Hw6 orlova by duckweedGuard · Pull Request #2 · duckweedGuard/bioinformatic_tools

duckweedGuard · 2023-10-14T20:54:06Z

No description provided.

…oneline and select_genes_from_gbk_to_fasta

…ools into hw6_orlova

nvaulin

Привет!

Очень хорошая работа!

README, хороший, даже кажется можно было бы поменьше текста и все равно было бы ок
Хорошие названия коммитов.
Чтение и запись FASTQ-файлов в фильтраторе работает почти почти правильно, обрати только внимание на замечания по полю с комментарием. Также проблемы с выполнением ТЗ - принимается и путь и входное имя, что не очень удобно использовать. Человек подает сразу весь путь до файла (который он берет из автодополнения в терминале). Тут ему приходится за тебя разбивать это на путь до папки и файл. В этом задании это была ваша работа:)
Остальные тулы - все вообще работает супер. Жму руку. Можно было бы где-то добавить проверку на то есть ли уже расширение, например, но это так.
Очень обидно что набор каких-то мелких ошибок сделал так что код не работает((( Где то импорта нету, где то скобку забыла. В итоге мне пришел нерабочий код.
Очень круто что сделала чтения файлов построчно, а не всё разом

Чтобы избежать таких обидных ошибок надо перед отправкой с чистого листа перепрограть свой код. На консультации 17.10.23 я показывал как это можно сделать.

Баллы

Добработка FASTQ-модуля: 1.5/2 балла (не соответвует ТЗ +ошибка с импортом)
convert_multiline_fasta_to_oneline: 4/4 балла
select_genes_from_gbk_to_fasta: 3.5/4 балла (не работает эта функция и весь модуль из-за скобки)

Итого: 9 баллов + доп. баллы (2+2 = 4) будут стоять в таблице в отдельной колонке

Очень мощная работа, ты молодец!

nvaulin · 2023-10-22T10:18:36Z

+
+**ᶘ⊙ᴥ⊙ᶅ** Author: Orlova Victoria.
+
+<img src="https://www.meme-arsenal.com/memes/6e7a90e11e31bbe40c15cdff7e442c92.jpg" width="200" height="200">


nvaulin · 2023-10-22T10:24:35Z

+## Table of contents
+
+  * [A few words about the structure](#structure)
+  * [What is in na_protein_fastq.py script?](#what_is)
+  * [Module dna_rna_tools.py functional content](#module_dna_rna) 
+  * [Module protein_tools.py functional content](#module_protein)
+  * [Module fastq_tool.py functional content](#module_fastq)
+  * [What is in bio_files_processor.py?](#what_is_bio)
+  * [Usage example](#examples)


Круто!

nvaulin · 2023-10-22T11:04:28Z

+:sparkles: New :sparkles: There are 4 functions in the `bio_files_processor.py` script: function `convert_multiline_fasta_to_oneline`, function `select_genes_from_gbk_to_fasta`, function `change_fasta_start_pos` and function `parse_blast_output`. Functions use file-based input and output. All input files lie in the `date` folder, output files are created in the root of the repository. Read the descriptions of functions for more details.
+
+
+### ᶘಠᴥಠᶅ What is in na_protein_fastq.py? ᶘಠᴥಠᶅ  <a name="what_is"></a> 


Да уж, у тебя тут прям мощное количество текста:)
Главное что примеры хорошие в конце

nvaulin · 2023-10-22T11:05:00Z

+import modules.dna_rna_tools as dna_rna_tools
+
+import modules.protein_tools as protein_tools
+
+import modules.fastq_tool as fastq_tool


Suggested change

import modules.dna_rna_tools as dna_rna_tools

import modules.protein_tools as protein_tools

import modules.fastq_tool as fastq_tool

import modules.dna_rna_tools as dna_rna_tools

import modules.protein_tools as protein_tools

import modules.fastq_tool as fastq_tool

nvaulin · 2023-10-22T11:05:23Z

+        filter_output = (
+                fastq_tool.count_gc(seqs[seq], gc_bounds) and
+                fastq_tool.count_length(seqs[seq], length_bounds) and
+                fastq_tool.count_quality(seqs[seq], quality_threshold)
+        )
+        if filter_output:
+            out_dict[seq] = seqs[seq]


🔥🔥🔥

nvaulin · 2023-10-22T11:48:16Z

+                               all_genes)):
+            if (all_genes[index] != gene and
+                        all_genes[index] not in out_neighboor_genes and
+                        all_genes[index] not in matching_genes:


Не закрыта скобка, из-за этого падает с ошибкой:)

Suggested change

all_genes[index] not in matching_genes:

all_genes[index] not in matching_genes):

nvaulin · 2023-10-22T11:48:32Z

+    """
+    if not os.path.isfile(input_gbk):
+        raise ValueError('No such file in directory')
+    with open(input_gbk, mode='r') as file, open(output_fasta + '.fasta', mode='w') as out_file:


nvaulin · 2023-10-22T11:49:08Z

+        for line in file:
+            if '/gene' in line:
+                gene_name = line.strip().split('=')[1]
+                test = 0


Не совсем понимаю что хранится во флаге test:)

nvaulin · 2023-10-22T11:51:41Z

+                    if 'Description' in new_line:
+                        protein_line = file.readline().strip()


Кажется это самое главное и верхняя проверка даже не особо нужна:)

nvaulin · 2023-10-22T11:52:14Z

+        if len(seq_line) < abs(shift):
+            check_point = len(seq_line) * (abs(shift) // len(seq_line))
+            shift = shift - check_point if shift > 0 else shift + check_point
+        new_seq_line = seq_line[shift:] + seq_line[:shift]


duckweedGuard and others added 22 commits October 7, 2023 12:26

Add dna_rna_tools.py

fb11c35

Add protein_tools.py

28fd876

Add fastq_tool.py

9a2ba12

Add na_protein_fastq.py

3837045

Fix na_protein_fastq.py

21d4cf1

Update README.md

75ad229

Add example in README.md

b8d9d96

Add read_fastq and write_output_fastq functions

36c8d44

Update run_fastq_tool function

2619027

Add bio_files_processoe.py, add functions convert_multiline_fasta_to_…

028d9ec

…oneline and select_genes_from_gbk_to_fasta

Fix some pep88

14891bf

Add change_fasta_start_pos function

6da3a0a

Add parse_blast_output function

968f11d

Add fasta.fasta

3fffd2a

Add data folder

ec063be

Rename fastqc_tool.py to fastq_tool.py

f3ab8a7

Update README.md

d35032b

Update README.md

6acc81f

Merge branch 'hw6_orlova' of github.com:duckweedGuard/bioinformatic_t…

b88db45

…ools into hw6_orlova

Fix bio_files_processor.py

4af7502

Update README.md

6fdc03b

Fix PEP8 imports in na_protein_fastq.py

6bbc76b

nvaulin reviewed Oct 22, 2023

View reviewed changes

Provide feedback

Saved searches

Use saved searches to filter your results more quickly

Hw6 orlova#2

Hw6 orlova#2
duckweedGuard wants to merge 22 commits into
mainfrom
hw6_orlova

duckweedGuard commented Oct 14, 2023

Uh oh!

nvaulin left a comment

Uh oh!

nvaulin Oct 22, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 22, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 22, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 22, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 22, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 22, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 22, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 22, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 22, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 22, 2023

Uh oh!

Reviewers

Assignees

Labels

Projects

Milestone

Development

Uh oh!

2 participants


		ᶘ⊙ᴥ⊙ᶅ Author: Orlova Victoria.

		<img src="https://www.meme-arsenal.com/memes/6e7a90e11e31bbe40c15cdff7e442c92.jpg" width="200" height="200">

		:sparkles: New :sparkles: There are 4 functions in the `bio_files_processor.py` script: function `convert_multiline_fasta_to_oneline`, function `select_genes_from_gbk_to_fasta`, function `change_fasta_start_pos` and function `parse_blast_output`. Functions use file-based input and output. All input files lie in the `date` folder, output files are created in the root of the repository. Read the descriptions of functions for more details.


		### ᶘಠᴥಠᶅ What is in na_protein_fastq.py? ᶘಠᴥಠᶅ <a name="what_is"></a>

	all_genes[index] not in matching_genes:
	all_genes[index] not in matching_genes):

		if 'Description' in new_line:
		protein_line = file.readline().strip()

Conversation

duckweedGuard commented Oct 14, 2023

Uh oh!

nvaulin left a comment

Choose a reason for hiding this comment

Баллы

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Reviewers

Assignees

Labels

Projects

Milestone

Development

Uh oh!

2 participants