prokka_bash.sh

#!/bin/bash
# Script para anotação em lote dos genomas do MTBC com Prokka

echo "Iniciando anotação dos genomas..."

# Assegura que a pasta de output existe, sem dar overwrite
mkdir -p prokka_output

# Iniciando loop dentro da pasta do repositório para manter reprodutibilidade
for genome_file in dataset/*.fna; do

  # basename remove o caminho do diretório e a extensão criando um prefixo limpo.
  PREFIX=$(basename "$genome_file" .fna)

  echo "--> Processando o genoma: $PREFIX"

  # Executa o Prokka, direcionando a saída para dentro de 'prokka_outputs'.
  prokka --kingdom Bacteria --genus Mycobacterium --species tuberculosis --usegenus \
         --prefix "$PREFIX" --locustag "$PREFIX" \
         --outdir "prokka_output/prokka_$PREFIX" \
         --compliant --cpus 8 "$genome_file"
done

echo "Anotação de todos os genomas concluída."