vignettes doc 추가

.Rbuildignore

@@ -13,5 +13,3 @@
 ^cla$
 ^pkgdown$
 ^\.claude$
-^AI_ASSISTANT_MODULE_GUIDE\.md$
-^AI_ASSISTANT_MODULE_GUIDE\.ko\.md$

_pkgdown.yml

@@ -9,6 +9,34 @@ authors:
     href: https://www.zarathu.com
     html: <img src="https://raw.githubusercontent.com/zarathucorp/zarathu/master/Color%20logo%20-%20no%20background.png"
       height="24" />
+navbar:
+  structure:
+    left: [intro, reference, articles, news]
+  components:
+    articles:
+      text: Articles
+      menu:
+      - text: "Subgroup Analysis"
+      - text: "-------"
+      - text: "Subgroup & Competing Risk Analysis"
+        href: articles/jsmodule_subgroup_cmprsk.html
+      - text: "-------"
+      - text: "AI"
+      - text: "-------"
+      - text: "AI Assistant Guide (EN)"
+        href: articles/ai-assistant-guide.html
+      - text: "AI Assistant 가이드 (KO)"
+        href: articles/ai-assistant-guide-ko.html
+articles:
+- title: "Subgroup Analysis"
+  desc: "Subgroup and competing risk analysis module"
+  contents:
+  - jsmodule_subgroup_cmprsk
+- title: "AI Assistant"
+  desc: "AI-powered statistical code generation"
+  contents:
+  - ai-assistant-guide
+  - ai-assistant-guide-ko
 template:
   bootstrap: 5
   light-switch: yes

AI_ASSISTANT_MODULE_GUIDE.ko.md → vignettes/ai-assistant-guide-ko.Rmd

@@ -1,3 +1,23 @@
+---
+title: "AI Assistant 모듈 가이드"
+author: "Jaewoong Heo"
+date: "`r Sys.Date()`"
+output: rmarkdown::html_vignette
+vignette: >
+  %\VignetteIndexEntry{AI Assistant 모듈 가이드}
+  %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
+  %\VignetteEncoding{UTF-8}
+---
+
+```{r setup, include = FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(
+  collapse = TRUE,
+  comment = "#>",
+  echo = TRUE,
+  eval = FALSE
+)
+```
+
 # AI Assistant 모듈
 
 jsmodule 패키지를 위한 AI 기반 통계 분석 코드 생성 모듈입니다.
@@ -12,14 +32,14 @@ AI Assistant 모듈은 통계 분석을 위한 R 코드를 생성하는 대화
 
 `.Renviron` 파일에 API 키를 추가하세요:
 
-```r
+```{r api-setup}
 # .Renviron 파일 열기
 usethis::edit_r_environ()
 
 # 다음 중 하나를 추가:
-ANTHROPIC_API_KEY=your_key_here
-OPENAI_API_KEY=your_key_here
-GOOGLE_API_KEY=your_key_here
+# ANTHROPIC_API_KEY=your_key_here
+# OPENAI_API_KEY=your_key_here
+# GOOGLE_API_KEY=your_key_here
 
 # 저장 후 R 세션 재시작
 ```
@@ -28,7 +48,7 @@ GOOGLE_API_KEY=your_key_here
 
 #### 옵션 A: jsBasicGadget과 함께 사용
 
-```r
+```{r basic-gadget}
 library(jsmodule)
 
 # AI Assistant가 포함된 gadget 실행
@@ -39,7 +59,7 @@ jsBasicGadget()
 
 #### 옵션 B: 독립 실행형 Shiny 앱
 
-```r
+```{r standalone-app}
 library(shiny)
 library(jsmodule)
 library(survival)
@@ -127,7 +147,7 @@ MatchIt, timeROC
 - **보안 참고**: UI에 입력된 API 키는 브라우저 메모리에만 저장되며 디스크에 저장되지 않음
 - **권장 사항**: 로컬 개발 및 단일 사용자 애플리케이션에 적합
 
-```r
+```{r dev-mode}
 # 개발 모드 - 사용자가 UI에서 설정 가능
 aiAssistantUI("ai", show_api_config = TRUE)  # 기본값
 
@@ -147,7 +167,7 @@ callModule(aiAssistant, "ai",
 - **보안 참고**: 사용자가 API 키를 보거나 수정하는 것을 방지
 - **권장 사항**: 공유 API 키를 사용하는 프로덕션 배포에 필수
 
-```r
+```{r prod-mode}
 # 프로덕션 모드 - .Renviron에서만 API 키 읽기
 aiAssistantUI("ai", show_api_config = FALSE)
 
@@ -162,7 +182,7 @@ callModule(aiAssistant, "ai",
 
 ### 사용자 정의 변수 구조
 
-```r
+```{r custom-varStruct}
 server <- function(input, output, session) {
   data <- reactive(lung)
   data.label <- reactive(jstable::mk.lev(lung))
@@ -189,7 +209,7 @@ server <- function(input, output, session) {
 
 AI 응답을 개선하기 위해 배경 정보를 제공하세요:
 
-```r
+```{r analysis-context}
 callModule(aiAssistant, "ai",
   data = data,
   data_label = data.label,
@@ -205,7 +225,7 @@ callModule(aiAssistant, "ai",
 
 프로덕션 환경에서는 API 설정 UI를 숨기세요:
 
-```r
+```{r production-deploy}
 ui <- fluidPage(
   aiAssistantUI("ai", show_api_config = FALSE)
 )
@@ -223,31 +243,38 @@ server <- function(input, output, session) {
 
 ### API 키를 찾을 수 없음
 **문제**: "API key not configured" 오류
+
 **해결책**:
+
 1. `.Renviron` 파일에 올바른 변수명이 있는지 확인
 2. `.Renviron` 편집 후 R 세션 재시작
 3. 키가 유효한지 확인 (터미널에서 테스트: `Sys.getenv("ANTHROPIC_API_KEY")`)
 
 ### 코드 실행 오류
 **문제**: 생성된 코드가 실행 실패
+
 **해결책**:
+
 1. 자동 수정을 위해 "Ask AI to Fix" 버튼 클릭
 2. 실행 전 에디터에서 코드 검토
 3. 데이터에 필요한 변수가 있는지 확인
 4. 패키지가 설치되어 있는지 확인
 
 ### Summary 결과가 너무 조각남
 **문제**: `summary()` 결과가 여러 조각으로 나뉨
+
 **해결책**: 최신 버전에서 수정되었습니다. jsmodule 패키지를 업데이트하세요.
 
 ### 텍스트 출력에 이스케이프 시퀀스 표시
 **문제**: `\n`이 줄바꿈 대신 그대로 보임
+
 **해결책**: 최신 버전에서 수정되었습니다. jsmodule 패키지를 업데이트하세요.
 
 ## 모범 사례
 
 ### 1. 구체적인 질문하기
 ❌ 나쁨: "이 데이터를 분석해줘"
+
 ✅ 좋음: "wt.loss를 결과변수로, age, sex, ph.ecog를 예측변수로 선형회귀분석 수행"
 
 ### 2. 생성된 코드 검토
@@ -320,6 +347,7 @@ AI Assistant 모듈은 보안과 사용성의 균형을 위해 **환경 인식 
 
 **환경 감지**:
 모듈은 다음을 통해 프로덕션 환경을 자동 감지합니다:
+
 1. `DEPLOYMENT_ENV` 환경 변수 (`production` 또는 `development`)
 2. shinyapps.io 배포 감지
 3. RStudio Connect 감지
@@ -328,16 +356,16 @@ AI Assistant 모듈은 보안과 사용성의 균형을 위해 **환경 인식 
 **배포 모드 설정**:
 
 로컬 개발용 (기본값):
-```r
+```{r dev-env}
 # 별도 설정 불필요 - 기본값이 개발 모드
 # 또는 .Renviron에 명시적으로 설정:
-DEPLOYMENT_ENV=development
+# DEPLOYMENT_ENV=development
 ```
 
 프로덕션 배포용:
-```r
+```{r prod-env}
 # .Renviron 파일에 추가:
-DEPLOYMENT_ENV=production
+# DEPLOYMENT_ENV=production
 ```
 
 또는 마커 파일 생성:
@@ -356,6 +384,7 @@ R -e "install.packages('RAppArmor')"
 ```
 
 **플랫폼 지원**:
+
 - ✅ **Linux**: 완전한 RAppArmor 샌드박싱 사용 가능
 - ⚠️ **macOS/Windows**: 프로덕션 모드에서 경고와 함께 표준 eval로 폴백
 - 권장사항: 최대 보안을 위해 Linux 서버에 배포
@@ -370,45 +399,52 @@ R -e "install.packages('RAppArmor')"
 **⚠️ 중요: API 키 처리 방식**
 
 **API 키 사용 방법**:
+
 - API 키는 환경 변수(`.Renviron`) 또는 UI 입력에서 읽음
 - UI에 입력된 경우, 키는 현재 R 세션 메모리에만 존재
 - API 호출은 `httr` 패키지를 사용하여 AI 제공자 API로 전달
 
 **오픈소스입니다**:
+
 - 모든 코드는 https://github.com/jinseob2kim/jsmodule 에서 공개되어 감사 가능
 - 숨겨진 API 키 저장이나 전송 없음
 - 코드를 직접 검토할 수 있습니다
 
 ✅ **이 모듈이 API 키로 하지 않는 것**:
+
 - 어디에도 저장하지 않음
 - 로그에 기록하지 않음
 - AI 제공자 외에는 전송하지 않음
 
 ✅ **AI 제공자로 전송되는 것**:
+
 - 사용자의 질문과 프롬프트
 - 데이터 구조 정보 (변수명, 타입, 요약 통계)
 - 이전 대화 기록
 - 생성된 코드 (오류 수정용)
 
 **전송되지 않는 것**:
+
 - 원시 데이터 값 (질문에 명시적으로 포함하지 않는 한)
 - 파일 시스템 정보
 
 #### 배포 유형별 모범 사례
 
 **개인/데스크톱 사용** (권장):
-```r
+```{r personal-use}
 # .Renviron에 API 키 저장 (사용자 홈 디렉토리)
 # 사용자 계정에만 비공개로 유지됩니다
-ANTHROPIC_API_KEY=your_key_here
+# ANTHROPIC_API_KEY=your_key_here
 ```
 
 **팀/공유 사용**:
+
 - 각 팀원이 `.Renviron`에 자신의 API 키를 사용해야 함
 - 개별 설정을 허용하려면 `show_api_config = TRUE` 설정
 - 사용자 간 API 키를 공유하지 마세요
 
 **공개 웹 애플리케이션**:
+
 - ⚠️ **권장하지 않음**: `show_api_config = TRUE`로 공개 배포하지 마세요
 - 공개 배포가 필요한 경우 다음 대안을 고려하세요:
   1. 서버 측 API 프록시 구현 (커스텀 백엔드 필요)
@@ -435,6 +471,7 @@ ANTHROPIC_API_KEY=your_key_here
 #### 규정 준수 고려사항
 
 민감한 데이터로 작업하는 경우:
+
 1. ✅ 데이터 구조 및 변수명이 AI 제공자로 전송됨
 2. ✅ 통계 요약이 전송될 수 있음
 3. ⚠️ 질문에 실제 데이터 값을 포함하지 마세요
@@ -444,7 +481,7 @@ ANTHROPIC_API_KEY=your_key_here
 ### 권장 보안 설정
 
 **최대 보안을 위해**:
-```r
+```{r max-security}
 # 1. .Renviron에 API 키 저장 (코드에 절대 포함하지 않음)
 usethis::edit_r_environ()
 # 추가: ANTHROPIC_API_KEY=your_key