PatternSearch

Le clonage de ce répertoire peut prendre quelques minutes : certains fichiers sont très lourds (i.e : séquences de chromosomes).

Vous pouvez tester notre projet en lançant directement le fichier "PatternSearch/bin/client" sous Linux ou bien "PatternSearch/bin/PatternSearchClient.exe" sous Windows

Il vous suffit ensuite de suivre les instructions qui s'affichent dans le terminal.

Vous trouverez différentes DIPWM dans les dossiers "bin/human" et "bin/mouse".

Vous trouverez différentes séquences dans le dossier "bin/sequences" (les fichiers .gz sont des séquences compressées, qu'il est nécessaire de décompresser avant utilisation)

Vous pouvez tester différents fichiers DIPWM et différentes séquences. Par exemple :

• Une DIPWM humaine quelconque (i.e : "human/ESR2_HUMAN.H11DI.0.A.dpwm") avec la séquence du chromosome 15 humain ("sequences/chr15.fa").
• Une DIPWM de souris quelconque avec la séquence du chromosome 1 de la souris.
• Une DIPWM de souris avec la séquence d'un chromosome humain.
• ect ...

La recherche peut être très longue à s'effectuer (surtout avec beaucoups de mots / sur une longue séquence). N'hésitez donc pas à CTRL-c pour interrompre l'éxecution du programme.

Pour compiler vous même le projet :

Windows :

• Vous devez cloner ce répertoire Git directement avec Visual Studio
• Il peut être nécessaire de lier les deux sous-projets (PatternSearchClient et PatternSearchLib), pour que le client (qui include la librairie) puis être compilé correctement
• L'éxécutable se trouve dans le répertoire "Debug" ou bien "x64/Debug"
• Vous pouvez aussi utiliser le MakeFile (mais vous devez avoir "cmake" ou un équivalent installé sur votre machine.

Linux :

Avant toute chose, il faut installer la librairie SDSL si vous souhaitez l'utiliser (Cette librairie n'est fonctionnelle que sous linux)

• Ouvrez un terminal dans le répertoire "/PatternSearchLib/sdsl-source"
• Lancer l'installation de la SDSL :

./install.sh /usr/local/

La librairie est désormais installée. Vous pouvez desinstaller la librairie SDSL de la façon suivante :

./uninstall.sh

• Ouvrez un terminal dans le répertoire racine "PatternSearch"
• Entrez la commande "make"
• Entrez dans le répertoire "bin"
• L'éxecutable est le fichier "client"