diff --git a/PhageBoost/get_genecalls.py b/PhageBoost/get_genecalls.py index 0de0b0e..8a6721e 100755 --- a/PhageBoost/get_genecalls.py +++ b/PhageBoost/get_genecalls.py @@ -19,7 +19,7 @@ def parse_genecall(contig,gene,i): #@bbcachier def get_genecalls_for_contig(contig, meta=True): seq = str(contig.seq) - p = pyrodigal.Pyrodigal(meta=meta) + p = pyrodigal.Pyrodigal(meta=meta, mask=True) if not meta: p.train(seq) a = p.find_genes(seq) genecalls = [parse_genecall(contig, gene, i) for i, gene in enumerate(p.find_genes(seq))]