agent-skill: note that ellipse_cloud indices are not point indices

[t-uda]

contrib/agent-skill/SKILL.md の "Common pitfalls" に一項目追加したい。

LocalCov.__call__ の docstring にはマージによる個数減少が明記されているが、skill だけを読むエージェントには届かない。距離行列や persistence diagram の頂点 index を座標に戻す場面で、X[i] を引いても例外が出ず黙って誤った結果になるため、pitfalls に置く価値がある。

追加案:

5. **`ellipse_cloud` indices are not point indices**: points with identical
   k-NN sets are merged, so `cloud.n` can be smaller than `len(X)`, and
   `cloud.mean[i]` is a neighbourhood centroid, not an input point. Map a
   vertex index back through `cloud.mean[i]` / `cloud.nbd[i]`, never through
   `X[i]`.