>>> reader = scarf.H5adReader("/media/rpadmanabhan/raghav_data/luca_modified.h5ad")
>>> [e[0] for e in reader.get_cell_columns()]
Reading attributes from group obs: 0%| Reading attributes from group obs: 62%| █████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▊ Reading attributes from group obs: 100%| █████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████ 52/52 [00:00]
Reading attributes from group obsm: 0%| Reading attributes from group obsm: 33%| ████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▋ Reading attributes from group obsm: 67%| █████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████▎ Reading attributes from group obsm: 100%| ██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████ 3/3 [00:00]
['age', 'is_primary_data', 'n_genes_by_counts', 'observation_joinid', 'pct_counts_mt', 'total_counts', 'total_counts_mito', 'X_scANVI1', 'X_scANVI2', 'X_scANVI3', 'X_scANVI4', 'X_scANVI5', 'X_scANVI6', 'X_scANVI7', 'X_scANVI8', 'X_scANVI9', 'X_scANVI10', 'X_scVI1', 'X_scVI2', 'X_scVI3', 'X_scVI4', 'X_scVI5', 'X_scVI6', 'X_scVI7', 'X_scVI8', 'X_scVI9', 'X_scVI10', 'X_umap1', 'X_umap2']
adata = anndata.read_h5ad("/media/rpadmanabhan/raghav_data/luca_modified.h5ad", backed="r")
>>> adata.obs.keys()
Index(['sample', 'uicc_stage', 'ever_smoker', 'age', 'donor_id', 'origin',
'dataset', 'ann_fine', 'Cell_Type_Experimental', 'doublet_status',
'leiden', 'n_genes_by_counts', 'total_counts', 'total_counts_mito',
'pct_counts_mt', 'ann_coarse', 'cell_type_tumor', 'tumor_stage',
'EGFR_mutation', 'TP53_mutation', 'ALK_mutation', 'BRAF_mutation',
'ERBB2_mutation', 'KRAS_mutation', 'ROS_mutation', 'origin_fine',
'study', 'platform', 'Sample_Tag', 'cell_type_neutro',
'cell_type_neutro_coarse', 'suspension_type', 'assay_ontology_term_id',
'cell_type_ontology_term_id', 'development_stage_ontology_term_id',
'disease_ontology_term_id', 'self_reported_ethnicity_ontology_term_id',
'is_primary_data', 'organism_ontology_term_id', 'sex_ontology_term_id',
'tissue_ontology_term_id', 'tissue_type', 'cell_type',
'Sample_Tag_Name', 'disease', 'organism', 'sex', 'tissue',
'self_reported_ethnicity', 'development_stage', 'observation_joinid'],
dtype='object')
>>> adata.obs['age']
001C_AAACCTGCATCGGGTC-0 22.0
001C_AAACCTGTCAACACCA-0 22.0
001C_AAACGGGAGACTAAGT-0 22.0
001C_AAACGGGAGGCTCATT-0 22.0
001C_AAACGGGAGGGAACGG-0 22.0
...
TTTGTCACATCTATGG-1-38-8 64.0
TTTGTCACATGTTGAC-1-38-8 64.0
TTTGTCAGTGTTGGGA-1-38-8 64.0
TTTGTCATCAGTTTGG-1-38-8 64.0
TTTGTCATCTCGGACG-1-38-8 64.0
Name: age, Length: 1283972, dtype: float64
>>> adata.obs['cell_type']
001C_AAACCTGCATCGGGTC-0 non-classical monocyte
001C_AAACCTGTCAACACCA-0 alveolar macrophage
001C_AAACGGGAGACTAAGT-0 endothelial cell of lymphatic vessel
001C_AAACGGGAGGCTCATT-0 macrophage
001C_AAACGGGAGGGAACGG-0 classical monocyte
...
TTTGTCACATCTATGG-1-38-8 macrophage
TTTGTCACATGTTGAC-1-38-8 classical monocyte
TTTGTCAGTGTTGGGA-1-38-8 macrophage
TTTGTCATCAGTTTGG-1-38-8 regulatory T cell
TTTGTCATCTCGGACG-1-38-8 classical monocyte
Name: cell_type, Length: 1283972, dtype: category
Categories (33, object): ['mesothelial cell', 'epithelial cell of lung', 'mast cell', 'club cell', ...,
'fibroblast of lung', 'multi-ciliated epithelial cell',
'pulmonary artery endothelial cell', 'bronchus fibroblast of lung']
Describe the bug
When trying to convert an h5ad file to zarr format using scarf I find that categorical keys are ignored.
To Reproduce
Expected behavior
Should import all fields under
obsScarf and Python version
Scarf: 0.28.9 and Python 3.10.12