vs2_bash.sh

# Cria um diretório principal para todos os resultados do VirSorter2
mkdir -p virsorter_output

# Loop para processar cada genoma na pasta 'genomes'
for genoma in dataset/*.fna; do

    # Extrai o nome base do arquivo para criar um diretório de saída específico
    nome_base=$(basename "$genoma" | sed 's/\.[^.]*$//')
    
    # Define o diretório de saída para esta amostra específica
    output_dir="virsorter_output/${nome_base}"

    echo "--------------------------------------------------------"
    echo "Iniciando análise do genoma: $nome_base com VirSorter2"
    echo "Os resultados serão salvos em: $output_dir"
    echo "--------------------------------------------------------"

    # Comando principal do VirSorter2
    virsorter run \
    -w "$output_dir" \
    -i "$genoma" \
    --min-score 0.8 \
    -j 4 \
    all

done

echo "Análise com VirSorter2 concluída para todos os genomas!"