refactor: modularize context pipeline and unify system prompt architecture

[ztygod]

背景

原有 Context 系统混合了承载上下文收集、Transcript 投影、预算压缩和 Prompt 拼装等职责。同时，System Prompt 分散定义在配置加载、Runtime、Local CLI 和 ContextManager 中，存在来源不唯一、覆盖规则不明确的问题。

主要改动

Context 架构拆分

将 Context 模块整理为四个清晰层次：

• collector：收集 Memory、Workspace Profile、User Context 和 Context Provider。
• transcript：维护合法 tool exchange，保留最近完整调用，并归档旧工具结果。
• budget：负责优先级、Token 预算、压缩决策、压缩和截断。
• assembly：负责 Context 格式化和最终 LLM Messages 拼装。

同时：

• 保留 ContextManager 作为 Agent Runtime facade。
• 删除历史 ContextEngine、buildRuntimeContext 和重复 formatting/compression 兼容层。
• 引入 ContextDocument、BudgetedContext、TranscriptProjection 和 retention/source 类型。
• 保持 Agent loop、tool calling 顺序和现有压缩行为不变。

统一 System Prompt

新增版本化的 SystemPromptService，并将内置 Prompt 集中到唯一来源。

标准 Prompt 包含：

• Agent 身份与目标
• 指令优先级
• 工作流程
• 工具使用原则
• 修改质量要求
• 验证要求
• 安全边界
• Ask/Edit 模式规则
• 最终回复规范

核心 Prompt 不允许被外部整体替换。

配置 API 调整

移除：

• runtime.systemPrompt
• run.input.systemPrompt
• DEFAULT_SYSTEM_PROMPT
• CLI_MARKDOWN_OUTPUT_INSTRUCTIONS

新增：

runtime.systemInstructions: string[];
run.input.systemInstructions?: readonly string[];

配置和单次运行只能追加补充指令。旧 systemPrompt 配置会被明确拒绝。

Context 与 Prompt 解耦

• ContextDocument 不再包含 System Prompt。
• Context Collector 不再接收或处理 Prompt。
• System Prompt 每个 run 只解析一次。
• Prompt 不参与 Context 压缩或截断。
• PromptAssembler 只负责组合版本化 Prompt、Runtime Context 和 Transcript。

可观测性

Context diagnostics 新增：

• systemPromptVersion
• systemPromptTokens
• systemPromptSectionTokens

Breaking Changes

• 删除 runtime.systemPrompt。
• 删除 AgentRunInput.systemPrompt。
• 删除历史 ContextEngine 和 buildRuntimeContext 导出。
• 配置文件需要迁移至：

[runtime]
systemInstructions = [
  "Prefer functional TypeScript.",
  "Do not modify generated files."
]

验证

已通过：

• TypeScript typecheck
• 全量单元测试
• ESLint
• Prettier check
• 项目构建
• API Extractor
• Git diff whitespace check