Ebbe átvezettem a többi issue tartalmát, mert anélkül áttekinthetetlen lesz az egész.
A ReactionKinetics.wl csomag 2.0-ás változatához (ellenőrizetlen javaslatok, Attilától is, amit megértettem, de van neki sok, amit nem :))
Van Attilának (nagyal) írásjoga, Matyi?
Általános A-tól (J: nem túlzás??)
Dividing the main code (currently held in one big file) into multiple files by creating submodules (or subpackages) dedicated to the different topics covered in the project. This could facilitate the (parallel) development work and give some flexibility on different segments/topics as the scope of the project is pretty big. I imagine using a "master" package file that imports all the submodules/subpackages into one place and this is gonna be ultimately exposed to end-users.
Vélt vagy valódi hibák
- AtomConervingQ[Petri] False!
Elavult a Mma miatt: VertexLabeling->All kell
- Using LongRightArrow only works well if the complexes are put into parentheses, which is unnatural. We should throw an error when LongRightArrow or other arrows with higher precedence than Plus is present in the reaction steps.
Example: A --> B + C is actually (A --> B) + C when the intuitive form is A --> (B + C)
Kellemetlenségek
- a sok Protected változó (Some global variables are protected when loading the package. Remove the protection, replace global variables with strings where possible, or add information about used global variables to Function::usage where needed.)
- One should have everywhere, uniformly ExternalSpecies->{...}
ReactionsData[{reac}]["externalspecies"] gives the list of external species
ReactionsData[{reac}]["references"] should provide first/relevant references
Reactions in SBML form will also be read in (including ODEBase)
ReactionsData[{"LotkaVolterra"}]["genuinereactionsteps"] gives A+X->2X, etc.
Új függvények kellenek
- ReactionExtent option for RightHandSide, DereministicModel and Concentrations
- SBMLIInput
- NegativeCrosseffectQ
- Realization - egyelőre csak a kanonikust adja vissza, ha kinetika a diffegyenlet
- CauchyRiemannQ
- ReactionsData adja ki ezeket is: Y, E, a gráfok jellemzőit, a reakciólépéseket
Segítségek
- GraphLayout lehetőségei
- 300 dpi-s ábra
- Nyíl a tengelyekre
Használjuk ezt a beépítettet: StationaryPoints f(c)=0-hoz hozzá kell venni gamma baloldali nullterének bázisát.
Továbbá: ne követelje a kezdeti értéket, mert sokszor anélkül is számolható. Opciók: Method->Groebner, Real, Positive
A súgó legyen olyan, mint általában a Mmaban
Eszközök:
- ChatGPT 4-es változat
- Lama3
- Claude (amerikai IP cím kell hozzá)
PDF-ben leírás: EIWL
Ebbe átvezettem a többi issue tartalmát, mert anélkül áttekinthetetlen lesz az egész.
A ReactionKinetics.wl csomag 2.0-ás változatához (ellenőrizetlen javaslatok, Attilától is, amit megértettem, de van neki sok, amit nem :))
Van Attilának (nagyal) írásjoga, Matyi?
Általános A-tól (J: nem túlzás??)
Dividing the main code (currently held in one big file) into multiple files by creating submodules (or subpackages) dedicated to the different topics covered in the project. This could facilitate the (parallel) development work and give some flexibility on different segments/topics as the scope of the project is pretty big. I imagine using a "master" package file that imports all the submodules/subpackages into one place and this is gonna be ultimately exposed to end-users.
Vélt vagy valódi hibák
Elavult a Mma miatt: VertexLabeling->All kell
Example: A --> B + C is actually (A --> B) + C when the intuitive form is A --> (B + C)
Kellemetlenségek
ReactionsData[{reac}]["externalspecies"] gives the list of external species
ReactionsData[{reac}]["references"] should provide first/relevant references
Reactions in SBML form will also be read in (including ODEBase)
ReactionsData[{"LotkaVolterra"}]["genuinereactionsteps"] gives A+X->2X, etc.
Új függvények kellenek
Segítségek
Használjuk ezt a beépítettet: StationaryPoints f(c)=0-hoz hozzá kell venni gamma baloldali nullterének bázisát.
Továbbá: ne követelje a kezdeti értéket, mert sokszor anélkül is számolható. Opciók: Method->Groebner, Real, Positive
A súgó legyen olyan, mint általában a Mmaban
Eszközök:
PDF-ben leírás: EIWL