fix: improve CLI override/fallback behavior and install/source-count checks

[Taiki92777]

概要

以下の不具合をまとめて修正しました。

• 設定で lint / deadCode を false にした場合、CLI から true に上書きできない
• react-doctor.config.json が不正なときに警告が重複して表示される
• react-doctor.config.json が不正なときに package.json の reactDoctor へのフォールバックが効かない
• install-ami がインストール検証前に成功表示してしまう
• Git 管理外ディレクトリで source file count が 0 になる

変更内容

• CLI オプションに --lint / --dead-code を追加して、boolean 設定の明示的な上書きを可能にしました
• scan に事前ロード済み設定を渡せるようにして、同一実行内での重複読み込みを回避しました
• 設定ローダーを修正し、react-doctor.config.json が不正でも package.json (reactDoctor) へフォールバックするようにしました
• install-ami 実行後に isAmiInstalled() を再評価し、未検出時は成功表示を出さないようにしました
• Git カウント失敗時にファイルシステム走査へフォールバックする source file count を追加しました
• README の Options を実装に合わせて更新しました

動作確認

• pnpm --filter react-doctor run test（105 tests passed）
• ローカル検証で以下を確認
  • --lint --dead-code による設定上書き
  • 不正設定時の警告が 1 回のみ表示されること
  • 不正設定時でも package.json 設定が適用されること
  • install-ami の再検証メッセージ
  • 非 Git ディレクトリで source file count が正しく表示されること

Closes #50
Closes #51
Closes #52
Closes #53

[vercel]

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