistencia primaria. + │ = fachada │ (single-writer, ADR 0019). Store/Zotero/Neo4j + │ │ = costura externa opt-in, NO la persistencia primaria. └─────────────┘ ``` El **`DuckDBBackend` es el backend por defecto del `Corpus`** (ADR -[0015](decisiones/0015-corpus-tabular-backend.md)), no un `Store` separado: persiste, muta por SQL -`UPDATE`/`MERGE` por `id` y aloja el `LoopState` (ADR -[0016](decisiones/0016-maquina-estados-lazo.md)). El **`DuckDBStore` es su fachada** de costura -(`persist`/`load`); la costura `Store` sigue siendo el punto de extensión externo -(`ZoteroStore`/`Neo4jStore`, opt-in). Lo marcado `Zotero(1.1)`, `Neo4j` son costuras -secundarias/futuras (la **ingesta `.bib` SÍ es puerta primaria**, ADR 0035; no es costura secundaria). La **máquina de tensiones** (sensemaking asistido por IA) **se retiró del -producto** (ADR [0008](decisiones/0008-wedge-forrajeo.md) / [0022](decisiones/0022-producto-sin-ia-generativa.md)): -el sensemaking lo hace el **humano**, leyendo las redes — no hay IA generativa en el producto. Solo -se publica lo que existe. - -> **TARGET (2026-06-18) — frontends → capa de servicios neutral, ADR -> [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md) (Aceptado; gateado por -> [#34](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/34) — NO implementado).** El diagrama de -> arriba es el **flujo de datos del núcleo**. La GUI agrega tres frontends de frontera que **convergen -> en una capa de servicios neutral** (no en `run_` directo: ese ajuste es la corrección del -> 2026-06-18 sobre el encuadre original — `run_` solo devuelve el payload `data`, mientras el -> contrato vivía en `cli/`): -> -> ``` -> SPA (JS, grafo-lienzo) ──HTTP/JSON──► API local (FastAPI, 127.0.0.1, opt-in [gui]) -> CLI b2g (Click) ──────────────────────────────────────┐ │ -> ▼ ▼ -> capa de servicios NEUTRAL src/bib2graph/service/ -> (orquestación = lo que hoy es run_ -> + contrato: envelope schema="1", errores B2GError, mapeo→código) -> ▼ -> NÚCLEO PURO (corpus, cycle, projectors, analyzer) + costuras -> ``` -> -> CLI y API son **adaptadores delgados** de `service/`; el CLI traduce el código a exit code y la API a -> HTTP status (§6.3, §4.4). El contrato externo (`schema="1"`, exit codes) **no cambia**. +[0015](decisiones/0015-corpus-tabular-backend.md)), no un `Store` separado: persiste, muta por SQL y +aloja el `CycleState` (ADR [0016](decisiones/0016-maquina-estados-lazo.md)). El **`DuckDBStore` es su +fachada** de costura; la costura `Store` (`ZoteroStore`/`Neo4jStore`) es el punto de extensión externo +opt-in. El sensemaking lo hace el **humano** leyendo las redes — no hay IA generativa en el producto. ## 3. El núcleo (puro, sin red ni servidores) @@ -168,34 +84,24 @@ pipeline. Su contenido es **una sola tabla Arrow** (`pa.Table`) con schema fijo validada por el wrapper público con **Pydantic v2** (ADR 0006). `Paper`/`Author`/`Keyword`/ `Institution` **no son tipos del modelo**: son **vistas derivadas** vía `groupby + explode`. -**El `Corpus` se respalda en un `TabularBackend` (Protocol) y delega las mutaciones** (ADR +El `Corpus` se respalda en un `TabularBackend` (Protocol) y **delega las mutaciones** (ADR [0015](decisiones/0015-corpus-tabular-backend.md)): `InMemoryBackend` (puro, tests + working set efímero) o `DuckDBBackend` (biblioteca viva por defecto, mutación por SQL `UPDATE`/`MERGE` por `id`). El **núcleo no importa `duckdb`**: depende del Protocol. `corpus.to_arrow()` es el **puente estable a los proyectores/analizadores puros** — solo cambia el *contenedor*, no el núcleo de análisis. Las reglas de identidad/hash/merge (ADR [0013](decisiones/0013-identidad-hash-merge-corpus.md), D1/D2/D3) son contrato que cada backend -cumple a su manera. - -**AS-BUILT R5 — bulk-load (Nota 06 RAÍZ 3):** los loaders (seed/load OpenAlex, BibTeX, Forager) -construyen la tabla Arrow **de una vez** con `Corpus.from_arrow` (precomputando los `id` con el helper -`corpus._rows_with_ids`), en vez del loop `add_paper`/`_clone` que **re-upserteaba la tabla entera por -fila** (O(n²)). Cargar un corpus mediano deja de ser cuadrático. - -**Columnas** (esquema completo en [`API.md`](API.md) §1 — *pendiente de reconciliar*): - -- Identidad/metadatos: `id` (interno estable; hash de `doi`/`source_id`, ADR 0036), `source_id` - (id del motor de extracción, agnóstico —antes `openalex_id`), `doi`, `title`, `year`, - `abstract`, `source`, `language`, `publisher`, `research_areas`. -- **Estado de pipeline / curación** (no contamina la entidad): `is_seed` (bool), - `curation_status` (`candidate` / `accepted` / `rejected`), `provenance` (JSON: ecuación, salto - de chaining, fuente, fecha, decisión humana — base del **log de procedencia**, ADR 0009). -- **Relaciones de entrada** (datos crudos): `authors_raw` / `authors_id`, - `authors_affiliations` (**per-autor**, de OpenAlex), `keywords_raw` / `keywords_id`, - `institutions_raw` / `institutions_id`, `references_id`/`references_doi` y `cited_by_id` - (**de OpenAlex**, ya no de un Enricher — ADR 0007). -- **Relaciones derivadas** (las producen los Proyectores, NO viven en el corpus): - `BIB_COUPLED_WITH`, `CO_CITED_WITH`, `COLLABORATED_WITH`, `CO_OCCURRENCE`. +cumple a su manera. Los loaders (seed, BibTeX, Forager) construyen la tabla Arrow **de una vez** con +`Corpus.from_arrow` (carga bulk, no upsert por fila). + +**Columnas** (esquema completo en [`API.md`](API.md) §1): identidad/metadatos (`id` interno estable +—hash de `doi`/`source_id`, ADR 0036—, `source_id` agnóstico al motor, `doi`, `title`, `year`, +`abstract`, `source`, `language`, …); **estado de pipeline/curación** que no contamina la entidad +(`is_seed`, `curation_status` ∈ {`candidate`,`accepted`,`rejected`}, `provenance` = log append-only, +ADR 0009); **relaciones de entrada** crudas (`authors_*`, `keywords_*`, `institutions_*`, +`references_id`/`references_doi`, `cited_by_id` — **de OpenAlex**, ya no de un Enricher, ADR 0007). +Las **relaciones derivadas** (`BIB_COUPLED_WITH`, `CO_CITED_WITH`, `COLLABORATED_WITH`, +`CO_OCCURRENCE`) las producen los Proyectores y **no viven en el corpus**. ### 3.2 `Projector` — corpus → red @@ -209,30 +115,23 @@ Toma un `Corpus` y devuelve un `networkx.Graph` ponderado: | colaboración de instituciones | instituciones vía co-firmas | `institutions_id` | barato | | co-ocurrencia de keywords | keywords juntas en un paper | `keywords_id` (normalizadas por thesaurus) | barato | -**Verdad de dependencias (ADR 0007):** con OpenAlex como backbone, las referencias y los -citantes **ya vienen en el corpus**; el `Enricher` deja de ser estructural. El **acoplamiento** -(barato, mira hacia adelante, usa refs que las semillas ya traen) es **ciudadano de primera** -(crítica #2). La **co-citación** sigue siendo la más cara: necesita los citantes *con sus -propias citas* (segundo nivel de fetch). El acoplamiento opera sobre el **corpus completo**, no -solo `is_seed` (rediseño validado en el sandbox IED). **AS-BUILT (Hito 8b ✅):** ese 2º nivel ya está -cableado end-to-end — `b2g enrich` puebla `cited_by_id` (vía `OpenAlexSource.fetch_citing_batch`, -§4.2) y `Networks.quick` incluye la co-citación cuando esa columna está poblada. +Con OpenAlex como backbone, las referencias y los citantes **ya vienen en el corpus**; el `Enricher` +deja de ser estructural. El **acoplamiento** (barato, mira hacia adelante, usa refs que las semillas +ya traen) es **ciudadano de primera**. La **co-citación** sigue siendo la más cara: necesita los +citantes *con sus propias citas* (segundo nivel de fetch, que puebla `cited_by_id`). El acoplamiento +opera sobre el **corpus completo**, no solo `is_seed`. La co-citación end-to-end está cableada: la +pasada de enriquecimiento puebla `cited_by_id` y `Networks.quick` incluye la red cuando esa columna +tiene datos. ### 3.3 `Analyzer` — red → resultados -Funciones puras sobre `networkx.Graph`: - -- **Métricas de red:** densidad, componentes, clustering. -- **Centralidad:** grado, intermediación. -- **Comunidades:** Louvain, propagación, modularidad voraz (con score). Louvain depende de - `python-louvain`: se **declara** y, si falta, **falla fuerte** (lección 7). -- **Asortatividad** (validado en el sandbox IED): por un **atributo categórico configurable** - (p. ej. región geográfica) y **por grado**, más la **composición de cada comunidad** por ese - atributo. Las métricas que dependen de un **proxy** (p. ej. afiliación por-paper vs per-autor) - se reportan **con el disclaimer del proxy** ("fácil pero consciente"). El atributo y sus - categorías son **config del usuario**, no umbrales hardcodeados (crítica #5). -- **Informe de calidad** de la co-citación según [`metodología.md`](Notas/metodología.md) §4, con - umbrales **configurables**. +Funciones puras sobre `networkx.Graph`: **métricas** (densidad, componentes, clustering), +**centralidad** (grado, intermediación), **comunidades** (Louvain —declara `python-louvain`, falla +fuerte si falta—, propagación, modularidad voraz), **asortatividad** (por un **atributo categórico +configurable** —p. ej. región— y por grado, más la **composición de cada comunidad**; las métricas +sobre un **proxy** se reportan con su disclaimer; el atributo es config del usuario, no hardcodeado) e +**informe de calidad** de la co-citación ([`metodología.md`](Notas/metodología.md) §4, umbrales +configurables). ### 3.4 `Exporter` — resultados → archivos @@ -244,37 +143,26 @@ Orquestación pura sobre la costura `Source`: dado el corpus actual, computa can **backward chaining** (referencias de las semillas) y **forward chaining** (citantes), y los **rankea por *information scent***. El *information scent* es **estructura bibliométrica determinista y reproducible**, **sin LLM ni embeddings** (ADR -[0020](decisiones/0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md) actualizado; +[0020](decisiones/0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md); [0022](decisiones/0022-producto-sin-ia-generativa.md)): el forrajeo **consume el núcleo de -proyección** (§3.2, primitivo `collect_item_to_papers`) — un candidato rankea por cuánto se co-cita -(backward) o cita directamente (forward) respecto del corpus curado. - -- **`AS-BUILT R4` (2026-06-16):** el scent consume el primitivo público `collect_item_to_papers` - de `networks/projectors.py` (lo que la [Nota 05](Notas/05-ciclo-investigacion-humano.md) §4 - promete): el forrajeo (costura) **depende del núcleo de proyección** (puro), nunca al revés. - Sigue siendo **función pura y determinista** (mismo corpus → mismo ranking). - - **Backward** = **fuerza de co-citación con el corpus**: `|{Pi ∈ corpus : X ∈ Pi.references_id}|` - (cuántos corpus-papers co-citan al candidato; es la columna de `X` en la matriz de co-citación). - - **Forward** = **fuerza de citación directa al corpus** (señal primaria): a cuántos corpus-papers - cita el candidato directamente — robusta, siempre > 0 para un citante real. - `forward_score(Y) = |{ref ∈ Y.references_id : ref ∈ corpus_ids}|` (emite con `direct > 0`). *(El - AS-BUILT inicial de R4 implementó el forward como **acoplamiento puro**, que degenera a 0 con - referencias ralas; se **corrigió a citación directa dentro de R4** — ver ADR - [0020](decisiones/0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md) AS-BUILT.)* - - **Centralidad** de red del candidato: **diferida** (viz); el DoD "y/o" se cumple con - co-citación + citación-directa. - -Reglas (ADR 0008, nota 07): **profundidad 1 por defecto** (`depth>1` lanza `NotImplementedError`); -**preview de crecimiento** ("sumaría ~N papers") **sin red** —backward exacto local; forward no -estimable sin fetch (`forward_requires_fetch`)— y **tope** (`max_candidates`) configurable antes de -traer; **pool cortés** de OpenAlex. Forward exige `source.fetch_citing(...)` (capacidad de -`OpenAlexSource`, **no** del Protocol `Source`). **No hay paso de IA:** `explain_candidate`, el -módulo `foraging/explain.py` y el extra `[llm]` quedan **eliminados** (ADR 0022) — el "porqué" de un -candidato lo explica la **estructura visible** (con qué del corpus se acopla/co-cita), no un LLM. - -> **Sesgo de confirmación (Nota 06, rigor):** rankear por estructura ya presente refuerza lo central -> y popular (efecto Mateo). El scent es ayuda de **priorización**, no de **exhaustividad**: la -> exhaustividad PRISMA la sostienen los filtros y el conteo de exclusiones, no el scent. +proyección** (§3.2, primitivo `collect_item_to_papers`), nunca al revés. Es función pura y +determinista (mismo corpus → mismo ranking). + +- **Backward** = **fuerza de co-citación con el corpus** (cuántos corpus-papers listan al candidato en + `references_id`; no toca la red). **Observa sin materializar:** los IDs van a la tabla hermana + `referenced_but_not_fetched`, fuera del `corpus_hash`, no a filas-fantasma del corpus. +- **Forward** = **fuerza de citación directa al corpus** (señal primaria, robusta). **Materializa + filas reales** con la metadata que la query de citantes ya trae (cero red extra). Exige + `source.fetch_citing(...)` (capacidad de `OpenAlexSource`, no del Protocol `Source`). + +Reglas (ADR 0008): **profundidad 1 por defecto** (`depth>1` lanza `NotImplementedError`); **preview de +crecimiento sin red** (backward exacto local; forward no estimable sin fetch) y **tope** +(`max_candidates`) configurable; **pool cortés** de OpenAlex. **No hay paso de IA:** el "porqué" de un +candidato lo explica la **estructura visible**, no un LLM. + +> **Sesgo de confirmación:** rankear por estructura ya presente refuerza lo central y popular (efecto +> Mateo). El scent es ayuda de **priorización**, no de **exhaustividad**: la exhaustividad PRISMA la +> sostienen los filtros y el conteo de exclusiones, no el scent. ### 3.6 `Preprocessor` — normalización (núcleo) @@ -283,12 +171,9 @@ Determinístico e idempotente: canonicalización **conservadora** de nombres de **normalización de keywords vía thesaurus multilingüe** (en/es/pt; dict `canónico → aliases` en JSON portable; ADR 0011). Lo *fuzzy* (dedup aproximado de autores y keywords) corre **automáticamente en la ingesta** con `rapidfuzz` **en el núcleo** (ADR -[0031](decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md), #88 — **supersede** en parte -[0026](decisiones/0026-dedup-fuzzy-determinista.md): el dedup deja de ser función de librería y el -extra `[dedup]` se elimina, `rapidfuzz` pasa al núcleo; `splink` sigue diferido a post-V1). **No hay fallback -semántico/LLM del thesaurus** (ADR -[0011](decisiones/0011-thesaurus-multilingue.md) enmendado / 0022): el thesaurus es **curado y -determinista**; lo que no matchea queda fuera, sin inventar conceptos con un modelo. +[0031](decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md), #88). **No hay fallback +semántico/LLM del thesaurus** (ADR 0011/0022): el thesaurus es **curado y determinista**; lo que no +matchea queda fuera, sin inventar conceptos con un modelo. ## 4. Las costuras (puntos de extensión) @@ -307,180 +192,61 @@ redes parciales y lo reportan (no fallan). Esto habilita fuentes regionales (Sci Referencia) sin obligarlas a entregar lo que no tienen. **Implementación de referencia: OpenAlex** (ADR 0007): traduce la **ecuación de búsqueda** a una -query OpenAlex, muestra la **query ejecutada + reporte de traducción** (qué mapeó limpio, qué se -aproximó, qué se descartó), y trae mínimo + enriquecimiento completo (`references_id`, -`cited_by_id`, afiliaciones per-autor) y ancla `Manifest.openalex_version` (ADR -[0017](decisiones/0017-reproducibilidad-historia-snapshot.md)). Power-users pueden pasar query -OpenAlex nativa (escape hatch). **La ingesta desde archivo `.bib` es una puerta primaria** (ingesta -de **doble puerta**: ecuación **o** `.bib`; ADR -[0035](decisiones/0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md)) para sembrar desde *pearls* conocidos -(`BibtexSource`, acceso defensivo a campos; el sandbox documenta un bug de `bibtexparser` que exige un -pre-procesador). La ingesta `.bib` **resuelve DOI→`source_id`** contra el motor de extracción -(`b2g resolve` / `seed --from-bib --resolve`) para reconciliar las *pearls* con el corpus. -SciELO/Redalyc/La Referencia, RIS/CSV: futuras, no publicadas. Un -**reporte de cobertura/calidad** por seed/source (concreto v0.2+, ADR 0018) mide qué tan completa -es la fuente y alimenta el juicio de cuándo cambiar de `Source`. +query OpenAlex, muestra la **query ejecutada + reporte de traducción**, y trae mínimo + +enriquecimiento (`references_id`, afiliaciones per-autor; `cited_by_id` lo puebla el chaining) y ancla +`Manifest.openalex_version` (ADR [0017](decisiones/0017-reproducibilidad-historia-snapshot.md)). +Power-users pueden pasar query OpenAlex nativa. **La ingesta desde archivo `.bib` es una puerta +primaria** (doble puerta: ecuación **o** `.bib`; ADR 0035) para sembrar desde *pearls* conocidos +(`BibtexSource`, acceso defensivo a campos), y **resuelve DOI→`source_id`** contra el motor +(`seed --from-bib --resolve`). SciELO/Redalyc/La Referencia, RIS/CSV: futuras. Un **reporte de +cobertura/calidad** por seed/source alimenta el juicio de cuándo cambiar de `Source`. ### 4.2 `Enricher` — señal extra (opt-in, núcleo sobre OpenAlex) Con OpenAlex como backbone, **deja de ser estructural** (ADR 0007). Vive en el **núcleo sobre -OpenAlex** (no en `[s2]`; ADR [0025](decisiones/0025-enricher-cocitacion-openalex.md)). El **Hito 8 -está completo** (Ciclos 8a + 8b): `OpenAlexEnricher.enrich` hace **2 pasadas**. **8a** — **resolver -`references_id` a DOI canónico** (OpenAlex las da como URLs internas — T8 del sandbox; batching por -OR, idempotente vía `EnricherRef` en el `Manifest`). **8b** — el **segundo nivel de fetch** habilita -la **co-citación end-to-end**: trae los citantes de las **semillas aceptadas** (vía -`OpenAlexSource.fetch_citing_batch`: batcheo OR ≤50 con presupuesto por semilla) y **mergea sus -`source_id` en `cited_by_id`** (unión idempotente); **solo puebla `cited_by_id`**, no crece el -corpus (decisión A). El tope `max_citing_per_paper` **acota el fetch por semilla**. El subcomando -`b2g enrich` (flag `--max-citing`) es propio y **no transiciona el `CycleState`**. S2/CrossRef/Scopus: -futuras (`[s2]` reservado para señal adicional). Reglas: config inyectada (nunca embebida), sin ramas -muertas, rate limit y reintentos sin perder papers. +OpenAlex** (no en `[s2]`; ADR [0025](decisiones/0025-enricher-cocitacion-openalex.md)). +`OpenAlexEnricher.enrich` hace **2 pasadas**: (a) **resolver `references_id` a DOI canónico** +(OpenAlex las da como URLs internas; batching por OR, idempotente vía `EnricherRef` en el `Manifest`) +y (b) el **segundo nivel de fetch** que habilita la **co-citación end-to-end** (trae los citantes de +las **semillas aceptadas** vía `OpenAlexSource.fetch_citing_batch` y **mergea sus `source_id` en +`cited_by_id`**; solo puebla la columna, no crece el corpus). El tope `max_citing_per_paper` acota el +fetch por semilla. En la superficie 0.10.0 estas pasadas corren **automáticas** dentro de `chain` +(refs→DOI) y `build` (co-citación, cuando hay aceptadas); por eso `build` ya **no es estrictamente +"sin red"** (ADR 0025 enmendado, §6.3). S2/CrossRef/Scopus: futuras (`[s2]` reservado para señal +adicional). Reglas: config inyectada, sin ramas muertas, rate limit y reintentos sin perder papers. ### 4.3 `Store` / backend de persistencia (biblioteca viva) **Por defecto: `DuckDBBackend` stateful** (ADR 0009 reencuadrado por -[0015](decisiones/0015-corpus-tabular-backend.md)): la **biblioteca viva** es el **backend por -defecto del `Corpus`**, no un `Store` aparte. Persiste el contenido Arrow **entre corridas**, más -tablas de **procedencia, decisiones de curación** (aceptar/rechazar) y el **`LoopState`** (ADR -[0016](decisiones/0016-maquina-estados-lazo.md)). Muta por SQL `UPDATE`/`MERGE` por `id` (no copia -en memoria). **Cleanup pre-v0.3:** el `merge` ya **no interpola ids crudos** en el SQL (eliminado el -`CASE WHEN`/`IN (...)` con f-strings); lee las filas y **ordena en Python** por orden de aparición -antes de reinsertar (orden determinista D3 preservado, sin construir SQL con datos). Soporta query -SQL. Es **núcleo**, no extra. **Una investigación = un workspace** (carpeta autocontenida con su -`library.duckdb` marcada por `workspace.json`; AS-BUILT ADR -[0029](decisiones/0029-workspace-por-investigacion.md), enmienda #75: la carpeta es la **única** -unidad canónica —el modo degenerado del `.duckdb` suelto fue eliminado—); el `library.duckdb` sigue -siendo single-writer (concurrencia diferida, ADR -[0019](decisiones/0019-concurrencia-diferida.md)). - -El **snapshot** es un **export sellado** del estado vivo (ver §6.2), no la persistencia en sí; -`ParquetStore` puede servir como **formato de export/intercambio**. La costura `Store` sigue -siendo el punto de extensión para destinos externos: **`ZoteroStore`** (sincronizar la biblioteca -con una colección Zotero) es **opt-in en V1.1** (`[zotero]`); **`Neo4jStore`** es adaptador opt-in -post-V1 (`[neo4j]`): un destino más, **ya no el sustrato** (ADR 0002). - -> **AS-BUILT (2026-06-16) — workspace por investigación, ADR -> [0029](decisiones/0029-workspace-por-investigacion.md):** la **unidad de persistencia es el -> workspace = una carpeta** (`workspace.json` + `library.duckdb` + `networks/` + `snapshots/` + -> `exports/`), formalizando la convención emergente de que `build` ya escribía `/networks/`. -> El corpus/procedencia/curación/loop-state siguen en el `.duckdb`; redes/exports = cache regenerable -> sellada por `corpus_hash` (`b2g build` graba `networks/.corpus_hash`); el snapshot sigue siendo lo -> reproducible (§6.2). El `.duckdb` suelto sigue válido como **workspace degenerado** (sin migración -> forzada). Enmienda 0009/0019; single-writer sin cambios. **Acotado en este corte:** -> `snapshot`/`export` aún usan `--out-dir` explícito; la staleness solo sella el hash (sin aviso ni -> regeneración automática todavía). -> -> **SUPERADO (#75, 2026-06-17):** el modo degenerado se eliminó — la carpeta con `workspace.json` es -> la **única** unidad canónica y un `.duckdb` legacy se adopta con `b2g init .` (ver ADR 0029, -> enmienda 2026-06-17). - -### 4.4 `LocalApiServer` / API local (costura opt-in, `[gui]`) — ⛔ `RETIRADA (ADR 0040, #190)` - -> ⛔ **RETIRADA (2026-06-28) — la GUI local se eliminó de la librería** (ADR -> [0040](decisiones/0040-retiro-gui-local.md), issue -> [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190); supersede 0027/0028). Ya **no existen** -> `b2g gui`, la API local FastAPI (`src/bib2graph/api/`), la SPA `frontend/` ni el extra `[gui]`; el -> core es CLI/agente-native sobre la biblioteca viva. **Todo lo de abajo es HISTORIA** (describe el -> AS-BUILT G3–G5 que se retiró), no el estado actual. **La capa de servicios neutral -> `src/bib2graph/service/` se conserva** (la usa el CLI: `read`/`curate`/`snapshot`/…); lo que se -> retira es el adaptador HTTP y su frontend, no la capa neutral. La limpieza profunda de esta sección -> es [#191](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/191). - -> **ROTA EN 0.8 A PROPÓSITO ([#117](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/117)):** el rename -> de columna a **`source_id`** (ADR 0036) rompió la API/SPA; **la GUI NO funciona hoy** hasta que se -> actualicen al nuevo nombre. Lo que sigue describe el AS-BUILT de 0.6 (lo construido), no que corra en 0.8. -> -> **AS-BUILT (2026-06-18) — Hitos G3 + G4 + G5 del MVP GUI, ADR -> [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md) (Aceptado; GUI gateada por -> [#34](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/34)).** La **capa de servicios neutral -> `src/bib2graph/service/` existe** (G1: contrato subido; G2: 6 lecturas en `service/reads.py`), la -> **API local FastAPI `src/bib2graph/api/` está construida** (G3): adaptador delgado que expone los -> **7 endpoints** (6 lecturas + 1 curación), con **token Bearer efímero** y el **mapeo código→HTTP** del -> ADR 0028 §7 (abajo); entra el **19º subcomando `b2g gui`** (§6.3) y el extra **`[gui]`** (§7). Y la -> **SPA `frontend/` también está construida** (G4): React 18 + Vite + TS estricto + Cytoscape/fcose + -> Zustand + Tailwind + TanStack Query (**pnpm**), dirección visual **D-2 "Observatorio"**, que consume los -> 7 endpoints reales (cliente que des-envuelve `schema="1"`, `error.code` string, header Bearer). El -> **wiring del token** se cableó en G4 (B-G4-3): `b2g gui` **inyecta el token en el `index.html` -> servido** (ruta `GET /` + `_make_index_response`; el frontend lo lee de `window.__B2G_TOKEN__`) — ver -> [`API.md`](API.md) §0.2. El **empaquetado** (G5) **también está construido**: el wheel **vendorea el -> build del frontend** (`src/bib2graph/gui/static/`, gitignored) vía `force-include` de hatchling -> (`pyproject.toml`), con job CI JS y `pnpm build` antes del `uv build` en `publish-testpypi.yml` (§7) — -> `b2g gui` funciona **sin Node** desde el wheel. Con G5, **los 5 hitos G1–G5 están AS-BUILT**. Lo único -> pendiente es el **gate #34** (validar el caso real con un tercero, ADR 0027): es el criterio de -> aceptación de producto de la epic, AL FINAL — **no** es construcción. El prototipo `app/server/` (con su `envelope()` propio -> duplicado) es *throwaway* y se **retira** a favor del contrato neutral. Contrato exacto de la API en -> [`API.md`](API.md) §0.2. - -La **API local** es una **costura nueva de servidor** (no del núcleo): un adaptador **delgado** sobre -la capa de servicios neutral `src/bib2graph/service/`, en `src/bib2graph/api/` (FastAPI). No -reimplementa lógica ni contrato: **reusa `service.build_envelope` (`schema="1"`), la jerarquía -`B2GError` y el mapeo puro `service.code_for`** que `service/` sube desde `cli/`, y traduce el **código -del contrato a HTTP status**. **`api/` NO importa de `cli/`** (ambos cuelgan de `service/`). - -- **Fábrica de la app (AS-BUILT G3):** `create_app(ws, *, token, cors_origins=None)` (`api/app.py`) - monta los routers (`routers/reads.py` con los 6 GET, `routers/curate.py` con el POST), CORS y dos - *exception handlers* globales (`B2GError` + `Exception`). El `Workspace` se inyecta como **singleton - por proceso** (la resolución ambiente vive en `b2g gui`). -- **Local-first, sin hosting:** bind a **`127.0.0.1`** + **token Bearer efímero** (no expone red; ADR - 0027). Sin token / token inválido → **401** (dependencia `require_token`, `api/deps.py` + `secrets.compare_digest`). -- **Import perezoso:** el núcleo **no importa `fastapi`/`uvicorn`**; solo el adaptador API y el - subcomando `b2g gui` los importan (dentro de `create_app`/`run_gui`), y vienen en el extra **`[gui]`** (§7). -- **Funciones de lectura que el CLI nunca expuso (AS-BUILT G2, servidas por la API en G3):** - `service/reads.py` añade las lecturas que la SPA necesita y no mapean 1:1 a subcomandos —`get_workspace`, - `list_rounds`, `get_paper`, `get_scent`, `get_network` (por kind, ronda viva), `compare_rounds` (diff de - rondas, el diferenciador)— por eso la convergencia es en **servicios**, no en **comandos**. Ver - [`API.md`](API.md) §0.1/§0.2. -- **Escritura — curación (AS-BUILT G3):** `POST /api/paper/{id}/curate` llama a `service/curate.py` - (`curate_paper`, que sube desde `cli/` la orquestación de accept/reject; `run_accept`/`run_reject` - quedan como shims que delegan). Toma el **WriteLock global serializado** e inyecta `decided_at` en la - frontera API (R2/ADR 0017). -- **Mapeo código→HTTP (AS-BUILT G3)** (`api/envelopes.py`; el envelope viaja igual en el body — la SPA - lee `error.code`, no depende del status): `0`→200 · `1` (uso)→400 · `2` (datos)→422 · `3` - (dependencia)→501 · `4` (red)→502 · `5` (store bloqueado/corrupto)→**409**. **Excepción inesperada** - (bug interno, no mapeada por `code_for`) → **500** (`error.code = "INTERNAL_ERROR"`) — NO 409, para no - sugerirle a la SPA reintentar. -- **Operaciones largas (v1):** `seed`/`enrich`/`build` bloquean (red, Louvain) y el store es - **single-writer** (ADR [0019](decisiones/0019-concurrencia-diferida.md)). La API v1 es **síncrona** + - **lock global serializado** (una escritura a la vez). **Jobs async/SSE, retry cross-process y reabrir - 0019 quedan diferidos** (no en v1). - -El **frontend SPA** (`frontend/`, monorepo Vite/TS) **está construido (AS-BUILT G4)**; su build sale a -`src/bib2graph/gui/static/` (no se commitea — gitignoreado). El **empaquetado del wheel está construido -(AS-BUILT G5)**: ese build se **vendorea** al wheel vía `force-include` de hatchling (la GUI funciona sin -Node desde el wheel) y el CI tiene un job JS (lint/test/build) que corre siempre. El subcomando -**`b2g gui`** (ver §6.3, **AS-BUILT G3 + wiring del token G4**) es el adaptador de "arranque local": -levanta uvicorn sobre la API, **inyecta el token en el `index.html`** y sirve los assets pre-build **si -existen** (ruta `GET /` + `StaticFiles`, §4.4 banner / [`API.md`](API.md) §0.2), y abre el browser. +[0015](decisiones/0015-corpus-tabular-backend.md)): la **biblioteca viva** es el **backend por defecto +del `Corpus`**, no un `Store` aparte. Persiste el contenido Arrow **entre corridas**, más tablas de +procedencia, decisiones de curación y el **`CycleState`** (ADR +[0016](decisiones/0016-maquina-estados-lazo.md)). Muta por SQL, soporta query SQL. Es **núcleo**, no +extra. **Una investigación = un workspace** (carpeta autocontenida con su `library.duckdb` marcada por +`workspace.json` + `networks/`/`snapshots/`/`exports/`; ADR +[0029](decisiones/0029-workspace-por-investigacion.md)): la carpeta es la **única** unidad canónica +—`--store` y el modo degenerado fueron eliminados (#75); un `.duckdb` legacy se adopta con +`b2g init .`—; es single-writer (ADR [0019](decisiones/0019-concurrencia-diferida.md)). + +El **snapshot** es un **export sellado** del estado vivo (§6.2), no la persistencia; `ParquetStore` +sirve como formato de export/intercambio. La costura `Store` es el punto de extensión para destinos +externos opt-in: **`ZoteroStore`** (`[zotero]`, V1.1) y **`Neo4jStore`** (`[neo4j]`, post-V1) — un +destino más, **ya no el sustrato** (ADR 0002). ## 5. Flujo de datos (ciclo iterativo, no pipeline lineal) -``` -0. (humano) idea / pregunta difusa -1. Source(OpenAlex).seed(ecuación) ──► Corpus (semillas) + query registrada -2. Forrajeo.chain(corpus, depth=1) ──► candidatos rankeados por scent ◄─┐ -3. (humano) aceptar/rechazar + filtros ──► Corpus curado (status, conteos) │ - Preprocessor.normalize(corpus) ──► nombres + keywords (thesaurus) │ -4. (humano) la idea/ecuación MUTA ─────────────────────────────────────────────►─┘ (re-sembrar) -5. Store(DuckDB).persist(corpus) ──► biblioteca viva (entre corridas) -6. Projector.project(corpus) ──► networkx.Graph (5 redes) -7. Analyzer.analyze(graph) ──► métricas / comunidades / asortatividad / calidad -8. Exporter.export(...) · Store.snapshot()──► GraphML/CSV + snapshot reproducible -``` - -El lazo **2→3→4→1** (la query y la idea mutan; Bates/Ellis/Kuhlthau) es la propiedad central: -la biblioteca viva existe para que ese lazo no pierda lo acumulado (PRD §1–§2). - -La no-linealidad se modela como una **máquina de estados explícita** (ADR -[0016](decisiones/0016-maquina-estados-lazo.md) enmendado). Es un **concepto de dominio puro y -testeable** — el módulo **`bib2graph.cycle`**: el modelo de estados + las reglas de transición viven -en el núcleo; el **backend solo lo persiste** (**AS-BUILT R3, 2026-06-16**). +El flujo: `seed(ecuación)` → `chain(depth=1)` (candidatos por scent) → curar (accept/reject + +filtros) + `normalize` → **la idea muta** (re-sembrar) → `persist` (biblioteca viva) → +`project`/`analyze` → `export`/`snapshot`. El lazo **chain→curar→mutar→seed** (la query y la idea +mutan; Bates/Ellis/Kuhlthau) es la propiedad central: la biblioteca viva existe para que ese lazo no +pierda lo acumulado (PRD §1–§2). -`cycle.py` expone `CycleState` (`SEEDED/FORAGED/FILTERED/BUILT/MONITORED`), -`apply_transition(state, action, round) → (state, round)`, `available_transitions(state)` y -`CURATION_ACTIONS`. El enum de estados **dejó de vivir** en `backends/duckdb.py`; el backend persiste -el estado y la **ronda** en `loop_state_log` (`loop_round()` / `set_loop_state`). **Cleanup pre-v0.3:** -el alias transicional `LoopState = CycleState` **se retiró** (de `backends/duckdb.py` y -`stores/duckdb.py`); el código usa **una sola** clase, `CycleState`. +La no-linealidad se modela como una **máquina de estados explícita** de dominio puro y testeable +—el módulo **`bib2graph.cycle`** (ADR [0016](decisiones/0016-maquina-estados-lazo.md))—: el modelo de +estados + las reglas de transición viven en el núcleo; el **backend solo lo persiste**. `cycle.py` +expone `CycleState` (`SEEDED/FORAGED/FILTERED/BUILT/MONITORED`), `apply_transition(state, action, +round) → (state, round)`, `available_transitions(state)` y `CURATION_ACTIONS`. El backend persiste el +estado y la **ronda** en `loop_state_log`. FSM **cíclico** fiel a la [Nota 05](Notas/05-ciclo-investigacion-humano.md): @@ -494,12 +260,11 @@ SEEDED ──chain──► FORAGED ──filter──► FILTERED ──build - **`reseed` es transición de primera clase** ("la idea muta"): `apply_transition(state, "reseed", r) = (SEEDED, r+1)`. Lo cablea `seed.py`: si hay estado previo, la siembra es un re-sembrado (ronda++, - acumula sobre lo curado). Es lo que el ADR 0016 prometía y el AS-BUILT lineal no cumplía. + acumula sobre lo curado). - **Fuente única de verdad:** `chain`/`filter`/`build` **derivan** su estado destino de - `apply_transition` (no de un literal); un test domain-tied lo ata. -- **`MONITORED`** modela el paso 8 del ciclo (monitoreo) y es **alcanzable** desde el cleanup - pre-v0.3: el comando **`b2g monitor`** lo dispara (re-chequea OpenAlex por citantes nuevos del - corpus vía forward chaining, mergea los candidatos nuevos y transiciona). + `apply_transition`, no de un literal. +- **`MONITORED`** modela el paso 8 (monitoreo) y es **alcanzable** vía **`b2g chain --since`** + (forrajeo incremental: re-chequea OpenAlex por citantes nuevos del corpus). - **La curación es TRANSVERSAL:** `accept`/`reject` están disponibles **en cualquier estado**, **no transicionan**; `b2g status` las muestra **siempre** en `curation_available` (separado de `transitions_available`) y expone el contador de `round`. @@ -513,221 +278,106 @@ frontera** (CLI), no en el núcleo (§6.2). ### 6.1 Configuración inyectada - **Una sola fuente de configuración**, construida explícitamente y pasada a quien la necesita. - **Sin efectos de import** (en v0, importar seteaba `config.DATABASE_URL`). -- **Sin secretos embebidos** (en v0 había triple `DATABASE_URL` y clave S2 hardcodeada). + **Sin efectos de import** ni secretos embebidos. - Credenciales y el **email del pool cortés de OpenAlex** (y la **API key opcional**) se inyectan por config/CLI o entorno, nunca embebidos (ADR [0012](decisiones/0012-openalex-credenciales.md)). **Sin key, el `Source` funciona** (polite pool) **pero con límite** (tier gratis, ~100 créditos/día); la - **API key opcional sube el límite** para uso intensivo (#124) — como muchos servicios. + **API key opcional sube el límite** para uso intensivo (#124). ### 6.2 Persistencia por defecto: biblioteca viva en DuckDB + snapshot exportable -La persistencia por defecto es **stateful**: el `DuckDBBackend` conserva el corpus **entre -corridas** (ADR 0009/0015). Reproducibilidad por **historia auditable** (el log de procedencia: qué -ecuación, qué salto de chaining, qué decisión humana, cuándo) **+ snapshot exportable**, **no por -recómputo** (ADR [0017](decisiones/0017-reproducibilidad-historia-snapshot.md)): re-ejecutar la -misma ecuación contra OpenAlex NO garantiza el mismo corpus (OpenAlex cambia en el tiempo). El -artefacto reproducible es el **snapshot**; el `openalex_version` del Manifest lo ancla a la -versión/fecha de OpenAlex usada. - -**Identidad (contenido) vs procedencia (auditoría)** (ADR -[0017](decisiones/0017-reproducibilidad-historia-snapshot.md), enmienda 2026-06-15): - -- **`AS-BUILT` (R2, ✅ 2026-06-16):** el `corpus_hash` se computa **solo sobre contenido - bibliográfico**, **excluyendo** `provenance`/`ProvenanceEvent` con sus timestamps (sigue - incluyendo `curation_status`, que es contenido curado). La **procedencia es un log append-only - fuera de la identidad** (sirve para auditar, no para identificar). Dos corridas que aceptan los - mismos ids dan ahora el **mismo** `corpus_hash` → el snapshot es reproducible bit a bit (cumple el - ADR 0017 y `facade.py`). El **reloj se inyecta en la frontera** (CLI): `accept`/`reject`/`filter` - reciben `decided_at`; el núcleo conserva un **fallback `datetime.now(UTC)`** para uso como librería - sin `decided_at` (no afecta la identidad, que excluye provenance — ADR 0017 punto 3). **Louvain** - corre con un `random_state` **derivado del content-hash** (`_louvain_seed_from_hash`) → comunidades - reproducibles. (`resolution` de Louvain **diferido a Hito 9**, NetworkSpec.) Ver ROADMAP **Hito R2**. -- **`HISTÓRICO — AS-BUILT v0.2` (roto, pre-R2):** `accept`/`reject` estampaban `datetime.now(UTC)` - en el evento de procedencia (reloj en el núcleo), y `compute_corpus_hash` hasheaba **todos** los - campos, incluido `provenance` con sus timestamps → dos corridas que aceptaban los mismos ids daban - `corpus_hash` distintos. R2 lo corrigió. - -El **snapshot** es un **export sellado** del estado vivo en un instante: `corpus.parquet` + un -`manifest.json` con `schema_version`, `corpus_hash`, `lib_version`, `openalex_version`/fecha, -`sources`, `chaining` (profundidad, topes), `preprocessors`, `filters` (conteos PRISMA), -`created_at`. Sirve para **reportar (PRISMA / vom Brocke) y reproducir**, y se versiona en -git-lfs/DVC. A diferencia del diseño previo, el snapshot **no es** la persistencia: es una **foto -derivable** de una biblioteca que sigue viva. +La persistencia por defecto es **stateful**: el `DuckDBBackend` conserva el corpus **entre corridas** +(ADR 0009/0015). Reproducibilidad por **historia auditable + snapshot exportable**, **no por +recómputo** (ADR [0017](decisiones/0017-reproducibilidad-historia-snapshot.md)): re-ejecutar la misma +ecuación contra OpenAlex NO garantiza el mismo corpus (OpenAlex cambia en el tiempo). El artefacto +reproducible es el **snapshot**; el `openalex_version` del Manifest lo ancla a la versión/fecha usada. + +**Identidad (contenido) vs procedencia (auditoría)** (ADR 0017): el `corpus_hash` se computa **solo +sobre contenido bibliográfico** —**excluyendo** `provenance`/timestamps, **incluyendo** +`curation_status`—, así que dos corridas que aceptan los mismos ids dan el **mismo** hash (snapshot +reproducible bit a bit). La procedencia es un **log append-only fuera de la identidad** (audita, no +identifica). El **reloj se inyecta en la frontera** (CLI): `accept`/`reject`/`filter` reciben +`decided_at`; el núcleo usa `datetime.now(UTC)` solo como fallback de librería (no afecta la +identidad). **Louvain** corre con `random_state` derivado del content-hash → comunidades +reproducibles. + +El **snapshot** es un **export sellado** del estado vivo (`corpus.parquet` + `manifest.json` con +`schema_version`, `corpus_hash`, `lib_version`, `openalex_version`/fecha, `sources`, `chaining`, +`preprocessors`, `filters` con conteos PRISMA, `created_at`). Sirve para **reportar (PRISMA / vom +Brocke) y reproducir**; es una **foto derivable** de una biblioteca que sigue viva, no la persistencia. ### 6.3 CLI agente-native como columna primaria (ADR 0010 / 0021) -La CLI es **superficie primaria desde el primer comando**, no un adorno futuro: cada subcomando -con **doble salida** (humana + `--json` estable/versionado), **exit codes** claros (`0` éxito · -`1` uso · `2` datos · `3` dependencia faltante · `4` red no disponible · `5` store/snapshot -corrupto), **errores accionables**, `--help` rico y **eficiencia de tokens**. **Sin estado entre -invocaciones**: el estado vive en el `Store` DuckDB, no en la sesión. Tool schemas JSON / MCP son -trabajo posterior, pero la API se **diseña con estos principios desde el hito 1**. - -**As-built (Hito 6, ADR [0021](decisiones/0021-cli-agente-native-contrato.md)):** el CLI es un -**paquete `bib2graph.cli/`** (no un `cli.py` plano) con **3 capas**: - -1. **Capa Click** (`cli/__init__.py` + `cli/commands/.py`): el grupo `b2g` con la opción - global **opcional** `--workspace` (`--store` fue eliminada en #75), y un comando Click por - subcomando que sólo parsea flags y delega. -2. **Capa de funciones núcleo** (`run_(store_path, ...)` en cada módulo de comando): - **testeable sin Click**, contiene la lógica del subcomando. El ROADMAP testea esta función, no - el parser de Click. -3. **Capa de envelope/errores** (`cli/_envelope.py`, `cli/_errors.py`, `cli/_store.py`): el - envelope JSON versionado (`schema="1"`) compartido y el decorador `@handle_errors` que **mapea - errores a exit codes por tipo de excepción** (`DataError`→2, `ImportError`/`DependencyError`/ - `NotImplementedError`→3, `httpx.HTTPError`→4, `StoreLockedError`/`OSError`→5). **AS-BUILT R5:** - `AttributeError` ya **no** se captura en el decorador (no se disfraza un bug de "capacidad - faltante"); la capacidad-de-source-faltante se convierte en `DependencyError` mediante un - **pre-check `hasattr` en el borde** (p. ej. `chain.py` antes del `Forager`). Ver ADR 0021 §D. - -**Patrón noun-verb group (AS-BUILT #156/#157, ADR -[0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) §b).** `read {list,stats,show,top}` es el -**primer grupo noun-verb** del CLI (en la capa Click): un `click.Group` (el sustantivo) con un -subcomando por verbo, cada uno delegando en su `run_`/función de `service/` (capas 2–3 sin -cambios). Dos convenciones del grupo: (1) el `command` del envelope usa la **ruta completa** -(`"read list"`, no `"read"`); (2) el grupo **sin subcomando** imprime ayuda y sale **exit 0** —no es -error de uso— vía `invoke_without_command=True` + `ctx.get_help()` en el callback del grupo -(**workaround a la regresión de Click 8.4** donde un grupo sin subcomando devolvía exit 2). Un valor -de flag `Choice` inválido sigue siendo error de uso de Click → **exit 1** (no exit 2). Es el molde -de los grupos siguientes: **`curate {…}`** (2°, #155) y **`snapshot {create, restore}`** (3°, #163, -ADR 0038 — el `snapshot` plano → `snapshot create`, BREAKING; aloja `snapshot restore` = ex `restore`). - -Son **19 subcomandos** (`seed`, `chain`, `filter`, `build`, `export`, `snapshot`, `status`, -`inspect`, `validate`, `accept`, `reject`, **`monitor`**, **`enrich`**, **`init`**, **`curate`**, -**`networks`**, **`restore`**, **`thesaurus`**, **`gui`**); el 18° **`thesaurus`** —único paso de -normalización explícito— lo sumó el ADR [0031](decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md) -(#88, 2026-06-18), y el 19° **`gui`** —arranque de la API local— lo sumó el Hito G3 del MVP GUI (ADR -[0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md), AS-BUILT 2026-06-18, abajo). -`build`/`export` están -**separados** y el `CycleState` transiciona automáticamente por comando (ADR 0021). El 12° -**`monitor`** (cleanup pre-v0.3) re-chequea citantes nuevos del corpus (forward chaining) y -transiciona a `MONITORED`. El 13° **`enrich`** (Hito 8 = Ciclos 8a + 8b, ADR -[0025](decisiones/0025-enricher-cocitacion-openalex.md)) corre el `OpenAlexEnricher` (refs→DOI + -co-citación, flag `--max-citing`) y **no transiciona** el ciclo (ortogonal al lazo). El 14° -**`init`** (AS-BUILT ADR [0029](decisiones/0029-workspace-por-investigacion.md)) hace scaffold de un -workspace (carpeta + `workspace.json` + `library.duckdb` + `networks/`/`snapshots/`/`exports/`; -`b2g init .` inicializa el cwd) y **no transiciona** el ciclo. El 15° **`curate`** (#22 + #26) hace -curación a escala vía CSV (dump/import en lote, transversal: **no transiciona** el ciclo). El 16° -**`networks`** (Hito 9, AS-BUILT 2026-06-17) construye redes desde un YAML declarativo -(`b2g networks --spec `, `load_specs` + `Networks.build` por red, helper compartido -`_write_artifacts`) y **no transiciona** el ciclo ni sella `.corpus_hash` (transversal al lazo). El 17° -**`restore`** (Ciclo 9a, ADR [0030](decisiones/0030-ecuacion-declarativa-corpus-ejemplo.md); **ahora -`snapshot restore`**, #163/ADR 0038 —el verbo suelto `restore` queda como alias deprecado, retiro #165—) -rehidrata el corpus desde un parquet curado **sin red** (inverso de `snapshot create`; preserva -`decision`/`curation_status`/`is_seed`) y transiciona a `FILTERED` (reusa la transición permisiva -`filter`, ADR 0016). El error de uso (p. ej. -una opción desconocida como `--store` —eliminada en #75—, o ningún workspace resoluble) sale **sin -envelope** (Click aborta el parseo: stderr + exit 1). - -> **AS-BUILT — superficie noun-verb (ADR [0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md) -> /[0038](decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md)):** la superficie del 0021 (verbos planos, -> arriba) se reorganiza a **10 verbos que mapean el ciclo**, con **TRES grupos noun-verb**: -> **`read {list,stats,show,top}`** (1°, #156/#157), **`curate {dump,apply,accept,reject,filter}`** -> (2°, #155) y **`snapshot {create, restore}`** (3°, #163 —el `snapshot` plano → `snapshot create`, -> BREAKING—). En `curate` y `snapshot` la transición la define el **VERBO** (precedente D1 de #159): -> **`curate filter`→`FILTERED`** y **`snapshot restore`→`FILTERED`**, el resto transversal -> (`snapshot create` no transiciona). La lógica es fuente única en `service/` -> (`service/reads.py`, `service/curate.py`, `service/snapshot.py`). Los **verbos planos** -> `accept`/`reject`/`filter`/`inspect`/`networks`/`monitor`/`resolve`/**`restore`** quedan como -> **alias deprecados** (retiro **0.11.0**; `restore`/`inspect` en #165; ADR 0038 P1 + enmienda #155 que -> sumó `filter` al gap), y `enrich`→`chain`/`build`, `thesaurus` retirado (ADR 0038). El **contrato vivo de la superficie** está en -> [`API.md`](API.md) §convenciones CLI (no se replica acá para evitar drift). - -**AS-BUILT R5 — UTF-8 en la frontera (Nota 06 RAÍZ 3):** `main()` llama `_force_utf8()` (reconfigura -`sys.stdout`/`stderr` a UTF-8, con guarda por si la stream no es reconfigurable) **antes de que Click -lea nada**. Sin esto, el envelope `--json` (`ensure_ascii=False`) y `--help` corrompen acentos en la -consola cp1252 de Windows (`ecuaci�n`), rompiendo el contrato agente-native. **AS-BUILT R5 — store de -solo lectura:** `status`/`validate` usan `open_store_readonly` (`cli/_store.py`), que **no auto-crea** -el `.duckdb` ante un workspace mal apuntado (falla accionable); los comandos de escritura conservan -`open_store`. - -> **AS-BUILT (2026-06-16) — `--store` opcional + `--workspace` + `b2g init`, ADR -> [0029](decisiones/0029-workspace-por-investigacion.md):** con el modelo workspace, `--store` dejó de -> ser opción global **obligatoria** y pasó a **opcional**, y se agregó **`--workspace`** (ambos -> opcionales y **mutuamente excluyentes** — juntos = error de uso). La unidad es una **carpeta -> workspace** (`workspace.json`), resuelta por ambiente (patrón git/cargo: walk-up del cwd). -> Precedencia: `--workspace`/`--store` explícito > `B2G_WORKSPACE` (env) > workspace del cwd. Sin flag -> y sin workspace resoluble → error accionable que sugiere `b2g init`. Entró el subcomando **`b2g init -> `** (scaffold de la carpeta; `b2g init .` inicializa el cwd) → el conteo de subcomandos pasó de -> **13 a 14**. El `.duckdb` suelto sigue funcionando (workspace "degenerado", sin migración forzada). -> Es un cambio **suave/aditivo** del contrato (la resolución ambiente solo cubre el flag ausente). El -> `status` suma el campo aditivo `workspace: {root, source}` (`schema="1"` intacto). -> -> **SUPERADO (#75, 2026-06-17, BREAKING):** `--store` se **eliminó por completo** del CLI (pasarla da -> el error estándar de Click `No such option`) y el modo degenerado dejó de existir. Queda solo -> `--workspace` (opcional) + resolución ambiente; un `.duckdb` legacy se adopta con `b2g init .`. Ver -> ADR 0029 / 0021 (enmiendas 2026-06-17). - -> **AS-BUILT (2026-06-18) — el CLI es uno de tres frontends de frontera; `b2g gui`, ADR -> [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md) (Aceptado; GUI gateada por -> [#34](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/34)).** El CLI deja de ser el único frontend: -> es **un adaptador** (junto con la API local AS-BUILT, §4.4) sobre la **capa de servicios neutral** -> `src/bib2graph/service/`. El contrato (envelope `schema="1"`, jerarquía `B2GError`, mapeo -> error→código) **subió** de `cli/` a `service/` (G1); el CLI conserva solo Click + -> `emit`/`emit_human` + `sys.exit`. El **contrato externo (`schema="1"`, exit codes 0–5) NO cambia** -> (enmienda 0021 sin romper el contrato; `test_cli.py` intacto). -> -> El subcomando **`b2g gui`** (G3, `cli/commands/gui.py`) levanta uvicorn sobre la API local FastAPI -> (§4.4), **inyecta el token en el `index.html` servido** (G4, ruta `GET /` + `_make_index_response`) y -> sirve los assets pre-build del frontend **si existen** (AS-BUILT G4) y abre el browser; es el -> adaptador de "arranque local". **Conteo: 19 `add_command`** en `src/bib2graph/cli/__init__.py` -> (verificado), con `gui` como **19º** subcomando (consistente con la lista AS-BUILT de §6.3 arriba, el -> ADR 0028 §3 y la [Nota 12](Notas/12-arquitectura-gui-encuadre.md) punto 6). La **SPA** (`frontend/`) -> está **AS-BUILT (G4)** y el **empaquetado** del wheel está **AS-BUILT (G5)** (§4.4/§7): con eso los 5 -> hitos G1–G5 del MVP GUI están construidos; solo queda el gate #34 (no es construcción). +La CLI es **superficie primaria**: cada subcomando con **doble salida** (humana + `--json` +estable/versionado, también activable con `B2G_JSON=1`), **exit codes** claros (`0` éxito · `1` uso · +`2` datos · `3` dependencia faltante · `4` red no disponible · `5` store/snapshot corrupto), +**errores accionables**, `--help` rico y **eficiencia de tokens**. **Sin estado entre invocaciones**: +el estado vive en el `library.duckdb` del workspace, no en la sesión. + +El CLI es un **paquete `bib2graph.cli/`** de **3 capas**: Click (`cli/commands/.py`: parsea flags +y delega), funciones núcleo (`run_(...)`: testeables sin Click) y envelope/errores +(`cli/_envelope.py`, `cli/_errors.py`: el decorador `@handle_errors` mapea errores a exit codes por +tipo de excepción). El contrato (envelope, jerarquía `B2GError`, mapeo error→código) vive en la **capa +de servicios neutral** `src/bib2graph/service/` (agnóstica de transporte); el CLI es un adaptador +delgado sobre ella. + +**Superficie 0.10.0 — 10 verbos del ciclo + 3 grupos noun-verb + `skill`** (ADR +[0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md)/[0038](decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md)/[0039](decisiones/0039-skill-comando-meta-distribucion.md)). +La superficie mapea 1:1 el ciclo (*más es menos*); el conteo es verificable contra `b2g --help`. Los +**10 verbos** son `init`, `seed`, `chain`, `curate`, `build`, `read`, `export`, `snapshot`, `status`, +`validate` (`curate`/`read`/`snapshot` son **grupos noun-verb**; un grupo sin subcomando imprime ayuda +y sale exit 0, y el `command` del envelope usa la ruta completa). Fuera del set, **`skill add`** (ADR +0039) instala la skill de Claude Code (vendoreada en el wheel, version-lock skill==cli). + +**Destino de los verbos huérfanos del 0037** (ADR 0038): `monitor`→`chain --since`; `enrich`→`chain` +(refs→DOI) + `build` (co-citación); `thesaurus` retirado → `build --thesaurus`; `networks`→`build +--spec`; `inspect`→`read show`/`status`; `restore`→`snapshot restore`; `resolve`→`seed --resolve`; +`accept`/`reject`/`filter`→`curate {accept,reject,filter}`. Todos siguen vivos como **alias** con aviso +a stderr + `warnings[]` (retiro **0.11.0**), salvo `thesaurus` que se retiró sin alias. El entry-point +`bib2graph`→`b2g` y la opción `build --corpus-scope`→`build --scope` van en el mismo corte. + +**Transiciones automáticas:** `seed`→`SEEDED` (con estado previo = `reseed`, ronda++), +`chain`→`FORAGED`, `chain --since`→`MONITORED`, `curate filter`→`FILTERED`, `build`→`BUILT`, +`snapshot restore`→`FILTERED`; el resto transversal. El **contrato de salida** (envelope `schema="1"`, +exit codes, FSM) no cambia. **Artefactos one-shot honestos:** el `--json` de `build`, `snapshot +create` y `read top` lleva un bloque aditivo **`maturity`** que autodeclara el resultado como borrador +sin pulir. Contrato vivo de la superficie en [`API.md`](API.md) §Convenciones CLI. + +`main()` fuerza `sys.stdout`/`stderr` a UTF-8 **antes de que Click lea nada** (sin esto, el envelope +`--json` con `ensure_ascii=False` corrompe acentos en la consola cp1252 de Windows). ## 7. Layout de dependencias (extras) ``` -core pyarrow, pydantic, networkx, click, tqdm, +core pyarrow, pydantic, networkx, click, tqdm, pyyaml, duckdb, rapidfuzz, (siempre; biblioteca viva + backbone + dedup fuzzy determinista en ingesta) -[zotero] pyzotero ─┐ -[s2] (cliente Semantic Scholar; reservado para │ costuras / capacidades opcionales - señal adicional, NO el Enricher —ADR 0025) │ -[neo4j] neomodel / driver oficial │ (futuras marcadas como no -[viz] matplotlib, seaborn │ implementadas) ─┘ +[bibtex] bibtexparser ─┐ siembra desde .bib (puerta primaria, + │ import perezoso) +[zotero] pyzotero │ +[s2] (cliente Semantic Scholar; reservado para │ costuras / capacidades opcionales + señal adicional, NO el Enricher —ADR 0025)│ (futuras marcadas como no +[neo4j] neomodel / driver oficial │ implementadas) +[viz] matplotlib, seaborn ─┘ ``` -> El extra **`[dedup]` se eliminó** (ADR [0031](decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md), -> #88): `rapidfuzz` pasó al **núcleo** porque el dedup ahora es automático en la ingesta (supersede en -> parte ADR [0026](decisiones/0026-dedup-fuzzy-determinista.md) / la enmienda `[dedup]` de ADR -> [0005](decisiones/0005-dependencias-extras.md)). - -El extra **`[llm]` se elimina** (ADR [0022](decisiones/0022-producto-sin-ia-generativa.md)): el -producto no usa IA generativa, así que no hay cliente LLM ni para forrajeo ni para thesaurus. - -> **AS-BUILT G3 + G5 (2026-06-18) — extra `[gui]` + empaquetado, ADR -> [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md) (Aceptado; GUI gateada por -> [#34](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/34)).** El extra **`[gui]` = `fastapi` + -> `uvicorn`** (ADR [0005](decisiones/0005-dependencias-extras.md)) **ya existe** (`pyproject.toml`), -> **import perezoso**: el núcleo no importa `fastapi`; solo el adaptador `api/` y el subcomando `b2g -> gui` (AS-BUILT G3) los usan. Cierra la deuda del prototipo `app/` (instalados a mano, no declarados). -> **Empaquetado AS-BUILT (G5):** el **wheel incluye el frontend buildeado** (`src/bib2graph/gui/static/`, -> gitignored) vía `[tool.hatch.build.targets.wheel.force-include]` de hatchling → `b2g gui` funciona -> **sin Node** desde el wheel; el CI tiene un **job `frontend`** (lint/test/build JS, corre siempre) y -> `publish-testpypi.yml` hace `pnpm build` **antes** del `uv build` (sin esto el wheel publicado saldría -> mudo). `release-please.yml` no se tocó. El frontend SPA (`frontend/`) está **AS-BUILT (G4)**; su build -> es lo que G5 vendorea al wheel. **Con G5, los 5 hitos G1–G5 del MVP GUI están AS-BUILT**; solo queda el -> gate #34 (validación con un tercero, no construcción). - -`python-louvain` se **declara** (núcleo o extra de análisis), nunca usado sin declarar (lección -7). `notebook`/Jupyter es **solo dev**, jamás runtime (ADR 0005). - -**Capa base de vocabulario + modelos** (ADR [0023](decisiones/0023-capa-constants-modelos-schema.md), -`TARGET`): por debajo de todo, `bib2graph.constants` (`Col(StrEnum)`, `CurationStatus(StrEnum)`, -`NetworkKind`) es la **fuente única** de nombres de columna/estados/tipos de red (mata los ~62 -string-literals dispersos en 14 archivos, Nota 06 CONSTANTS); `ProvenanceEvent(BaseModel)` —definido -en `schemas.py`, no en un `models.py` separado— es la fuente única del evento de procedencia (Nota 06 -MODELS); `schemas.py` aloja también la **única** definición de fila (`PaperRow` ⇄ `CORPUS_SCHEMA` -derivado/verificado, no duplicado a mano). Se **mantiene** la -decisión "`Paper`/`Author`/`Keyword`/`Institution` = vistas derivadas, no tipos". El grafo de -dependencias va **de abajo hacia arriba**: `constants/schemas` → núcleo puro (`corpus`, `cycle`, -`projectors`, `analyzer`) → costuras (`sources`, `foraging` [consume el núcleo de proyección], -`stores`) → `cli`. El núcleo nunca depende de una costura. Ver ROADMAP **Hito R1**. - -## 8. Por qué este diseño (mapa a las lecciones de v0) +No hay extra **`[gui]`**: la GUI local (FastAPI + SPA) se retiró de la librería (ADR +[0040](decisiones/0040-retiro-gui-local.md), #190). No hay extra **`[llm]`**: el producto no usa IA +generativa (ADR 0022). No hay extra **`[dedup]`**: `rapidfuzz` pasó al núcleo porque el dedup es +automático en la ingesta (ADR 0031). `python-louvain` se **declara**, nunca usado sin declarar; +`notebook`/Jupyter es **solo dev**, jamás runtime (ADR 0005). + +**Capa base de vocabulario + modelos** (ADR [0023](decisiones/0023-capa-constants-modelos-schema.md)): +por debajo de todo, `bib2graph.constants` (`Col(StrEnum)`, `CurationStatus(StrEnum)`, `NetworkKind`) +es la **fuente única** de nombres de columna/estados/tipos de red; `ProvenanceEvent(BaseModel)` +—definido en `schemas.py`— es la fuente única del evento de procedencia; `schemas.py` aloja también la +**única** definición de fila (`PaperRow` ⇄ `CORPUS_SCHEMA` derivado/verificado). `Paper`/`Author`/ +`Keyword`/`Institution` = vistas derivadas, no tipos. El grafo de dependencias va **de abajo hacia +arriba**: `constants/schemas` → núcleo puro (`corpus`, `cycle`, `projectors`, `analyzer`) → costuras +(`sources`, `foraging` [consume el núcleo de proyección], `stores`) → `service` → `cli`. El núcleo +nunca depende de una costura. + +## 8. Por qué este diseño (cada decisión evita un anti-patrón de v0) | Decisión arquitectónica | Anti-patrón de v0 que evita | |-------------------------|-----------------------------| @@ -739,49 +389,20 @@ dependencias va **de abajo hacia arriba**: `constants/schemas` → núcleo puro | Solo publicar lo real | Clientes CrossRef/Scopus inicializados y nunca consultados | | Config inyectada, sin side-effects | Triple `DATABASE_URL`, clave S2 embebida | | Declarar lo que se importa | `python-louvain` usado pero ausente de `pyproject.toml` | -| Fallar/avisar accionable, nunca no-op silencioso (R5) | `except` anchos que tragan bugs; ramas/params muertos; versión inventada en el Manifest | - -> **AS-BUILT R5 — footguns cerrados (Nota 06, catálogo de secundarios).** R5 eliminó los anti-patrones -> que **enmascaran fallos**: el `except Exception` de `detect_communities` (`facade.py`) que tragaba el -> error (ahora solo `ImportError` se re-lanza, lo demás se propaga); el `AttributeError`→exit-3 -> "engañoso" (→ pre-check en el borde, §6.3); la **rama muerta** de `_errors.py` (`OSError` con `if/else` -> que hacía lo mismo); el **filtro PRISMA / `.bib` con campo-op/parseo desconocido = no-op silencioso** -> (ahora `ValueError`/warning accionable); el **param muerto `g`** de `cocitation_quality_report`; el -> fallback `_lib_version` `"0.0.0"` (versión inventada en el `Manifest` → `"unknown"`, honesto); y el -> `Literal` duplicado de `NetworkSpec.kind` (→ `NetworkKind`, fuente única). Principio: **sin no-ops -> silenciosos** — el comportamiento silencioso pasa a fallar/avisar accionable o se elimina la rama muerta. +| Fallar/avisar accionable, nunca no-op silencioso | `except` anchos que tragan bugs; ramas/params muertos | + +Principio transversal: **sin no-ops silenciosos** — el comportamiento silencioso pasa a fallar/avisar +accionable, o se elimina la rama muerta. ## 9. Tensiones resueltas -1. **Representación interna del corpus:** ✅ tabla Arrow única + wrapper Pydantic (ADR 0006). -2. **Fuente de referencia:** ✅ **OpenAlex** como **motor de extracción de referencia** - (intercambiable; ADR 0007/0036); la **ingesta `.bib` es puerta primaria** (doble puerta, ADR - 0035), no secundaria. El Enricher deja de ser estructural. -3. **Biblioteca viva vs. snapshot inmutable** (abierta en Nota 04 §6.2): ✅ **biblioteca viva - stateful en DuckDB**; el snapshot pasa a **export** (ADR 0009). Tras el 2º giro, ese sustrato es - el **`DuckDBBackend` del `Corpus`** (backend por defecto, no un `Store` aparte; ADR 0015) y - reproducir = re-leer el snapshot, no re-correr la ecuación (ADR 0017). Resuelta a nivel modelo de - datos. -4. **Wedge** (abierto en Nota 05 §6): ✅ **forrajeo asistido** por estructura bibliométrica - determinista; la **máquina de tensiones se retira del producto** (ADR 0008/0022), no se difiere. -5. **Agente-native:** ✅ **columna primaria** desde el hito 1 (ADR 0010), ya no extra futuro. -6. **Normalización multilingüe de keywords:** ✅ **thesaurus curado determinista** en V1; fuzzy a - v0.2 (ADR 0011). -7. **Driver Neo4j:** ✅ irrelevante al modelo; adaptador opt-in post-V1. -8. **`NetworkSpec`:** hook `Networks.build` desde v0.1; API congelada en v0.2 (ADR 0006). - -## 10. Estado de la documentación - -Los canónicos — [`PRD.md`](PRD.md), este doc, [`API.md`](API.md), [`ROADMAP.md`](ROADMAP/README.md) y los -[ADR 0007–0011](decisiones/) — están **reconciliados** con el giro, y luego con el **2º giro** (ADR -[0015](decisiones/0015-corpus-tabular-backend.md)–[0019](decisiones/0019-concurrencia-diferida.md): -`Corpus` sobre `TabularBackend` con `DuckDBBackend` por defecto, `LoopState`, reproducibilidad por -snapshot, `Source` agnóstico, single-writer). El contrato del CLI agente-native está en el ADR -[0021](decisiones/0021-cli-agente-native-contrato.md). Las notas de proceso ya promovidas viven en -[`_archivo/`](_archivo/). Implementación por hitos: **Hitos 0–6 + 1.5 construidos** (núcleo, -biblioteca viva, fuentes, forrajeo y el CLI `b2g`). Tras el **red-team de la -[Nota 06](Notas/06-critica-as-built-v0.2.md)** y el **nuevo modelo conceptual bloqueado por el PO** -(scent bibliométrico sin IA, FSM cíclico, identidad-vs-procedencia, capa constants/schemas), este doc -describe el **TARGET**; la brecha con el AS-BUILT se cierra con la **tanda de remediación R1–R5** del -[`ROADMAP.md`](ROADMAP/README.md), **antes** de los Hitos 7–11. (Ya no se afirma "v0.2 con capacidades -completas": ese claim era parte de la sobre-venta que la Nota 06 corrigió.) +1. **Representación del corpus:** tabla Arrow única + wrapper Pydantic (ADR 0006). +2. **Fuente de referencia:** **OpenAlex** como motor de extracción intercambiable (ADR 0007/0036); la + **ingesta `.bib` es puerta primaria** (ADR 0035); el Enricher deja de ser estructural. +3. **Biblioteca viva vs. snapshot inmutable:** **biblioteca viva stateful en DuckDB** (ADR 0009/0015); + el snapshot pasa a **export**; reproducir = re-leer el snapshot (ADR 0017). +4. **Wedge:** **forrajeo asistido** por estructura bibliométrica determinista; la máquina de tensiones + por IA se **retira del producto** (ADR 0008/0022). +5. **Agente-native:** **columna primaria** (ADR 0010). **Keywords:** **thesaurus curado determinista** + (ADR 0011). **Neo4j:** adaptador opt-in post-V1, no sustrato (ADR 0002). **`NetworkSpec`:** hook + `Networks.build` + capa declarativa YAML (`load_specs`, `build --spec`). diff --git a/docs/PRD.md b/docs/PRD.md index 093fdab..8253641 100644 --- a/docs/PRD.md +++ b/docs/PRD.md @@ -1,77 +1,37 @@ # PRD — bib2graph -> Documento de Requisitos de Producto de la **V1** de `bib2graph`. Reescribe el PRD anterior -> (que describía una librería BibTeX→redes con Semantic Scholar como enricher estructural y -> Neo4j como preocupación central) tras el **giro** documentado en `Notas/04`–`07` y la -> demolición de [`critica-base.md`](Notas/critica-base.md). Fecha: 2026-06-15 (reconciliado con el 2º -> giro). -> -> Documentos hermanos: la dirección "IA in the loop" en -> [`Notas/04-direccion-ia-in-the-loop.md`](Notas/04-direccion-ia-in-the-loop.md), el ciclo de -> investigación humano en [`Notas/05-ciclo-investigacion-humano.md`](Notas/05-ciclo-investigacion-humano.md), -> el método bibliométrico en [`metodología.md`](Notas/metodología.md), y las decisiones en -> [`decisiones/`](decisiones/) — en particular [ADR 0007](decisiones/0007-openalex-backbone.md) -> (OpenAlex backbone). -> -> ✅ **Reconciliación hecha:** `ARCHITECTURE.md`, `API.md` y `ROADMAP.md` ya están alineados con -> este PRD y los ADR 0007–0011 (OpenAlex backbone, biblioteca viva en DuckDB, forrajeo, -> agente-native, thesaurus). El `ROADMAP.md` ata cada hito a las historias del §7 con criterios -> de aceptación. Los ADR 0001–0006 son **registro histórico** (inmutables): los puntos superados -> quedan marcados como tales por los ADR 0007–0011, no se reescriben. -> -> ⚠️ **Reconciliación pendiente con el modelo nuevo (2026-06-15, ADR -> [0022](decisiones/0022-producto-sin-ia-generativa.md)/[0023](decisiones/0023-capa-constants-modelos-schema.md)):** -> tras el red-team del AS-BUILT ([Nota 06](Notas/06-critica-as-built-v0.2.md)) el PO bloqueó que el -> **producto NO usa IA generativa**: el *information scent* es **bibliométrico determinista vía -> proyectores** (sin LLM/embeddings); la **"máquina de tensiones" se RETIRA** (no se difiere a v2: se -> borra); `explain_candidate`/`[llm]` se **eliminan**; el sensemaking de tensiones es **humano** -> (asistido por las redes). Donde abajo este PRD aún dice "inserción de IA", "paso opcional de IA", -> "máquina de tensiones a v2" o "fallback fuzzy `[llm]`", **leerlo bajo esta corrección** (las §2/§5/§6/§7 -> marcan los puntos afectados). El principio "IA in the loop, NOT human in the loop" se reencuadra a -> **"asistencia algorítmica determinista, no IA; el juicio humano no se automatiza"**. -> -> ✅ **Reconciliado con el 2º giro (2026-06-15):** este PRD incorpora los ADR -> [0015](decisiones/0015-corpus-tabular-backend.md)–[0019](decisiones/0019-concurrencia-diferida.md) -> (breaking change). En síntesis: la persistencia por defecto es el **`DuckDBBackend` del `Corpus`** -> (no un `Store` aparte), con `DuckDBStore` como **fachada de costura** (0015); el lazo es una -> **máquina de estados explícita** (`LoopState`, 0016); **reproducir = re-leer el snapshot, no -> re-correr la ecuación** (0017); el contrato `Source` es **agnóstico** (mínimo universal vs -> enriquecimiento opcional, habilita fuentes regionales, 0018); y la **concurrencia single-writer** -> es límite conocido (0019). El §8 ("modelo de datos") deja de ser una reconciliación *pendiente* y -> pasa a registrar la decisión adoptada. +> Documento de Requisitos de Producto de `bib2graph`: una **librería de Python** + **CLI delgada +> agente-native** que convierte una **ecuación de búsqueda** en una **biblioteca viva y curada** de +> literatura y la proyecta a **redes bibliométricas**. El **producto NO usa IA generativa** (ADR +> [0022](decisiones/0022-producto-sin-ia-generativa.md)): la asistencia del forrajeo es estructura +> bibliométrica determinista (*information scent*); el desarrollo sí es asistido por IA. Diseño en +> [`ARCHITECTURE.md`](ARCHITECTURE.md); contratos en [`API.md`](API.md); método en +> [`Notas/metodología.md`](Notas/metodología.md). ## 1. Qué es -`bib2graph` V1 es una **librería de Python instalable** y una **CLI delgada agente-native** -construida sobre ella, que convierte una **ecuación de búsqueda** —el artefacto estándar y -reproducible de la ciencia— en una **biblioteca viva y curada** de literatura, y la proyecta a -**redes bibliométricas** listas para analizar (co-citación, acoplamiento bibliográfico, -co-autoría, co-ocurrencia de palabras clave, instituciones). +`bib2graph` es una **librería de Python instalable** y una **CLI delgada agente-native** construida +sobre ella, que convierte una **ecuación de búsqueda** —el artefacto estándar y reproducible de la +ciencia— en una **biblioteca viva y curada** de literatura, y la proyecta a **redes bibliométricas** +listas para analizar (co-citación, acoplamiento bibliográfico, co-autoría, co-ocurrencia de palabras +clave, instituciones). El **motor de extracción de referencia** es **OpenAlex** ([ADR 0007](decisiones/0007-openalex-backbone.md)), -pero es **intercambiable**: la identidad **no** se ancla en OpenAlex sino en el **DOI** (la columna -es **`source_id`** —id del motor, agnóstica— y el `id` interno se deriva del DOI; ADR +pero es **intercambiable**: la identidad **no** se ancla en OpenAlex sino en el **DOI** (la columna es +**`source_id`** —id del motor, agnóstica— y el `id` interno se deriva del DOI; ADR [0036](decisiones/0036-identidad-source-id-agnostica-doi-ancla.md)), con apertura a **otros motores** -(p. ej. Semantic Scholar). El -camino **no es un pipeline lineal** sino un **ciclo iterativo** (Bates / Ellis / Kuhlthau, ver -§2): se siembra desde la ecuación, se hace chaining rankeado por estructura, se diferencia y -cura, y **la ecuación y la idea mutan** — se vuelve a sembrar con otra pregunta. Asumir un flujo -lineal "query → resultados → fin" contradice a Bates/Ellis/Kuhlthau a la vez -([`Notas/05`](Notas/05-ciclo-investigacion-humano.md) §3). El corpus **vive y persiste** entre -esas iteraciones en **DuckDB** desde la V1.0 (no es el export de una sola corrida): es el -**sustrato que hace posible el lazo** — se acepta/rechaza, crece y se cultiva en el tiempo. Tras -el 2º giro, ese sustrato es el **`DuckDBBackend` del `Corpus`** (el backend por defecto, no un -`Store` aparte; ADR [0015](decisiones/0015-corpus-tabular-backend.md)), y el lazo es una **máquina -de estados explícita** (`LoopState`: `SEEDED → FORAGED → FILTERED → BUILT`, ADR -[0016](decisiones/0016-maquina-estados-lazo.md)): **una investigación = un archivo `.duckdb`**, su -estado se consulta con `b2g status`. - -> **AS-BUILT — ADR [0029](decisiones/0029-workspace-por-investigacion.md) (2026-06-16; enmienda -> BREAKING #75, 2026-06-17):** "una investigación = un archivo" evolucionó a "una investigación = un -> **workspace** (carpeta `workspace.json` + db + redes/snapshots/exports)", con `b2g init` + resolución -> ambiente (`--workspace` opcional > `B2G_WORKSPACE` > walk-up del cwd). La carpeta con -> `workspace.json` es la **única** unidad canónica: `--store` y el modo degenerado del `.duckdb` suelto -> fueron **eliminados** (#75); un `.duckdb` legacy se adopta con `b2g init .`. +(p. ej. Semantic Scholar). El camino **no es un pipeline lineal** sino un **ciclo iterativo** (Bates / +Ellis / Kuhlthau, ver §2): se siembra desde la ecuación, se hace chaining rankeado por estructura, se +diferencia y cura, y **la ecuación y la idea mutan** — se vuelve a sembrar con otra pregunta. El corpus +**vive y persiste** entre esas iteraciones en **DuckDB** (no es el export de una sola corrida): es el +**sustrato que hace posible el lazo** — se acepta/rechaza, crece y se cultiva en el tiempo. Ese +sustrato es el **`DuckDBBackend` del `Corpus`** (el backend por defecto, no un `Store` aparte; ADR +[0015](decisiones/0015-corpus-tabular-backend.md)), y el lazo es una **máquina de estados explícita** +(`CycleState`: `SEEDED → FORAGED → FILTERED → BUILT → MONITORED`, ADR +[0016](decisiones/0016-maquina-estados-lazo.md)). **Una investigación = un workspace** (carpeta +`workspace.json` + `library.duckdb` + `networks/`/`snapshots/`/`exports/`; ADR +[0029](decisiones/0029-workspace-por-investigacion.md)), arrancado con `b2g init` y resuelto por +ambiente; su estado se consulta con `b2g status`. *El final siguen siendo las redes; lo nuevo es **cómo se llega a ellas** (forrajeo asistido) y que **la colección vive** (berry growing).* @@ -100,62 +60,45 @@ y conserve una **biblioteca viva reproducible**. La contribución (y la tesis del paper, [`Notas/05`](Notas/05-ciclo-investigacion-humano.md) §5) es **re-instrumentar el ciclo humano clásico** con un método donde la **estructura bibliométrica funciona como *information scent*** (forrajeo asistido, **determinista y reproducible, sin IA -generativa**), **sin desplazar el juicio humano**. -Mapeo del ciclo de 9 pasos (05 §3–4) sobre la V1: +generativa**), **sin desplazar el juicio humano**. Mapeo del ciclo de 9 pasos (05 §3–4) sobre el +producto: -| Paso del ciclo | En la V1 | +| Paso del ciclo | En bib2graph | |---|---| | **0** · Idea / pregunta difusa | **Humano** — no se automatiza | -| **1–3** · Semillas → chaining/forrajeo → browsing/diferenciar | **Núcleo de V1** (asistencia algorítmica nº1: bibliometría = *information scent*, **determinista, sin IA**) | +| **1–3** · Semillas → chaining/forrajeo → browsing/diferenciar | **Núcleo** (asistencia algorítmica: bibliometría = *information scent*, **determinista, sin IA**) | | **4** · La query y la idea **mutan** | **Humano**; la herramienta lo soporta (re-sembrar, ecuaciones que evolucionan) | -| **5** · Organizar en evidencia | **Parcial** — las redes/métricas son la organización estructural; la matriz concepto×paper (Webster & Watson) no está en V1 | -| **6** · Sensemaking / tensiones | **Humano**, asistido por las redes (comunidades/centralidad/acoplamiento). La "máquina de tensiones" asistida por IA se **retiró** del producto (ADR 0008/0022), no es v2 | -| **7** · Curar la biblioteca | **V1** — biblioteca viva en DuckDB (berry growing); el *juicio* de qué curar es humano | -| **8** · Monitoreo / alertas de lo nuevo | **Futuro** (encaja sobre la biblioteca viva) | - -La **no-linealidad** (el lazo 2→3→4→1) es propiedad de primera clase, no un detalle: la -biblioteca viva existe precisamente para que la idea pueda mutar y volver a sembrarse sin perder -lo acumulado. Tras el 2º giro esa no-linealidad **deja de ser solo prosa** y se modela como una -**máquina de estados explícita** (`LoopState`: `SEEDED → FORAGED → FILTERED → BUILT`, con -**transiciones permisivas** —se puede re-sembrar desde casi cualquier estado; ADR -[0016](decisiones/0016-maquina-estados-lazo.md)). El `LoopState` vive en el archivo `.duckdb` (no -en el `Corpus` efímero) y se expone con `b2g status`: humanos e IAs comparten el mismo mapa del -lazo en vez de inferir el punto del ciclo a partir del contenido. +| **5** · Organizar en evidencia | **Parcial** — las redes/métricas son la organización estructural; la matriz concepto×paper (Webster & Watson) no está | +| **6** · Sensemaking / tensiones | **Humano**, asistido por las redes (comunidades/centralidad/acoplamiento). La "máquina de tensiones" asistida por IA quedó **fuera del producto** (ADR 0008/0022) | +| **7** · Curar la biblioteca | **Sí** — biblioteca viva en DuckDB (berry growing); el *juicio* de qué curar es humano | +| **8** · Monitoreo / alertas de lo nuevo | **`chain --since`** (forrajeo incremental → `MONITORED`); alertas más ricas son futuro | + +La **no-linealidad** (el lazo chain→curar→mutar→seed) es propiedad de primera clase: la biblioteca +viva existe precisamente para que la idea pueda mutar y volver a sembrarse sin perder lo acumulado. Se +modela como **máquina de estados explícita** (`CycleState`, con transiciones permisivas; ADR +[0016](decisiones/0016-maquina-estados-lazo.md)), que vive en el `library.duckdb` y se expone con +`b2g status`: humanos e IAs comparten el mismo mapa del lazo. ## 3. Para quién -- **Investigadoras/es y analistas** que hacen revisión de literatura o estudian la estructura - intelectual de un campo y quieren redes reproducibles para Gephi/VOSviewer (GraphML) o pandas - (CSV), **sin montar infraestructura**. -- **Fácil PERO consciente** (crítica #3): cómodo con la línea de comandos, pero **el primer - flujo de 10 minutos (ecuación → redes) es contrato de diseño**, no un tutorial posterior. La - superficie por defecto es diminuta. -- **Agentes / automatizaciones** que orquestan `bib2graph` por CLI (`--json`, exit codes), sin - GUI. - -No es una herramienta para usuario final no técnico: no hay GUI ni servicio web en V1. - -> **ENMIENDA (2026-06-18) — ADR [0027](decisiones/0027-pivote-posicionamiento-gui-local.md) -> (Aceptada).** El texto de arriba se conserva como historia, pero el alcance **cambia**: entra una -> **GUI local opt-in para el investigador semi-técnico** (tesista/docente), instalable por **pip/uv** -> (extra `[gui]`), **local-first** (corre en `127.0.0.1` sobre el workspace local, ADR 0029). El **CLI -> sigue siendo la columna agente-native** (ADR 0010/0021): la GUI es un frontend **adicional y par**, -> no un sucesor. **Hosting, servidor MCP y Claude-Web quedan FUERA** (descartados, no diferidos); -> binario/Tauri diferido a v2. La GUI sigue **gateada por la epic [#34](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/34)**: -> no se implementa hasta validar un **caso real reproducido por un tercero** (TARGET, no AS-BUILT). La -> arquitectura está en ADR [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md) y `ARCHITECTURE.md`. -> -> **ESTADO 0.8 — GUI rota a propósito ([#117](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/117)).** -> El rename de columna a **`source_id`** (ADR 0036) **rompió la GUI** de forma deliberada: **no está -> disponible hoy** hasta que se actualice (#117). Ningún lector debe asumir que la GUI funciona en 0.8. -> -> **ENMIENDA (2026-06-28) — ADR [0040](decisiones/0040-retiro-gui-local.md) (Aceptada): GUI fuera de -> alcance.** Supersede la enmienda de 2026-06-18 (ADR 0027) de arriba: la **GUI local se retira de la -> librería** (issue [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190)). Se eliminan -> `b2g gui`, la API local FastAPI, la SPA `frontend/` y el extra `[gui]`. **Vuelve a regir el texto -> original del §3: no hay GUI ni servicio web** — el core es **CLI/agente-native** sobre la biblioteca -> viva (ADR 0010/0021/0037), y el camino de adopción es la **skill** de Claude Code (ADR 0039), no una -> SPA local. La experiencia visual library-centric pasa al **producto separado**, fuera de bib2graph. +bib2graph es **CLI / agente-native, sin GUI ni servicio web**. Su forma de uso por defecto es a través +de un agente (Claude Code u otro) que corre el ciclo; la skill de Claude Code (`b2g skill add`, ADR +[0039](decisiones/0039-skill-comando-meta-distribucion.md)) materializa el mensaje *"la mejor forma de +usar bib2graph es pedirle a Claude que lo use"*. Dos perfiles, en este orden: + +- **Investigador/a no-técnico vía IA (primero).** Hace revisión de literatura o estudia la estructura + intelectual de un campo, pero **no programa**: le pide a un agente que corra bib2graph por él. La + superficie agéntica (10 verbos que mapean el ciclo, `--json`, exit codes, mensajes accionables) está + diseñada para que el agente conduzca el ciclo end-to-end y entregue redes reproducibles para + Gephi/VOSviewer (GraphML) o pandas (CSV), **sin montar infraestructura**. +- **Técnico que hurga (segundo).** Cómodo con la línea de comandos y con leer/extender la librería: + corre `b2g` a mano, scriptea el ciclo, o importa el paquete Python. **Fácil PERO consciente:** la + ecuación de búsqueda es ciudadana de primera clase y queda registrada; la superficie por defecto es + diminuta. + +No es una herramienta con GUI ni servicio gestionado: el core es CLI/agente-native sobre la biblioteca +viva. La experiencia visual library-centric vive en un **producto separado**, fuera de bib2graph (ADR +[0040](decisiones/0040-retiro-gui-local.md)). ## 4. Propuesta de valor @@ -163,9 +106,8 @@ No es una herramienta para usuario final no técnico: no hay GUI ni servicio web traduce a una query OpenAlex, se **muestra la query exacta ejecutada** y un **reporte de traducción** (qué mapeó limpio, qué se aproximó, qué se descartó). Eso *es* el ejercicio bibliotecario y lo que hace el resultado reportable (PRISMA / vom Brocke). Las **exclusiones - quirúrgicas** (`b2g seed --exclude`, negaciones `AND NOT …` por término) son parte de ese - ejercicio consciente: quedan en el reporte de traducción, no se aplican en silencio. Para - exploración con muestras chicas, `--max-results` acota el fetch. + quirúrgicas** (`b2g seed --exclude`, negaciones `AND NOT …`) quedan en el reporte, no se aplican en + silencio. `--max-results` acota el fetch para exploración con muestras chicas. - **Biblioteca viva, no mapa one-shot.** El corpus se cura y crece en el tiempo (berry growing), persistido en DuckDB. El investigador **posee** su colección. - **Forrajeo asistido.** Chaining backward/forward sobre OpenAlex, con candidatos **rankeados @@ -175,307 +117,214 @@ No es una herramienta para usuario final no técnico: no hay GUI ni servicio web filtros, conteos y hash; se puede **exportar un snapshot** (foto reproducible) desde el estado vivo. Reproducibilidad por **historia auditable + snapshot sellado**, no por inmutabilidad ni por recómputo: **reproducir = re-leer/re-sellar el snapshot, NO re-correr la ecuación** (ADR - [0017](decisiones/0017-reproducibilidad-historia-snapshot.md)). OpenAlex **cambia en el tiempo**, - así que la misma ecuación corrida en otra fecha devuelve otro corpus (eso es *re-investigar*, no - reproducir); el `openalex_version` del Manifest **ancla la foto** a la versión/fecha de OpenAlex - usada. -- **Agente-native como columna** (no adorno): doble salida (`--json`), exit codes claros, - errores accionables, sin estado entre invocaciones. + [0017](decisiones/0017-reproducibilidad-historia-snapshot.md)). OpenAlex **cambia en el tiempo**, así + que la misma ecuación en otra fecha devuelve otro corpus (eso es *re-investigar*); el + `openalex_version` del Manifest **ancla la foto** a la versión/fecha usada. +- **Agente-native como columna** (no adorno): doble salida (`--json`, también vía `B2G_JSON=1`), exit + codes claros, errores accionables, sin estado entre invocaciones. - **Sin infraestructura pesada.** DuckDB embebido, sin servidores; OpenAlex **funciona sin clave** (pool cortés con email en config) **pero con límite** (tier gratis, ~100 créditos/día); una **API - key opcional sube el límite** para uso intensivo, como muchos servicios (#124). + key opcional sube el límite** para uso intensivo (#124). ## 5. Alcance -### 5.1 Dentro de alcance (V1) +### 5.1 Dentro de alcance - **Sembrado de doble puerta** (ADR [0035](decisiones/0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md)): por **ecuación de búsqueda** (términos, campos, años, idioma, tipo) **o** por **ingesta de archivo `.bib`** (puerta primaria, no secundaria) y/o **papers semilla** (DOIs / IDs). La ingesta desde - `.bib` resuelve **DOI→`source_id`** contra el motor de extracción (`b2g resolve` / - `seed --from-bib --resolve`) para reconciliar las *pearls* con el corpus. + `.bib` resuelve **DOI→`source_id`** contra el motor de extracción (`seed --from-bib --resolve`) para + reconciliar las *pearls* con el corpus. - **Contrato `Source` agnóstico** (ADR [0018](decisiones/0018-source-agnostico-calidad.md)): - separa el **mínimo universal** que todo corpus necesita para existir (`id`, título, año, autores, - keywords — ya habilita co-autoría y co-ocurrencia de keywords) del **enriquecimiento opcional** - (referencias, citantes, afiliaciones per-autor, instituciones — habilita acoplamiento, - co-citación, instituciones y asortatividad). Una `Source` que solo da el mínimo es **ciudadana - legítima**: esto **habilita fuentes regionales** (SciELO / Redalyc / La Referencia) sin - obligarlas a entregar lo que no tienen; los proyectores de enriquecimiento producen redes - parciales y lo **reportan** (no fallan). El **reporte de cobertura/calidad** por seed/source se - **declara** como contrato en V1 y se concreta en **v0.2+**. + separa el **mínimo universal** que todo corpus necesita (`id`, título, año, autores, keywords — ya + habilita co-autoría y co-word) del **enriquecimiento opcional** (referencias, citantes, afiliaciones + per-autor, instituciones — habilita acoplamiento, co-citación, instituciones y asortatividad). Una + `Source` de solo-mínimo es **legítima**: **habilita fuentes regionales** (SciELO / Redalyc / La + Referencia) sin obligarlas a entregar lo que no tienen; los proyectores de enriquecimiento producen + redes parciales y lo **reportan** (no fallan). - **Traducción** de la ecuación a query OpenAlex con **query ejecutada visible + reporte de - traducción**, ambas **registradas** con la corrida. Incluye **negaciones quirúrgicas** - (`b2g seed --exclude`, repetible: cada `AND NOT "…"` va **dentro** de la única expresión - `title_and_abstract.search:((query) AND NOT "…")`, campo no repetido) que se - **reportan en el reporte de traducción** (ejercicio consciente, no silencioso), y - **`--max-results`** para acotar el fetch en exploración con muestras chicas. -- **Chaining asistido** backward/forward sobre OpenAlex; **profundidad 1 por defecto**, opt-in a - 2, con **preview de crecimiento** ("esta expansión sumaría ~N papers") y **tope** configurable. + traducción**, ambas **registradas**. Incluye **negaciones quirúrgicas** (`b2g seed --exclude`, + repetible) reportadas en el reporte de traducción, y **`--max-results`** para acotar el fetch. +- **Chaining asistido** backward/forward sobre OpenAlex; **profundidad 1 por defecto**, con **preview + de crecimiento** y **tope** configurable; **`chain --since`** para forrajeo incremental (paso de + monitoreo). - **Ranking por estructura** (acoplamiento/co-citación, centralidad) de los candidatos — *information scent* **bibliométrico determinista, sin IA** (ADR [0020](decisiones/0020-metodo-forrajeo-scent-filtros-reject.md)/[0022](decisiones/0022-producto-sin-ia-generativa.md)). -- *(RETIRADO, ADR 0022:)* el "paso opcional de IA que explica por qué un candidato es relevante" - (`explain_candidate`/`[llm]`) **se elimina** del producto. El "porqué" de un candidato lo explica la - **estructura visible** (con qué del corpus se acopla/co-cita), no un LLM. + El "porqué" de un candidato lo explica la **estructura visible** (con qué del corpus se acopla/co-cita), + no un LLM. - **Ejercicio bibliotecario**: dedup/normalización de autores/instituciones apoyada en IDs de - OpenAlex (DOI/ORCID/ROR); **normalización de keywords vía thesaurus multilingüe** (en/es/pt, - curado y auditable, formato JSON portable); **filtros de inclusión/exclusión** (año, tipo, - idioma, mínimo de citas) con **conteo en cada filtro** (estilo flujo PRISMA). -- **Biblioteca viva en DuckDB**: aceptar/rechazar candidatos; el corpus **persiste entre - corridas**, crece y se cura, con **log de procedencia** (qué ecuación, qué chaining, qué - decisión humana, cuándo). -- **Redes**: co-citación, acoplamiento bibliográfico (sobre el **corpus completo**, no solo - semillas), co-autoría, co-ocurrencia de keywords, instituciones → **métricas y comunidades** - (densidad, centralidades, Louvain/propagación/voraz; **asortatividad** por un atributo - categórico configurable y por grado; **composición de comunidades** por ese atributo) → - **export GraphML/CSV**. Las métricas que dependen de un **proxy** (p. ej. afiliación por-paper - vs per-autor) se reportan **con el disclaimer del proxy** (fácil pero consciente). -- **Nota de costo (honestidad):** la **co-citación** es la red más cara — requiere traer los - citantes de las semillas *con sus propias listas de citas* (un segundo nivel de fetch en - OpenAlex). El **acoplamiento bibliográfico** usa las referencias que las semillas ya traen, es - más barato y mira hacia adelante; por eso es ciudadano de primera (crítica #2). Validado con - datos reales en [`exploracion/informe_ied_lectura_2.md`](../exploracion/informe_ied_lectura_2.md) - (coupling sobre corpus completo = 646 aristas; co-citación aún requiere ese segundo nivel). -- **Snapshot exportable**: foto reproducible (ecuación, query, filtros, conteos, hash, - fecha/versión de OpenAlex) derivada del estado vivo, para reportar y reproducir. -- **CLI agente-native**: cada subcomando con `--json` y exit codes. - -### 5.2 Fuera de alcance / futuro (marcado explícito, NO en V1) - -- **Máquina de tensiones** (intención de cita asistida por IA: apoya / refuta / escuelas en - conflicto) → **RETIRADA del producto** (ADR - [0022](decisiones/0022-producto-sin-ia-generativa.md), 2026-06-15): **no se difiere a v2, se - borra**. El producto no usa IA generativa; el sensemaking de tensiones lo hace el **humano leyendo - las redes** (comunidades/centralidad/acoplamiento). Era el candidato a *moat* - ([`Notas/04`](Notas/04-direccion-ia-in-the-loop.md) §5); el diferenciador pasa a ser la **biblioteca - viva curada + estructura bibliométrica de primera clase + flujo abierto**, no una capa de IA. -- **Costura Zotero** (biblioteca viva externa) → **DESCARTADA (decisión del PO, 2026-06-17): no se - hace.** El **corazón de la persistencia en V1.0 es DuckDB nativo**, no Zotero; la GUI se construye - sobre el workspace local. No es backlog planificado: reabrible solo si aparece demanda real (p.ej. - round-trip con un Zotero existente), como hito nuevo con su propio encuadre. -- **Monitoreo / alertas de literatura nueva** (paso 8 del ciclo, estilo Litmaps) → futuro; - encaja sobre la biblioteca viva, pero no en V1. -- **Matriz concepto×paper** (Webster & Watson, paso 5) → futuro; en V1 la organización es vía - redes/métricas. -- **Fallback fuzzy/semántico del thesaurus por LLM/embeddings** → **RETIRADO** (ADR - [0022](decisiones/0022-producto-sin-ia-generativa.md)/[0011](decisiones/0011-thesaurus-multilingue.md) - enmendado): el thesaurus es **curado y determinista**; lo que no matchea queda fuera, sin inventar - conceptos con un modelo. El **dedup fuzzy determinista** (`rapidfuzz`, **en el núcleo**, automático en - la ingesta — ADR [0031](decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md), #88; el extra - `[dedup]` se eliminó) sí queda — no es semántico ni LLM. -- **Resolución de `references_doi` a DOI canónico** (OpenAlex las entrega como URLs internas) y - fetch de **citantes-con-citas** para co-citación → trabajo del `Enricher`, fuera del primer - flujo de V1. + OpenAlex (DOI/ORCID/ROR); **normalización de keywords vía thesaurus multilingüe** (en/es/pt, curado y + auditable, JSON portable — `build --thesaurus`); **filtros de inclusión/exclusión** (año, tipo, + idioma, mínimo de citas) con **conteo en cada filtro** (estilo flujo PRISMA — `curate filter`). +- **Biblioteca viva en DuckDB**: aceptar/rechazar candidatos (`curate accept/reject`, o en lote vía + CSV con `curate dump`/`curate apply`); el corpus **persiste entre corridas**, crece y se cura, con + **log de procedencia**. +- **Redes**: co-citación, acoplamiento bibliográfico (sobre el **corpus completo**, no solo semillas), + co-autoría, co-ocurrencia de keywords, instituciones → **métricas y comunidades** (densidad, + centralidades, Louvain/propagación/voraz; **asortatividad** por un atributo categórico configurable y + por grado; **composición de comunidades**) → **export GraphML/CSV**. Las métricas que dependen de un + **proxy** se reportan **con el disclaimer del proxy** (fácil pero consciente). +- **Nota de costo (honestidad):** la **co-citación** es la red más cara — requiere traer los citantes + de las semillas *con sus propias listas de citas* (segundo nivel de fetch en OpenAlex). El + **acoplamiento bibliográfico** usa las referencias que las semillas ya traen, es más barato y mira + hacia adelante; por eso es ciudadano de primera. +- **Snapshot exportable**: foto reproducible (ecuación, query, filtros, conteos, hash, fecha/versión de + OpenAlex) derivada del estado vivo, para reportar y reproducir. +- **CLI agente-native**: superficie de **10 verbos del ciclo** (`init, seed, chain, curate, build, + read, export, snapshot, status, validate`) + 3 grupos noun-verb (`read`/`curate`/`snapshot`) + + `skill add` (meta), cada subcomando con `--json` y exit codes (ADR + [0037](decisiones/0037-superficie-cli-10-verbos-ciclo.md)/[0038](decisiones/0038-destino-verbos-huerfanos-0037.md); + detalle en [`API.md`](API.md) §Convenciones CLI). + +### 5.2 Fuera de alcance / futuro + +- **Máquina de tensiones** (intención de cita asistida por IA: apoya / refuta / escuelas en conflicto) + → **fuera del producto** (ADR [0022](decisiones/0022-producto-sin-ia-generativa.md)): el producto no + usa IA generativa; el sensemaking de tensiones lo hace el **humano leyendo las redes** + (comunidades/centralidad/acoplamiento). El diferenciador es la **biblioteca viva curada + estructura + bibliométrica de primera clase + flujo abierto**, no una capa de IA. +- **GUI / web / servicio gestionado** → **fuera** (ADR [0040](decisiones/0040-retiro-gui-local.md)): el + core es CLI/agente-native sobre la biblioteca viva; el camino de adopción es la **skill** de Claude + Code (ADR 0039). La experiencia visual library-centric vive en el **producto separado**, fuera de + bib2graph. +- **Costura Zotero** → **descartada** (PO, 2026): el corazón de la persistencia es DuckDB nativo. + Reabrible solo si aparece demanda real, como hito nuevo con su propio encuadre. +- **Neo4j** → **descartado** como adaptador planificado; ya no es sustrato. Reabrible solo con demanda + real. +- **Matriz concepto×paper** (Webster & Watson, paso 5) → futuro; la organización es vía redes/métricas. +- **Fallback fuzzy/semántico del thesaurus por LLM/embeddings** → **fuera** (ADR 0022/0011): el + thesaurus es **curado y determinista**; lo que no matchea queda fuera, sin inventar conceptos. El + **dedup fuzzy determinista** (`rapidfuzz`, **en el núcleo**, automático en la ingesta — ADR + [0031](decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md)) sí queda — no es semántico ni LLM. - **Lectura de PDFs full-text** → futuro. -- **GUI / web / servicio gestionado** → fuera. - > **ENMIENDA (2026-06-18) — ADR [0027](decisiones/0027-pivote-posicionamiento-gui-local.md) - > (Aceptada).** Se **supersede parcialmente** este punto: entra una **GUI local opt-in** (extra - > `[gui]`, `127.0.0.1`, semi-técnicos), gateada por [#34](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/34) - > (TARGET; código tras el caso real validado por un tercero). Lo que **sigue fuera**: **web/hosting, - > servicio gestionado, servidor MCP y Claude-Web** (descartados); binario/Tauri **diferido a v2**. El - > CLI sigue siendo la columna (ADR 0010/0021). Arquitectura: ADR [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md). - > **En 0.8 la GUI quedó rota a propósito** por el rename a `source_id` (ADR 0036): **no funciona - > hoy** hasta que se actualice ([#117](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/117)). - > - > **ENMIENDA (2026-06-28) — ADR [0040](decisiones/0040-retiro-gui-local.md) (Aceptada).** **Vuelve a - > regir el texto original "GUI / web / servicio gestionado → fuera":** la GUI local se **retira de la - > librería** (supersede 0027/0028, issue [#190](https://github.com/complexluise/bib2graph/issues/190)). - > La experiencia visual library-centric vive en el **producto separado**, no en bib2graph. -- **WoS / Scopus / RIS / CSV como backbone** → el resto, `Source` futura. **BibTeX NO es - secundaria:** la **ingesta desde archivo `.bib`** es una **puerta primaria** de sembrado (ingesta - de doble puerta: ecuación **o** archivo; ADR [0035](decisiones/0035-ingesta-multipuerta-resolucion-doi.md)), - con **resolución DOI→`source_id`** (`b2g resolve` / `seed --from-bib --resolve`) que reconcilia - las *pearls* contra el motor de extracción. -- **Neo4j** → **DESCARTADO (decisión del PO, 2026-06-17): no se hace.** **Ya no es sustrato** y - tampoco se planifica como adaptador `Store` post-V1. Reabrible solo si aparece demanda real, como - hito nuevo. -- **Enricher Semantic Scholar como camino para co-citación** → innecesario: las referencias y - citantes vienen de OpenAlex ([ADR 0007](decisiones/0007-openalex-backbone.md)). +- **WoS / Scopus / RIS / CSV como backbone** → `Source` futura. **BibTeX NO es secundaria:** la + ingesta `.bib` es **puerta primaria** (doble puerta, ADR 0035), con resolución DOI→`source_id`. +- **Enricher Semantic Scholar para co-citación** → innecesario: refs y citantes vienen de OpenAlex. - **Concurrencia multi-escritor** → **limitación conocida, no defecto** (ADR - [0019](decisiones/0019-concurrencia-diferida.md)): DuckDB es single-writer, así que la V1 asume - **1 archivo `.duckdb` = 1 escritor** a la vez (lecturas concurrentes OK; varias investigaciones = - varios archivos). Abrir el mismo archivo para escribir desde dos procesos falla claro (exit code - `5`), no corrompe. Multi-escritor concurrente se resuelve post-v1.0 según demanda. + [0019](decisiones/0019-concurrencia-diferida.md)): DuckDB es single-writer (1 archivo = 1 escritor; + lecturas concurrentes OK; varias investigaciones = varios archivos). Abrir el mismo archivo para + escribir desde dos procesos falla claro (exit code `5`), no corrompe. Se resuelve post-1.0 según + demanda. ## 6. Principios de producto 1. **Fácil PERO consciente.** La ecuación es ciudadana de primera clase, explícita y registrada. 2. **Asistencia algorítmica determinista, NO IA en el producto** (ADR - [0022](decisiones/0022-producto-sin-ia-generativa.md)). El producto **no usa IA generativa**: la - única asistencia es el **scent bibliométrico** del forrajeo (acoplamiento/co-citación/centralidad, - determinista, reproducible). El **juicio humano** (formular la idea, dejarla mutar, decidir qué - curar, leer las tensiones) **no se automatiza**. "AI-in-the-loop" se refiere **solo** al - *desarrollo* asistido por IA (ver [`AI_DISCLOSURE.md`](../AI_DISCLOSURE.md)). + [0022](decisiones/0022-producto-sin-ia-generativa.md)). La única asistencia es el **scent + bibliométrico** del forrajeo (acoplamiento/co-citación/centralidad, determinista, reproducible). El + **juicio humano** (formular la idea, dejarla mutar, decidir qué curar, leer las tensiones) **no se + automatiza**. "AI-in-the-loop" se refiere **solo** al *desarrollo* asistido por IA (ver + [`AI_DISCLOSURE.md`](../AI_DISCLOSURE.md)). 3. **Núcleo puro, costuras opcionales.** La lógica bibliométrica no depende de servidores ni red. -4. **Configuración inyectada, nunca embebida.** Ningún secreto en el código, sin efectos de - import (lecciones 1 y 6 de v0). +4. **Configuración inyectada, nunca embebida.** Ningún secreto en el código, sin efectos de import. 5. **Contratos estables y tipados** entre costuras (sin *signature drift*). -6. **Solo se promete lo que existe** (lección 5: nada de clientes que se inicializan y nunca se - consultan). +6. **Solo se promete lo que existe** (nada de clientes que se inicializan y nunca se consultan). 7. **Agente-native como columna**, diseñada desde el primer comando — no un extra futuro. 8. **Reproducibilidad por historia auditable + snapshot exportable**, no por inmutabilidad. ## 7. Historias de usuario (épicas) > Definición de producto en historias, para extraer features y dejar claro **qué esperar**. -> Adaptadas de [`_archivo/06`](_archivo/06-definicion-producto-v1.md) (archivada) tras cerrar el wedge (forrajeo) -> y el modelo de datos (biblioteca viva en DuckDB). ### Épica A — Sembrar con ecuaciones de búsqueda (consciente y estándar) -- **A1** · Como investigador, quiero definir mi corpus con una **ecuación de búsqueda** - (términos, campos, años, idioma), para partir del artefacto estándar y reproducible. -- **A2** · Como investigador, quiero que la herramienta **traduzca mi ecuación a una consulta - OpenAlex y me muestre exactamente qué se ejecutó** (y sus límites), para ser consciente de qué - recupero. -- **A3** · Como investigador, quiero alternativamente sembrar con **papers semilla** (DOIs / IDs - / un export BibTeX), para cuando parto de *pearls* conocidos. -- **A4** · Como investigador, quiero que mi ecuación quede **registrada y versionada** con la - corrida, para reportarla (PRISMA / vom Brocke) y reproducirla. -- **A5** · Como investigador, quiero que mis **ecuaciones evolucionen entre iteraciones** - (berrypicking: la idea muta y vuelvo a sembrar) y que la **biblioteca viva acumule** a través - de esas versiones, para que el lazo del ciclo sea de primera clase y no una corrida tirada. +- **A1** · Definir el corpus con una **ecuación de búsqueda** (términos, campos, años, idioma), para + partir del artefacto estándar y reproducible. +- **A2** · Que la herramienta **traduzca la ecuación a una consulta OpenAlex y muestre exactamente qué + se ejecutó** (y sus límites), para ser consciente de qué se recupera. +- **A3** · Alternativamente sembrar con **papers semilla** (DOIs / IDs / un export BibTeX), para + cuando se parte de *pearls* conocidos. +- **A4** · Que la ecuación quede **registrada y versionada** con la corrida, para reportarla + (PRISMA / vom Brocke) y reproducirla. +- **A5** · Que las **ecuaciones evolucionen entre iteraciones** (berrypicking) y que la **biblioteca + viva acumule** a través de esas versiones, para que el lazo sea de primera clase. ### Épica B — Forrajear: chaining asistido por estructura bibliométrica (sin IA) -- **B1** · Como investigador, quiero **backward chaining** (las referencias de mis semillas) y - **forward chaining** (lo que las cita) automáticos sobre OpenAlex, para no hacer snowballing a - mano (Wohlin). -- **B2** · Como investigador, quiero **controlar la profundidad** del chaining (1 por defecto, - opt-in a 2) y ver un **preview de cuánto crece** el corpus antes de traer, para no hacerlo - explotar. -- **B3** · Como investigador, quiero que los candidatos vengan **rankeados por estructura - bibliométrica** (*information scent*: acoplamiento/co-citación, centralidad — **determinista, sin - IA**), para revisar primero lo más relevante. -- ~~**B4** · paso opcional de IA que explique por qué un candidato es relevante~~ → **RETIRADA** - (ADR [0022](decisiones/0022-producto-sin-ia-generativa.md)): el producto no usa IA generativa. El - "porqué" lo da la **estructura visible** (con qué del corpus se acopla/co-cita el candidato), no un - LLM. `explain_candidate`/`[llm]` se eliminan. +- **B1** · **Backward chaining** (las referencias de las semillas) y **forward chaining** (lo que las + cita) automáticos sobre OpenAlex, para no hacer snowballing a mano (Wohlin). +- **B2** · **Controlar la profundidad** (1 por defecto) y ver un **preview de cuánto crece** el corpus + antes de traer, para no hacerlo explotar. +- **B3** · Candidatos **rankeados por estructura bibliométrica** (*information scent*: + acoplamiento/co-citación, centralidad — **determinista, sin IA**), para revisar primero lo más + relevante. El "porqué" lo da la **estructura visible**, no un LLM. ### Épica C — Ejercicio bibliotecario y biblioteca viva (curar y conservar) -- **C1** · Como investigador, quiero **dedup y normalización** de autores/instituciones apoyada - en los IDs de OpenAlex (ORCID/ROR/DOI), para no pelear con variantes de nombres. -- **C2** · Como investigador, quiero **normalizar mis keywords con un thesaurus multilingüe** - (en/es/pt) curado y auditable, para que conceptos equivalentes en distintos idiomas colapsen en - la red de co-ocurrencia (p. ej. *intercambio ecológico desigual* ≡ *unequal exchange*) y no - queden dispersos. *(Sin fallback semántico/LLM: el thesaurus es determinista — ADR 0022/0011. El - dedup fuzzy determinista de keywords fuera del thesaurus corre automático en la ingesta con - `rapidfuzz` en el núcleo — ADR 0031, #88; ya no es el extra `[dedup]`.)* -- **C3** · Como investigador, quiero aplicar **criterios de inclusión/exclusión** (año, tipo, - idioma, mínimo de citas) y ver el **conteo en cada filtro**, para curar con trazabilidad - (estilo flujo PRISMA). -- **C4** · Como investigador, quiero **aceptar/rechazar** candidatos y que lo aceptado quede en - mi **biblioteca viva persistida en DuckDB**, que **crece entre corridas** con su log de - procedencia, para cultivar la colección (berry growing). *(La biblioteca viva es DuckDB nativo; la - sincronización con Zotero está descartada —decisión del PO, 2026-06-17— y solo se reabriría si hay - demanda real.)* +- **C1** · **Dedup y normalización** de autores/instituciones apoyada en los IDs de OpenAlex + (ORCID/ROR/DOI), para no pelear con variantes de nombres. +- **C2** · **Normalizar keywords con un thesaurus multilingüe** (en/es/pt) curado y auditable, para + que conceptos equivalentes en distintos idiomas colapsen en la red de co-ocurrencia (p. ej. + *intercambio ecológico desigual* ≡ *unequal exchange*). *(Sin fallback semántico/LLM: el thesaurus es + determinista; el dedup fuzzy determinista corre automático en la ingesta con `rapidfuzz`.)* +- **C3** · Aplicar **criterios de inclusión/exclusión** (año, tipo, idioma, mínimo de citas) y ver el + **conteo en cada filtro**, para curar con trazabilidad (estilo flujo PRISMA). +- **C4** · **Aceptar/rechazar** candidatos y que lo aceptado quede en la **biblioteca viva persistida + en DuckDB**, que **crece entre corridas** con su log de procedencia, para cultivar la colección. ### Épica D — Proyectar a redes (el final sigue siendo las redes) -- **D1** · Como investigador, quiero proyectar el corpus a **co-citación, acoplamiento - bibliográfico, co-autoría, co-ocurrencia de keywords e instituciones**, para analizar la - estructura intelectual del campo. -- **D2** · Como investigador, quiero **métricas y comunidades** (densidad, centralidades, - Louvain/propagación/voraz) sobre cada red. -- **D3** · Como investigador, quiero **asortatividad** (por un atributo categórico que yo defino - —p. ej. región geográfica— y por grado) y la **composición de cada comunidad** por ese - atributo, **con el disclaimer de si el atributo es un proxy** (p. ej. afiliación por-paper vs - per-autor), para leer asimetrías estructurales (Norte–Sur, escuelas en conflicto) sin tomar el - proxy por verdad. -- **D4** · Como investigador, quiero **exportar GraphML/CSV** para Gephi/VOSviewer y pandas. +- **D1** · Proyectar el corpus a **co-citación, acoplamiento bibliográfico, co-autoría, co-ocurrencia + de keywords e instituciones**, para analizar la estructura intelectual del campo. +- **D2** · **Métricas y comunidades** (densidad, centralidades, Louvain/propagación/voraz) sobre cada + red. +- **D3** · **Asortatividad** (por un atributo categórico definido por el usuario y por grado) y la + **composición de cada comunidad** por ese atributo, **con el disclaimer de si el atributo es un + proxy**, para leer asimetrías estructurales (Norte–Sur, escuelas) sin tomar el proxy por verdad. +- **D4** · **Exportar GraphML/CSV** para Gephi/VOSviewer y pandas. ### Épica E — Reproducibilidad y agente-native -- **E1** · Como investigador, quiero **exportar un snapshot reproducible** del estado vivo - (ecuación, query, fecha/versión de OpenAlex, profundidad, filtros, conteos, hash), para - auditar y reportar. -- **E2** · Como **agente/automatización**, quiero invocar cada paso por **CLI con `--json`** y - exit codes claros, para orquestar bib2graph sin GUI. - -## 8. Modelo de datos (reconciliado) - -La elección **biblioteca viva desde V1** (corpus stateful en DuckDB) era **incompatible con el -snapshot inmutable** que consagraban `ARCHITECTURE.md` §6.2 y el ADR 0006, y con el `InMemoryStore` -por defecto del ADR 0003. La reconciliación quedó cerrada por los ADR 0009 y, tras el 2º giro, -precisada por el ADR [0015](decisiones/0015-corpus-tabular-backend.md): - -- El **`Corpus` se respalda en un `TabularBackend` (Protocol)** y **delega las mutaciones** - (ADR [0015](decisiones/0015-corpus-tabular-backend.md)). La persistencia por defecto **no es un - `Store` con estado aparte**, sino el **`DuckDBBackend` del propio `Corpus`** (archivo `.duckdb`, - mutación por SQL `UPDATE`/`MERGE` por `id`), que conserva el corpus entre corridas con su **log de - procedencia**. El **`InMemoryBackend`** puro es el backend de los tests y del working set efímero - (el núcleo se testea sin DuckDB). El **`DuckDBStore` es la fachada de costura** (`persist`/`load`) - y el punto de extensión para destinos externos. -- El **`LoopState`** (ADR [0016](decisiones/0016-maquina-estados-lazo.md)) vive en ese backend - persistente: **una investigación = un archivo `.duckdb`**, con su estado del lazo. -- El **snapshot deja de ser el modelo de datos** y es un **export sellado derivable del estado - vivo** (foto reproducible para reportar). **Reproducir = re-leer ese snapshot, no re-correr la - ecuación** (ADR [0017](decisiones/0017-reproducibilidad-historia-snapshot.md)). -- **Zotero** queda **DESCARTADO (decisión del PO, 2026-06-17): no se hace**; nunca fue la - persistencia de 1.0 (DuckDB nativo lo es). Reabrible solo si aparece demanda real, como hito nuevo. - -Esta reconciliación ya está reflejada en `ARCHITECTURE.md` (§3.1, §4.3, §6.2), `API.md` (§1, §4) y -`ROADMAP.md` (Hitos 1.5/3). El estado de construcción —**Hitos 0–9 + 1.5 terminados** y la **tanda de -remediación R1–R5 completa** (2026-06-16)— vive en el `ROADMAP.md`: el terreno **pre-GUI está completo** -(Hito 10 viz absorbido en la epic GUI #34; Hito 11 Zotero/Neo4j descartado, PO 2026-06-17). - -## 9. Criterios de "V1 hecha" +- **E1** · **Exportar un snapshot reproducible** del estado vivo (ecuación, query, fecha/versión de + OpenAlex, profundidad, filtros, conteos, hash), para auditar y reportar. +- **E2** · Como **agente/automatización**, invocar cada paso por **CLI con `--json`** y exit codes + claros, para orquestar el ciclo completo (`init → seed → chain → curate → build → read → export`) + sin GUI. + +## 8. Modelo de datos + +- El **`Corpus` se respalda en un `TabularBackend` (Protocol)** y **delega las mutaciones** (ADR + [0015](decisiones/0015-corpus-tabular-backend.md)). La persistencia por defecto **no es un `Store` + con estado aparte**, sino el **`DuckDBBackend` del propio `Corpus`** (archivo `.duckdb`, mutación por + SQL `UPDATE`/`MERGE` por `id`), que conserva el corpus entre corridas con su **log de procedencia**. + El **`InMemoryBackend`** puro es el backend de los tests y del working set efímero. El **`DuckDBStore` + es la fachada de costura** (`persist`/`load`) y el punto de extensión para destinos externos. +- El **`CycleState`** (ADR [0016](decisiones/0016-maquina-estados-lazo.md)) vive en ese backend + persistente: **una investigación = un workspace** con su estado del lazo. +- El **snapshot** es un **export sellado derivable del estado vivo** (foto reproducible para reportar). + **Reproducir = re-leer ese snapshot, no re-correr la ecuación** (ADR + [0017](decisiones/0017-reproducibilidad-historia-snapshot.md)). + +Detalle del schema de columnas + la API del wrapper en [`API.md`](API.md) §1. + +## 9. Criterios de madurez - De una **ecuación de búsqueda** a un **GraphML** de al menos una red, **sin escribir código** y **sin servidores**. -- El **chaining** rankea candidatos por estructura, no por lista plana, con preview de - crecimiento. +- El **chaining** rankea candidatos por estructura, no por lista plana, con preview de crecimiento. - El corpus **persiste y crece entre corridas** en DuckDB, con log de procedencia. -- La corrida es **reportable**: se exporta un snapshot **sellado** (con la query OpenAlex visible y - el `openalex_version` que ancla la foto) que **otro investigador reproduce releyéndolo**, sin - volver a llamar a OpenAlex (ADR [0017](decisiones/0017-reproducibilidad-historia-snapshot.md)). +- La corrida es **reportable**: se exporta un snapshot **sellado** (con la query OpenAlex visible y el + `openalex_version` que ancla la foto) que **otro investigador reproduce releyéndolo**, sin volver a + llamar a OpenAlex (ADR [0017](decisiones/0017-reproducibilidad-historia-snapshot.md)). - Dedup/normalización funciona apoyada en OpenAlex **sin configuración manual de nombres**. -- Cada subcomando tiene `--json`. - -## 10. Métricas de éxito - -- El **primer flujo de 10 minutos** (ecuación → redes → export) corre **sin claves ni - infraestructura** —dentro del **tier gratis de OpenAlex** (~100 créditos/día, alcanza para una - prueba/uso liviano); para **corpus grandes** conviene una **API key opcional** que sube el límite (#124). -- El núcleo tiene **cobertura de tests unitarios** real sobre proyección, métricas, comunidades y - dedup (la testabilidad que v0 nunca tuvo). -- Un caso real se **reproduce** desde la ecuación, cumpliendo criterios de calidad - **configurables** por el usuario (no umbrales hardcodeados — crítica #5). Ya hay **evidencia - con datos reales**: el sandbox de **intercambio ecológico desigual (IED)** corrió el pipeline - end-to-end sobre 103 papers de OpenAlex, con 3/4 redes con estructura, thesaurus multilingüe y - asimetría Norte–Sur medible (ver - [`exploracion/informe_ied_lectura_2.md`](../exploracion/informe_ied_lectura_2.md)). El estudio - de semiconductores sigue como caso documentado en [`metodología.md`](Notas/metodología.md). -- Agregar una nueva `Source` o `Store` no requiere modificar el núcleo. - -## 11. Próximos pasos - -> ⚠️ **Corrección 2026-06-17:** el punto 1 es **planning histórico ya saldado** (los ADR 0007–0021 -> están escritos). Donde dice "tensiones a v2", leer **"tensiones RETIRADAS del producto"** (ADR -> 0022); el thesaurus es **determinista sin fallback fuzzy/LLM** (ADR 0011 enmendado). La **tanda de -> remediación R1–R5 ya está completa** (2026-06-16) y, sobre ella, los **Hitos 1–9 están construidos** -> (ver punto 3, actualizado). El **terreno pre-GUI está completo**: el próximo trabajo real es la -> **epic GUI #34** (la capa de lectura visual), no más backend. Estado vivo en el -> [`ROADMAP.md`](ROADMAP/README.md). - -1. **Nuevos ADRs** (architect), además del [0007](decisiones/0007-openalex-backbone.md) ya - redactado: wedge = forrajeo (~~tensiones a v2~~ → **retiradas**, ADR 0022); **biblioteca viva en - DuckDB** (supersede la premisa de 0003 y 0006); agente-native como columna; **thesaurus - multilingüe** (T6/T10 del sandbox; formato JSON portable, **determinista sin fallback LLM**). -2. ✅ `ARCHITECTURE.md`, `API.md` y `ROADMAP.md` **reconciliados** con este PRD (§8) y con los - ADR 0007–0011, y luego con el **2º giro** (ADR - [0015](decisiones/0015-corpus-tabular-backend.md)–[0019](decisiones/0019-concurrencia-diferida.md)). -3. ✅ Implementación por hitos en curso (coder): **Hitos 0–6 + 1.5 terminados** (núcleo del corpus - stateful sobre `TabularBackend`, proyectores/analizadores/export, biblioteca viva en DuckDB, - fuentes OpenAlex/BibTeX, forrajeo + `Preprocessor` + filtros PRISMA, y el **CLI agente-native - `b2g`** — 19 subcomandos (incl. `thesaurus`, ADR [0031](decisiones/0031-preprocesamiento-automatico-en-ingesta.md), y `gui`, ADR [0028](decisiones/0028-arquitectura-gui-api-capa-servicios.md), Hito G3), ADR [0021](decisiones/0021-cli-agente-native-contrato.md) + - [0025](decisiones/0025-enricher-cocitacion-openalex.md) (`enrich`, Ciclo 8a) + - [0029](decisiones/0029-workspace-por-investigacion.md) (`init` + workspace)). Con ello - v0.2 alcanza las capacidades del **flujo** `seed → … → export`. **El red-team de la - [Nota 06](Notas/06-critica-as-built-v0.2.md) corrige el claim "capacidades completas":** falta la - **tanda de remediación R1–R5** (modelo sin IA, identidad-vs-procedencia reproducible, FSM cíclico, - scent bibliométrico, robustez) **antes** de los Hitos 7–11. Tras R1–R5 se construyeron el **Hito 7 ✅** - (dedup fuzzy `rapidfuzz`), el **Hito 8 ✅** (`Enricher` OpenAlex: refs→DOI + co-citación end-to-end, - `enrich --max-citing`) y el **Hito 9 ✅** (`NetworkSpec` YAML + `b2g networks --spec` + `resolution` - Louvain, 2026-06-17): **Hitos 1–9 construidos**. Los **Hitos 10 (viz) y 11 (Zotero/Neo4j) fueron - reevaluados (2026-06-17, encuadre pre-GUI):** 10 se **difiere/absorbe en la epic GUI #34** (la GUI es - la capa de lectura visual; el export visual pre-GUI ya lo cubren `decorate`/`clusters.csv`) y 11 queda - **DESCARTADO (decisión del PO, 2026-06-17): Zotero/Neo4j no se hacen** —no son backlog planificado—, - reabrible como hito nuevo solo si aparece demanda real; no bloquea la GUI. Estado vivo - en el [`ROADMAP.md`](ROADMAP/README.md). +- Cada subcomando tiene `--json`; el ciclo completo lo puede conducir un agente. + +## 10. Caso de uso de referencia: la herramienta usándose a sí misma + +El caso de referencia de bib2graph es **el ciclo de investigación aplicado a la teoría que mejora +bib2graph**: la herramienta **se usa a sí misma como objeto de estudio** para iterar su propio diseño. +La literatura sobre **forrajeo de información, ciclo de investigación humano y bibliometría** (Bates, +Ellis, Kuhlthau, Pirolli, Wohlin, vom Brocke; ver [`Notas/05`](Notas/05-ciclo-investigacion-humano.md) +y [`metodología.md`](Notas/metodología.md)) es a la vez **el corpus que bib2graph procesa** y **la +fuente de los requisitos** del producto: sembrar la ecuación de esa teoría, forrajear sus referencias y +citantes, curar la biblioteca viva, proyectar las redes y leer las tensiones es **lo que valida que el +método sirve** — y cada vuelta del ciclo retroalimenta el diseño (qué falta en el forrajeo, qué red +falla, qué fricción tiene el flujo agéntico). El producto es honesto consigo mismo cuando su propio +desarrollo corre por el ciclo que predica. + +Esto tiene una consecuencia de proceso: las decisiones de producto y los hallazgos teóricos que surgen +de usar la herramienta entran por el flujo de siempre (nota → Discussion → ADR/issue), y los **docs +vivos** reflejan el resultado, no el debate. + +El caso **intercambio ecológico desigual (IED)** —el pipeline corrido end-to-end sobre papers reales de +OpenAlex, con redes con estructura, thesaurus multilingüe y asimetría Norte–Sur medible (ver +[`exploracion/informe_ied_lectura_2.md`](../exploracion/informe_ied_lectura_2.md))— queda como **caso +de validación interna histórico**: evidencia de que el método produce resultados con datos reales, **no +un criterio de release**. El estudio de semiconductores sigue como caso documentado en +[`metodología.md`](Notas/metodología.md). diff --git a/pyproject.toml b/pyproject.toml index 6697d07..f6f1146 100644 --- a/pyproject.toml +++ b/pyproject.toml @@ -6,7 +6,8 @@ # LOCAL estándar (ruff, mypy, pytest, pre-commit, commitizen) configurado desde # el día uno (ADR 0006/0010). CI (.github/workflows/ci.yml) y release-please # (.github/workflows/release-please.yml) YA están conectados; la publicación a -# PyPI queda fuera por ahora (solo GitHub Releases). Ver VERSIONING.md. +# PyPI está conectada desde 0.10.0 vía Trusted Publishing/OIDC +# (.github/workflows/publish-pypi.yml, invocado por release-please). Ver VERSIONING.md. # # Ver: # - docs/ARCHITECTURE.md