full new version

[konstantinpopadin]

No description provided.

[konstantinpopadin]

В этом коде показано, что молодые тандемные повторы (с высоким сходством между копиями) более GC богатые, чем старые.
Это показано тремя разными анализами:

1. если мы разбиваем танедменые повторы на молодые (PM > 95%) и старые (PM < 95%) и сравниваем среднее AT внутри каждого генома млека парным тестом.
2. если внутри каждого генома млека мы коррелируем PM с AT - в среднем spearman's rho будут отрицательные.
3. самый тупой анализ - мы в кучу скидываем все тандемные повторы всех видов и видим, что все старые (PM < 95%) более AT богатые.