fix: issue #60 — W-Dist センチネル廃止し Gudhi の実 Wasserstein に統一

[koki3070]

Summary

• 評価用 W-Dist のセンチネル（999.0 / 99.0 / 9.99）を廃止し、空予測 inlier を含め Gudhi の H₁ 1-Wasserstein に統一
• issue 本文の「定数化」ではなく、OT 距離として論文 Methods に書ける定義に変更
• upstream/main 単独ブランチ（Follow-up: 正則化・安定化のための ad-hoc 微小正定数の要否をPR 54〜58 マージ後に再検証する #59 / PR fix: issue #59 — ad-hoc 微小正定数の整理と論文外モデリング床の削除 #62 とは分離）

Changes

• tda_ml/persistence.py: 空点群時の早期 return 削除（Wasserstein / Bottleneck）
• tda_ml/metrics.py: empty_pred_wdist 削除、常に compute_w_distance 経由
• tests/test_persistence.py 新規、tests/test_metrics.py 更新

Test plan

• uv run pytest → 46 passed
• 学習経路（trainer / 位相損失）は未変更 — MCC/G-Mean の再学習は不要
• （follow-up）REPRODUCIBILITY.md に評価 W-Dist 定義を追記
• （follow-up）旧センチネルからの W-Dist 数値非互換の migration note / 再評価

Closes #60

Made with Cursor

[Copilot]

Pull request overview

評価用 W-Dist のセンチネル値（999/99/9.99）を廃止し、空予測（predicted inliers が空）も含めて Gudhi による H₁ 1-Wasserstein（および Bottleneck）距離の定義へ統一するPRです。tda_ml 内の評価指標計算が「定義可能な OT 距離」として一貫するようになります。

Changes:

• compute_w_distance / compute_bottleneck_distance の空点群時センチネル返却を削除し、Gudhi の距離計算に統一
• compute_recall_specificity_gmean_mcc_wdist から empty_pred_wdist を削除し、常に compute_w_distance 経由で算出
• 空予測ケースの挙動を固定するテストを追加/更新

Reviewed changes

Copilot reviewed 4 out of 4 changed files in this pull request and generated no comments.

File	Description
tests/test_persistence.py	空点群入力でも有限な Wasserstein/Bottleneck が返ること（センチネル非使用）をテスト追加
tests/test_metrics.py	empty_pred_wdist を廃止し、空 inlier 予測時の W-Dist を compute_w_distance と一致させるようテスト更新
tda_ml/persistence.py	Wasserstein/Bottleneck 距離の空点群センチネル処理を削除し、Gudhi 距離定義に統一
tda_ml/metrics.py	W-Dist 計算を常に compute_w_distance に委譲し、センチネル引数を削除

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[t-uda]

LGTM