feat(PaperReader): 大幅升级并重构为 Rust stdio 插件

[Andyduck-ops]

概述

这个 PR 将 PaperReader 从旧版 JavaScript 运行时大幅升级并重构为 Rust stdio 插件实现。

新的 PaperReader 不再是单次 PDF 摘要工具，而是一个以 artifact-first 为核心的研究流水线，支持结构化 workspace、显式运行时契约、可恢复执行，以及单文档 / 多文档的证据导向阅读与研究编排。

主要变更

• 用 Rust 可执行 stdio 插件替换旧的
  ode PaperReader.js 运行时
• 保留旧版 VCP 命令别名兼容：
  • IngestPDF
  • Read
  • ReadSkeleton
  • ReadDeep
  • Query
• 新增 canonical runtime commands，用于：
  • workspace bootstrap / runtime introspection
  • 单文档 ingest / read / audit / claim trace
  • 多文档 collection ingest / compare / conflict audit / synthesis
  • evidence retrieval / artifact inspection
  • research graph planning / async execution / resume / cancel / reset
• 新增 Plugin/PaperReader/paperreader-rs Rust workspace 源码
• 新增发布物 Plugin/PaperReader/bin/paperreader-cli.exe
• 删除旧版 JS runtime 与原有 lib/* 实现

为什么这样改

旧版 JS 版本更像原型，PaperReader 现在已经演进成一个更大的文档研究系统。

这次重构的目标是：

• 更清晰的领域边界
• 更稳定的 artifact 落盘与恢复能力
• 更好的 evidence tracing
• 更明确的运行时契约
• 更可维护的后续扩展基础

兼容性

• 保持 pluginType: synchronous 和现有 VCP Host 的 stdio 集成方式
• 保留 legacy PaperReader command aliases，尽量兼容已有调用方式
• 插件入口从 JS 脚本更新为 Rust 可执行文件

本地验证

已在隔离的 PR 工作区完成本地验证：

• cargo test -p paperreader-application -p paperreader-api
• cargo check -p paperreader-cli

以上均已通过。

备注

• 这是一次替换式的大重构，主要范围限定在 Plugin/PaperReader
• 本地私有配置、运行态工作区、构建缓存等内容未包含在此 PR 中