refactor: 重组项目目录并清理冗余文件

[zensoku142]

修改类型

• 功能新增
• Bug 修复
• 功能优化
• 代码重构
• 文档更新

修改内容

• 按运行时职责拆分 core、data、updater 等模块，并保留根级兼容入口。
• 将 PyInstaller、Inno Setup 和 Windows 版本资源统一迁移到 packaging。
• 将示例配置与历史任务文档迁移到对应目录，同步多语言 README。
• 删除无引用的旧品牌图标、过期截图和重复文件。

影响范围

• 应用模块导入路径与兼容入口。
• Windows 主程序、独立更新器和安装器构建路径。
• 项目文档及目录说明。

验证结果

• 289 passed, 9 subtests passed。
• Ruff 检查通过。
• Pyright：0 errors。
• PyInstaller 主程序与更新器 onedir 构建通过。
• 打包烟雾测试通过。

版本变化

普通重构提交，版本保持 v1.11.4；本次不创建 Tag 或 Release。