refactor(agent worker):split runtime package

[Heyflyingpig]

完成内容

• 将 worker.py 拆分为 package，入口仍是 python -m app.agent.worker。
• runtime.py 新增显式 ProcessRuntime 与 SlotRuntime：
  • LLM 为进程级共享。
  • MCP client/session/tools 与 graph 为 slot 级资源。
  • MCP 生命周期资源由 runtime 持有，避免提前释放。
• bootstrap.py 负责数据库/checkpoint 检查、runtime 创建和 slot 编排。
• 单任务执行、事件写入、图执行、事件适配、结果展示分别拆入 worker 目录。
• core.py 缩减为无可变状态的轻量门面；旧 initialize_llm、open_mcp_session 和全局 LLM/graph 已移除。
• job_service.py、routes.py 保持原位置，管理员、监控、Web 路由的依赖方向没有变化。
• 测试已迁移到新模块，并增加 runtime、slot 依赖和 python -m 入口测试。
• 已同步更新 README.md、AGENTS.md 和 开发日志。

验证结果

• Python 语法检查通过。
• 完整后端单元测试：243 passed。
• 三个 Compose 文件均解析通过，worker 启动命令保持不变。
• git diff --check 通过。
• 耦合扫描确认：
  • 无 agent_core.llm 或 global llm。
  • 管理员和监控代码没有反向依赖 worker runtime。
  • 仓库生产代码没有继续使用旧 core 导入路径。

额外运行管理员部署/迁移集成测试时有 262 passed, 2 failed。两个失败均涉及未修改区域：测试容器缺少 git 命令，以及部署测试仍断言旧 Dockerfile stage 文本；迁移链测试通过。本次未连接真实数据库、LLM 或 MCP 启动完整