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Traitement d'images satellites avec Python

  • Édition 1 (mars 2025)
  • Édition prévue en août 2025

Livre Quarto (français). Les chapitres sont les fichiers NN-*.qmd; le site généré est écrit dans docs/.

Générer le livre avec Docker

Quarto s'exécute dans un conteneur Docker, pas sur l'hôte. Le Quarto de l'hôte est un environnement différent — utilisez le conteneur pour des constructions reproductibles.

Prérequis

  • Docker installé et démarré.
  • L'image de construction mlsysbook-linux:v2 (voir ci-dessous pour la bâtir).

1. Construire l'image Docker

Nécessaire au premier usage, ou après modification des dépendances (docker/dependencies/requirements.txt, install_packages.R, tl_packages) :

docker build -t mlsysbook-linux:v2 -f docker/linux/Dockerfile .

L'image contient Quarto, Python (dont torch CPU, opencv, rasterio…), R et TeX Live. La construction est longue (~20 min, image ~11 Go).

2. Générer tout le livre (recommandé)

Le script process.sh construit tout : site HTML + PDF, et exporte chaque chapitre en .ipynb (et en script marimo .py).

./process.sh

Sorties :

Dossier Contenu
docs/ Site HTML + le PDF téléchargeable
pdf/ Traitement-d-images-satellites-avec-Python.pdf
notebooks/ Chapitres et annexes exportés en .ipynb
marimo/ Chapitres convertis en scripts marimo .py

3. Commandes manuelles

Toutes les commandes montent le dépôt sur /workspace dans le conteneur.

Site HTML :

docker run --rm -v "$PWD":/workspace mlsysbook-linux:v2 \
  quarto render --to html --output-dir ./docs

PDF (nécessite le profil production, où le format pdf est défini) :

docker run --rm -v "$PWD":/workspace mlsysbook-linux:v2 \
  quarto render --profile production --to pdf --output-dir ./pdf

Aperçu interactif (rechargement automatique, sur http://localhost:3508) :

docker run --rm --network=host -p 3508:3508 -v "$PWD":/workspace \
  mlsysbook-linux:v2 quarto preview --port 3508 --host 0.0.0.0

Notes et pièges

  • Fichiers appartenant à root. Le conteneur s'exécute en tant que root, donc les fichiers générés (docs/, pdf/, notebooks…) appartiennent à root sur l'hôte. Toute opération de fichier côté hôte sur ces fichiers échoue en EACCES — c'est pourquoi process.sh copie le PDF dans docs/ dans le conteneur.
  • Cache d'exécution. L'exécution des cellules est mise en cache (.jupyter_cache/, execute: cache: true) : les re-rendus réutilisent la sortie mise en cache. Supprimez le cache pour forcer une ré-exécution.
  • Nom du PDF. Basé sur le titre du livre (Traitement-d-images-satellites-avec-Python.pdf), pas sur le champ output: de _quarto-production.yml (inactif pour les projets book).
  • Ajouter une dépendance Python sans reconstruire toute l'image (~20 min) : patch en couche — docker build -t mlsysbook-linux:v2 - <<< $'FROM mlsysbook-linux:v2\nRUN pip install <paquet>'. L'image diverge alors du Dockerfile jusqu'à une reconstruction propre.